Integbio Database Catalog
Integbioデータベースカタログ

Integbioデータベース分類タグ
Integbio Database Category Tag

Japan Science and Technology Agency National Bioscience Database Center
独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
日本
Japan

国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター

This database collects URL information from international life science databases and the associated basic metadata, including descriptions of the database and information about the species. Databases include those independently operated by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, the Ministry of Health, Labour and Welfare, the Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries, and the Ministry of Economy, Trade and Industry. Since the catalog began in October 2012, the respective ministries have continued to accumulate information for the database, adding to and updating the catalog, which includes:

- Database Catalog
- WINGpro
- MEDALS Database Catalog
- AgrID Database Catalog
- National Institute of Biomedical Innovation database list

国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。
文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による生命科学系データベース統合の取り組みの一環としてこれまで4省が独自にもっていた以下のデータベースのリストを集約し、4省にまたがるデータベースカタログを構築しました。2011年12月にベータ版を公開し、2012年10月には正規公開版サイトを公開しました。その後も4省が協力して継続的にデータベースの情報を収集し、カタログへの追加・更新を行っています。

- 生命科学系データベースカタログ
- WINGpro
- MEDALSデータベース便覧
- AgrIDのデータベース便覧
- 医薬基盤・健康・栄養研究所のデータベースリスト

Active
稼動中

九州工業大学
Kyushu Institute of Technology
3DinSight
生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミノ酸の物理化学的性質などのデータをリレーショナルデータベース上に統合しました。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係について調べることができます。構造と機能及び物性の間の関係性については可視化を行っています (例：自動的に機能部位をマッピングした構造データのリアルタイム3D表示など）。
3DinSight is a database that helps users explore the relationship between the structure, function, and properties of biomolecules. Structural data are derived from the Protein Data Bank (PDB) and displayed as real-time 3D images by RasMol and Virtual Reality Modeling Language (VRML). Functional domains and mutations are identified by PROSITE and Protein Mutant Database, respectively.
休止
Inactive

東京大学 大学院新領域創成科学研究科
The University of Tokyo Graduate School of Frontier Sciences
5'SAGE
5'-end serial analysis of gene expression database
ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現の解析を行った結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。 オリジナルSAGE法は3'側の特定の断片を用いて遺伝子を特定するものであり、最長27bpの断片を用いることで発現遺伝子のゲノム上の位置を決定することができます。しかしながら5'端の情報は正確でないものが多く、遺伝子の機能を明らかにする上で問題になることがあります。こうした問題を克服し、さらに詳細な解析を行うため、転写開始点及び遺伝子発現頻度を観察できる5'-end SAGE (5'SAGE)法を開発しました。

京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
Kyoto University Institute for Chemical Research Bioinformatics Center
AAindex
Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials

The AAindex database collects and organizes amino acid properties. Users can search from dozens of studies summarizing multiple biophysical parameters for three types of information:
- AAindex1: Biophysical properties of individual amino acids. All indexed studies have been compared to other studies in the database and pairwise correlation coefficients between related studies are provided.
- AAindex2: Substitution indices indicating amino acid similarity.
- AAindex3: Pairwise contact potentials between amino acids in various contexts.
All three databases can be searched either by study or keyword using DBGET.

アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。
AAindex1：アミノ酸の特性を表現した20の数値セットのデータベース
AAindex2：アミノ酸置換行列のデータベース
AAindex3：アミノ酸間の相互作用ポテンシャルのデータベース

国立研究開発法人理化学研究所
RIKEN
ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索）
Animal Search System
ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC NOを指定することが可能です。系統の種類や研究目的から探すこともできます。またオンラインで提供依頼書の作成ができます。オンラインカタログで検索したリソースをカートに入れることで必要な書類を自動的に作成します。
Animal Search System allows keyword searches to be performed on more than 2000 strains of mice available from the RIKEN BRC, including transgenic, knockout, inbred, wild-derived, ENU mutant and congenic strains. Although the top page is written in Japanese, each search result has a link to the English page. The system also provides detailed information that capture the characteristics of the strain, such as the strain name, description, gene details, references, availability status, images and so on.

National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
独立行政法人産業技術総合研究所
Arch GeNet
Archaeal Gene Network
Arch genet is a database providing summaries of the expression of individual genes of Thermoplasma volcanium GSS1, a thermophilic archaeon, during adaptation to various environments, as identified experimentally. All the genes in a given genome are not used simultaneously at any given time in vivo, and organisms adapt to various environments by the process of re-selecting concerned populations of genes although the genomic information remains the same. Arch genet provides visual data to contribute to a better understanding of gene networks as applicable to environmental adaptation.
好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定した結果と、好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した結果を掲載しています。
運用終了
Closed

ARCHAIC
Archaebacterial Information Collection
ARCHAIC stands for 'ARCHAebacterial Information Collection' is a database of analyzed archaebacterial genomic DNA sequences. Determinations follow a consistent method so that the overall organization of the genomes can be understood better and different species can be compared based on genomic DNA sequences. Information on the identification of genes, pseudo-genes, and operons, derived by original methods, is available. The complete genomic DNA sequences of Pyrococcus sp. OT3 and Thermoplasma volcanium GSS1, an aero/anaero-facultative archaebacterium, respectively, can also be found here.
古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行うことを目的に構築しています。対象菌株は、Pyrococcus sp. OT3、Thermoplasma volcanium GSS1、Archaeoglobus fulgidus。

The Roslin Institute （University of Edinburgh）
The Roslin Institute(University of Edinburgh)
イギリス
United Kingdom
ArkDB
家畜やその他の動物のゲノムマッピングデータを提供する公共レポジトリです。ネコ、ニワトリ、ウシ、シカ、アヒル、ウマ、ブタ、ウズラ、サケ、シーバス、ヒツジ、シチメンチョウのマイクロサテライト、SSCP等のマーカーを収録しており、核型および染色体情報が一覧できます。

ArkDB is a database that contains extensive mapping information of the genomes of farm animals and other animal species.
This repository records the maps in detail as well as their markers with some marker-marker relationships.
A species table provides data on specific chromosomes.
The Maps menu leads to the results of mapping analyses.
A keyword search is available.
GFF files may be downloaded and displayed in the Ensembl genome browser.

European Bioinformatics Institute
ArrayExpress
ArrayExpress Archive
遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。
ArrayExpress is a database of experiments related to the structure, function, evolution, and mapping of genomes. It contains information on gene expression obtained from microarray and sequencing studies. Altogether 36,292 experiments are listed. Each experiment is described and reported in detail. Altogether 13,748 arrays are listed and described. Keyword and advanced search options are available. The data may also be downloaded.

ARTADE
ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons
シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるようになっています。アカデミックユーザは、ライセンス契約同意の下で、プログラムのソースコードを自由にダウンロードできます。

独立行政法人酒類総合研究所
National Research Institute of Brewing
Aspergillus oryzae EST DataBase

麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し、公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。
現在は情報提供を一時停止しており、こちらのサイト（http://www.nrib.go.jp/data/EST2/est.htm ）に連絡先についての情報が記載されています。

This database allows users to explore the gene expression of Aspergillus oryzae with different environmental stimuli from 21,368 EST clones.
Suspended
公開停止中

ATLAS
Global
Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
The Atlas of genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology is a database for genes, cytogenetics and clinical entities in cancer, and cancer-prone diseases. It provides concise and updated reviews (cards) or longer texts (deep insights), a huge portal towards genetics and/or cancer databases and journals, teaching items in genetics for students in Medicine and in Sciences, and a case report section. Users are able to search data using gene name, solid tumors name, chromosomal number, or cancer-prone diseases.
「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、 癌や高発癌性疾患の遺伝学や臨床情報を扱っています。細胞遺伝学、分子生物学、腫瘍学、血液学、病理学の臨床医や研究者による、研究者のために構築されています。

Research Organization of Information and Systems National Institute of Genetics
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
Barley DB
Barley Bioresource Database
National BioResource Project BarleyDB includes information about the barley germplasm preserved in the Institute of Plant Science and Resources, Okayama University. Users can search and browse information of barley germplasm (spike/seed images, collection sites map) and full length cDNA clones and ESTs of barley. These barley resources are available for research purpose.
Barley DBでは、岡山大学資源植物科学研究所がナショナルバイオリソースプロジェクトオオムギの代表機関として保存している分譲可能なオオムギリソース情報（オオムギ各系統の種子や穂の写真、採取地マップ、cDNA/ESTクローン）の情報を提供しています。オオムギ系統、BACライブラリー、cDNAクローンについて、研究用に限ってリソースを配布しています。オオムギ系統の品種ごとに、起源、形態的・生理的・生態学的形質等も得られます。

The Berkeley Drosophila Genome Project
United States
アメリカ合衆国
BDGP
Berkeley Drosophila Genome Project
This is the website for the Berkeley Drosophila Genome Project, and has information about genomic sequencing, sequence annotations, as well as data on EST, cDNA, and gene expression patterns. It also distributes genomic or cDNA clones, library filters or fly stocks and vector maps.
ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行っています。

Biomolecules Gallery
This gallery uses high quality images of spatial models of nucleic acids, proteins and their complexes. In this database, users can visualize basic biomolecules (nucleic acids and amino acid) and complex motifs (nucleic acid base-pairing, protein secondary structures and functional domains).
生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。

東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
The University of Tokyo The Institute of Medical Science Human Genome Center
BioTermNet
情報検索技術と情報抽出技術を用いて、概念ネットワークを自動的に描画するシステムです。このシステムでは、(1)概念の関係性が1件以上の文献アブストラクトに明確に記述されている、(2)それぞれの概念がMEDLINEアブストラクト中に共起している場合、に2つの概念が関連していると見なしています。
Users can use the BioTermNet database to explore relationships between proteins, DNA, gene expression, and drug compounds: 1. Related concepts from a single concept; 2. A single concept to a single concept; 3. Multiple concepts to a single concept; 4. Common concepts among multiple concepts; and 5. gene clustering. Key examples of these relationships are: the identification of interactions between drugs and biomolecules, linkage analyses of cancer-related genes, and interpretation of DNA/protein analyses. The output data is expressed as protein-protein/gene/family/compound (drug) interactions (PRIME), statistical relatedness, or protein-biological process function (PRIME-GO).

The University of Tokyo
東京大学
Photographs of mutants in Bombyx mori
This photographic database contains images of mutant Bombyx mori larvae along with changes in larvae length. Currently, the database comprises more than 40 mutants that map to multiple chromosomes.
カイコの突然変異体の写真を集めた画像集です。変異遺伝子名をクリックするとカイコの画像が表示されます。

国立研究開発法人産業技術総合研究所
脳画像データベース
Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW.
ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳のMRI画像の連続写真をデジタル化し、マウスのみの操作で簡便に参照可能なデータベースです。

Technische Universitat Braunschweig
Germany
ドイツ
The Comprehensive Enzyme Information System (BRENDA)
酵素の機能と特性データを収集した総合的な酵素情報データベースです。データの大半は主要文献から手動で抽出したもので、酵素の機能、構造、生成反応、生物種、活性、実験手法、応用、変異体に関する情報を網羅しています。関連するパスウエイへのリンクや、テキストマイニングによる疾患情報も含まれています。
BRENDA is an extensive database of enzymes, which came online in January 2013. As many as 5858 various enzymes are listed and a comprehensive amount of information about each of these is available, for example enzyme structure, reaction and specificity, disease-related information, stability and functional parameters. The search option EC Explorer gives entry to a page where the enzymes are grouped under oxidoreductases (of 6,523 organisms), transferases (of 4,594 organisms), hydrolases (of 7,847 organisms), lyases (of 3,498 organisms), isomerases (of 1,329 organisms) and ligases (of 1,100 organisms). A Quick search option (enter name or ID number) is offered, as well as a Full Text and an Advanced search option, where a combination of criteria can be entered to narrow down the search results.

BSORF
Bacillus subtilis Genome Database
BSORF is a repository for Bacillus subtilis genomic information from researchers in multiple countries. Detailed information regarding B. subtilis mutants is listed, as well as DNA array data and links to the KEGG Expression Database. In addition, users can search for nucleotide and amino acid sequence homology against B. subtilis genomic sequences or coding sequences.
JAFAN（枯草菌の日本機能解析ネットワーク）による枯草菌ORFデータベースです。枯草菌ゲノム上のORFと詳細なアノテーション、変異株リスト、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されています。

National Center for Biotechnology Information
Cancer Chromosomes
ヒト、マウスのがん細胞株の核型解析結果、CGH解析結果、臨床情報等を提供するデータベースです。NCI/NCBIのSKY/M-FISH & CGH Database、NCIのMitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer、NCIのRecurrent Aberrations in Cancerの3つのデータベースを統合したシステムとなっています。身体の部位や診断名、染色体位置から検索できます。現在は廃止され、データはNCBI Database of Genomic Structural Variation (dbVar) URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar ( カタログ詳細ページ：http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00244) に移行しました。

Kumamoto University Institute of Resource Development and Analysis
熊本大学 生命資源研究・支援センター
CARD R-BASE
Center for Animal Resources and Development Database
CARD (Center for Animal Resources and Development) R-BASE (Resource Database) is the database for cryopreserved embryos of genetically engineered mice. CARD have over 1,500 mouse strains, 842,000 frozen embryos and 26,000 straws containing frozen sperm, and disclose information about 1,300 deposited strains. Over 400 strains of frozen embryos or mice produced from frozen embryos and sperm are available on request both domestically and internationally.
熊本大学生命資源開発研究・支援センター動物資源開発研究部門(CARD)に保存されている遺伝子改変マウスの系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関する情報が記載されています。 また、寄託、分与/分譲（供給）やマウスおよびラットに関する命名規約、遺伝子・系統の表記方法および施設の登録略記号についての情報も掲載しています。

CCDS
Consensus CDS
高品質で確実にアノテーション付けされたヒトとマウスのタンパク質コード領域のコアセットを集約し、提供しているデータベースです。
This database seeks to identify a core set of human and mouse protein coding regions of high quality that are consistently annotated.

医用細胞資源センター
東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正常機能保持細胞、単クローン抗体産生ハイブリドーマ細胞の新たな細胞株の樹立開発するとともに、貴重な細胞の収集に努め、細胞保存、供給、品質管理、データベース構築、インターネット公開を行っています。本ページでは、保有細胞のカタログが掲載されているほか、細胞供給依頼書や同意書などの書式も用意されています。
東北大学 加齢医学研究所

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
Research Organization of Information and Systems Database Center for Life Science
CGED
Cancer Gene Expression Database
癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報が格納されています。遺伝子発現データと臨床情報の関係は、モザイクプロットによりグラフィカルに表示されます。一般の分子生物学者にも利用しやすいように、一般的な遺伝子名による検索の他、 Gene Ontology TermやSwissProt functional annotationによる機能グループの検索が可能です。
The CGED database comprises gene expression profile data and related clinical information for breast (prognosis and docetaxel treatment), colorectal, hepatocellular, esophageal, thyroid, and gastric cancers, collected through a collaboration between four medical centers in Japan. The data is searchable by type of cancer, gene name/symbol, Swiss-Prot functional annotation, GenBank accession number, RefSeq, or p-values/q-values for differential gene expression and results are displayed as graphical representations of expression and clinical data.

東京医科歯科大学 難治疾患研究所
Tokyo Medical and Dental University Medical Research Institute
CGH Data Base
Comparative Genomic Hybridization Database
The CGH Database is a portal of databases with thorough data on human genome aberrations and variations. These have been detected by bacterial artificial chromosome (BAC) clones-based array comparative genomic hybridization (aCGH). There is a link to the CGH (Comparative Genomic Hybridization) Database with genomic aberrations that have been detected by conventional CGH and aCGH in more than a dozen different cancer cell lines. There is also a link to the MCG CNV Database, which provides genomic copy number variants that were detected by array-CGH analyses of healthy Japanese parent and child trios. These databases are partly supported by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT), the Japan Science and Technology Corporation (JST) and the Industrial Technology Development Organization (NEDO).
種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。

ChEBI
Chemical Entities of Biological Interest
生命プロセスに介在する小分子化合物の辞典です。ゲノムに直接コード化されている分子（例：核酸、タンパク、ペプチド）はこのデータベースの対象外です。登録されているデータは、多数の情報源のデータを組み合わせ、冗長性を除いています。主な情報源はIntEnz(EBI)、KEGG COMPOUND、PDBeChem(EBI)、ChEMBL(EBI)です。 ChEBIオントロジー（化合物オントロジー）による分類情報と階層表示が特徴です。 全てのエントリーにはデータの信頼性を示す★印がついています； 3つ星：ChEBIチームが手作業で注釈付けを行ったもの。2つ星：ChEMBLチームまたはデータ提供者が手作業で注釈付けを行ったもの。1つ星：情報源から自動的に取得した仮エントリーで、手作業での注釈付けが行われていないもの。

ChEBI is a collection of data on entities of biological interest.
This database concentrates on assembling data on smaller chemical compounds, such as atoms, molecules, ions, radicals etc. These should be produced in nature or be synthetic molecules affecting biological processes in living organisms.
ChEBI does not generally include molecules directly encoded by the genome.
The database contains 31,651 entries with annotations.
A keyword search option is available.
In addition to this an advanced search option, which includes a structure drawing tool, is provided.
The ChEBI database can be searched individually or in combination with other databases.

かずさディー・エヌ・エー研究所
Kazusa DNA Research Institute
Chlamydomonas reinhardtii EST index
かずさDNA研究所で決定したクラミドモナスのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。
This database collects EST for Chlamydomonas reinhardtii, each with blastx analysis against the non-redundant protein database results.

Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics, Research Organization of Information and Systems
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
CIBEX
Center for Information Biology gene Expression database
CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGEDが提唱したMIAME互換標準フォーマットで記述されたデータを登録しています。
CIBEX is a repository of gene expression data from microarray-based experiments measuring mRNA, SAGE tags, and proteomic data from mass spectrometry. All included data meet MIAME standards.

CluSTr
Clusters of SWISS-PROT and TrEMBL proteins database
UniProtやIPIに登録されているタンパク質を関連のあるグループに自動的に分類したデータベースです。分類手法は、タンパク配列間のペアワイズ比較法に基づいています。

Max-Planck-Institut fur Entwicklungsbiologie
CORG
Comparative Regulatory Genomics
複数のゲノム配列で保存されている非コードDNA領域は、制御エレメントである可能性が高いと考えられます。そこで、10種類の脊椎動物の相同遺伝子の組の上流領域から、保存されている非コード領域を収集し、データベース化しました。保存領域はゲノムビューワで表示されます。

CSA
Catalytic Site Atlas
酵素の活性部位を集めたデータベースです。Protein Data Bank (PDB）番号やEC番号、Swiss-Prot番号で検索すると、目的の酵素の活性部位に関する情報と、配列上の活性残基の位置が表示されます。
The Catalytic Site Atlas (CSA) is a database that carries information on the active sites and catalytic residues of enzymes. This database contains manual notes produced during a study of applicable literature as well as a number of homologues obtained after applying a number of sequence comparison methods. A search option is available in which a PDB ID, UniProtKB ID or E.C. number may be entered to retrieve the information that is sought. The data provided by this repository may be downloaded in the form of a set of applicable MySQL tables.

Codon Usage Database

各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載されています。
CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank：ftp://ftp.kazusa.or.jp/pub/codon/current/) を拡張したウェブバージョンです。

The Codon Usage Database is an extended web-based version of CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank) and is used for exploration of codon usage within various organisms, chloroplast, and mitochondria. The database captures data from the NCBI-GenBank for 3,027,973 complete protein coding genes from 35,799 organisms. Users can search the database by organism with data expressed in tabular form: codon, frequency per 1000, number. In addition, the table can be modified to include the amino acid encoded by the codon.

CyanoBase
Genome database for Cyanobacteria
財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、シアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。2017年にリリースされた新バージョンでは370を超える種が収録されています。ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。各エントリのAPIの項目からは、その生物の様々なデータがダウンロードできます。
CyanoBase combines sequence data, NCBI taxonomy and KEGG genome information with social genome annotation and features derived from UniProt for 39 species of Cyanobacteria. Links to BLAST and KazusaMart allow users to search for related genes and genomes. Users can also explore curated Cyanobacteria mutant information, as well as global proteome, interactome, and transcriptome relationships.

CYORF
Cyanobacteria Gene Annotation Database
らん藻遺伝子に関する全世界の研究者の知識を集約した「コミュニティデータベース」です。らん藻の１種であるSynechocystis sp. PCC6803 の全ゲノム配列は1996年にかずさDNA研究所により決定され、その後、配列決定時には未知であった遺伝子機能が続々と解明されました。しかしながら、その情報は学術雑誌に出版され、PubMed データベースに登録されてはいても、配列データベースに全く反映されておらず、ゲノム解析やネットワーク解析に全く利用できない状況でした。そこで、らん藻遺伝子の機能アノテーションを目的としたデータベースを構築し、らん藻DNA チップコンソーシアムのメンバーを中心に我が国の多くのらん藻研究者と共同作業を行いました。Synechocystis ゲノム中に含まれるすべての遺伝子アノテーションを見直し、その1/3にあたる約1000の遺伝子について最新の情報をもとに再アノテーションを行いました。CYORF にはかずさが決定した他のらん藻ゲノムも含まれ、今後は米国などで決定されている多くのらん藻ゲノムも追加し、各らん藻の比較解析ができるようなシステムになっています。
CYORF is an interactive community database that allows registered users to both access and annotate available cyanobacteria genome data. The database provides reliable information regarding experimental data, sequences, and gene functions with corresponding citations.

Kyushu University Medical Institute of Bioregulation
九州大学 生体防御医学研究所
D-HaploDB (Archive)
D-HaploDB（アーカイブ）
Definitive Haplotype Database

全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造をゲノムブラウザー上に表示します。
九州大学生体防御医学研究所によるオリジナルサイト（http: //orca.gen.kyushu-u.ac.jp/）の運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからD-HaploDBをご利用いただけます。

D-HaploDB is a database of genome-wide definitive haplotypes that allows users to view SNP alleles, LD bins, and CNVs by sequence name, gene name, locus, or other landmark search query, with 1.7 million SNPs and 2,339 CNVRs determined with high-throughput array-based oligonucleotide hybridization techniques. The advantages of this technique include:
1. Haplotypes can be read directly from genotyping
2. CNVSs can be detected with higher signal-to-noise ratio
3. Heterozygous sites of overlapping CNVSs do not need to be resolved.

The Centre for Applied Genomics
Canada
カナダ
Database of Genomic Variants
A curated catalogue of structural variation in the human genome
Database of Genomic Variants is a repository that provides information about variations in structure in the human genome. The database offers information on genomic changes in DNA segments larger than 1kb as well as annotated insertion/deletion variations in a range of 100bp to 1kb. Only healthy samples were studied, which makes the results very useful to apply as controls in future related studies. The collection contains 101,923 entries. The number of CNVs identified is 6,6741 and inversions are 953. There were 34,229 InDels in the 100bp to 1kb range. Data concerning whole chromosomes can be retrieved. Keyword and Blast search options are also provided.
ヒトゲノムにおける構造多型を包括的にまとめたデータベースです。2005年に世界の5つの研究機関、企業が国際コンソーシアム（ヒトゲノム構造多型コンソーシアム）を結成し、多様な人種におけるコピー多型の全容を解明するプロジェクトを実施しました。その成果を本データベースで公開しています。プロジェクトの結果、約360Mbp、ヒトゲノムの12％以上という、従来考えられていたよりもはるかに広い領域にコピー数多型が見られ、これまで知られていたSNP に加えて新たな個人間のゲノムの多様性を生み出している可能性が示されました。様々な疾患、薬剤感受性に関連するものを含め約3000個の遺伝子が含まれており、いわゆる染色体異常をともなう先天性疾患だけではなく、生活習慣病、自己免疫疾患といったcommon disease（ありふれた病気）を含むヒト形質の個人差に広く寄与している可能性が示されました。

Database of the RNAi phenotypes for the 168 genes analyzed
This database comprises 168 Caenorhabditis elegans genes compiled to help users identify phenotypes affecting germline development. Each gene displayed a significantly stronger signal by differential hybridization than a forward-substracted cDNA pool enriched for cDNA derived from meiotic nuclei. Several clones have shown sterility phenotypes as assessed by RNAi analysis.
生殖細胞 (germ cell) は種の保存に必須である重要な細胞であるだけでなく、減数分裂という特殊な分裂形式を持ち、全能性や無限増殖能を秘めている極めて興味深い細胞です。しかしながら、生殖細胞の形成過程には多くの研究にも関わらず、未知の点が多く残されています。私たちは逆遺伝学を用いて、生殖細胞形成に関わる遺伝子を効率よく検索するアプローチを試みています。 cDNAプロジェクトによって得られた約7500のcDNAのうちから、生殖腺 (gonad) に特異的に発現する遺伝子約300を同定しました。これらのうち168について、RNAi法と呼ばれる逆遺伝学の手法によって線虫でその遺伝子の機能を阻害し、どのような異常が出るかを調べました。この結果、生殖細胞形成に必要な15の遺伝子を同定しました。胚致死等、不妊以外の表現型が認められたものは26ありました。

The university of Manchester
PRINTS
タンパク質のフィンガープリントを提供しているサイトです。Accession番号やPRINTS code、配列情報などで検索することが可能です。立体構造へのリンクや生物種間の配列比較を行うためのマルチプルアラインメントを閲覧することができます。
PRINTS Version 42.0 is a collection of motifs called 'fingerprints', because they are applied to define the character of protein families. To obtain these protein fingerprints the SWISS-PROT and TrEMBL databases were scanned repetitively. The motifs are usually located on the protein sequence as separate, but consecutive units with no overlaps. They are more effective in encoding protein folds and determining their function than are single motifs. The database contains 2,156 fingerprints and 12,444 single motifs. This repository can be search by means of entering an accession number, a PRINTS code, a database code, a sequence or by making use of the provided keyword search option. A Blast sequence search option as well as a BLOCKS search option is provided. This database was created on 2 February 2012.

DBGET Search
ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。

DBGET is an integrated system to help users search across an assemblage of major biological databases. The biological databases included are classified into five categories:
1. KEGG databases
2. Other DBGET databases
3. Searchable databases
4. Link-only databases
5. PubMed databases
Searches can encompass a specific database, database category, or include all available databases.

国立研究開発法人放射線医学総合研究所
National Institute of Radiological Sciences
dbProP
a Protein Polymorphism database
蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけではなく、スプライシング変化による多型にまで拡張して扱っています。そのため、領域SNPsだけでなくalternatively-spliced transcripts 情報 も収集・提供しています。
dbProP is a database for supporting research on protein polymophisms. It provides information on amino acid polymorphisms and splicing variants found in protein coding region. dbProP has collected all kind of polymorphisms that cause amino acid substitution thoroughly. It also contains data for SNPs candidates and splicing variants predicted from transcription sequence clusters. It allows to retrieve data with a variety of criteria such as gene name, protein motif, Unigene ID, gene database registration number, position on chromosome, absolute base range from a marker and source tissue.

dbQSNP (Archive)
dbQSNP（アーカイブ）
SNPs in the transcriptional promoter regions in human
dbQSNP is a database of SNPs to help users characterize regulatory mechanisms of genes with medical importance. The database collects and presents experimental data of SNP sequences and allele frequencies in the promoter regions by SSCP analysis. dbQSNP records can be easily searched by a BLAST-search against STS sequences found in the database or by keyword or chromosomal location.

遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K下流まで）に存在するSNPについて、配列情報やアレル頻度情報を掲載しています。SNPのタイピングと定量化は、独自に開発した定量SSCP解析によるものです。
九州大学生体防御医学研究所によるオリジナルサイト（http:// qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/）の運用は終了しました。dbQSNPのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

DBTBS
A database of transcriptional regulation in Bacillus subtilis containing upstream intergenic conservation information
枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。
The DBTBS database consists of experimentally validated data for Bacillus subtilis regulated genes and transcription factors to help users elucidate complete gene regulatory networks. Search tools allow exploration of intergenic conservation with homologous genes from Gram-positive bacteria and locations of specific motif sequences within the B. subtilis genome.

DBTGR
Database of Tunicate Gene Regulation
DBTGR collects information on tunicate gene regulation, including experimental data, reported gene activities, and identified regulatory elements present in promoter sequences. Users can search by organism name, tissue type, specific transcription factor, identified gene, or a genome region, to build an understanding of the regulatory systems underlying the developmental and physiological processes of vertebrates.
ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。

DBTSS
Database of Transcriptional Start Sites
ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA配列と、その配列から明らかになった転写開始点およびプロモーター領域の情報を公開しています。ゲノムビューワ上に、オリゴキャッピング法で同定されたcDNA領域、RefSeqやEnsemblで公開されている転写開始点、CpGアイランド、SNP位置が表示されます。
DBTSS provides precise positional information for transcription start sites (TSSs) of eukaryotic mRNAs. One characteristic of DBTSS is coverage of TSS information on a major part of human adult and embryonic tissues. To identify single nucleotide variations (SNVs) in the regulatory regions, TSS information are associated with public and original SNVs data. For example, this database includes RNA-seq data of subcellular-fractionated RNAs, ChIP Seq data of histone modifications and binding sites of RNA polymerase II / several transcription factors in cultured cell lines.

DDBJ
DNA Data Bank of Japan
欧州と米国の対応機関（EBIとNCBI）と密接に関係しながら、DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースを構築している三大国際データバンクのひとつです。
DDBJ, which is organized by NIG (National Institute of genetics), is one of the three databanks that constitute International Nucleotide Sequence Database (INSD). DDBJ shares new and updated data with EMBL and GenBank at any given moment, and Japanese researchers submit 99% of INSD data through DDBJ. It privides sequence data search systems such as getentry, ARSA, TXSearch and BLAST. Phylogenetic analysis is also available on the web by using sequence alignment program; ClustalW.

国立研究開発法人日本原子力研究開発機構
Japan Atomic Energy Agency
DeinoBase
Deinococci Genome Database
The DeinoBase database annotates open reading frames within the Deinococcus radiodurans genome to help users discover new DNA repair genes and gain a better understanding of the molecular basis for resistance to DNA damage. An additional goal of DeinoBase is to sequence whole genomes of other Deinococcus bacterial species for comparative genomics analyses.
放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、データベースに対してprotein/ORF searchやFasta searchを行うことが可能です。

Kyoto Institute of Technology Drosophila Genetic Resource Center
京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター
DGRC
Drosophila Genetic Resource Center
DGRC is the integrated retrieval system for Drosophila strains collected and maintained by NBRP 'Drosophila'. DGRC provides strain search system to input information such as genotypes, cytolocations, names of a species and phenotypes. This database also supplies chromosome maps that strains are mapped. Requests for Drosophila strains are available by using online contact form.
「DGRC」はショウジョウバエ系統の統合検索システムです。現在のところ、ナショナル・バイオリソース・プロジェクト「ショウジョウバエ」の事業担当機関（京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大学）で保存されている系統を一括して検索ができるようにしたデータベースです。検索には遺伝子型、細胞学的位置、種名などの項目が利用可能で、検索後、各系統維持機関への提供依頼もできます。

University of California
DIP
Database of Interacting Proteins
The DIP is a database of experimentally determined interactions between proteins. It contains protein pairs that are known to bind with each other at two amino acid chains. Each entry is curated, both, manually by expert curators and also automatically using computational approaches that utilize the the knowledge about the protein-protein interaction networks extracted from the most reliable, core subset of the DIP data. Each protein participating in a DIP interaction cross-references to, at least, one of the major protein databases - PIR, SWISSPROT and/or GENBANK. This database can be searched with node, BLAST, or text searches.
Yeast two-hybrid等の生化学実験によって決定されたタンパク質間相互作用のデータベースです。相互作用するタンパク質の情報の他に、相互作用マップを提供しています。相互作用マップでは、相互作用の信頼度によりエッジが色分けされています。

独立行政法人製品評価技術基盤機構
National Institute of Technology and Evaluation
DOGAN
a genome database of microorganisms sequenced at NITE
This is a database containing genomic information of 29 microorganisms. Sequencing of these microorganisms (2 Eukaryota, 4 Archaea and 23 Bacteria) was done by the National Institute of Technology and Evaluation (NITE) Full text, Advanced, Blast and Sequence searches are enabled. Genome data may be downloaded via FTP, but the site administrators request feedback outlining the work the information was used for in order for them to improve the database. All relevant posters, publications and patents acquired using information from this site have to clearly state that NITE is the source of information displayed.
NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。

大阪大学 蛋白質研究所
Osaka University Institute for Protein Research
eF-site
electrostatic surface of Functional-site
タンパク質の分子表面に関するデータベースで、分子認識機構の分析に有用な情報を提供しています。Protein Data Bankの構造について、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表面と合わせて表示しています。 PDBj (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00157) が提供するサービスの１つです。
eF-site is a database of molecular surfaces and electrostatic potentials for structures in the PDB that allows users to identify active sites and predict molecular recognition mechanisms to infer protein function. The molecular surfaces, with both electrostatic and hydrophobic properties, can be calculated for individual protein subunits, protein complexes, and/or dsDNA in protein-DNA complexes.

EGTC
Database for the Exchangeable Gene Trap Clones
EGTC is a mouse gene trap resource which allows users to find information on cell lines and mice with targeted genetic exchanges of over 1000 genes. Analysis is either via gene replacement or knockout techniques, and is geared toward developmentally relevant genes.
熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹立したマウス系統情報を掲載しています。各エントリーには、マウスゲノム上の位置、染色体番号、遺伝子名、トラップベクターおよび細胞株、5'-RACE法による塩基配列、ホモロジー検索結果、樹立マウスの情報、各種外部公共データベースへのリンクが含まれています。

EMBL-Bank
EMBL Nucleotide Sequence Database
欧州の核酸配列レポジトリで、個々の研究者やゲノム配列決定プロジェクトから提供される配列データの登録と配布を行っています。GenBank(米国), DDBJ(日本)と国際的なコラボレーションを行っています。
The European Nucleotide Archive (ENA) is a database that contains information about the structure and layout of nucleotide sequencing experiments. The content of such a workflow covers the input data, the data the machine delivers and the interpreted results. Text search and sequence search option are provided. ENA data can be downloaded through the ENA Browser in a variety of data formats.

Wellcome Trust Sanger Institute
Ensembl
ENSEMBL is a collection of automatically annotated genome databases for vertebrates and a number of eukaryotes, integrated with all other relevant biological data available. The repository covers data on gene annotation, microarray probeset mapping and comparative genomics among many other topics. Information may be downloaded by a variety of means: For small amounts of data, an export option is suggested. For larger amounts of data, an FTP site is provided from where a complete database may be downloaded in one of various formats, from flat files to MySQL dumps.
ゲノム解読された脊椎生物およびその他の主要な真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。

Search NCBI databases
PubMed、核酸、アミノ酸配列、発現データ、PubChem (生化学的な働きをする小分子)、タンパク質構造、解読が完了したゲノム、TaxonomyといったNCBIの主要な30以上ものデータベースに対して、テキストベースで統合的に検索できる情報抽出システムです。 また、データベース内の関連するレコードへのリンクや、そのレコードから他のデータベースへのリンク情報も提供しています。
This search engine combs for information from over 30 major databases at NCBI, including PubMed, nucleic acids, amino acid sequences, expression data, PubChem (small molecules with biochemical functions), protein structure, sequenced genomes, and taxonomy. The search engine provides links to the search results, as well as to other related databases.

RIKEN Tsukuba Institute
国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
ENU Mutants (A large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC)
理研GSC ENU誘発による大規模マウス突然変異体作製プロジェクトにおいて作製されたマウスラインと関連リソースを検索できます。プロトコルやプロジェクト情報も掲載されています。
The ENU mutants allows users to find mutant mouse lines. The program has performed a large-scale mutagenesis and screened several mice, categorized by morphological and behavioral phenotypes. Phenotypes can be searched by experiment or keyword and mutants can be ordered. An Oracle-based mutagenesis database is also available.

eProtS
Encyclopedia of Protein Structures
eProtS（タンパク質構造百科事典）は、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。日本語版と英語版を用意しています。
eProtS is a dictionary about protein molecules that are particularly important for biology with images of the protein three-dimensional structures. eProtS aims to support understanding the structures and the biological functions of proteins for non-specialists of protein structures. Proteins are classified according to the original (old version) eProtS, biological (cellular) functions or biochemical functions. This website also provides information about species, biological context, structure description, links to PDB entries and links to references.

Tokyo Institute of Technology Graduate School of Bioscience and Biotechnology
東京工業大学 大学院生命理工学研究科
Escherichia coli O157:H7 Sakai
腸管出血性大腸菌 O157:H7 Sakai株のゲノム情報データベースです。染色体やプラスミドの種々の情報検索や、関連論文の検索が利用できます。
This database provides a comprehensive resource about the E. coli O157:H7 Sakai genome, including a species-specific BLAST function, ORF, gene, rRNA, and tRNA location lists, O157:H7 Sakai plasmid sequences, comparative genomics, and an FTP system for bulk data download.

独立行政法人科学技術振興機構
Japan Science and Technology Agency
ECGB
Eukaryotic Comparative Genome Browser
Eukaryotic Comparative Genome Browser (真核生物比較ゲノムブラウザ)
この比較ゲノムブラウザでは、ヒトやチンパンジー、マウス、ラットなどの真核生物の比較ゲノミクス解析の結果を提供しています。比較ゲノミクス解析は、新規遺伝子の発見や、ゲノム進化についての新しい知見の蓄積に役立つ可能性があります。現在は提供を終了しています。

Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
国立研究開発法人海洋研究開発機構
Extremobase
海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションを公開しています。染色体マップ、タンパクコード遺伝子の基本情報、RNAのコドン使用頻度、tRNA、rRNA、挿入配列などが閲覧できます。他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報も掲載されています。
Extremobase is a database of genome sequences from various extremophiles. Complete genome sequences are available for seven species, and metagenome sequences are available for three additional conditions. For each sample, descriptive statistics are presented and users can search for ORFs or criteria such as molecular weight or length. Sequence comparison by BLAST is also supported.

EzCatDB
A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms
The EzCatDB database contains enzyme catalytic mechanisms. Data in the Protein Data Bank (PDB) are analyzed and classified in reference to the literature. Data are then organized and sets of data with enzyme information like E.C. number, information on the annotated ligand and active residues of PDB proteins, and catalytic mechanisms can be searched. There are also links to other databases such as, CATH, KEGG, PubMed, PDBsum, and Swiss-prot.
Protein Data Bank (PDB)に登録されている酵素の立体構造を情報源として、文献情報などに基づき、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各エントリーには、酵素番号(EC number)、PDB番号、触媒部位、リガンド情報、文献情報、触媒機構に関する情報、Swiss-prot, CATH, KEGG等の公共データベースのリンクが含まれています。

中央大学 理工学部
Department of Biological Sciences, Chuo University
FAMSBASE
Protein Structure Model Database
全自動ホモロジーモデリングソフトFAMS (Full Automatic Modeling System) を用いてモデリングされた277生物種のタンパク質構造モデルデータベースです。ヒトや新型インフルエンザタンパク質についてのデータの他、ヒト・ラット・マウスの3種や多様な生物277種から一度に検索できるページもあります。検索には遺伝子ORF、PDB ID、キーワードなどが利用できます。
RIKEN FAMSBASE is a genome-wide protein structure model database that contains a large number of protein models from many organisms, including databases human, rat, mouse, and also novel influenza (swine-origin influenza A/H1N1) proteins. It allows searches using gene(ORF) Name, PDB ID, Motif Name or Keywords.

Genetics Society of America
FlyBase
A Database of Drosophila Genes & Genomes
ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。
This database contains genetic information on Drosophila. It allows users to search using BLAST, GenomeBrowser or QuickSearch tool with taxonomical information and image-based data on the life-cycle stages of Drosophila. The information of Drosophila material resources are also provided.

University of Munster
FlyView
A Drosophila Image Database
ショウジョウバエの成長過程や遺伝情報、特に遺伝子発現パターンに関する画像データベースです。ショウジョウバエの主要データベースであるFlyBase (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00064 ) とも互換性を考慮しています。
FlyView is an image database of the development and genetics of Drosophila. It specializes in the expression patterns of cloned genes and enhancer trap lines. All images are annotated and these annotations may be entered into a search option to receive additional information. More than 3,700 pictures from 796 enhancer-trap lines are available. Options to search for pattern elements or stocks are present. A complete list of all lines available may also be retrieved. The creators of the database ask for as many contributions as possible to enhance the contents. This site is compatible with the main Drosophila database FlyBase.

The University of Tokyo The Institute of Medical Science
東京大学 医科学研究所
Full Length cDNA
完全長ヒトcDNAの配列データベースです。GENBANKフォーマット、FASTAフォーマットそれぞれをダウンロードすることが可能です。
This database of cDNA sequences allows users to download human sequences, with different compressed packages of full length or 5'-end single read sequences available.

Full-Malaria
Malaria Full-Length cDNA Database (Plasmodium falciparum)
FULL-malaria collects sequence and expression information on the major malaria strain Plasmodia falciparum as well as P. vivax and the murine viruses P. yoelii and P. berghei. Users can search sequences and chromosomes, and data can be downloaded. The site also has a phylogenetic comparison tool for various Plasmodia species and next-generation RNA-sequencing data from field samples, including both viral and human patient expression profiles.
ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)の完全長cDNAデータベースです。発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノム配列上にマップしています。TBLASTXを用いて、P.falciparumゲノムをテンプレートとするマラリア原虫間のタンパク配列相同性を解析した結果も登録されています。

Full-Toxoplasma
Toxoplasma Full-Length cDNA Database
This database features a genome browser for transcriptome analysis of Toxoplasma gondii, with original data produced by the oligo-capping method, namely, full-length cDNA clones and TSS sequences. Also, background information on toxoplasma, the construction of the toxoplasma full-length cDNA library and a BLAST search function are available. The database contains links to other full-length cDNA databases for parasites and anthropods.
トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされています。

GBIF Secretariat
Denmark
デンマーク
GBIF
Global Biodiversity Information Facility free and open access to biodiversity data
世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイトです。
GBIF (Global Biodiversity Information Facility) is a database of information on Biodiversity and its global effect. A network of countries across the globe has access to, and participates in supplying, information to the database. There are 38 countries that support the facility financially and are therefore members of the voting governing board. The database contains 396,026,747 indexed records and 10,004 sets of data provided by 464 publishers. It is imperative that the users of any data obtained by means of the GBIF Portal will always give credit to the original data publishers. A keyword search option is provided whereby the facility can be searched for information on a specific group of organisms of a specific country or as displayed in a specific set of data.

GDBS (Archive)
GDBS（アーカイブ）
Gene Diversity DataBase System
「遺伝子多様性モデル解析事業」において、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)はモデル疾患として選択した幾つかの多因子性疾患に関する遺伝子多型情報等を収集・解析し、疾患の原因となる疾患関連遺伝子を同定するまでの一連の実験・解析フローの確立を目指しました。 同時に、膨大な情報を管理して解析を進めるために必要なデータベースやソフトウェアを構築しました。 産業技術総合研究所のオリジナルサイトからのデータ提供は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからGDBSをご利用いただけます。
GDBS is the gene Diversity Data Base System. It provides genetic polymorphism information related to model diseases. This site includes two databases and seven (downloadable) analysis tools. The original site was retired, and it is available in NBDC Life Science Database Archive.

National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
GeMDBJ
Genome Medicine Database of Japan
The Genome Medicine Database of Japan (GeMDBJ) is an integrated database developed by the Study Groups of Millennium Genome Project (MGP), focusing on Alzheimer's disease, Cancer, Diabetes mellitus, Hypertension, Bronchial asthma and Pharmacogenetics (SGMGP). The database provides selected clinical and demographic data, SNPs (including those from JSNP and MGP) and expression profiles analyzed by Affymetrix geneChip. Much of the data is mapped to the human genome and can be visualized using a custom Genome Viewer. The GeMDBJ has now been closed. The main data are available in the Integrative Disease Omics Database（iDOx DB）( http://gemdbj.ncc.go.jp/omics/index.html ).

疾患ゲノムデータベースは、アルツハイマー病、がん、糖尿病、高血圧、喘息および薬理遺伝学（ファーマコジェネティクス）のためのミレニアム・ゲノム・プロジェクト（MGP)研究グループ（SGMGP）により構築された統合データベースです。特定の臨床・人口統計情報、JSNPやMGPにおいて発見されたものを含めた他のSNPsの多型情報、AffymetrixのGeneChipにより解析された発現プロファイルを公開しています。また、大部分のデータがヒトゲノム配列上に関連付けられ、「ゲノム・ビューア」上で見ることができます。
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所によるGeMDBJの公開は終了致しました。主なデータは国立がん研究センターの運用するIntegrative Disease Omics Database（iDOx DB）( http://gemdbj.ncc.go.jp/omics/index.html )へ引き継がれます。

GENA
Gene Name Dictionary
This site contains a dictionary of gene names (GENA). The dictionary can be searched for a gene, family or compound in the genome of one of 7 species, of which Homo sapiens is one.
遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけることができるデータベースです。データは、HUGO、OMIM、Genatlas、LocusLink、GDB、MGI、FlyBase、WormBase、CYGD、SGDから自動的に抽出されたものです。

Gene - NCBI
生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータのような遺伝子をベースとした情報を提供しています。
The gene database provides information on gene sequence, structure, location, and function for annotated genes from the NCBI database. Users can search by accession ID or keyword, compare and identify sequences using BLAST, or submit references into function (RIFs) based on experimental results. Bulk download and an update mailing list are available.

The GO Consortium
Gene Ontology
遺伝子オントロジー（Gene Ontology;GO）とは、生物学的概念を記述するための標準となる語彙を策定しようとするプロジェクトです。GOで定義された用語はGO Termと呼ばれ、Cellular component、Biological process、Molecular functionという3つのカテゴリーに分類されています。GOのデータは、非循環有向グラフ (Directed Acyclic Graph: DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて計算機上で記述することができます。 このサイトでは、GO Termや関連ツールの配布を行っています。
GO is a database which provides a controlled vocabulary of terms for describing gene product characteristics and gene product annotation data. It contains data of terms, definitions and ontology structure. The most recent version of the ontology and the annotation files contributed by members of the GO Consortium are available for download. The GO provides the AmiGO browser and search engine which are web browser-based access to the GO database.

Weizmann Institute of Science/Department of Biological
Israel
イスラエル
GeneAnnot
Microarray Gene Annotation
geneAnnot Version 2.2 is a database of probe-sets and genes and their relationship to each other. The content of this repository is collected by comparing individual probe sequences with available cDNAs and genes obtained from Ensembl, RefSeq and GenBank. The sequences of transcripts and their positions in the genome are identified with the help of the geneLoc system. Search options by probe-set, gene Symbol or geneCards ID are available.
AffymetrixのプローブセットHG-U95, HG-U133, HG-U133 Plus2.0のアノテーション情報を提供するデータベースです。プローブセットの情報はGeneCards geneとリンクしており、直接プローブ配列とGenBank, RefSeq, EnsemblのmRNA配列と比較することができるようになっています。

GENIES
Gene Network Inference Engine based on Supervised Analysis
マイクロアレイ発現データやゲノム上の位置情報などの多様なデータを統合して、遺伝子の機能ネットワークを推定します。
GENIES is used to predict functional associations between genes. The system can be used in a simple mode (default method and parameters) or an advanced mode (selected parameters). After specifying the organism, users can upload data files (tab-delimited text files of 'profile' for each dataset, or a pre-computed 'kernel matrix'). GENIES allows four different outputs: a pathway list, inferred list, search, and details.

奈良先端科学技術大学院大学
Nara Institute of Science and Technology
GenoBase
Integrated database of E.coli K-12 (W3110)
大腸菌K-12 (W3110)の生細胞システムを包括的に理解するためのデータベースです。大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトームの解析結果、変異株や転写制御に関する文献を収集し、提供している公共リポジトリです。ORFクローンや遺伝子破壊株、欠損株の提供も行っています。
GenoBase is a database on the complete system involving the living conditions of Escherichia coli K-12 (W3110). This public repository provides sequence information compiled in ORFs, as well as functions, DNA and amino acid sequences. Proteome and transcriptome information include 2-D protein maps, bioinformatics based on gene-clustering analysis, multivariate analysis of gene functions and gene networks help to infer the function of ORFs and their interrelationships. All available literature on E.coli K-12 has been incorporated here. Keyword Search quickly searches all fields while Search/Clip provides information on gene, position and DNA sequence.

Kitasato University Kitasato Institute for Life Sciences
北里大学 北里生命科学研究所
Genome Project of Streptomyces avermitilis
抗寄生虫剤エバーメクチンを生産する放線菌Streptomyces avermitilisの全ゲノム配列と、さまざまなアノテーションが掲載されています。配列情報、物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、二次代謝産物、種特異的遺伝子、コドン使用頻度、16S rRNAによる系統樹などが表示されます。
This is the complete genome sequence of the industrial microorganism Streptomyces avermitilis known for producing avermectins, a group of antiparasitic agents, and also called Streptomyces avermectinius MA-4680T(= NBRC 14893T). Physical maps, KEGG pathway analyses, lineage trees based on 16S rRNA, etc. are also available.

Yamaguchi University Faculty of Science
山口大学 理学部
GON
Genomic Object Net Pathway Database
GON is a software platform for biological pathway modeling and simulation. It is based on two architectures, hybrid functional Petri net (HFPN) and XML technology. Pathway models of HFPN are also explained in detail. Petri nets provide a method of describing concurrent systems for manufacturing systems and communication protocols and representing biological pathways graphically. Petri Net Pathways includes IL-1,G-protein and TPO signaling pathways as well as a new pathway model of p53 and related genes.
Genome Object Net (GON) は、生体パスウエイのモデリングやシミュレーションのためのソフトウェアプラットフォームで、hybrid functional Petri net (HFPN)とXML技術を基本としています。本サイトでは、HFPNのパスウエイモデルを詳細な説明情報とともに提供しています。

GEO
Gene Expression Omnibus
マイクロアレイや次世代シーケンサー、メチル化、その他、高スループット実験で得られた機能ゲノムデータを登録、公開、配布しているレポジトリサイトです。登録データの実験情報の記述内容はMIAME（Minimum Information About a Microarray Experiment)形式で統一されており、専門家によって精査されています。サンプル名や解析プラットフォーム名、生物種、実験内容等、各種キーワードで目的のデータを検索することができます。生データの配布も行っています。GEO DataSetsでは、データ投稿者が提供したレコード情報（サンプルやプラットフォーム情報等）とキュレートされたデータセットを提供しており、GEO ProfilesではGEO DataSetsから得られた遺伝子発現プロファイルを提供しています。
This is a public data repository of functional genomics data obtained through microarrays and sequencing. Records are carefully examined by experts and standardized to comply with Minimum Information About a Microarray Experiment (MIAME) standards. The data can be searched by sample name, analysis platform, organism, assay details, and keywords. Raw data can also be downloaded from the database.

Universite de Rennes
フランス
France
GermOnline

GermOnline 4 is a unique microarray expression database across various species.
It focusses on gametogenesis, mitosis, meiosis and germline development.
It contains information on high-throughput expression data collected with geneChips as well as protein-protein interaction data and protein-DNA binding data obtained from in vivo experiments.
Sample annotations and genome annotation information are provided.
Data on orthologs is also available.
The species covered are, among others, Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus and Saccharomyces cereviciae.
A keyword search option is offered by entering a gene symbol, a database identification number or the Ensembl identifier into the search field.

GermOnlineは、生殖系列発生、減数分裂、配偶子形成、有糸分裂細胞周期に着目した異種生物間のマイクロアレイ遺伝子発現データベースです。(1)GeneChipデータ、(2)Multiomics Information Management and Annotation System (MIMAS)を用いたサンプルアノテーション、(3)DNA-タンパク質結合データおよびタンパク質相互作用データ、(4)Ensemblによるゲノムアノテーション情報、(5)EnsemblおよびOrthologs Matrix Project (OMA)のデータを用いて定義したオルソログ情報が含まれています。

京都大学 大学院理学研究科
Kyoto University Graduate School of Science
Ghost Database
Ciona intestinalis genomic and cDNA resources
The Ghost database provides genomic DNA and cDNA resources for Ciona intestinalis. genes encoding transcription factors that regulate processes like development can be identified to provide molecular information on complex developmental processes and insight into chordate evolution. Genome Browser and BLAST search for genomes, EST and shotgun reads are provided.
カタヤユウレイボヤ（Ciona intestinalis）のゲノムDNAおよびcDNAが登録されています。ゲノムブラウザの利用やBLAST検索の実行、発生ステージごとの遺伝子発現パターンの検索などが可能です。BLAST検索は、ゲノムやEST、ゲノムショットガンリードのデータベースに対して行うことができます。

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
GIB
Genome Information Broker
既に公開されている微生物ゲノムに対して、付加されている生物学的情報や配列を検索、取得できるデータベースシステムです。古細菌、真正細菌、数種類の真核生物のデータが登録されています。

Gifu International Institute of Biotechnology
岐阜県国際バイオ研究所
GiiB-JST mtSNP
Human Mitochondrial Genome Polymorphism Database
ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース (human mitochondrial genome single nucleotide polymorphism database)
このデータベースは、ヒトミトコンドリアゲノムの全塩基配列の解析に基づき、ミトコンドリアゲノムに分布する多型と、多型の相互連鎖、疾患との関連、多型の機能的相違に関する総合的情報を提供しています。
GiiB was a research and development core institute of biotechnology in Gifu prefecture, and it was closed down in 2012. GiiB-JST mtSNP contains the entire mitochondrial DNA sequences of human and mitochondrial SNPs (mtSNPs) data associated with age-related conditions and energy metabolism. The main content of GiiB-JST mtSNP is information about mtSNPs of individuals belonging to 7 different groups; centenarians, patients with Parkinson's disease, patients with Alzheimer's disease, young obese males, young non-obese males, and type-2 diabetes patients with or without severe vascular involvement. This database provides mtSNP search systems such as alignment programs and secondary-structure prediction data to evaluate the functional differences among sets of mtSNPs.

京都大学 大学院薬学研究科
Kyoto University Graduate School of Pharmaceutical Sciences
GLIDA
GPCR-Ligand Database
GLIDA is a GPCR-Ligand Database. The superfamily of G-protein coupled receptors (GPCRs) is a large class of cell surface receptors that regulate various cellular functions and are important targets for modern drugs. The functions of some GPCRs have not been identified, and this database is useful in GPCR-related drug discovery. The GLIDA web interface has a GPCR search page and a ligand search page, each with a classification menu and a keyword search. Starting either from a GPCR or a ligand, biological and chemical information can be searched as well as crossover between them.
Gタンパク質共役受容体(GPCR)は、細胞外の化学的情報を細胞内に伝達する機能を有する膜タンパク質であり、創薬標的として最も注目されている遺伝子ファミリーの１つです。200以上のヒト由来GPCRが結合するリガンドが不明な「オーファン」として残されています。これらのリガンドを明らかにし、その生理機能と作用機構を解明すれば、全く新しい作用を持った薬の開発につながる可能性があると考えられます。GLIDAは、GPCRに関連した創薬探索やGPCR及びリガンド情報を求めている人たちのために開発されたデータベースです。GLIDAは以下の特徴をもちます; 1. GPCRに関する生物学的知見及びリガンドに関する化学的情報をカバーした高度検索システム、2. GPCR及びリガンドそれぞれの検索機能、3. GPCRとリガンド間の相互検索。

Pennsylvania State University
Globin Gene Server
哺乳類βグロビン遺伝子群の配列や実験結果を収めたデータベースです。自然におこるヒトヘモグロビンの変異とその影響、βグロビン遺伝子クラスターの調整に関する実験データについての情報が含まれており、その他、配列を比較するためのソフトウェアツールが使用できます。
This database contains experimental data on mammalian β-globin gene clusters and sequences. Users can find information on the effects of spontaneous mutations of the human hemoglobin gene as well as experimental data on the regulation of β-globin gene clusters. Additionally, users can use online tools to compare sequences.

Ritsumeikan University
立命館大学
GlycoEpitope
抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。
Glyco epitopes are carbohydrate antigens involved in various physiological functions such as cell to cell recognition, fertilization, and blood hormone regulation. This database provides information on the glyco epitopes and antibodies that have been used to analyze their expression. The glycol epitopes are linked to their antibodies, as well as to the original manuscripts on the internet.

Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture
GrainGenes
A Database for Triticeae and Avena
Graingenes provides information on wheat and barley research. Users can browse through class data such as references, authors, genes, polymorphisms, proteins, and sequences. Each record is linked to associated databases and web resources. Users can also use BLAST, CMap, and GenomeBrowser.
GrainGenesは様々なクラスの内容を検索することができます。クラスは研究に携わっている論文著者名、遺伝子名、文献、多型情報、タンパク情報、配列情報等があります。その他にもBLASTやCmap,GenomeBrowserを使用することができます。

GTOP
Genomes TO Protein structures and functions
GTOP is a integrated database of information on structures and functions of proteins identified by various genome projects. This database, which mainly uses sequence homology analyses, features information on 3D structure of proteins predicted by Reverse PSI-BLAST against PDB. Functional prediction is mainly performed by BLAST search against Swissprot. Results of analysis contains information on protein motifs, family classification, prediction of domains (transmembrane helix and coiled-coil) and repetitive sequences.
ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースです。配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析 (PROSITE)、ファミリー分類 (Pfam)、膜貫通ヘリックス予測 (SOSUI)、コイルドコイル予測 (Multicoil)、繰り返し配列解析 (RepAlign)の結果が収録されています。

国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
National Agriculture and Food Research Organization
GTOP (Rice version)
国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通ヘリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。

H-ANGEL
The Human Anatomical Gene Expression Library
The Human Anatomical gene Expression Library, H-ANGEL database, is a resource with information on human gene expressions. The human gene expression data can be displayed across 40 distinct tissues and different platforms. Two query interfaces are available: With ' H-Inv Locus Search for gene Expression ', gene expression patterns associated with a particular locus can be retrieved across different tissues and platforms using related identifiers e.g. HIX (H-Inv locus ID), ACC_NO (Genbank ID), Unigene ID, LocusLink ID, OMIM ID, Definition (Genbank), and Product (Genbank). With Expression Pattern Search, a specific expression pattern can be identified across ten tissue categories, and all loci within H-Angel that match the pattern defined by the user can be retrieved.
ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示し,遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。

H-InvDB
H-Invitational Database
H-InvDB is the H-Invitational Database, which integrates human DNA sequences and the proteins for which they carry the production code. Detailed structures of these genes, as well as variations are provided. Indications of where they are located, grouped together and expressed physiologically are also given. An extensive array of views, listing the content under a variety of headings is present. Various search methods are offered e.g. by entering a keyword (simple) or a sequence (Blast). An advanced (more specific) search option is also available. The site can be utilised with the REST application (send request, receive response) as well as the SOAP (send message with search parameters, receive an XML-formatted document) method.
H-InvDBはヒトのすべての転写産物を対象とした統合データベースです。ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアント、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、細胞内局在、代謝経路、立体構造、疾病との関連、遺伝子多型（SNP、マイクロサテライト等）、 遺伝子発現プロファイル、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用(PPI)、遺伝子ファミリー などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。

HAL
Human genome Annotation Library
ヒトゲノムに潜む遺伝子を発見する信頼性の高いコンピュータアルゴリズムを開発し、それを利用してヒトゲノムに潜む遺伝子の位置と構造、その機能などの注釈情報を取得しました。その成果をデータベース化しています。

HarvEST
大麦、ヤマカモジグサ属、ミカン属、コーヒー、ササゲ、バナナ、オオバコ、ダイズ、イネ、小麦のEST配列を提供しています。各生物種の配列や関連する遺伝子情報は、専用のソフトウェアをそれぞれダウンロードして閲覧します。
HarvEST is a database and viewing tools for EST in the following organisms: Barley, Brachypodium, Cassava, Citrus, Coffee, Cowpea, Musa (banana/plantain), Soybean, Rice, Wheat. This database contains all EST sequences which have been quality trimmed, cleaned of vector, and assembled using CAP3 with quality values. It includes an ACE file viewer that allows the user to examine the sequence alignment and readily determine where individual sequences reliably deviate from a consensus sequence, including SNPs. Key features of HarvEST include: a choice of assemblies, sequence alignment viewing, synteny displays (available only in Windows versions), archived BLAST hit information, unigene export, Boolean searching with user-defined quantitative settings, and various other searching, reporting and export functions. The unigene export feature is able to be applied to entire assemblies, individual libraries, or any combination of libraries.

Hepatitis Virus Database
肝炎ウィルス (B型、C型、E型）の各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、全遺伝子配列を対象にした系統樹、アライメント、距離行列を掲載しています。ユーザ登録が必要なアカウントモードと、フリーで閲覧できる（データに制限あり）非アカウントモードに分かれています。
The Hepatitis Virus Database includes all HCV/HBV/HEV/HAV/HAD entries from the latest release of the DNA Data Bank of Japan, arranged both from genomic location and phylogenetic relation. Map information and a reference map can be accessed from individual virus databases, and data sets consisting of full annotated data, nucleic acid sequences or amino acid sequences can be obtained. The 'account mode' can be used to make private divisions of obtained data.

Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
長浜バイオ大学
Het-PDB Navi
A navigator of small molecules in Protein Data Bank which is called heterogen atoms or in short hetatoms
Het-PDB Navi is a database of heterogen molecules in the Protein Data Bank (PDB), which act as cofactors for enzymes or stabilizers of proteins. Entries can be surveyed to study their interactions statistically. Searches can be performed based on PDB code, hetero-atom code, protein name or hetero-atom name. Help with the use of the RasMol application is also provided.
タンパク質の立体構造がどのような低分子（ヘテロ原子）との共結晶で決定されているかを知ることを目的に、Protein Data Bank (PDB)にエントリーされているタンパク質と低分子の相互作用を収集したデータベースです。PDBに最も多く含まれている低分子は、カルシウム、亜鉛、マグネシウムなどの金属イオンであり、その次に糖分子やヌクレオチドが多く含まれています。これらの低分子は酵素の補因子として働いたり、タンパク質の構造安定化に寄与しています。

Institute of Medical Genetics in Cardiff
HGMD
The Human Gene Mutation Database
HGMD is a integrated database of germ-line mutations which are underlying or associated with human inherited disease in nuclear genes. This database contains all germ-line disease-causing mutations and disease-associated/functional polymorphisms reported in the literature. Furthermore, it includes the data about single base-pair substitutions in coding (e.g. missense and nonsense), regulatory and splicing-relevant regions of human nuclear genes, micro-deletions and micro-insertions, indels, repeat expansions, as well as gross gene lesions (deletions, insertions and duplications) and complex gene rearrangements. These data are provided in a readily accessible format to all interested parties, whether they are from an academic, clinical or commercial background.
このデータベースは、ヒト遺伝病の原因核遺伝子と遺伝病関連遺伝子の生殖細胞における変異情報を網羅的に収載しています。

HGS
Human Genome Sequencing
高機能基盤生体データベース (ALIS) プロジェクトの配列データを提供しています。JSTと4つのシークエンシングチームが7染色体を対象としてシークエンシングを行いました。染色体マップとシークエンシングデータは、表中の染色体名または染色体内の領域名を選択すると表示されます。

HINTdb
Homologous Interactions Database
HINTdb contains protein-protein interactions experimentally determined by IntAct, BioGRID and HPRD. Homologous interactions are identified by PSI-Blast and orthologous and paralogous interactions by KEGG Orthology. The InterPro database is used for domain information on the proteins, and gene ontology terms are those of the GO database. The user can select interactions of a particular protein and view homologs of the interaction.
実験的に決定したタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。配列相同性を元にグループ化されています。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち87,026件の相互作用にはホモログが存在します。Swissprot ID、PDB ID、Entrez gene ID、遺伝子名やキーワードで検索できます。

Los Alamos National Secutiry, LLC
HIV DATABASES
このデータベースはヒト免疫不全ウィルスの塩基配列、エピトープ、薬剤耐性変異、ワクチンの臨床試験に関する情報が含まれています。
This database contains information on human immunodeficiency virus (HIV) genetic sequences, epitopes, drug resistance-associated mutations, and clinical trials data for vaccines.

HomoloGene
In Homologenes, users can find automatically constructed homologous gene sets from the full-length genome sequences of a wide range of eukaryotic species, as well as mRNA and protein sequences.
全ゲノム配列が決定された20種類の真核生物の間で自動的検出したホモログ遺伝子のセット、およびmRNAやタンパク質の配列データを提供しています。他の生物種のUniGene配列でホモログの可能性があるものも表示されます。

HOWDY-R
Human Organized Whole genome Database Powered by RDF
HOWDY-R (Human Organized Whole genome Database Powered by RDF) is a database for retrieve human genome information in different data sources that are available to public. The information you could find here is automatically extracted from the genetic databases and shown with all data having the identifiers in common and linking to one another. HOWDY-R facilitates obtaining information of human genes by using official symbols and aliases.

ヒトゲノム情報に関する公共データベースを相互に関連付け、それらを統合的に利用できるようにしたヒトゲノム情報統合データベースです。キーワードで検索すると、キーワードを含む各データベースの項目が相互に関連づけられて表示されます。
科学技術振興機構 (JST) で推進しているALIS (Advanced Lifescience Information System) プロジェクトに関する成果と世界で公開されている主な公共データを相互に関連付けたヒトゲノム情報の統合データベース HOWDY (http://howdy.biosciencedbc.jp/HOWDY/top_ja.pl) の後継サイトです。

Institute of Bioinformatics
インド
India
HPRD
Human Protein Reference Database
HPRD (Human Protein Reference Database) version 9 is a manually curated, fully GO compliant protein database. The repository contains 30,047 protein entries, 41,327 protein-protein interactions and 93,710 posttranslational modifications. There are 112,158 occurrences of protein expression, 22,490 of subcellular positioning and 470 domains are identified. All the information in HPRD, including features of proteins such as post-translational modifications, tissue expression, subcellular localization and protein-protein interactions, may be downloaded as XML and FLAT files. Permission is, however, necessary before this may be done. The database can be browsed by selecting a protein, domain, motif, PTM or localization class of interest from a list that is provided. A Blast search option is available by entering a nucleotide or protein sequence.
ヒトタンパク質に関して、タンパク質名、各種DBのAccessionNumber、HPRD_ID、GeneSymbol、染色体位置、分子分類、翻訳後修飾、局在情報、ドメイン名、モチーフ名、発現位置、タンパクの配列長、分子量、疾患名などで検索することが可能です。その他にもBLASTによる塩基、アミノ酸配列検索が使用できます。

HUGE
A Database of Human Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Human cDNA Project
The HUGE database is published by the Kazusa DNA Research Institute based on the results of its Kazusa Human cDNA Project to sequence and analyze long (>4 kb) human cDNAs and establish methods to predict the primary structure of proteins with various biological activities. Information on the predicted primary structure of newly identified human proteins that may be involved in cellular structure/motility, gene expression and nucleic acid metabolism, cell signaling/communication, etc. is available.
財団法人かずさDNA研究所では、巨大タンパク質をコードすることが予想される4,000塩基以上のヒト長鎖cDNAの構造情報を蓄積してきました。長鎖cDNAがコードするマルチドメイン構造を持つタンパク質が生物学的に重要な働きをしていると推測したからです。現在までに新しく発見した約2,000種の新規ヒト遺伝子にKIAA番号を付して公的データベース登録し、本データベースで情報公開と遺伝子の配布を行っています。

CNRS (The National Center for Scientific Research)
Montpellier University, Montpellier
IMGT
IMGT, the international ImMunoGeneTics information system
免疫グロブリン(IG)、Ｔ細胞レセプター(TR）、主要組織適合性遺伝子複合体（MHC）、免疫グロブリン超分子群、主要組織適合複合体スーパーファミリー、免疫システムに関連するタンパク質に特化した知識リソースです。ヒトやその他の脊椎動物、無脊椎動物の情報が含まれています。配列データベース群、ゲノムデータベース、構造データベースから構成されています。
IMGT is a database that offers information on immunogenetics and immunoinformatics. This repository focuses on T cell receptors, immunoglobulins and major histocompatibility of humans and other vertebrates. Information on vertebrate and invertebrate proteins related to the immune system are also covered. The IMGT repository contains a series of databases namely for genome, structure, monoclonal antibodies and sequence. A number of interactive tools like IMGT/V-QUEST, IMGT/Phylogene and IMGT/Allele-Align are available. Access is also provided to 10 IMGT Web resources, of which a few are The IMGT Medical page, The IMGT Biotechnology page, IMGT Scientific chart and The IMGT Immunoinformatics page. A keyword search option is available.

IMGT/HLA Database
このデータベースはヒト主要組織適合遺伝子複合体の配列情報とWHOの命名委員会の公式配列情報を提供しています。このデータベースはIMGT(the International ImMuno GeneTics project)の一部です。
IMGT/HLA is a database that specializes in the human major histocompatibility complex and its sequences. There are 8,949 allele sequences that are available, and of them, 6919 are HLA Class I Alleles, 1,875 are HLA Class II Alleles and 155 are other non-HLA Alleles. Information about the source material, from which the sequences were obtained, is provided in detail. Authors of publications regularly check their data against IMGT/HLA first to ascertain the official name of their sequence to avoid confusion due to multiple names for the same product. An IMGT/HLA Alignment Tool is provided as well as protein and nucleotide Blast search options.

東京大学大学院 医学系研究科
The University of Tokyo Graduate School of Medicine
INOH Pathway Database (Archive)
INOH Pathway Database （アーカイブ）
Integrating Network Objects with Hierarchies Pathway Database
INOH provides information on the molecular pathways in humans, mice, rats and other organisms. This data is collected from literature and the pathway describing terms used are also linked to at least two additional databases, namely SWISS-PROT and gene Ontology (GO). Both these links were tested and found to work well. The data (new as well as archived) and pathways themselves can be downloaded to personal computers for later use.

ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの高次機能情報をオントロジーを使ってデータベース化しています。文献から手作業で抽出したパスウェイ情報を格納しています。
東京大学大学院によるオリジナルサイト (http ://inoh.hgc.jp/) の運用は終了しました。INOHのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

InterPro
Integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites
EBI によるタンパク質のファミリー分類、ドメイン、機能サイトに関する記述を収集した統合データベースです。UniProtやPROSITE、PANTHER、ProDom、SMARTなどタンパク質の特性を収録している複数のデータベースを集結し、様々なレベルでのタンパク質の特徴を提供しています。InterProScanを用いて、ユーザが入力した配列から機能ドメインや構造ドメインを検索することができます。
InterPro is a database that analyses proteins functionally and classifies them into families as well as predicts their domain and sites in the genome. This repository harvests its content from a large number of related databases and consolidates its findings into a single searchable resource avoiding the occurrence of redundant entries. InterPro aims to update their content every 8 weeks. A keyword search is available and an option is provided where a protein sequence can be entered for analysis.

Georgetown University Medical Center
iProClass
Integrated Protein Knowledgebase
The iProClass database integrates protein information from a variety of sources. The database connects information from several different common web databases and provides users a report including ontology, sequence, structure, gene family, and literature links. Users can search using keywords or IDs from any of the linked databases.
UniProtKBおよびUniParc登録タンパク質に対し、タンパクファミリー、機能、パスウェイ、相互作用、構造、構造分類、遺伝子、ゲノム、オントロジー、文献、生物種などを含む90種類以上の生物学データベースのリンク付けを行っているデータベースです。データウエアハウスとハイパーテキストナビゲーション手法を組み合わせて、多数のデータベースのリンク情報を統合したデータを提供しています。

The University of Tokyo Institute of Molecular and Cellular Biosciences
東京大学 分子細胞生物学研究所
J*FLY
data depository for Drosophila researchers

Jfly consists of following 3 contents to support Drosophila researchers.
1. Jfly mailing list seivice is the membership system to exchange information on Drosophila research, and it forwards the mail magazine of bionet.drosophila newsgroup to Jfly members.
2. Jfly homepage is a database that stores back issues of mail magazine, protocols, the address book of researchers and information on stock lists of Drosophila strains. Some contents are only available in Japanese.
3. FlyBrain is atlas and database for anatomical images of the Drosophila central nervous system.

Jflyでは、ショウジョウバエを中心とした研究を促進する3つのサービスを提供しています。
（１）会員制メーリングリストサービス：ショウジョウバエ研究に関連する情報を交換するメールリストと、bionet.drosophila ニュースグループ記事のメールでの転送を行います。
（２）Jflyホームページ：ショウジョウバエ関連情報（特に日本語の情報）を集積・公開するデータベースを提供しています。
（３）FlyBrain ホームページ：ショウジョウバエ中枢神経系を中心とした画像データベースです。投稿も受け付けています。

JDD
Japan Drosophila Database
JDD is an introductory database on genetics and taxonomy of Drosophila. JDD stores images of wild-types and mutants, cytological maps, information on taxonomy of Drosophilidae and proteome atlas with search function. This database provides search systems of gene symbols, species name and taxonomic references. English page of each content is not constructed, and the home page of JDD provides only links to the Japanese pages.
ショウジョウバエ遺伝学のデータベースです。遺伝子一覧表示、唾液染色体のバンドの地図、体の部位の名称、ショウジョウバエ科の生物の紹介、系統分類に重要な文献の検索、2次元電気泳動によるプロテオーム解析結果が収録されています。ショウジョウバエ各部の形態的特徴とその名称の調査、検索システムは特に優れています。

地方国立研究開発法人東京都健康長寿医療センター
Tokyo Metropolitan Geriatric Hospital and Institute of Gerontology
JG-SNP
老年病SNPデータベース
A Database of Japanese Single Nucleotide Polymorphism for Geriatric Research
東京都老人医療センターで収集された、老年病患者の臨床診断、病理診断、遺伝子多型データをデータベース化したものです。高齢者に特有な疾患と遺伝子多型性との関連に関する研究成果を広く役立てるために構築され、公開されています。
JG-SNP is a database for accurate medical information and SNPs associated with geriatric diseases. This database contains information on clinical and pathological diagnoses, autopsy findings and SNPs kept by Tokyo Metropolitan Geriatric Hospital. Correlation between genetic polymorphisms and geriatric diseases can be searched by SNPs data and diagnoses, respectively.

JMSR
Japan Mouse/Rat Strain Resources Database
JMSR is constructed by the genetic Informatics Laboratory, National Institute of genetics (NIG) as a database of mouse and rat strains stocked in Japan. JMSR covers almost all the bioresources of mice and rats available in Japan including frozen embryos, frozen sperm, organs and ES cells. This database provides a query form to cross-search databases of 10 stock centers for the strains. A link in each search result shows detailed information on a request for the bioresource.
JMSRは国内の入手可能なマウス・ラットリソースのほぼすべてを対象として検索できるデータベースです。本データベースを使って希望するリソースを探し出すと同時に、そのまま提供元の機関にアクセスして注文することができます。データは各機関の協力により定期的に更新しています。

The institute of medical science, The University of Tokyo
JSNP (Archive)
JSNP（アーカイブ）
Japanese Single Nucleotide Polymorphisms

日本人の持つ約19万7000の一塩基多型（SNPs）データにアノテーション（遺伝子情報、位置情報、アミノ酸置換情報等）を付加して公開しているデータベースです。
東京大学医科学研究所によるオリジナルサイト（http:// snp.ims.u-tokyo.ac.jp/index.html）の運用は終了しました。JSNPに掲載していた「Genotype頻度データ」は、国立研究開発法人科学技術振興機構のNBDCヒトデータベース（http://humandbs.biosciencedbc.jp） からダウンロード頂けます（NBDC Research ID: hum0014）。また、JSNPオリジナルSNP（「JSNP data FASTA files」記載の多型）の関連データは、生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

JSNP is a database consisting of common gene variations found in the Japanese population. In 2002, it was released information related to 190,562 genetic variations. The original database has been retired. The Genotype frequency data are available in NBDC Human Database (http://humandbs.biosciencedbc.jp/en/), and the JSNP original SNP data in 'JSNP data FASTA files' are available in Life Science Database Archive (https://dbarchive.biosciencedbc.jp/index-e.html).

KEGG BRITE
Functional hierarchies and binary relationships of biological entities
The KEGG BRITE database contains functional hierarchies and binary relationships of biological entities, and includes many types of relationships. KEGG BRITE maps large-scale molecular datasets in genomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics to BRITE functional hierarchies, and allows biological interpretation of higher-level systemic functions.
生命システムを様々な観点から機能分類し、階層的に表現したデータベースで、文献等から手作業で作成されています。「パスウエイ・オントロジー」、「遺伝子・タンパク質」、「病気・医薬品」、「化合物・化学反応」、「生物種・細胞」について、階層的な分類が表示されます。

KEGG EXPRESSION Database
ラン藻Synechocystis PCC6803、枯草菌、大腸菌W3110 株、窒素固定ラン藻アナベナ PCC7120、その他、日本の研究コミュニティが寄与した生物種の遺伝子発現プロファイルデータのレポジトリです。
The KEGG EXPRESSION database provides microarray gene expression profile data for Synechocystis PCC6803 (syn), Bacillus subtilis (bsu), Escherichia coli W3110 (ecj), Anabaena PCC7120 (ana), and other species from the Japanese research community.

KEGG LIGAND Database
Molecular building blocks of life in the chemical space
生体機能と関連する化合物と反応に関する情報を収めたデータベースです。分子量や構造などの化合物そのものの情報の他に、化合物が関連するKEGG PATHWAYへのリンクが含まれています。KEGG COMPOUND, GLYCAN, REACTION, RPAIR, RCLASS, ENZYMEのデータベースから構成されます。
The KEGG LIGAND database is a composite consisting of COMPOUND, GLYCAN, REACTION, RPAIR, RCLASS, and ENZYME databases. The primary database is relational, and the KegDraw interface is used to generate the secondary DBGET database. Chemical structure search includes SIMCOMP and SUBCOMP with which the query compound is partially or fully matched, respectively, and a similar glycan structure search. Reaction search and prediction is also available.

KEGG PATHWAY Database
Wiring diagrams of molecular interactions, reactions, and relations
The KEGG PATHWAY database has manually drawn pathway maps that represent molecular interaction and reaction networks for the following: Global Map, Metabolism, genetic Information Processing, Cellular Processes, Organismal Systems, Human Diseases and also structure relationships in Drug Development. By using KEGG PATHWAY mapping, molecular datasets can be mapped for the biological interpretation of higher-level systemic functions.
代謝、様々な細胞プロセス、ヒト疾患などに関する分子ネットワークの知識を表現したパスウェイマップを収録しています。マップは文献等から手作業で作成しています。

KEGG SSDB Database
Sequence Similarity Database (Orthologs/paralogs, conserved gene clusters, and sequence motifs)
KEGG GENES データベースをもとに、完全ゲノム配列決定されている全生物種を対象としてそのアミノ酸配列の類似性スコアがデータベース化されています。
The KEGG SSDB (Sequence Similarity DataBase) organizes amino acid sequence similarities among all protein-coding genes in complete genomes computationally generated from the geneS database in KEGG. Using the SSEARCH program, all possible pairwise genomes are compared and gene pairs with a Smith-Waterman similarity score of 100 or more are entered into SSDB together with the information on best hits and bidirectional best hits (best-best hits). SSDB is a weighted and directed graph that can be used to search orthologs and paralogs, and conserved gene clusters, taking positional correlations on the chromosome into consideration.

KOME (アーカイブ)
KOME (Archive)
Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia
This site contains information on full-length cDNA from rice, classified into approximately 28,000 groups of clones, and part of the 'rice full-length cDNA' project to construct a full-length cDNA library from stressed tissues. It includes not only the nucleotide sequence and encoded amino acid sequence information, but also the results of the homology search with public databases, mapping information, pattern of alternative splicing, protein domain information, transmembrane structure, cellular localization, and gene function by gene Ontology. The original site (http: //cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/) has been closed. KOME is available from LSDB archive site.
「イネ完全長cDNAプロジェクト」において、日本晴イネ由来の各種組織、ストレス処理等をおこなった組織より、完全長cDNAライブラリーを構築し、機能解析を行った約28,000種類のイネ完全長cDNAの情報を公開しています。 核酸配列やアミノ酸配列のほかに、公共データベースとの相同性検索結果、マッピング情報、選択的スプライシングのパターン、タンパクドメイン情報、膜貫通構造、Gene Ontologyによる細胞内局在や遺伝子機能情報も含まれます。 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構によるオリジナルサイト（http: //cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/）の運用は終了致しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからKOMEをご利用いただけます。

Kyushu University Faculty of Agriculture
九州大学 大学院農学研究院
KONCHU
昆虫学データベース
KONCHU is an entomology database of Japanese, East Asian and Pacific insect species with spiders and mites. KONCHU contains following seven main contents; KONCHUR (a entomology reference database), MOKUROKU (a checklist treating all the insect species or subspecies recorded from Japan), DJI (a dictionary of Japanese insect names), ELKUType (the type collection of the Entomological Laboratory of Kyushu University), TABR (Tropical bee reference database), HANABACHI and TOBIKOBACHI (image databases on useful Japanese insects).
昆虫学データベース(KONCHU)は、日本および東アジア、大平洋地域産昆虫 (クモ・ダニ類を含む)に関する種情報データベースの総称で、次のデータベースを含んでいます：昆虫学文献データベース、有用昆虫画像データベース、日本産昆虫目録データベース、日本産昆虫学名和名辞書、熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース、九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベース、九州大学総合研究博物館所蔵甲虫類標本データベース。

KONCHUR
昆虫学文献データベース
昆虫学文献データベース(KONCHUR)は日本の主要な昆虫学・動物学雑誌について、掲載された各論文中の昆虫(クモ・ダニ類を含む)の分類単位(種、属、科等の学名または和名)を一つのレコードとした文献データベースです。日本語と英語に対応しています。扱われている昆虫は、日本国内のみならず、アジア、太平洋地域産の種も多く含まれています。各レコードには、著者名、表題名、掲載誌名、巻号頁、刊行年、目名、科名、同物異名、分布、分類、形態、生態、生理等に関するキーワードなど13項目を収録しています。備考には、新種の模式産地、模式標本の所在地、寄生種の寄主など有用な情報も多数採録しています。
KONCHUR is a reference database of the main Japanese entomological and zoological journals associated with Japanese, East Asian and Pacific insects. A taxon is treated as one record in this database, and each record is composed of 13 items of data and tags including taxon names (scientific name and Japanese name), order, family, synonymy and distribution. This database allows to search records by keywords from these items. Search results show additional useful information such as type locality of new recorded species, type depository and host records of parasitic insects.

LeEST
シイタケよりcDNAライブラリを構築し、その5' ESTを配列決定しました。EST番号、配列、NCBI BLASTによるホモロジー検索結果（ホモログと相同性）を表形式で掲載しています。
島根大学

University of Miyazaki, Faculty of Agriculture
宮崎大学 農学部
Legume Base
NBRP Lotus / Glycine
NBRP ミヤコグサ・ダイズ
ミヤコグサ、ダイズの2種類の情報を提供しているサイトです。分与申し込みもサイト上で受け付けており、種子、DNA、ベクターなどのバイオリソースを検索することが可能です。
NBRP Legume Base is a database for offering research materials of two legume species; Lotus japonicus and Glycine max (soybean). Legume Base provides a query form to search resources of each species and check availability. In addition, this database contains two databases; 'Legume Base - Lotus japonicus' and 'Glycine max Database'. Both of them cover detailed information on the two species including lists of strains, phenotypes and genotypes.

LinkDB Search
The LinkDB database links information between hundreds of molecular biology databases. The database consists of the following three sections: (1) 'Original' links are information extracted from the database entries provided by the GenomeNet DBGET system. (2) 'Reverse' links are information derived from the original links by exchanging a source entry and its target entry. (3) 'Equivalent' links indicate equivalent contents between KEGG geneS, COMPOUND, DRUG, REACTION databases and other databases other than KEGG. Users can search the link information by entry and also download equivalent link information for a selected organism, or for compound drug and reaction.
ゲノムネット内データベースとその他 500以上の外部公共データベースの間のクロスリファレンス情報を2項関係ファイルとして取り込み、あるデータベースのあるエントリについて、他のデータベース中の対応するデータを網羅的に検索できるシステムです。外部データベースと内部データベースを区別なく検索する機能や等価なリンクを扱うための機能が備わっています。

日本脂質生化学会 (JCBL)
The Japanese Conference on the Biochemistry of Lipids
LipidBank
Lipidbank is the official database of the Japanese Conference on the Biochemistry of Lipids (JCBL). Natural lipids including fatty acids, glycerolipids, sphingolipids, steroids, and various vitamins can be freely searched. It also provides more than 6000 unique molecular structures (ChemDraw cdx format, MDL MOL format) with their lipid names (common name, IUPAC), spectral information (mass, UV, IR, NMR and others), and links to published information.

6,000以上の天然生理活性脂質（脂肪酸、グリセロ脂質、スフィンゴ脂質、ステロイド、ビタミン類）について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集したデータベースです。構造はChemDraw、およびMDLMOL形式で提供されます。データベースに登録されている全ての情報は手作業でキュレートを行い、専門家によって承認されたものです。
本ページは旧サイトで、現在はwiki形式で公開されています(http://lipidbank.jp/wiki/Category:LB)。

LSDプロジェクト
Life Science Dictionary Project
ライフサイエンス辞書
LIFE SCIENCE DICTIONARY

LSD Project is a database of life science terms with free online devices for dictionaries and translation. The English version of LSD Project site is composed of following 4 online services.
1. English-Japanese and Japanese-English dictionaries (WebLSD, WebLSD mini)
2. To make an English-Japanese vocabulary list on a web browser (EtoJ Vocabulary)
3. English-Japanese translation of life science terms (EtoJ)
4. English spell checker of life science and general terms (WebSpell)
WebLSD mini is available on iPhone and Android smartphones.

ライフサイエンス分野で使用される専門用語の辞書です。英和検索、和英検索、共起検索、用例、スペルチェックなどが可能で、用語の論文アブストラクト中における用例を確認できます。

MAGEST
MAboya ( the ascidian, Halocynthia roretzi ) Gene Expression patterns and Sequence Tags
ホヤ卵に存在する母性mRNAのESTと各クローンの発現パターンに関するデータを提供しています。
MAGEST is a database of newly identified maternal cDNAs of the ascidian Halocynthia roretzi to examine the mRNA population. Collected 3' and 5' tag sequences of mRNAs and their expression data from whole-mount in situ hybridization in early embryos, as well as additional information are available through this public database.

MaizeGDB TEAM
MaizeGDB
Maize Genetics and Genomics Database
トウモロコシ研究の総合サイトです。トウモロコシゲノムの配列、変異データ、染色体上でのマッピングデータの他に、研究者の連絡先等の情報を提供しています。
MaizeGDB is a integrated database of the crop plant and model organism Zea mays. It contains maps, gene product information, loci and their various alleles, phenotypes (both naturally occurring and as a result of directed mutagenesis), stocks, sequences, molecular markers, references and contact information for maize researchers on worldwide. Moreover, users are able to obtain various community support service bulletin boards including the Editorial Board's list of high-impact papers, information about the Annual Maize genetics Conference and the Jobs board where employment opportunities are posted.

National Institute for Basic Biology
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
MBGD
Microbial Genome Database for Comparative Analysis
MBGD is a database with a workbench system for comparative analysis of completely sequenced microbial genomes, mainly for creating orthologous or homologous gene cluster tables. MBGD classifies genomes by the hierarchical clustering method known as UPGMA, using precomputed similarity relationships identified by all-against-all BLAST search. Users can change the set of organisms or cutoff parameters to create their own orthologous groupings. Thus comparative genomics is facilitated from various points of view such as ortholog identification, paralog clustering, motif analysis and gene order comparison.
オーソログ解析に基づいて微生物ゲノムの比較解析を行うためのデータベースです。公開されたゲノム全体を含む標準オーソログテーブルに基づいて、各オーソロググループの系統プロファイルの比較などを行えるほか、動的なオーソログ解析機能によって、利用者自身が持つゲノム配列も含めて、興味のある生物種セットに対象を絞った比較を行うこともできます。

The European Molecular Biology Laboratory
MEPD
Medaka Expression Pattern Database
このデータベースはメダカの遺伝子発現情報をin-situ hybridizationで確認した情報を公開しています。また、制御配列の発現データも収録しています。各データには遺伝子名、Ensembl ID、発現写真、発生ステージの情報が含まれており、遺伝子ID、Ensembl ID、組織名、発生ステージにより検索することができます。その他にもOnotology情報や発達段階の解説ページがあります。
This database includes information regarding gene expression patterns in medaka (Oryzias latipes), confirmed by in situ hybridization. It also contains expression data of regulatory sequences. Each data entry has information on the gene name, Ensembl ID, images of the expression pattern, and developmental stage. The database can be searched by gene ID, Ensembl ID, tissue name, and developmental stage. Users can also find organized Medaka anatomical terms (Medaka Fish Ontology; MFO), and the explanatory informations of Medaka developmental stages.

MeSH
Medical Subject Headings
This is a database of keywords representing the content of articles and biological information. The keywords are structured in layers to allow users to find more detailed information or perform abstract searches.
文献や、生物学情報の内容を表すキーワードのデータベースです。このキーワードを利用することで関連する生物学情報を得ることができます。キーワードは階層構造をなしており、より詳細に情報をたどることも、より抽象的な検索をすることも可能です。

National Institute of Genetics
MG Workbench
Microbial Genome Workbench
The Microbial Genome Workbench (MG Workbench) is a database that enables research into the genomes of Archaea and Bacteria. This repository is specifically focused on information gathered by comparing proteins and genes inter-genomically as well as intra-genomically. A gene may be located by entering its name, synonyms, PID, Swiss-Prot ID or PDB ID and a keyword in a blast search application. A specific microbial genome may also be searched for a short sequence pattern, although this route is stated to be very slow in providing results. Direct access to the genome map of an organism of choice is also given. Information on restriction digestion of DNA and simulated protein digestion by a chosen enzyme is retrievable.
ゲノム配列が公開されているバクテリアおよび古細菌を対象とした遺伝子の検索や各種解析ツールを提供しています。プロテアーゼによる分解シミュレーション、制限酵素による切断サイトのシミュレーションも行えます。

MGC
Mammalian Gene Collection
哺乳類の遺伝子全長のcDNAクローンデータベースです。このサイトでは主にヒト、マウス、ラット、ウシの遺伝子名やキーワードで検索でき、そのcDNAクローンの提供先情報などを得ることができます。
MGC is a full-length cDNA clone database for mammalian genes. It contains information such as gene names, GenBank records, and a link to GenBank. Users can search using gene names or keywords for human, mouse, rat, and bovine genes. Additionally, users can find distributor information for cDNA clones as well as information on vectors.

The Jackson Laboratory
MGI
Mouse Genome Informatics
マウス研究の総合サイトです。マウス遺伝子に関する情報の他、遺伝子発現データ、多型・変異情報、パスウエイ、遺伝性癌症候群モデルラットに関するデータ、マウス各系統の表現型に関する詳細な情報等を提供しています。
This is a comprehensive site for mouse research. The site contains detailed information on mouse genes, gene expression data, polymorphisms and mutations, pathways, data on model rats for hereditary cancers, and phenotypes of each mouse model system.

Faculty of Life Sciences(The University of Manchester)
Faculty of Life Sciences (The University of Manchester)
miRBase
microRNA database
公開されているmicroRNAの配列について、配列から予測されるmiRNA前駆体のヘアピン構造(mirで示されます)、成熟miRNAの配列(miRで示されます)、文献情報等が登録されています。様々な検索機能が用意されており、キーワード検索、ゲノム位置による検索、クラスター検索、発現実験による検索、ユーザ自身の配列による検索が行えます。全ての配列とアノテーションはダウンロード可能です。
miRBase is a database for published microRNA sequences and annotations, which include mature miRNA sequences (indicated by miR), and hairpin structures predicted by sequences that are precursors for miRNA (indicated by mir). A variety of search methods can be used, including by keyword, genomic position, cluster, expression data, and user-provided sequences. Furthermore, these sequences and annotations can be downloaded.

The University of Tokyo Atmosphere and Ocean Research Institute
東京大学 大気海洋研究所
MitoFish
Mitochondrial Genome Database of Fish
MitoFish is a database for the fish mitochondrial genome, which allows users to find data from complete nucleotide sequences of the mitochondrial genomes of fish. Based on the nucleotide sequence data from a fish mitochondrial genome, BLAST homology search (sequence similarity search) of the nucleotide sequence can be conducted against fish complete or complete + partial mitochondrial genome databases.
DDBJ、GenBank、EMBL に登録された魚類の完全長ミトコンドリア・ゲノム情報の容易な検索を可能にし、あわせて関連情報（記載論文情報、標本情報、生物情報など）を提供します。また、このデータセットを対象に、任意のDNA塩基配列データの相同性検索（BLAST）を行なうことができるので、手元に何らかの魚類から得たミトコンドリアDNA の部分塩基配列データがある場合、それが完全長ミトコンドリアゲノム情報が得られている魚種のどれに一致するか、あるいはどれに類似性が高いかを調べることができ、魚類の種判別や同定への助けが得られます。

miyakogusa.jp
財団法人かずさDNA研究所は、マメ科植物では世界初となるミヤコグサ（Lotus japonicus）のゲノムの解読に成功しました。「miyakogusa.jp」では、得られた成果や情報を公開しており、ミヤコグサのゲノムクローン(TAC, transformation-competent artificial chromosomes)とそのアノテーション、染色体遺伝子マップ等が掲載されています。マメ科植物は、その根に共生して存在する根粒菌が、空気中の窒素を吸収、固定して宿主（マメ科植物）に供給しています。
This database provides all information and resources involved in the sequencing of Lotus japonicus (Miyakogusa), the first sequenced legume, by The Kazusa DNA Research Institute. Clone list, Genomic map and Insertion tag lines are provided.

MMDBJ
Mouse Microsatellite Data Base of Japan
マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けています。日本産野生マウス（Mus musculus molossinus)に注目し、マウス系統間の単純配列長多型(SSLP)の相違を示す実験結果を、PCR条件とともに提供しています。
MMDBJ is a database of mouse microsatellite loci to provide information about simple sequence length polymorphisms (SSLPs) among different strains. MMDBJ features SSLP loci obtained from strains derived from Mus musculus molossinus (Japanese wild mouse). Each record contains polymorphism data, PCR condition and a link to Ensembl Genome Browser web page to view primer sequences. This database also provides a search engine and a linkage map of mouse microsatellite loci.

Kyushu University
九州大学
MOKUROKU
日本産昆虫目録データベース
MOKUROKU is a checklist of all the insect species or subspecies recorded from Japan. MOKUROKU was constructed as an online database based on a book written in Japanese; ' A Check List of Japanese Insects '. A species or subspecies is treated as one record in this database, and each record consists of following 5 items; scientific names of family, genus, species (or subspecies), Japanese name (taxon name) and distribution. Users can search insects by keywords from these 5 items.
昆虫目録データベース（MOKUROKU)は、日本産の全昆虫について1種または1亜種 (一部1変種を含む)を一つのレコードとしたデータベースです。日本語と英語に対応しています。各レコードには、科名、属名、(亜)種名、和名、分布の５項目を収録しています。

九州大学 大学院
National BioResource Project Morning glory
アサガオホームページ
アサガオ突然変異系統の収集・保存・提供を行っているページです。系統リスト、画像カタログ、交配系統カタログのほか、遺伝子リストや連鎖地図など、分かりやすい解説ページとして掲載されています。アサガオの栽培方法についても詳細に記されています。
National BioResource Project Morning glory collects resources of the Japanese morning glory (Ipomoea nil or Pharbitis nil). Requests for the resources are available by email. genetic data of mutant strains and Ipomoea related species are recorded in a database, and it allows to search strains, gene classes and gene symbols. Users can browse tables of phenotype class, images (seeds, leafs and flower organs), and linkage maps of the Japanese morning glory.

MRCD
Microbial Resources and Chemotaxomy Database
知的基盤分類番号をIDとする微生物情報のデータベースです。オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報がテキストベースで得られます。Type strain（基準株）が微生物菌株保存機関に寄託されている場合、それぞれの機関にリンクが張られています。DDBJ/EMBL/GenBankや関連データベースサイトであるRDPなどにもリンクが張られています。微生物名の他、化学分類指標、系統学的位置、生理学的性質、形態、単離法／培養法、生育環境など様々な条件による検索が可能です。

National Institute of Infectious Diseases
厚生労働省 国立感染症研究所
Mycoplasma penetrans Genome
This is the database of the Mycoplasma penetrans genome project. Complete nucleotide sequence, protein sequences and annotation table are available to investigate the pathogenicity of this relatively new pathogen, characterized by the ability to penetrate human cells. Often associated with HIV carriers or infection and possibly involved in the development of immunodeficiency, it can cause urethritis and respiratory disease in humans by itself.
マイコプラズマ (M. penetrans、M. pneumoniae) のゲノム配列、遺伝子予測結果が掲載されています。M. penetransについては、完全長ゲノム配列、アミノ酸配列、アノテーションテーブルを取得できます。

NBRC Culture Catalogue Search
This is a site by which the culture catalogue of the Biological Resource Center of the National Institute of Technology and Evaluation (NITE) may be searched for information. A comprehensive amount of data is provided on each of a list of 59 phages. A Sequence search option as well as a Homology search option is available. It is also possible to order cultures from this site.
NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。

NBRP Chrysanthemum
National BioResource Project Chrysanthemum
広義キク属の分与、保存を目的としています。属種別の画像が掲載されており、その種類はこのサイトで定義されているAccessionNumberで管理されています。
NBRP Chrysanthemum provides resources of plants belonging to the genus Chrysanthemum and closely related genera; the tribe Anthemideae. The resource list consists of wild strains, garden species and experimental strains including interspecific hybrids, intergeneric hybrids and artificial polyploids. Users can search strains by keywords such as a species name, Japanese name, phenotype and karyotype. Search results show information on stock availability and resource types (plant stock, seed stock and culture stock).

NBRP E.coli Strain
NBRP E.coli Strain (The Cloning Vecter Collection)
NBRP E.coli Strain stocks mutants and clones of Escherichia coli to distribute to academic researchers and non-academia research users. These resources have been mainly collected and maintained by National Institute of genetics (NIG). The resource list consists of gene mutants (ME Collection, JE Collection and IH E.coli Mutant Collection), clones (ASKA Clone, plasmid and cosmid), genomewide mutants, phage and cloning vector. Users can search available resources using the Resource Type table on the home page and Quick Search at the top of the page.
大腸菌や大腸菌組み換えDNA操作ベクター、ラムダファージのコレクションの検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。各生物資源に関する情報や、資源利用した時に得られた成果発表に関する情報を提供しています。

NBRP Medaka
メダカバイオリソースに関する情報を提供しています。組織、発生段階等の情報から絞り込んで目的の資源を分与申し込みすることが可能です。また、Medaka Atlasなどの情報へのリンク、BLAST検索ツールへのリンクも貼られています。
NBRP Medaka is a database for offering resources of Medaka (Oryzias latipes) maintained by National Institute for Basic Biology and Niigata University. Medaka resources consist of live-resources (wild populations, related species, inbred strains, mutants and transgenics) and clone libraries (cDNA, BAC and Fosmid). Users can search available resources using the ’Overview for strains’ page, keyword search and Blast search. This database also provides research tools including atlas (Medaka Atlas), phylogenetic trees (Medaka Tree), genome browser (Medaka Map) and laboratory manuals.

Oryzabase
Oryzabase is an integrated database that collects information and resources related to rice strains. This database provides following 7 contents; strain stock information, mutants information, chromosome maps, gene dictionary, reference list, fundamental knowledge of rice science and featured links. Users can search available strains from each link of 'Strains' category, and order seeds, plant bodies (only users in Japan) or DNA resources. Oryzabase will receive registration of newly identified rice genes and mutants.
イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイトです。種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されています。

KOMUGI
Wheat Genetic Resources Database KOMUGI
コムギの統合データベースです。1996年にコムギ（Triticumと関連種Aegilops）の遺伝資源に関心の高い研究者らにより作成され、現在は系統情報に加えてゲノム関連情報として遺伝子記号のカタログ情報、ESTクローンおよび遺伝子配列情報、さらに各系統の染色体構成や表現型（画像データを含む）などを収録しています。現在、本データベースは2002年に発足した文部科学省：ナショナルバイオリソースプロジェクトにおけるコムギ委員会によって管理されています。
KOMUGI is an integrated database of wheat managed by the National BioResource Project (NBRP)-Wheat. This database mainly collects strain information on wheat (the genus Triticum) and related species (the genus Aegilops) including experimental lines. It also contains some accessions of other related species (rye; the genus Secale and oats; the genus Avena), the list of gene symbols, gene sequence data and chromosome maps. Available resources are listed as 'NBRP Strains' and 'NBRP cDNA', then users can order them by using query forms in 'Strains' category and 'cDNA' category, respectively.

The State University of New Jersey
NDB
Nucleic Acid Database
The Nucleic Acid Database Project (NDB) aims to collect and distribute information on nucleic acid structures. Each entry contains information on nucleic acid sequences, its structure and the characteristics, the primary citation, experimental information, as well as a link to PDB. Furthermore, structure coordinates and structure factors can be downloaded from the site.
Nucleic Acid Database Project (NDB) では、核酸の構造情報を収集、配布することを目的としています。各エントリーにつき、核酸配列、構造とその特徴、最初に報告された文献、実験情報、PDBへのリンクなどが表示され、構造座標や構造因子ファイルのダウンロードが可能です。

Pole BioInformatique Lyonnais
Pole Bio-Informatique Lyonnais
NRSub
Non-Redundant B.subtilis database
枯草菌に関する情報を提供しているサイトです。シーケンス名、遺伝子アクセション番号、全文検索で検索することが可能です。SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENへの相互参照に加えて、遺伝子マッピング情報やコドンの使用頻度情報も掲載されています。
NRsub is a database that contains information covering the whole genome of Bacillus subtilis. This site also provides knowledge of codon usage and gene mapping. Information available has been cross-referenced with the SWISS-PROT, ENZYME and HOBACGEN databases. Search can be done by keyword, sequence name, gene accession number, www-query or a full text search.

新潟大学 大学院医歯学総合研究科
Niigata University Graduate School of Medical and Dental Sciences
ODB
Operon DataBase
All known operons from numerous species have been collected from literature and other public databases in this database, which also includes a system to predict operons by user definitions. Operon candidates are provided based on logic operations of the following parameters: intergenic distance, intergenic step, pathway, co-expression, and ortholog. Prediction accuracy can also be obtained.
様々な生物種のオペロンの情報を文献から収集し、データベース化しました。また、既知オペロン構造から推測されるオペロン構造もデータベース化しています。さらに、オペロンに関連する遺伝子間距離、マイクロアレイに基づいた遺伝子間の共発現、代謝系などのパスウェイ間での距離、ゲノム間での遺伝子の並びの保存などの情報も統合されています。

OMIA
Online Mendelian Inheritance in Animals
OMIA is a database of inherited disorders, other (single-locus) traits, and genes in animals which is not include human, mouse and rat because of presence of their own resources. The records contain basical textual information, references, and links to OMIM, PubMed, and gene. The content on the site is manually curated.
ヒト、マウス以外の動物の遺伝子疾患を収録したデータベースです。テキストによる解説、文献情報、OMIM, PubMed, Geneへのリンク情報が含まれます。手作業によるキュレートが行われています。

OMIM
Online Mendelian Inheritance in Man
Johns Hopkins大学のVictor A. McKusick 博士が中心となって記述、編集を行っている、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースです。全ての既知のメンデル型遺伝病と12,000以上の遺伝子に関して、テキスト形式の情報やリファレンスが示されます。MEDLINEやEntrezのリンクも含まれます。
OMIM is a database of human disease and genetic information and the online representation of Mendelian Inheritance in Man, a project initiated in the 1960s. The database summarizes heritable traits and provides information on both the trait and experimentally determined genetic causes. The database is manually curated by experts and can be searched by OMIM ID, gene, disease, or phenotype.

ナショナルバイオリソースプロジェクト 病原微生物
National Bioresource Project - Pathogenic microbes

複数の研究機関で収集、保存されている病原微生物について、各研究機関をネットワーク化することにより、病原微生物遺伝資源の収集、保存、提供体制を構築することを目的としています。細菌/放線菌、真菌、原虫のリソースを検索するための統合データベースが提供されています。

本サイトの病原細菌は https://pathogenic-bacteria.nbrp.jp/ 病原真菌、放線菌、病原原虫は https://pathogenic-microbes.nbrp.jp/ に移転しました (2018.4.1)。

National Bioresource Project - 'Pathogenic microbes' collects reliable strains of pathogenic microorganisms (fungi, actinomycetes, bacteria and protozoa) to support education and research in infectious diseases. Contents of 'Database' category including keyword search and 'Animation' category are only available in Japanese, and some resources restrict database access. This database also provides the picture lists of pathogenic fungi and actinomycetes. Requests for distribution and deposition of resources are available by email.

This site has been moved to the following URLs (2018.4.1). Pathogenic bacteria: https://pathogenic-bacteria.nbrp.jp/ Pathogenic eukaryotic microorganisms: https://pathogenic-microbes.nbrp.jp/

Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
PDB
Protein Data Bank
タンパク質と核酸の三次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共レポジトリで、生物学的構造データの中心的なデータベースとなっています。X線結晶構造解析やNMRなどで実験的に決定されたデータを蓄積しています。タンパク質の立体構造データの他に、アミノ酸配列、GOといったタンパク質に関する情報やタンパク質に結合している化合物の情報を提供しています。
This is an international public repository for three-dimensional structures and structure coordinates (conformations) of proteins and nucleic acids, and the central database for biological structural data. Data obtained through X-ray crystallography and NMR experiments are stored in PDB. In addition to three-dimensional information of proteins, users can find amino acid sequences, protein-related information on GO, and other compounds bound to the protein.

PDBj
Protein Data Bank Japan
PDBj in Japan maintains a single PDB archive of macromolecular structural data in conjunction with the RCSB, the BMRB in USA and the PDBe in EU as a member of the Worldwide Protein Data Bank. PDBj provides entry search with sequence homology and structure similarity, structural bioinformatics web services such as a molecular visualizing software and tutorials of them. From this website, users can deposit protein structural information solved by X-ray crystallography or NMR spectroscopy in the PDB. For the structure search, you can use PDBj Mine (http://pdbj.org/mine) . The PDBj data are updated on every Wednesday 9 a.m. (Japan time).
日本蛋白質構造データバンク (PDBj: Protein Data Bank Japan) は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク (BMRB)、および欧州バイオインフォマティクス研究所 (PDBe) と協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。 タンパク質の構造検索には、PDBML (eXtensible Markup Language：PDBの正式なXMLフォーマット) で記述したPDBデータに基づく関係データベースを使用しているPDBj Mine (http://pdbj.org/mine) がご利用になれます。詳細検索にはSQL文を指定した検索も可能です。 なお、PDBjのデータは日本時間の毎週水曜日午前９時に更新されています。

PDBSTR
This database was reorganized the data of PDB (Protein Data Bank) to suit sequence analysis by the Institute for Chemical Research, Kyoto University. In PDB, there are a number of polypeptide chains per an entry. In this database, it have been separated out into another entries, and added additional information.
タンパク質立体構造データベースPDBを、京都大学科学研究所で配列解析用に編成しなおしたデータベースです。PDBの１つのエントリーには複数のポリペプチド鎖がふくまれるので、これを別々のエントリーにし、同時に付加情報をつけています。

PEC
Profiling of Escherichia coli chromosome
Profiling of E. coli Chromosome
PEC is a database for characterization of the E. coli genome and each gene's function. This database features gene classification based on essentiality for cell growth of E. coli using information from research reports and mutation studies. Users can search genes or deletion mutations by a keyword, genomic location, length and the classification. Search results show information on strains related to each gene or deletion, and online requests for them are available via links to the NBRP E.coli Strain web pages.
大腸菌ゲノムの全体像を明らかにするために、染色体上の全遺伝子について、特に実験的な機能解析に重要な情報を集積させる目的で構築したデータベースです。各遺伝子につき、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献情報を基に分類）、関連する大腸菌株の情報、既知の欠失変異株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、相同遺伝子、核酸およびアミノ酸配列が掲載されています。ゲノムを欠損させた632種の株の情報も掲載されています。

German Research Center for Environmental Health
PEDANT3 database
a Protein Extraction, Description and Analysis Tool
数多くの解析ツールで自動的に解析されたゲノムシーケンス情報を提供しています。このサイトには事前に計算されて得られた相同マトリクスデータベースがあり、新しくシーケンスされたゲノム情報に対しても解析をすぐに行うことができるようになっています。
PEDANT 3 is a database of information regarding the extraction, description and analysis of proteins. It contains this information for a variety of Archaeal, Bacterial, Eukaryotic, Fungal, Metazoan, Viral and Plant species. Available data on protein function includes the results of Blast similarity searches against known non-redundant protein sequences and searches for motif similarities in the Pfam, BLOCKS and PROSITE databases. The cellular roles and functions are predicted by means of BLAST searches against protein sequences of which the function is known. A keyword search option is also available.

PEDE
Pig Expression Data Explorer
ブタのゲノム (コンティグ)やcDNA、cSNP (cDNA上のSNP)の配列情報を格納したデータベースです。絞り込み検索により配列やその注釈情報 (他種の配列との類似性検索結果等)を参照できます。また配列のダウンロードやお手持ちの配列との類似性検索 (BLAST)もできます
This database provides sequencing information for genome (contigs), cDNAs and cSNPs (SNPs on cDNAs) on pig. It allows users to search with filters for comparing sequences or annotations (for example, similarity searches between different species). Sequences can be downloaded and similarity searches (BLAST) can be performed with user-provided sequences.

国立循環器病センター研究所
National Cardiovascular Center Research Institute
PEPTIDOME
生体内のペプチドを液体クロマトグラフィや質量分析で網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理しています。
PEPTIDOME is a database for endogenous peptides in cells, tissues and body. PEPTIDOME contains molecular and physiological information of the peptides obtained from brains of mouse, pig and rat. This database provides search engines of endogenous peptides and literatures. Users can search peptides by amino acid sequences or keywords such as names, physicochemical properties, natural abundance and biological activities.

EMBL-EBI
Pfam
現在最もよく整備されたタンパク質ドメインデータベースの一つで、膨大な数のタンパク質ファミリーのコレクションを保持しています。手作業で分類を行った高品質のPfam-Aと、機械的に分類を行ったPfam-Bから構成されています。最大の特徴は、検索システムとしてHMMERというプログラムを使用している点であり、これにより高速で精度の高いモチーフの検索を可能にしています。
Pfam Version 26.0 is a comprehensive database of protein families containing multiple sequence alignments and HMMs. This repository provides data on 13,672 protein families. The site can be searched with a known protein sequence for matching families. Options to search for a Pfam family, clan, sequence or structure are available. A keyword search option is also provided.

Stanford University
PharmGKB
Pharmacogenomics Knowledge Base
PharmGKB is a database of genotype-drug response knowledge. The database contains information about genes, diseases, and drugs independently and information on how the three factors interact. PharmGKB is curated by scientists and engineers with expertise in pharmacogenomics. Bulk data is available for download.
薬物応答におけるヒトの遺伝的変異の影響に関する知識を蓄積しているデータベースです。文献より、医薬品や低分子、ジェノタイプ、フェノタイプ、PK/PD、臨床情報、パスウエイの情報を抽出し、重要なファーマコゲノミクス(PGx)遺伝子や薬物パスウエイのデータを集約しています。

PHYSCObase
無処理、オーキシン処理、サイトカイニン処理の原糸体由来のヒメツリガネゴケ完全長cDNAライブラリーから得られた８万以上のEST配列や相同性検索結果、実験プロトコルを公開しています。ヒメツリガネゴケのmRNA、contigの配列、同一クローン由来の5'ESTと3'ESTを連結させてペア化した塩基配列のダウンロードファイルや、ヒメツリガネゴケ全配列に対するBLAST検索機能も提供しています。
PHYSCObase is a database for sharing information on the moss Physcomitrella patens, which provides a simple system for studying many traits shared with flowering plants. All Physcomitrella DNA sequences in public databases as well as expressed sequence tags (EST) are available. Searches are conducted by EST, genomic sequence, or full-length cDNA with BLAST. The default dataset is PHYSCObase contigs, which contains all assembled sequences and exhibits high sensitivity. PHYSCObase clones and PHYSCObase contigs new datasets are also available.

Physcomitrella patens Full-Length cDNA Clone Database Search
This RIKEN BioResource Center database is called Physcomitrella patens (moss) full-length cDNA clones, is closely related to the PHYSCObase database, and provides Physcomitrella DNA sequences. A total of 149,363 clones have been deposited, and are available for search by keyword or BLAST.
基礎生物学研究所より寄託を受けたヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、DDBJ accession number、clone name (NIBB)を指定することが可能です。

PIR
Protein Information Resource
タンパク質とゲノムの研究をサポートする統合公開バイオインフォマティクスリソースです。PIRは、1984年にタンパク質配列の同定とアノテーションをサポートするためのリソースとしてNational Biomedical Research財団(NBRF)によって設立されました。今日、PIRはプロテオミクスとゲノムクスのデータ統合やタンパク質アノテーションの標準化をサポートするためのリソースとして世界のさきがけとして情報を提供しています。
PIR is an integrated public bioinformatics resource that supports proteomic and genomic research. Users can find information such as protein names, gene names, protein function, subunits, as well as links to citations, DNA sequences, ontology, pathways, and other related data.

New PLACE
A Database of Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements
This database collects published base sequence motifs associated with gene expression control regions, such as promoters, in higher plants and adds interpretations, publications, links to PubMed, and DDBJ/EMBL/GenBank accession numbers. Users can perform a signal scan search for motifs from user-provided sequences as well as homology and keyword searches.
高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベースです。ユーザ自身の配列からモチーフを検索するシグナルスキャン検索や相同性検索、キーワードによる検索が可能です。

Scotthish Corp Research Institute
Plant snoRNA Database
植物の核小体低分子RNAに関するデータベースを提供しているサイトです。配列情報、発現データ、メチル化偽ウリジン化領域や遺伝子バリエーションの数といった情報が提供されています。
Plant snoRNA Version 1.2 is a database that combines information of the Arabidopsis genome gathered during 3 separate computerbased searches for box C/D snoRNA genes with the results from ncRNA studies added. This list of snoRNAs were applied to the genomes of a variety of non-Arabidopsis plant species and thus assisted in the identification of more or less 250 genes from these species. The database includes the alignment sequences of these 250 genes. The content of the database is presented in a series of tables. The sequences can be downloaded in FASTA file format.

PMD
Protein Mutant Database
タンパク質工学への貢献を目的として作られた文献データベースです。対象は、自然変異、人工変異、ランダム変異、部位指定変異などの全ての変異体を含み、グロビン属と免疫グロブリン属以外の全てのタンパク質としています。各エントリ（文献）には、変異の位置、導入したアミノ酸種などが簡潔に表現され、変異の結果、生じた機能や安定性の変化が記述されています。また、SwissprotやPIRなどのタンパク質配列データベースのリンクが掲載されています。
PMD is a collections of literature data related to natural and artificial mutants for all kinds of proteins except members of the globin and immunoglobulin families. PMD treats an article as one entry, and each entry contains data about one or more protein mutants. This database allows users to search articles by keywords or amino acid sequences using BLAST. Each entry in search results shows details of the article (authors, journal, MEDLINE link, etc) and mutation (the position of amino acid substitution, insertion or deletion, kind of mutations, functional or structural features, etc). The authors of articles in academic journals can submit protein mutant data to PMD.

Polymorphism of Microsatellite Markers
日本人におけるマイクロサテライトマーカーヘテロ接合度の情報（4868マーカー）をデータベース化したものです。日本人集団を対象とした連鎖解析や相関解析に有用なマーカー選択の基盤を整備しました。
Polymorphism of Microsatellite Markers is a database of genotypic information on microsatellite loci in the Japanese population. This database contains data on location, heterozygosity, the number of alleles and repeat unit for each locus. It treats 4868 microsatellite markers of 64 normal Japanese individuals. The website summarized the datasets in a table representing the number of microsatellite loci, the average number of alleles per locus and average of heterozygosity per locus on each chromosome.

財団法人蛋白質研究奨励会
Protein Research Foundation
PRF
タンパク質研究奨励会のホームページです。タンパク質文献データベースである「PRF/LITDB」、アミノ酸配列データベースである「PRF/SEQDB」、合成物質データベースである「PRF/SYNDB」が掲載されています。PRF/LITDBは、ペプチドを主題として扱っている文献を収集し、抄録を登録しています。アミノ酸やペプチドの分析手法に関する文献も収録対象となっています。PRF/SEQDBは、短いペプチドの配列や遺伝子の配列から予測されるアミノ酸配列も含んでいます。また、PRF/SYNDBは、化学合成されている非天然アミノ酸・アミノ酸誘導体・ペプチドに関するデータベースです。文献情報、構造とあわせて化学構造式の図も表示されます。いずれのデータベースも文献より情報を収集しています。
PRF is a collection of the information related to amino acids, peptides and proteins and making databases. It consists of there databases; Literature Database (PRF/LITDB), Peptide/Protein Sequence Database (PRF/SEQDB) and Synthetic Compounds Database (PRF/SYNDB). PRF/LITDB contains information of articles dealing with peptides from scientific journals accessible in Japan. PRF/SEQDB contains amino acid sequences of peptides and proteins, including sequences predicted from genes. Users are also search literature in which the sequence is presented. In PRF/SYNDB, unnatural amino acids, amino acid derivatives and chemically synthesized peptides are registered.

Rhone-Alpes Bioinformatics Center
ProDom
ProDom is an extensive database providing information on protein domain families. It was created automatically by performing a global comparison of all the protein sequences that could be found. The database can be searched by means of accession number, SWISS-PROT/TrEMBL identifier, or keywords. The site also provides access to related databases namely InterPro, PROSITE, PFAM and PDB. The ProDom domains may also be viewed on 3D structures created by the graphical interface.
Swiss-ProtとTrEMBLのデータから自動生成したタンパク質ドメインファミリーのデータベースです。ProDomデータベースはInterProプロジェクトの一部です。

Waseda University
ProMode-Elastic

ProMode-Elastic is a database of normal mode analysis of PDB data using elastic network model in torsional angle space. Normal mode analysis are performed by unique developed program, PDBETA.
It provides the following information;
1) Fluctuation of atoms and Fluctuation of dihedral angles. Time average and data for the 3 lowest-frequency normal modes are given by graphs.
2) Correlation between fluctuating atoms. Time average and data for the 10 lowest-frequency normal modes are given by a triangle map. Furthermore, a distance map between residues are given by a triangle map.
3) Animation of fluctuating molecules displayed on the viewers, jV (PDBj) and Jmol, for the 10 lowest-frequency normal modes. GIF animation is also available.
4) Displacement vectors exhibited on the viewers, jV (PDBj) and Jmol, for the 10 lowest-frequency normal modes. Moreover, static images for displacement vectors are presented.
In this database, some numerical data are downloadable.

基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めたデータベースです。タンパク質分子が基準振動モードでゆらぐ様子を、無料のプラグインChimeを使うことによって、アニメーションで観察するすることができます。Chimeのコマンドを利用して、分子の色を変えたり、表示方法を変えたりすることも可能です。基準振動解析の結果から定義された動的なドメインと、それら相互の運動をらせん運動として解析した結果も Chimeで表示されます。 PDBj (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00157) が提供するサービスの１つです。

ProNIT
Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
実験的に決定されたタンパク質-核酸間の熱力学的相互作用データを収録したデータベースです。タンパク質情報、核酸情報、文献情報、実験条件、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が含まれています。
The ProNIT database provides data on experimentally determined thermodynamic interactions between proteins and nucleic acids. The properties of the interacting protein and nucleic acid, reference materials, and thermodynamic parameters like binding constants, changes in free energy, enthalpy and heat capacity are available. Thermodynamic knowledge of proteins is as fundamental as sequence and structural information, because proteins behave according to the law of thermodynamics. Biological function of proteins can thus be studied.

ProTherm
Thermodynamic Database for Protein and Mutants
The data in the ProTherm database include thermodynamic parameters such as Gibbs free energy change, enthalpy change, heat capacity change, transition temperature etc., for wild type and mutant proteins that are important for understanding the structure and stability of proteins. There is also information about the secondary structure and accessibility of wild type residues, experimental conditions (pH, temperature, buffer, ion and protein concentration), measurements and methods used for each data, and activity information (Km and Kcat).
正常蛋白質及び実験的に作成した変異蛋白質の熱力学データ（ギブスの自由エネルギー変化、エンタルピー変化、変性温度、水中での変性温度等）を文献から抽出し、収録したデータベースです。蛋白質の立体構造や安定性を理解するうえで重要です。二次構造や野生型残基へのアクセシビリティ、実験条件（pH、温度、バッファー、イオン、タンパク質濃度）、測定方法、活性情報（Km、Kcat）、文献情報等も含まれています。

Yale University
Pseudogene.org
Pseudogene.org is a comprehensive database of identified pseudogenes, utilities used to find pseudogenes, various publication data sets and a pseudogene knowledgebase. It contains annotations, nucleotide sequences, amino acid sequence, individual sequence alignment about Eukaryote and Prokaryote pseudogenes and pseudomotifs. Pseudogenes are analyzed using sequence alignment programs (such as FASTA or BLAST) to detect matching regions in the nucleotide sequence.
ヒトの偽遺伝子に関する情報を得られるサイトです。

PubMed
This database contains bibliographic information from journal articles in the field of life science as well as MEDLINE (title, authors, journal name, abstracts). Links are provided for articles with free access to the full article.
MEDLINEおよび生命科学分野のジャーナル文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名、抄録など）を収録したデータベースです。全文をフリーで公開している文献については、提供サイトへのリンクが張られています。

QFBASE
QFbase
Macaca fascicularis cDNA database
カニクイザルcDNAデータベース
QFbase is a cDNA database of the crab-eating macaque (Macaca fascicularis). QFbase contains EST and full-length sequences of macaque cDNAs obtained from brain, testis, bone marrow, liver, pancreas, thymus, heart, spleen, and kidney. The clones can be searched by keywords or cDNA sequences using BLAST, and requests for some clones are available through the HSRRB (Human Science Research Resource Bank) website. This database also provides human-macaque alignments of coding sequences and genome browser (QFbase-GBrowse) mapping the cDNA clones on the rhesus macaque genome.
カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄、脾臓、膵臓、腎臓、心臓、胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供しています。約120,000の5'末端配列 (5'-EST) 、約22,000の3'末端配列、約9,600の全長cDNA配列が現在登録されています。配列はヒト標準遺伝子 (RefSeq) 配列とのホモロジーによって整理されています。現在、ヒト遺伝子名からの検索またはBLASTサーチによるホモロジー検索により、目的のクローンを探すことが出来ます。

RAD
Rice Annotation Database
イネゲノム研究プログラム(RGP)で蓄積されたイネゲノム(1,3,4&10番染色体)のアノテーション情報及び包括的なゲノム解析情報を提供しています。ゲノム上の予測遺伝子や完全長cDNAのアノテーション情報をグラフィカルに参照できます。

RAP-DB
Rice Annotation Project DataBase
This database contains highly accurate annotations on the rice genome provided by the rice annotation project (RAP). Information can be viewed graphically using the annotation viewer (GBrowse). Additionally, similarity searches (BLAST, BLAT) can be performed with user-provided sequences against the rice genome.
イネアノテーションプロジェクト(RAP)によるイネゲノムの高精度注釈(アノテーション)情報を収録したデータベースです。アノテーションビューア(GBrowse)により、アノテーション情報をグラフィカルに参照できます。また、ユーザー自身の配列とイネゲノム配列の類似性検索(BLAST,BLAT)を行うことができます。

国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
RIKEN Yokohama Institute
RARGE
RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia
シロイヌナズナの完全長cDNAと変異株に関するサイトです。cDNAの遺伝子名、配列、関連する変異株の情報や、変異株のフェノタイプ、変異位置、3'末端配列の情報が収録されています。キーワード検索の他、フェノタイプによる変異株の検索とゲノムマップによるブラウズが可能です。
The RARGE database was created to enhance the RIKEN Arabidopsis resource, which provides full-length cDNAs, transposon mutants and microarray experiments. Users can search BLAST for homogeneous comparison of a queried sequence with Arabidopsis Full-length cDNAs and the Ac/Ds Transposon Tagging Lines, as well as full-length DNAs, transposon mutants, microarray, genome map, alternative splicing and transcription factor (RARTF) and the phenotypic information of transposon mutants (RAPID) and nuclear-encoded chloroplast proteins.

Michigan State University
RDP
The Ribosomal Database Project
This database is a collection of rRNA sequences for fungai, bacteria and archaea. The site provides a variety of analytical tools, including rRNA sequence alignments, similarity search tools, and classification of species from rRNA sequences.
細菌及び古細菌のrRNA配列を収めたデータベースです。rRNA配列のアラインメントの他に、類似配列検索ツール及びrRNA配列から生物種分類を行う解析ツール等を提供しています。

Reactome Team
Reactome team
REACTOME
REACTOME is a database of human pathways for basic research, genome analysis, pathway modeling, systems biology and education. It contains manually curated and peer-reviewed pathway data which are annotated by expert biologists, in collaboration with Reactome editorial staff and cross-referenced to many bioinformatics databases. This database provides an intuitive website to navigate pathway knowledge and a suite of data analysis tools to support the pathway-based analysis of complex experimental and computational data sets. The curated human pathway data are available to infer orthologous events in 20 non-human species including mouse, rat, chicken, worm, fly, yeast, plant and bacteria. Using species comparison tool, users are able to compare predicted pathways with those of human to find reactions and pathways common to a selected species and human.
ヒトの生体内の主要反応経路や生化学反応を整備したデータベースです。ヒト以外の20生物種のデータも格納しており、ヒトとの比較ができます。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイ、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われており、SBGN (Sytem Biology Graphical Notation)形式で視覚化されています。パスウエイ解析、生物種間比較、発現解析も行えます。

READ
Riken Expression Array Database

理研マウスcDNAマイクロアレイで取得した遺伝子発現データのデータベースです。実験情報とデータが登録されており、Web画面上でデータの抽出やグラフィカル表示機能を提供しています。
2013年に全てのREAD search serviceは終了しました。このサービスのraw filesは http://read.gsc.riken.jp/dist からダウンロードできます。

READ is a database of mouse expression studies that allows users to explore gene expression patterns in up to 49 mouse tissues. In addition to gene data, users can also use READ to find other genes with similar expression patterns in a selected range of tissues. A BLAST function is also provided so that a sequence can be searched to find matching genes, which then will be linked to relevant expression information. READ service were terminated in 2013, and users can download the raw data of this service from ' http://read.gsc.riken.jp/dist '.

RefSeq
Reference Sequence
異なる生物種由来の冗長性を排除したDNA, RNA, タンパク配列を収録したデータベースです。プラスミド、オルガネラ、ウイルス、古細菌、真正細菌、真核生物のアノテーション付けされた配列が含まれています。生物種ごとに、標準となる配列の包括的データセットを提供することを目的としています。配列の情報源はGenBank由来ですが、それらの中から情報を統合して標準となる配列を提供しています。
RefSeq is a database of standard reference genomic, transcript, and protein sequences. The database contains consensus sequence data for over 20,000 organisms and over 27 million proteins and is designed to provide a common basis for experimental studies that can be searched using accession ID, keyword, or BLAST. Bulk data is available for FTP download.

Medical College of Wisconsin/Bioinformatics Research Center
RGD
The Rat Genome Database
This is a comprehensive site for rat genome researches. In addition to information on rat genes, the site contains information on rat strains, data on rat models for disease, and publications.
ラットゲノム研究の総合サイトです。ラット遺伝子に関する情報の他に、ラットの系統に関する情報、病態モデルラットに関するデータ、文献情報等を提供しています。

RhizoBase
Genome database for Rhizobia with annotation
財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したミヤコグサ根粒菌Mesorhizobium loti MAFF303099を含む、19種の根粒菌の全ゲノム配列情報を収録しています。種毎に、ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。
RhizoBase is a database of rhizobia sequence resources for users to obtain genomic information and perform searches. There are 22 currently available species, and in addition to gene and sequence searches, users can download raw sequence data as well functional annotation information.

Rice PIPELINE
複数のイネ関連データベースを統合し、各データベースの情報を検索できるようにしたシステムです。 お手持ちの配列による各データベースの配列検索 (BLAST)やIDによる検索ができ、グラフィカルな検索結果からリンクによる各データベースの参照を可能としています。 現在はKOME (http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/) に統合しています。
国立研究開発法人農業生物資源研究所

RPD (Archive)
RPD (アーカイブ)
Rice Proteome Database
This database is a collection of two-dimensional electrophoretic gel spots obtained using various tissues of rice and subcellular organelles. A variety of protocols related to proteomic analysis are also provided on the site. The original site (http: //gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/) has been closed. RPD is available from LSDB archive site.

イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構によるオリジナルサイト（http: //gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/）の運用は終了致しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからRPDをご利用いただけます。

RIKEN Arabidopsis Full-Length Clone Database Search
理研ゲノム科学総合研究センター(GSC)より寄託を受けたシロイヌナズナ完全長cDNAクローン(RAFL clone)のキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、AGI code、cDNA clone nameの指定が可能です。
This database contains Arabidopsis thaliana cDNA sequences that users can query to obtain full clone sequences, particularly from AGI-coded data. The sequence coverage is selectable (full clone, 5' only, or 3' only) and each clone is linked to A. thaliana and NCBI Nucleotide records.

RMG (アーカイブ)
RMG (Archive)
Rice Mitochondrial Genome
This site contains information on the mitochondrial genome of rice, including sequences and physical maps. The original site (http: //rmg.rice.dna.affrc.go.jp/) has been closed. The RMG is available from LSDB archive site.
イネのミトコンドリアゲノム情報が掲載されています。 ミトコンドリアゲノムの配列や物理地図等の情報を参照できます。 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構によるオリジナルサイト（http: //rmg.rice.dna.affrc.go.jp/）の運用は終了致しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからRMGをご利用いただけます。

National Institute of Agrobiological Sciences
RMOS （アーカイブ）
RMOS (Archive)
Rice Microarray Opening Site
RMOS is a database of comprehensive information for Rice Microarray Project (April 1999 - March 2003). In addition to microarray data, users can also find information of the general background for Microarray techniques and the research data related to the custom microarray developed in the project.

イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年開始)に関する総合的な情報が掲載されています。一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照できます。
なお、国立研究開発法人農業生物資源研究所によるオリジナルサイト (http ://cdna01.dna.affrc.go.jp/RMOS/) の運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからRMOSをご利用いただけます。

University of Miyazaki Frontier Science Research Center
宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター
RPG
Ribosomal Protein Gene Database
The original site was retired, and it is available in NBDC Life Science Database Archive.
24種の真核生物、4種の古細菌、4種の真正細菌のリボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、フグ、ショウジョウバエ、線虫については、ミトコンドリアリボソームタンパク質遺伝子も収録されています。各遺伝子について、核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、オルソロググループの遺伝子構造とマルチプルアラインメントが掲載されています。

SASSC Quick search
The Sendai Arabidopsis Seed Stock Center
仙台シロイヌナズナ種子保存センター（SASSC）より寄託されたシロイヌナズナ野生株・近縁種等の種子に関わるデータベースです。各エントリーには葉の表現系や開花情報、写真が掲載されています。
SASSC is a search tool for finding Arabidopsis mutant seed lines. The site consists of a search box that can be used to locate genes of interest, retrieve information on mutant phenotypes, and request seeds.

東京大学 先端科学技術研究センター
The University of Tokyo Research Center for Advanced Science and Technology
SBM DB
Systems Biology and Medicine Database
SBM DB is comprehensive database of gene expression profiles. This database is constructed with three databases; 1) RefExA is a comprehensive gene expression database of Human normal tissues, normal cultured cells and cancer cell lines with geneChip HG-U133A, can help investigation of human disease. 2) HUVEC DB is a database for HUVEC (Human Umbilical Vein Endothelial Cells) gene expression with stimuli by TNF&alpha etc.. 3) IHC DB is a database for nuclear receptor protein expression and localization in each normal organ (rat tissues) using antibody and immunohistochemical staining. These databases enable to compare the transcriptome of various tissues, organs and experiments. mRNA expression levels of genes are measured with oligo-nucleotide DNA microarray geneChip.
SBM DBは包括的な遺伝子発現データベースです。 ヒトの正常組織や、様々な、組織や細胞、疾患状態や薬剤による遺伝子発現プロファイルを oligo-nuculeotide DNAマイクロアレイ「GeneChip(R)」により解析したものです。 当データベースの遺伝子発現データは、LSBM（Laboratory for Systems Biology and Medicine）、 およびその共同研究者により提供されています。

SCMD
Saccharomyces cerevisiae Morphological Database
出芽酵母遺伝子破壊株の形態（出芽の状態）の顕微鏡写真を収集し、形態の様々な特徴をパラメータ化しているデータベースです。細胞の大きさ、細長さ、芽の位置など細胞形態情報を定量的データとして取得する画像処理ソフトウェアを開発し、形態の特徴抽出や類似性による分類を自動的に行います。
SCMD is a database of micrographs of budding yeast with thousands of images of mutant strains and results from automated data mining analysis of several parameters of these mutants. genes and phenotypes can be searched and extensive phenotype statistics are provided.

The Medical Research Council (MRC) Laboratory of Molecular Biology
SCOP2
Structural Classification of Proteins 2
SCOP2 is a database for organizing structurally characterized proteins according to their structural and evolutionary relationships. In this database, proteins are organized according to their structural and evolutionary relationships, but instead of a simple tree-like hierarchy these relationships form a complex network of nodes. Then, the classification of proteins is described in terms of a directed acyclic graph in which each node defines a relationship of particular type and is exemplified by a region of protein structure and sequence.
PBDに登録されたタンパク質を構造と進化に着目して分類したデータベースです。分類されたタンパク質は類縁関係による単純な階層構造ではなく、タイプ（形状）、構造、進化、その他の4つのカテゴリーに定義された類縁関係ネットワークのノードとして扱われます。各データでは類縁関係ネットワークと代表的なタンパク質構造の領域や配列が表示されます。キーワード検索やグラフィカルなインターフェースによる類縁ネットワークからの検索が可能です．

Forestry and Forest Products Research Institute
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所
SGD
スギゲノムデータベース
Sugi Genome Database
本データベースは、スギ（Cryptomeria japonica ）とヒノキ（Chamaecyparis obtusa ）の遺伝子の部分塩基配列（EST）、DNAマーカー、遺伝連鎖地図、遺伝的多様性などに関する情報を提供しています。
Sugi Genome Database is a database for genome of sugi (Cryptomeria japonica) and a Japanese conifer (Chamaecyparis obtusa). It provides information about EST, DNA markers, a linkage map, and genetic diversity in these species.

Saccharomyces Genome Database
This is an integrated database for budding yeast Saccharomyces cerevisiae. It contains search and analysis tools based on genes, sequences, and functions, as well as information related to citations, and the community. The information is updated and maintained by curators. It enables users to find functional relationships to sequences and gene products of fungi and higher organisms can also be verified. The SGD also maintains all gene names for budding yeast through the gene Name Registry.
スタンフォード大学による出芽酵母の分子生物学データベースです。出芽酵母のゲノムや生物学に関する様々な情報が収録されており、キュレーターによって情報の更新や維持がなされています。SGDでは、Gene Name Registryと呼ばれる出芽酵母の全遺伝子名の管理も行っています。

SilkBase
EST analysis of silkworm gene expression
家蚕であるカイコ及び野蚕の一種であるエリサンはわが国独自のモデル生物であり、鱗翅目（絹糸昆虫および農業害虫の多くがここへ入る）の代表として世界の昆虫研究をリードする研究対象となっています。「SilkBase」は、これらカイコとエリサン(将来的に野蚕のクワコを追加)のゲノム情報を使って構築したデータベースで、ショウジョウバエや蚊類のゲノムデータベースなどでは得られない鱗翅目昆虫に特異的な遺伝子情報が大量に登録されています。
SilkBase is a database of expressed genes from Bombyx mori and the related species Samia cynthia ricini and Mandarina fosimid. The database contains thousands of EST reads from randomly selected cDNAs from each species. Users can perform keyword or BLAST searches for each against cDNAs. Links for requesting resources are also provided.

Silkworm Base
Silkworm Genetic Resource Database
Silkworm Base is a database of silkworm resources including eggs, larvae, pupas, cocoons and cloned DNA established by Kyushu University and National Institute of genetics. Silkworm Base consists of information on genetic resource stocks, mutant strains, references, distribution requests and related sites. Each entry contains a strain name, phenotype data, genetic background (gene symbol, allele, etc), origin, references, images and feeding ability. Users can search available resources by keywords from those items.
カイコリソースの総合データベースです。系統、変異体遺伝子情報のほか、文献情報等が掲載されており、目的に応じて各種バイオリソースの提供を受けることができます。

Silver Project: Ape Genome Sequencing
チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。
Silver Project: Ape Genome Sequencing is a repository of ape nucleotide sequences maintained by Division of Population genetics, National Institute of genetics (NIG). This database contains comparative data of human and ape sequences including those determined under Silver Project, chimpanzee and gorilla sequences retrieved from DDBJ/EMBL/GenBank International Nucleotide Sequence Database. Users can browse phylogenetic trees based on coding regions, noncoding regions or mitochondrial DNA, as well as alignments of human and ape sequences.

dbSNP
The Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP)
1～数塩基の置換、挿入/欠失、反復等の多型情報からなるデータベースです。各SNPについて、集団間での多型頻度の違いを視覚的に比較することもできます。
dbSNP collects information on polymorphisms based on single and small-scale multi-base substitutions, including insertions and deletions, microsatelites, and non-polymorphic variants. Differences in the frequency of polymorphisms in a population can be visually compared for each SNP.

九州大学 大学院生物資源環境科学府
Kyushu University Graduate School of Bioresource and Bioenvironmental Sciences
SPAD
Signaling Pathway Database
SPAD is a database of protein signaling cascades with pathway diagrams for a limited number of extracellular signaling pathways in three broad areas: growth factors, cytokines, and hormones. Each component of a pathway is hyperlinked to a page containing further details.
遺伝子発現や細胞増殖を制御する膨大なシグナル伝達パスウェイ情報を整理し、可視化したデータベースです。SPADでは、細胞内シグナルパスウエイの引き金となる細胞外シグナル分子に基づき、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスの4つのカテゴリーにパスウエイを分類しています。DNAやタンパク質の配列情報の他、タンパク質-タンパク質相互作用、タンパク質-DNA相互作用の情報も蓄積しています。

University of Reading
Species 2000
Species 2000 is a collection of all the species in the world (microbes, fungi, plants and animals). The data is obtained, and made available by combining a comprehensive number of species databases from all over the world. This enables the database developers to cover all the major organism groups. This checklist contains information on more than 1,3M species from 115 databases. It incorporates the Catalogue of Life, which contains a taxonomic tree of organisms and a nine-tiered taxonomic classification system that can be browsed and searched.
Species 2000は、生物多様性研究の基本となるデータセットとして、現在知られている地球上の生物（動物、植物、菌類、微生物）の種を全て列挙し、地球生物種カタログの作成を目指しているプロジェクトです。生物種データベース「Catalogue of Life」を公開しています。現在、80種類のデータベースに由来する1,293,517生物種の情報が収録されています。

Nara Institute of Science and Technology Graduate School of Biological Sciences
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
The NAISTrap Project
NAISTrap is a database of gene-trapped ES cell lines generated by a gene trapping method termed UPATrap. Each entry consists of following 7 items; the clone number, name of the trapped gene, expression pattern in ES cells, identity, coding sequence in mRNA, deleted region and trapped sequence. NAISTrap provides a tutorial for the UPATrap and other gene trapping methods. Users can order available resources by e-mail.
マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成しました。トラップされた遺伝子の配列と、さらにはその配列に基づいて作成したDNAマイクロアレイを用いてマウス体内における遺伝子発現パターンを解析しています。

京都大学 大学院医学研究科 附属動物実験施設
Institute of Laboratory Animals, Graduate School of Medicine, Kyoto University
NBRP-Rat
The National BioResource Project for the Rat in Japan
NBRP-Rat is a database for collection, preservation and supply of rat strains with phenotypic and genotypic profiles. NBRP-Rat contains standardized strains as well as many mutant lines (spontaneous mutants, congenic and recombinant strains, transgenic and mutagenized rats, etc) from Japan and abroad. This database provides a query form to order or deposit strains and research tools such as the phenome database, phylogenetic trees and a genetic chart. Users can search available strains by keywords, preservation status, genetic categories and research categories.
ラットの系統、特性、研究対象分野の検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。ラット資源の保存情報、世代数、特性や繁殖方法、参考文献などの情報が提供されています。

TMIG-2DPAGE Database
老化の指標となるタンパク質についての二次元電気泳動実験結果を掲載したデータベースです。
TMIG-2DPAGE Database is a database of aging-related proteome of human cells. This database contains information for investigating molecular mechanisms involved in cellular aging, aging-related diseases, and oxidative stress-induced cell damages. Each entry is linked to the standard spot protein map of the two-dimensional gel image of SDS-PAGE in order to be accessible by clicking the mouse on it. 2D gel images of TIG-3 (for profiling in-vitro aging of nornal human diploid fibroblasts), SH-SY5Y (human neuroblastoma-derived dopaminergic cell line), HUVEC (human umbilical vein endothelial cells) and Werner's syndrome skin fibroblasts (under construction) are included.

Tobacco EST clones from BY-2 cells Database Search
理研植物科学研究センター(PSC)より寄託を受けたタバコBY-2培養細胞ESTクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、BY-2 EST clone name、DDBJ accession numberを指定することが可能です。
This database of tobacco cDNA clones contains 5' and 3' sequence information for each clone, generated from BY-2 cells. Users can search by gene or clone information, or locate clones by BLAST search.

The University of Tokyo Graduate School of Pharmaceutical Sciences
東京大学 大学院薬学系研究科
TP-Search
TP-Search is an integrated database on drug transporters, which are thought to play an important role in the pharmacokinetics of drugs. This database contains information extracted from a large number of published papers. It includes information related to drug transporters, tissue, compounds name, drug-drug interaction, gender difference, KO mice and rats, pathophysiology and genetic diseases. Users are able to search by tissue name, genetic polymorphisms or genetic diseases. It's necessary to registrate with your e-mail address.

薬物体内動態を規定する重要な役割を果たしていることが想定される薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベースです。情報は文献から抽出されたものです。
このデータベースは以下の4つのサイトで構成されています。
1) Transporter information : http://togodb.dbcls.jp/tpsearch
トランスポーターの基質・阻害剤情報
2) Drug-drug interraction : http://togodb.dbcls.jp/tpsearch_ddi
薬剤間相互作用
3) Tpsearch pgx : http://togodb.dbcls.jp/tpsearch_pgx
ゲノム薬理
4) Pathophysiology : http://togodb.dbcls.jp/pathophysiology
病態生理

Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli
This database contains three working data tables displaying the effect of genes from a particular category on organismal characteristics, based on transcriptome analysis of the two-component system in E.coli. HTML and PDF formats are available.

大腸菌2成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データを公開しています。2成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の解析が可能です。
※2012年9月時点で画面によってはリンクエラーが生じます。

Tel Aviv University
TranspoGene
The influence of Transposed Elements (TEs) on the transcriptome of 7 species
7生物種のタンパク質コード領域に存在する可動性遺伝因子Transposed Elements (TEs) のデータベースです。TEsの種類やファミリー、ホスト遺伝子に関する情報が収録されています。
Transpogene is a database that focusses on how the transcriptome of 7 species are influenced by transposed elements (TEs). It consists of a collection of TEs, which are located in the protein-coding genes of these organisms. The genomes represented are human, mouse, chicken, Zebrafish, fruit fly, nematode and sea squirt, evidently stretching widely across the animal kingdom. Examples of effects these TEs may have on their hosting genes include the creation of new exons, insertion of TEs into introns, exons, and promoters and involvement in the cause and development of diseases. A search option is available where a keyword e.g. the Swissprot entry name or a number of other identifying codes can be entered and various criteria can be selected to narrow down the search results. The Transpogene database is also downloadable in its entirety.

Transposon tag line Database Search
理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異開発研究チームより寄託を受けたトランスポゾンタグライン（第１および第５染色体上に存在するDs因子の転移により挿入変異が生じたライン）の検索ページです。本カタログにはTail PCRにより得られた配列情報についてblast searchを行い、上位２番目までの挿入位置の候補について、近傍にあるMIPSのAGI code numberにより表示を行っています。多くの場合は１番目に記載された位置が正しいと予想されます。検索はGSCのカタログに掲載されているライン番号、ないしはAGI code numberで行ってください。
This database of Arabidopsis transposon mutants can be searched by line ID or gene model ID to locate available mutants, which can be ordered for further study.

TraP
Transcription Product Database
This database compares a number of metabolic pathways in a group of seven single-celled microorganisms (also called archaea) namely the citric acid cycle, the energy producing glycolytic pathway and the processes by which amino acids and nucleic acids are synthesized. Links to two related databases, namely Archaic (ARCHAebacterial Information Collection) and Arch genet (Archaeal gene Network) are available. These were tested and found functional.
古細菌7種の間で、代謝経路（解糖系、TCA回路、電子伝達系、アミノ酸生合成、核酸生合成）を比較したデータベースです。種による差分のハイライト表示が可能です。

TRSIG
Database on Translational Signals
TRSIG is a database of mRNA sequence elements that influence translation events. The database contains signals such as regulatory elements and caps. The database can be searched by BLAST, or annotated signals can be browsed.
遺伝子発現は転写だけでなく、翻訳のレベルでも制御されています。そこで、mRNAの翻訳レベルでのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベースを構築しました。現在、18種類のウィルス、10種類の植物、10種類の動物のシグナルを収録しています。

University of California, Santa Cruz
UCSC Genome Bioinformatics

UCSC Genome Bioinformatics is a database which contains the reference sequence and working draft assemblies for a large collection of genomes. It is also a portal site to the ENCODE and Neandertal projects.
This database provides following tools;
1) The Genome Browser zooms and scrolls over chromosomes, showing the work of annotators worldwide.
2) The gene Sorter shows expression, homology and other information on groups of genes that can be related in many ways.
3) Blat quickly maps your sequence to the genome.
4) The Table Browser provides convenient access to the underlying database.
5) Visigene lets you browse through a large collection of in situ mouse and frog images to examine expression patterns.
6) Genome Graphs allows you to upload and display genome-wide data sets.

ゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムブラウザ/データベースとして公開しているプロジェクトです。ゲノム上にマッピングされた様々な分子情報や実験データを閲覧する機能や、ホモロジー検索、データダウンロードなどの便利な機能を提供しています。ユーザ側が用意したデータをゲノムブラウザ上に表示させることも可能です。

UniGene
転写産物の非冗長配列セット（クラスター）を自動的に生成し、収録しています。各クラスターは別々の遺伝子、あるいは発現偽遺伝子を表し、クラスタごとに相同タンパク、遺伝子発現、ゲノム位置、mRNA配列、EST配列、cDNAクローンの情報を提供しています。
This database contains sets of transcriptional sequences obtained from the same locus. It includes information such as the homology between transcripts and the reference protein, expression pattern, cDNA clones, and genomic position.

UniProt Consortium
Switzerland
スイス
UniProt
The Universal Protein Resource
This database contains information on amino acid sequences and their functions. It is composed of four core databases, UniProtKB, UniRef, UniParc, and Proteomes. UniProtKB contains two types of data, which are manually curated high quality SwissProt annotations based on literature information, and automatically annotated TrEMBL. UniRef provides results of sequence similarity searches. UniParc integrates information such as ID for other databases per sequence ID. Proteomes provides proteome data of each organism with completely sequenced genomes.

アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから構成されています。
UniProtKB: 文献情報などを元に手作業で高品質のアノテーションを付けたSwissProtと、機械的にアノテーションを加えたTrEMBLを公開しています。
UniRef: あらかじめ行われた配列相同性検索の結果を提供しています。
UniParc: 配列IDごとに他のデータベースのID等の情報をまとめています。

Probe
遺伝子型決定や遺伝子発現解析、SNP解析、ゲノムマッピング、遺伝子サイレンシングなどの研究に用いられる核酸プローブ情報を登録するデータベースです。各プローブにつき、配列、文献、実験方法が掲載されています。実験の目的や種類、プローブのタイプで検索することができます。

UTGB Medaka Genome Browser
University of Tokyo Genome Browser
This is a browser for the Medaka (Oryzias latipes) genome. The site allows users to perform BLAST searches or query by ID. Data is also available for download.
UTGB (University of Tokyo Genome Browser) を利用したメダカに関するゲノムブラウザです。予測遺伝子、EST、GC含有量、繰り返しと比較ゲノミクスなど基本的な情報をブラウズできます。また、遺伝子マーカー、PCRプライマー、BAC (遺伝子導入ベクター)、フォスミドベクター、SNPおよび挿入/欠損、SAGEタグの情報も提供しています。 UTGBゲノムブラウザはToolkitとしてダウンロードが可能です。

V. parahaemolyticus Genome Information
VPARA is a database of Vibrio parahaemolyticus genome sequence data. The database features BLAST and keyword searching and provides data for download in several formats.
腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。データ全体の一括ダウンロードも可能です。

XDB
Xenopus laevis Database
XDB is a database of Xenopus laevis EST sequences. The database contains over 250,000 ESTs that can be searched by BLAST, keyword, or domain. A spatial expression browser is also available.
アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されています。アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされています。WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されています。

XenoBiores
ナショナルバイオリソースプロジェクト 「ネッタイツメガエルの近交化・標準系統の樹立・提供」のWEBサイト
NBRPネッタイツメガエルのプロジェクトは平成24年3月に終了し、同6月に新規事業として再スタートしました。過去に収集されたネッタイツメガエルの近交化、標準系統の樹立、および、その保存と提供を行います。現在は、安田系統、Ivory Coast 系統を提供し、旧NBRP として東京大学で維持してきたNigerian、Golden、および浅島の各系統は、産業技術総合研究所 幹細胞工学研究センター 器官発生研究チームから提供されています。
広島大学 大学院理学研究科附属両生類研究施設

Osaka City University Graduate School of Medicine
大阪市立大学 大学院理学研究科
Yeast
National BioResource Project - Yeast
ナショナルバイオリソースプロジェクト - 酵母
分裂、出芽酵母株の菌株、プラスミド、ライブラリ、完全長cDNAなどのリソースの検索が可能です。また、それらの分与申し込みも可能です。
National BioResource Project - Yeast is a database of the budding yeast (Saccharomyces cerevisiae) and the fission yeast (Schizosaccharomyces pombe) resources. This database contains strains, plasmids, genomic DNA and cDNA clones of yeast strains. Users can search available resources by keywords such as loci, genes and depositor's name.

The University of Tokyo Graduate School of Agricultural and Life Sciences
東京大学 大学院農学生命科学研究科
Bombyx mori EST Sequences in Full-length cDNA Libraries
カイコ完全長cDNAデータベース
カイコの完全長cDNAデータベースです。カイコ完全長cDNA末端塩基配列データベース、カイコEST塩基配列データベース(SilkBase) を対象にしてBLASTによる相同性検索が可能です。
Bombyx mori EST Sequences in Full-length cDNA Libraries is a database of silkworm (Bombyx mori) EST sequences maintained by Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo. Each enrtry contains a clone name and full-length sequence. Users can perform BLAST search against EST sequences, and retrieve the sequences from this database and SilkBase; another database of silkworm ESTs.

Mutant Panel
Tos17ミュータントパネルのページ
Rice Tos17 Insertion Mutant Database
農業生物資源研究所遺伝子機能研究チームは、イネの遺伝子破壊系統を内在性トランスポゾン(Tos17)を転移させて作成しています。このデータベースではトランスポゾンに隣接する塩基配列を検索したり、3次元DNAプールを用いたPCRスクリーニングの結果から系統名を検索できるようにしています。利用にはユーザ登録が必要です。
The Functional Genomics Research Team at the National Institute of Agricultural Sciences is creating a gene disruption system in rice using the endogenous transposon, Tos17. This database allows users to search sequences adjacent to the transposon, as well as strain names from the results of PCR screening using a three-dimensional DNA pool. User registration is required for access.

原生生物情報サーバ
原生生物とその他の微生物の画像（静止画 81037枚、内訳：総計765属、3203種、15434サンプル、および、動画 2261クリップ、淡水産が主）と関連情報を提供しています。
法政大学

植物遺伝子材料カタログ
平成8年度より植物細胞開発銀行より提供をおこなっていた遺伝子材料について引き続き実験植物開発室より提供を行なっています。

植物培養細胞カタログ
平成8年度より植物細胞開発銀行が提供をおこなっていた植物培養細胞のカタログです。植物細胞開発銀行の業務は2001年4月より理化学研究所バイオリソースセンターに移管しており、現在では実験植物開発室が行なっています。

統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル
高感度の放射活性を利用したDNAアレイを利用して、統合失調症の脳3領域における病態遺伝子プロファイルを取得し、約2-3000個の主要な既知遺伝子mRNAの発現変化率とその個人差を解析した結果を公開しています。
新潟大学 脳研究所 基礎神経科学部門 分子神経生物学分野

AgriTOGO
農林水産生物ゲノム情報統合データベース
農林水産生物ゲノム情報統合データベースは、農林水産省の研究の成果として公開している情報を統合し、より価値の高い情報を発信することを目的としています。統合検索システム、統合データベース、データベースや解説ツールの紹介、ダウンロードデータなどを提供しています。

3DPSD
３次元医薬品構造データベース
３次元医薬品構造データベース(3DPSD)は医療用医薬品の３次元構造を格納したデータベースで、全ての構造データを公開しています。3DPSDは医薬品の一般名（英名）をアルファベット順に収納し、名称により検索できる階層型データベースと、平面構造式を用いて医薬品を検索できる構造検索システムから成ります。階層型データベースが収納する３次元構造データは、分子モデリングの手法によって計算された分子の最安定構造や分子の運動性を表すアニメーション、電子密度面に貼り付けた静電ポテンシャルマップなどを提供しています。
東京薬科大学 薬学部

GETDB
Gal4 Enhancer Trap Insertion Database
GETDB is a collection of information of Gal4 enhancer trap lines in D. melanogaster. The database contains insertion site, expression pattern, and mutant phenotype information on nearly 7000 gene trap fly lines. Users can search or browse by gene, location, chromosome position, and strain ID. Insertions were mapped using 5' end mapping of the Gal4 promoter. Stocks of the insertion mutants are also available.
ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定しました。また挿入位置をゲノム配列上にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにしました。本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されています。

TABR
Tropical bee reference database
Tropical Asian Bees Reference Database
TABR is a reference database of tropical asian bees. A taxon is treated as one record in this database, and each record is composed of 11 items including taxonomical information (sex, locality and depository of the type, source of the original description), distributional data and references. Users can search records by keywords from these items.
熱帯アジア産ハナバチ類文献データベース(TABR)は、熱帯・亜熱帯アジア産ハナバチ類に関する主要な文献について、掲載された各文献中のハナバチの分類単位(種、属、科等の学名)を一つのレコードとした英語による文献データベースです。各レコードには、科名、属名、同物異名、分布のほか、文献、模式産地、模式標本の所在地など11項目を採録しています。

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 作物研究所
National Agriculture and Food Research Organization,National Institute of Crop Science
Soybean Proteome Database
ダイズプロテオームデータベース
二次元電気泳動および電気泳動を介さない方法によるダイズのプロテオーム解析の結果を主に収録しているデータベースです。ダイズの各器官に存在するタンパク質や細胞内局在性を示すタンパク質やストレス応答性を示すタンパク質を経時的にダイズ写真等から閲覧することが可能です。またトランスクリプトーム解析、メタボローム解析のデータ、及び各種実験のプロトコルPDFも公開しています。
This is a database of soybean proteins. The database contains comparative information on the proteomes of several tissues in various environmental conditions. The proteomes of leaf, hypocotyl, and root were determined by 2D-PAGE and can be comparatively analyzed.

富山大学 和漢医薬学総合研究所
University of Toyama Institute of Natural Medicine
ETHMEDmmm
民族薬物データベース
The Data Base of Ethno-medicines in the world
民族薬物データベースには、民族薬物資料館に保管されている生薬の標本情報及び学術情報が収録されています。その内、和漢薬4,800点（英語3,500点）、ユナニー生薬177点、タイ生薬668点、アーユルヴェーダ生薬1,949点、インドネシア（ジャムー）生薬612点を公開しています。
ETHMEDmmm is a database of collections which stored in The Museum of Materia Medica. It contains both general and scientific information of the samples; traditional Japanese & Chinese crude drug, Unani crude drug, Thai crude drug, Ayurvedic crude drugs and Indonesian (JAMU) crude drugs. Each entry includes common name, English name, function, properties, common uses, etc..

可移植性腫瘍株一覧表
この一覧表は、全国の研究者にアンケートを送って移植腫瘍の情報を収集し、まとめたものです。1,002株の情報が収められています。

Swiss Institute of Bioinformatics
PROSITE
Database of protein domains, families and functional sites
ExPASy PROSITE is a database of protein domains, protein families and their functional sites. This repository also provides profiles and associated patterns, which can be used to identify the above. This version (20.91) was made available on 4 March 2013. It contains 1,661 documentation entries, 1,053 profiles and 1,308 patterns. The database can be searched by entering a document number, a ProRule description, a taxonomic series or by calling up a page, whereupon the proteins are listed according to the number of positive UniProtKB hits, from most to least. The option is also provided to have a sequence scanned against PROSITE patterns and profiles. In the Advanced search option that is available, additional criteria may be added when a scan request is entered to specify the results more accurately.
タンパク質のファミリーやドメインに関するデータベースで、主にUniProtKB/Swiss-Protエントリーのドメイン機能のアノテーションに使用されています。現在、1,000以上のファミリーやドメインに対して特徴的なパターンやプロファイルを収集しています。各ファミリーやドメインを解説した文書エントリーおよびプロファイルやパターンに基づいたProRuleエントリーで構成されています。ユーザーが入力した配列からドメインや機能部位を予測することもできます。

Weizmann Institute of Science
GeneCards
geneCards Version 3 is a database of human genes that provides brief but comprehensive genomic related data, on all known human genes. The information consists of data on transcriptomes, proteomes, functions and disease involvement of human genes. This content was obtained from a large number of relevant sources. Approved gene symbols and standard nomenclature is used. The site provides information on a total of 122,413 genes, which include 21660 protein-coding genes, 79,344 RNA genes, 16,763 pseudogenes, 767 genetic loci, 146 gene clusters and 3,733 genes that cannot be placed in any of these categories. A simple keyword search option and an advanced search option are available.
オーソロジー、疾患関連、SNPs、遺伝子発現、遺伝子機能はもちろん、広範囲に存在するゲノミクス、プロテオミクス、トランスクリプトミクス情報を効率よく検索できるようにしたヒトゲノム情報のデータベースです。

Epigenomics
This site is a comprehensive collection of research results on chromatin modifications (histone modifications, DNA methylation, DNase footprinting) in genomes. Each record contains sample information, assay type, source data, and citations. Additionally, experimental data can be visualized on genomic sequences using the NCBI sequence viewer.

クロマチン修飾（ヒストン修飾、DNAメチル化、DNA分解酵素フットプリント法）のゲノム網羅的研究結果を収録しています。一研究につき、サンプル情報、アッセイの種類、データソース、文献情報が登録されており、実験データはNCBIシーケンスビューワを用いてゲノム配列上に視覚的に分かりやすく表示されます。

NCBIによるEpigenomicsの運用は終了しました。引き続きのデータ利用やダウンロードに関する情報がNCBIのサイト （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/browse/） に掲載されています。

dbVar
Database of Genomic Structural Variation
大規模なゲノム構造変異（挿入、欠失、転座、逆位など）に関する情報を収録しています。
This database contains information on large-scale variations in genomic structure (insertions, deletions, translocations, and inversions, etc.). Information can be searched by keyword, a research browse list, or the genome browser.

Johns Hopkins University
Plasma Proteome Database
ヒト血漿タンパク質とそのisoformの包括的リソースです。Isoform特異的発現、関連する疾患、局在、翻訳後修飾、一塩基多型の情報が収集されています。このデータベースで提供される情報は、徹底的な文献調査のもと手作業によるアノテーション付与がなされています。各タンパク質は、キーワードによる検索、あるいは分子機能、ドメイン、モチーフ、PTM、細胞構成成分のカテゴリーから辿ることができます。
This database is a comprehensive resource on proteins and their isoforms contained in human blood plasma and serum. It contains information on isoform-specific expression, associated disease, localization, post-translational modifications, and single nucleotide polymorphisms. All of the information is manually annotated after a thorough review and investigation of the literature. Each protein can be searched and browsed by keywords, molecular function, domains, motifs, PTM, and cellular constituents.

American Museum of Natural History
Amphibian Species of the World
This is a database of amphibian species in the World, with stratified biological classification. It contains information on synonyms, English name, habitat (distribution), subclassification, comments, and literature for each classification (class, order, family, subfamily, genus, and species).
世界に生息する両性類の種のデータベース。階層化された両生類の生物学上の分類が表示され、各分類（網:class、目:order、科:family、亜科:subfamily、属:genus、種:species）ついて同義語、英語名、生息地域（分布）、下位分類、コメントを見ることができます。

The National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)
AnoBase
The Anopheles Database
This is a database on mosquitoes that are vectors for malaria such as Anopheles gambiae and Aedes aegypti, as well as their genomes. It contains information related to research on drug resistance, species name, and vectors. The database can be filtered by species name or source region of infestation
ガンビエハマダラカ、ネッタイシマカなどのマラリアを媒介する蚊の種名情報やゲノム情報のデータベースです。

Bird Studies Canada
Avibase
The World Bird Database
全世界に生息する鳥に関するデータベース。鳥の分布、分類、同義語、各言語での名称表記法（日本語もある）等を見ることができ、分布は世界地図（画像）で見ることができます。鳥の調査のために世界各地を訪れた際の記録も公開されています。
This is a database of birds. It contains information on distribution, classification, and synonyms in a variety of languages. The distribution can be viewed as a world map. It also contains records from world-wide investigations of birds.

The Consortium for the Barcode of Life (CBOL)
BOLD
Barcode of Life Data Systems

DNAバーコード （生物種を特徴付ける短いDNA配列）のデータベースです。
以下の4つのデータベースで構成されています。
（1）「Public Data Portal」 公開されたバーコード情報を収録したデータベース。
（2）「BIN Database」 種に固有な配列クラスターであるバーコードインデックス番号（BINs）のデータベース。
（3）「Publication」 文献のデータベース。
（4）「Primer」 バーコードを作成するために使用するプライマーのデータベース。
また、各データを検索、利用するためのページとして、公開情報を検索する「DATA PORTAL」、教育のためのプラットフォームとなる「EDUCATION PORTAL」、BINsを検索することのできる「BIN DATABASE」、バーコードやその他の配列の収集、分析をサポートするデータコレクションや解析環境を収録した「WORKBENCH」が備えられています。

BOLD is a portal database for the acquisition, storage, analysis, and publication of DNA barcode records. It's constructed with four databases;
1) Public Data Portal is a data retrieval interface that allows for searching all 1.3M public records in BOLD using multiple search criteria including geography, taxonomy, and depository. Search results can be summarized, plotted on high-res maps, and downloaded.
2) BIN database is a searchable database of Barcode Index Numbers (BINs), sequence clusters that closely approximate species.
3) Publication is a collection of barcode publications and publications that have utilized barcode records.
4) Primer database is a comprehensive registry of primers used in the generation of barcode sequences.

BGPlants
Data-base on the plants kept in the Botanical Garden
施設に保存されている研究用植物のデータベース。日本全国の植物園などの施設に系統保存されている植物データの登録・公開を行っています。
研究用植物データベース作成グループ

Bio-Resourse Network
Bio-Resourse Networkの各種システムは、微生物株の分類同定を支援し、ユーザの研究資材データベース作成を支援します。

SRI International
BioCyc
各種生物の代謝マップが納められたパスウェイデータベースです。
This is a collection of metabolic pathways and their genomes for each species. It contains predictions of metabolic pathways, genome regions of unidentified enzymes, and operons for species, about organisms which sequence analysis is completed. Furthermore, the site has the information on metabolic pathway collected from journal articles, a genome browser, visualization tools, and a search tool.

Fred Hutchinson Cancer Research Center
Blocks
類似タンパク質のアミノ酸配列のマルチプルアライメントから自動的に抽出したモチーフのデータベースです。
This is a database of automatically extracted motifs from multiple amino acid sequence alignments of similar proteins.

CAGE Basic Viewer
CAGE Viewer is a database of mouse CAGE sequencing information. The database contains sequences and statistics on data obtained from Cap-Analysis gene expression experiments by the FANTOM consortium. Users can access data by library, tissue, developmental stage, or chromosome. Several search functions are supported.
CAGE法によって集められたRNAライブラリやCAGEライブラリなどのデータを検索、閲覧するシステムです。CAGE(Cap Analysis Gene Expression)法とは、遺伝子プロモーター領域を効率よく同定できる手法です。このCAGE法を用いることによって、遺伝子の転写開始点を見つけるために必要な短い配列（タグ）を短時間で大量に収集することができます。

The University of Alabama
CarpeDB
A Comprehensive Database on the Genetics of Epilepsy
遺伝性てんかんの包括的なデータベースで、遺伝子の情報や論文情報を閲覧できます。また新規データの登録も受付けています。
CarpeDB is a portal database of epilepsy genetics. It contains information of epilepsy genes and associated publications. Researchers are able to submit new epilepsy genes and/or candidates, or scientific papers and/or abstracts. This database is available as a novel source for epilepsy researchers by featuring scores of epilepsy genes and associated publications in one locus.

CGAP
The Cancer Genome Anatomy Project
種々の臓器における正常、前癌、癌の各細胞で発現している遺伝子を収録したデータベースです。米国立癌研究所（NCI）のプロジェクトで、正常、前がん状態、がん細胞の発現プロファイルを決定し、がんの発見や診断、治療を向上させることを目標としています。本プロジェクトのリソースはがん関連コミュニティにおいて広く入手することができます。
This database is a collection of gene expression profiles of normal, precancer, and cancer cells. It is a project of the National Cancer Institute in the US, with the objective of improving detection, diagnosis, and treatment of cancer. Resources for this project can be obtained through cancer-related communities.

Codon Table
各種生物のコドンテーブルを掲載。
Codon Table is a database of mRNA codon interpretations and statistics, such as frequency of use in the genome. The database contains cytoplasmic and mitochondrial genetic code information for several species, including animals, plants, and bacteria.

Conserved Domains and Protein Classification

This site contains annotations and tools for protein domain structures. It is comprised of:
(1) Conserved Domain Database (CDD), which contains information on well-annotated multiple sequence alignment models for ancient domains and full-length proteins,(2) CD-Search and Batch CD-Search for search domains in the Conserved Domain Database (CDD) and conserved domains on multiple protein sequences respectively,(3) Subfamily Protein Architecture Labeling Engine (SPARCLE), which is a resource of the functional characterization of protein sequences,(4) Conserved Domain Architecture Retrieval Tool (CDART) for search protein similarities based on domain architecture,r and
(5) CDTree for a helper application.

蛋白質の保存されたドメイン構造についてのアノテーションデータベースです。

Salk Institute
CREB Target Gene Database

転写因子CREB（cyclic AMP response element-binding protein：cAMP応答配列結合タンパク質）の標的遺伝子のデータベースです。データベース内の各遺伝子には以下の情報が与えられています。
1. プロモータ上のCREB結合部位
2. CREBによるプロモータ局在
3. 細胞組織内のcAMPによる遺伝子活性化

This is a database of target genes for the transcription factor CREB (cyclic AMP response element-binding protein). The following information is included for each target gene:
1. CREB binding site on the promoter
2. Promoter localization due to CREB
3. gene activation by cAMP in cellular tissues

DGVa
Database of Genomic Variants Archive
ゲノム上の構造多型データベース。すべての生物種および表現型の生物の構造多型を対象に登録されたデータを、閲覧、ダウンロードすることができます。収録データは、構造多型、ゲノム上の挿入(insertions)、欠失(deletions)、コピー数多型(CNVs：copy number variants)が対象となっています。NCBIのDbVarとカナダのDGVとの国際共同データベースの一環です。
DGVa (Database of Genomic Variants archive) is a repository that offers the storage of, access to and sharing of available genomic structural variants, in all species. This repository receives information from, and supplies data to, a number of resources. The database contains information on variations at the single nucleotide level as well as on variations ranging from tens to thousands of base pairs and more in size. Data on deletions, insertions, translocations and inversions are supplied. These variations are important in the medical field since they probably play a major role in the development of disease. It is also becoming evident that genomic structural variations have an important effect on an individual's characteristics and is therefore of significant value to study and understand, as is the role it has played in the evolution of species. Data can be downloaded as DVF files, searched for in the Ensembl Genome Browser or found in the Database of Genomic Variants.

Center for Genetic Medicine
Disease Ontology Wiki
疾患オントロジー。この疾患オントロジーでは、病気とその関連症状を特定の医学コードに容易にマッピングできるように設計されています。
This is a disease ontology database. It is designed to link datasets related to disease, which includes genetic data, clinical data and symptoms.

EcoCyc
This is a database provides information on genes, metabolites, reactions, operons and metabolic pathway of Escherichia coli. The data were curated based on literature. It is a member of the BioCyc database collections.
大腸菌のゲノム、代謝産物、代謝経路に関する情報データベースです。文献から得られた遺伝子、遺伝子産物（タンパク質、酵素）、関連するパスウェイ、遺伝子の位置などの情報やパスウェイマップが収録されています。BioCyc database collectionの1つです。

Dana-Farber Cancer Institute
EGO
Eukaryotic Gene Orthologues

真核生物のオーソロガス遺伝子のデータベースです。

Dana-Farber Cancer InstituteによるEGOの運用は終了しました。EGOのデータはTGIのFTPサイト （ftp://occams.dfci.harvard.edu/pub/bio/tgi/data/EGO/） からダウンロードが可能です。また、TGIプロジェクトの情報はDana-Farber Cancer Instituteのサイト （http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/） に掲載されています。

ENZYME
Enzyme nomenclature database
ExPASy ENZYME is a database of the classified naming system of enzymes and information related to their names. This database contains 5,096 active entries and was last updated on 6 March 2013. The repository can be searched by entering an EC number, enzyme class, description (official or alternative name), chemical compound or cofactor or by entering one or more words found in the comments attached to the entries.
酵素の分類、名前、機能、基質、生成物、阻害剤などを登録したデータベースです。

EROP-Moscow
Endogenous Regulatory OligoPeptide knowledgebase
オリゴペプチド配列のデータベース。オリゴペプチドの構造、機能、翻訳後修飾等、クォリティの高いアノテーションを提供しています。
EROP(Endogenous Regulatory OligoPeptide)-Moscow is a database that provides information on a collection of oligopeptide sequences. These sequences contain any number of amino acid residues, from 2 to 50. Annotations of a high level of accuracy, such as an oligopeptide's source, function, structure and post-translational modifications are provided. This database contains information on 10,229 sequences. Information can be retrieved by entering the EROP-accession ID, the name of the oligopeptide, its function, the family name and/or the biological classification (oligopeptide source). The database may also be searched by entering physicochemical features, for instance, the amino acid number, its sequence or molecular mass. This version was released on 21 August 2010.

Experimental Animal Database Search
実験動物の情報データベースです。日本実験動物協会が収集及び提供する動物実験関連情報を検索することができます。

Keio University
慶應義塾大学
FABA
Four-dimensional Ascidian Body Atlas
多細胞生物の発生の時間的経過に伴う３次元構造画像のデータベース。カタユウレイボヤの受精卵から孵化後幼生までの26段階の発生ステージについて、形態の3次元画像および断面画像を取得し、データベース化しています。これらの画像は、Alexa蛍光ファロイジンで染色したホヤのF-アクチンを共焦点レーザー走査顕微鏡（CLSM）で可視化し、3000枚以上の画像を再構築することにより得られたものです。
FABA is a database of the developmental stages of Ciona intestinalis, with 3D images taken at critical time points, as well as movies of the development process, for standardization of C. intestinalis studies. Images were acquired at zygote, cleavage, gastrula, neurula, tailbud, and larva stages. Downloads are available, as is a companion site (FABA2) with images of organisms post-hatching.

FACTS
Functional Association/Annotation of cDNA Clones from Text/Sequence Sources
遺伝子に、文献情報をマッピングしたデータベースです。

Cardiff University School of Medicine
FIDD
The Frequency of Inherited Disorders Database
FIDD (Frequency of Inherited Disorders Database) belongs to the Institute of Medical genetics at the Cardiff University School of Medicine. This database provides information about the frequency of human Mendelian disorders and how widespread these diseases occur. The site was created for the purpose of use in medical research and the study of epidemiological occurrences in order to establish genetic service delivery. FIDD contains a total of 1580 records of human genetic disorders listed in 14 groups related to the organ, body system or biological function affected. There are 280 disorders that are covered, and of them 109 are autosomal dominant, 136 are autosomal recessive and 35 are X-linked. There are 969 articles, which have been published in 215 journals, a variety of 119 books, 9 doctoral theses and 22 reports that were scrutinized to obtain the information available in this repository. The results reveal 24 cardiac disorders, 34 endocrine disorders and 44 disorders of the eye. It also contains information on 31 disorders of the gastrointestinal system, 353 hematological anomalies and 22 disorders causing mental handicaps. A total of 234 disorders of the metabolic system and 588 affecting the neurological and neuromuscular systems are described, and 3 psychiatric disorders, 35 of the renal system and 25 respiratory disorders are also covered. The information content also include 72 disorders of the skeletal and craniofacial group, 46 skin anomalies and 69 disorders that could not be allocated to a specific body system. A keyword search option is available whereby information can be retrieved by entering the body system, disease, population or OMIM number in question.
世界中の遺伝病に関する情報を文献から収集・整理したデータベース。

FishBase Consortium
FishBase
FishBase is a relational database containing information about fish around the world to cater to different professionals such as research scientists, fisheries managers, zoologists and many more. Each entry contains scientific names, common names , pictures, links to other tables, links to internet sources, etc. Moreover, various genetic data are available for many species. All items are referenced, with full citation. Scientific names are verified against Eschmeyer's Catalog of Fishes. Users enter FishBase through common names which classified by country and language. Full academic course with exercises in Ichthyology is available in Fish-On-Line.
世界中に生息する魚類の詳細な情報を集めたデータベースです。

The University of Edinburgh
Flytrap
ショウジョウバエ脳におけるP（Gal4）line の発現パターンを収録したデータベースです。
Flytrap is an HTML-based repository on gene expression. This database provides information on gene expression patterns in the brain of the fruit fly Drosophila. The P-element transposon of Drosophila makes it possible to develop enhancer-trap elements containing minimal promoter regions, which induce transcription. The data is displayed as a list of all the lines studied. This list still needs to be completed and many images have not been annotated or mapped yet. The final list will, after completion, contain 300 lines. A basic keyword search option is available.

FMRIDC
The fMRI Data Center
機能的磁気共鳴映像法（fMRI）データの集積所としての役割をはたしているサイトです。

University of Washington
FMA
FoundationalModelAnatomy
Foundational Model Anatomy

人体の解剖学における用語を統一するための情報データベースです。ヒトの体の解剖学の用語について、人間にもコンピュータにも理解できるようにオントロジーをフレームワーク化しています。
このサイトはオープンソースであり、ダウンロードして使用します。また、このオントロジーフレームワークは他の生物種まで拡大して適用できます。

FMA is a computer-based knowledge source for biomedical informatics. This site is open source and available for general use. It contains a domain ontology that represents a coherent body of explicit declarative knowledge about human anatomy. Its ontological framework can be applied and extended to all other species.

Office of Biotechnology Activities
GeMCRIS
Genetic Modification Clinical Research Information System
NIHにより登録されたヒトの遺伝子導入研究に関する情報を提供するデータベースです。研究対象となる疾患、研究に使用される遺伝子産物、遺伝子産物の配布情報、プロトコルの概要等を収録しています。プロトコル、研究者、用語集からの絞り込みと検索が可能です。
The GeMCRIS is a resource that provides information of human gene transfer research registred with the NIH, which contains medical onditions under study, gene products used study, information of delivery of gene products, and summary of protocols. Searches are possible by protocol, researcher, or keywords.

Universite Rene Descartes
GENATLAS

Genatlas is a collection of information on gene mapping and the diseases they are genetically related to.
The data is obtained by scanning available literature on a regular basis.
This database contains information on 22,723 genes, 5,065 phenotypes and 113,755 citations.
New information is available immediately after the site is updated and this is done daily.
Several search options are available.
A search for all genes involved with one disease, called a phenotype search, reveals information pertaining to chromosomal diseases.
A full search of the gene Database, on the basis of DNA characteristics, RNA characteristics, protein characteristics, expression, and/or pathology gives information about all diseases related to one gene.
A search of the Citation Database leads to a list of all citations about a particular gene or disease.

ヒトゲノム計画の成果を公開している分子生物学データベースです。

GenBank
公に利用できる注釈付きDNA配列のデータベース。 The International Nucleotide Sequence Database Collaborationの一部。 the DNA DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL) と相互にデータ交換を毎日行っています。
This is a public database of DNA sequences with annotations. It is a part of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration, and cooperates with the DNA DataBank of Japan (DDBJ) as well as the European Molecular Biology Laboratory (EMBL).

Genomics Institute of the Novartis Research Foundation
BioGPS
ヒトおよびマウスの遺伝子発現情報データベース。
This site collects information of genes, and has customizability and extensibility features.The data can be searched by gene symbol, gene ID, gene ontology, Affymetrix IDs, Interpro, and genomic intervals. It contains information of tissue-specific expression levels, many kinds of accessions, functional annotations, links to information of transcripts and proteins, and citations.

GeneLoc
geneLoc Version 3.09 is a database consisting of integrated maps for all human chromosomes. Each gene is assigned a geneCards ID indicating its location in the human genome. The database takes into account every exon and classifies DNA segments, among other criteria, according to sequence tagged sites and expressed sequence tag clusters. Links to relevant databases are provided. This repository contains a total of 543,907 entries of which 115,002 are gene symbols, 23,768 are EST clusters and 405,137 are markers. A keyword search option is available.
ヒト染色体の統合化されたマップを公開しています。

GenomeNet
ゲノムネットは、生物学・医学に関連したさまざまなデータベースと解析ツールが誰でも自由に利用できるインターネットサービスです。世界中に存在する生物学・医学関連の多様なデータベースを、各研究者のデスクトップで統合して利用できる環境を目指しています。

GenomeNet is a Japanese network of database resources and bioinformatics tools constructed by Kyoto University Bioinformatics Center. GenomeNet provides following resources and services.
1. Integrated database retrieval system (DBGET)
2. Databases for genome research and biomedical science (KEGG, varDB, community databases of collaborators, etc)
3. Bioinformatics tools for sequence, genome and chemical analysis (BLAST / FASTA, OC Viewer, SIMCOMP / SUBCOMP, etc)

The Invasive Species Specialist Group
GISD
Global Invasive Species Database
全世界の侵入生物種（invasive species）に関するデータベース。
The GISD is a database of information about species that negatively impact biodiversity. It contains information of invasive alien species which covers all taxonomic groups from micro-organisms to animals and plants in all ecosystems and is supplied by or reviewed by expert contributors from around the world. Each entry contains taxonomic name, organism type, habitat description, general impacts, introduction pathways to new locations, etc.. Users are able to search with species name, location, habitat type, organism type or taxonomic name.

GOALL
GeneOntology、TraitOntology、Taxonomyのデータ構造のビューア。元のデータはGene Ontology Database http://www.godatabase.org/dev/database/ から得ています。
GOALL is a tool for visualization of interrelated data. The viewer graphically plots data, which can then be searched within the browser window to obtain further information. Several datasets are already plotted in the tool and can be searched and examined in detail.

RIKEN Hub Database Project
タイリングアレイ（遺伝子発現情報）とゲノム情報を組み合わせて統計的に解析することにより、遺伝子の構造を高い精度で推定する新しい情報処理技術を開発しました。この技術をシロイヌナズナのデータに適用し、これまでに知られている約２万７千の遺伝子領域のほかにも、約５千２百箇所の領域で発現している新たな遺伝子構造を見出し公開しています。遺伝子のネットワークや変異体の有無に関する情報もあわせて提供しています。「Forward Genetics」、「Reverse Genetics」、「Data Integration」、「Estimation of Candidate Genes」を連携させた「統合Genetics」としてのシステムであり、また、この処理を行うために独自に開発したプログラムARTADE（アートエード）の全ソースコード（プログラム内容）も公開しています。近年のゲノミクスの発展によって、膨大な量の公開データとバイオリソースの蓄積が進行しています。これらをバイオインフォマティクスによって統合化し、より効率的な原因遺伝子探索のストラテジーを作り出すことを目的としています。

National Institute of Standards and Technology
HIV Structural Database and Chem-BLAST
Chem-BLAST provides information of similar chemicals in terms of structure, using data of PDB and PubCHEM. A taxonomy of structural fragments is used for annotating, querying and analyzing chemical compounds.
HIVの構造データベース。2次元構造（化学式）、3次元構造（立体構造）どちらも見ることができます。

Pole Bioinformatique Lyonnais
HOVERGEN
Homologous Vertebrate Genes Database
HOVERGEN is a database of homologous vertebrate genes using the ACNUC sequence database. It contains all of vertebrate protein sequences from the UniProt Knowledgebase and all the corresponding nucleotide sequences in EMBL, and those information were structured in the ACNUC database.
ACNUC sequence databaseを下地とした脊椎動物遺伝子のデータベース。FamFetch application をインストールすると、GUIからアライメントや系統樹を見ることができます。

Hoppsigen
Homologous Processed Pseudogenes database

Hoppsigen is a nucleic database.
It provides information on homologous retroelements (like SINE and LINE).
There are 5,823 human retroelements and 3,934 mouse retroelements that have been identified and are contained in the repository.
The non-functional sequences were given the name pseudogenes.
The database, however, also contains functional genes obtained from ENSEMBL.
A multiple alignment was calculated between the functional genes and their homologous retroelements. This was done for each family.
A phylogenetic tree was also determined for each alignment and is available in the database.
A www-query search option is provided.

プロセス型偽遺伝子のデータベース。

Natural History Museum
HOSTS
A Database of the World's Lepidopteran Hostplants
世界中に生息するチョウやガの幼虫が食べる植物の情報を集めたデータベース。
HOSTS is a database that provides information on the host plants for Lepidoptera, an order of insects that comprises the butterflies and moths of the world. This repository contains data obtained from 180,000 records about 22,000 Lepidoptera species. Although there is still much to be discovered out there, this may be considered the most extensive collection of data on this topic available at present. Text Search and Drill-down Search options are provided. In the Drill-down search mode, the Lepidoptera or the plant family name is entered. The family group, genus and species are then selected, the one after the other, as the drop-down boxes appear.

Universita degli Studi del Sannio di Benevento
Italy
イタリア
HS3D
Homo Sapiens Splice Sites Dataset
GenBankから抽出したヒトのエキソン、イントロン、スプライス領域のデータセットを提供しています。

HS3D (Homo Sapiens Splice Sites Dataset) version 1.2 is a database that contains information on human exon, intron and splice regions.
Data on 4,523 exons and 3,802 introns is provided.
The format of the data is explained.
The database may be downloaded entirely in a series of 12 files provided for this purpose.

Human Genome Segmental Duplication Database
ヒトゲノムの重複断片のデータベース。

International Agency for Research on Cancer
IARC TP53 Database
IARC TP53 Database is a database about mutations, genetic diseases and anotations on human p53. It contains information such as gene variations, somatic mutations, germline mutations, status in cell lines, mouse models, exon/intron distributions, codons, and mutation type. Datasets such as the functional activity of somatic and missense mutations within cancer tissue are also available. The data are collected from peer-reviewed literature and mutation data repositories.
p53の変異、遺伝病、その解析結果のデータベースです。

IMGT/LIGM-DB
IMGT, the international ImMunoGeneTics information system/LIGM-DB
ヒトおよびその他の脊椎動物の免疫グロブリン、T細胞受容体に関するアノテーションが付与された配列のデータベースです。
This is a sequence database with annotations on immunoglobulins and T-cell receptors of humans and other vertebrates. Each record includes sequences, details of identification and classification of the sequence, source citation, and level of annotation (manual or not). Searches can be performed by species, gene type or gene function.

INE
INE 稲
INtegrated Rice Genome Explorer : INE
INtegrated Rice Genome Explorer

イネの染色体の連鎖地図、物理地図、EST Mapを掲載しています。
なお、本サイトは運用を停止し、データはWhoGA (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00736) から提供していましたが、WhoGAは2013年3月31日をもって停止いたしました。今後はRAP-DB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00182) をご利用いただきますよう、よろしくお願いいたします。

Kyushu University Rice Database
九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター植物遺伝子開発分野が収集および保存しているイネ品種・系統のデータベース。国内外の品種系統(HO系統、1,398 系統)、FAO国際共同研究供試品種(IBP系統、276 系統)、国内外の陸稲品種(UP系統、342系統)を含んでいます。

The University of Queensland
Austria
オーストリア
LOCATE
subcellular localization database
LOCATE is a database containing information on how and where in the cell and its membrane proteins are located and on the organization of the cell membrane. This information can reveal the functional role a specific protein fulfills in a cell. The content of this database was collected by computational methods, immunofluorescence-based assays and by manually screening more than 1,700 publications. The proteins studied were obtained from the RIKEN FANTOM4 mouse and human protein sequence set. This database contains information on 58,128 mouse proteins and 64,637 human proteins. A keyword search is available whereby data can be retrieved by entering a protein's ID, description, domain ID, domain name or location. An Advanced search option is also provided where a combination of search criteria may be entered.
理研のFANTOM3のタンパク質配列セットに対して、膜組織や細胞内局在性に関する情報を人の手で付加したデータのデータベース。膜組織は MemO pipeline を用いて予測しており、細胞内局在は免疫蛍光検査測定法と人の手による文献の調査によって決定しています。

MAEDA
Micro Array Expression DAta search
MAEDA is a database of Arabidopsis gene expression profiles that can be searched by gene ID. Expression in normal and stress conditions was measured by cDNA microarrays.
シロイヌナズナの遺伝子発現データベース。 RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia：http://rarge.gsc.riken.jp/index.html のページで提供されています。

MassBank プロジェクト
MassBank Project
MassBank
High Resolution Mass Spectral Database
MassBank is a high-resolution mass spectral database that involves the JST-BIRD project, and was developed by the Institute for Advanced Biosciences, Keio University (IAB) Analytical Chemistry Group, and the RIKEN Plant Science Center (PSC) Metabolomics Research Group. MassBank is used to search chemical compounds that have been detected by mass spectrometry for chemical identification, structure detail, similar spectrum search, etc. MassBank was recognized as the official mass spectral database of the Mass Spectrometry Society of Japan in 2008. It also contains the results of the NEDO project.
代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュアルが充実しています。

University of Connecticut
University of Nevada
MnM
Minimotif Miner (Application to search for short sequence motifs in proteins)
タンパク質内に存在する短い近接するペプチドモチーフに関するデータベースです。Minimotifとは少なくとも２つ以上のタンパク質で機能が知られたもので、翻訳語修飾、タンパク質やその他分子への結合、タンパク質輸送等に働いています。タンパク質名や配列のほか、UniProt等種々のIDによるモチーフの検索が可能です。
MnM is a database for short sequence motifs in protein. It provides information of short contiguous peptide motifs that have a known function in at least one other protein (Minimotifs). Minimotif functions include posttranslational modification of the minimotifs, binding to a target protein or molecule, and protein trafficking. Users can search motifs by protein names, sequences and various IDs.

Mammalian Genetics Laboratory, National Institute of Genetics
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 系統生物研究センター・哺乳動物遺伝研究室
Mouse Genetic Resources
国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室において維持されているマウス系統に関する情報、及びそれらのマウス系統を用いた遺伝解析に必要な基礎情報を提供しています。
Mouse genetic Resources is a database of available mouse strains established in the Mammalian genetics Laboratory, National Institute of genetics (NIG). This database stocks information on resources of laboratory strains, congenic strains, recombinant strains, mutant stocks, wild mouse-derived strains and consomic strains. Each entry contains strain information (a strain name, gene, etc), history of a strain, stock condition and a type of a resource (frozen or live). Some entries include images of adult mice. Users can search available strains by keywords from those items.

Mouse SAGE Site
マウスの様々な組織や細胞株から生成された SAGE (Serial Analysis of gene expression) ライブラリのデータベース。
Institute of Molecular Genetics of the ASCR, v.v.i.
チェコ

Myc Cancer Gene
Myc標的遺伝子およびMycと癌の関連をまとめたデータベースです。

Bioinformatics Research Group, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences.
China
中国
NONCODE
NONCODE is a comprehensive database of noncoding RNAs, excluding tRNAs and rRNAs, from an extensive number of biological organisms, from eukaryotes to viroids. This repository contains 411,554 sequences from 1,239 organisms of which 73,372 are lncRNAs. Annotated information on the expression profiles of 27,408 lncRNAs and the potential functions of 1,635 lncRNAs is included. When the database was created, the references were all manually consulted to confirm the sequences. A new classification system is introduced, based on the cellular process in which the sequence takes part. A keyword search option and Blast search option is available.
あらゆる種類の非コードRNA（noncoding RNAs）のデータベースです（tRNAとrRNAは除く）。公開された文献やデータベースからlncRNAおよびアノテーション情報を検索し、Ensembl、RefSeq、lncRNAdb、GENCODEの最新情報と統合して、lncRNAの位置、塩基配列、RNASeqによる発現プロファイル、可視化した構造などを収録しています。機能、疾患、生物種間での保存状況による絞り込みや、BLAST検索、ゲノムブラウザの利用が可能です。

Census of Marine Life
OBIS
Ocean Biogeographic Information System
The Ocean Biogeographic information System
様々な情報源（データベース）の海洋学関連のデータを評価・統合し、多数の海洋生物に関するデータを閲覧、検索できるサイトです。
OBIS is a integrated database of marine biogeographic data from all over the world. It contains information on where and when marine species have been recorded. Users are able to search the datasets by species name, higher taxonomic level, geographic area, depth and time; and then map and find environmental data related to the locations. Furthermore, users can choose data type and data format to download data.

Berkeley Bioinformatics Open-source Project
OBO
Open Biomedical Ontologies
医学・生物学分野で使用される語彙を収集し、構造化しています。
The OBO Foundry provides a catalog of ontologies used in medicine or life sciences. Users can find details of each ontology in the list. Each ontology and the list are downloadable as owl file, and as YAML, JSON-LD and RDF/Turtle, respectively.

Okdb
Ovarian Kaleidoscope Database
卵巣内で発現する遺伝子の生物学的機能、発現パターン、発現規則に関する情報を集めたデータベース。
Okdb is a database of genes related to the biological function, expression patterns, and regulation of genes expressed in the ovaries. Information such as gene function, expression pattern, mutations, and phenotype can be found for humans, mouse, rat, bovine, ovine, porcine, D. melanogaster, and C. elegans. Searches can be performed by species, expression site, or function, etc.

University of Manchester Bioinformatics Education and Research
OWL
OWL Version 31.1 is a database comprised of the results of a comparative study of 4 sources of sequence information. These sources are SWISS-PROT, PIR, GenBank and NRL-3D. Redundancies of sequences have been avoided at all cost, even by eliminating sequences that display trivial differences from other sequences that are already present. OWL is therefore a comparatively small repository, simplifying the process of similarity checks. This version of the repository contains 279,796 entries and 89,624,288 residues. The database can be searched by means of entering an accession number, a database code, a sequence or by making use of the provided keyword search option.
Swiss-Prot, PIR, GenBank（翻訳したもの）, NRL_3Dのデータをもとにして、重複がないように再構成したものです。

PDBsum
PDBsum is a database that contains the annotated 3-dimensional structures of all the proteins in the Protein Data Bank (PDB). The diagrams indicate the protein chains, ligands, DNA and the metal ions present in the protein structures and also how these molecules interact with each other. This database contains 92,037 ProteinDataBase entries. PDB code, text and sequence search options are available. Data files can also be downloaded from the site.
PDB (Protein Data Bank)に登録されているタンパク質の巨大分子構造をひと目で概観できる画像データベース。タンパク質の分子構造や相互作用を図で見ることができます。

Purdue University
PlantsT
Functional Genomics of Plant Transporters
60種類以上の植物の輸送タンパク質、トランスポーター遺伝子の情報を集めたデータベース。タンパク質の情報（名前、同義語、キーワード、特性、配列、長さ、重量、遺伝子発現データ等）のほかに、タンパク質ファミリーのアライメント、系統樹などを見ることができます。
This database contains information on plant transporters. It provides information about proteins (name, synonyms, keywords, description, sequence, length, mass, features, etc.), RNA and DNA sequences, citations.

Pmda
Pharmaceuticals and Medical Devices Agency (医薬品医療機器情報提供ホームページ)
医薬品・医療機器等の安全な使用に役立てるため、医薬品関連情報、医療機器関連情報、医療用医薬品および一般医薬品添付文書情報、安全情報を提供しています。
独立行政法人医薬品医療機器総合機構

UMIN 中毒データベース検索システム
UMIN (大学病院医療情報ネットワーク) が運営する中毒に関連した情報データベースです。UMINのサイトは医学・医療・生物学系の研究者・専門家及び大学病院の教職員・学生を対象としており、一般の方向けにはなっておりません。検索条件を入力する前にヘッダーの「中毒情報」や「中毒情報検索（商品分類一覧）」を参照し、原因商品の分類やタイトルを確認すると効率よく検索ができます。医薬品に関する情報だけに留まらず、家庭用品に至るまで身近なものに対し広範囲に網羅しています。
大学病院医療情報ネットワーク

PRIDE
PRoteomics IDEntifications database
This is a public repository for proteomics data, containing identification data on mass spectrometric peptides and proteins, and post-translational modifications, in which data are supported by spectral evidence. PRIDE is a core member of the ProteomeXchange (PX) consortium.
プロテオームデータの公的レポジトリ。質量分析ペプチドおよび蛋白質の同定データの公的レポジトリ。

San Diego Supercomputer Center
PKR
Protein Kinase Resource
タンパク質キナーゼの様々な情報（配列、立体構造、アノテーション等）を統合し、Webインタフェースからそれらのデータを閲覧、分析できるシステムです。
This system integrates information on protein kinases (sequences, conformations, annotations) and allows users to browse and analyze the data through a web interface. Searches can be performed by structure, BLAST motif, or citation. Kinome trees can also be viewed here.

RAFL cDNAs
RIKEN Arabidopsis Full-length cDNA
シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース。シロイヌナズナ完全長cDNAの解析を行い、機能注釈を付ける作業を進めた成果を公開しています。155,144の完全長 cDNAsの3'末端ESTsを、14,668の非冗長のcDNAグループのクラスタに分類し、また、14,034種のシロイヌナズナ遺伝子について、5'末端の配列データを得、制御領域（プロモーター）データベースを構築したものです。
This is a database of Arabidopsis cDNA sequence information that can be searched by gene description, locus, or cDNA clone and contains available mutant information for each gene, in addition to sequence information.

RED (アーカイブ)
RED (Archive)
Rice Expression Database
The Rice Expression Database（RED）は、イネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて、8987ESTアレイを用いて解析さ れた遺伝子発現データを集約したデータベースです。REDは、イネマイクロアレイプロジェクトと他の研究グループによる実験で得られた発現プロファイルからの生データと正規化されたデータを保持しています。 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構によるオリジナルサイト（http: //red.dna.affrc.go.jp/RED/）の運用は終了致しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからThe Rice Expression Databaseをご利用いただけます。
The Rice Expression Database (RED) is a database that aggregates the gene expression data that has been analyzed using 8987EST array in the Microarray Project that was underway as part of the Rice Genome Project. RED holds raw and normalized data from expression profiles obtained by the Rice Microarray Project and other research groups. The original site (http: //red.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&pj=0&lang=ja&class=852) has been closed. The Rice Expression Database is available from LSDB archive site.

Mexican National Commission on Biodiversity
メキシコ
Mexico
REMIB
The World Biodiversity Information Network (REMIB)
REMIB (The World Biodiversity Information Network) is a database that contains and shares information on biological diversity from more of 200 countries, with 5,763,632 records. To browse the database, a set of regulations need to be read and agreed to, then a key search option is made available.
生物学的多様性に関する情報を持つ機関・データベースをネットワーク化し、ネットワークに参加しているデータベースの情報に一元的にアクセス・検索することができるシステムです。

Genetic Information Research Institute
Repbase
異なる真核生物から得られた反復性DNAを表す原型の配列のデータベースであるRepbase Update(RU) と、電子ジャーナルRepbase Reports(RR)のサービスを提供しています。
This is a database for repetitive DNA. It is comprised of databases of model sequences for the repetitive DNA (Repbase Update, RU) and electronic journals (Repbase Reports, RR). RU is a collection of sequences for repetitive DNA obtained from different eukaryotes, and users can search by the type of repetitive DNA, internal elements, and species. RR contains literature used to present the sequences collected in RU.

RGP
The Rice Genome Research Program
イネゲノムの高密度分子遺伝地図、酵母人工染色体（YAC）の整列化地図、65000個のEST塩基配列情報、及び、これらESTをYAC整列化地図上に位置づけた発現遺伝子地図が公開されています。
This is a web site of Rice Genome Research Program in Japan. It contains high-density molecular genetic maps, yeast artificial chromosome (YAC) sequence maps, 65000 EST base sequence information, and gene expression maps annotated onto YAC sequence maps.

RIKEN BIORESOURCE CENTER EXPERIMENTAL ANIMAL DIVISION
RIKEN BioResource Center Experimental Animal Division is a repository of information on mouse resources maintained by RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC). This repository contains genetically-engineered strains, ENU mutants, inbred and wild-derived strains developed mainly in Japan. This repository provides a database of mouse phenotypes; Pheno-Pub, and protocols used in mouse experiments such as genotyping PCR, FACS analysis, etc. Users can search available resources from Pheno-Pub, as well as by keywords.
バイオリソースセンターにおいて提供を行っている実験動物（マウス）の系統検索等のデータベースのポータルサイト。

老化促進モデルマウス（SAM）研究協議会
The Council for SAM Research
老化促進モデルマウス (SAM)研究協議会
老化促進モデルマウス（SAM）に関する情報を集めたサイトです。SAMマウスのマイクロサテライト一覧やSAM命名法、分与に関する情報などが掲載されています。
This site is about The Council for SAM Research. It supplies senescence-accelerated mouse (SAM) for members of this council. The information of SAM microsatellite marker is also supplied in this site.

National Cancer Institute
SEER
Surveillance Epidemiology and End Results
1973年からアメリカでの癌の罹患率や生存率、死亡率等、癌に関する統計データを収集しているサイト。30種類以上の癌の情報を集めており、アメリカの人口の約26パーセントをカバーしています。300万人以上の癌患者の腫瘍診断や治療法に関する情報も閲覧することができます。
This site collects data of cancers, such as morbidity and survival rate, for over 30 types of cancer in the US since 1973. It includes statistics data and tools to visualize those statistic data, and research data of incidence and population related to age, sex, race, year of diagnosis, and geographic areas. A signature on Research Data Agreement is necessary for use research data.

SHIGEN
Shared Information of GENetic Resources
SHared Information of GENetic resources
SHIGEN is a portal site of bioresource information in Japan maintained by National Institute of genetics (NIG). SHIGEN provides the list of databases constructed at NIG, information sites for bioresources (NBRP; National BioResource Project, WGR; Worldwide genetic Resources and JGR; Japan genetic Resources), monthly newsletters (BioResource now!) and bioinformatics tools. Users can search resource information by keywords through those 3 information sites.

遺伝資源情報の提供者と利用者が一緒に作り上げる情報アーカイブ。SHIGENプロジェクトは
<1> 実験研究に必要な遺伝資源材料の情報公開サイトを網羅的に調べて提供する(WGR)
<2> 国内の利用可能な資源に関しては、関連する様々な情報を含めた統合データベースを構築して利用者の便宜を図る
<3> 日本の生物遺伝資源委員会の活動に関する最新の情報を提供する (GRC)
<4> 国内の遺伝資源に関するデータベース構築を支援する(Databases)
などを目的として、国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報センター(三島市)で推進しています。ここでいう「遺伝資源」とは、遺伝物質を含み、増殖、保存、分譲が可能な実験材料(生物個体、 組織、細胞、DNA、笂など)をさします。本センターは国内の遺伝資源情報の中心を担うべく、1998年に設立されました。また2002年7月に発足したナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)における情報中核機関としても機能しています。

Laboratoire de Biologie Moleculaire des Eucaryotes
snoRNABase
ヒトのsnoRNA（small nucleolar RNA：核小体低分子RNA）に関する包括的なデータベース。
SnoRNABase is an extensive database of human small nucleolar RNAs (snoRNAs) constructed with the invaluable assistance of Laboratoire de Biologie Mol?culaire Eucaryote (LBME) and Jean-Pierre Bachellerie in particular. This repository provides the sequences of both snoRNA classes, namely C/D box snoRNAs and H/ACA box snoRNAs. In version 2 of the database each class contains information on a set of four proteins. In the updated version 3 of the database different sequences are used and the nucleotides are numbered differently. Keyword search and Blast search options are available.

Springer Science+Business Media
Springer Protocols
This is a database of protocols, including experimental procedures and important points, used primarily in the life sciences and medical sciences. Protocols can be searched by text or field of research. Video-based protocols can also be found.
ライフサイエンスや医学などに主に使われる、実験の手順や注意点などをまとめたプロトコルのデータベースです。18,000件のプロトコルを収録しており、テキスト検索と分野別ブラウズが可能です。Videoプロトコルも収録されています。

SRS
Sequence Retrieval System

生物学に関するサーチエンジン。ライフサイエンスインフォマティックスの統合プラットフォームとして、400以上の世界各地のデータベースをリンクし、独自のIndex生成により一度の検索で全ての関連情報を入手することが可能です。

European Bioinformatics InstituteによるSRSの運用は終了しました。SRSから利用可能だったデータバンクやツールにアクセスするための情報が、EMBL-EBIのサイト （http://srs.ebi.ac.uk） に掲載されています。

SRS is a vast collection of linked genomic databases covering a wide variety of biological topics. These databanks can be searched individually or in combination to obtain specific information needed. A number of analysis tools are available e.g. alignment, display, edit, nucleic, protein and phylogeny tools, allowing the researcher access to a vast amount of genomic information. Text and List search options are provided wherein the data sought can be requested as a single ID or as a list of sequence IDs.

SMD
Stanford Microarray database

マイクロアレイの遺伝子発現データをデータベース化しています。

Stanford UniversityによるSMDの運用は終了しました。SMDのデータを登録している公共のレポジトリの情報が、お知らせのページ （http://smd.princeton.edu） に掲載されています。

Los Alamos National Laboratory
HPV Sequence Database
ヒトパピローマウイルスのデータベースです。遺伝子の詳細データや配列、系統樹、パスウェイなどを収録しています。現在、オリジナルのデータベースは運用を終了し、アーカイブとしてデータが見られるようになっています。
This database contains molecular sequence information on papillomaviruses and related cellular proteins. Maintenance on the original database has stopped and the data can be viewed as an archive.

Illinois Natural History Survey
Museum of Comparative Zoology
OSF online
Orthoptera Species File Online
The Orthoptera Species File is a database that provides information on the classification of living and fossilized Orthoptera (grass-hoppers etc.) This database contains 43,070 scientific names, 25,920 valid species, 196,300 quotations from 15,000 references, 480 sound recordings, 76,700 images and 88,500 specimen records. A simple name search and an advanced search option are available.
世界中に生息するキリギリス上科の昆虫のデータベース。キリギリス上科に属する昆虫の説明、分布、画像等を見ることができます。

The Chromosome 7 Annotation Project
ヒト7番染色体に関するデータベース。ヒト7番染色体に総合的な説明を作成することを目的としています。
The Chromosome 7 Annotation Project is a database that contains descriptive information of human chromosome 7. It is fully sequenced and annotated with medically relevant data. Chromosome 7 houses genes related to more than 360 diseases and disorders e.g. cystic fibrosis, Russell-Silver syndrome and Williams-Beuren syndrome. It is also believed that chromosome 7 carries loci for a number of neuropsychiatric diseases e.g. autism, alcoholism, bipolar affective disorder, panic disorder and schizophrenia. Although it has not yet been identified, cytogenetic evidence suggests that chromosome 7 carries a gene that causes cancer. The database provides access to a table of clinical breakpoints in chromosome 7 as well as a comprehensive list of other tables containing genetic information about this chromosome. Keyword and Blast search options are available. Even the families of diseased patients may search the database for information by selecting a link called 'Family Village'.

Queen Mary, University of London
DRAFT SEQUENCE OF FUGU GENOME ASSEMBLY RELEASE 1, 2, 3 and 4

FUGU GENOME ASSEMBLY is a repository that offers genomic data of the Fugu, a puffer fish that is eaten as a Japanese delicacy.
The database contains information on BACs, cosmids, ESTs and contigs arranged in four separate releases.
The total size of the Fugu genome, including repeats, is around 365 Mbases.
A keyword search is available.
Additionally, a Blast search option is provided by which a known sequence can be compared to the Fugu Genome sequence.
Datasets can be downloaded.

フグのDNA配列、EST配列を公開しています。

International Plant Science Center
The New York Botanical Garden
This is a homepage of The New York Botanical Garden that is engaged in plant research and conservation. It provides data of books and articles about plants in the world, and information of plants with photos and commentaries, etc.
世界中の植物に関する記事や本のデータ、700万種以上の植物標本を集めたデータベース。

Sanger Institute
PomBase
Schizosaccharomyces pombeゲノムに関する統合データベース。S.pombeに関する他のサイト、解析ツールへのリンクが充実しており、S.pombeに関する様々な検索、解析がこのサイトから実行できます。
PomBase is a scientific resource for genomic information on the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. This database offers extensive information on the structural and functional aspects of the yeast genome. The sequenced size of the genome, not including rRNA is 12.57Mbp. The nucleus of the yeast cell contains 3 chromosomes of which the size ranges from 2.45Mbp to 5.58Mbp There are 5124 protein coding genes that have been counted and they are packed on the DNA molecules at a density of 554.49 genes per Mb. A comprehensive number of datasets are available for download. Search options available are a Simple keyword search, an Advanced search, a gene list search, a Blast search and a Genome Browser.

National Biological Information Infrastructure
United States Regulatory Agencies Unified Biotechnology Website

アメリカ国内で検査を受けた、食品、食料用遺伝子組み換え作物のデータベースです。
現在の情報を確認するためのリンク情報が http://usbiotechreg.epa.gov/ に記載されています。

ETI BioInformatics
Netherlands
オランダ
WBD
World Biodiversity Database
WBD (World Biodiversity Database) contains 21 separate projects. The repository covers a total of 25,493 unique taxonomic groups as well as an additional 4,149 closely related groups. Information can be retrieved with a keyword search by entering the scientific name of a species, its common name, or the name of a project. The database also provides a list of the projects involved and gives a short description of each.
世界中の生物種の分類データベース。各生物種についての解説、分類、同義語、文献情報、写真、映像、音声等を閲覧することができます。

WER
WHO疫学週報トピックス(Weekly Epidemiological Record)
WHOの疫学週報、Weekly Epidemiological Record(WER)を邦訳したものを公開しています。この週報は、WHOのHealth Information Management and Dissemination が、国際保健規則（International Health Regulation）に準ずる疾患の流行や事例、あるいは、進行・再興感染症を含む公衆衛生上重要な伝染病に関する迅速な疫学情報を提供するもので、毎週金曜日にWHOのホームページ上で英・仏語で提供されています。その情報を簡単に入手できるように、邦訳、公開をしています。
神戸大学 医学部

文献データベースPRF/LITDB
国内のペプチドを主題として扱った論文のタイトル、雑誌名、独自の抄録を収録した文献データベース。内容に応じて10種の分野に文献を分別し、セクションコードが与えられています。

マウス画像データベース
国立遺伝学研究所、浜松医科大学、宮崎大学、埼玉県がんセンター研究所等で維持しているマウス系統の画像、および国立遺伝学研究所系統生物研究センター哺乳動物遺伝研究室が所蔵している中国産野生ハツカネズミの標本画像を公開しています。

Animal Genome Research Program
家畜ゲノムデータベース
家畜ゲノム解析研究プログラム（略称：ＡＧＰ）で開発されたブタのマイクロサテライトマーカー等のＤＮＡマーカー、ブタ連鎖地図（ToNMaP）等についての情報を提供しています。
This is a database of genomic research associated with pigs. It includes DNA markers such as microsatellite markers for pigs, a swine linkage map viewer (ToNMaP), and the Sus scrofa radiation hybrid (SSRH), developed by the Animal Genome Research Program (AGP). Information of full-length cDNA clones and ESTs can also be accessed through this site, as well as those sequences, SNP mapping information, and BLAST results.

情報・システム研究機構 国立極地研究所
National Institute of Polar Research
Database of animal specimens from polar regions
極域動物標本データベース
国立極地研究所が収蔵している全動物標本（約2500点）を掲載しています。極域に生息する生物の理解を少しでも深めるため、標本を撮影し、分類群などで検索できるデータベースとして公開されました。
Database of animal specimens from polar regions is a specimen database of animals in Antarctic regions maintained by the National Institute of Polar Research (NIPR). Each entry contains a specimen picture, sample number, photo number, scientific names and inforamation on habitat(s). Users can search specimens by classification based on table data in the site, scientific names, English names and sample numbers.

佐賀大学
Saga University
Plant Heredity Resource Search
佐賀大学電子図書館 植物遺伝資源検索
佐賀大学が所有する、柑橘及びミカン亜科植物の形態、分布、特徴及び画像を収録したデータベース。
Plant Heredity Resource Search is a database of plant species belonging to the mandarin orange family, particularly to the mandarin orange subfamily in the Saga University Digital Library. Each entry includes the Japanese names (family, subfamily, genus and species), scientific names, distribution data and others. These items except for scientific names are only available in Japanese. Some entries contain images of flowers, fruits, leaves, etc.

森林生物情報
このデータベースは、森林病害虫獣を含め、日本の森林に関係する種の個々の生態等について簡単な説明と写真を掲載したものです。現在、菌類及び樹木病原性生物28件、昆虫・小動物類116種、鳥獣類14種、昆虫病原微生物32種、カエル類35種を収録しています。

帝京科学大学 生命環境学部 アニマルサイエンス学科
Teikyo University of Science & Technology Faculty Life & Environmental Sciences Department of Animal Sciences
動物行動の映像データベース (movie archives of Animal Behavior)
Movie Archives of Animal Behavior
動物行動の映像データベース。動物の行動や種類別に映像を分類しています。
Movie Archives of Animal Behavior is a repository of published movie data on animal behaviors. This repository contains QuickTime (.mov) or mpeg (.mpg, mp4) movies and detailed information including author(s), shot day, name of species, keyword, explanation text, references, etc. Users can search movies by level of hierarchy, as well as keywords.

北海道大学 総合博物館
Hokkaido University The Hokkaido University Museum
苫小牧研究林生命情報データベース
TOEFbioinfo
This is a database of specimen of Lepidoptera in Tomakomai Experimental Forest (Forest Research Station) of Hokkaido University.
苫小牧研究林所蔵の標本情報のデータベースです。Lepidoptera （ 鱗翅目(チョウ目)）の標本情報を写真とともに収録しています。

Handbook of Antarctic Mosses
南極昭和基地周辺の蘚苔類 (Handbook of Antarctic Mosses)
Handbook of Antarctic Mosses is a database of the bryophytes around Syowa Station, East Antarctica maintained by National Institute of Polar Research (NIPR). Each entry contains the scientific name, description with sketches, toxonomic and ecological information, distribution data with maps and photographs. Users can search bryophyte species from the taxonomical list, indexes of photographs or habitats.
昭和基地周辺の蘚苔類の生態、分布を掲載しています。

萩庭さく葉コレクション
故萩庭丈壽千葉大学名誉教授が主に日本全国で採集し作製した約５万点に及ぶ自生顕花植物のさく葉標本群のデータベースです。植物和名、学名、科名、採集地、採集年月日などの情報や、標本写真のデジタル画像を収録しています。
千葉大学 大学院薬学研究科

Database for Genetic Engineering of Microalgae (微細藻類遺伝子工学データベース)
Database for Genetic Engineering of Microalgae

This database provides information needed for research into the genetic properties of certain algae.
To retrieve data an underlined link is selected and opened.
No search option is provided, but detailed information is made available under a list of topics with the following headings:
- Host-vector systems
- Methods of gene introduction
- Production of useful substances
- Inhibitor resistant mutants
- In vitro transposition systems and
- Selective agents

微細藻類の遺伝子組換えの実用化へ向けて役立つ技術を集めたもので、相互に利用を図ることを目指しています。現在は手持ちのラン藻のホストーベクター系を中心に、ベクターの構造、塩基配列、文献などの情報が収められています。

文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報
文部科学省は、5年単位プロジェクトの4代目として、2005年4月に「特定領域研究ゲノム」をスタートさせました。このプロジェクトの研究成果情報を、カテゴリ、期間、領域、受付番号、氏名、キーワードで検索することができます。
文科省科研費ゲノム4領域特定領域「ゲノム」

木材データベース
Wood Database

Wood database is a portal database about wood specimens housed in the xylarium of the Forestry and Forest Products Research Institute (TWTw). It's constructed with three databases;
1) Database of Japanese Woods
This database contains surface views of wood specimens, optical microscopic images of preparations, and images of voucher herbarium specimens.
2) Database of Wood Specimens
This database contains specimen no. (TWTw No.), family name, species name, original wood specimen no., collection
date, collector(s), herbarium no. of the voucher specimen, herbarium housing the voucher specimen, provenance, country, altitude, latitude, longitude, habit, habitat, various notes, and note on collection or accession.
3) Microscopic Identification of Japanese Woods
This database is an identification system of Japanese woods based on the IAWA List of Hardwood Identification (IAWA Committee 1989).

木材標本庫所蔵の顕微鏡像、表面観、さく葉標本像、採集時の画像、種名、採集情報を掲載しています。

3DMET
A three-dimensional-structure database of natural metabolites
天然分子の三次元構造、物性値を閲覧することができます。細胞内での分子認識においては三次元構造が重要であり、特に農業分野で利用できる（農薬の設計、食品の成分分析等）天然物を中心に構成されています。簡易な入力操作で、構造や物性が類似している化合物を検索し、その構造と種々の物性値を表示します。
This database is composed of three-dimensional structures and physical properties of natural metabolites, mainly those useful in agriculture (design of chemicals used in agriculture, compositional analysis of food). Compounds with similar structures and physical properties can be searched through an easy interface.

Department of Computational Biology, Adam Mickiewicz University
ポーランド
Poland
5S Ribosomal RNA Database
5S ribosomal RNA database contains information on nucleotide sequences of 5S rRNAs and their genes. Diagrams of the secondary structure of 5S rRNAs are provided, indicating the positions of deletion and insertion of nucleotides as they were observed in the corresponding alignments. A taxonomic browser is available as well as a search option for sequence alignments.
古細菌、真正細菌、真核生物の5S rRNAの塩基配列を提供しているデータベースです。二次構造や三次構造、修飾分子の情報も掲載されています。

University of Leicester Department of Genetics
ostogenesis imperfecta & Ehlers-Danlos syndrome variant databases
骨形成不全症とエーラー・ダンロス症候群を引き起こすと報告されている全ての遺伝子の変異情報を収録することを目的としています。骨形成不全症では、COL1A1, COL1A2, CRTAP, FKBP10, LEPRE1, PLOD2, PPIB, SERPINH1, SP7遺伝子上に変異がみられます。ＩＩＩ型コラーゲン遺伝子COL3A1上の変異は主にエーラー・ダンロス症候群IV型を引き起こします。V型コラーゲン遺伝子COL5A1, COL5A2上の変異は古典型エーラー・ダンロス症候群を主に引き起こします。各遺伝子につき、遺伝子の基本情報、変異に関する報告数、変異配列リスト、ゲノムビューワ、OMIM、HGMD等の外部リンクなど、全てキュレートされた情報が登録されています。
This database contains all available information on variants in the collagen gene, that may lead to the development of the genetic disorder osteogenesis imperfecta. The genes in which these variations were found to appear are COL1A1, COL1A2, BMP1, CRTAP, FKBP10, IFITM5, LEPRE1, PLOD2, PPIB, SERPINF1, SERPINH1, SP7, TMEM38B and WNT1. When variations take place in the type III collagen gene, COL3A1, Ehlers-Danlos syndrome type IV is usually the outcome. Classical Ehlers-Danlos syndrome is most often caused by variations in the type V collagen genes, COL5A1 and COL5A2 . Copies of the two papers that describe the database are available for download in Adobe Acrobat format.

Hosei University
A List of Biodiversity Websites in Japan
ネット上に存在する生物多様性関連のWebサイト454件のリンク集です。各生物種ごと、あるいは標本ごとにWebページが存在し、各々について種の特徴が判別できる精細な画像と、その撮影場所、年月日、和名、学名等、デジタル標本としての記載データが付記されているサイトのみを集めています。
A List of Biodiversity Websites in Japan is a portal site about catalog databases related to biodiversity in Japan. This database collects only the web site that includes images clearly indicating characteristic of each species or specimen with their photography information (place and date), Japanese name, a scientific name, etc.

Universite Libre de Bruxelles
ベルギー
Belgium
ACLAME
A CLAssification of Mobile genetic Elements
ACLAME Version 4 is a database of the mobile genetic elements (MGEs) as found in the genomes of all phages, plasmids and transposons known at present - 811 hosts in total. Information on 122,154 proteins, discovered to be present in 2,326 MGEs, is provided. The proteins were grouped in families as follows: The prophages contained 6,822 clusters, the plasmids 18,228 groups, the viruses and prophages 16,057 groups and the viruses 11,503 clusters. The database is in the process of developing a classification system of the functional modules of these MGEs at the protein level, gene level, and higher. Keyword and Blast search options are available. An option is also offered whereby host-specific groups of MGEs can be viewed.
ファージゲノムやプラスミド、トランスポゾンを含む、原核生物の全ての既知の可動性遺伝因子(Mobile Genetic Elements; MGEs)の収集とクラス分けを行ったデータベースです。ゲノムや遺伝子の情報を提供するだけでなく、タンパク質や遺伝子、またはそれ以上のレベルにおいての機能的モジュールの包括的なクラス分けを目指しています。

Addgene
addgene
Addgene is a non-profit organization providing plasmids to researchers. It is a collaboration with several hundred research teams, creating a high quality plasmid library and repository used for publications. By linking the plasmid to its publications, researchers always have access to necessary plasmid and associated data. The site contains links to deposit plasmids, request plasmids, access sequence information on plasmids, as well as links to a vector database and associated protocols. They provide Viral service, CRISPR tools, Fluorescent proteins, Cancer resources as special colections.
Addgeneは、研究者にプラスミドを分配する非営利組織です。数百の研究室と共同で、論文発表で用いた高品質なプラスミドのライブラリを収集し、プラスミドレポジトリを構築しています。プラスミドと文献をリンクさせることにより、研究者はいつでも必要とするプラスミドとそれに関連するデータを入手することができます。プラスミド寄託用のページ、プラスミド依頼用のページ、プラスミドの配列解析やベクターデータベースへのリンク、関連プロトコルを収集したページが用意されています。

Algae Resource Database
Algae Resource Database is a database of micro and macro algae culture collections established by National Institute for Environmental Studies (NIES) and collaborative institutes. Each entry contains information on the stock center, scientific names, locality, habit, cell size, organization (unicellular, multicellular, colonia, flagellate, filamentous, coccoid or branched), gene, etc, and some entries include images. Users can search available algal resources by keywords from those items. This database also provides phylogenetic trees, an image list and a search engine of references related to algal research.
藻類に関する株情報の検索、寄託情報、遺伝子情報、藻類の画像、文献情報を検索することができます。その他、株の分譲に関する情報も得ることができます。

Allie
A Search Service for Abbreviation / Long Form
文献中に多く出現する略語は多義語であることが多く、特に専門外の読者には理解するのに困難を伴うことがあります。Allieはこの問題に対する一つの解となるよう開発されており、米国国立保健図書館(National Library of Medicine, NLM)の生物医学分野における書誌情報データベースであるMEDLINERに含まれる全ての題目と要旨を対象として、略語とその展開形を検索します。 MEDLINEは2千万件を超す書誌情報を収めており、実際の文献中に出現する領域固有の略語とその展開形を抽出するのに相応しいものとなっています。またAllie Portal (http://data.allie.dbcls.jp/) からSPARQLエンドポイント及びRDFデータのダウンロードサイトへのリンクもご利用いただけます。
Allie is a database and an online search service for abbreviations and long forms used in life science. Allie contains an abbreviation list and its corresponding bibliographic data. Users can search for the long forms of abbreviations or the abbreviations of long forms from titles and abstracts of papers in the entire MEDLINE. Search results show abbreviations or long forms, research areas, co-occurring abbreviations and PubMed/MEDLINE information related to the inquired item.

Poznan Supercomputing and Networking Center
Aminoacyl-tRNA synthetases database
AARS is a database of Aminoacyl-tRNA synthetases in a number of microbial organisms. This repository provides a link 'Amino acid sequences', which opens up a list of amino acids for Class I Aminoacyl-tRNA synthetases and for Class II Aminoacyl-tRNA synthetases. Selecting any one of these amino acids provides entry to a page containing detailed information on the organism as well as the sequence of nucleotide bases of the amino acid. An option to download batches of Fasta files of the sequences is available. The 3D X-ray diffraction structures and the NMR structures of the aminoacyl-tRNA synthetases are also accessible.
既知のすべてのアミノアシル-tRNA合成酵素のアミノ酸配列を集積しているデータベースです。対応するアミノ酸や生物種により分類されています。X線回折やNMRで解析した三次元構造も掲載されています。アミノアシル-tRNA合成酵素はDNAから蛋白質への遺伝情報の転移を確実にする広範な酵素群です。それらはアミノ酸のtRNAへの結合を触媒し、アンチコドンのヌクレオチドトリプレットと対応するアミノ酸とをマッチングすることにより、遺伝暗号の法則を確立します。

University of Texas Southwestern Medical Center
Analysis of CASP8 targets and predictions
CASP8に参加したグループの予測構造と、その評価を納めたデータベースです。各グループの予測構造はPyMOLを用いて表示することができます。
Analysis of CASP8 targets and predictions is a database about the analysis of CASP8 targets and predictions. This database provides 3D models (TS: Tertiary structure prediction) which were evaluated using LGA GDT-TS scores and several other methods. Server models superimposed with target structures are downloadable and can be visualized as PyMOL scripts. Structure images including mostly animated GIFs on target pages are prepared in PyMOL.

Lady Davis Institute for Medical Research
The Androgen Receptor Gene Mutations Database World Wide Web Server
アンドロゲン(男性ホルモン)受容体変異データベースです。PDFファイルによる一覧と、FileMakerPro用データベースファイルのダウンロードによりデータが得られます。
Androgen Database is a repository that provides information about mutations of the Androgen Receptor gene. These mutations may have an effect on the development and progress of prostate cancer. Mutations which inactivate androgen receptor genes, thereby creating severe androgen insensitivity, may result in a full or partial external female phenotype. The mutations contained in this database are listed in a simple 5' - 3' sequence. The complete Database of Androgen Receptor gene Mutations is available for download in PDF format, Excel format and as FileMakerPro.

Institut national de la recherche agronomique
AphidBase
The Aphid Genome Database
アブラムシゲノム解析コンソーシアムによる成果として、エンドウヒゲナガアブラムシのドラフト配列とアノテーションを公開しています。各種プログラムによる自動的な遺伝子予測結果に加え、着目した2000以上の遺伝子に対しては人手によるキュレーションが施されています。遺伝子モデルに対する機能アノテーションは、系統樹解析をもとにしたオーソログの予測から、ショウジョウバエのGene Ontologyを自動的に付与しています。
Aphidbase 2.1 is a database containing information collected in a study of the genomes of aphids. An aphidbase blast server is available, as well as GBrowse, from which information on the assembly of the genome of A. pisum may be collected. The apollo-aphidbase2.gnlp may also be accessed and downloaded. Several links lead to associated databases as follows: PhylomeDB opens up a database of collections of gene phylogenies (phylomes). AcypiCyc leads to a database of the metabolic pathways of A. pisum. GO gives access to the Chado Term Hierarchy Report. Galaxy leads to a database, which can be accessed only by logging in with a registered e-mail address and password.

AQUA DNABook
ヒラメの遺伝地図作成に用いたマイクロサテライトマーカーと魚病診断に用いるプライマーをスポットしたDNAブックです。コイヘルペスなど病原体17種類のDNA断片と、ヒラメやマダイなどの耐病性の判定に利用できる217種類のDNA断片が収められています。DNAブックから調べたい病気のDNAを切り取って溶液に溶かし、魚から採取した試料と反応させれば、約2時間ほどで病気の有無などが診断できます。水産・海洋分野の新しいツールになることが期待されます。

Arabidopsis thaliana EST Index
This is a database of Arabidopsis thaliana expressed sequences. The database contains consensus gene sequences and EST reads and allows for BLAST and keyword search. Data are available for download.
かずさDNA研究所で決定したシロイヌナズナのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。

Helmholtz Zentrum Munchen
Arabidopsis thaliana project
ドイツのシロイヌナズナゲノム解析グループのホームページです。クローンやコンティグ、遺伝子情報を公開しています。データベースMatDBでは、シロイヌナズナゲノムデータベースであるMIPS、TIGR、TAIRのアノテーションと配列データの統合情報を提供しています。
This database contains information on the complete sequenced genome of the Arabidopsis thaliana. The Arabidopsis thaliana genome project aims to decode this information and to connect it to an array of biological data in order to discover the functions and interactions of these sequences and genes. Heatmaps of the Arabidopsis thaliana chromosomes, graphically indicating the position and density of sequence features, may be viewed. Lists that are available are a clone list, chromosome list, genetic element list and a list of sequenced contigs. Arabidopsis thaliana genome sequence data may be downloaded for private use.

Ares lab Yeast Intron Database
真核ゲノムのスプライシングパターンや制御を理解するために、酵母ORFのイントロン情報やスプライシング因子破壊株のマイクロアレイデータを蓄積しています。各エントリーには、ORF名、イントロンの数と配列、スプライシング位置、検証した文献情報、発現ヒートマップなどが含まれています。
Ares lab Yeast Intron Database is a database for information about the spliceosomal introns of the yeast Saccharomyces cerevisiae. It contains known spliceosomal introns in the yeast genome and documented the splice sites actually used. Through the use of microarrays designed to monitor splicing, splice site contexts are identified and analyzed in terms of the nature and activities of the trans-acting factors that mediate splice site recognition. This database also includes expression data that relates to the efficiency of splicing relative to other processes in strains of yeast lacking nonessential splicing factors. The data are displayed on each intron page for browsing and can be downloaded for other types of analysis.

ARSA
All-round Retrieval of Sequence and Annotation
ARSA is a database with a high-speed retrieval system of sequence and annotation data maintained by DNA Data Bank of Japan (DDBJ). ARSA covers amino acid sequence data derived from patents and various databases including DDBJ, UniProt, PDB, etc. Users can search for sequences and annotations using Boolean operators, and download the search results in Flat File, XML, or fasta format.
DDBJがWWWならびにWeb APIで提供している高速なキーワード検索サービスです。国際塩基配列データベースのほか、生命科学分野の主要なデータベースに対して統合的な検索を行うことができます。SRSに代表されるような従来のキーワード検索システムでは、検索条件が複雑になるに従って加速度的に検索レスポンスが悪化したり、データ量の増加に伴ってキーワードインデックスの生成に長時間を要したりする課題がありますが、ARASAではXML型データベースエンジンShunsakuEngineを利用することにより、複合条件検索でも高速な検索を実現しています。

AS-ALPS
Alternative splicing-induced ALteration of Protein Structure
AS-ALPS is a database of alternative splicing products. The database contains information on how splice isoforms impact protein structures and protein-protein interactions. When investigating a gene, information on all isoforms can be obtained and domains affected by each isoform are highlighted.
遺伝子機能の多様化に重要な役割を果たす現象と考えられている選択的スプライシングが、タンパク質の立体構造や機能にどのような影響を与え得るかについてコンピュータにより解析した結果をまとめたデータベースです。

CAoGD
Comprehensive Aspergillus oryzae Genome Database
麹菌Aspergillus oryzae のゲノム配列データベースです。Aspergillus oryzaeのゲノム配列決定には、酒類総合研究所のRIB40株が使われました。ゲノムの遺伝子アノテーションに対するキーワード検索や、ゲノム配列のBlast検索、データのダウンロードができます。
This is a genome sequence database for Aspergillus oryzae, determined using the RIB40 strain from the National Research Institute of Brewing. Users can perform keyword searches of gene annotations in the genome, BLAST searches of genomic sequences, and download data.

ASSETs
Alternative Splicing Sequence Enriched Tags
ASSETs is a resource for alternate splicing information, containing data tables from a study of mouse alternate splicing that developed a library of expressed alternate splicing tags. Data is available for download.
二つのマウス細胞株（メラノサイト、メラノーマ）由来の完全長cDNA ライブラリから選択的スプライシングライブラリ(Alternative Splicing Library: ASL)を構築し、そこから濃縮した選択的スプライシングクローン（Alternative Splicing Sequence TagS: ASSETS）の配列データを得ました。ASSETS の配列はスプライシングの上流と下流の配列を含んでいるためにマウスゲノムと配列と比較することで選択的スプライシングのパターンを知ることが可能となります。Watanuki et. al., Nature Methods (2004) のsupplementary informationです。

ASTRA (Archive)
ASTRA （アーカイブ）
Alternative Splicing and Transcription Archives
This is a database of alternative splice variants and their transcripts. The database is named ASTRA, an anagram for 'Alternative Splicing and TRanscription Archives'. Information was gathered by studying the patterns by which alternative splicing of DNA sequences take place and how transcription of these sequences are initiated. This study involved the human genome and that of five additional species namely the mouse, D. melanogaster, C. elegans, A. thaliana and O.sativa.

ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネについて、選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを収集したデータベースです。独自のアルゴリズムを用いて、ゲノム塩基配列とcDNA配列のマッピング結果から得られるエキソン-イントロン構造から、カセット型、5'end型等の種々の選択的スプライシングと選択的転写開始のパターンを検出し、分類しています。
国立研究開発法人産業技術総合研究所によるオリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからASTRAをご利用いただけます。

AtGenExpress
Atgenexpress is a database of Arabidopsis gene expression. The main tool available at this site is an applet that makes connections between gene expression in various stress and environmental conditions. Users can explore expression by any of several experimental parameters, including tissues, conditions, and genotypes. Data is available for download.
理化学研究所植物科学研究センターがMaxPlank研究所などと協力して、植物において初めて大規模なトランスクリプトームデータ（Affymetrixチップ1000枚以上）を収集して公開した「AtGenExpress」国際プロジェクト（2004年）の成果です。材料にはモデル植物シロイヌナズナを用い、生育段階、器官特異性、ストレス応答、ホルモン応答、栄養、光など、植物の成長と環境応答に関する基本データを網羅しています。

筑波大学大学院 生命環境科学研究科
University of Tsukuba Graduate School of Life and Environmental Sciences
Atlas (ISH Data Base) （アーカイブ）
Atlas (ISH Data Base) (Archive)
Atlas (ISH Data Base) is a database of spatial gene expression profiles about Dictyostelium discoideum using in situ hybridizations. The database contains images of Dictyostelium gene expression at several different developmental stages. Users can search by clone, gene, product, or accession ID.
細胞性粘菌 Dictyostelium discoideum AX2 株 cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridizationに基づく空間的遺伝子発現情報（画像）を収録したデータベースです。シンプルな発生・分化をすることでモデル生物として利用されているDictyostelium discoideumの発生期に発現する遺伝子について局在データを示すことにより、それらの遺伝子機能について推察することができます。部位特異的な遺伝子についてDicty_cDBへのリンクから遺伝子の構造とアノテーション情報を得ることができます。 筑波大学によるオリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブから「Atlas (ISH Data Base)」をご利用いただけます。

ATTED-II
Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
ATTED-II is a database of co-regulated gene relationships and is useful to estimate the functions of genes. With DNA microarray analysis, the information on relative expression levels of thousands of genes is simultaneously produced. Large amounts of microarray data provide information on changes in transcript levels. By using patterns of gene expression changes between genes of interest, gene coexpression (similarity of expression) can be defined. Such coepression is expressed by Pearson's correlation coefficients. genes for protein complexes often show strong gene coexpression. By integrating known protein-protein interactions information and gene coexpression, complementary information of the gene function network is obtained.
AtGenExpressに蓄積されているシロイヌナズナのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しています。遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供しています。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）で表わされます。

Beta Cell Biology Consortium
BCBC
The Beta Cell Biology Consortium was to advance understanding associated with the development and function of the islets of Langerhans through functional genomics research data and distribution of resources; however, they have stopped operations as of August 1, 2015. The database contains information about antibodies, genomics study, mouse ECS lines, and mouse strains as screenshots.
Beta Cell Biology Consortiumは、膵臓ランゲルハンス島の発生と機能に関する理解を進展させる学際的アプローチの促進を目的としています。長期的な目標として、インスリン・デリバリーのための細胞療法の開発を掲げています。ゲノム機能解析研究のデータや、研究リソースの配布を行っています。

North Dakota State University
BeanGenes (A Phaseolus/Vigna sp. Database)
This is a database for gene and genome information of beans. Most of the pages are not accessible to view (Feb., 2017).
マメ（インゲンマメ属、ササゲ属）ゲノムデータベースへのリンク集です。※アクセス不可のページが多数みられます。

Harvard University Department of Molecular and Cellular Biology
Biology Links
ハーバード大学分子細胞生物学部で公開している生物学全般に関するリンク集です。生物学の各分野や、インターネットバイオリソース、検索エンジン、データバンク、モデル生物データベースといった分類ごとに有用なリンク情報が集められています。

Biomarker Candidates (Inferences of Novel Biomarker Candidate Functions)
バイオマーカー候補と臨床的障害の関係から新規のバイオマーカー候補を見出すためのデータベースです。MEDLINE、OMIM、PPIs等の文献情報からバイオマーカー関連の情報をまとめています。キーワード検索が可能です。
This is a database of new biomarker candidates based on relationships between biomarker candidates and clinical disorders. The database integrates information related to biomarkers from literature databases, such as MEDLINE, OMIM and PPI. Keyword search is available.

BioSystems
代謝パスウエイやシグナルパスウエイ、疾患やその他の生体内プロセスに関わる生体分子の相互作用セットを収集したデータベースです。現在は、KEGGとEcoCycデータベースのパスウエイを対象としています。各エントリーには、パスウエイ図、文献情報、遺伝子、タンパク質配列、化合物のデータが含まれています。
This database is a collection of metabolic and signaling pathways in organisms, as well as interaction sets between biological molecules associated with disease and other biological processes. Each entry contains information including pathway maps, relevant citations, genes, proteins sequences, and data on compounds.

University of Wisconsin System Board of Regents
BMRB
Biological Magnetic Resonance Data Bank
BMRB is a database of biomolecular magnetic resonance data. Proteins, peptides, and nucleic acids, and other molecules are represented in NMR and PDB data form. Several search functions are supported and users can upload or download data.
ADIT-NMR、SMSDepにより登録されたペプチド、タンパク質、核酸等、生体高分子のNMR実験データを公開しています。データの検索、各データエントリーからPDBなど他のデータベースへのリンク、データ可視化サイトより構成されています。PDBjが運用する日本のミラーサイト（ http://bmrb.pdbj.org/ ）があります。

BombMap
Bombyx mori genome Map information system
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。 グラフィカルなビューアにより、遺伝地図と物理地図の関連やマーカ情報を参照できます。
This database integrates genetic maps and molecular linkage map information on the silkworm genome. The association between the genetic and physical maps, as well as marker information, can be easily viewed through the graphical interface.

Bombyx Trap DataBase
エンハンサートラップ法によりカイコの新規突然変異系統を作出し、これらの系統におけるGFPレポーター発現部位情報や画像、ゲノム挿入位置情報などをまとめた新規突然変異系統データベースを構築しました。カイコゲノムデータベース（KAIKObase）との統合を行い、トランスポゾンベクターの挿入位置が染色体地図にマップされるようになりました。
This database contains information on silkworm mutant lines generated through the enhancer trap method, including GFP reporter expression sites and images, and genomic insertion sites. In collaboration with the silkworm genome database (KAIKObase), transposon vector insertion sites can be mapped on to a chromosomal map.

Bookshelf
This is a collection of books and documents in the biology and biomedical field that can be accessed online for free. References within the text are linked to PubMed.
オンラインで利用できる生物医学関連の電子書籍を収録しています。テキスト中の引用文献はPubMedにリンクしています。

National Hospital Organization Kyushu Cancer Center
国立研究開発法人国立病院機構 九州がんセンター
Breast Tumor Image Database
マンモグラフィ検診の導入や診断機器の進歩により、早期乳癌の発見率は増加してきました。一方で、境界病変や非触知病変、腫瘤非形成型病変など診断に苦慮する機会も増えています。そこで、医療関係者の方々を対象として乳腺疾患の医用画像データベースを構築しています。匿名化された乳腺腫瘍の症例について、マンモグラフィ検査や超音波（エコー）検査、MRI検査の診断画像、細胞診や病理組織の顕微鏡像および病理所見等をアーカイブ化しており、組織学的分類や年齢から検索できる症例検索、検査方法や検査画像の所見から検索できる画像検索が可能です。
Breast Tumor Image Database is an image database of breast tumors constructed by National Kyusyu Cancer Center. This database contains mammograms, ultrasound images, MRI data sets, cytology and histological images. Each entry includes a disorder name, basic and detailed data such as location and size of the tumor, as well as images with inspection data. Users can search medical cases or images by keywords, histological classification, kinds of cases, age and inspection methods.

Broad Institute of Harvard and MIT
Broad Institute of MIT and Harvard
The Broad Institute is a research institute established in 2004 between the Whitehead Institute at Massachusetts Institute of Technology (MIT) and the Harvard Institute of Chemistry and Cell Biology (ICCB) at Harvard University. Users can download software developed by the institute or browse research data. It contains 'Integrative genomics viewer', 'Genome Analsis Toolkit', and 'TumorPortal', etc.
ブロード研究所は、マサチューセッツ工科大学（MIT）のホワイトヘッド研究所とハーバード大学のHarvard Institute of Chemistry and Cell Biology (ICCB) という遺伝子医学の二大研究所が2004年に統合改組して設立された研究機関です。ブロード研究所で開発したソフトウエアや、研究データもダウンロードできます。

Virginia Commonwealth University
Caenorhabditis elegans WWW Server
線虫研究に関するポータルサイト、リンク集です。最新の論文、学会情報、解析ソフトウェア、C. elegans以外の線虫を紹介するページや、主要な線虫データベース、関連サイト、各研究室へのリンク集を提供しています。 なお、このサイトは他のサイトからリンクされている可能性があるため運用されていますが、情報は今後更新されません。最終更新日は2012年4月9日となっています。

National Cancer Center
国立研究開発法人国立がん研究センター
NCC-CIR
Cancer Image Reference Database
Cancer Image Reference Database (がん診療画像レファレンスデータベース)
がんの診療に有用な放射線、CT、MR、内視鏡、超音波、病理画像等の各種臨床画像・診断情報を提供する医師向けデータベースです。国立がん研究センター中央病院、東病院の症例を中心に、国立がん研究センター情報委員会が作成しています。診断や症例からの検索、部位やモダリティの指定による検索が可能です。
NCC-CIR is a database of cancer images for physicians. It contains medical images such as radiographs, MR, endoscopic images, ultrasonographs, pathological images, etc. which associated with diagnostic information. This database allows to search by case title, anatomical code, imaging modality and image findings through an easy-to-use interface.

Cassava Full-Length cDNA Database
ESTのアセンブルによって得られたキャッサバの完全長cDNAデータベースです。キーワード検索やBLAST検索が可能です。

国立研究開発法人理化学研究所 和光研究所
RIKEN(The Institute of Physical and Chemical Research) Wako Institute
BrainTx
Brain Transcriptome Database
BrainTx is a neuroinformatics database that contains gene expression information related to various stages and states of the brain. The database contains transcriptome information that can be explored in several ways. Users can search for genes of interest alone or in combination with stratifications for expression patterns, regions, brain specificity, and peak expression time. Data were collected from developing mouse brains.
哺乳類の脳の発達に伴う時間的空間的な遺伝子発現の情報を視覚化し分析するための総合的な神経科学データベースです。遺伝子名、発現場所、発現タイミング、関連する遺伝子オントロジーの情報が、In situ hybridazation、RT-PCR、GeneChip、ディファレンシャル・ディスプレイ、cDNAマイクロアレイなどにより解析された実験データとともに収録されています。データは発現場所、遺伝子名、遺伝子ID、キーワードにより検索することが可能です。 このデータベースは、マウス小脳の生後発達ステージにおける時空間的遺伝子発現プロファイル（トランスクリプトーム）をまとめたデータベースCDT-DBから発展したものです。

CGD
Candida Genome Database
ヒト病原体であるカンジダ菌（Candida albicans）のゲノム配列や、手作業でキュレートした遺伝子、タンパク質のアノテーション情報を提供しているデータベースです。カンジダ菌の代謝パスウエイ表示や実験データ解析、文献の全文検索も行えます。
This database is a genome database for Candida. It contains manually curated annotations on genes and proteins, as well as genomic sequences of the human pathogen Candida. Users can view the information of four strains of Candida, including C. albicans, C. dubliniensis, C. glabrata, and C. parapsilosis, which are metabolic pathways, experimental data, and full text of publications as well as genomic information.

Ewha Womans University
大韓民国
Korea, Republic of
ChimerDB
ChimerDB is a comprehensive database of fusion genes. ChimerDB 3.0 is composed of three modules of ChimerKB, ChimerPub and ChimerSeq. ChimerKB represents a knowledgebase including 1066 fusion genes with manual curation that were compiled from public resources of fusion genes with experimental evidences. ChimerPub includes 2767 fusion genes obtained from text mining of PubMed abstracts. ChimerSeq module is designed to archive the fusion candidates from deep sequencing data. Users can search database by genes, gene pairs and diseases. The whole content of database can be downloaded as database schema, MySQL database dumpfiles and excel format data files.

ChimerDBは融合遺伝子の情報を集めたデータベースです。ChimerKB、ChimerPub、ChimerSeqの3つのモジュールで構成されています。
ChimerKBは、文献や公開されているリソースからのマニュアルキュレーションによって、実験に基づいた融合遺伝子についての、疾患との関係や配列等の知識情報を収録しています。ChimerPubは、PubMed Abstractからのテキストマイニングによって得られた融合遺伝子の情報を収録しており、テキストマイニングに基づいて要旨に注釈がつけられています。ChimerSeqは、シークエンスデータからの融合遺伝子候補を格納できるよう設計され、多様な癌患者を含むTCGAプロジェクトのRNAシーケンスデータから得られた融合遺伝子候補を収録しています。 遺伝子名、遺伝子ペア名、疾患名による検索や各種絞り込みのメニューがあります。また、データベーススキーマ、MySQLダンプファイル、エクセルフォーマットでのデータの一括ダウンロードが可能です。

Chloroplast Function Database II
A database of mutant phenotypes of nuclear-encoded chloroplast proteins
シロイヌナズナの葉緑体タンパク質を産生すると予想した遺伝子に、トランスポゾンまたはT-DNAを挿入して破壊したタグラインを大規模に収集し、植物体の形態変化を育成プレート上で観察・分類した結果、異常な表現型を示した変異体の原因遺伝子の情報と表現型の写真をデータベース化し、ウェブ上で自由に閲覧・検索可能にしました。
This is a database of Arabidopsis proteins targeted to chloroplasts initially identified by in silico prediction and confirmed using mutant strains. Users can search for genes or keywords of interest. Results include mutant phenotypes and, in many cases, TEM images. Data tables are available for download.

筑波大学 下田臨海実験センター
University of Tsukuba Shimoda Marine Research Center
CITRES
Ciona Intestinalis Transgenic line RESources
CITRES is a database of Ciona intestinalis resources maintained by University of Tsukuba. This database contains GFP expressed images of transgenic Ciona and lists of strains, DNA constructs and corresponding references. Users can search resources by expression stages, as well as keywords including vector names, created methods and expression patterns.
カタユウレイボヤの系統、GFP導入ベクターによる蛍光発現画像や関連文献が掲載されています。各系統種やベクターの分与申し込みも可能になっています。

CleanEx
CleanEx is a database of gene expression related information in humans and in mice. Search options can be accessed directly by entering the gene ID/symbol, or the Target ID. A complete list of expression datasets, classified according to the organism, may also be retrieved.Datasets can be compared for common trends, genes and numerical results. This site was last updated on 11 Jun 2008.
ヒトとマウスの遺伝子発現データを収集・整備し、実験間で比較することができるデータベースです。キーワード検索が可能です。

Clone DB
遺伝子クローンとライブラリの統合データベースです。クローン名とライブラリ情報、末端塩基配列情報、提供者の情報を提供しています。クローンの登録も行えます。
This is an integrated database of libraries and clones. Information such as clone names, library information, nucleotide sequence information, and contact information of the clone distributer can be accessed here. The information can be browsed through the genome or the cell-based library. Clone DB was formerly known as NCBI Clone Registry.

COGs
Clusters of Orthologous Groups of proteins
全ゲノムにコードされているタンパク質配列の全てのオーソログを定義しているデータベースです。オーソログクラスターに含まれる生物種とタンパク質名、系統樹を収録しています。各クラスターは、個々のタンパクやパラログから構成されており、保存ドメインと一致します。前身のデータベースは「NCBI Clone Registry」です。
This database defines all orthologs of protein sequences coded by known genomes. The species name, protein name, and phylogenetic tree of orthologous clusters can be viewed through this site. Each cluster is comprised of individual proteins and its paralogs, matched to evolutionarily conserved molecular domains.

Comparasite
Full-length cDNA Database
7種類の寄生原虫（熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、ネズミマラリア原虫2種、トキソプラズマ原虫、クリプトスポリジウム原虫、エキノコックス条虫）から全長cDNAライブラリを作成し、比較生物学的研究に利用するための比較ゲノムデータベースを作成しました。相同遺伝子群のクラスター化や、モチーフ、細胞膜貫通領域などの比較解析結果が含まれています。
Comparasite is a database of cDNA sequence information for seven parasitic species. In addition to sequences from individual species, the database contains homology information on genes from the seven species or subsets thereof. Bulk data is available for download.

EBI Genomes Pages
完全ゲノム配列決定された生物のゲノム配列と、ゲノムにマッピングされたアノテーション情報を提供しています。
The EMBL Database is a repository of entirely sequenced genomes. The database contains complete genome sequences of 146 archaea, 2,204 bacteria and 166 eukaryotic organisms. The repository also gives access to the DNA sequences of 57 archaeal viruses, 3,900 organellae, 1,178 phages, 1,018 plasmids, 56 viroids and 3,176 viruses. Text, advanced and sequence search options are available.

ConfC （アーカイブ）
ConfC (Archive)
Database of conformation changes in protein structures
ConfC is a database of the structure of protein and how its conformation changes for various reasons. Three sub-databases are offered. The first contains changes in protein structure which took place over many years (evolution). The second describes changes that take place when proteins bind with one another. The third contains data on small fluctuations in the structure of different molecules in a sample of a protein. The purpose of this collection is to determine the effect mutations, deletions and insertions in the RNA sequence coding for the production of various proteins have upon the stability of its structure and how these affect its function. It also aims to determine whether structural changes may lead to the development of disease and to suggest ways in which these can be prevented or treated. A simple search function, where search parameters are entered, is available.

タンパク質立体構造と機能の関係を動的に扱った研究は、実験的には数多く存在しますが、一般的なドラッグデザインではいまだにタンパク質を静的に扱っています。タンパク質の動的情報を得るには、実験もしくは分子動力学計算を行う必要がありますが、どちらも全てのタンパク質を網羅するには非常に膨大な時間と労力を必要とします。本データベースは、現在得られているタンパク質の立体構造からこの動的情報を抽出し、1）進化的構造変化、2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの3種類に分類しました。
産業技術総合研究所によるオリジナルサイト（http ://mbs.cbrc.jp/ConfC/）の運用は終了しました。ConfCのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

CDD
Conserved Domain Database
分子進化的に保存されたタンパク質ドメインの配列アライメントとプロファイルを収録しています。Pfam、SMART、COG、PRK、TIGRFAMを情報源としています。
This is a collection of muliple sequence alignment models for ancient domains and full-length proteins, for the purpose of giving annotations for proteins. This database includes domain information curated by NCBI as well as those imported from the external sources; Pfam, SMART, COG, PRK, and TIGRFAM.

COPE
Cytokines & Cells Online Pathfinder Encyclopedia
COPE (Cytokines & Cells Online Pathfinder Encyclopedia) version 31.4 is a comprehensive database of cytokine-related information. The repository contains more than 31400 pages, upwards of 84890 cited references and 1137890+ internal hyperlinks. It contains 19 subgroups, from Angiogenesis, through Chemokines and Modulins to Virulence Factors, which were created in order to organize the vast amount of information in a searchable format. Information obtained from this database is free for use by academic institutions and non-profit organizations and it is wholly dependent on donations for its growth and maintenance.

サイトカインと細胞に関するオンライン辞典で、全てテキストで記載されています。アルファベット別にキーワードが整理されており、情報量が多いのが特徴です。
※アカデミア、非営利組織のみフリーアクセスが可能です。

CREATE portal （アーカイブ）
CREATE portal (Archive)
Collaboration of Regional Entities for the Advancement of Technological Excellence
CREATE is a database of sequence information for long cDNA clones from humans and mice, selected specifically because they were particularly large. This site serves as a portal to two other database functionalities (InGaP, for expression profiles, and InCeP, for pathway information), and two search functions, one for protein solubility and the other for subcellular localization as determined by transfected GFP-fusion proteins.
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されています。ectopic expressionはhybridizationにより計測されている模様（画像あり）。また、mKIAAをベースに作成された抗体を用いてwestern blot, immunohistochemical analysis, immunoprecipitation により計測されたタンパク質発現が掲載されています。（以上、InGaPデータベースについて） mKIAA発現タンパク質のタンパク質間相互作用をimmunoprecipitation + MS/MSで計測した結果が掲載されています。相互作用は検索／表示／ダウンロードできますが、表示には専用のソフトが必要になります。（以上、InCePデータベースについて） かずさディー・エヌ・エー研究所によるオリジナルサイト（https:// webcreate.kazusa.or.jp/create/） の運用は終了しました。CREATE portalのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

CSML
Cell System Markup Language
CSML is a resource for the annotation of biological pathways. The database focuses on a standardized system for denoting biological processes across several types of experiments. Several models are provided, as well as tools such as Cell Illustrator for annotating and representing original data.
CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XMLフォーマットであるCellMLやSBML形式を包含できるよう定義されています。さらに、より厳密かつ効率的に他形式とのデータのやりとりを実現するため、CSMLは、OWL(Web Ontology Language)で記述したオントロジー言語CSO(Cell System Ontology)を利用して定義しています。CSOは、シグナル伝達経路や遺伝子制御ネットワークをダイナミクスを含めて知識表現するにおいて必須と考えられる語彙を定義しています。さらに、さまざまなアプリケーション間で視覚情報も標準化して相互にやりとりできるようにするため、CSOでは各語彙に対して標準のアイコンを定義しています。

CyanoClust database
Database of homologous proteins in cyanobacteria and plastids
CyanoClust is a database of homologous proteins in cyanobacteria, plastids, and bacteria. The database contains clustered homology groups with an emphasis on domain conservation across species. A phylogeny based on these groups is also provided.
原核、真核両ドメインにまたがる広汎なタンパク質についての高品質な自動クラスタリングを行うソフトウェア「GCLUST」を用いて、10種のバクテリアと38種のシアノバクテリア、59種の葉緑体、1種類の有殻アメーバの全タンパク質のクラスタリングを行い、その結果を収録したデータベースです。系統プロファイリングによる検索が可能なことが特徴です。さらに、植物プロモータデータベースPPDBとの連携により、相同タンパク質のプロモータ構造を比較することができます。

The Hospital for Sick Children (SickKids)
Cystic Fibrosis Mutation Database
嚢胞性線維症(CF;Cystic Fibrosis)の病因はCFTR（CF transmembrane conductance regulator、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子）遺伝子の変異にあります。このデータベースでは、嚢胞性線維症の遺伝研究のために、CFTR遺伝子の変異情報やデータを収集し、提供することを目的としています。既知のCFTR変異配列は全て収録されており、新規の変異情報をオンラインで登録することも可能です。
The Cystic Fibrosis Mutation Database (CFTR1) is a collection of mutations and sequence variants in the CFTR gene, which is related to the development and progress of the genetic disease Cystic Fibrosis. Currently the CFTR mutation database contains 1,935 listed mutations. Graphic, basic text and advanced text search options are available. A number of linked sites are available for more information on Cystic Fibrosis in general.

DaphniaBASE
DaphniaBASE is a database of water flea sequence data with clone and contig mapping information and a BLAST browser for searching sequences. gene homology tables and bulk data download are also available.
オオミジンコ（D. magna）のNIESクローンについてcDNAライブラリを作成し、EST解析を実施した結果が公開されています。クローン配列あるいはコンティグ配列、およびそれらに対するホモロジー検索の結果が利用可能です。

Oxford University Press
The Journal of Biological Databases and Curation
Oxford University Pressから出版されているオープンアクセスの学術誌です。生物系のデータベース研究やキュレーションに関する新しい知見を提供することによって、データベース開発者とキュレータとユーザー間の橋渡しを強化することを目的としています。
The Journal of Biological Databases and Curation is a database that provides information on database development. This repository gives guidance on methods of selecting, preserving and maintaining vast amounts of biological data in order to enable effective use of these archives at present and in the future. Direction is provided on how to apply the information found in this journal when new research projects are planned. Guidance is also given on organizing research results in an accessible format, for instance as a database, to make it available to other scientists for use in their research and to enable computational analysis of such results. New ideas on database development and user tutorials for database tools are welcomed. Keyword and Advanced search options are available.

Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi
糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)について、塩基配列および発現制御などの研究に役立つ情報を集めたサイトです。 Aspergillus oryzae EST データベース：麹菌EST・ゲノム解析コンソーシアムにおいて、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為にシングルパスのシークエンスを行ないました。FastaAによる相同性検索ができます。 他にAspergillus oryzae 転写制御データベース、Aspergillus nidulans コスミドシークエンスなどがあります。

This database aims to provide the fermentation industry (and namely that of sake production) with applicable information about the filamentous fungus Aspergillus oryzae.
It consists of sequenced cDNA clones of the Aspergillus oryzae.
A FastA search function is available.
The owners of the database are looking into building it out further by adding information about transcripts of the above fungus.

DB-SPIRE（アーカイブ）
DB-SPIRE (Archive)
Database for Structure-based Protein Interaction Research
This database indicates the interaction sites on proteins and shows how the structures of these sites change when the proteins interact with other substances. This information enables the researcher to determine how these structural changes affect its function. The search function offers direct access to the Protein Data Bank and also to the PROSITE database of proteins. It used to offer access to the BLOCKS database of protein and nucleotide sequence classification, but this last database is no longer updated and may prove unreliable.
実験的または配列解析（ホモロジー検索とマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を収録しています。アミノ酸配列モチーフデータベースとしてPROSITEとBLOCKSの2種類を用い、タンパク質立体構造データベースとしてProtein Data Bank (PDB)を用いています。 産業技術総合研究所によるオリジナルサイト（http:// mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE/ ）の運用は終了しました。DB-SPIREのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

Kumamoto University Graduate School of Medical Sciences
熊本大学 大学院医学教育部
dbCFC
Cytokine Family Database
NCBI GenBankに登録されているヒトサイトカインのEST配列を収集したデータベースです。EST配列は、サイトカインファミリーごと、遺伝子ごとに整理されており、遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報として、各種公開データベースのリンクが記載されています。現在は提供を終了しています。
This database contains a collection of expressed sequence tag (EST) sequences of human cytokines from GenBank's database at the National Center for Biotechnology Information (NCBI). EST sequences are grouped by cytokine family and by gene, and links to various open databases are provided for each gene, cDNA sequence, or protein. This site is currently closed.

dbEST
Expressed Sequence Tags database
This is one of the world's largest repository for EST with information on multiple species. Users can also submit their own data.
各生物種のEST情報が得られる世界最大規模のESTレポジトリです。データの登録も可能です。

dbGaP
Genotypes and Phenotypes
This is a database for research on genotypes and phenotypes in humans, including genome-wide association studies (GWAS), medical sequencing, and molecular diagnostic assays. The dataset is classified into public data and controlled-access data, and an application procedure is required for access to controlled-access data.
ゲノムワイド関連解析(GWAS)、メディカルシーケンシング、分子診断アッセイを含む、遺伝子型と表現型の関連研究のアーカイブです。登録されているデータセットは、公開データとコントロールデータに分けられており、コントロールデータを入手する場合は申請手続きが必要です。

Shanghai Center for Bioinformation Technology
DBH2H
Head-to-head Gene Database
DBH2H is a database of head-to-head oriented genes across multiple species, with information on all genes transcribed in opposing directions with start sites within 1kb of each other in several eukaryotes. Users can browse, search, and BLAST the database. Data is available for download.
ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグのhead-to-head (h2h)遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグにおいて、h2h遺伝子のペアは転写開始点が1kb以内に存在することが知られています。H2h領域では、CpGアイランドやSNPs、転写因子結合サイトなどの配列的特徴が見出されています。さらに、h2hペア遺伝子は、発現や機能に相関性が見られます。このデータベースでは、h2h遺伝子ペアについて、プロモーター領域に存在するCpGアイランドやSNPの情報、遺伝子発現の相関、OMIMやGene Onotology、KEGG由来の機能情報を提供しています。

RIKEN(The Institute of Physical and Chemical Research) Kobe Institute
国立研究開発法人理化学研究所 神戸研究所
DBSB
DataBase for Systems Biology
DBSBはゲノムワイドな情報を利用した複雑な生命現象を解析するためのプラットフォームを提供します。サーカディアンリズムとホメオスタシス、細胞周期と細胞分裂、組織特性と区別、光応答とシグナル伝達などが重点分野ですが、これらに限らず広い分野に渡っています。
DBSB is a listing of systems biology studies. Users can browse links to papers, figures, and data tables of several systems-level projects, with a focus on circadian rhythm and DNA methylation.

dbSTS
database of Sequence Tagged Sites
This is a database of sequence tagged sites those are sequence data for short genomic sequences used as a landmark in the genome. This database was already retired, and in this page, users can find the information about how to search and use those sequences.
Sequence Tagged Site(STS)を収録したデータベースです。STSはゲノムの位置を特定できる短い（約200-500bp）配列です。ゲノムの物理地図を作成する際の目印になります。dbSTSに登録されている配列はFTPサイトから入手できます。

首都大学東京
Tokyo Metropolitan University
DGSP
DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT
DGSP is a database of Drosophila insertion mutant lines. The database contains information on over 20,000 insertion strains that were used to map genes. A genome browser and search function are provided, and strains can be requested.
ショウジョウバエのGSベクター挿入系統データベースです。個々の系統の情報やベクター隣接配列、GAL4存在下で強制発現される遺伝子および表現型情報が登録されています。 GS系統番号、遺伝子名、染色体領域名で検索可能です。

Dicty_cDB （アーカイブ）
Dicty_cDB (Archive)
Dictyostelium cDNA Database
Dicty_cDB is a database of Dictyostelium discoideum sequencing data. The database contains information on sequenced clones and contigs obtained by EST analysis. Keyword, pattern, homology, and BLAST searches are supported. The original site was retired, and it is available in NBDC Life Science Database Archive.
社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報に、さまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースです。本データベースは、細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA大規模解析（Dictyostelium cDNA Project in Japan）の成果です。 筑波大学によるオリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからDicty_cDBをご利用いただけます。

Northwestern University
dictyBase
This site contains information related to the ameboid protozoan Dictyostelium discoideum, including information of genomes and genes, conferences, experimental protocols, tools for analysis, and distribution of strains.
細胞性粘菌研究の総合サイトです。ゲノムや遺伝子情報、学会情報、実験プロトコル、解析ツール等の提供と、株の配布を行っています。

Fritz Lipmann Institute - Leibniz Institute for Age Research
FLI - Leibniz Institute for Age Research
DiProDB
Dinucleotide Property Database
This database is a collection of thermodynamic properties and structural characteristics of DNA and RNA dinucleotide. It contains 125 published properties, such as twists, bends, rolls (in DNA-protein complex), and slides (in DNA-protein complex).
DNAやRNAのジヌクレオチド配列の熱力学的特性や立体配座特性を収集したデータベースです。Twist, Bend, Roll(DNA-protein complex), Slide (DNA-protein complex)など125の特性について、全ジヌクレオチドの値と、報告された文献や核酸のタイプ等が表示されます。

Distribution of Human cDNA Clones
Human cDNA Clones is a database of human cDNA clones for which a copy can be distributed by Biological Resource Center (NBRC), NITE. This database contains Human cDNA clones from Human Gateway? Entry Clones, Full-length Human cDNA Clones and Splicing-Variant Human cDNA Clones. Users are able to search clones using sequence ID, keywords and sequence. NBRC is distributing copies of the human cDNA clones to both academia and industries under their distribution policy.
独立行政法人 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター：NBRC (NITE Biological Resource Center)で分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クローン名検索、キーワード検索、BLAST検索が可能です。

DJI
Dictionary of Japanese Insect Names
DJI is a database of Japanese insects names treating all the insect species or subspecies recorded from Japan. DJI provides two methods of searching. First, users can search Japanese names from scientific ones, then search results show the Japanese names and scientific names (family only, or genus and species). Second, users can search scientific names from Japanese ones, then search results show scientific names (family, genus and species) and the Japanese names.
日本産の全昆虫について、和名または学名を入力することによって、その文字列を含む昆虫のリストを学名と和名で表示する辞書です。

Pyrococcus DNABook
超好熱古細菌のDNAを収録したDNAブックです。

Harvard University
DPInteract

大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベースです。大腸菌の55種類のDNA結合タンパク質と結合サイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されています。
※各遺伝子の詳細ページが表示されません。

This is a database for DNA-protein interactions in E.coli. It collects sequence-specific DNA-binding proteins and sequences of the binding sites. They compiled DNA-binding site matrices and predict binding sites in the genome using the matrices.

Dr. Zompo (Data Repository for Seagrass ESTs including: Posidonia oceanica, Zostera marina)
2種類の海藻（地中海ポシドニア、アマモ）のEST配列を提供しているデータベースです。地中海ポシドニア9,412配列(3,387遺伝子）、およびアマモ5,185配列（1,219遺伝子）が収録されています。各エントリーには、Swiss-Protの相同性検索結果、Gene OntologyやPfam、KEGG検索結果、配列情報等が含まれています。
This is a database of EST sequences for two species of seaweed, the Mediterranean Posidonia and the Zostera. Each entry contains information on Swiss-Prot homology search results, gene Ontology and Pfam, KEGG search results, and sequence information.

DTA
DDBJ Trace Archive
DTA is a repository of single-pass reads obtained from large-scale sequencing projects using capillary sequencers. DTA contains trace data, which consists of DNA sequence chromatograms (sequence data), base calls, and quality estimates for single-pass reads. DTA is maintained by DDBJ (DNA Data Bank of Japan), the member of INSDC in Japan, and DDBJ collects trace data in cooperation with the other members of INSDC. Users can search trace data at the DTA Search or NCBI Trace Archive, and download them from the DTA FTP site.
大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNAクロマトグラム、決定した配列、クオリティ値のアーカイブです。 DTA は International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) のメンバーであり、NCBI Trace Archive と EBI Trace Archive との国際協力の下、データを収集しています。 DTA に登録されたデータは NCBI Trace Archive にアップロードされます。公開されたデータは Trace Archive で検索、取得することができます。

EBI
EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）は、ケンブリッジ郊外のウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内に設置されているバイオインフォマティクスの学術的研究機関です。EMBL（欧州分子生物学研究所）の一部門で、1992年に設立されました。バイオインフォマティクス研究の推進、フリーで入手可能なデータやバイオインフォマティクスサービスの整備と提供、教育活動等を目的としています。
EBI is the website of the European Bioinformatics Institute. The site contains data from EBI experiments and basic research programs as well as information on training and links to resources affiliated with the Institute. News releases and links to upcoming conferences are also provided.

Ecgene
Genome Annotation for Alternative Splicing
選択的スプライシングを考慮した遺伝子推定プログラムECgeneをゲノムに適用してアノテーションしたデータベースです。生物種はヒト、マウス、ラットを対象としています。遺伝子を示すビューワーと詳細情報として、転写産物、ドメイン、モチーフ、遺伝子発現情報を閲覧可能です。
ECgene is a database that provides annotation for alternative splicing of the genome. Statistics on total gene number (spliced and unspliced), number of transcripts, AS genes and isoforms are displayed in a searchable format for the human genome and that of 8 other animal species. Tables with information for each species can be browsed and downloaded.

ECRbase
ECRbase is a database of regulatory conserved sequences. The database contains sections on conserved regions across multiple genome comparisons, computationally and experimentally determined promoter locations, chromosome synteny maps, and transcription factor binding sequences. Data are available for download as gzip'd text tables.
脊椎動物ゲノム間の進化的保存領域、RefSeqとUCSC既知遺伝子のプロモーター領域、ゲノム間のシンテニー、プロモーター領域および進化的保存領域の転写因子結合サイトについて、ダウンロード形式でファイルを提供しています。

Universite Claude Bernard Lyon 1
EMGLib
Enhanced Microbial Genomes Library
EMBGLib is a database of completely sequenced microbial genomes. The database contains genomes from the NCBI GenBank which have been further processed and annotated. The database can be searched by keyword, sequence name, or accession number, or by more advanced web server query. Sequences of interest can also be downloaded by HTTP or FTP.
原核生物（真正細菌、古細菌）と酵母の完全ゲノム配列を提供しています。GenBankやEMBL、RefSeqなどのデータベース名を選択し、キーワードや配列名、アクセッション番号で検索します。

ENA
European Nucleotide Archive
ENA is a database of data from global nucleotide sequencing projects. The database contains information on projects from raw phases trhough complete functional annotation. Users can search by keyword or DNA sequence. Bulk data is available for download.
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。サンプル、実験情報、機器情報、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテーションも提供しています。

Ensembl Project
EnsemblBacteria
ゲノム解読された真正細菌、古細菌を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
EnsemblBacteria is a database of thousands of bacterial genomes. The database can be searched by gene, genome, or BLAST, and several tools are available. Data and ensembl software can also be downloaded.

EnsemblFungi
EnsemblFungi is a database of fungal genomes. The database contains sequences from dozens of fungal species which can be searched by gene, genome, or BLAST. Tools for processing data are also available, as are bulk data downloads.
ゲノム解読された菌類を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。

EnsemblMetazoa
ゲノム解読された無脊椎動物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
EnsemblMetazoa is a database of metazoan genomes. The database contains sequences from dozens of metazoa which can be searched by gene, genome, or BLAST. Tools for processing data are also available, as are bulk data downloads.

EnsemblPlants
EnsemblPlants is a database of plant genomes. The database contains sequences from dozens of plants which can be searched by gene, genome, or BLAST. Tools for processing data are also available, as are bulk data downloads.
ゲノム解読された植物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。

EnsemblProtists
EnsemblProtists is a database of protist genomes. The database contains sequences from dozens of protists which can be searched by gene, genome, or BLAST. Tools for processing data are also available, as are bulk data downloads.
ゲノム解読された原生生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。

EPD
The Eukaryotic Promoter Database
EPD is a satabase of unique gene promoters. The database contains non-redundant sequences of promoters for genes transcribed by RNA polymerase II. Users can search the database, browse promoter elements, or download sequences via HTTP or FTP.
転写開始点が決定されている真核生物のポリメラーゼIIプロモーターについての注釈付きデータベースです。各エントリーの注釈には、転写開始部位のマッピング実験に関する記述、外部データベースへのリンク、文献情報などが含まれています。配列比較用として、意味のあるプロモーターサブセットの動的抽出が容易となるように設計されています。

University of Pennsylvania
EpoDB
Erythropoiesis database
EpoDB is a database about genes which relate to vertebrate red blood cells. It contains DNA sequence, structural features, protein information, gene expression information and transcription factor binding sites. Information about genes is brought together from different sources. This database is able to return the same specific region of sequence from a number of related genes for further analysis. Moreover, it provides visualization tools that makes it easy and efficient to interpret the information in EpoDB or from the analyses.

脊椎動物の赤血球細胞（赤血球産生）関連遺伝子を収集したデータベースです。各エントリーにはDNA配列、構造、タンパク情報、遺伝子発現情報、転写因子結合サイトが含まれています。
※現在、検索時にInternal Server Errorとなり、検索結果が表示されません。

eSOL
Solubility database of all E.coli proteins
再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量を収録したデータベースです。遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各タンパク質の実験結果を検索することができます。全データのダウンロードも可能です。
eSOL is a database about the solubility of entire ensemble proteins of E.coli individually synthesized by PURE system that is chaperon free. This database provides the solubility of proteins which synthesized from ASKA library (A complete Set of E.coli K-12 ORF Archive). Entries can be searched on keywords containing JW ID, ECK number, B number, gene name, Locus name, Synonyms of locus, gene product description, SCOP assignment or browsed on gene name. Users can download expression data, un-expression data, and chaperone data.

EST (A collection of short single-read transcript sequences from GenBank)
GenBankに登録されている、転写産物の一部の短い配列（EST）を収集したデータベースです。各エントリーにつき、EST名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます。
EST is a database of short single-read transcript sequences. The database contains thousands of sequences determined by traditional sequencing of gene transcripts in dozens of organisms. The database can be searched by keyword or BLAST. Users can submit sequences or download data via FTP.

ESTHER
ESTerases and alpha/beta Hydrolase Enzymes and Relatives
ESTHER is a database of hydrolase family enzymes. The database contains information on hydrolases and related enzymes from over 5000 species including sequences, structures, mutations, and disease associations. Users can search the database or use various tools to compare and analyze hydrolases.
α/β‐ヒドロラーゼ折畳みスーパーファミリーのデータベースです。タンパク質のα/β‐ヒドロラーゼ折畳みは、α/β/αサンドイッチ構造を形成する5～8本鎖のβシートコアによって特徴づけられます。共通の祖先から派生したスーパーファミリーのメンバーは、広範囲の基質特異性をもつ加水分解酵素や、触媒活性を持たない他のタンパク質に分かれました。ESTHERデータベースは、スーパーファミリーの遺伝子やタンパク質の配列、生化学的、薬理学的、構造的データに関する全ての情報を論文から収集し、注釈をつけています。これらの情報を連結してファミリー内における構造-機能の関係性を示したり、ファミリーのメンバーと関連のあるヒト疾患情報も提供しています。

Evola
Evolutionary annotation database
This is a database of corresponding genes (orthologs) linking humans with fourteen other vertebrates. Similarities in sequence of the corresponding genomes and in the amino acids these sequences facilitated production of were compared. Different splicing variants were also included in the comparison. Outcomes of these comparisons were analyzed to predict evolutionary links between the species and is displayed in a tree format. Search by keyword, accession number or gene symbol is possible.
H-InvDBで定義されたヒト遺伝子の分子進化データベースとして、ヒト代表配列（1配列/遺伝子座）と14種の脊椎動物とのオーソログ情報を提供しています。ヒトと各生物種間でスプライシングバリアントを比較することもできます。EvolaへはH-InvDBの各所にある「evola_icon（樹木アイコン）」からアクセスできます。

Evolutionary Trace Server
アミノ酸配列をクエリとし、Blast検索、マルチプルアライメント、と順次ET法の各過程を実行し、最終的に予測した保存部位を立体構造上に表示します。

FABA2
Four-dimensional Ascidian Body Atlas Ver.2
Four-dimensional Ascidian Body Atlas 2
カタユウレイボヤの孵化後の細胞の時空間的形態変化を明らかにし、網羅的発生ステージ表を作製することを目的に、後期の各発生ステージ（受精後17.5時間幼生～受精後7日幼若体）に対応する形態の3次元画像および断面画像を取得しました。これらの画像は、Alexa蛍光ファロイジンで染色したホヤのF-アクチンを共焦点レーザー走査顕微鏡（CLSM）で可視化し、3000枚以上の画像を再構築することで得られたものです。
FABA2 is a database of ascidian's three-dimensional (3D) and cross-sectional images in late developmental stages. It contains the images which were acquired by visualizing F-actin of ascidian, C. intestinalis from 17.5hpf hatching larva to 7dpf juvenile, stained with alexa fluor phalloidin by confocal laser scanning microscope (CLSM) and reconstructed from more than 3,000 high-resolution real images. Time-lapse images by stereo microscope were obtained and matched with images by CLSM which correspond to 31 different stages.

FANTOM3
Functional Annotation of Mouse 3
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。（転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。
FANTOM3 is a database of the mouse transcriptome, with comprehensive information on expressed mouse genes assembled using technologies developed by the FANTOM consortium. Several sets of data are available for bulk FTP download, and links to cDNA annotation browsers are provided.

FANTOM4
Functional Annotation of the Mammalian Genome 4
FANTOM is a database about functional annotations of the Mammalian genomes. It contains experimental data of the FANTOM consortium which is an international collaborative research project initiated and organized by the RIKEN Omics Science Center. This database includes CAGE tags, mapping, and promoters (clusters or aggregations of CAGE tags as units of promoter) for human and mouse, and information about the experiments and data processing. Users are able to use genome browser or EDGE express DB which is designed for integrating and interpreting large high-throughput expression datasets in the context of biological networks.
FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果とともに、最新のFANTOMプロジェクトであるFANTOM4で得られた結果を提供しています。FANTOM4では、ゲノム上に同定された要素同士が互いにどのように作用しているかというネットワークの解明に取り組みました。

The University of Tokyo Graduate School of Science Department of Biophysics and Biochemistry
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
Flavonoid Database
様々な植物種で同定されたフラボノイドを報告した文献を集めたデータベースです。物質、植物種、文献 という3つの名前空間で構成されます。現在、6918フラボノイド構造、3655植物種、5006件の文献に基づく 19937物質：生物種の対応関係が登録されています。検索機能として、化合物検索、著者や雑誌の検索、構造検索が用意されています。食品情報も提供されています。
Flavonoid Database is a wiki-based database of flavonoids maintained by Arita Laboratory, the University of Tokyo. This database includes indexes for flavonoids, authors of journal papers and journal titles, and information on food containing flavonoids. Users can search flavonoids from backbone structures, hydroxylation and methylation patterns, glycosylation patterns and other modifications.

FLJ Human cDNA Database
FLJ is a sequence analysis database that is focused on mRNA variations of human genome and cDNA sequences. There are about 20 to 25 thousand human genes and 100 thousand mRNA varieties, which are apparently caused by transcription start site (TSS) variations and splicing. In the previous human cDNA project, approximately 30 thousand FLJ human full-length sequenced cDNAs were deposited in DDBJ/GenBank/EMBL, and approximately 1.4 million of 5'-end sequences (5'-EST) of FLJ full-length cDNAs from approximately 100 kinds of cDNA libraries of human tissues and cells that were constructed by the oligo-capping method were obtained. These FLJ cDNAs included approximately 80% of all human genes. In the project we developed an efficient splicing variant cDNA cloning and evaluation system, obtaining more than a thousand full-length sequenced cDNAs, which we used with the human genome to construct a sequence analysis database focused on mRNA variations.
転写開始点の多様性やスプラシシングバリアントに焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースです。ヒト遺伝子数は2万～2万5000と推定されましたが、ヒトmRNAのバリエーションは10万程度と予測されています。この多様性は転写開始点とスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。このデータベースは、経済産業省「完全長cDNA構造解析プロジェクト」において得られたFLJ完全長cDNA配列、FLJ完全長cDNA配列の5'-EST、公開ヒトcDNA配列、ヒトゲノム配列などを用いて構築されました。

早稲田大学 教育学部
Waseda University School of Education
Fluorome
The Cyanobacterial Chlorophyll Fluorescence Database
Fluorome is a database of cyanobacterial chlorophyll fluorescence information, with information on the kinetic responses of hundreds of gene deletion mutants. Users can search by ORF, gene, or mutation and obtain information on phenotype and mutations that result in similar kinetic response.
原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。シアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803の約500の変異株のデータが収録されています。各遺伝子破壊株のクロロフィル蛍光挙動をグラフィックに見ることができると共に、その蛍光挙動が２つの遺伝子破壊株の間でどの程度異なるかを定量化し、自分が注目する遺伝子破壊株とよく似た蛍光挙動を示す遺伝子破壊株をリストアップすることができます。

fRNAdb (Archive)
fRNAdb （アーカイブ）
Functional RNA Database

経済産業省「機能性RNAプロジェクト」の成果であるデータベース群のポータルサイト「ncRNA.org」の中のデータベースです。ncRNAの配列、構造、遺伝子発現情報をまとめています。
国立研究開発法人産業技術総合研究所によるオリジナルサイト （http: //www.ncrna.org/frnadb/） の運用は終了しました。fRNAdbのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

fRNAdb is a sequence database hosting a large collection of non-coding RNA sequence data that were obtained from public non-coding databases. Users of the fRNAdb database can search the sequences by inputting associated keywords, e.g., miRNA or snoRNA. By adding the name of the disease or the tissue, the search will be more specific.

Institute of Molecular and Cell Biology
シンガポール
Singapore
FUGU GENOME PROJECT
Fugu Genome Project is a database of the pufferfish (Takifugu rubripes) genome. The database contains a genome browser with BLAST search, genetic linkage maps, and functional annotations of transscription factor genes. Genome data is available for download.
フグのゲノム情報を提供しています。このサイトでは各アセンブルデータに対するBLAST機能やアセンブルされた配列情報のダウンロード、GenomeBrowserを使用することができます。

Full-Anopheles
Anopheles Full-length cDNA database
ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが機能していません。
This database of the Anopheles genome allows for browsing cDNA clones mapped to the genome, keyword search, BLAST search, or bulk data download, and provides links to other genome databases.

Full-Babesia
Babesia Full-length cDNA database
This is a database of the Babesia genomes, and allows for browsing of the cDNA clones mapped to the genomes, keyword search, or bulk data download and provides links to other genome databases.
バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。

Full-Cryptosporidium
Cryptosporidium Full-Length cDNA Database
クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページでは配列情報がFASTA形式で取得できます。
This is a database of the Cryptosporidium genome to browse the cDNA clones mapped to the genome, keyword search, BLAST search, or bulk data download and provides links to other genome databases.

Full-Echinococcosis
Echinococcosis Full-length cDNA database
This database of the Ecchinococcus multilocularis genome allows browsing cDNA clone sequences and BLAST search. Data is available for download.
エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSearchも使用することができ、本DBの配列と比較することが可能になっています。

Full-Tsetse
Tsetse Full-length cDNA database
ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。
This is a database of the Tsetse fly genome. The database allows for browsing of the cDNA clones mapped to the genome, keyword search, BLAST search, or bulk data download and provides links to other genome databases.

千葉大学 真菌医学研究センター
Chiba University Research Center for Pathogenic Fungi and Microbial Toxicoses
真菌・放線菌ギャラリー
Fungus and Actinomycetes Gallery
本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。
Fungus and Actinomycetes Gallery is an image database of pathogenic fungi (fungi, yeasts and mushrooms) and actinomycetes maintained by Medical Mycology Research Center (MMRC), Chiba University. Each entry contains the Jananese and scientific names, an image of a pathogenic fungus or actinomycete, diversity and culture condition. Users can use the data and images only for educational and research purposes.

G-compass
ヒトとその他12種の脊椎動物を対象に、ゲノム保存領域を表示する比較ゲノムブラウザで、H-InvDB のサテライトデータベースとして開発されました。ヒトと各生物種間に１対１で保存されたorthologous なゲノム領域をグラフィカルに閲覧できます。同時に遺伝子座、リピート領域、コピー数多型領域(CNV)、哺乳類の系統で同定された超保存領域(UCE)、cis-element等の詳細なゲノム構造を見ることができ、各遺伝子座からH-InvDB のヒト遺伝子アノテーション情報を参照できます。
G-compass is a browser intended for searching comparative genomes. Conserved genomic regions between humans and another 12 vertebrates (chicken, chimpanzee, cow, dog, horse, medaka, mouse, opossum, rat, rhesus monkey, tetradon and zebrafish) can be visualized based on the original genome alignments. Annotations of human genes/transcripts originally come from H-InvDB, while the ortholog information come from the Evola sub-database. Use of the G-compass database is free of charge.

Nagoya City University Graduate School of Pharmaceutical Sciences
名古屋市立大学 大学院薬学研究科
GALAXY
Glycoanalysis by the three axes of MS and chromatography
GALAXY is a database about mapping of carbohydrate chains for structural determination and prediction. It contains data on approximately 500 different PA-glycans that were analyzed using original 2-D/3-D mapping method. Data in this site includes the structures, HPLC elution positions expressed in glucose units (GU) on ODS and amide-silica columns, relative molecular mass, code numbers, sources of samples, and references.
アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載しています。これまでに解析蓄積した500種類に及ぶPA糖鎖の構造式、 ODSカラム及びアミドカラムにおける溶出位置、マススペクトロメトリーで得られるPA糖鎖の分子量、コード番号、試料糖鎖の起源、参考文献が含まれています。

Gastrointestinal Medical Image Database (消化管医用画像データベース)
MIDB
Gastrointestinal Medical Image Database
MIDB is a database about medical images of gastrointestinal tumors. It contains images obtained by ultrasonography, endoscopy, X-ray, CT, MRI, macroview or histology and results of blood test. This database allows to search using a list of disease. Moreover, it allows to search cases or images using keywords, histopathological classfications, locations, technique, methods, etc..
匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化しています。国立研究開発法人国立病院機構九州がんセンターによって運営されています。

The University of Tokyo Graduate School of Arts and Sciences
東京大学 大学院総合文化研究科
Gclust Server
Gclust is a database of homologous proteins across organisms. It contains protein homology information for bacteria, cyanobacteria, algae, and plants. All homologous genes for any given species are represented. Proteins can be searched by keyword or BLAST. Bulk data is available for download.
Gclustデータベースは系統プロファイルによる検索を可能にした相同タンパク質データベースです。95生物種の全タンパク質の総当たりBLASTの結果に基づき、類似度の閾値を自動的に設定しながら相同タンパク質の分類を行います。機能未知タンパク質についても相同クラスタができるため、着目する生物群に特有の相同クラスタを見つけることにより、それら生物群に固有の生理機能にかかわるタンパク質を発見する手がかりが得られます（系統プロファイリング）。

GEMCA
Genotyping Microarray based CNV Analysis
マイクロアレイによる遺伝子発現およびDNAコピー数解析によって、染色体およびRNAのレベルからゲノムの多様性を解明し、疾患感受性や薬剤感受性の遺伝的素因を明らかにすることを目指し、ヒトゲノム配列中のコピー数を定量するアルゴリズムを開発しました。
It appears this site concerns a research project where the comprehensive amount of information created by the Human Genome Project is studied in terms of the way human genes are expressed, proteins are produced and how different proteins react with one another, in order to understand the complex biological systems that take place in the human body. The aim of the study is to eventually be able to apply what they learn to better diagnose and/or treat human disease. Studying the changes that develop in the human genome when a cancerous growth develops in the liver or pancreas, led to the deduction that these genomic changes activate oncogenes and inactive tumor suppressor genes. How the genome is interpreted and packaged is of vital importance to normal cell development and differentiation and mistakes taking place during these processes have an important effect on the development and outcome of disease.

University of Helsinki
フィンランド
Finland
Gene Expression in Tooth Database
gene Expression in Tooth Database contains a wide variety of information characterizing the underlying biology of teeth. gene expression can be browsed by gene family, visualized in several experiments, and broken down by tooth tissue component.
歯の遺伝子発現データベースには成長因子、受容体、シグナル分子などの分類で遺伝子発現情報が記録されており、その成長過程での遺伝子発現の有無についても各種実験方法で確かめられた結果がリストで掲載されています。

AOE
All Of gene Expression
This is an interface to search/view gene expression data in EBI ArrayExpress. The statistical value from metadata in ArrayExpress are shown as interactive graphs and users can select data by organisms and experiment types. Each data are linked to EBI ArrayExpress.
EBI ArrayExpress に登録されている遺伝子発現データを容易に検索、閲覧するためのインターフェースです。ArrayExpress のメタデータから集計した統計値をインタラクティブなグラフにまとめてあり、生物種別、手法別の登録件数が一覧できます。また、生物種、手法、登録年によるデータリストの絞り込みが可能です。各データは EBI ArrayExpress にリンクしています。 NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) の登録データを容易に利用するためのインターフェースであった「GEO目次」の後継サイトです。

Gene Ontology Annotation (UniProtKB-GOA) Database
GOA is a database of gene function and interaction information. The database contains manual and automated annotations of gene ontology. Users can download current and previous versions of the database including gene annotations, gene interactions, and ontology mapping files.
本プロジェクトは高精度のGOアノテーションをUniProtKBやIPIに付加するためのものです。

GeneDB
GeneDBはSangerInstituteの病原菌ゲノミクスの中核をなすプロジェクトです。GeneDBではタンパクの長さ、タンパク質の分子量、遺伝子の種類やGeneOntology、EC番号などでDB内の情報を検索することができます。
geneDB is a database of genomic and proteomic data of several species generally regarded as pests or parasites. The database contains information pages for dozens of species across six large classes including viruses, protozoa, helminths, bacteria, and vectors. Users can search by sequence feature or ID or browse the database.

東京大学 大学院情報理工学系研究科
The University of Tokyo The Graduate School of Information Science and Technology
GENIA Project
GENIA is a database of computationally mined information regarding genes, molecules, and pathways. The site explains data mining procedures in detail and provides corpuses for several pathways. Data can be downloaded in BioNLP Shared Task-flavored standoff format.
科学技術分野における情報の洪水を克服するために科学者の書いた文章から有用な情報を抽出することを目的としています。現在、分子生物学論文からのタンパク質反応イベントの抽出をタスクとしたシステムと、その構築に必要なリソース（コーパス、辞書）の開発を行なっています。

GENIUS II（アーカイブ）
GENIUS II (Archive)

多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて、全ゲノム配列が決定されている生物種の全ORFコードタンパク質を構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。
国立研究開発法人産業技術総合研究所によるオリジナルサイト（http ://genius.cbrc.jp） の運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからGENIUS IIをご利用いただけます。

GENIUS II is a database system in which all protein-cording regions of organisms are assigned to the published three-dimensional structures. It uses the multiple intermediate sequence search method.

Bordeaux Bioinformatics Center
Genolevures
Genomic Exploration of the Hemiascomycete Yeasts
このデータベースはアノテーション付けされたシーケンスデータや18種類のHemiascomycete Yeastの分類を提供しています。
This database contains sequence data with annotations and classifications of 18 species of Hemiascomycete Yeast. Each record includes details on the gene, position, protein family name, and links to other databases.

Genome
Genome is a database of sequences and information on completed genome projects. The database contains complete sequences for dozens of organisms from microbes to mammals, as well as the genomes of organelles and viruses. Several sequence exploration tools (including map viewer and protein clusters) are available. Users can submit genomes or download data via FTP.
1,000以上の生物の染色体配列、コンティグ配列、UniGeneクラスター、遺伝子の染色体マッピング情報を提供しています。真正細菌、古細菌、真核生物、ウイルス、ファージ、ウイロイド、プラスミド、オルガネラの完全ゲノムやドラフトゲノムが登録されています。

EMBL-EBI > Services
This site is a portal site by EMBL-EBI. The site contains easy links to several free-access database systems and tools coordinate and hosted by EMBL-EBI, including topics ranging from chemical biology to molecular and cellular structures. Within each of nine categories, links to dozens of other resources are provided from which users can access online data or download software and bulk data.
EMBL-EBI のツールとデータリソースをまとめたサイトです。Ensembl、UniProt、PDBe、Europe PMC、Expression AtlasなどのデータベースやClustal Omega、InterProScan、BLAST などのツールが含まれています。DNA & RNA、遺伝子発現、タンパク質、構造などのデータの種類による絞り込みや、キーワードによる検索が可能です。

Genome Network Platform
Genome network platform is an integrated database and web viewers for the Genome Network Project. It integrates experimental data, which generated from the project in association with the public databases, relating to the following information: 1) transcription starting position of human genes in the human genome, 2) conjunction to control region on transcriptional factors and the human genome, 3) protein-protein interaction with a central focus on transcription factors. This database provides the following functions: a) 'Genome Explorer' for annotation of landmarks (genes, transcription start sites, etc.) aligned in accordance with their genome locations. b) 'PPI Network' for a graphical view of protein-protein interaction (PPI) network from the experimental data generated under the project and the public datasets. c) 'Expression Profile' to cluster genes by expression pattern and display the result with heatmap, and for genes which have relation of coregulation and anti-coregulation. d) 'Comparison Viewer' for comparison the genomic region of Human/Mouse. Users are able to obtain the distributed clones.
「ゲノムネットワークプロジェクト」は転写制御を中心とした生体内のネットワークを網羅的に探査し、その全容を明らかにすることを目的としています。ヒト遺伝子の転写開始点の情報、転写因子とヒトゲノム上の制御領域への結合に関する情報、転写因子を中心としたタンパク質間相互作用に関する情報に関するデータを、利用可能な形に整合化し情報プラットフォームを構築すると共に、統合的なデータベースを作成しました。

BioProject (Formerly Genome Project)
特定の組織やコンソーシアムにより立ち上げられたゲノムプロジェクトをはじめとする生命科学分野の各種プロジェクトを単位とし、そこから産生されたデータセットをまとめたデータベースです。産生された配列データに関しては完全決定配列（ドラフト、進行中を含む）、アセンブリ、アノテーション、マッピングなどの進捗状況が含まれています。
BioProject is a database which collects the results of research projects under the umbrella of the project or initiative. The database consists of tables of projects, which users can search or browse to find all data outputs related to that project. Users can submit projects or download data via FTP.

日本大学 大学院総合科学研究科
Nihon University Advanced Research Institute for the Sciences and Humanities
Genome Project of Symbiobacterium thermophilum
This is a database of the Symbiobacterium thermophilum genome, with an annotation table, the complete sequence, and images of S. thermophilum. Information about the organism is also provided.
Symbiobacterium thermophilum（好熱性細菌の一種）の完全長塩基配列から得られた情報（オーソログ分析の結果、パラログ分析の結果、系統樹等）を公開しています。

Center for Biological Sequence Analysis
GenomeAtlasDatabase
各種真正細菌の様々な情報がまとまっています。GenomeAtlas, BaseAtlas, A-DNA Atlas, Z-DNA Atlas, Structure Atlasなどがあり、たとえばGenomeAtlasではCDSやGC塩基の割合などが図で示されます。
Genome Atlas Database is a resource for bacterial and archael genome resources. The database contains the most recent genome sequences of simple single-celled organisms. Users can browse by bacterial and archeal taxa organized in descriptive tables or search by organism, taxa group, or NCBI project ID.

NalaPro Technologies, Inc.
ナラプロ・テクノロジーズ株式会社
Genpac
ライフサイエンス専門用語辞書と高度な自然言語処理技術を用いて、MEDLINEアブストラクト内の概念（遺伝子／蛋白質、化合物、疾患、生命現象、器官、組織、細胞内器官、等）の関係情報をデータベース化したものです。アクセスにはユーザーログインが必要です。

GENSAT
Gene Expression Nervous System Atlas
GENSAT is a database of gene expression in the central nervious system. The database contains expression data from experiments in several genetically engineered mouse lines presented in the form of images of nervous system tissue. Brightfield and confocal images are available for hundreds of genes expressed in the nervous system. Users can browse by structure or search by gene, order mouse lines, and download data.
マウスの中枢神経系において、数千の遺伝子がいつ、どこで発現しているか、詳細な遺伝子発現地図を作成することを目的としています。胎児15.5日、生後7日、成獣の発生3段階の細胞について、RI法によるin situ ハイブリダイゼーション画像と、BACトランスジェニックマウスの発現画像を提供しています。

GEO Data Sets
Gene Expression Omnibus Data Sets
マイクロアレイや次世代シーケンサー等で得られた機能ゲノムデータのレポジトリであるGEO（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00080 ）のデータセット部分です。実験データのデータセットとともに実験に使用されたプラットフォーム、実験条件や解析条件等の情報が整備されています。GEO Profileで発現プロファイルを探したり、ツールを利用して特定の遺伝子の発現を探したりサンプル間の遺伝子発現の比較等ができます。
GEO DataSets is a database of gene expression experiments, which is a part of GEO repository ( http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00080 ). The database contains summary information on thousands of published experiments studying gene expression. Users can search data sets by organism, gene, or keyword, and obtain expression profiles for a single gene across many studies in the dataset or compare expression profiles between data sets. Experimental datasets are also available to download via FTP.

DOE Joint Genome Institute
GOLD
Genomes Online Database
GOLD is a data management system that catalogs genome and metagenome sequencing projects with associated metadata from around the world. GOLD (v.6) provides information for 28,744 Studies, 272,234 Organisms, 21,910 Biosamples, 134,884 Sequencing Projects and 111,625 Analysis Projects. Advanced Search feature allow users to explore GOLD's different project levels above.
GOLDは世界中で行われているゲノム、メタゲノムの塩基配列解読プロジェクトに関する情報をそれらのメタデータとともに収集・提供しているデータベースです。GOLD (v.6)では28,744の研究、272,234の生物種、 21,910のバイオサンプル、134,884の塩基配列解読プロジェクト、111,625の解析プロジェクトの情報を提供しています。Advanced Searchではこれらのデータ階層をまたがった検索を行うことができます。ユーザが自身のプロジェクト情報を登録することもできます。

Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
GPCRDB (Information system for G protein-coupled receptors)
GPCRDB is a database of G-coupled protein receptor information. The database contains gene and protein sequence information as well as protein structure, binding site, and conservation data. Users can search by protein ID or keyword, browse by family, structure, model, or oligomers, or utilize several GPCR-specific tools.
Gタンパク質共役受容体のアミノ酸配列情報を収集したデータベースです。GPCRの立体構造データ、膜貫通部位予測のデータ及び変異実験のデータ等を提供しています。

Cold Spring Harbor Laboratory
GRAMENE
GRAMENE is a database of comparative sequence information in grass plants. The database has sections for genomes, genes, genetic diversity, metabolic pathways, ontologies, markers, QTLs, and BLAST search. A news feed for the latest database updates is also provided. Users can search all sections by keyword, and data is available to download.
イネゲノム統合情報です。ゲノム配列や、各種の系統図、代謝経路、タンパク質、遺伝子、オントロジー、マーカー、QTLなどのカテゴリを横断して検索することが可能です。BLASTなどのツールを使用することも可能です。

GSS
GenBankのGSS (Genome Survey Sequence)の配列レコードを収集したデータベースです。各エントリーにつき、GSS名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます。
GSS is a database of collected, unannotated sequences. The database contains sequences from a variety of projects, including random surveys, exon-traps, and clone-end sequencing, primarily of genomic origin. Users can submit sequences or download via FTP.

GWAS DB
Genome wide association database
ゲノムワイド関連解析（非血縁の患者群と健常対照群を対象として、疾患遺伝子と多型マーカーの連鎖不平衡をゲノム全域にわたって検出する手法）によって得られたデータの管理と共有を目的として構築されたリポジトリー型のデータベースです。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
GWAS DB is a database of gene-disease associations from published studies. The database contains a wealth of information about the studies and links to results and genes associated with several diseases. Diseases, genes, studies, and SNPs can be searched and results provide links and plots to association information. Please refer to the Sharing Policy (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy_en.html) to use the data.

La Universitat de Valencia
スペイン

Universidad Politecnica de Valencia

La Universitat de Valencia, Universidad Politecnica de Valencia
Spain
GyDB
Gypsy Database 2.0
可動性遺伝因子(Mobile Genetic Element)に関するWikiベースのサイト構成になっており、BLAST,HMMPfam,HMMSearch,文献検索、データ送付などのメニューから構成されています。MGEに関するファミリーやドメイン情報が説明してあるページが存在します。
GyDb is a database of mobile genetic elements. The database contains information on several mobile element families and mobility systems, as well as tools for searching via BLAST or analyzing using HMM. Mobile elements can be submitted to the database. Phylogenetic trees and an alignment tool are also available.

H-DBAS
Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing
H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング（alternative splicing, AS）のデータベースです。
H-DBAS is the Human-transcriptome DataBase for Alternative Splicing, and is based on H-InvDB. Features of H-DBAS include annotated information of genome-wide human AS variants. Representative AS variants (RASVs) were identified from data of 6 model mammals, namely, human, mouse, rat, chimpanzee, macaque and dog, and are provided as full-length cDNA data sets, mRNA data sets and RNA data sets. Equally-spliced variants between these mammals were identified and compared sets are available. Splice sites and motifs that affect SNPs in humans, RASVs that affect protein function in humans and AS junctions tedetced by RNA-Sez tags are provided.

HATODAS
Heavy-atom Database System
タンパク質のX線結晶解析に用いられる重原子誘導体の作成支援を目的としたデータベースシステムです。既知の重原子誘導体をデータベース化しており、結晶構造解析を行いたいタンパク質のアミノ酸配列を入力すると、標識物質として使える可能性の高い重原子試薬や重原子の結合サイトが出力されます。
This database is named HATODAS, meaning Heavy-ATOm DAtabase System. The purpose is to assist the researcher in preparing heavy-atom derivatives of a certain target protein with greater ease. It contains a list of familiar heavy atom derivatives. Whereas, conventionally, derivatives are prepared through a lengthy process of 'hit-or-miss' procedures, searching this collection of data produces a result of suggested heavy-atom reagents for the target protein, determined by its crystallization conditions and amino-acid sequence. Using this database when studying the structure-determining process of target proteins, revealed that 93 particular sequences (motifs) were more often noticed to be present at the actual heavy-atom binding sites. These sequences are therefore perceived to be preferred for successful heavy-atom binding. The site provides a link to the RIKEN Harima Heavy-atom Database.

Database for hematological malignancy
血液腫瘍画像データベース (Hematological malignancy image database)

多岐にわたる白血病・悪性リンパ腫の病型をWHO分類(2001)、FAB分類(1976)を基に整理し、匿名化された造血器腫瘍の症例について、骨髄、リンパ節、末梢血の顕微鏡像および病理所見・検査所見等をアーカイブ化しています。骨髄転移性腫瘍も提示症例として掲載しています。
臨床医、臨床検査技師をはじめ医療スタッフの方々を対象にしています。

Database for hematological malignancy is an image database of hematological malignancies constructed by National Kyusyu Cancer Center. Each entry consists of a disorder name, histological images and detailed data on a medical case. Users can search medical cases by keywords, WHO Classification of tumours, FAB Classification, cell staining methods and detailed data (gender, age and others).

Academy of Sciences of the Czech Republic
Czech Republic
HERVd
Human Endogenous Retrovirus Database
HERVd is a database of retroviruses endogenous to the human genome. Sequences were collected by computational search of published genome data covering greater than 90% of the human genome. Users can search by several parameters including family and chromosome, as well as perform BLAT and FASTA searches.
ファミリー、染色体位置などで情報を検索することができます。また、塩基配列をBLAT,FASTAを使用して検索することも可能です。

HGPD
Human Gene and Protein Database
「タンパク質機能解析プロジェクト」及び「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」において、約2万2千個のヒト遺伝子の約70％にあたる約15,000種に対応する世界最大のヒトGatewayRエントリークローンを作製し、世界最大規模のタンパク質発現リソースを構築しました。HGPDでは、ヒトGatewayRエントリークローンの詳細情報、SDS-PAGEによる発現タンパク質情報、クローンの入手案内を掲載しています。
The Human gene and Protein Database (HGPD) provides SDS-PAGE patterns of human genes and proteins. Now that the human genome sequence has been elucidated, the functional and structural analysis of genes has become important. Many Japanese and other cDNA projects have supplied high quality data on full-length cDNAs. Using the Gateway cloning system (Invitrogen, CA, USA) to construct human Gateway entry clones from full-length cDNAs, systematic and comprehensive expression of human proteins can be achieved. In the 'GW: Gateway Summary' window, amino acid and nucleotide sequences of open reading frame (ORF) regions for each cDNA and sequence differences are presented. Proteins are shown in the 'PE: Protein Expression' window and image data in the 'SL: Subcellular Localization' window. Most cDNA sequence analysis data in HGPD are also shared with the FLJ Human cDNA Database. Search can be conducted for ID, Keyword, BLAST and Category

University of Leicester
GWAS Central
ヒトの遺伝子型と表現型をまとめたデータベースです。アレルや遺伝子型頻度、遺伝的関連の意味の情報を含みます。JBICが開発したデータ記述標準PaGE-OM(Phenotype and Genotype Object Model)を用いています。以前の「Human Genome Variation database of Genotype-to-Phenotype information(HGVbaseG2P)」からデータベース名が変更されました。
GWAS Central is a database of summary findings from published GWAS. The database contains entries for phenotypes or diseases, genes, and markers used in the studies. Users can search or browse by gene, genomic region, or study.

国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
National Institutes for Quantum and Radiological Science and Technology
HHDB
Hydrogen and Hydration Database
HHDB is a database of hydrogen atoms in 3D structures. The database contains images and statistics of localized hydrogens and water atoms in PDB structures. The database will calculate and provide plots of bond angles in a selected set of structures.
水素及び水和水を含むタンパク質構造データをデータベース化し、3次元表示を用いた分子構造閲覧機能、各種グラフを用いた統計情報閲覧機能を提供します。HHDBに登録されている水素及び水和水を含むタンパク質構造データは、中性子解析法によって得られる実測データと、X線解析法等によって得られる構造予測を含むデータです。

National Human Genome Research Institute, National Institute of Health
HistoneDB
各生物種のヒストンタンパク質とその配列変異の多様性についてのデータベースです。H1、H2A、H2B、H3、H4の各多型タンパク質についてアミノ酸配列、アラインメント、αヘリックスやβストランド構造の位置、生物種による分布を収録しています。ヒストン名によるブラウズが可能です。また配列、アラインメントはFASTA形式でダウンロードできます。
Histone Database is a resource for sequences and properties of histones and related proteins. The database contains sequences for histones across eukaryotic species, including alignments across species and the sequences of all human histones. Structures of histones in complex with DNA are also available.

HitPredict
A database of high confidence protein-protein interactions
ハイスループットデータから予測した高信頼性のタンパク質-タンパク質相互作用を収録したデータベースです。IntAct、BIOGRID、HPRDのタンパク質相互作用情報を集結させ、アノテーションと信頼度スコアを付与しました。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち116,118件が信頼性の高い予測結果です。Swissprot ID、PDB ID、Entrez gene ID、遺伝子名、キーワード、PubMed IDで検索できます。
HitPredict is a database of protein-protein interactions. The database contains thousands of high-confidence interactions that can be searched by name, ID, or publication. The database is a non-redundant compilation of three high-quality sources, and each protein is notated with several identifiers.

Homeodomain Resource
Homeodomain Resource is a resource for sequences and properties of homeodomain proteins. The database contains sequences of proteins containing homeodomains and solved structures of homeodomains in complex with other proteins or nucleic acids. The database also includes information on diseases associated with homeodomain protein mutations.
ホメオドメインファミリーについて手作業でキュレートしたデータを収録しています。タンパク配列とドメイン領域の配列と、タンパク-DNA複合体の3次構造、タンパク-タンパク相互作用、DNA結合サイトの文献情報を提供しています。

ヒトES細胞プロジェクト情報公開ページ
ヒトES細胞の分与に関する規定や申請についての情報を提供しています。リソースの特性により、倫理に関する情報、その使用法の政府指針等へのリンクが提供されています。

Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research
HUMHOT
Human Meiotic Recombination Hot Spots
減数分裂時に相同組み換えが起こりやすい場所 (HotSpot)に関するデータを集めています。情報は文献等から取得しており、HotSpot名や染色体番号で検索することができます。
HUMHOT is a database of human recombination hot spots. The database collects information where meiotic recombination occurs frequently into different categories. Hot spots can be searched by position or locus name, and general features of hotspots are provided.

Tokyo Medical and Dental University
東京医科歯科大学
iCOD
integrated Clinical Omics Database
Integrated Clinical Omics Database
iCOD is an integrated database of medical cases and clinical omics data maintained by Tokyo Medical and Dental University Hospital Faculty of Medicine. The English version of this database contains case information of hepatic carcinoma based on clinical, pathological, and environmental data. This database provides the 2-dimensional-3-layered (2D-3L) map to analyze the correlation between pathology and genes. Users can search cases and disease genes by keywords, and restrict search results of cases by selecting categories of metadata.

医療への応用に向けたゲノム、プロテオームなどの分子情報の成果をこれまでの臨床・病理情報や環境情報と関連づけ、新たな臨床医学として体系化するためのデータベースを目指しています。2005年より収集したがん症例について、臨床・病理情報、環境情報および分子情報を利用し、研究デザインに沿った統計解析、症例ごとの病態像について固体レベルから、組織レベル、細胞レベルに至るまで、横断的に視覚化するための情報を統合しています。
「症例一覧」「臨床オミックス解析」「遺伝子検索」の３つのメニューがあります。
「症例一覧」とは、2005年より東京医科歯科大学医学部附属病院および本プロジェクトの協力機関にて、研究の同意を得た患者様より頂いた臨床・病理・環境データを元にデータベースを作成しています。主に癌を対象とするいくつかの組織に関して、背景（病歴、生活歴等）、検査所見（血液、尿、画像検査の結果）、病理所見、治療、予後といった情報を多く、網羅的に掲載しています。個人が特定されないための匿名化および個人の特定情報については掲載していません。また、癌細胞における遺伝子発現情報、検体情報についても合わせて掲載しています。
「臨床オミックス解析」とは、臨床、病理、分子の3つの情報を横断的に統計解析し、病態と遺伝子の相関を見るための解析機能のことです。二次元三層マップとは、各層（臨床層、病理層、分子層）で使用するデータの種類と計算方法を指定し、二次元マップ上に配置します。 ある層のある点を選択すると、それに該当する、別の層での位置と関係性が見えるため、それぞれの相関や関係性が視覚的に認識ことができます。また、正則化正準相関分析による、全データの統合的な表示によって、臨床・病理情報と遺伝子発現データとの相関を一度に把握することができます。
「遺伝子検索」では、疾患を選択し、遺伝子名かプローブセットIDを入力すると、対象遺伝子の正常細胞と比較した時の遺伝子発現値を検索できます。

Princeton University
IES MDS Database
繊毛虫類の配列データベースです。大核（MAC）や小核（MIC）の配列、IES（Internal Eliminating Sequences）およびMDS（macronuclear-destined sequences） の位置情報や数が登録されています。生物名もしくはタンパク質名で検索をかけます。
IES MDS Database is a database which characterizes sequence dynamics in Spirotrichea. The database contains information on the sequences that are eliminated and rearranged during the process of genetic rearrangement in the lifecycle of these ciliates. Users can search by organism or gene name to retreive dynamic sequences.

International Gene Trap Consortium
IGTC
IGTC is a public library of gene trap insertions that can be used to analyse gene function in mice. It contains gene trap cell lines which are distributed on a non-collaborative basis for nominal handling fees. Users are able to determine if the IGTC has trapped your gene or locus of interest using the BLAST search function to align your sequence to our database of trapped genes and cell line sequences. This database allows to search based on keywords or expression profile.
利用可能な遺伝子トラッピング用細胞株の情報を提供しているサイトです。Accession Number、ID、キーワード、配列データ組織発現プロファイル情報や生物学的経路で検索することが可能です。

The Jackson Laboratory, Medical Research Council
IMSR
the Internatinal Mouse Strain Resource
IMSR is a database of mouse strains. The database contains information on available mutant and wild type strains, stocks, and ES cell lines. Users can search available resources by strain state and type, repository, and filter by mutation type. Results indicate specifics of strains, references to primary literature, and provide contact information which can be used to obtain the strain or line.
マウスの種類や提供情報をまとめたデータベースです。系統名や系統種、試料の形態、遺伝子名や変異の種類、染色体番号、その他、マウス試料の提供元の場所で検索することが可能です。

New England Biolabs Inc.
InBase
The Intein Database and Registry
InBase is a database of spliced proteins. The database contains sequences of proteins which are cleaved and bonded after being translated. The database consists of a registry of 'inteins' across several species and extensive information about the features of spliced proteins and process of protein splicing.

インテイン（タンパク質分子の一部分で、自動的に切除され、残った部分（エクステイン）がペプチド結合で再結合される（「タンパク質スプライシング」）ようなもの）に関する公開・非公開の情報をまとめたものです。比較表や各インテインに関する詳細情報、網羅的な文献情報を提供しています。また、インテインに特化したBLASTサービスも提供しており新しいインテインを同定するのに役立てられます。
New England Biolabs Inc.によるサポートは終了していますが、当コピーサイトは機能しており、またNew England Biolabs IncもInBaseに収録された全てのデータを保存しています。（http://tools.neb.com/inbase.php/）

Info-PubMed
PubMedに収録された文献情報（アブストラクト）からキーワードの共起やその関係性を機械的に抽出することによって得られたタンパク質間相互作用、遺伝子と疾病関連性を検索することができます。画面の操作性が優れており、流れるように操作できるのが特徴です。
Info-PubMed is a tool for searching the MEDLINE literature database. The site provides a Java applet with several windows for searching, examining, and organizing the literature. Requires Java, so may not work with some browsers.

IntAct
IntActはオープンソースの分子間相互作用のデータベースとツールキットで構成されています。データは文献から取得したり、専門家によって蓄積されたデータから構成されています。
IntAct is a database of molecular interactions. The database contains information on more than 400,000 interactions gathered from primary literature. Users can search by gene, protein, or publication, among others, and the database includes manually annotated data from several other interaction databases. Software and bulk data, updoated weekly, are also available for download.

IntEnz
Integrated relational Enzyme database
IntEnz is a resource for enzymatic nomenclature. The site contains information on naming conventions based on the interantional standards for enzyme classification. Users can browse classifications by type, access standard definitions, submit entries, and download entry data in several formats.
IntEnzは酵素命名規則にフォーカスした自由に使用可能な情報源です。IntEnzにはIUBMBの命名規則委員会の提言が含まれています。

International HapMap Project (国際HapMap計画)
International HapMap Project
International HapMap Project is a database of genes associated with human disease and response to pharmaceuticals. It contains genotypes, frequencies, linkage disequilibrium properties, phasing data, allocated SNPs, recombination rates and hotspot, SNP assays, perlegen amplicons, raw data, inferred genotypes and haplogroups of mitochondrial and chrY. Users are able to use the generic Genome Browser to view HapMap Project data in the context of other genomic features, as well as retrieve genotypes and frequencies for specific genomic regions. In this database, many data, software, and documentation have been made publicly available.

国際 HapMap 計画は、ヒトにおける遺伝的多型パターンを明らかにし、病気や薬に対する反応性に関わる遺伝子を発見するための基盤を整備するプロジェクトです。この計画は、カナダ、中国、日本、ナイジェリア、英国、米国の科学者と各国政府、財団などの協力により行われています。 「Generic Genome Browser」では、プロジェクトのデータを閲覧することができます。染色体上のある領域について、遺伝子型およびアレル頻度のデータや、それ以外のゲノム情報を同時にみることができます。 染色体の１つをまるごとブラウズすることもできます。 「データ全体のダウンロード」では、現在公開されている遺伝子型のデータ、SNPリスト、連鎖不平衡に関する数値、各SNPのアレル頻度と遺伝子型頻度、タイピング詳細情報、サンプル詳細情報などを取得することができます。遺伝子型データを取得するにはID登録が必要です。

NCBIによるオリジナルサイト （http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.ja） の運用は終了しました。HapMap Projectのアーカイブデータは引き続きFTPサイト （ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/） からダウンロードできます。 また、運用終了の経緯と今後の情報がこちらのページ （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/news/NCBI_retiring_HapMap/） に記載されています。

Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaire
IS FINDER
古細菌や真正細菌から単離された転位因子配列情報を提供しています。名前、長さ、起源、ファミリー名などで検索することが可能で、BLAST検索も使用することができます。
IS FINDER is a database of bacterial and archaeal insertion sequences. The database contains sequence and position information on insertion elements. Links to external databases are provided for each entry.

University of London
IUBMB Nomenclature
INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
IUBMB、IUPACの命名規則に関する情報を提供しています。文書全体をWeb上で閲覧できるように変換しており、見やすいように修正を加えています。
IUBMB Nomenclature is a database of enzyme nomenclature standards. The site contains specific information on standard naming and classification of enzymes based on internationally recognized standards. Classifications for other (non-enzymatic) proteins are also indicated.

J-GLOBAL
科学技術総合リンクセンター

J-GLOBALは、「つながる、ひろがる、ひらめく」をコンセプトに、これまで個別に存在していた科学技術情報をつなぎ、発想を支援するサービスです。
登載された情報間のつながりをもとに、JST内外の良質な科学技術情報から意外な発見や異分野の知を入手する機会を提供いたします。登録対象としている基本情報は、研究者、文献、特許、研究課題、機関、科学技術用語、化学物質、遺伝子、資料、研究資源です。
J-GLOBALの使い方について、YouTube「JST channel ( https://www.youtube.com/watch?v=ifq9OonO-Hg )」からご覧いただけます。

国立研究開発法人科学技術振興機構

J. Craig Venter Institute

J. Craig Venter Institute is the website of a major genome biology laboratory. The site contains informaton about the Institute and projects being conducted there, inculding programs focused on mammalian genomics, microbial and environmental genomics, infectious disease, synthetic biology, and informatics. News about and results of several projects are provided. It contains following databases:
1) Castor Bean Database (http://castorbean.jcvi.org/index.php)
2) Medicago truncatula Genome Database (https://www.jcvi.org/medicago-truncatula-genome-database)
3) Forensics Microbiome Database (http://fmd.jcvi.org)

J. Craig Venter Instituteのホームページです。4つの研究グループについての研究内容、スタッフの情報が記載されています。以下のデータベースの情報、リンクがあります。

・Castor Bean Database（http://castorbean.jcvi.org/index.php） ：トウゴマを対象に全ゲノムアセンブリとアノテーションした結果が登録されています。ゲノムブラウザの閲覧、blast検索は機能していませんが、データのダウンロードが可能です。
・Medicago truncatula Genome Database（https://www.jcvi.org/medicago-truncatula-genome-database） ：タルウマゴヤシの全ゲノム、EST、BAC末端配列のデータベースです。発現情報や変異情報も含まれています。現在は外部の独立したデータベース（http://www.medicagogenome.org） になっています。
・Forensics Microbiome Database（http://fmd.jcvi.org） ：ヒトの複数の身体部位から得られた16S rRNAマイクロバイオームデータを可視化および比較するリソースです。 被験者の地理的位置の情報を組み込んでいることが特徴です。

Jabion
日本語バイオポータルサイト
ジャビオンは日本語で最新の生物学や生命科学をわかりやすく解説した総合情報サイトです。コラム、注目ニュース、用語解説、研究最前線に関する情報に加え、GenomeViewer、データベースビューア、文献検索のメニューが含まれています。
情報・システム研究機構 国立情報学研究所

日本心臓血管外科手術データベース機構
Japan Cardiovascular Surgery Database Organization (JCVSDO)
JACVSD
Japan Adult Cardiovascular Surgery Database (日本成人心臓血管外科手術データベース)
Japan Adult Cardiovascular Surgery Database
JACVSD is an integrated research database of performance measures to assess the quality of cardiovascular surgery in Japan. This database collects the data, based on the Society of Thoracic Surgeons (STS) National Database, using internet and carries out statistical analysis in a focused manner. It allows to compare among hospitals not only in Japan but also worldwide is feasible because preoperative risk factors are based on those of European and American standard. It requires users to access with a UMIN-ID and a password.
心臓血管外科手術を受ける患者の術前後の医学的身体状況と手術内容・結果を掲載したデータベースです。現在日本の心臓血管外科手術の結果に関する状況は全国規模では把握されておらず、どのような手術がどれくらいの危険性でなされているのか、また、手術前の状態が良好な方と重症な方とで手術の危険性にどの程度違いがあるのか、全国規模での研究はなされておりません。そこで、心臓血管外科手術を受ける患者さんの手術前の医学的身体状況と行われた手術およびその結果を調査し、これをデータベースとして情報収集し全国的に集計することにより、日本の心臓血管外科学の進歩、ひいては国民全体の福祉健康の増進に寄与することを目的としています。

宮城教育大学
Miyagi University of Education
日本産アリ類画像データベース
Japanese Ant Image Database
Japanese Ant Image Database is an image database of ant species recorded in Japan. Each entry contains images with scale bars, the scientific and Japanese names, description, a distribution map, remarks and references. Users can search ant genera and species from distribution regions in Japan, regional commonness and rarity, or name indexes. This database also provides the menu for beginners, such as Gakken's Photo Encyclopedia 'Ants', terminology for myrmecology and information on type specimens of Japanese ants.
本データベースは、アリ類分類に関する最新の知識を主として学術研究および教育普及に役立てるために、アリ類データベース作成グループにより編纂された高品質画像を中心としたデータベースで、インターネットおよびCD-ROMで利用することができます。「アリ学入門」、「用語の解説」、「日本産アリ類の最新の分類体系」、「日本産アリ類の名前索引」、「日本のアリのタイプ標本」、「世界のアリ」などアリに関する豊富なメニューがあり、アリの専門知識がなくても使用できる幾通りもの検索方法を用意することで、一般の人にも閲覧しやすいシステムとなっています。

JCGGDB
Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology Database
Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology Database (日本糖鎖科学統合データベース)
産総研の糖鎖遺伝子機能解析チーム、糖鎖分子情報解析チーム、レクチン応用開発チームが保有する６種類のデータベース（GMDB、LfDB、レクチンと糖鎖の相互作用プロファイリングDB、GGDB:糖鎖関連遺伝子DB、KEM-C:糖転移酵素の基質特異性に関するDB、GlycoProtDB:マウス・線虫等のN型糖タンパク質DB）を公開し、統合します。
JCGGDB is a portal database of all glycan-related data in Japan. It contains information of large-quantity synthesis of glycogenes and glycans, analysis and detection of glycan structure and glycoprotein, glycan-related differentiation markers, glycan functions, glycan-related diseases and transgenic and knockout animals. It allows to search by keywords, glycan structure, cheminformatics, infection, disease or experimental protocols.

JCRB Cell Bank
JCRB細胞バンク
JCRBが保有する培養細胞を分譲するためのデータベースです。ヒト、マウス、ラットなどの組織細胞に加え、高発がん性遺伝病患者由来細胞、発光細胞（Luc発現細胞）、ヒトiPS細胞、マウスES細胞、霊長類細胞株コレクション、日本人由来初代培養細胞も提供しています。細胞名、由来、組織名によるリストやキーワードによる検索が可能です。また、細胞培養と保存に関する啓蒙情報も掲載しています。
The JCRB Cell Bank database organizes information for distribution of cell cultures. Information is available on how to order, culture, and preserve cells.

JenaLib
Jena Library of Biological Macromolecules
JenaLib is a database of molecular structures. The database contains solved structures biopolymers, including homogenous and heterogenous entities. The database contains several subsections based on constituent molecules, with links to PDB structures for each biopolymer. The database also contains tools for domain classification and structural analysis.
生体高分子の立体構造情報を収録しているデータベースです。Protein Data Bank (PDB) とNucleic Acid Database (NDB)を情報源としています。対象分子はタンパク質、核酸、RNA、糖鎖、ペプタイボルで、立体構造の画像と解析情報が表示されます。

KaFTom
Kazusa Full-length Tomato cDNA Database
矮性トマト品種マイクロトムの完全長cDNAに由来するESTおよび完全長配列のデータベースです。
KaFTom is a database of tomato expressed sequences. The database contains EST reads from several different tissues of the MicroTom cultivar. Data were obtained by sequencing cDNA clones and are available for browsing, BLAST search, and bulk download.

KAIKO Proteome Database
カイコの2次元電気泳動（プロテオーム）情報を格納したデータベースです。組織・発生段階毎のスポット情報をキーワード検索や画像選択により参照できます。
This database contains two-dimensional electrophoretic (proteome) information for the silkworm. Spot information depending on tissues or developmental stage can be searched by keywords and image selections.

KAIKObase
This database contains both the genetic and physical map information for the silkworm genome. A variety of viewers are available to graphically view markers, genes, and genomic positions of traits, as well as annotation information. Additionally, BLAST searches can be performed with user-provided sequences against the silkworm genome sequence. This is a part of SILKWORM GENOME RESEARCH PROGRAM (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00950).
カイコゲノムの遺伝地図と物理地図情報が統合されたデータベースです。複数のビューアが存在し、マーカ・遺伝子・形質等のゲノム位置や注釈(アノテーション)情報をグラフィカルに参照できます。またお手持ちの配列とカイコゲノム配列との類似性検索(BLAST)も行えます。

KAIKOBLAST
This is a system to allow BLAST searches of silkworm DNA and amino acid sequences. The BLAST searches can be performed with user-provided sequences against silkworm sequences. This is a part of SILKWORM GENOME RESEARCH PROGRAM (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00950).
カイコの塩基配列、アミノ酸配列の相同性検索(BLAST)を行うためのシステムです。お手持ちの配列とカイコ関連配列との相同性検索を行えます。

KAIKOGAAS
KAIKO Genome Automated Annotation System
カイコゲノム配列を元にタンパク質をコードする遺伝子構造を自動予測するシステムです。予測処理では複数の解析ツール(GeneScan、FGENESH、HMMER等)の解析結果を統合して行なっています。カイコゲノム配列に対する本システムの予測結果が参照できます。またお手持ちの塩基配列に対しての予測処理もできます。
This is a system that automatically predicts gene structures coding for proteins using existing silkworm genomic sequences. The predictions are made by combining the analytical results of several tools (geneScan, FgeneSH, HMMER). Users can browse previous predictions and input their own sequences for new predictions. This is a part of SILKWORM GENOME RESEARCH PROGRAM (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00950).

KaPPA-View 4
Kazusa Plant Pathway Viewer
遺伝子の発現データと代謝産物の蓄積データを、代謝経路マップ上で同時に表示することができるビューワーです。ユーザー自身のDNAマイクロアレイデータや代謝産物分析データを、インターネットブラウザを介してKaPPA-View4にアップロードすると、KaPPA-View4は、代謝経路マップ上に各遺伝子や化合物のデータを当てはめて表示します。デフォルトでは、シロイヌナズナ、イネ、ミヤコグサ、トマトに対応する約150枚の代謝マップが準備されています。ユーザーが作成した代謝マップを利用することもできます。
This web-based tool, KaPPA-View4, represents -omics data on plant metabolic pathway maps that users upload. Differences in gene expressions and metabolite accumulation between samples are visually represented as hue of the gene and metabolite symbols. gene-to-gene and metabolite-to-metabolite relationships, including correlation coefficients of gene co-expressions can be overlayed on the pathway maps. This helps to better understand transcripts and metabolites when examining the roles of genes in the metabolic pathway. The system has been revised, and the processing speed was improved compared to previous versions. Both Windows and Mac OS X are fully supported now and all features of the database are available. Users can use their own metabolic pathway maps for analyses. After uploading DNA microarray or metabolite data, fitting data for each gene or compound is displayed on a metabolic pathway map.

KATANA
Kazusa Arabidopsis thaliana Annotation Abstract
シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー（GO）ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法（MPSS）の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。代謝経路とGOタームを用いた高度な検索も行うことができます。
KATANA (Kazusa Arabidopsis thaliana Annotation Abstract) is a guide to help in the search of Arabidopsis genomic information in concerned public databases, because naming conventions and gene annotations may be different between different databases. It can be searched by annotation ('ANNOME'), metabolic pathway or gene ontology and is linked to detailed information at the original sites. It is part of the 'Green Biotechnology Program' supported by New Energy and Industrial Technology Development (NEDO).

TogoAnnotation
ソーシャルブックマークによる文献情報集積プラットフォームです。

KazusaMart1.0
KazusaMartはかずさDNA研究所が提供するゲノムスケールの遺伝子情報管理システムです。植物および関連微生物を対象としており、現在シアノバクテリア34生物種が公開されています。システムはBioMartを利用しています。
KazusaMart is a data integration system of plant and microbial genomic data and was developed using BioMart.

京都大学 大学院生命科学研究科
Kyoto University Graduate School of Biostudies
KCGD
Kyoto Chlamydomonas Genome Database
緑藻クラミドモナスのゲノムデータベースです。データベースの閲覧には、データベース運用者とコンタクトを取ることが必要です。クラミドモナスは、最初に葉緑体DNAが発見された生物で、葉緑体、ミトコンドリアと核の３つのゲノムについてDNA形質転換が可能なことから、光合成、生殖、鞭毛モーターなどの遺伝子研究のモデル生物として世界中で利用されています。研究室ではゲノムライブラリー・EST・cDNAアレイが整備されています。次世代シーケンサーを用いた大規模遺伝子発現解析も進めており、収集した発現データはKCGDから公開する予定です。
This is a genome database for the green algae Chlamydomonas. Users are required to contact the database maintainer. Chlorophyll DNA was first discovered in Chlamydomonas, and is used worldwide as a model organism for genetic research on photosynthesis, reproduction, and flagellar motors, because it allows DNA transformation between chlorophyll, mitochondrial, and nuclear genomes.

KEGG
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
Kyoto Encyclopedia at Genes and Genomes
KEGG is an integrated database for interpretation of biological systems from genomic and molecular-level information. KEGG consists of 16 main databases categorized into systems information, genomic information and chemical information. This database features to map elementary datasets (genes, small molecules, etc) in each KEGG database to network datasets (pathway maps, hierarchical lists, etc). Users can perform keyword search against the entire KEGG database, as well as BLAST/FASTA search and SIMCOMP search.
KEGGデータベースシステム全体の統括ページです。データタイプごと（PATHWAY、BRITE、DISEASE、DRUG、GENES、GENOME、COMPOUND、GLYCAN、REACTION）、生物種ごとにアクセスできます。KEGG MapperやKEGG Atlas、KASSなど各種解析ツールの実行画面にもアクセスできます。 なお、KEGG MEDICUSのデータサブセットは GenomeNet FTPサイトから無料でダウンロードできます。アカデミックユーザがその他のFTPサイトにあるデータをダウンロードするにはKEGG FTPのページからライセンスの登録(有料)が必要です ( https://www.bioinformatics.jp/ja/keggftp.html )。また、非アカデミックユーザや、アカデミックユーザがKEGGデータを利用したサービスを提供するためにダウンロードする場合は、商用ライセンス（有料）になります。

KEGG DAS
KEGG Distributed Annotation System
KEGGに含まれる全生物のゲノムマップ情報に対して、DAS（Distributed Annotation System）サービスを提供する高度ゲノムデータベースシステムです。GBrowse GUIを用いて、ウェブブラウザからグラフィカルに利用できます。DASプロトコルを用いてプログラムからの利用も可能です。 ※GBrowse2に移行のため、現在サービスを停止しています。

KEGG GENES Database
Molecular building blocks of life in the genomic space
KEGG geneS is a catalog of gene information for multiple species with species-specified gene information for all species with complete genome sequences. The database references primary sources and provides pathway, ortholog, paralog, and motif searching functions. Results of gene searches include nucleotide and protein information.
KEGG GENESは、全ゲノム配列が決定された生物種について、その遺伝子セットをRefSeq その他の公共データベースから自動生成し、KEGG 独自のアノテーション（KO アノテーション）を行っているデータベースです。 以前、VGENES (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00820) や VGENOME (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00821) に収録されていたウィルスに関する情報も収録されています。

KEGG GLYCAN
Glycome informatics resource integrating genomics and chemistry
文献で報告されている糖鎖構造と関連するパスウェイを収集したデータベースです。KEGG Pathwayとのリンクにより、糖鎖の生合成および分解反応や関連酵素の情報も得られます。
KEGG GLYCAN is a database of glycan structures. The database contains structures of glycans involved in KEGG reactions and specifies several parameters of the glycans, as well as collecting links to other glycan-relevant databases. The database is searchable by KEGG G-index ID.

University of Missouri Bioinformatics Consortium
Klotho
Biochemical Compounds Declarative Database
Klothoは生物化学で始まる生物学的プロセスをモデル化しようとする試みです。このデータベースでは分子構造を検索することができます。

慶應義塾大学 医学部
Keio University School of Medicine
KMaiDB
Keio Mutation autoimmune database
KMaiDB is a database of mutations involved in autoimmune disorders, assembled by manual curation of OMIM. A Java browser of mutations known to be involved in disease can be used to browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.
MutationViewのサブデータベースで、自己免疫関連疾患に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。

KMbloodDB
Keio Mutation blood database
MutationViewのサブデータベースで、血液関連疾患に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMbloodDB is a database of mutations involved in blood disorders. The database contains a Java browser of mutations known to be involved in disease and was assembled by manual curation of OMIM. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.

KMbrainDB
Keio Mutation brain database
MutationViewのサブデータベースで、パーキンソン病、アルツハイマー病に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMbrainDB is a database of mutations involved in neurological disease with a Java browser of mutations known to be involved in disease. It was assembled by manual curation of OMIM. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.

KMcancerDB
Keio Mutation cancer database
MutationViewのサブデータベースで、乳ガン、網膜芽細胞腫、神経線維腫症に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMcancerDB is a database of mutations involved in various cancers. The database contains a Java browser of mutations known to be involved in disease and was assembled by manual curation of OMIM. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.

KMDB/MutationView
Keio Mutation Databases
KMDB is a database of human mutations. The site has html and java functionalities to explore mutations affecting several anatomical systems as well as sub-databases for each anatomical system. The Java functionality is extensively linked such that users can choose organ, disease, or gene and obtain information on published connections between genes and diseases. Causative mutations and gene structures are also available. MutationView software can also be downloaded. For academic use only.
ヒト疾患に関連する遺伝子変異をOMIM、GDB、文献より収集し、人体・臓器の模式図上への疾患遺伝子/発症疾患名のマッピング表示や、染色体上への疾患遺伝子のマッピング表示を行っています。変異による遺伝子構造の変化 (アミノ酸変化、スプライシング変化など）も掲載されています。

KMearDB
Keio Mutation ear database
KMearDB is a database of mutations involved in auditory disorders. It contains a Java browser of mutations known to be involved in disease and was assembled by manual curation of OMIM. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.
MutationViewのサブデータベースで、聴覚障害に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。

KMeyeDB
Keio Mutation eye database
KMeyeDB is a database of mutations involved in vision disorders and contains a Java browser of mutations known to be involved in disease. It was assembled by manual curation of OMIM. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.
MutationViewのサブデータベースで、網膜色素変性症、緑内障、内障に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。

KMheartDB
Keio Mutation heart database
MutationViewのサブデータベースで、心筋症に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。
KMheartDB is a database of mutations involved in heart disease assembled by manual curation of OMIM. The database contains a Java browser of mutations known to be involved in disease. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.

KMmuscleDB
Keio Mutation muscle database
KMmuscleDB is a database of mutations involved in muscular disorders, with a Java browser of mutations known to be involved in disease. The database was assembled by manual curation of OMIM. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.
MutationViewのサブデータベースで、筋ジストロフィーに関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。

KMsyndromeDB
Keio Mutation syndrome database
KMsyndromeDB is a database of mutations involved in syndromic diseases. The database contains a Java browser of mutations known to be involved in disease. It was assembled by manual curation of OMIM. Users can browse chromosomes to find disease-associated genes or genes to find causative mutations.
MutationViewのサブデータベースで、Waardenburg症候群、QT延長症候群に関するデータを掲載しています。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。

KNApSAcK
A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database
This database provides information on how species and metabolites relate to each other. Searches can be done on the Web by entering the organism's name or that of the metabolite or its molecular weight or formula. The site also offers the option to download the database and work offline.
生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKを開発し、無償で公開しています。KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。

KOP
Kazusa ORFeome Project
ヒト蛋白質発現クローン（Flexi ORF clones）データベースです。ORF配列やアミノ酸配列、InterProScanの結果、transmembrane regionの予測結果、OMIM databaseの疾病遺伝子に対するホモロジー検索の結果が登録されています。遺伝子名検索やキーワード検索、ホモロジー検索が可能です。機能別に分類された一覧も用意されています。
KOP is a database of human ORF clones data with two collections of clones that can be used for functional studies and a list of genes grouped by function. Clones are chosen based on the KIAA human ORF set and are available for order.

University of Wurzburg
L1Base
Annotation of Full-Length, Intact L1 Element
L1Base is a database of mobile elements in the human genome. The database contains position and activity information on L1 elements annotated from human genome sequences. T
L1Baseはヒトやげっ歯類ゲノムに存在する有効と思われるL1 Insertion専門のデータベースです。２つのORFが欠損していないL1 Element配列全長、そして、欠損していないORF2と欠損しているORF1を持つL1 Element配列が含まれています。その他にも完全長を得られていないL1Element配列（6000bp以上）データも含まれています。

National Center for Biotechnology Information, Computer Retrieval of Information on Scientific Projects, United States Patent and Trademark Office
Labome.Org
Labome.Org is a database organizing biomedical knowledge. It contains information of grants, publications, and patents around research topics, genomes and genes, scientific experts, and species for easy browsing and searching.
Labome.Orgは研究助成金、論文、特許、研究テーマに関連したWebページに関する情報を掲載しており、ゲノムや遺伝子、科学者や生物種を簡単に検索閲覧できるページです。

LEGENDA （アーカイブ）
LEGENDA (Archive)
Literature-Extracted Gene-Disease Associations
Legenda is a database of articles about genes and the diseases they have been found to be linked to. A simple keyword search provides the user with a list of abstracts of relevant publications grouped under the headings gene, disease, gene function and substance. These headings indicate the fields in which appropriate publications with links to the keyword used may be found. Each publication comes with full references.

PubMedに登録されている文献に記載されているヒト遺伝子/タンパク質名、遺伝子機能名、疾患名、化合物名のうち、2つの用語が共起した文献を検索するシステムです。遺伝子2つのように同じタイプについても検索できます。独自の同義語辞典や共起データベースを利用しています。
産業技術総合研究所によるオリジナルサイト（http ://hinv.jp/legenda/）の運用は終了しました。LEGENDAのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

LSDB Archive
生命科学系データベースアーカイブ (Life Science Database Archive)
Life Science Database Archive
生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管しています。データ説明（メタデータ）を統一して検索を容易にすると共に、 利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです。
Life Science Database Archive is an archive of databases generated by life scientists in Japan as national public goods. This archive contains databases deposited from research institutions with metadata in a unified format to search datasets easily. Users can search for datasets across metadata and databases and perform BLAST search, as well as download the whole datasets with clear terms of use.

LigandBox
LIGANds Data Base Open and eXtensible
LIGANDs Data Base Open and eXtensible
化合物の３次元分子構造と原子荷電を収集したデータベースです。KEGG DRUGデータベースを情報源としています。
LigandBox is a database of small chemical compounds for drug screening on computer docking studies. This database contains 3D molecular structures provided by Namiki Shoji Co.,Ltd. and KEGG DRUG database. Users can search chemical compounds by structural information, physical quantity, as well as keywords.

Lotus japonicus (miyakogusa) EST dataset
This database of Lotus japonicus expressed sequences contains consensus gene sequences and EST reads, and allows for BLAST and keyword search. Data are available for download.
かずさDNA研究所で決定したミヤコグサのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。

Lowe Syndrome Mutation Database
This is a database specifically for mutations in the OCRL1 gene, known to cause Lowe syndrome with primary symptoms such as congenital cataracts, mental retardation, and renal tubular acidosis. This site was retired, and all data were transfered to the ClinVar (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc01514).

先天性白内障、精神発達遅滞、尿細管性アシドーシスを主な症状とするLowe症候群を引き起こす原因となっているOCRL1遺伝子の変異に関するデータベースです。
このサイトは運用を終了し、データはNDBI LOVD （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/lovd/home.php?select_db=OCRL ）に引き継がれた後、さらにClinVar （http://integbio.jp/dbcatalog/ja/record/nbdc01514 ）に引き継がれています。

LSDB
Life Science DataBase
統合ホームページ (統合データベースプロジェクト)
文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。生命科学分野のデータベースカタログや横断検索、総説や特許、研究報告書の文献検索、各種ツール、バイオNLP、教材、事業説明などを提供しています。2011年4月から一部サービス (生命科学系データベースカタログ、生命科学横断検索、生命科学系データベースアーカイブ)がJSTバイオサイエンスデータベースセンターに移行されました。
LSDB is a portal site for the 'Integrated Database Project', which aims to improve usability and integration of Japan's life science databases. This portal site contains database portals, research tools, resources and databases for life science research. Users can search for appropriate databases using database portals ('Life science projects in Japan' and 'Database Catalog'), as well as browse protocols and video tutorials of these contents.

M Base
Medaka Genome Database
MEBase (メダカのESTデータベース)、MLBase (メダカの連鎖地図データベース)、MBBase (メダカの人工染色体データベース)の3種類からなっています。また、メダカに関する外部リンクも使用することができます。
M Base is a database of Medaka genome resources. It contains links to EST sequence data, a linkage map, and BAC clones. Users can BLAST search the EST and BAC databases, and determine linkage from a variety of crosses.

MachiBase
A Drosophila Melanogaster 5'-end mRNA Transcription Database
ショウジョウバエの転写開始点に関して世界最大の情報量を提供するゲノムブラウザです。ショウジョウバエの７つの組織（胚、幼虫、老/若x雄/雌, S2（培養細胞株））から収集した約2500万個の5'-end mRNA tags (25-27塩基長) 情報を公開しています。
MachiBase is a browser for the Drosophila genome. Users can search by location or keyword, and a highly customizable display is provided. Sequences were collected by 5' SAGE analysis. Bulk data is available for download.

Osaka University Graduate School of Science
大阪大学 大学院理学研究科
MacroArray Analysis Page of Bradyrhizobium japonicum
根粒菌Bradyrhizobium japonicumのゲノムワイドな発現比較およびCGH解析データをまとめています。１）芳香族化合物の分解過程における遺伝子発現解析結果、２）ダイズ種子抽出物と大豆由来フラボノイドGenisteinで誘導された遺伝子発現解析結果、３）バクテロイドと自由生活細胞の遺伝子発現比較結果、４）Bradyrhizobium japonicum株間におけるCGH比較結果が掲載されています。
This is a database of expression analysis for Bradyrhizobium japonicum, containing gene expression data in response to various treatment conditions. A link to the original publication is also available.

Macrophage Curated Database Index
マクロファージの分化・活性化ネットワークに関する遺伝子発現情報等の大規模・総合的データから動的転写制御ネットワークを抽出し、利用するための計算戦略をイン・シリコパイプラインとして構築されています。このパイプラインを使って、マクロファージの分化・活性化に関して、分化のマスター遺伝子やクリティカルパスウェイのイン・シリコ探索及びシミュレーションによる分化・活性化の再現解析が可能です。
The Macrophage Curated Database Index is a database of primary literature pertaining to macrophage functionality. It is a searchable list of macrophage papers and provides links to the original publications and contains links to several studies of macrophages and features images for relevant pathways from each paper.

Makino Herbarium Type Specimen Image Database
牧野標本館所蔵タイプ標本データベース
日本の植物分類学の草分けともいえる故牧野富太郎博士（1862～1957）が収集した植物標本約40万点を整理、保管している「牧野標本館」所蔵のタイプ標本データベースです。東京都立大学（現：首都大学東京）に寄贈された牧野博士の標本のうち、牧野博士が’新種’として発表した植物のタイプ標本（基準標本）の画像データや学名、和名、採集地などの標本情報を収録しています。学名、和名、タイプ和名、タイプ学名、採集地名のリストから検索できます。
Makino Herbarium Type Specimen Image Database is a database of plant type specimens based on the collection preserved at the Makino Herbarium in Tokyo Metropolitan University. Each record consists of digital images of type specimens and 13 items including scientific names, location data, type status, etc. Users can search type specimens by family names, type names, current scientific names, specimen IDs and locations. This database also provides the thumbnail list of type specimens sorted by family names.

獨協医科大学
Dokkyo Medical University
MCPA2
Mammalian Crania Photographic Archive Second Edition
哺乳類頭蓋の画像データベース (Mammalian Crania Photographic Archive Second Edition)

1997年より高解像度デジタルカメラで撮影された10,956件の哺乳類頭蓋の画像集です。6方向（前面・後面・左側面・右側面・上面・下面）からの撮影は、原則として、耳眼平面[眼窩の下縁と外耳孔の上縁によって形成される平面]が水平になるように頭蓋を固定して行い、下面のみ上顎の歯列が形成する平面[骨口蓋の部分]を水平になるようにして撮影しました。
頭蓋画像は(1)系統分類一覧、(2)日本語名、(3)英語名、(4)学名 から検索することができます。各標本につき、左右前後上下方向の6つの写真（測径器付き）と、系統分類名、性別、年齢が表示されます。いくつかの種については生態写真を確認することができます。霊長類の標本には下顎骨の画像が付いています。画像および標本情報と計測値データはダウンロードが可能です。

MCPA2 is a collection of 10,956 photographs of mammalian crania, which have been taken with a high-resolution digital camera. Each entry contains photographs from six different angles (anterior, posterior, left, right, superior, and inferior) with caliper measurements and information (taxonomy, sex, and age). Some entries also contains photographs of crania with the mandible (only Primates) or pictures of living mammals. This database allows to browse data using phylogenetic table, Japanese name, English name, scientific name, or the order and genus lists. It provides pictures via FTP, specimens' text information and measurements, and current HTML data for this site except image files for downloads.

McSyBi
Multi-document Clustering System for Biomedicine
McSyBi is a site for searching related literature. The site consists of a search function that queries a database of clustered literature references. Users can query by PMID. Not all papers are represented.
PubMed検索結果を用いた、生体臨床医学のための文献クラスタリングシステムです。

The Scripps Research Institute
MDB
Metalloprotein Database and Browser
MDBはProteinDatabase(PDB)に存在する構造のうち、金属イオンを含むものに関して定量的な情報を提供しています。金属イオンの種類とその個数、タンパク質立体構造の分解能でも検索することが可能です。また、タンパク質立体構造内の金属イオンとアミノ酸との距離やその個数による検索も可能です。検索方法として、Webで検索したい項目を指定するほか、SQLによる検索も可能です。

MDeR （アーカイブ）
MDeR (Archive)
The MetaData Element Repository in life sciences
MDeR is a repository of metadata standards and other metadata elements extracted from databases related to life sciences. Each entry contains following attributes based on the ISO/IEC 11179 Part3 (Registry metamodel and basic attributes); Data Element, Object Class, Property, Value Domain and Others. Users can search metadata elements by keywords, and compare the search results to select up to 10 elements.
ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト。国際標準およびライフサイエンス分野のデータベースのメタデータ要素の定義や内容、さらにデータ記述法を収録し、データベース構築時のデータのメタデータの標準化や既存のデータベースのデータ相互の関連付けを支援するサイトです。メタデータレポジトリには、異なる標準のメタデータが登録され、統一的なデータの概念、表現、定義を提供しますので、異なるデータベース間においてデータの共有や交換、相互運用が可能となります。MDeRには、ISO/IEC 11179 Part 3 (Registry metamodel and basic attributes) (ISO/IEC JTC1 SC32ホームページ、2008-03-03参照)に準拠した形でメタデータ要素が収録されています。 オリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブから「MDeR」をご利用いただけます。

国立研究開発法人産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
MEDALS
METI database portal for life science

This site is a portal providing access to a large number of integrated Life Science databases.
Its construction and maintenance is made possible by the financial support from the Ministry of Economy, Trade and Industry (METI), JAPAN.
An advanced search option is provided.
Two manuals and fourteen project reports are available for download.
MEDALS (the name of the site) is an anagram for MEti DAtabase portal for Life Science.

このポータルサイトでは、これまで経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトについて、1989年以降の成果物（データベース、ツール等）の情報を整理・提供しています。現在の成果物数: 108 (Database:63, Analysis tool:45)現在のプロジェクト数: 51今後もこれらの成果物が効果的に利用されることを目的に、内容を更新・追加していきます。

MEDIE
MEDIE is a tool for data mining published literature. The site provides search prompts and examples for users to obtain experimentally validated connections from the MEDLINE literature database. Users provide simple semantic search terms and MEDIE provides references regarding the search.
自然言語処理とテキストマイニング技術をベースとし、MEDLINEアブストラクトから生物医学の関係概念を検出するための知的検索エンジンです。構文解析によって計算された意味構造を用いて、高精度かつ高速に関係概念を検索・抽出します。

The Sanger Institute
MEROPS
the Peptidase Database
MEROPS is a database of peptidases. The database contains peptidases from multiple species grouped by sequence-similarity families. The database also contains information on proteins known to inhibit peptidases. Users can search by protein or gene name, identifier, organism, substrate, or sequence by BLAST. The database is also available for download.
ぺプチダーゼ（プロテアーゼ、タンパク質分解酵素）とそのインヒビターの情報を収集、整備したデータベースです。約3,000件のぺプチダーゼとインヒビターが登録されており、各エントリーには、名称、ドメイン構造、ファミリーなどの分類、活性、ヒトとマウスの遺伝子情報、三次元構造、生物種ごとの配列、文献、基質など様々な情報が含まれています。MEROPSでは、分子構造を基本としたタンパク質の階層分類を採用しています。各ぺプチダーゼは、アミノ酸配列相同性を基本とするファミリーに分類し、さらに相同性を持つファミリーは、スーパーファミリーclanにグループ化しています。

MethDB team
MethDBチーム
MethDB
the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects
DNAに存在するメチル化シトシンの出現頻度に関するデータベースです。HPLCやシーケンスなど様々な方法で解析されたデータが蓄積されています。このデータベースはメチル化情報を登録するために作成されているため、解析ツールは備わっていませんが、外部に有用なツールがありそれらを活用することができます。たとえば、Ensembl contig viewにMethDBの情報をMappingすることも可能です。
MethDB is a database providing a resource to store DNA methylation data and to make these data readily available to the public. It contains information about the occurrence of methylated cytosines in the DNA and as much background information which includes the origin of the sample, phenotype, expression of the related gene, etc.. Analysis tools are not included, but external tools are available and users are invited to develop further software for the analysis of methylation patterns.

Medaka Genome Initiative
MGI is a website of Medaka genome studies. The site has links to various projects, some of which are published papers and some of which can be searched and browsed further to obtain sequence and genome mapping information.
MGIはメダカに関する研究チームの国際的な枠組みです。メダカゲノムプロジェクトを推進するべく、効率的に研究を進め、遺伝子情報をはじめそのために必要な情報を収集し、開発するためのコミュニティーです。実質、MEPDへのリンクが有用な資源となっており、関連する組織へのリンクを得ることができます。

群馬大学 生体調節研究所附属生体情報ゲノムリソースセンター
Gunma University Institute for Molecular and Cellular Regulation Biosignal Genome Resource Center
MIAMI
Microarray-based Integrated Analysis of Methylation by Isoschizomers
MIAMI is a repository for epigenetics, particularly a method of DNA methylation analysis; MIAMI (Microarray-based Integrated Analysis of Methylation by Isoschizomers). The website explains the definition of epigenetics and correlation between epigenetic changes and some diseases, as well as the strategy for MIAMI. This database also provides an example of MIAMI analysis and a protocol for MIAMI.
MIAMI法（マイクロアレイによるゲノムワイドなメチル化解析法）について詳しい実験手法を示すとともに、この手法を用いた解析により、様々な疾患とエピジェネティクスの関係の例をまとめています。

MiBASE
Micro-Tom Database
MiBASE is a database of sequence and expression information for the tomato cultivar Micro-Tom. The database contains cDNA clone sequences, gene pathway information, gene expression profiles, and Unigene and BLAST search tools for genes and sequences, respectively. The database consists of separate modules for each means of exploring Micro-Tom data. Bulk data is also available for download.
トマト品種Micro-Tomの果実由来のESTと葉由来のEST(合計125,883EST)を公開しています。公共データベースから得たトマトESTとMicro-Tom ESTと合わせ、アセンブルを行い構築した 76,276個のUNIGENEと機能アノテーション情報、マイクロアレイのデータも公開しています。

The Ohio State University Wexner Medical Center
miRo2
The miR-Ontology Knowledgebase
miRO is a database of microRNA information. The database contains entries for miRNAs, target genes, tissue expression, and other functional information. Users can search or use several miRNA tools inculding reverse translation of proteins to gene sequences and miRNA network targets.
ヒトにおけるmiRNAの情報を提供するナレッジベースです。miRNA名、ターゲット遺伝子名、機能、関連疾患名等で検索でき、ターゲッティング情報、ターゲット遺伝子に関連する情報、ゲノムの位置情報等を確認することができます。

Center for Cancer Research Nanobiology Program
MitoDat
Mendelian Inheritance and the Mitochondrion
ミトコンドリアの生合成や機能に関わっている酵素、骨格系タンパク質やその他機能がいまだ判明していないタンパク質を規定している核遺伝子の情報を集めたものです。遺伝子名や分画で検索が可能です。また、データベースのダウンロードも可能になっています。

MolMovDB
The database of molecular motions
MolMovDB is a database of the motions that occur in proteins and other macromolecules, particularly using movies. This database classifies macromolecular motions into a limited number of categories, first on the basis of size (distinguishing between fragment, domain and subunit motions) and then on the basis of packing. Moreover, it contains tools to interpolate between two conformations (the Morph Server) and predict possible motions in a single structure and an interface to a hinge prediction service, which acts on single structures and predicts likely residue points for flexibility.
PDBファイル間の動きをモーフィングしたデータベースです。その多くはユーザの投稿データによって構成されています。また、解析ツールとして、化学的に2つの構造の補間構造を生成するMorphServerがあり、現在RNA,DNA,複数のサブユニットからなる複合体に対応しています。その他にもヘリックス構造の相互作用の解析などの立体構造解析に有用なツールがあります。

Mouse Basement Membrane Bodymap
The Mouse Basement Membrane Bodymap is a visual database of extracellular protein localization. The database consists of high-resolution images of hundreds of mouse embryos showing the localization of dozens of extracellular matrix and basement membrane proteins. Images were obtained by IHC and users can zoom and display images using the built-in Bodymap applet.
マウス胎仔における基底膜蛋白質42種（既知の基底膜蛋白質の約90％）の発現部位を免疫組織化学的手法を用いて網羅的に解析し、得られた染色標本のデジタル画像を収録した画像データベースです。各基底膜蛋白質に対する抗体で染色した胎生16.5日のマウス胎仔の全身標本のデジタル画像（高解像度顕微鏡写真より合成された約4GBの画像）210枚が登録されており、タンパク質ごと、組織ごとに閲覧できます。「Google Earth」と同じ感覚で、標本の任意の部位を全身レベルから１個１個の細胞レベルまで任意の倍率で観察できます。

Mouse DNA Microarray
129X1/SvJとC57BL/6Jマウスの系統間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓における遺伝子発現の差をマイクロアレイで調べた結果を掲載しているデータベースです。
The Mouse DNA Microarray database is a resource of gene expression data for C57BL/J6 and 129 mouse strains. The database contains gene expression profiles from brain, liver, and spleen from these two lines that are presented as lists of differentially expressed genes. The stated intention is for use as a background for transgenic mouse experiments to dissect strain-specific expression differences from changes due to transgene expression.

Neurogenetics at University of Tennessee Health Science Center
Mouse Genome Databases
2000-2001年マウス染色体委員会の報告書、1997年のMITマイクロサテライトマップRelease15、遺伝子組み換え近交系マウスデータベース、染色体マップのテキスト情報をもとに、データを提供しています。データはExcel,TEXT,FileMaker形式で提供されており、ダウンロードして利用することが可能です。
Mouse Genome Databases is a resource for genetic and genomic mouse data. The database contains collected data files from several genome mapping projects. The available files include resources from many different mouse strains as well as tools for mapping QTLs. Users can download files in Excel and FileMaker Pro formats.

MTB Database
Mouse Tumor Biology Database
様々な要因で発生したマウスの腫瘍に関する情報を提供しています。腫瘍発生頻度、潜伏期間、系統、臓器などの様々なキーワードで検索することが可能です。病理学データも含まれており、病理組織画像や臓器の腫瘍の様子を映した写真も閲覧することができます。
MTB Database is a database of tumor biology in mice. The database contains information on experimentally induced and characterized tumors sorted by mouse strain and genetics. Users can search by tumor type and affected tissue. gene expression data sets are avaiable for download.

MusBanks
A portal to worldwide mutant databases
マウスの変異に関して、MEDLINE等の文献と世界のマウス変異データベースから情報を収集したデータベースです。キーワード検索が可能です。

MutationView
ヒトの疾患の原因遺伝子に関するデータベースです。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。例えば目の病気、心臓の病気、脳の病気というように、病気の部位ごとに関与している遺伝子の変異を調べることも出来ますし、総合的に自己免疫病や癌の原因遺伝子について調べることも出来ます。
MutationView is a database of mutations known to cause disease. The database contains a browser to inspect mutation loci and allows searches by gene, disease, or protein domain. The database is compiled from OMIM mutation entries.

ナショナルバイオリソースプロジェクト「ニホンザル」(National Bioresource Project "Japanese monkeys")
研究用サルの供給を目的としています。このプロジェクトでは、研究用サルの繁殖・飼育事業、研究用サルの供給事業、供給を通して研究者への実験動物福祉と動物実験の適正化の啓発、ニホンザルに関する種々の基礎的データの蓄積（解剖学、生理学、分子生物学、生化学、獣医学）などを目的としています。
自然科学研究機構 生理学研究所

National BioResource Project Bacillus subtilis
枯草菌の遺伝子破壊株の情報、寄託、分譲に関する申し込みを受け付けているサイトです。分譲の受付から発送状況まで進捗を適宜確認できるページも用意されています。
National BioResource Project Bacillus subtilis is a database of B. subtilis knockout strains mainly established by the Ogasawara Laboratory at the Nara Institute of Science and Technology (NAIST). This database contains gene disrupted strains, strains with genomic deletion or single region deletion, genome reduced mutants and a wild strain. Users can search available resources by keywords such as strain names and related genes, as well as search B. subtilis genes using BLAST. This database provides lists of strains, the genome viewer and protocols to create mutant strains.

NBRP ナショナルバイオリソースプロジェクト情報公開サイト
NBRP Information Site
２８機関のリソースセンターをつなぐメタデータサイトで、ライフサイエンス研究の基礎・基盤となるバイオリソース（動物、植物等）について収集・保存・提供を行うとともに、バイオリソースの質の向上を目指し、保存技術等の開発、ゲノム等解析によるバイオリソースの付加価値向上により時代の要請に応えたバイオリソースの整備を行っています。また、バイオリソースの所在情報等を提供する情報センター機能を強化しています。
NBRP is a portal site of the National BioResource Project (NBRP), which aims to collect, preserve, and provide bioresources for life sciences research. Bioresources associated with NBRP consist of experimental animals, plants, microbes, cells and DNA materials. This portal site provides introduction pages of individual projects, newsletters (BioResource now!) and information on stock centers maintaining bioresources and corresponding databases. Users can search bioresources from categories of species and materials (strains or DNA clones), as well as by keywords.

NBRP Nenkin
National BioResource Project Cellular slime molds
National BioResource Project Cellular slime molds is a database of the social amoebae (cellular slime molds, Dictyostelium discoideum) resources collected mainly from Japanese laboratories. Each entry in the strain list contains the strain name, parental strain, associated gene, mutagenesis method, use conditions and request availability. Each entry in the gene list includes the clone name, gene name, remark, use conditions and request availability. Users can search available strains or cDNA clones by keywords from those items.
細胞性粘菌は単細胞と多細胞の状態を行き来するユニークな生活環をもち、基礎と応用の両面から注目されているモデル生物です。筑波大学は第3期ナショナルバイオリソースプロジェクトの中核機関として細胞性粘菌の株と遺伝子リソースを整備し、リクエストに応じてそれらを国内外に提供します。

NCBI
NCBI（米国立バイオテクノロジー情報センター）は、NIH（米国立衛生研究所）のNLM（米国立医学図書館）の一部門として1988年に設立されたバイオインフォマティクス研究組織です。1989年にBLAST、1990年に検索システムEntrezを開発しました。現在では、NCBI内の各種データベースに対する検索を統一的なインタフェースで行えるようにしています。
NCBI is a portal site for US biological study data. The site contains links to several NIH research resources, most of which are repositories for submission of data from government-funded and/or published projects. Users can search the entire NCBI collection or perform keyword searches of a specific database from the NCBI search bar. Constituent databases contain a wealth of data for download.

National Institutes of Health
Genome - Genome information for rice
イネゲノムに関する各種情報を集約したサイトです。NCBIの情報はもとより、ゲノムシーケンスを行った各機関へのリンクやBLASTへのツールなどがあります。
The Rice Genome page contains information on the full genetic code for Oryza sativa. The database contains sequences from five completed and several other initiated (sequence read- or trace-only) projects. Chromosome browser, BLAST, and other related projects are also available from this genome information page.

University College London
NCL Mutation and Patient Database
NCP Mutation and Patient Database contains information on mutations which cause neuronal ceroid lipofuscinoses. The database contains information about several genes which are causative of NCL as well as resources such as lists of clinicians, researchers, and meetings regarding NCL.
神経セロイドリポフスチン症(NCL; Neuronal Ceroid Lipofuscinosis)に関する遺伝子変異情報を提供しているサイトです。ヒトに限らず、モデル動物に関する情報も掲載されており、公表されていないデータも取り扱われています。命名規則はHuman Genome Variation Societyに従っています。

RNA Bibliography - ncRNA.org
機能性RNAプロジェクト(NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」の一部です。RNA BibliographyではRNAに関する文献情報を収集しています。キーワード検索により目的の文献の書誌情報やアブストラクトを閲覧することが可能です。
RNA Bibliography is a searchable database of over 30,000 articles pertaining to RNA.

Project Specific Custom Tracks - ncRNA.org
機能性RNAプロジェクト (NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」の一部です。miRNAなどの既知RNA配列をヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエのゲノムにマップしたトラック、ncRNA予測のトラック、miRNAターゲット予測領域のトラックなどのデータベースです。
This is a database of genome browser tracks relevant to RNA. The database consists of a list of RNA tracks that can be accessed by the UCSC genome browser and provides statistics and details for each track in human, mouse, rat, and Drosophila genomes.

Glaxo Wellcome, Inc.
Neal's DNA Mutation Site
Neal's DNA Mutation site is a resource for mutations in a select number of genes. The database contains information on characterized mutations of the human HPRT and p53 genes as well as bacterial lacZ and lacI genes. Software for mutation spectra analysis and a relational database are also available.
遺伝子導入された微生物lacI遺伝子、ヒトp53遺伝子、ヒトhprt遺伝子、遺伝子導入lacZ遺伝子の変異情報が掲載されており、その解析に使われるツールも使用することができます。

Neuraminidase Structure DB
抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAMS（ファムス）を用いました。インフルエンザウイルスの増殖にはウイルス由来のノイラミニダーゼと呼ばれるタンパク質が必須であり、特に全世界での新型インフルエンザの流行の可能性という緊急性から、その情報を全て公開することにしました。ノイラミニダーゼは9種類（N1～N9）の亜型に分類されますが、データベースには全種類含まれており、立体構造モデル数は1603件です。
Neuraminidase Structure DB is a database of the predicted three-dimensional structures of neuraminidase which is a target protein for the development of anti-influenza drugs. This database contains information on predicted three-dimensional structures of neuraminidase, which are predicted with homology modeling method of Full Automatic Modeling System (FAM; a system developed by Dr. Umeyama, Senior Visiting Scientist at RIKEN/Professor at Kitasato University). Neuraminidases are classified into 9 subtypes (N1 to N9). The database provides 1603 three-dimensional models of all subtypes of the protein.

NIJC
Neuroinformatics Japan Center
神経情報基盤センター(Neuroinformatics Japan Center、略称：NIJC)は、OECD国際協力に基づくニューロインフォマティクス日本ノードとして、日本におけるニューロインフォマティクスの情報集積拠点となるべく、国立研究開発法人理化学研究所・脳科学総合研究センター内に設立されました。ニューロインフォマティクスは脳神経科学と情報科学・技術の接点であり、その目的はデータの共有、データ解析ツールの開発、脳の計算論モデルの開発などから成る新しい分野です。センターでは、脳科学に関するデータベースの構築・運用を支援するとともに、データベースやニューロインフォマティクス情報へのポータルサイトを運用し、脳科学研究の情報、ニューロインフォマティクス情報の流通基盤を整備します。また、データベース開発、データベース間連携、情報流通に関する技術開発も行います。
NIJC is a repository for neuroinformatics; neuroscience and information science maintained by RIKEN Brain Science Institute (RIKEN BSI). This repository consists of documents and links related to neuroinformatics. Some documents are only available in Japanese. Users can search within the website by keywords, and download document flies.

New Natural Compounds purified in RIKEN (Antibiotics Lab and Chemical Biology Research Group)
New Natural Compounds purified in RIKEN is a database of new compounds isolated from microorganisms in the Antibiotics Laboratory and Chemical Biology Research Group, RIKEN. Each entry contains a name, chemical formula, producing organism (the scientific name), biological activity, abstract and references of a new compound. Users can search compounds by keywords from those items.
理化学研究所（長田抗生物質研究室、ケミカルバイオロジー研究グループ）で精製された新規天然化合物一覧です。化合物名、生物活性、産生生物、参考文献、化学構造が収録されています。

NEXTDB
The Nematode Expression Pattern DataBase
線虫（Caenorhabditis elegans）の発現パターンマップをEST解析およびWISH（組織や個体全体に対する ISH）により構築し、公開しています。他に、発生各期におけるISH画像やcDNAクローンの塩基配列、ホモロジー検索の結果が利用可能です。
NEXTDB is a database of nematode expression data. The database contains EST information as well as images from in situ hybridization. Maps of genetic entities, images of hybridizations, sequences, and homology search are available, as is a list of RNAi phenotypes.

NIG Mouse Genome Database
MSM/Ms近交系マウスに特化した染色体、遺伝子、BAC Cloneに関する情報を提供しているサイトです。このマウスは日本で樹立された系統で、研究で用いられている亜種に３種類あり、そのうちのMUSという亜種から作成された系統です。
This mouse genome database contains a browser that allows users to investigate the mouse genome chromosome by chromosome, and further links to the genes on each chromosome. gene details and BAC mapping tools are also available. Bulk data is available for download.

NIG Mouse Phenotype Database
染色体提供としてMSM/Ms系統種、宿主系統種としてC57BL/6Jを用いconsomic（遺伝的背景が同一の）系統を作成し、それらの系統からComplex Traitに重きを置いた表現系情報を収集しており、現在も継続して進められています。
This is a database of mouse phenotypes with phenotype information of mutants from a Mus molossinus cross. Physiological and behavior phenotypes have been evaluated in different crosses and can be browsed and downloaded.

Nocardia farcinica Genome Project Page
This is the genome database for Nocardia species, which can cause nocardosis in humans. The database contains browsable genome content of several Nocardia strains and related species, a genome browser, and lists of genes in several functional categories. The process of sequencing is also detailed. External links to related resources are provided.
病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタンパク遺伝子、リボソームRNA遺伝子、tRNA遺伝子などを閲覧できます。

Poznan University
Noncoding RNA database
非コードRNAの配列と機能に関する情報を収集したデータベースです。真正細菌、古細菌、真核生物の99生物種について30,000以上の配列が登録されています。配列情報はGenBank、アノテーション情報はFANTOM3（マウス）、H-inviational Integrated Database（ヒト）、ゲノムマッピング情報はUCSCゲノムブラウザを用いています。細菌由来の低分子量細胞質RNA（scRNA）の配列とアノテーションはRfamデータベースを用いています。 microRNA、snoRNAや、rRNA、tRNA、snRNA、SPR RNAのようなハウスキーピングRNAについては収録していませんが、他のデータベースへのリンクがあります。
This database is a collection of information associated with the sequence and function of non-coding RNA. There are over 30,000 sequences spanning a total of 99 species from Bacteria, Archaea, and Eukaryota. Sequence information is obtained from GenBank, annotations are obtained from FANTOM3 (mouse) and H-invitational Integrated Database (humans), while the genome mapping information uses the UCSC genome browser. The sequences and annotations of small cytoplasmic RNAs from bacteria is obtained from the Rfam database. This database does not include microRNA, snoRNA, and housekeeping RNAs such as rRNA, tRNA, snRNA, and SPR RNA.

University of California, San Francisco, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
NucleaRDB
information system for Nuclear Receptors
核内受容体に関する情報を提供しているサイトです。受容体タンパク質の配列情報、配列アラインメント情報、構造情報として、２次元情報やPDBへのリンク、NRSAS (Nuclear Receptor Structure Analysis Server)へのリンク、その他、変異情報や核内受容体遺伝子の染色体上における位置、受容体結合に関する情報も掲載されています。
NucleaRDB is a database of nuclear hormone receptors. The database contains gene and protein sequence, mutation, and ligand binding information. Users can search or browse receptors by family or structure. BLAST search and an alignment builidng tool are also available.

Nucleotide
Nucleotide is a database of nucleic acid sequences. The database contains sequence entities from a variety of sources covering hundreds of organisms. The major resources GenBank and RefSeq repositories are both available through Nucleotide. Users can submit nucleotide sequences and data is available for download.
国際塩基配列データベースであるGenBank、EMBL、DDBJ の配列データを収録しています。NCGR（National Center for Genome Resources）が提供しているゲノム配列データベース（GSDB）の配列データや、米国特許商標庁（USPTO）および他の国々の特許庁の国際的なデータベースで公開されている特許配列も含まれます。

O-GlycBase
O- and C-glycosylated proteins database
O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベースです。各エントリには配列の他、グリカンの種類、O-リンクするSer, Thrの位置、N-リンクするAsnの位置、C-リンクするTrpの位置、生物種、文献情報が記述されています。
O-GlycBase is a database of glycosylated proteins. The database contains over two hundred entries of known O- and C-glycosylated proteins. Users can download redundant or unique files of glycosylated proteins.

創価大学
Soka University
OLIGAMI
Oligomer Architecture and Molecular Interface
OLIGAMI is a database of protein structure information emphasizing quaternary structure. The database contains curated structure entries that can be browsed by SCOP hierarchy. Searches are also available by PDB or keyword. Results are visualized in a 3D Jmol applet and coordinates can be downloaded.
生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行っており、SCOPの階層構造に従ってまとめられています。

OmicBrowse
ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまなアノテーション情報に関する多数のデータベース群を同時に検索して、その結果を可視化する機能を持ちます。データサーバーとビューアーから構成されており、データサーバーは強力なデータ統合機能と豊富な拡張性を持ち、ビューアーは表示範囲に限界がないという特徴があります。データが多い場合でも統計的な指標を瞬時に計算して表示することができ、そこからキーワードで重要な遺伝子を絞り込むことにより、病気の原因遺伝子を探索するなどの作業が大幅に効率化されます。

OmicScan (Integrating MEDLINE and Omics Database)
MEDLINE、OMIM、PPI等の文献情報とオントロジーを関連付けたデータベースです。ヒト、マウス、ラット、線虫、シロイヌナズナの生物種のデータがあります。文献、遺伝子、疾患名、代謝名、変異、局在、薬物名等に関してキーワード検索が可能です。

University of Aberdeen Foresterhill
OriDB
DNA Replication Origin Database
OriDB is a database of budding yeast origins of replication. The database contains validated origins and links to studies predicting and confirming the sites. The sites are listed by location, and maps and other site-specific information are available.

出芽酵母の複製起点(ori)に関する提供者の情報をまとめて公開しているサイトです。各複製起点の情報確度、染色体上の位置が示されており、キーワード検索も可能です。
現在は運用を終了しています。後継サイトとして、出芽酵母 (Saccharomyces cerevisiae) についての情報をまとめたS. cerevisiae OriDB (http://cerevisiae.oridb.org/) と、パン酵母 (Schizosaccharomyces pombe) についての情報をまとめた S. pombe OriDB (http://pombe.oridb.org/) の2つが公開されています。

The European Bioinformatics Institute
PANDIT
Protein and Associated Nucleotide Domains with Inferred Trees
Pfam databaseを基にしたアミノ酸配列、塩基配列のアラインメント情報をまとめたもの、多くのタンパクで共通しているドメインの進化系統樹情報を提供しているサイトです。 2005年9月以降データは更新されていませんが、データのブラウズ、ダウンロードが継続して行えるように運用されています。
PANDIT is a database of protein domain conservation and relationship information. The database contains phylogenic trees of proteins indicating the degree of similarity between domains of evolutionarily related proteins represented in the Pfam database. Raw data for all phylogenies can be downloaded.

Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
Pathguide
Pathway resource list
約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー（タンパク質-タンパク質相互作用、代謝パスウエイ、シグナルパスウエイ、パスウエイダイアグラム、転写因子・遺伝子制御ネットワーク、タンパク質-化合物相互作用、遺伝子相互作用ネットワーク、タンパク質配列、その他）に分類されています。
Pathguide is a database of biological pathways. The database contains information on hundreds of pathways including metabolic and signaling pathways as well as protein-protein and gene regulatory networks. The website collects information from several other web resources and formats. Users can search by organism, availability, and data standard, and links are provided to the constituent databases.

病理コア画像
Pathology Core Pictures
主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。２４の臓器等に分類された目次から目的の画像を閲覧することができ、さらに画像を自由にダウンロードすることも可能です (商用利用の際には申請が必要です）。現在は第２版改訂版を公開しています。以前は「病理各論コア画像 (Pathology Core Pictures)」として公開されていました。
社団法人日本病理学会

Centre for Molecular Medicine and Therapeutic
PAZAR
A Public Database of Transcription Factor and Regulatory Sequence Annotation
PAZAR is a database of regulatory sequence information, including information about transcription factors. The database contains information collected from dozens of published studies of gene regulatory information. Users can search by transcription factor, target gene, or regulatory sequence of interest as well as browse by gene or study.
転写因子と転写制御配列のデータベースです。キーワード検索が可能です。またプロジェクトで生産されたデータの投稿が可能です。

PDB-REPRDB
代表タンパク質チェイン決定システム
Representative protein chains from PDB
PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提供するデータベースです。また、SCOP の分類をもとに、coiled coil proteins とpeptides のチェインは分類対象から除くものとします。
The site contains the same data as the Protein Data Bank (PDB). The information has however been reorganized to form two lists, one of 1746 membrane protein chains and another containing the full complement (145181) of protein chains, including those on the first list. The links to both these lists were tested and found functional.

PDBe
Protein Data Bank Europe
欧州蛋白質構造データバンク（PDBe: Protein Data Bank Europe)は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体(RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク(BMRB)、および日本蛋白質構造データバンク（PDBj)はと協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。
PDBe is a database of protein structures. The database is the European resource for the Protein Databank and contains molecular structure coordinates and visualizations of thousands of proteins. Users can search for entries, browse by several curated categories, submit structures, and download coordinate data.

Institute for Systems Biology, University of Cambridge
PDDB
Prion Disease Database
プリオン病研究に特化したデータを扱っているデータベースです。このサイトではプリオン病研究を行っている研究者に、解析、データの投稿、共有を他の研究者と行うことができるようにすることを目的にしています。
PDDB is a database of prion disease research. The database contains a variety of information pertaining to understanding prion diseases, from histological images of prion disease-affected brains to gene expresion and networks. gene expression data are available for download.

PEDB
Mammalian Promoter/Enhancer Database
保存されているnon-coding領域転写開始領域、転写因子結合領域の情報を統合した、哺乳類のプロモーター/エンハンサーデータベースを提供しているサイトです。Gene SymbolやRefSeqID、Functionなどのキーワードで検索することが可能で、動物種はヒト、マウス、ラットです。
PEDB is a database of mammalian promoters and enhancers. The database contains information regarding the sequence and location of transcriptional regulatory elements as determined by conservation and other computational analysis in humans, mice, and rats. Users can search for genes or gene functions.

Prostate Expression Database
PEDB is a database of gene expression and related information specific to prostate cells. The database contains several prostate tissue data sets in both humans and mice. Users can search by gene, experiment, or BLAST search and explore expression with several other tools.
前立腺での遺伝子発現に関するデータを集めたデータベースです。EST配列、cDNAライブラリに関する情報、マイクロアレイデータ等を提供しています。

Peptidome - NCBI
タンデム型質量分析器測定で得られたペプチドやタンパク質同定データを蓄積している公共データベースです。イオン化方法や同定エンジン、修飾情報等、同定時のパラメータや生データを取得することができ、それらのキーワードを用いて実験の検索も可能です。なお現在はサイト運用を終了しており、過去のデータはftpサイト (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/peptidome/ )から取得可能です。

Petri Net Pathways

Petri Net Pathways is a database containing models of animated biological pathways.
They are also explained in detail.
The pathways available are EGFR, GPCR, PIP, Ca-signaling, MAPK, transcriptional reactions, GTPase, PKA and endocytosis.
The pathways are accessible from the main body of the homepage and they can be downloaded from there.

ビジュアルな例を通して、ペトリネットによる生命パスウェイの構築方法を理解することができます。現在はシグナル伝達経路だけですが、代謝経路、遺伝子ネットワークなど追加される予定です。

帝京大学 医真菌研究センター
Teikyo University Institute of Medical Mycology
PFDB
Pathogenic Fungi Database
Pathogenic Fungi Database (病原真菌データベース)
病原真菌データベース(PFDB)は、病原真菌の研究と教育のために利用できる画像とデータを公開しています。データベースの内容は、起因菌別あるいは疾患別に整理した病原真菌、および病理、臨床画像をメインに構成しました。
PFDB is a database of research and educational resources related to pathogenic fungi. This database contains lists of pathogenic fungi (yeasts and molds), mycoses and media. Users need a password to read detailed disease pages.

University hospital Medical Information Network
PicSNP
A Catalog of Non-Synonymous SNP
ヒトの非同義置換（アミノ酸置換をともなう）SNP (Non-synonymous SNP; nsSNP)を収集したデータベースです。nsSNPは遺伝子の機能に従って分類し、タンパク質機能の階層分類リストガイダンスによる検索を可能にしました。また、既知のタンパク質の活性部位およびドメインにおいてアミノ酸変化を引き起こすnsSNPに注目しました。
PicSNP is a database of single nucleotide mutations in the human genome that collects non-synonymous mutations from draft versions of the genome on GenBank. Users can locate SNPs by gene or by annotation.

Beijing Genomics Institute
PigGIS
Pig Genomics Informatics System
配列の判明している領域における豚の遺伝子アノテーションを正確に提供しているサイトです。Sino-Danish Pig Genome Projectで得られたWGSデータ、ESTデータGenbankのデータを統合しています。配列データだけでなく、SNPデータも公開しており、さらに欠損変異を解析する「SIFT」も近日公開予定です。
PigGIS is a database of the pig genome that allows users to browse and search the genome, providing several browsing options as well as search functions, including BLAST. Data are also available for download.

PiSITE
Database of Protein interaction SITEs
タンパク質立体構造データベースPDBを利用して、タンパク質複合体の相互作用部位を網羅的に集めたデータベースです。相互作用部位を集める際に、異なる複数のタンパク質と相互作用出来るタンパク質の相互作用部位を同時に考慮している点が特徴です。また副産物として、多くの異なるタンパク質と一時的な相互作用することが出来るSociable proteinのリストも提供しています。
PiSITE is a database of protein interaction domain information containing protein structures annotated with known and predicted protein interaction sites, determined by interaction sites in PDB structures. In addition to interaction sites, users can also obtain interaction information on interaction partners. Java is required to view structures.

Plant Repeat Databases
12種類の植物の反復配列データベースを提供しているサイトです。各配列に含まれている反復配列は配列や構造の類似性を基にsuper-class, class, subclassに分類されています。主に塩基配列をBLASTにかけることで検索することができます。
Plant Repeat Databases is a collection of DNA sequence repeats found in plants. The database consists of annotated repeat sequences determined by sequence analysis of completed plant genome projects. Repeats are separated into classes and given a unique code. Users can search sequences or download repeat subsets.

The University of Tennessee Health Science Center
PolymiRTS
Polymorphism in microRNA Target Site
PolymiRTS is a database of DNA variations which occur naturally in predicted and experimentally identified microRNA (miRNA) target sites. It provides links between SNPs in miRNA target sites, cis-acting expression quantitative trait loci (eQTLs), and the results of genome-wide association studies (GWAS) of human diseases. Data are created by scanning 3'UTRs of mRNAs in human and mouse for SNPs in miRNA target sites, and identifying the potential downstream effects of these polymorphisms on gene expression and complex traits. This database also includes polymorphisms in target sites that have been supported by a variety of experimental methods and polymorphisms in miRNA seed regions.
microRNA(miRNA)のTargetSiteのDNA自然変異に関する情報を集めているデータベースです。miRNA Target siteの変異により、遺伝子発現に影響を及ぼすことがあります。SNPID,miRID,GeneID,GeneSymbol, Gene Description, Phenotypeなどで検索することができ、入力例も用意されています。GeneIDにいくつのmiRNAが関与していて、miRNA Target siteの変異がいくつ報告されているかという一覧も見ることができます。

Poplar Full-Length Clone Database Search
森林総合研究所から寄託を受けたポプラ完全長cDNAクローンのキーワード検索が可能です。キーワードには、リソース番号、NCBI Accession Number、clone nameを指定することが可能です。
This is a database of Poplar cDNA clones with 5' and 3' sequence information for each clone. Users can search by gene or clone information, or locate clones by BLAST search.

Popset
Popset is a database of collected sequences which have been used to determine phylogenetic relation amongst individuals in a sample. Data sets can include individuals of any relation, from the same species to millions of years of evolutionary separation. Users can submit datasets and download via FTP.
ある集団の進化的関係を解析するために集められたDNA配列のセットを収録しています。集団は同一生物種の個体で構成されている場合と、異なる種の個体で構成されている場合があります。各エントリーの配列セットでアライメントすることもできます。

Porphyra yezoensis (susabinori) EST dataset
This is a database of Porphyra yezoensis expressed sequences containing consensus gene sequences and EST reads that allows for BLAST and keyword search. Data are available for download.
かずさDNA研究所で決定したスサビノリのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。

PosMed
Positional MEDLINE
任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を検索・推論し、そのオリジナル論文とともに出力します。まず、最初に指定キーワードをMEDLINEなどの文献データベースから全文検索し、次にヒットしたドキュメントに有意に現れる遺伝子・シンボルを取り出し、統計的に検定してランク付けします。さらに、OmicsSpace中の生体内相互作用の情報を参照してキー遺伝子に関連する遺伝子を探索し、それに対応する情報（オリジナル論文を含む）も出力します。詳細情報の表示にはOmicBrowseを使用します。
PosMed is a database connecting data of several types, with information about associations between genes, metabolites, diseases, and other biological categories. Users can search for any category type to explore connections. Data is collected from literature and web resources and semantically connected.

PPI view
Protein-Protein Interaction viewer
This website shows how different human proteins interact with one another. Information on 32,198 human protein interactions is available. A search function, where keywords, H-InvDB IDs, or accession numbers of the researched proteins need to be entered, is provided.
PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の割り当てを行いました。

PSC-RIKEN Database of EST/Gene Expression
This database contains information on the way genes are expressed in plants like Zinnia elegans and also its EST's. This information was collected by applying a tool called Silicon genetics (genet). It is planned to add the same data for other organisms, for instance Arabidopsis, Lotus japonica and BY-2 in the future. A Blast search option is provided.
ヒャクニチソウ(Zinnia elegans)の遺伝子発現をESTおよびマイクロアレイで解析した結果が掲載されています。ESTは各配列によるBLASTX検索結果が併記されています。また、マイクロアレイ解析結果はGeNetシステム経由でのみアクセス可能です。

PRIGEN
PRImate GENes
チンパンジーの脳や皮膚、上皮組織を材料に作成した全長cDNAライブラリーについて5' ESTを決定、その一部の全長配列を解読しデータベース化しています。現在、14,004の5'EST配列を格納しています。
PRIGEN is a database of chimpanzee cDNA sequences. The database contains sequences from several tissues annotated by comparison to human transcripts. Users can search by keyword or BLAST, and bulk download is available.

PRIMe
Platform for RIKEN Metabolomics
PRIMe is a database of metabolomics and transcriptomics with several tools for metabolomic research, primarily centered around MS measurements. Metabolic profiles are also correlated with gene expression profiles, and data is available for download.

メタボロームやトランスクリプトームを研究するためのプラットフォームを提供するポータルサイトです。クロマトグラフィー／マススペクトロメトリーの様々なタイプに対応するツール、マススペクトロメトリーにより得られたデータセット、メタボロミクスシステムの予測、モデリング、解析に用いるウェブベースのプラットフォーム、シロイヌナズナ変異体の代謝機能同定結果など、多くのツールやデータが収録されています。
PRIMeLink（http://spectra.psc.riken.jp/menta.cgi/primelink/index ）を利用するとPRIMe内の横断的な検索が可能です。

PRIMe - SpinAssign
Platform for RIKEN Metabolomics - SpinAssign
メタボロミクスにおいて2次元NMRは新しいアプローチです。そのため、スペクトルの測定から物質を帰属する流れは確立されていません。SpinAssignでは、標準化合物の2次元NMRスペクトルデータベースに対し、ピーク値によって検索する手法を開発し、ウェブアプリケーションとして提供しています。
SpinAssign is a tool for annotating 2D 13C-HSQC NMR peaks. The site allows users to input peaks that are then interpreted and identified to their originating metabolite. The annotations are based on previous standardized spectroscopic measurements. Users can specify tolerances for the identification algorithm.

PRIMe - Standard Spectrum Search
Platform for RIKEN Metabolomics - Standard Spectrum Search
PRIMeプロジェクトで分析された標準化合物を検索するウェブアプリケーションです。Standard Spectrum Searchでは、PRIMeプロジェクトで測定されている標準化合物を化合物名またはPubChem CompoundID、KEGG ID、組成式で検索することができます。スペクトルデータは、質量分析の場合はMassBank.jp上で、NMR分析の場合はPRIMe上で閲覧することができます。
Standard Spectrum Search is a database of metabolite NMR spectra. The database consists of dozens of spectra and is designed to aid users in metabolomic experiments. Users can search for compound name, KEGG ID, PubChem ID, or formula, and retrieve spectral peaks under various conditions.

Goteborgs universitet
Sweden
スウェーデン
PROPHECY
PROfiling of PHEnotypic Characteristics in Yeast
遺伝子欠損出芽酵母のコレクションの表現系について定量的な情報を提供しているサイトです。成長速度、成長効率、適応時間（成長を始めるまでの時間）を用いて表現系を定量化しています。
PROPHECY is a database of mutant yeast phenotypes. The database contains information on the growth rate of hundreds of mutants including several different growth metrics in multiple environmental conditions. Users can query by experiment or perform searches for genes of interest.

Protein
Protein is a database of amino acid sequnces. The database contains experimentally determined sequences as well as computational translations from annotated expressed sequences. Records are collected from several major databases including SwissProt and PDB. Users can submit protein sequences and download via FTP.
GenBank、EMBL、DDBJの核酸配列から翻訳したコード領域のアミノ酸配列と、PIR（Protein Information Resource）、SWISS-PROT、PRF (Protein Research Foundation)、PDB (Protein Data Bank) に登録されているタンパク質配列（既知配列）を収録しています。

Protein Cluster
アミノ酸配列の類似度やタンパク質の機能でグルーピングされたRefSeqタンパク(Cluster)を検索するサイトです。BLASTで得られたScoreを基に自動的にグルーピングされ、後に機能詳細などの情報が手動で付与されます。
Protein Clusters is a database of related protein families. The database contains clustered protein families across all kingdoms of life, grouped by sequence and structural similarity. Clusters are determined by BLAST similarity of protein sequences in the Refseq genome database. Users can download via FTP.

Simon Fraser University
Pseudomonas Genome Database V2
Pseudomonas Genome Database is a resource for the completed genome projects of several Pseudomonas species. The database contains the complete genome sequence of dozens of strains. Users can search or use comparative tools, and sequences are available for download.
シュードモナスゲノムに関するデータを集めているデータベースで、緑膿菌の一種、PAO1株のゲノムに対するアノテーションが付与されています。それ以外にもシュードモナス属の各種株の情報を閲覧することができます。ゲノムで確認されているCDS,ncRN, rRNAなどのかず、全ゲノムのタンパク質の細胞内位置なども閲覧することができます。

PTM-Switchboard
PTM-Switchboard is a database of known cases of TF-PTMs affecting gene transcriptions. This database contains triplets of genes as a primary data type about the model organism S. cerevisiae (budding yeast). PTM-Switchboard stores triplets of genes as a primary data type such that the ability of one gene (the TF) to regulate a target gene is dependent on a third gene (the modifying enzyme). Currently, this database is populated with experimentally characterized examples of the Modifier-Transcription Factor-gene (MFG) triplets manually curated from the literature. Furthermore, it provides a framework for searching and analyzing the data, and also serve to benchmark computational methods for identifying novel MFG triplets. The entire 'Gold Set' of fully characterized and experimentally validated MFG triplets is available for download in a simple tab-delimited text format.
通常のパスウェイデータベースと異なり、出芽酵母の3つの遺伝子の情報を１つのかたまり(MFG triplet)としてみなして文献から情報を収集してデータベースを構築しています。文献からの情報はどのレベルで確かめられているかの情報も持ち合わせています。また新しいMFG Tripletを特定する方法を計測する機能も提供しています。

PubChem BioAssay
PubChem BioAssay is a database of the biological activity characteristics of various PubChem substances. The database contains readouts and descriptions of experiments analyzing a number of compounds. Users can submit results and download via FTP.
化合物を用いた実験結果を参照できるサービスです。どの様な目的で行った実験か、どの様なデータを取得したか、用いた複数の化合物データがPubChemIDと結びついて閲覧することができます。使用した化合物数とともに、活性・不活性となった数も閲覧することができます。

PubChem Compound
PubChem Compound is a database of chemical structrues of validated small molecules. The dataase contains entries for PubChem entities which are grouped by structural identity and similarity. Users can submit compounds and download via FTP.
化合物名や分子量、CompoundIDなどで化合物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も可能です。

PubChem Substance
PubChem Substance is a database of samples of chemical entities which links to the biological activity of those samples in PubChem BioAssay. The database contains structural information on substances with links to further information in cases where the substance has been more fully characterized.
薬物名や分子量、SubstanceIDやCompoundIDなどで薬物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も可能です。

Consorzio interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo Per Universita e Ricerca / CASPUR
Radiation Gene
Database of genes transcriptionally modulated by ionizing radiation in mammalian cells
哺乳類の細胞を用いて電離放射線による転写の影響を測定したマイクロアレイデータを公共リポジトリや文献から収集し、データベース化しています。遺伝子名や放射線の種類、時間や量、生物種、細胞の種類などの条件で絞り込んだデータについてヒートマップ表示やクラスター解析ができます。
Radiation genes is a database of genes whose transcription varies in response to ionizing radiation. The database contains gene expression microarray data from published papers wherein mammalian cells are exposed to radiation. Users can submit or search data by gene, organism, cell type, and several experimental parameters.

RAPID
RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database
RAPID is a database of Arabidopsis phenotypes resulting from transposition events. Users can search the database for phenotypes of interest, including images of mutant plants.
理研植物科学研究センターで作製したシロイヌナズナトランスポゾンタグラインのデータベースです。Line Codeをキーにした検索と、表現型を選択することによる検索が可能です。Line Codeの一覧も表示できます。

Resource of Asian Primary Immunodeficiency Diseases
RAPID is a database of mutations leading to immunodeficiency diseases. It has gene and protein information on causative mutations and associated information about gene expression, protein structure, and phenotypes relating to IDs. Tools are also available to predict how mutations affect protein structures, and to explore potentially causative mutations.
アジアの原発性免疫不全症の問題の解決を目指した情報基盤リソースです。アジアでの研究者、臨床家と連携し、情報や技術を共有し、より有効な診断治療の確立を目指しています。インドのバイオインフォマティクス研究所と共同で構築し、公開しています。DNA配列、アミノ酸配列、タンパク質間相互作用、遺伝子発現情報など様々な情報を提供しています。

RARTF
RIKEN Arabidopsis Transcription Factor database
PSI-BLAST検索により検出されたシロイヌナズナの全転写因子1,978件と転写因子ファミリーの情報を扱うデータベースです。完全長cDNA配列、Ds-tagged 変異体、ファミリー間のマルチプルシークエンスアライメント、系統樹、機能モチーフなどが収録されています。
RARTF is a database of Arabidopsis transcription factors grouped into families listed on the front page. After selecting a family, users can then explore transcription factors in that group. Sequence, results of family-specific BLAST, and protein motif displays are available for each TF.

REBASE
The Restriction Enzyme Database
制限酵素と関連するタンパク質に関する情報を収集したデータベースです。制限酵素の認識サイトや切断サイト、同一の塩基配列を認識するイソ制限酵素、入手先、メチル化感受性、文献情報などが収録されています。DNAメチルトランスフェラーゼやホーミングエンドヌクレアーゼ、DNAエンドヌクレアーゼ、特異的サブユニットなどのデータも含まれています。
REBASE is a database of restriction enzymes. The database contains entries by publication authors, and the database can be searched by identifiers such as name and number. Tools for digests and comparison of sequences are provided.

University College Cork
Ireland
アイルランド
Recode v.2.0
Recode v. 2.0
Database of translational recoding events
Recode2 is a database about genes which utilize non-standard translation for gene expression purposes. It contains information of recoding events such as programmed ribosomal frameshifting, translational bypassing (aka hopping) and mRNA specific codon redefinition. The sequences of the genes that use recoding for their expression are also included in this database. In this database, the recoding sites and the known stimulatory signals are annotated together with notes on factors that are known to affect recoding efficiencies. Each entry is downloadable in RecodeML format. The entire database is available in SQL format for an easy integration.
Recodingとは、塩基配列を通常の規則に沿わないで読み取ることを指します。Recodingが起こることにより、セレノシステインが挿入されたり、停止コドンが無視されたりなどの現象が起こります。これらの情報は通常の遺伝子に対するアノテーションに比較して遅れており、この「Recoding」に関する正確な情報を提供するためのサービスです。

RVD
The Recombinant Virus Database
RVD is a database of sequence and functional information about recombinant viruses generated, in part, to understand gene expression and function. Viruses are classified by type and all viruses in the database can be browsed and searched by sequence or keyword.
理研バイオリソースセンター遺伝子材料開発室で収集している組換えレトロウイルス、組換えアデノウイルス、DNAクローンのデータベースです。組換えアデノウイルスは、研究で実際に使用されたクローンならびに当開発室で独自に開発したクローンを収集しており、他にはないユニークなものが多数あります。STSマーカー情報や標準操作手順書も掲載されています。

RED II
Rice Expression Database II
イネウィルストランスクリプトームプロジェクト（2007年～）において得られた、9種類のイネウイルスに感染させたイネの遺伝子発現データを収録したデータベースです。マイクロアレイは、Agilentカスタムアレイ（44k 60mer oligo-based microarray system) を用いています。

RefDIC
Reference Database of Immune Cells
RefDIC is a database of immune cell gene expression information with data from mRNA expression experiments on several cell types, and particular focus on immunologically relevant cells. In addition to expression profiles, several tools are available to aid in characterization and functional annotation.
代表的な免疫関連細胞の標準的な状態（無刺激、もしくはごく一般的な刺激後）のmRNAプロファイル、タンパク質定量プロファイルデータを閲覧、ダウンロード、解析できるデータベースです。測定プラットフォームは、Affymetrix GeneChip、Luminex、二次元電気泳動です。

Lawrence Berkeley National Laboratory
RegTransBase
A curated database of regulatory interactions in Prokaryotes
RegTransBase is a database of regulatory regions in prokaryotes. The database contains two sets of data, one collected from the literature and one carefully manually currated. Users can browse by categories including taxa, phenotype, or technique, or search by gene, effector, or full text. Several annotation databases are available for download.
原核生物の転写制御について、文献情報を基に手作業でキュレートした転写制御相互作用情報と転写因子結合サイト情報、検証に用いた実験情報を提供しています。遺伝子名や制御因子名、エフェクター、その他フリーワードによる検索が可能です。

Rfam
RNA family database
構造RNAの配列ファミリーを収録したデータベースです。RNAファミリーは、非コードRNA遺伝子、シス制御エレメント、自己スプライシングRNAの3つに分類され、保存された二次構造を持つことが知られています。現在、1,446のファミリーが登録されており、ファミリーごとに、概要、配列、マルチプルアライメント、二次構造、文献、キュレーション情報が表示されます。概要はWiki方式による編集も可能です。
Rfam is a database of RNA sequence and structure families. The database contains information on families and sequences of constituent members which can be searched by keyword or taxonomy. Data can also be downloaded via FTP.

RIKEN ENU-based gene-driven mutagenesis
RIKEN ENU-based gene-driven mutagenesis system
RIKEN ENU-based gene-driven mutagenesis is a collection of information on the ENU-based gene-driven mutagenesis system and ENU mutant mice resources. This site contains the target gene list of the ENU-based gene-driven mutagenesis. The list includes gene names, locations of target genes and availability of mutant strains. Users can request resources to send the applicaition form by courier.
理研ENU-based gene-driven mutagenesis system (RGDMS)は次世代版ジーンターゲッティングシステムとして一般に公開しています。新規変異マウス研究開発チームは、RGDMSを主要な業務活動のひとつとして変異マウス系統を提供してきました（ENU変異系統マウスは、遺伝子組換えマウスではありません）。RGDMSは2000-2008年に理研ゲノム総合科学研究センター個体遺伝情報研究チームによって開発されたもので、2008年以降は理研バイオリソースセンターにおいて、誰でも利用可能な「次世代版ジーンターゲッティングシステム」として利用の公開と、マウスリソースの開発、提供が促進されています。ユーザが希望している標的遺伝子は「現在の標的遺伝子リスト」から公開しています。申し込まれた標的遺伝子につき、年間100～150系統の点突然変異マウス系統を提供することができます。一般に公開されている系統は「公開中のENU変異マウス系統」から確認することができます。入手希望の場合は、BRC実験動物開発室から分与いたします。

Rhodococcus Genome Project
Rhodococcus genome Project
PCB分解微生物Rhodococcus sp.のRHA1株について、ゲノムDNA配列やアノテーション結果を提供しています。BLAST検索やゲノムブラウザの利用も可能です。
Rhodococcus Genome Project is the genome database for a bacteria which can break down polychlorinated biphenyls. The site includes a genome browser, BLAST search, and sequence retreival tools. Genome and other sequence data is available for download.

Rice Full-Length cDNA Encyclopedia DNABook
イネ完全長cDNA約3万2千個を収録したDNAブックです。農業生物資源研究所の所有する約3万2千個のイネcDNAをより一層有効活用する手段の1つとして、1冊の本の中にそれらの全cDNAを貼付けた書籍タイプのDNAブックを作製しました。新たな方法でのクローン提供が可能となることから、穀類ゲノム研究をはじめ植物生命科学研究への貢献が期待されます。

RIKEN Arabidopsis Activation tagging line
This database of Arabidopsis mutant lines contains several hundred mutant T1 lines with visible phenotypes produced by activation tagging. Users can order seeds of interest.

このデータベースは、約500のシロイヌナズナ形態的変異株についての形質とT-DNA挿入部位のゲノムDNA配列について記載されたものです。
アクティベーションタギング法によりシロイヌナズナの突然変異体（gain-of-function型）約50,000ラインが作成され、形質観察が行われています。
2015年6月にSciNeSから理研メタデータベースの下に移行しました。

RIKEN BRC
RIKEN BRCのバイオリソース
RIKEN BioResource Center
RIKEN BRC is a portal site for biological resources and associated bioinformatics tools maintained by RIKEN. RIKEN BRC contains catalogs and search systems for experimental animals, plants, cultured cell lines and DNA materials. Users can search available resources from the website of each search system or catalog.
マウスを中心とした実験動物、シロイヌナズナを中心とした実験植物、ヒトや動物の細胞材料、微生物・動物・ヒト由来DNA等の遺伝子材料、微生物材料等、ライフサイエンス研究の発展に 不可欠なバイオリソースを収集し、リソースの所在・特性に関する情報環境を整備するとともに、リソースを高度な品質管理の下に増殖・保存し、国内外の研究者等に提供する「世界最高水準の研究基盤」を整備しています。トップページに各リソース配布先のリンクが存在します。

RIKEN BRC Arabidopsis activation (T-DNA)-tagged lines
Arabidopsis activation (T-DNA)-tagged lines
シロイヌナズナのアクティベーションタグラインは、理研バイオリソースセンター（BRC）または理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異探索研究チームにおいて、Dr. Waldenらが作成したT-DNA ベクター、pPCVICEn4HPTをAgrobacteriumの系を用いて野生株（Col-0）に導入することにより作成されました。本ラインの特徴は、T-DNAの挿入による遺伝子破壊とともにT-DNA中に存在するエンハンサーの効果により近傍遺伝子の過剰発現効果が期待できることにあります。本ラインはスクリーニングに供することを前提として種子プールの形で提供されます。
Arabidopsis activation (T-DNA)-tagged lines is a database of T-DNA-tagged Arabidopsis plants maintained by RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC). This database includes information on activation-tagged line resources such as the style of distribution, background ecotype, the vector for transformation, the selection marker, etc, and the list of lines with dominant or recessive phenotypes. Each record in the list contains a picture and phenotype data on plant growth (the dwarf phenotype), leaves and others. Users can order a seed pool set for screening or mutant lines in the list by e-mail.

Cell Search System - RIKEN BRC CELL BANK
RIKEN BRC CELL BANK
理研・細胞材料開発室が収集、培養し、提供する細胞株のデータベースです。従来の培養細胞株に加えて、ヒトのiPS細胞、胚性幹細胞（ES細胞）、体性幹細胞（臍帯血、間葉系幹細胞等）、マウスやウサギのiPS細胞、マウスES細胞などを収録しています。また、日本人や他のモンゴロイド由来の不死化細胞株のコレクションも含まれています。それぞれの細胞株について、寄託者や動物種などの基本情報、培養情報、使用条件、提供申込情報などを記載しています。
Cell Search System is a database of cultured cell lines derived from animal and human tissues maintained by RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC). Although a home page of the site is written in Japanese, the keyword search system is available in English. Records are written in both Japanese and English, and each record contains a general character, animal common name (the species a cell line is derived from), tissue, photo, etc. Users can search available cell lines by keywords, and order them by e-mail.

RIKEN BRC DNA BANK
理研・遺伝子材料開発室（旧DNA開発銀行）が収集した汎用宿主ベクター系とクローン化遺伝子を中心に、様々な研究機関、研究者から寄付・寄託された「動物および微生物のDNA」の収集・保存・提供を行うサイトです。遺伝子発現用・タンパク質産生用クローン＆ベクター、遺伝子解析のためのリソース、クローンセット＆関連リソース、生物種別リソース、組換えウイルス、微生物株由来やマウス系統由来のゲノムDNAが提供されています。キーワードによる検索や寄託者リスト、Gene Set Collectionからの検索が可能です。
RIKEN BRC DNA BANK is a database of cloned DNA, vector and recombinant adenovirus resources maintained by RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC). Each record contains the type (DNA, vector, shuttle vector or virus), classification (plasmid, cosmid, phage, recombinant adenovirus, etc), the organism of inserted DNA, description, gene name and others. Users can search available resources by keywords from those items. This database also provides laboratory manuals, supplemental data and publication lists about the resources.

Metadata of JCM resources
JCM微生物リソースメタデータ
JCM is a database of cultured microbial strains and their genomic DNA samples maintained by RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC). JCM stocks strains of aerobic and anaerobic bacteria including actinomycetes, archaea and fungi including yeasts. Each entry contains the scientific name, accession numbers, culture medium data and reference information. Users can search available resources by keywords from those items, and order them by FAX or e-mail.

理研バイオリソースセンターが生物遺伝材料として提供する微生物株を収録しています。様々な種の微生物について、株としての情報を特性や表現型情報も含めて提供しています。生物種名、来歴、培養培地などにより検索できます。
また、理研・微生物材料開発室 (Japan Collection of Microorganisms : JCM) のサイト (http://jcm.brc.riken.jp/ja/) のオンラインカタログからも検索が可能です。

RIKEN BRC PLANT DATABASE SERCH - BLAST Search
This is a tool for BLAST searching multiple plant species. The website contains a sequence input window and allows users to specify the search parameters. Multiple species can be searched at the same time.
理研BRC実験植物開発室で提供しているシロイヌナズナを中心とした植物遺伝子材料のBLAST検索ができます。

RIKEN Hub Database
理研には約400の研究室があり、それぞれが自発的に研究成果の発表を行っています。データ公開も様々な形式で行われ、現在約80のデータ提供サイトがWeb上で公開されています。このため、どこでどのようなデータが公開されているのかが分かりづらく、公開データの再利用やコンピュータを使った統合利用が容易ではありませんでした。また、ライフサイエンスで扱われるデータのほとんどは、形式が定まっていない集積困難なデータであり、塩基配列やDNAチップデータのような集積リポジトリが存在しておらず、データ公開が容易ではありません。理研総合データベースでは、SWF(Semantic Web Folders)を使うことで、理研の公開データをセマンティック・ウェブのRDF形式に準拠させつつ、さらに数百テラ～ペタバイトにもなる膨大なオミックス実験データを関連付けて、SWFからダウンロードできるように計画しています。これにより、理研が公開するデータの永続性を担保するとともに、文部科学省が推進する「ライフサイエンス統合データベース」からの統合検索を可能にし、外部からのアクセスを容易にします。本データベースは2009年3月より公開を開始しました。
RIKEN Hub Database is an integrated database of data resources published by RIKEN. Thid database contains entries of databases, researchers, literature, omics annotations and biomedical resources (PosMed). This database provides search engines, genome browsers, tutorials and various other research tools. Users can search remarkable targets and recent published report trends for recent 5 years by keywords.

RIKEN Human cDNA Encyclopedia Metabolome DNABook
ヒトの代謝に関する遺伝子DNAを収録したDNAブックです。

RIKEN Mouse Genome Encyclopedia DNABook
6万以上のマウス完全長cDNAクローンを収録したDNAブックです。DNAブックとは、DNAを固相化して紙に固定し、書籍の形にする技術です。通常の宅配便などで多種類のDNAを印刷された情報とともに研究者に配布することが可能で、受け取った研究者は容易な方法で短時間のうちに必要なDNAを回収することができます。

SciNeS
Scientist's Networking System

理研サイネスは、セマンティックウェブに準拠したウェブシステムです。セキュリティで区切られた多数のバーチャルラボを同時並列的に内包できるクラウド型のウェブシステムで、理研の生命情報基盤研究部門で研究開発され運営されています。理研サイネスのバーチャルラボを活用することで、個々の研究者は自らウェブサーバーを維持することなく、各自のデータベースを構築することができます。また、研究成果物としてスムーズに外部へ向け発信・発表公開することも可能です。各研究プロジェクトを機密性高く区切り、未公開情報の管理や大規模なデータを介した研究業務フローを、プロジェクトごとに柔軟に設定することができることから、研究プロジェクト内のデータガバナンスを向上させ、新しいタイプの学術メディアとしても期待されています。
理研サイネスは2015年6月1日をもって運用終了。理研の生命科学系データは「理研メタデータベース」(http://metadb.riken.jp) から引き続きご利用になれます。この中に、「SciNeS公開仕様集」 (http://metadb.riken.jp/metadb/db/SciNetS_ria160i) 、「SciNeSデータ構造」 (http://metadb.riken.jp/metadb/db/SciNetS_ria197i) という項目も収録されています。

RSGI
RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative
RIKEN Structural Genomics Proteomics Initiative
理研構造プロテオミクス研究推進本部 (RSGI)のサイトです。ヒト、マウス、シロイヌナズナ、高度好熱菌、古細菌などを対象として、生命活動に重要なタンパク質や、創薬などの産業に有用なタンパク質を選び出し、その立体構造と機能を大量かつ迅速に解析した結果、および技術革新、発表論文などの研究成果を公開しています。立体構造の一覧やPBDへのリンク一覧、ターゲットトラッキングの一覧からデータが検索できます。
This site is a database of structures, functions and functional networks of proteins researched by RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative. It contains three-dimensional (3D) folded structures, annotations and PDB list of proteins which are important of a life activity or valuable for drug designs.

RIKEN-CIAT Cassava Full-Length Clone Database Search
This is a database of cassava cDNA clones with 5' and 3' sequence information for each clone. Users can search by gene or clone information, or locate clones by BLAST search.
理研バイオリソースセンターが提供する、キャッサバの完全長cDNAクローンのデータベース検索サイトです。リソース番号、NCBI番号、クローン名やBLASTによる検索が可能です。

ROUGE
A Database of Rodent Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa Mouse cDNA Project
かずさDNA研究所が同定したヒト長鎖遺伝子(KIAA cDNAs)のマウスホモログ(mKIAA cDNAs)の情報公開と遺伝子の配布を行っています。各エントリーにつき、クローン情報、cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、InterProScanやSOSUIによるモチーフ探索結果が掲載されています。
ROUGE is a database of long rodent cDNA clones designed to compliment the HUGE database of long human cDNA clones. The database contains sequence information for mouse clones from the mKIAA sequencing project, which can be browsed or searched. ROUGE was conducted as part of the CREATE program.

RPOPDB
RIKEN Populus Database
RPOPDB is a Populus genome sequence resource with genome browser and search functions to explore the sequence of Populus. Keyword and BLAST search are available, and the BLAST search can be configured to include other plant species.
10種類のポプラとヨーロッパクロマツのゲノム情報を収録したデータベースです。mRNAは、GenBank/DDBJ/EMBLを情報源としています。理研で収集、アノテーションしたPopulus nigra 完全長cDNA配列 (PnFL)は、BLAST検索により取得できます。

Gesellschaft fur Biotechnologische Forschung
S/MARt DB
The S/MAR transaction DataBase
真核生物ゲノムにおけるMAR（マトリックス結合領域）、または、SAR（スキャフォールド付着領域）と呼ばれる核マトリックスに付着する染色体DNA配列と、それらに結合する核マトリックスタンパクに関する情報を収載しています。データは主に文献から取得しており、酵母からヒトまで幅広くカバーしています。非営利目的のユーザーはフリーで使用できます。
S/MARt DB is a database of cellular scaffolds and matrix data. The database contains scaffold, matrix, and nuclear matrix information from species ranging from yeast to humans. genes with experimentally identified interactions with scaffold and matrix components are available in tabular or searchable formats.

SABRE
Systematic consolidation of Arabidopsis and other Botanical REsource
植物で最も解析が進んでいるシロイヌナズナの研究成果を集めたデータベース「TAIR」の遺伝子情報を軸（串）とし、研究グループで収集・保存・提供しているシロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ、ポプラ、タバコ培養細胞など6種の遺伝子リソースを統合（串刺し）したデータベースシステムで、遺伝子名やキーワードを入力するだけで、すべての植物リソースの類似遺伝子やTAIRにある遺伝子情報を瞬時に得ることができます。現在公開中の植物に加えて、大豆や白菜などの作物の遺伝子情報を追加するための準備も進めており、塩害や砂漠化などに耐性のある「スーパー作物」を生み出す有益なツールとなることが期待されます。
SABRE is a database of plant resources. The database contains collected information about Arabidopsis and other plants, particularly cDNA sequences and clones. All clones in the database can be requested and acquired.

SALAD Database
Surveyed conserved motif ALignment diagram and the Associating Dendrogram
SALADデータベースでは、植物間のアミノ酸配列の類似性をもとにデンドログラムを作成し、機能的に似たタンパク質をクラスタリングすることができます。特徴として、保存領域（モチーフ）の有無がグラフィカルに表示されること、植物種間でのアノテーション比較が容易であること、アノテーションの類似性を指標にクラスタリングできること、保存モチーフごとに簡単に分子進化系統樹を作成できること、冗長性のない全ゲノム情報を解析していること、クラスタリングにアミノ酸置換マトリックスを用いていることなどが挙げられます。最新版では、生物種10種間で比較ができます。

The SALAD database supports the construction of dendrograms from amino acid sequence similarities in plants, clustering them into proteins with similar functions. This database has following functions;
1) Conserved domains (motifs) can be displayed graphically,2) annotations between plant species can be compared easily
3) similar annotations can be clustered
4) molecular evolutionary trees can be constructed easily per conserved motif.
The database uses non-redundant complete genomic information for the analysis, and an amino acid displacement matrix for clustering. The most current version supports comparisons of up to 10 plant species.

Wellcome Trust Sanger Institute is a major European research program. The website contains information on the faculty and research projects at Sanger Institute as well as links to data sets available for download focused largely on genome sequencing projects.
サンガー研究所の研究部門やプロジェクトの紹介と、研究所で配列決定したゲノムデータのダウンロードサイト、開発したデータベースのリンク集とソフトウエアのダウンロードサイト、マウスとゼブラフィッシュの研究リソース配布サイトがあります。

Schizosaccharomyces pombe Postgenome Database
理研吉田化学遺伝学研究室で得られた分裂酵母Schizosaccharomyces pombe全遺伝子のクローニングに関する情報と、全タンパク質の細胞内局在情報、画像などが閲覧できます。現在、Sanger研究所のGeneDBにもリンクしています。また、分裂酵母の発現ベクターや株の提供を行っています。
This is a database of gene information in Schizosaccharomyces pombe. The database contains information on the cloning of genes, intracellular location of proteins, and images. Data were attained by the Chemical genetics Laboratory of RIKEN and are available for browsing in this database. The Wellcome Trust geneDB is linked with this database. Expression vectors and strains are available for distribution.

ラット系統検索 - RIKEN BRC
Rat Strain List - RIKEN BRC
Rat Strain List is a database of rat resources maintained by RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC). Each entry contains the RBRC number, type, strain name, description, reference and depositor's name (Japanese). Users can find available strains and contact information on depositors from the NBRP-Rat website (http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/NBR/strains/Strains_list.aspx).
理研バイオリソースセンターで管理しているラットの系統の一覧が表示されます。RBRC No.やタイプ、系統名、特徴、文献、提供者が記述されています。

SEVENS
This site offers the tabulated information of the GPCR (G-protein coupled receptor) genes of 56 eukaryotic species, from humans right down to budding yeast cells. For each of these species a detailed karyotype is offered indicating the position of each of the sequences identified. The list contains genes that are expressed in vivo as well as those that are lying dormant. The processes by which the sequences were found and screened include a gene finder, sequence alignment, domain and motif assignment and a predictor of transmembrane helixes.
Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収録しています。56種の真核生物ゲノムからバイオインフォマティクスツール（遺伝子検索ツール、配列アライメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、膜貫通ヘリックス予測ツール）を用いて高精度に同定しています。

EMBL Heidelberg
SMART
Simple Modular Architecture Research Tool
シグナル伝達タンパク質、細胞外タンパク質、クロマチンタンパク質のドメインのデータベースです。系統分類、機能クラス、立体構造、機能上重要な残基の情報があります。キーワード検索、HMMERを用いたドメイン検索、GO Termによる検索が可能です。
SMART is a database of protein domains found in several different protein classes. The database contains classification information for domains and the proteins they can be found in. Users can search by sequence or domain information. The database can also be requested for local installation.

snOPY
snoRNA Orthological Gene Database
snoRNA(核小体低分子RNA)のオーソログの情報を整備することを目的に、生物種ごとのsnoRNAの情報を網羅したデータベースを構築しています。現在は、35生物種15,619件のsnoRNAについて、配列やモチーフ、遺伝子座、ターゲットRNAの情報等を提供しています。
snOPY is a database of small nucleolar RNA orthology. The database contains snoRNA sequences for several model organisms and related species. In addition to snoRNA sequences the database provides information on target sequences and gene loci. BLAST search and annotations of snoRNA targeted sites are available.

River Road Bio
SNPedia
SNPedia is a database of human genetic variation. The database contains entries on DNA variations collected from primary literature. A for-payment tool is also available which helps users annotate genotype information. Users can access SNPs by rs number to explore established functions in disease.
SNPediaは、ヒトのDNA変異に関する情報共有を目的としたwiki形式のサイトです。遺伝子名、ゲノム、医薬品名、病名のリストから、それぞれSNP情報を確認することができます。

rsoy
RIKEN Soybean Full-Length cDNA Database
ダイズの完全長cDNAの全データを閲覧できるデータベースです。理化学研究所では世界で初めてダイズの完全長cDNAを大規模に解析し、約23,000種のcDNAの全データを公開しました。本研究では、日本の代表的なダイズ栽培品種のルーツである「農林二号」の約40,000種の完全長cDNAを単離後、重複を除いた約23,000種のcDNAの部分塩基配列情報（EST）を決定し、その中から約4,700種のcDNA全長配列を決定しました。
This is a database of soybean cDNA sequences. In addition to soybean sequence information, it contains collected sequence information for several species, which can be searched by keyword or BLAST, such that users can compare soybean sequences to those of other plants.

California Institute of Technology
SpBase
Strongylocentrotus purpuratus database
SpBase is a database of the sea urchin genome. In addition to a genome browser, the database contains several types of sequence and gene expression information as well as links to external resources. Bulk data is available for download.
ムラサキウニのcDNAマイクロアレイライブラリおよびゲノムDNAについてのデータベースです。アメリカムラサキウニ（Strongylocentrotus purpuratus）とその近縁種のゲノムレベルの情報や材料を提供していたSUGP（Sea Urchin Genome Project）の後継です。ゲノムブラウザやBLAST検索も可能です。 後継サイトとしてEchinobase （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01512） が公開されています。

SRA
Sequence Read Archive
SRA is a database of raw sequence reads from next-generation sequencing systems. The database contains millions of unannotated raw reads generated from a variety of projects. Data can be submitted to the archive or downloaded via FTP.
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。現在扱っているプラットフォームは454(ロシュ)、Genome Analyzer(イルミナ)、SOLiD(アプライドバイオシステムズ)、Heliscope(ヘリコス)。研究単位でデータの登録、配布を行っています。

Department of Biochemistry

University of Texas Health Science Center

Department of Biochemistry
University of Texas Health Science Center

SRPDB
Signal Recognition Particle Database
シグナル認識粒子(SRP)の構造と機能に関するデータベースです。アノテーション付けされたSRP RNAとSRPタンパクの配列を提供しています。SRPコンポーネントの構造情報の他に、比較配列解析によるRNA二次構造ダイアグラム、SRP仲介タンパクの輸送に関わる他のタンパクの情報等が含まれています。
SRPDB is a database of signal recognition particle sequences in bacteria, archaea, fungi, and plants. The database contains background information on SRPs and SRP proteins, and sequence alignment as well as 3D structure information for SRP RNAs.

STRBase
Short Tandem Repeat DNA Internet Database
STRBase is a database of markers for human identification. The database contains information on the use of genetic markers, particularly short tandem (microsatellite) repeats for forensic purposes. Lists of commonly used STRs are available as well as methodologies, and other marker types, species, and resources are also provided.
STRマーカーを用いる法医学DNAタイピングコミュニティのための情報リソースとして、1997年から運用されています。STRシステムの配列情報、人口データ、一般的に使用されている多重STRシステム、PCRプライマーと条件、STRアリル解析のための様々な技術のレビューが掲載されています。

STRING開発チーム
the string team
STRING
Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins
タンパク質相互作用情報のデータベースです。相互作用は既知のものと推定のものがあり、直接的（物理的）および間接的（機能的）関係が含まれています。情報源は高スループット実験や共発現実験のレポジトリ、コンピュータ予測、文献から取得しています。異なる生物間での比較も可能です。タンパク質名や配列による検索が可能で、目的のタンパク質と相互作用するタンパク質とその関係性がネットワーク形式で視覚的に分かりやすく表示されます。
STRING is a database of known and predicted protein interactions, including both physical and functional interactions. It contains data which derived from four sources: genomic context, high-throughput experiments, coexpression and previous knowledge. This database quantitatively integrates interaction data from these sources for a large number of organisms, and transfers information between these organisms where applicable. It performs iterative searches and visualizes the results in their genomic context. Many data including protein sequences, protein network, interaction types for protein links, orthologous groups or full database dumps (license required) are downloadable.

Structure
Structure is a database of three-dimensional structures of biological molecules. The database contains entries for individual molecules as well as multi-component complexes. Several tools are available to examine macromolecular structures, and users can submit and download data via FTP.
Structure（またはMMDB）は、Protein Data Bank (PDB)に登録されている結晶解析やNMR構造解析の実験データを収録しているデータベースです。タンパク、DNA、RNAそれぞれ単独の構造や、これらの複合体、化学物質との複合体の構造が登録されており、各構造につき、文献情報や配列データベース等のリンク情報が含まれています。NCBIで提供している3D構造ビューワ（Cn3D)を用いることにより、分子構造を効果的に表示できます。

Institut Pasteur
SubtiList World-Wide Web Server
B. subtilis 168株由来の完全DNA配列およびタンパク配列のデータセットを提供しています。遺伝子名やゲノム位置、キーワード等の様々な条件で検索することができます。枯草菌ゲノムシーケンスプロジェクトの成果を主な情報源とし、他の公共データベースや文献情報なども掲載されています。
SubtiList is a database of the Bacillus subtilis genome. The database contains sequence and positional information for all genes mapped in the reference strain collected from the sequencing project and other databases. The genome can be searched by gene or region, and an interactive map tool is available. Users can also join a mailing list for updates.

Georg-August-Universitat Gottingen
SubtiWiki
SubtiWiki is a collaborative user database for the bacterium Bacillus subtilis. The database contains user annotations of genes, annotations, pathways, and interactions. Users can contribute and download several different summary information tables.

枯草菌の遺伝子とタンパク質に関する統合データベースです。遺伝子名、機能説明、分子量、タンパク質の長さ、タンパク質の機能などの詳細情報や、パスウェイ、タンパク質ータンパク質の相互作用の情報を収録しています。
各レコードはパスウェイ、発現、相互作用、調節、ゲノムのブラウザによる検索が可能です。また細胞内プロセス、代謝などのカテゴリや調節因子一覧による絞り込みも可能です。
枯草菌の研究グループ、プラスミドの情報、実験方法のwikiページも提供しています。

Swine Marker Viewer
This is a viewer of Swine DNA marker. It provides information of the primers, results of linkage map analysis and RH analysis. This site is a part of 'Animal Genome Research Program' (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00338).
ブタのDNAマーカー情報です。プライマー情報、連鎖地図、RH地図を提供しています。

SWISS-2DPAGE
SWISS-Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis database
様々な2D-PAGEやSDS-PAGEを用いて同定されたタンパク質のデータを収録しています。各エントリーには、タンパク質名、生物種、文献、電気泳動マップと該当スポット、UniProtKB/Swiss-Protのアノテーションおよび外部の様々なデータベースのリンクが含まれています。
SWISS-2DPAGE is a database of proteomic information. The database contains images and identified proteins in species from E. coli to human from a series of 2D-PAGE experiments used to identify proteins by size and charge. The database can be searched by several identifiers or accessed by viwing gel images. Data is available for download via FTP.

TAB project
Transcription Analysis of BY-2
This site provides information about the results found in a collaborative project of the Laboratories for Structural Construction and for gene Regulation, both housed in the Plant Science Center, RIKEN. Tobacco BY-2 cells were researched and resulted in the collection of EST and microarray information. A Blast search option is available. The FASTA format of the sequence researched is required.
植物のモデル細胞として最も広く用いられているタバコ培養細胞株BY-2について、cDNAライブラリを構築し、EST解析を行いました。各ESTの配列や相同性検索結果を公開しています。

Ohio State University
TAIR
The Arabidopsis Information Resource

シロイヌナズナについて、ゲノム、遺伝子、分子生物学的データなどを包括的に収集したデータベースです。注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を提供しています。GBrowseやインタラクティブSeqViewerゲノムブラウザによるブラウズ、およびキーワード検索が可能です。
シロイヌナズナ生物資源センター（ABRC）が保有する株のカタログや注文ページ、検索ページなどには無料でアクセスできますが、DB全てのページにアクセスするにはライセンスの登録（有料）が必要です。

TAIR is a database of Arabidopsis thaliana information. The database contains genetic and molecular information for the plant, including several browseable data formats including seed stocks, gene names, and mutant collections. Users can download data from several categories, from images to gene expression microarrays.

Boston University
Tandem Repeats Database
TRDB is a database of repeated genetic sequences. Users can query repeat sequences, use an analysis tool to find repeats in a query sequence, design primers, analyze mutations and origins of repeated sequences, and download several data types. Login required.
ゲノムDNAのタンデムリピート情報を収集したデータベースです。UCSCのゲノムデータをデータソースとしています。ゲノムごとに、タンデムリピート配列、サイズ、コピー数、塩基含量％が表示されます。ユーザ自身の配列をTandem Repeats Finder（塩基配列上にある繰り返し配列を検出してくれるツール）で解析することもできます。

Albert-Ludwigs-University Freiburg
TassDB
Tandem Splice Site DataBase
GY(N)0-10GYNドナーとNAG(N)0-10AGアクセプター間で生じる選択的スプライシングに関するデータを提供しています。現在、ヒトとマウスの遺伝子について、2-12塩基の距離にあるタンデムスプライス部位が収録されています。1,329,181件のタンデムスプライス部位が収録されており、内14,312件は選択的スプライシングのエビデンスとなるEST/mRNA配列が示されています。
TassDB is a database of alternative gene splicing information. The database contains three different resources describing experimentally validated (GYNGYN and NAGNAG or GYN(0-10)GYN and NAGN(0-10)AG) or computationally predicted splicing donor and acceptor sites using different sequence specificity criteria. Users can search for genes or splice site types, and data is available for download.

Taxonomy - NCBI
NCBI Entrezデータベースに少なくとも1件以上登録されている全ての生物種と上位分類名を収集したデータベースです。160,000以上の生物種が登録されています。各エントリーには、学名、英名、階層分類、上位階層、Entrezデータベース群の収録数とリンクが含まれています。このデータベースは、種々のデータベース間で生物名の表記を統一することを目的として構築しており、分類学や系統発生学の権威となるものではありません。採用されている生物名や系統分類は、分類学的、系統発生学的に普及している内容と異なる場合があります。
Taxonomy is a database of systematic classifications of organisms repesented in public sequencing databases. The database contains phylogenetic relatonships and nomenclature for an estimated 10% of all living species. Tools include a browser, genetic codes, and a common evolutionary tree. Taxonomic classificatinos can be downloaded via FTP.

TFdb
Riken Transcription Factor Database
本データベースはマウスの転写因子遺伝子とその関連遺伝子を収録したデータベースです。マウスゲノムの非冗長な転写因子遺伝子セットが提供されます。遺伝子名、Gene Ontology、InterPro、RefSeqと、cDNA clonesの情報やリンクが表示されます。
TFdb is a database of mouse transcription factors. The database contains information on known transcription factors, which are collated and annotated from several independent sources. Users can browse or search the database and retrieve ontology and sequence information.

University of Minnesota
THE CANDIDA ALBICANS PHYSICAL MAP WEBSITE
カンジダ・アルビカンスの物理地図、SNP地図のデータベースです。
The Candida Albicans Physical Map Website is a portal site about Candida albicans genome and its annotation. It contains a physical map, based on a fosmid library, which was used in conjunction with a new assembly, Assembly 20, based on bioinformatics, to provide completed sequence for most chromosomes. This database contains also Single Nucleotide Polymorphism (SNP) map, based on Assembly 19 of the genome. Users are able to use the Assembly 20 contigs at the Candida Genome Database (CGD).

The Contents Library of Medical Information
第一線で診療に当たる医師の修学の機会をインターネットを利用して提供することを目的とし、診断・治療に関する多数のコンテンツが用意されています。
東北大学

University of Edinburgh
The Kidney Development Database
腎臓の発達に関するデータベースです。発達過程や腎臓の部位等で区別されて、変異やマーカー、遺伝子発現情報を検索することができます。発現データは次のサイトへ移行されています。http://www.gudmap.org/
The Kidney Development Database is a resource of experimental information collected from multiple species. The database contains information on markers, mutations, genes, and critical stages in kidney development.

University at Albany
The RNA Modification Database
The RNA modification database
The RNA modification database is a integrated database of posttranscriptionally modified nucleosides from RNA. This database contains all RNA-derived ribonucleosides of known structure, including those from established sequence positions, as well as those detected or characterized from hydrolysates of RNA. The information in this database permits access to the modified nucleoside literature through provision of both computer-searchable Chemical Abstracts registry numbers and key literature citations. Moreover, this database provides an historical record of the initial reports of occurrence, characterization and chemical synthesis of modified nucleosides from RNA.
転写後に自然修飾されるRNAに関するデータベースです。古細菌、真正細菌及び真核生物の全RNAからの転写後修飾ヌクレオシドの包括的リストを提供してします。各エントリーには、修飾ヌクレオチドの名称と化学構造、質量、修飾基の名称、化学式、修飾が起きたRNAの種類と生物種と引用文献、構造特性や化学合成に関する引用文献が含まれます。

Indiana University
The tmRNA Website
This is a database of bacterial RNA molecules with properties of both tRNA and mRNA, which described as tmRNA. The site includes information of tmRNA sequences, two-dimensional structures, proteolytic tags added by tmRNA, and relevant publications.
tRNAとmRNAの両方の性質を持ち合わせるRNA分子のデータベースです。tmRNAの配列、二次構造、tmRNAによって付加されるタンパク質分解タグ、関連する文献の情報等を提供しています。

The Wnt Homepage
Wnt研究者に向けて、Wnt研究の最新情報、WntおよびWntシグナル経路上の遺伝子やタンパク質の分子情報、シグナルパスウエイマップ、研究方法など、Wntに関する有用な情報を提供しています。
The Wnt Homepage is a database of wnt pathway information. The database contains information on wnt genes and proteins and related components of its associated signaling pathways, including sequences, structures, and pathway maps. The database also contains information on wnt pathway involvement in diseases.

THz spectral database
This database of THz spectroscopic measurements of several biologically relevant compounds contains spectra for dozens of compounds, which can be browsed by name. Compound structures and transmittance spectra are available for each entry and results can be downloaded in .txt or .pdf format.

アミノ酸、ポリマー、農薬、医薬品など164種類の有機材料と、半導体、誘電体を含む18種類の無機材料について、テラヘルツ帯の透過スペクトルを掲載したデータベースです。カーボンナノチューブ、シリコンをはじめとする産業的に重要な材料も多数含まれており、そのテラヘルツ帯での特性を知る手がかりとして活用することができます。本データベースは研究・教育の目的に提供してきたもので、ウェブ上から自由にアクセスでき、テキストファイル、PDFファイル形式によるダウンロードが可能です。
スペクトルデータの利用に関する重要な点は、そのスペクトル形状だけでなく、どのような条件で測定されたかを知ることにあります。例えば、測定時の温度が変わるだけで、スペクトル形状が大きく変化する場合があります。そのため、測定時の温度、試料の厚さ、試料の濃度といった、スペクトルを見る上で必要な測定条件も提供しています。
ユーザーが測定した同様のスペクトルデータの登録も受け付けています。

TIGRFAMs
TIGRFAMs is a database of sequence alignments of protein coding sequences in multiple species. The database contains protein families annotated by sequence similarity using an HMM algorithm. Users can search the database and download released data via FTP.
隠れマルコフモデルに基づくタンパクファミリーのデータベースです。手作業でキュレーションしたファミリーが登録されています。キーワードもしくは配列をクエリーとしてファミリーを検索できます。

TIGR Plant Transcript Assemblies
TIGR Plant Transcript Assemblies is a database of transcript assemblies produced from EST projects. The database includes information on transcripts compiled from NCBI and UniProt databases which can be queried by identifier, accession, or BLAST. Transcript assemblies are available for download.

植物の転写産物データベースです。dbESTやGenBank nucleotide databaseのcDNAを収集しています。全ゲノム配列決定のプロジェクトからの予測転写産物は含んでいません。キーワード検索やBLAST検索、配列のダウンロードが可能です。

オリジナルサイトの運用は終了しました。こちら（http://blast.jcvi.org/euk-blast/plantta_blast.cgi ）に推奨する類似サイトの情報が掲載されています。

TMBETA-GENOME （アーカイブ）
TMBETA-GENOME (Archive)
Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins in Genomic Sequences

TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ-バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されていました。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う「TMBETA-DISC」や「TMBETA-SVM」などのツールも提供されていました。
現在、産業技術総合研究所によるオリジナルサイトからのデータ提供は終了していますが、TMBETA-GENOMEのデータベースは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。また、ツールはMEDALSのTMBETA-DISCのページ（http://medals.jp/list/detail/162.html） に情報が掲載されています。

This site contains a database of a comprehensive number of bacterial and eukaryotic TMBs (trans beta-barrel membrane proteins) furnished with descriptive and explanatory commentary and including their amino acid sequences. Six ways to locate the appropriate TMB are provided, of which the 'New Approach' appears to be the preferred method.

TMFunction（アーカイブ）
TMFunction (Archive)
Functional Database of Membrane Proteins

α-ヘリックスおよびβ-バレル膜タンパク質中の機能的に重要な残基についてのデータベースです。タンパク質の基本情報やアミノ酸の修飾、変異情報の他、親和性、解離定数、IC50、活性などの実験値を格納しています。実験データは文献から収集しています。Uniprot、PDB、Pubmedなど様々な公共データベースへのリンクを持ちます。

国立研究開発法人産業技術総合研究所によるオリジナルサイト （http: //tmbeta-genome.cbrc.jp/TMFunction/） の運用は終了しました。TMFunctionのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブよりご利用いただけます。

University of Texas Health Science Center
tmRDB
tmRNA（以前は「10S RNA」と呼ばれていた）の配列や構造を収集、提供しているデータベースです。tmRNAは1分子でtRNAとmRNAの両方の性質をあわせ持つRNAです。生物種ごと（アルファベット順／系統発生順）にtmRNAの配列とアノテーションが整理されています。二次構造や三次構造のデータも配信しています。
The tmRDB is a database of the structures and functions of the tmRNA (earlier called "10S RNA"). This database provides aligned, annotated and phylogenetically ordered tmRNA sequences. It also provides sequences of tag peptide and tmRNA-associated proteins. The alignments of the tmRNA sequences represent conserved secondary structure elements where each base pair is proven by comparative sequence analysis. Whole sequences are downloadable.

筑波大学 遺伝子実験センター
University of Tsukuba Gene Research Center
TOMATO (National BioResource Project)
National BioResource Project Tomato is a database of tomato resources. This database contains a tomato photo gallery and information on EMS mutagenesis lines, gamma irradiation-induced mutant lines, EMS and gamma irradiation-induced mutants and wild type cultivars. Users can search available strains by keywords, growth stages and phenotypes through the TOMATOMA (tomato mutants archive) website.
トマトの野生種に加え、ガンマ線照射、EMS(Ethyl Methanesulfonate)処理による変異体の情報を検索することができ、そのまま分与申し込みが可能です。表現系もまとめられており、変異体の形状にあてはめられています。Plant Ontology情報も付加されています。

Swine Linkage Map Viewer

This is a viewer of Swine Linkage Map.
Two linkage map, from NIAI and USDA, were used for the analysis. This site is a part of "Animal Genome Research Program" (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00338).

ブタの連鎖地図です。マイクロサテライトマーカーを配置しています。

Germline Mutagenesis Database - SB transposon
Germline Mutagenesis Database - SB transposon is a database of mutant mice. The database contains information on transposon insertion sites which have been experimentally verified in a mouse line. A database of mutants is available.
Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスのトランスポゾン挿入部位と変異遺伝子を提示したデータベースです。

University of Otago
ニュージーランド
New Zealand
Transterm
Transterm is a database of gene transcripts and their regulatory elements. The database contains thousands of gene sequences which can be analyzed to understand general properties of transcription and translation, or to search for regulatory sequences.
mRNA配列と制御エレメントを提供しているデータベースです。Genbankから取得したmRNA配列を、5'非翻訳領域と3'非翻訳領域、翻訳開始領域と翻訳終了領域、完全コード領域に分割し、各エレメントにつき、詳細な解説、部位、結合因子、分類、文献情報など、テキストベースで詳しい情報を提供しています。

Niigata University Faculty of Engineering Department of Information Engineering
新潟大学 工学部情報工学科
tRNADB-CE
tRNA gene database curated manually by experts
3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録しています。プログラム間で予測結果が一致しない場合にはエキスパートが手作業で精査しています。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャーisoaccepting tRNAが解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNAが解読するコドン（不適合コドン）を調べることができます。
tRNADB-CE is a database of manually curated tRNA gene information. It contains tRNA sequences that have been evaluated experimentally after initial identification by computational algorithms. Entries can be searched by keyword, and a BLAST search tool is available. Bulk download is also available.

Tropical Medicine and Health
Tropical Medicine and Health is a database of journals published by Japanese Society of Tropical Medicine. This database allows to search journals which about a tropical disease and tropical medicine as an opinion journal of the medical treatment, research, and educational activities at overseas. Abstracts and full text of articles are distributed on PDF.
日本熱帯医学会では熱帯医学分野の学術的研究成果を学術誌「Tropical Medicine and Health」にて発表、掲載しています。本誌は熱帯地を中心とした海外における医療、研究、教育のそれぞれの活動のオピニオン誌として、熱帯病および熱帯医学に関するあらゆる情報を発信しています。このサイトでは「Tropical Medicine and Health」に掲載されている文献の検索が可能です。抄録と本文のPDFを配布しています。

Iwate Medical University School of Dentistry
岩手医科大学 歯学部
HSG Database
Two-Dimensional Electrophoresis Database of HSG cells proteins
HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載しています。各スポットは、MALDI-TOFもしくはシーケンサーで解析し、ペプチドを同定しています。
The HSG Database is a resource of information on human salivary gland proteins. The site contains data generated from studies of an irradiated human salivary intercalated duct cell line. The proteins represented in the database have been characterized by 2D gel electrophoresis and further identified by MALDI-TOF. Images of the analyzed 2D gels and the annotated spots are available.

Guru Gobind Singh Indraprastha University/University School of Biotechnology
UgMicroSatdb
Unigene MicroSatellite database
Unigeneの80種のゲノム配列中のマイクロサテライトを検索するためのデータベースです。様々な検索パラメータが用意されており、検索結果として、マイクロサテライトの型、長さ、繰り返し数、配列、配列のアノテーションが表示されます。このデータベースでは、アミノ酸をコードする3塩基（コドン）の繰り返し領域の情報も提供しています。
UgMicroSatdb is a database of DNA microsatellites. The database contains entries for dozens of species from bacteria to mammals, categorized by Linnean classification. Users can select the species of interest then explore microsatellites in that species using several different search options and parameters. A tutorial introducing site use is also available.

UK CropNetコンソーシアム
UK CropNet Consortium
UK CROPNET
UK Crop Plant Bioinformatics Network

UK Crop Plant Bioinformatics Network (UK CropNet) で開発した作物ゲノムのデータベースや解析ソフトウェア、米国で開発された植物データベースを保守、管理しています。キーワードテキスト検索により、これらのデータベースを横串検索できます。UK CropNet BLAST serverでは、これらのデータベースに格納されている配列に対してブラスト検索を行えます。

UK CropNetコンソーシアムによるUK CROPNETの運用は終了しました。連絡先のメールアドレスが、UK CropNetのサイト （http://ukcrop.net） に記載されています。

EAWAG-BBD
University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation Database
EAWAG-BBD is a database about information on microbial biocatalytic reactions and biodegradation pathways for primarily xenobiotic, chemical compounds. Each entry is presented with information on the starting and intermediate chemical compounds, the organisms that transform the compounds, the enzymes, and the genes. Users are able to search this database for compound, enzyme, microorganism, pathway, or BT rule name; chemical formula; chemical structure; CAS Registry Number; or EC code. This database is being expanded primarily with the help of advanced undergraduate and graduate students.
微生物の生体触媒反応と生分解パスウエイのデータベースです。登録されている化学反応は、自然科学の基礎研究や、化学薬品製造の生体触媒反応、環境汚染物質の生分解の研究向けとなっており、各反応には、開始化合物と中間化合物の情報と、反応を起こす生物や酵素、遺伝子の情報が付与されています。現在510種の微生物のパスウエイが登録されています。

UniVec
UniVec is a database for the identification of vector contamination in sequencing projects. The database contains common vector sequences as well as tools for recognizing and purifying sequence reads of vector contamination. Information is represented in a drastically reduced non-redundant format to minimize computational intensity and complexity. UniVec can be downloaded via FTP.
冗長のないベクター配列のデータベースで、NCBIのFTPサイトで配布されています。ベクターの他、アダプター、リンカー、プライマーの配列も登録されています。VecScreenを用いることにより、入力核酸配列中に存在するベクター由来の配列セグメントを簡単に同定することができます。

UNKA (BPH) EST
This database contains cDNA (EST) information for the brown planthopper (BPH, Nilaparvata lugens). EST annotations and clustering information can be viewed through keyword searches.
トビイロウンカのcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。 キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。

UR-DBMS/Syndrome Finder
琉球大学医学部医科遺伝学（遺伝医学）により作成された奇形症候群を中心とする遺伝性疾患の総合データベースです。「UR-DBMS」は、奇形症候群や染色体異常を中心とし、遺伝性疾患全般を含む遺伝性疾患総合データベースです。各疾患について、症状（写真入り）や責任遺伝子、診断、発生機序、文献情報等がテキストベースで詳細にまとめられています。「Syndrome Finder」はUR-DBMSの症状データから診断候補を検索するソフトウェアです。こちらは医師専用で、利用の際にはユーザ登録が必要です。
琉球大学 大学院

The University of Tokyo Graduate School of Science
東京大学大学院 理学系研究科
UTGB
UTGBは、酵母に関して遺伝子名（Gene symbol）やORF name、chromosome numberから検索し、ゲノムブラウザ上で閲覧することができるサイトです。 東京大学によるオリジナルのゲノムブラウザサイトUTGB （http: //yeast.utgenome.org/） の運用は終了しました。オリジナルサイト （ http://yeast.utgenome.org/ ） に、Raw dataは生命科学系データベースアーカイブ（ http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/yeast-cdna/desc.html ）から、データのブラウズはSaccharomyces Genome Database （SGD: http://browse.yeastgenome.org/fgb2/gbrowse/scgenome/ ） から利用可能である旨が記載されています。
This site provides access to the Saccharomyces database. Users can browse or search by chromosome, gene, and ORF. Results can be obtained in FASTA format. The original site has been closed. The raw data can be downloaded from LSDB Archive site ( http://dbarchive.biosciencedbc.jp/en/yeast-cdna/desc.html ).

Institute for Biomedical Technologies
UTRdb
UTRdb is a database of untranslated region sequences and other information related to the regulation of genes by way of 5' and 3' UTRs. The database contains sequence information for hundreds of thousands of genes in dozens of species, and a second, more comprehensive resource specifically dedicated to human UTRs. Tools for analyzing UTRs and bulk data downloads are available.

真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域は、mRNAの細胞質輸送や翻訳効率、局在や安定性の機能に関わることで遺伝子発現を制御する役割があります。UTRdbは真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域に関するキュレートデータベースです。実験で実証された機能性モチーフ、miRNAターゲットと保存配列エレメントはアノテーションが付与され、UTRsiteデータベースとリンクしています。各エントリーは遺伝子を基本としており、選択的スプライシングなどによる5'および3'非翻訳領域の変異体も網羅するように視覚化されています。UTRdbは、UTRefとUTRfullの2つのサブデータベースが含まれています。
UTRefには、79生物種の遺伝子483,605件について、473,330件の5'UTR と527,323件の3'UTRが登録されています。
UTRfullは、ヒトに特化したデータベースで、ASPicDB由来の全長転写産物のUTRが含まれています。124,345件の5'UTR（3.37件/遺伝子）と194,503件（5.18件/遺伝子）の3'UTRが登録されています。

VarySysDB
H-Inv転写産物のアノテーションに基づいたヒト多型情報を提供しています。転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型(SNPs)、挿入欠失多型(DIPs)、縦列型反復配列(STRs)、単一アミノ酸反復配列(SARs)、構造多型(コピー数多型、CNV)について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて公開しています。多型のタイプごと、転写産物ごとに情報を検索したり、検索結果をダウンロードすることが可能です。
This site contains three systems that can be searched. The Genome Browser combines a database of available genome annotations with an interactive web page. The LD Search System facilitates searches for bins of alleles of linked loci showing a tendency to co-occur nonrandomly on chromosomal haplotypes. Varygene 2 contains a list of various types of polymorphisms, repeats, variations in structure and how these findings relate to the genome, its transcripts and function.

VectorDB
分子生物学分野で一般的に使用されている2,600以上のベクターの配列情報とアノテーションを収録しています。対象としているベクターの種類は、Pharge Vector、Plasmid Vector、Phagemid Vector、Phasmid Vector、Cosmid Vector、Virus Vector、YAC Vector です。
Vector DB is a database of genetic constructs used in molecular biology. The database contains sequences of hundreds of vectors which can be browsed by type. Search function is currently unavailable.

Academia Sinica
台湾（台湾省/中華民国）
Taiwan, Province of China
Viral Probe Database
Viral Probe is a list that contains a vast number of viral probes identified experimentally in the sequences of a comprehensive number of viruses. The sequences of each probe identified in each species of each genus of the virus families studied are available for browsing and download. A search option does not appear to be available, other than browsing the list and searching for the necessary species and/or probe identification name or number.

ウイルス検出方法の殆どは、特定のウイルスや良く知られている少数のウイルスのみを対象としていたり、感染力の強い新興ウイルスをカバーできないという欠点があります。そこで我々は保存配列プローブを用いて新興ウイルスや配列決定されていないウイルスを属のレベルで分類できる計算手法と、既知ウイルスを同定するための特異的プローブを開発しました。
27,610のウイルスゲノム配列(GenBank viral database (Release 152))を用いて決定した、5,700以上のウイルスに対応する属および種特異的なプローブをデータベースで提供しています。

VISTA Enhancer Browser
転写エンハンサー活性を持つヒトとマウスの非コード領域を収録しています。エンハンサー活性はトランスジェニックマウスを用いた実験で検証されています。各エントリーには、配列上の位置、胚における発現パターンと画像、塩基配列、プライマー情報が含まれています。
VISTA Enhancer Browser is a database of mammalian gene enhancers. The database contains information on human and mouse enhancer elements validated in transgenic mice. Data can be can be browsed by element and location, or searched by expression pattern or gene region. Enhancer sequences are available for download.

Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research
オーストラリア
Australia
WHO/TDR MALARIA Database
マラリア原虫に関する遺伝子情報やタンパク情報が掲載されています。外部リンクとして代謝マップへのリンクも閲覧することができます。ESTや制限酵素での切断情報、マラリア原虫の種類についての情報も掲載されています。

独立行政法人農業生物資源研究所
WhoGA
Whole Genome Annotation
イネゲノム研究プログラム(RPG)では、日本型イネ「日本晴」全塩基配列解析の配列 Build04 を利用し、全染色体のマニュアルアノテーションを行いました。WhoGA ではこれらアノテーション結果をゲノムブラウザ「Gbrowse」にて簡単に閲覧する事が出来ます。 WhoGAは2013年3月31日をもって停止いたしました。 今後はRAP-DB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00182) をご利用いただきますよう、よろしくお願いいたします。

WINGpro

ライフサイエンス分野のデータベースについての情報が収集、整理、分類されており、現在のところ約417件の記事が存在します。ディレクトリからは、データベースの構築法による分類と生物種および対象による分類でデータベースを一覧できます。
2007年7月2日より、ユーザである皆様が記事を投稿および編集できる機能を公開しました。新規データベースに関する記事の投稿、既登録データベース関しても利用方法やTipsに関する追記をしていただけます。
2013年7月29日をもって運用を終了しました。WINGproに掲載されていたデータベースはIntegbioデータベースカタログ (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00001) に収録されていますので今後はこちらをご利用ください。

Harvard Medical School
WORFDB
Worm ORFeome Database
線虫の約19,000の全タンパク質コード予測領域ORF(worm ORFeome)に関するデータベースです。キーワード検索、BLAST検索が検索が可能です。
WORFDB is a database of C. elegans open reading frame information. The database contains data from ORF projects, which can be searched by keyword or BLAST, as well as data from RACE experiments to verify predicted genes. A database of promoters is also available.

World-2DPAGE Repository
World-Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis database
World-2DPAGE is a database of proteomic reference resources. The database collects information on 2D-PAGE studies from published literature. Users can access a list of included databases or search by several identifiers.
論文で報告された二次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動イメージデータを蓄積している世界的なデータベースです。各マップにつき、ゲル実験情報、生物種、同定スポット数、同定タンパク質数、ゲルの写真と同定スポット、同定したタンパク質のリストが表示されます。

Ontario Institute For Cancer Research
WormBase
線虫ゲノム研究の統合サイトです。ゲノム情報の他に、遺伝子、多型、遺伝マーカー、変異株等の情報を提供しています。データの登録も可能です。
WormBase is a database of information on nematodes and other worms. The database contains extensive information on a number of species including genome sequences, genes, gene expression, proteins, and phenotypes. Users can search by keyword, BLAST, or BLAT, and create user accounts to save searches and other useful information.

Xanthobase
Xanthomonas oryzae pv. oryzae genome database
イネ白葉枯病菌のゲノム情報を格納したデータベースです。 グラフィカルなビューアによる遺伝子のゲノム位置や注釈 (アノテーション)情報が参照できます。 またお手持ちの配列と白葉枯病菌のゲノム・遺伝子配列との類似性検索も行えます。

Yeast Interacting Proteins Database
出芽酵母タンパク質に対する網羅的酵母２ハイブリッド解析によって得られた相互作用およびそれに関する付随する情報をデータベース化したものです。
The Yeast Interacting Proteins Database is a database of binary protein interactions detected by a yeast two-hybrid screen. The database contains downloadable data for all interactions or a subset of repeatedly observed interactions.

University of Massachusetts Amherst
UMASS Amherst Yeast snoRNA Database
出芽酵母のsnoRNA（核小体低分子RNA）の分子情報を収集、整理したデータベースです。各エントリーには、名前、配列長、生体内プロセス、標的サイト、染色体マップによる位置情報、遺伝子破壊による表現型、オーソログ、RNA配列、文献情報などが含まれています。
The yeast snoRNA database is a comprehensive database for small nucleolar RNAs (snoRNAs) from the yeast Saccharomyces cerevisiae. It allows to visualize the positions of pseudouridines, 2'-O-methylations, and base methylations in three-dimensional space in the ribosome and also in linear and secondary structure formats of ribosomal RNA. It provides additional perspective on where the modifications occur relative to functional regions within the rRNA and relative to other nearby modifications. The database also includes details of the base pairing of snoRNAs with target RNAs, genomic organization of the yeast snoRNA genes, and information on corresponding snoRNAs and modifications in other model organisms.

Ecole normale superieure
yMGV
Yeast Microarray Global Viewer
公開されている酵母の遺伝子発現データセットを収録し、遺伝子間の発現プロファイルをグラフィカル表示するためのビューワを提供しているデータベースです。様々な条件でデータの絞り込みを行えます。
yMGV is a database of yeast gene expression information collected by microarray. The database contains information from hundreds of experiments collected from published literature. Users can browse and analyze datasets by single gene, a gene list, common response, or compendia of related studies. Several additional tools are also provided to explore the data.

National BioResource Project Zebrafish
ゼブラフィッシュの分与可能な系統に関する情報を掲載しており、分与、寄託などの情報に関しても掲載されています。トランスジェニック、変異体、野生由来のゼブラフィッシュが自然科学研究機構、国立遺伝学研究所、理化学研究所の協力により分与体制ができています。
National BioResource Project Zebrafish is a database for preservation and distribution of zebrafish strains. The resource list consists of transgenic, mutant and wild strains maintained by RIKEN Brain Science Institute, National Institute of genetics and National Institutes of Natural Sciences. Each entry consists of 12 items such as the allele, the strain name and genotype. Some entries contain photo data. Users can search available resources by strain types and facilities, as well as keywords from these items.

University of Oregon/Zebrafish Information Network
ZFIN
The Zebrafish Model Organism Database
ZFIN is a central repository and web-based resource for zebrafish genetics and development. This database contains manually curated data for zebrafish genes, phenotypes, genotypes, gene expression, antibodies, anatomical structures and publications from three primary sources: curation of zebrafish publications, individual research laboratories and collaborations with bioinformatics organizations. The database also contains a wide-ranging collection of web-based search forms and tools facilitates access to integrated views of these data promoting analysis and scientific discovery. ZFIN works closely with ZIRC to connect their genetic data with available probes and fish lines.
実験情報から研究コミュニティーの情報まで、ゼブラフィッシュに関するすべての知識と情報を入手することができます。研究リソースの配布も行っています。

zTRAP
Zebrafish Gene Trap and Enhancer Trap Database
国立遺伝学研究所で提供しているトランスポゾン転移技術をもとにしたトランスジェニックゼブラフィッシュにおいては、さまざまな細胞、組織、器官を特異的にGFPで光らせることができます。本サイトでは、約800のトランスジェニックゼブラフィッシュについて、各器官や組織においてGFPが発現している画像を検索することが可能です。
This is a database of the Koichi Kawakami Laboratory of the National Institute of genetics (NIG). It contains information of the Zebrafish. The data is gathered by use of the method of gene trapping, which involves inserting mutations into the genome, and by the application of an enhancer trap, a transgenic construction for the identification of enhancers. Enhancers are produced by the fusing of two proteins, for which genes are then inserted into the genome. An advanced search option is available.

アトピー性皮膚炎 よりよい治療のためのEvidence-based medicine (EBM)とデータ集
アトピー性皮膚炎に関するあらゆる情報をまとめたデータ集です。研究者、治療方法、薬剤情報などが収録されています。
九州大学 医学部

イネタンパク質構造データベース
RPSD
イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造を収集したデータベースです。Protein Data Bankを情報源とし、タンパク質の基本情報、構造決定に用いた実験手法、文献情報、配列、立体構造の画像等を掲載しています。 国立研究開発法人 農業生物資源研究所によるオリジナルサイト (http ://structure.rice.dna.affrc.go.jp/plant/index.html) の運用は終了しました。RPSDのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

イネ品種・特性データベース検索システム

イネの品種情報と特性を収録したデータベースです。各品種につき、育成地、系統番号、交配組合せ、登録年、作付面積と全国の順位、普及見込み地帯、来歴、形態的特性、生態的特性、配布種子量、栽培適地、栽培上の注意等が詳細に掲載されています。
検索方法には、「品種名検索」、「特性情報検索」、「作付面積検索」、「登録特性検索」の4種類が用意されています。

ゲノムネット医薬品データベース
JAPIC 医薬品添付文書情報 (医療用及び一般用) を KEGG にある様々な情報と統合したデータベースです。研究の最先端と医療の現場さらには一般社会とをつなぐことを目指しています。キーワード検索により、医療用医薬品と一般用医薬品の一括検索または個別検索ができます。 現在はKEGG MEDICUS ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01185 )に統合されています。

コケ類コレクション
国立科学博物館植物研究部に収蔵されているコケ類のタイプ標本について、「コケ植物標本インデックス」、「コケ植物図インデックス」にて紹介しています。
国立科学博物館

S-Net
サイエンスミュージアムネット (S-Net)
サイエンスミュージアムネットは、全国の科学系博物館の展示情報や教育普及活動、自然史系の標本に関する情報を横断的に検索できるポータルサイトです。一般の方や研究者の方にご利用いただけます。全国の科学系博物館の協力の基に国立科学博物館が運営しています。

魚類写真資料データベース

本データベースは魚類の生態写真や標本写真から構成されています。
本データベースは神奈川県立生命の星・地球博物館の魚類写真資料データベースに登録されている画像に基づいて構築されています。データの検索機能は同博物館と国立科学博物館との共同開発です。閲覧やダウンロードした画像の個人的な利用を除き、資料の利用に際しては神奈川県立生命の星・地球博物館および国立科学博物館の許可が必要です。個々の写真の著作権は撮影者に属します。

Database for Genes Contributing to Sustainable World (持続可能型社会への貢献遺伝子データベース)
自然環境の浄化や保全に役立つ、広い意味では「持続可能型社会の実現に貢献できる可能性を持つ遺伝子」を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング（メタゲノム解析）で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない500万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試みています。

植物細菌病の診断と病原細菌の同定に関する情報
日本で発生する植物細菌病の図鑑です。病徴で病名を判断するための写真や解説、菌種を簡易同定する方法が紹介されています。

食品害虫サイト (貯穀害虫・天敵図鑑)
貯蔵食品中で生育する昆虫とその天敵情報を格納したデータベースです。 昆虫の形や名称、食品の種類から検索することができ、形態・加害食品・防除方法等の情報を参照できます。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 食品総合研究所

線虫の感覚神経に発現する遺伝子の検索結果データベース
mRNA-tagging methodによる線虫（Caenorhabditis elegans）の感覚神経に発現する遺伝子について研究を行った成果を閲覧できます。
東京大学 大学院

化合物バンク （NPDepo）

理化学研究所・長田抗生物質研究室では、研究室内外で合成された化合物や、放線菌の二次代謝産物をはじめとする天然物の収集・保管、機器分析スペクトルなどをデータベース化し、これらを提供するシステムの構築を行っています。
登録されている化合物は企業や研究所・大学、理化学研究所から寄託されている約24,700件（2009年1月現在)で、その内訳は合成化合物約9,100件、合成ペプチド約7,600件、天然化合物約5,200件、天然化合物約2,800件となっています。利用には利用者登録が必要です。

公益財団法人がん研究会
Japanese Foundation for Cancer Research
Integrated Cancer Genome Database
統合がんゲノムデータベース
This database stores genotype frequencies of SNPs, which have been genotyped to identify genes responsible for drug sensitivity and side effects to anti-cancer drugs, and their relation with drug sensitivity and side effects. In this project, approximately 3,000 SNPs in candidate genes of breast cancer patients have been genotyped by the Invader method, and are stored in this database. The candidate genes include 512 genes related to pharmacokinetics, DNA repair, apoptosis, cell cycle control, angiogenesis, and inflammation. The database provides genotype frequencies of these SNPs that can be downloaded.
財団法人癌研究会ゲノムセンターでは、抗がん剤の治療感受性や副作用を規定する遺伝子の同定を効率的に行うための知的基盤を整備するため、 がん患者の一塩基多型（SNP）のジェノタイプ頻度と、薬剤応答性や副作用の情報を統合した「統合がんゲノムデータベース」 を公開しています。SNPのジェノタイプ頻度情報はダウンロード可能です。

日本産糸状菌類図鑑
Japanese Fungi on Plants
農業環境には10万種ともいわれる糸状菌類が生息しています。その中でも植物体上には共生するもの、病気を起こすもの、常在的に生息するものなど様々な菌類が生活しています。この図鑑ではこれらの糸状菌類を解説し、画像と共に紹介いたします。学名、分類、発生状況、無性世代ならびに有性世代の画像、病徴画像、農環研所蔵標本リスト等の情報が得られます。
The Japanese Fungi on Plants is an illustrated Encyclopedia of Japanese Filamentous Fungi, which collects and displays photos and information of fungi, such as scientific name, classification, conditions for growth, images of the asexual and sexual stages, images of symptoms, and index numbers for up to 100,000 species of fungi are also available.

保有糸状菌株リスト
酒類総合研究所で維持管理されている麹菌株のリストです。シャーレで培養された状態の写真や、顕微鏡写真、菌の形質などの情報があり、学術目的の場合、遺伝子資源分与願を提出すれば分譲を受けることができます。

immu-no
いむーの（病理診断＆染色統合データベース）

「いむーの」は病理診断、各種染色法などのナレッジデータベースです。神戸大学病院病理部が中心になり、運営しています。
病理診断に用いる抗体の情報を収集した抗体データベース、免疫染色理論・技術に関するページ、特殊染色を集めたページ、病理診断学・総論に関するページがあります。

神戸大学

野菜図鑑
書籍「グラフィック100万人の野菜図鑑」の電子版です。'畑から食卓まで'を一貫したテーマとし、日常の食卓をにぎわす47種類の野菜についてカラフルな写真と楽しいイラストで紹介しています。
独立行政法人農畜産業振興機構

有機溶剤中毒症例データベース
日本産業衛生学会有機溶剤中毒研究会が1984年から2000年にかけて刊行した「有機溶剤中毒症例集」をベースに電子化したものです。症例を発表した文献の有無、業務上認定申請及び決定状況などは、すべて症例収集当時のものです。また、各症例の診断はすべて症例報告者によってなされたもので、有機溶剤中毒であることが確定的な例から中毒の可能性がある例まで、幅広い診断確度の例が含まれています。
名古屋大学 大学院医学系研究科

Society for Actinomycetes Japan
日本放線菌学会
Digital Atlas of Actinomycetes
日本放線菌学会は、1997年に朝倉書店より 『放線菌図鑑、Atlas of Actinomycetes』を刊行しました。 本書は、10ヶ国120人の研究者から提供された約400枚の放線菌の顕微鏡写真を日本語と英語の説明付きで収載しており、放線菌の形態上の多様性を網羅したモノグラフです。 これらの写真の中から著者の了解が得られた約120枚を選び、編集されたデジタル図鑑です。 現在、新しいバージョンのデータベース 「Digital Atlas of Actinomycetes Ver. 2 」(http://www.actino.jp/DigitalAtlas/) もご利用になれます。
Digital Atlas of Actinomycetes is a collection of micrographs and annotations about Actinomycetes. Data are collected from the 'Atlas of Actinomycetes' (Asakura Publishing Co., Tokyo, Japan; 1997) published by the Society for Actinomycetes Japan. This database allows to browse using section, genus and alphabetical index.

EM Navigator
3D Electron Microscopy (3D-EM) Data Navigator
生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイトです。EMDB と PDB のデータを利用しています。
EM Navigator is a web site to browse 3D electron microscopy (3D-EM) data of biological molecules and assemblies, based on EMDB and PDB data for beginners, non-specialists, and experts in 3D-EM or structural/molecular biology. Each entry contains interactive 3D images and associated information such as a summary, literature, experiment methods, slice data, etc.

今月の分子
このサイトはRCSBの David S. Goodsell博士による「Molecule of the Month」を日本語に訳したものです。社会で話題となっている事柄に関わる分子を蛋白質構造データバンク（PDB）から選び、機能と構造に関して解説しています。 PDBjが提供する教育的コンテンツ (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01611) の１つです。

Yorodumi
万見 (Yorodumi)
万見は、生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。Protein Data Bank (PDB) と EM Data Bank (EMDB) のデータを利用しています。分子構造ビューアアプレットとして「Jmol」と「jV (PDBj Viewer)」を利用しています。
Yorodumi is a database of 3D structures of biological molecules. This database contains 3D structure images of biological molecules from the Protein Data Bank (PDB) and EM Data Bank (EMDB) to easily watch, move and rotate. Jmol and jV (PDBj Viewer) are used as 3D molecular structure viewer applets.

Protein Globe
Protein Globe is a visual database of protein structures. The database consists of a spherical representation of protein fold structures (the globe) that users can navigate to select structures of interest. The globe is designed such that similar structures are close together. Users can then select structures and use other PDBj functionalities to explore further.
代表的なPDBエントリーを点で表し、構造の似ているエントリーほど距離が近くなるよう球上に配置してタンパク質の世界を表現したものです。分子の構造的位置づけを視覚的にとらえながら、PDBjおよびその他関連サービスを利用するための視覚的インタフェースとして利用できます。

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 野菜茶業研究所
National Agriculture and Food Research Organization,National Institute of Vegetable and Tea Science
VegMarks
a DNA marker database for vegitables
This database contains DNA marker and linkage map information for a variety of garden crops. For each crop, information such as the linkage map, DNA marker sequences, conditions for detection, data on polymorphisms between cultivars, and relevant publications can be accessed.
各種園芸作物のDNAマーカーや連鎖地図情報を蓄積し公開しているデータベースです。 品目ごとに、連鎖地図、DNAマーカーの塩基配列、検出条件、品種系統間多型データ、論文情報などがご利用いただけます。 現在登録されている作物は、ハクサイ、ネギ、キュウリ、ナス、メロン、トマト、ピーマンです。

NIAH 病理アトラス
都道府県の家畜保健衛生所職員の方を対象に、病理診断に役立てていただくための病理画像を提供しています。現在は、1)牛病、2)豚病、3)鶏病、4)その他 の各疾病の病理画像と参考情報を提供しています。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 動物衛生研究所

写真で見る家畜の有毒植物と中毒

家畜の有毒植物について、基本情報、写真、有毒成分、中毒症状、病理所見、文献情報を提供しています。
本サイトの情報は、2000年3月に刊行された「写真で見る家畜の有毒植物と中毒」（畜産技術協会）をウェブ化したものです。ウェブ化に際しては、テキスト、写真等に一部修正や変更を加えています。上記冊子に収載されていない植物の情報についても順次追加していく予定です。

家畜の監視伝染病
家畜伝染病と届出伝染病について、原因、疫学、臨床症状、病理学的変化、病原学的検査、抗体検査、予防・治療、発生情報、参考文献を調べることができます。

写真で見る外来雑草
全国の飼料畑等で問題となっている外来雑草に関するデータベースです。科名、種名、学名、葉の形状、種子の形状から検索でき、外来雑草の解説、群生写真、全体写真、種子の写真を確認できます。本データベースは「写真で見る外来雑草」（畜産技術協会編）を元に作製されています。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 畜産草地研究所

National Agriculture and Food Research Organization, National Institute of Livestock and Grassland Science
Illustrated Encyclopedia of Forage Crop Diseases
飼料作物病害図鑑 (Illustrated Encyclopedia of Forage Crop Diseases)
This encyclopedia describes forage crop diseases in Japan, including causal agents and photographs of the symptoms about forage crop diseases, in support of investigations and experiments conducted at the Institute of Livestock and Grassland Science. Users can perform searches by host plant name, pathogen, or pathogenic features, which lead to detailed information on the disease, photographs of the pathogen, and other relevant literatures.

日本で発生する飼料作物病害について、畜産草地研究所、およびその前身のひとつである草地試験場が長年にわたって調査・研究を行ってきた成果を広く活用いただくために、各病害の病徴や病原菌の写真を中心に図鑑の形にまとめました。
宿主植物名、病原菌名、病徴から検索ができ、それぞれの病害について解説と病徴や病原菌の写真、文献情報が得られます。

PGE （アーカイブ）
Gene Expression Pattern Database of Mouse Embryos
哺乳類の初期発生における非対称性の出現を遺伝子レベルから探るために、マウス初期胚で発現している約25000個のcDNAの部分塩基配列を決定し、胚の体軸形成に関連する遺伝子や約4000の新規遺伝子を見い出しました。受精卵、2細胞期、4細胞期、8細胞期、16細胞期、胞胚期のEST解析による発現量をデータベース化したものです。現在は提供を終了し、過去のデータセットは生命科学系データベースアーカイブから取得可能です。

「健康食品」の素材情報データベース
健康食品に利用されている素材（成分）一覧から目的の素材名を選ぶと、素材の概要が表示されます。「すべての情報を表示」ボタンを押すと、構造式、分析法、有効性、安全性、総合評価、参考文献など詳細情報が得られます。

トクホなど機能性食品データベース

特定保健用食品（トクホ）などの機能性食品について、機能性成分の名称、化学式、効能、詳細な安全情報、分析情報などを提供しています。
大阪市の健康・予防医療分野における産業振興の一環として、市民の健康増進に役立てていただくことを目的としています。

大阪市立環境科学研究所

公益財団法人 日本医療機能評価機構
Japan Council for Quality Health Care
Mindsガイドラインライブラリ
MINDS
Medical Information Network Distribution Service
患者と医療者の双方に向けて診療ガイドラインと関連情報を提供するサイトです。日本で公開された診療ガイドラインを収集し、評価選定の上、著作者の許諾にもとづき掲載しています。医療提供者向けと一般向けに分かれており、疾患カテゴリーによる絞り込みやキーワードによる検索が可能です。診療ガイドライン作成者向けの情報や、一般向けの診療ガイドライン解説、診療ガイドライン利用者向け情報もあります。
This service provides information to medical professionals and patients on relevant treatment therapy options that are sufficiently supported by scientific evidence so the best possible treatment can be chosen and agreed upon by both parties, in accordance with patients' wishes, beliefs, medical ethics, and social restrictions. Medical consultation guidelines and literature references available from this service are prepared by experts based on scientific evidence. Recommendations in the guidelines are based on scientific judgments supported by the accumulated findings of medical research and therefore can support decision making in clinical settings. Guidelines and literature references can be found using the complete viewing and search function. A table of contents (for viewing), keyword search function, and question-based viewing (clinical questions) are available.

Trifolium pratense EST Index
This is a database of red clover expressed sequences. The database contains consensus gene sequences and EST reads and allows for BLAST and keyword search. Data are available for download.
アカツメクサの38,109 ESTsの解析結果を格納しています。

MassBase
A comprehensive mass spectral tags archive for plant metabolomics
MassBase is a fundamental archive of mass spectral tags (MST) for metabolomics. It includes both known and unknown assigned (or predicted) peaks that are found in biological samples (mainly plants) and standard chemical reagents for peak annotation. It provides raw mass chromatograms from various biological samples as well as text-file data of these raw chromatograms. It is expected to contribute to an understanding of the metabolism of organisms together with MassBank and KNApSAcK databases, and that it will help with the development of pipeline software to extract metabolite peaks from annotated metabolites in the process of linking DNA information to metabolism.
MassBaseは代謝産物(メタボライト）に関するマススペクトラルタグ（MST）のアーカイブです。主に植物の生体サンプルやその代謝産物から得られた生のクロマトグラムデータおよびクロマトグラムデータを解析したテキストデータを収録しています。MassBankやKNApSAcKのような他のデータベースと組み合わせて興味のある代謝を理解するだけでなく、代謝物質ピークを抽出し、代謝物質をアノテイトするパイプライン・ソフトウェアを開発するためにも活用できます。全てのデータセットがダウンロード可能です。

RnR
Regulatory-network Research in Arabidopsis T87 cultured cells
RnRはT87培養細胞における遺伝子転写や蓄積する代謝産物の予測データベースです。このデータベースは214のDNAマイクロアレイと222のGC-MS、202のUPLC-MSアッセイをベースにしています。
This is a database of over-expression experiments in Arabidopsis T87 cultured cells. Approximately 185 constructs were selected as relating to metabolism and used for DNA microarray, GC-MS, and UPLC-MS assays. The results of these analyses can be accessed to understand large-scale regulatory relationships involving gene expression and metabolite formation in plants.

NEDO database
New Energy and Industrial Technology Development Organization Database
かずさDNA研究所のヒト脾臓cDNAライブラリー由来のcDNAクローンの配列データを収集したデータベースです（NEDOヒトcDNA配列決定プロジェクト）。cDNAの全てが完全長ではなく、平均サイズは4.5kbです。本プロジェクトで得られたcDNAクローンはFLJから始まるIDが付与されており、かずさcDNA配列決定プロジェクトで得られたクローンはKIAAから始まるIDが付与されています。
NEDO database is a database of human spleen cDNA clones with sequence information for spleen clones listed by several indices and sequencing information and plots for each clone. In addition to browsing clones, users can search by FLJ ID, accession, or clone name.

毒きのこデータベース
日本の毒きのこと中毒の型を分類し、中毒症状の概略と毒成分、きのこの見分け方、治療法を記している。代表的な毒きのこについてはカラー写真を掲載している。
滋賀大学

東京工業大学
Tokyo Institute of Technology
Streptococcus pyogenes
化膿レンサ球菌のゲノム情報データベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。
This is a database of the Streptococcus pyogenes genome. The database contains a genome browser, lists of ORFs and other functional elements, and BLAST search. Data is available for download.

薬剤分類情報閲覧システム

新薬の薬価算定にかかる類似薬の選定を図る観点から、平成11年12月の中医協で了解された「薬価制度改革の基本方針」に基づき、効能・効果、薬理作用等に着目し既存品の分類を行ったものです。
分類名と品目名から検索し、各薬品の効能効果、用法用量が表示されます。

厚生労働省 保険局

Food Composition Database (食品成分データベース)
食品成分データベースは、「五訂増補 日本食品標準成分表」（平成17年1月24日 文部科学省 科学技術・学術審議会 資源調査分科会 報告）、「五訂増補 日本食品標準成分表 脂肪酸成分表編」（平成17年1月24日 文部科学省 科学技術・学術審議会 資源調査分科会 報告）をデータソースとして、食品成分に関するデータをインターネットを通じて提供しています。
文部科学省

MSDマニュアルプロフェッショナル版
世界で広く活用されている医学情報源のメルクマニュアルを、Webベースで検索できるようにしたデジタルサービス「MSDマニュアル」のなかで、医師や医療従事者、医学生向けに専門性の高い情報を収録したデータベースです。医薬品の研究開発力で高い評価を得ているMerck & Co., Inc., Kenilworth, N.J., U.S.A.が、非営利事業として提供しています。
MSD株式会社

MSDマニュアル家庭版
世界で広く活用されている医学情報源メルクマニュアルを、Webベースで検索できるようにしたデジタルサービス「MSDマニュアル」をベースとして、一般向けに分かりやすく書き下ろした家庭向け医学書です。医薬品の研究開発力で高い評価を得ているMerck & Co., Inc., Kenilworth, N.J., U.S.A.が、非営利事業として提供しています。

APASD
Asian-Pacific Alien Species Database

近年、世界的な物や人の移動が著しく拡大するとともに、世界各国で昆虫を含む動物、植物、微生物などの侵略的外来生物が増加し、これらは農作物に直接被害を与えるだけでなく、固有の生物多様性や生態系に対する深刻なかく乱要因にもなっています。アジア・太平洋諸国においても、外来生物がもたらす被害は大きく、この地域における外来生物の動態を把握し、蔓延防止および経済的生態的被害軽減策に関する情報を蓄積する必要があります。そのために、アジア・太平洋諸国の農業生態系に生息する外来生物に関わる最新情報をデータベース化し、インターネットによる情報の共有化を推進しています。
本データベースに掲載する対象種は、アジア・太平洋地域の農業生態系に国境をこえて非意図的あるいは意図的に導入された外来生物（植物、動物、微生物等）とし、日本およびアジア地域を中心にデータを収集しています。外来生物の分類名、形態的特徴、定着状況、分布拡大、経済的および生態的被害、繁殖・生育特性、防除対策、文献、写真等が入力されており、これらを検索および閲覧することができます。

厚生労働省 国立医薬品食品衛生研究所
National Institute of Health Sciences
JECDB
既存化学物質毒性データベース (Japan Existing Chemical Data Base)
Japan Existing Chemical Data Base
化学物質の毒性試験報告書を公開しています。化学物質名一覧やCAS番号、毒性試験の種類から検索することができます。
JECDB is a database of toxicity testing reports for existing chemicals maintained by National Institute of Health Sciences (NIHS). JECDB contains reports on Japan's own existing chemicals safety program and the OECD HPV (high production volume) chemicals program. Each report consists of the nomenclature of the chemical, an abstract with summarized data from several studies in English and test results in Japanese. Users can search reports by CAS Registry Numbers, names of chemical substances, and toxicity tests.

食品照射データベース
電離放射線により処理された食品の安全性と利点は十分に証明されています。 食品照射に関して、人が一般に関心を持っている事柄について科学的に正確な情報を提供しています。
国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 高崎量子応用研究所

NBRC (Biological Resource Center, NITE)
NBRC is a database about bioresources collected by Biological Resource Center (NBRC), NITE. It includes collection of microbial resources and taxonomic characterization of individual microorganisms such as bacteria including actinomycetes and archaea, yeasts, fungi, algae, bacteriophages and DNA resources for academic research and industrial applications. For users, it is able to distribute microorganism cultures, microbial genomic DNA clones, human cDNA clones, etc.
独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター：NBRC (NITE Biological Resource Center)は、生物資源センターとして、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など約9万株を収集・保存し、基礎研究から産業利用まで幅広い用途に提供しています。

GGDB
GlycoGene Database
糖鎖合成に関連する遺伝子や、糖転移酵素の基質特異性に関する情報を収集しています。
This database provides information on the 180 human glycogenes discovered up to the time it was created. A glycogene is a DNA sequence associated with glycan synthesis. Examples of glycogenes are glycosyltransferase, sugar-nucleotide synthases, sugar-nucleotide transporters and sulfotransferases. The site contains important detail needed to study glycogenes. The information is presented as XML documents and include graphs. A simple keyword search is used to retrieve lists of glycogenes and their characteristics. Information can also be retrieved by means of the REST application (send request, receive response) as well as with the SOAP (send message with search parameters, receive an XML-formatted document) method.

GlycoprotDB
GlycoProtein Database
This is a database of N-glycoproteins providing knowledge found by studying C.elegans N2 and glycoproteins found in mouse liver tissue. The list contains protein (gene) ID, protein name, glycosylated sites and lectins types used in the process of capturing glycopeptides. The method used to collect data is described and explained. Keyword search and advanced search options are provided whereby a single word may be entered, or a variety of known information about the researched object may be entered. Several gants making the research possible are acknowledged in the main body of the overview as are the laboratories that collected and supplied the data.
この糖タンパク質データベース(GlycoProtDB)は、線虫 (Strain N2)およびマウス(C52BL/6J系のオス)の組織を材料として、実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の情報を一般に提供するためのデータベースです。現在、線虫試料より同定されたN結合型糖タンパク質全てと、マウス肝臓からコンカナバリンA（ConA）で捕集された糖タンパク質の情報を公開しています。これらのデータには、タンパク質(遺伝子)ID、タンパク質名、糖鎖修飾部位、および、糖ペプチドを捕集するために使用したレクチンの情報が含まれています。

LfDB
Lectin Frontier Database
This database contains information about the quantity of interactions noted among a series of lectins and a panel of pyridylaminated (PA) glycans when exposed to an automated frontal affinity chromatography with fluorescence detection (FAC-FD) system. The data is presented in a bar graph format containing the affinity constants (Ka) of the lectins towards the glycans or, alternatively, an actual measurement (V-V0). It also provides the absolute values of sugar-protein interactions. The information provided can be relied upon to be accurate and therefore this database is a valuable resource in biological studies of glycans. Keyword and advanced search options are provided.
レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、レクチンの詳細情報と、各構造を持つ糖鎖との相互作用データを収集、公開しているデータベースです。レクチンと糖鎖（ピリジルアミノ化糖鎖）の相互作用データは、自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステムを用いて取得した定量的データです。

GMDB
Glycan Mass Spectral DataBase
GMDBは、N-結合型糖鎖、O-結合型糖鎖、糖脂質糖鎖およびこれらの糖鎖の部分構造のMS2、MS3、およびMS4スペクトルのデータベースです。
GMDB is a database of glycan mass spectral data. It provides a novel tool for use in glycomics research. Glycans can be identified easily and quickly through spectral matching. The glycan structure of analytes can be estimated through comparison of the MSn spectra of analytes and MSn spectral images of glycans. Relevant spectral images can be searched based on a search of glycan composition or of m/z value.

Rat Brain Sections: Super-fine images
This website was created to investigate whether it would be possible to share biological sample images with other interested Internet users. Feedback was requested in order to enable the site designers to further develop the concept. Section images of a rat brain are available. Lack of finance limited the number of images to only 7. Activity on this site ended in 2006. An e-mail address is however provided, should questions arise.
ラットの脳断面画像を7枚ほど見る事が出来ます。ズームイン、ズームアウト操作により脳の特定の部位に自分が入り込んで行くかのように感じる事ができます。

ProSeg
A database of local structures of protein segments
タンパク質分子の部分構造を網羅的に分類、整理したデータベースです。7万以上のセグメントが主鎖の立体構造類似性にしたがって数千個程度のクラスタに分類されています。
This site contains a comprehensive collection of protein segments that were grouped according to similarities in their three-dimensional structure. These groups, called clusters, can be searched by entering a description of the backbone structure of the segment in question. Three possible methods of identification are provided, namely by input of the PDB ID and specific Chain ID of the segment, by direct input of the dihedral angles of the segment or by entering the appropriate DSSP (Define Secondary Structure of Proteins) symbols of the segment to be placed.

国立研究開発法人国立環境研究所
National Institute for Environmental Studies
Invasive Species of Japan
侵入生物データベース (Invasive Species of Japan)
Invasive Species of Japan is a integrated database of invasive and alien species in Japan. Each entry contains basic and invasion information, such as range, route, impact, etc. The database allows to search with keywords or browse by taxon. Moreover, it provides links to online resources.
侵入生物の基本情報、侵入情報、法的扱い、移入元、影響、写真を提供するデータベースです。対象は、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、昆虫類、その他の無脊椎動物、維管束植物です。

サプリメントデータベース
成分や機能性食品から掲載製品を検索できます。また、生活習慣病、身近な症状から、関連する成分や機能性食品、予防のためのアドバイスが得られます。
日本サプリメント協会

Taxonomy icon
生物アイコン
Taxonomy icon is a collection of icon materials illustrating biological species including Bacteria, Fungi, Protista, Plantae and Animalia. Taxonomy icon contains image icons of species and related information including common names, icon URLs, taxonomy IDs and the binomial names. Users can search, download, distribute and transmit icons under a Creative Commons license (Attribution 2.1 Japan).
真正細菌から動植物を含む200種類以上の生物種のアイコン（イラスト）集です。ダウンロードしたアイコンを自由に改変・使用することができます。現在の収録数は220件です。

TogoTV
統合TV
TogoTV international is a repository of educational and tutorial videos demonstrating how to use biological databases and web tools such as NCBI, UCSC Genome Browser, etc. Each entry contains a title and a short explanation of a video, as well as an embedded video file. Users can search videos by keywords, tags and categories.
統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が発信するデータベース(DB)やツールの使い方を紹介した動画コンテンツです。

PODB3
Plant Organelles Database 3

蛍光タンパク質などで可視化された植物オルガネラの動画や静止画像、オルガネラ研究の解析方法や関連リンク集を収集したデータベースです。

「Electron Micrograph Database」では、野生種や変異種の様々な発生段階にある組織について電顕写真と作成条件がご覧になれます。 「Perceptive Organelles Database」では、環境刺激の中で異なる発生段階にある組織のオルガネラの反応が画像やムービーでご覧になれます。 「Organelles Movie Database」では、可視化されたオルガネラの組織や成長段階に応じた動きが、タイムラプス、Zスライス、投影画像でご覧になれます。 「Organellome database」では、様々な成長段階の組織におけるオルガネラに含まれる細胞構造を可視化した画像がご覧になれます。 「Functional analysis database」では、研究方法と関連文献、研究室の情報が得られます。 「External Links」では、多数の生物学関連のデータベースへのリンクがご利用になれます。

PODB3 is a collection of databases describing organelles and their behavior in plants. The site contains visualizations and movies of organelles, protocols for studying plant organelles, and links to external sites. It is made up of of 6 individual parts: 'The Electron Micrograph Database', 'The Perceptive Organelles Database', 'The Organelles Movie Database', 'The Organellome Database', 'The Functional Analysis Database', and 'External Links to other databases and Web pages'. All the data and protocols in this database are populated by direct submission of experimentally determined data from plant researchers.

Seikagaku Corporation
生化学工業株式会社
GlycoForum
Glycoforum
糖質科学に関する総合情報サイトです。国内外の複合糖質研究の最前線を網羅しています。
Glycoforum is a portal site for glycoscience research. This portal site contains a search engine of literatures, newsletters, articles and information on forums related to glycoscience. Users can search within the website by keywords, and see the number of papers registered in Pubmed by categories.

がん情報サイト (Cancer Information Japan)
がん情報サイトは日本で唯一米国国立がん研究所 (National Cancer Institute: NCI)とLicense契約している、がんの最新治療情報や治療成績、臨床研究の情報、がんに用いられる標準治療薬や支持療法薬といった、がんに関する最新かつ包括的な情報を配信するサイトです。
先端医療振興財団

HACCP関連情報データベース
食品の安全性の確保や品質管理の徹底に関する要請はより一層高まっており、消 費者に安全で高品質な食品を提供するため、食品の製造過程におけるＨＡＣＣＰ手法の導入が要請されています。しかしながら、その導入のためには一定施設の整備と共に、専門的知見の入手が必要なことから、中小企業が多数を占める食品製造業者にとって困難をともなう面があります。そこで、中小の食品製造業者によるＨＡＣＣＰのさらなる導入推進にむけて、必要となる技術情報に係るデータベースを構築し、環境整備を促進することを目的としています。
財団法人食品産業センター

がんinfo.
がんInfo. は、米国国立がん研究所（National Cancer Institute : NCI）のがん情報（PDQ）の患者向け情報を、NCI承認のもと国際医学情報センターの責任で翻訳し提供しております。93項目中、40項目がご覧になれます。
国際医学情報センター

KEGG DRUG
Drugs viewed as perturbants to the molecular system
KEGG DRUG は、日本、米国、欧州の医薬品情報を、化学構造と成分の観点から一元的に集約・管理したデータベースです。とくに日本の医薬品は医療用（処方薬）だけでなく一般用（大衆薬、OTC薬）もすべて網羅し、個々の製品情報（添付文書情報）へのリンクがつけられています。また化学薬品だけでなく、生薬・漢方方剤もデータベース化されています。
KEGG DRUG is a comprehensive database of drug information about all marketed drugs in Japan, as well as many prescription drugs in USA and Europe. KEGG DRUG is based on chemical structure or component, and each entry contains information about drug targets (pathways), metabolizing enzymes and other interacting molecules. This database also includes crude drugs and TCM (Tradictional Chinese Medicine). Users can check for drug-drug interaction, view structure maps representing the history of drug development and search drugs by generic names, trade names, and components.

KEGG DISEASE
Diseases viewed as perturbed states of the molecular system
KEGG DISEASEは、遺伝要因が既知の疾患（単一遺伝子疾患及び多因子性疾患）と病原体ゲノムが既知の感染症疾患に関する情報を、計算処理が可能な形に集約したデータベースです。各疾患エントリは H番号とよばれるアクセッション番号で識別され、関連するパスウエイ、病因遺伝子のリスト、ならびに環境要因、診断マーカー、治療薬などの分子のリストで表現されています。
KEGG DISEASE is a database of human diseases with information on perturbed molecular networks. Each disease entry contains a list of known disease genes, environmental factors (carcinogens, pathogens, etc), diagnostic markers and therapeutic drugs with reference information. This database provides maps of molecular networks associated with diseases through links to the KEGG PATHWAY database. Users can search human diseases by names, description, categories, pathways, and known causative genes.

KEGG COMPOUND
Metabolome informatics resource integrating genomics and chemistry
KEGG COMPOUND is a database of biologically relevant compounds, including chemical structures and associated information for compounds in the KEGG database such as small molecules, biopolymers, and other related substances. The site also has a collection of links to other relevant KEGG resources such as GLYCAN.
KEGG COMPOUNDは、小分子、生体高分子、および生体関連化学物質のデータベースです。 各エントリーはC番号とよばれるアクセッション番号で識別され、化学構造や関連する生体反応、パスウエイ、他のデータベースとのリンク情報が含まれています。

DBGET Search - ENZYME
KEGG ENZYMEは、IUBMB/IUPAC生化学命名委員会によって定義された酵素命名法 (EC番号)を識別子とし、酵素分類、反応式、基質、生成物、補因子、生物種、関連遺伝子、パスウエイ情報が収集されています。トリニティー大学（ダブリン）のExplorEnzデータベースを基にしています。
KEGG ENZYME is a database of enzymes involved in recognized KEGG biochemical reactions, and can be searched by KEGG enzyme ID or by name. Results include enzyme class, reaction, pathway, and gene information.

KEGG GENOME
Organisms and ecosystems with genome sequence information
KEGG GENOME is a database of full genome sequence information for multiple species. The database is a collection of references to descriptive genome literature and has links to reaction pathways in each organism, comparative tools, and taxonomy based on KEGG information and provides KEGG pathway information and links to outside resources including primary literature.
KEGG GENOMEは、全ゲノム配列が決定されたすべての生物種の情報を収集しています。RefSeq 等の公共データベースより作成しています。

KEGG ORTHOLOGY (KO) Database
Linking genomes to pathways by ortholog annotation
KEGG ORTHOLOGYは、KEGGパスウェイの各ノードまたはBRITE機能階層の最下層ノードに対応したオーソロググループを手作業で定義したものです。ゲノム中の各遺伝子にKO識別子（K番号）を付与することで、KEGGパスウェイやBRITE機能階層へのマッピング（エンリッチメント）が可能となります。KOシステムは、ゲノムの情報からパスウェイ等高次生命システム情報を解読するための架け橋となります。
KEGG ORTHOLOGY is a database of KEGG pathway ortholog groups, and contains the pathways at the core of the KEGG representation system. Users can search for ortholog groups and explore members across species.

KEGG REACTION
Knowledge base for predicting biodegradation and biosynthesis
KEGG REACTION is a database of enzymatic reactions. The database contains all KEGG enzyme interactions and KEGG pathway metabolic reactions, including related pathways, and uses IUBMB nomenclature. Users can also find the reaction pathway of individual enzymes.
KEGG REACTIONは、KEGG ENZYMEに格納されているすべての反応と、KEGG PATHWAYの代謝パスウエイの反応を蓄積したデータベースです。 各反応はR番号によって識別され、 反応の構造式や関連する酵素のオーソロググループが収集されており、ゲノム(酵素遺伝子)情報と化学(化合物のペア)情報の統合解析を可能としています。

DBGET Search - RPAIR
KEGG RPAIRは、KEGG REACTIONの各反応の基質-生成物 (反応物質ペア）を収集したデータベースです。RP番号を識別子とし、基質と生成物の化学構造、RDMパターンで記述した化学構造変化、関与する酵素、KCFデータなどが含まれます。 一般的に、1つの反応には複数の反応物質ペアが存在しますが、特にKEGGパスウエイマップ上のものはメインのペアと呼ばれます。
KEGG RPAIR is a database of substrate-product reaction pairs. The database contains the main chemical reactants from KEGG REACTION events. Users can search for substrates or products by their KEGG compound ID to obtain all reaction pairs of that chemical, related reactions, and enzymes that catalyze the reaction.

DBGET Search - VGENES
The KEGG VgeneS database contains gene and protein sequence information from sequenced viral genomes that can be searched by gene name or ID. Data is from and provides links to NCBI resources.
KEGG VGENESは、RefSeqからウイルス遺伝子情報を自動抽出して作成したデータベースです。2015年9月現在、データはKEGG GENES Database (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00532) へ移行しています。

DBGET Search - VGENOME
KEGG VGENOMEは、RefSeqからウイルスゲノム情報を自動抽出して作成したデータベースです。2015年9月現在、データはKEGG GENES Database (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00532) へ移行しています。
KEGG VGENOME is a database of viral genomes with sequence, and taxonomy information for sequenced viruses. The entry for each virus provides references to primary literature.

筑波大学
University of Tsukuba
3D MR Microscopy of Human Development by Kyoto & Tsukuba Universities
This database is a collection of human embryo images. The images were collected by sagittal plane MR microscopy of embryos from the Kyoto Collection. Images can be browsed by developmental stage.
筑波大学磁気共鳴画像研究所で開発された超並列型MR 顕微鏡による1,204のヒト胚の3D MR顕微鏡画像を公開しています。 ここで用いているヒト胚は、京都大学大学院医学研究所付属先天異常標本解析センター所蔵のヒト胚子・胎児標本コレクション(40,000-50,000)の一部です。このヒト胚子・胎児標本コレクションは1961-1974年に収集されたもので、世界で最大規模のコレクションです。

ここカラダ 病気辞典
病気の詳細な情報を提供しています。キーワードや病気の種類、50音順から病気を検索できます。
株式会社リクルートドクターズキャリア

ここカラダ お薬辞典

処方薬の主成分名、製薬会社、薬価、写真、主な作用、副作用、服用上の注意を調べることができます。
製品名や成分名から検索できます。成分名を入力して検索をすると、同一成分を主成分とする薬の一覧が表示されます。

サイバーデンタル
歯科情報ポータルサイト。歯の基礎情報から治療情報まで分かりやすく説明しています。
株式会社Cyberデジタル

食品機能成分データベース

五十音順食品素材一覧表で、学名、成分、機能性成分、機能性、科名、利用部位、使用上の注意などを一覧することができます。
リンクのある食材はさらにその機能性、相互作用などのエビデンス（科学的根拠の要約と出典など）が掲載されています。食品の機能や安全性を評価する時に参照して下さい。

北海道医療大学

内科診断検査アクセス
本システムは電子教科書の将来像を探るため、「内科診断検査アクセス: 日本医事新報社(1989.5.20.)」を電子化したものです。症候編、疾患編、臨床検査編の3部構成です。
北里大学 医学部

ウイルス図鑑
ウイルスの感染と病気、粒子構造、遺伝子に関する解説と、電子顕微鏡（一部）の写真を提供しています。ウイルスの分類法は、国際ウイルス分類委員会（The International Comittee on Taxonomy of Viruses: ICTV）によって定められているので、このウイルス図鑑も、ICTVによる分類（7th Report of the ICTV: M. H. V. van Regenmortel, C. M. Fauquet, D. H. L. Bishop eds., Academic Press, 2000）に従って各項目を立てています。

歯チャンネル88
歯科医師が作った歯科総合情報サイトです。日本の歯科医療をより良くすることを目的としています。
株式会社ファンクション・ティ

お薬110番
ハイパー薬辞典、副作用リスト、禁忌薬 と 警告、薬価サーチなど、市販薬に関する様々な情報を調べることができます。
医薬品情報研究会

Proteopedia
Proteopedia is an interactive database of 3D structures of biological molecules. The database contains high-quality structures as well as explanatory articles for all proteins in PDB, as well as articles about several diseases and classes of proteins. The database is in wiki form and supports community editing.

タンパク質、リボ核酸、DNA、および他の分子の3D百科事典です。フリーユーザーアカウントで誰でも記事を編集できます。
Proteopediaの目的は、興味のあるタンパク質やその他の分子、科学物質に関する情報を共有し、議論するサイエンスコミュニティのフォーラムとして機能することです。

Protein Quaternary Structure
Protein Data Bank (PDB)のデータを基に、ホモおよびヘテロの推定蛋白質会合体、複合体の立体構造データを得ることができ、分子間相互作用を立体的に理解することができます。2009年8月から新しいデータの追加を停止しました。将来的にサービスが中止される予定です。

日本語版ウィキぺディア
フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』の日本語版です。ウィキペディア (Wikipedia) はウィキメディア財団が運営するオンライン百科事典です。コピーレフトなライセンスの下、誰もが無料で自由に編集に参加できます。世界各国の言語で展開されています。
ウィキメディア財団

Wikimedia Foundation Inc.
Gene Wiki
Wikipediaの仕組みを用いてヒトの遺伝子やタンパク質に共同でアノテーションを付与することを目的としています。
geneWiki is a database of gene and protein function. The database contains articles for all human genes featuring links to and from Wikipedia. Users can search, browse, and participate in editing of articles.

VIPERdb
Protein Data Bank (PDB)から収集した正二十面体ウイルスキャプシド構造のデータベースです。289種類のウイルス由来の全てのキャプシドは単一の二十面体配向性をもち、異なる構造間での比較を容易にしています。
VIPERdb is a database of viral capsid structures. The database contains structural x-ray crystallographic and cryo-EM data on the structures of 350 icosahedral viruses. Structures are interactive and available for download, and can be searched by PDB ID or virus name.

National Library of Medicine
MedlinePlus
米国NLMで評価された信頼できる健康・医療関連の情報源を提供し、世界中で消費者健康情報源として利用されています。コンテンツは毎日更新されています。
MedlinePlus is the patient-forward site of the US NIH National Library of Medicine. The database contains information on a variety of health topics, from diseases to drugs, presented for the general public. The database is curated and updated by NLM staff and seeks to provide users with straightforward, unbiased explanations and information.

BodyParts3D
解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベースです。人体３次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴です。臓器の３次元的位置や形状を確認する電子アトラスとしてだけでなく、人体シミュレーションやデータマッピングなどの入力データとして再利用可能です。BodyParts3Dの臓器を任意の視点やズーム、色、透過度で表示した解剖図譜を手軽に作成できるツール、アナトモグラフィーも公開しています。
BodyParts3D is a database for anatomy representing shapes and positions of human body parts by 3D models. BodyParts3D contains 3D models of an adult human male labeled with anatomical terms. This database features a web based tool; Anatomography, which enables a user to create an anatomical image of human body parts and save it as a URL. A user can also redistribute a part or whole of the data from this database.

Budding yeast cDNA sequencing project
This database contains DNA sequence information for S. cereviseae. Sequences were obtained from a vector-capped cDNA library. The sequence data is available for download.
Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値を格納しています。

AcEST
Adiantum capillus-veneris EST
ホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)のEST配列データ約3万件に2次情報を追加したデータベースです。これまで、様々な植物ゲノム解析が進められていますが、陸上植物(種子、シダ、コケ植物)の中でシダ植物のゲノムに関する研究は発展していません。そこで、光形態形成に関する研究に用いられてきたホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)をシダのモデル植物として位置づけるために、 EST配列の解析を行いました。
AcEST is a database of fern EST data. The database contains sequences expressed in Adiantum capillus-veneris that have been collected from four different sequence libraries. Orthology to A. thaliana is predicted, BLAST searches can be performed, and data is available for download.

Russian Academy of Sciences
ロシア連邦
Russian Federation
CSDB
Carbohydrate Structure Database
This is a regularly updated manually curated database for natural carbohydrates. It aims at high-quality content and provides structural, bibliographic, taxonomic, NMR-spectroscopic and other related information on prokaryotic, plant and fungal glycans, glycopolymers, and glycoconjugates. The coverage in bacterial domain (and soon expected in fungal domain) is about 90% of all published structures. As of 2017, the database contains ~19000 structures from ~9000 organisms published in ~7000 papers, and ~8000 NMR spectra. Besides data, CSDB serves as a platform for numerous glyco-services, such as glycosyltransferase subdatabase, 1D and 2D NMR simulation, automated NMR-based structure elucidation, carbohydrate-based taxon clustering, distribution of structural fragments against taxa, and other. All data can be exported as RDF feeds.
マニュアルキュレートされた天然糖類のデータベースです。原核生物、植物、菌類、数種の原生生物のグルカン、グライコポリマーについて、糖鎖構造、文献、分類、NMRデータ、関連情報を提供しています。微生物については報告された糖鎖構造の約90%を網羅しています。2017年時点で、~7,000の文献で報告された~9,000の生物種に由来する~19,000の構造と~8,000のNMRスペクトル情報を保持しています。サイトでは他にもGlycosyltransferase databaseや1D and 2D NMRシミュレーション、NMRをベースとした自動構造解析、糖質をベースとした生物分類、生物分類に対する構造フラグメントの分布などの様々なサービスが提供されています。全てのデータはRDFで出力することができます。

Ghent University
PubMeth
Reviewed methylation database in cancer
This is a database of DNA methylation in cancer. The data were collected from literature by automated textmining, and then, manually curated and annotated. Users can find methylation frequency of each gene in various type of cancer. It is allowed users to search the data by gene and by cancer type.
各種がんにおける遺伝子のメチル化頻度を調べることができます。現在のエントリーは5,000以上で、1,000件以上の文献から自動テキストマイニングにより抽出した情報を元に、キュレーションとアノテーション付与をしています。遺伝子側からの検索とがんの種類からの検索ができます。

Centre de Recherches sur les Macromolecules Vegetales
3D Lectin Database
Lectin 3D is a database of lectin crystal structures. The database contains PDB structures of lectins from all kingdoms of life as solved by x-ray crystallography. Users can browse by kingdom and protein class using comprehensive drop-down lists. Advanced search is also available.
各エントリーは由来（動物、植物、藻類、菌類、微生物、ウイルス）ごとに分類されており、さらにレクチンのタイプ（構造ファミリー）から辿ることができます。PDBの立体構造や結合する糖鎖構造、文献情報が収集されています。

University of Oulu
YMP
Yeast Mitochondrial Proteome 2-D database
酵母の発酵と呼吸に関するミトコンドリアプロテオーム解析結果 - 2次元電気泳動画像、同定されたタンパク、および、その他のミトコンドリアデータベースのリンク集が掲載されています。
YMP is a database of yeast mitochondria proteins. The database contains information on proteins determined and confirmed using several different proteomic methods, as well as experimental datasets following environmental manipulation. Several 2D-PAGE experiments are represented.

家庭の中医学
漢方の情報サイト。中医漢方処方解説、中医生薬解説、症状の解説と治療、中医学用語解説が掲載されています。

おもしろい糸状菌 （アーカイブ）

カビはおもしろい形の胞子を作ったり、おもしろい形のキノコを作ったりします。
色々なカビの顕微鏡写真をご紹介しますので楽しんで下さい。
現在、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 北海道農業研究センターによるオリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブから「おもしろい糸状菌」をご利用いただけます。

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 北海道農業研究センター

JUMOKU
日本産樹木検索
日本産樹木508種（針葉樹を除く）の検索ができます。

Morning Glories Database
アサガオ類画像データベース (MORNING GLORIES DATABASE)
Morning Glories Database is a collection about the mutants of the morning glory (Ipomoea nil), closely related species and interspecific hybrids. It also includes cultivars of Convolvulaceae. Each entry contains image, relative description and references. It also provides lists of related books and articles in various fields, along with lists of older literature and Web links concerning the morning glory.
日本の伝統的な園芸花で多数の遺伝子突然変異体をもつアサガオを中心に、近縁種およびアサガオとの種間雑種およびヒルガオ科の園芸植物の画像を集めたデータベースです。

Flora of Tokyo
東京都植物誌デジタル版
Flora of Tokyo is a database of herbarium and pictures of vascular plants growing naturally in Tokyo, Japan. It is now available only in Japanese, although users can search by scientific names.
東京都に自生する維管束植物のさく葉標本および生態写真のデータベースです。首都大学東京・牧野標本館に収蔵されているさく葉標本の画像や学名、採集地などの標本情報、および生態写真を収録しています。属名、学名、和名、採集年による検索が可能です。また、盗掘が心配される希少種や絶滅危惧種等を除き、標本の採集地や生態写真の撮影地をデジタル地図上で閲覧することもできます。検索結果はCSVまたはXML形式によるダウンロードが可能です。

TOBIKOBACHI
Image Database of Encyrtid Wasp Collection
日本産トビコバチ類画像データベースTOBIKOBACHIは、立川哲三郎博士のコレクションに基づいた日本産トビコバチに関する、画像を含めた種情報のデータベースです。各レコードは、科名、属名、種名、和名、分布、模式産地、模式標本の所蔵機関、原記載の出典、同物異名、発生期、寄主、天敵、文献、画像(全体図と部分図)等16項目を収録しています。
TOBIKOBACHI is the image database of Japanese encyrtid wasps based on the collection of Dr. Tetsusaburo Tachikawa. Each record consists of 16 items including images (general habitus and various parts of the body), scientific names (family, genus and species), the Japanese name, distribution data and so on. Users can search species by keywords from these items. Search results show scientific names, the Japanese names and links to display retrieved records.

HANABACHI
Image Database of Japanese Bees
日本産ハナバチ類画像データベース(HANABACHI)は、 日本産の全種のハナバチに関する、画像を含めた種情報のデータベースです。 各レコードには、科名、属名、種名、和名、分布、模式産地、模式標本の所蔵機関、 原記載の出典、同物異名、種の説明、訪 花植物、文献、画像(全体図と部分図)、 分布図等を収録しています。
HANABACHI is an image database covering all the species of the Japanese bees. The data on family Andrenidae, the genera Nomada and Lasioglossum are now opened to the public. This website explains keys to identify families and genera of the Japanese bees. Each record consists of 18 items including scientific names, the Japanese name, taxonomical information (sex, locality and depository of the type, etc) and total/partial images. Users can search species by keywords from these items.

ELKUType
Type Specimen Collection Preserved in the Entomological Laboratory, Kyushu University
ELKUType is a database of information on type specimens preserved in the Entomological Laboratory, Kyushu University (ELKU). ELKUType is based on the holotypes, which are used in the original description for establishment of a new taxon. Each record consists of 17 items including a image of the holotype, scientific names (family, genus and species), the Japanese name and distribution data. Users can search records by keywords from these items.
ELKUTypeは、九州大学農学研究院昆虫学教室所蔵のタイプ標本情報のデータベースです。タイプ(模式標本)は、新種等のタクソン(分類単位)が設立され、記載命名された時に用いられた標本で、その中の1個体をホロタイプ(完模式標本、holotype)、同時に用いられたこれ以外の標本で指定されたものはパラタイプ(副模式標本、paratype)と呼んでいます。 ELKUTypeは主としてホロタイプに関するデータベースで、各レコードには、学名、和名、目名、科名、原著者、命名年、原記載の出典、タイプの種類と雌雄、タイプ産地、国、保存形式、パラタイプの有無、画像等19項目を収録しています。

瀬戸内海海藻類標本データベース
神戸大学内海域環境教育研究センター（兵庫県津名郡淡路町）に保存されている海藻類標本をデータベース化しました。センターに保存された標本の中から、代表的な標本約529点（228種）の画像と採集情報を公開しています。

藻類画像データ

この画像データベースでは藻類の分類名、学名、画像を提供しています。
筑波大学生物学類および全国の生物学科の学生諸氏の藻類への理解を助けると同時に，全国の大学および中高等学校で生物学教育に携わる先生方が利用できる画像資料の提供をめざしています。

筑波大学 生物科学系

相模湾生物データベース
相模湾で採取された水生生物のデータベースです。画像と分類、採取情報が収集されています。
東京大学 大学院理学系研究科附属臨海実験所

中国薬草古典「証類本草」データベース

「証類本草」は中国で１世紀頃に創刊された薬草古典『神農本草経』を基本とし、その後収録項目を追加しながら12世紀頃までに31巻発刊された最も権威がある薬物書です。
収載品目は1,700種類で、薬用植物・動物・鉱物、さらには食用とされる果実類、米穀類、野菜類、獣禽類などの効能が、形態、産地などとともに時代毎に収載されています。
医薬学及び植物学方面の内容の正確さや情報量の豊富さ、生薬の基源の歴史的変遷をたどることができ、薬効のみならず食効に関する情報が提供できるなどの点で、漢方資料として極めて重要な価値を有しています。 この古典を我が国として初めて翻訳・データベース化しました。

富山大学

DBGET Search - DGENES
DgeneS is a database of genes from draft genome sequences, including genes from sequencing projects not yet completed. The database can be searched by gene name, ID, or keyword and returns information on taxonomy, protein and nucleic acid sequence, and links to related databases.
KEGG DGENESは、公共データベースからドラフトゲノム中の遺伝子情報を抽出し作成したデータベースです。 多くのデータがKEGG GENES database （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00532） に移行されたため、京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンターによるオリジナルサイト （http: //www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?dgenes） の運用は終了しました。

DBGET Search - EGENES
KEGG EGENESは、dbESTよりESTコンティグ遺伝子を自動抽出して作成したデータベースです。
EgeneS is a database of EST sequences and genes identified by sequencing expressed genes. The database can be searched by gene name, ID, or keyword and returns information on taxonomy, protein and nucleic acid sequence, and links to related databases.

KEGG MGENES
MGENES is a database of genes characterized by metagenomic sequencing and environmental sources. The database can be searched by gene name, ID, or keyword and returns information on taxonomy, protein and nucleic acid sequence, and links to related databases.
大規模な環境シーケンシング研究から得られた遺伝子情報のコレクションです。 メタゲノムサンプル由来の配列、機能、環境パラメータをパスウェイデータベースに基づいてリンクしています。また、メタゲノムから配列クラスタリング法を用いて生成されたリファレンス遺伝子カタログ（OM-RGC、IGC）も提供しています。メタゲノムサンプルのブラウズやBLAST検索が可能です。

KEGG RCLASS
KEGG Reaction Class
KEGG RCLASS is a database of enzymatic reactions as organized by the KEGG system and contains an expandable list of all reaction types organized hierarchically. A search function for reaction class is also available. Users can obtain the compounds and enzymes involved for each specified reaction pathway.
KEGG RCLASSは、KEGG RPAIRのメインペアを化学構造変化パターンで定義した化学反応クラスです。RC番号を識別子としています。

Visual database of Primatology (サル学画像データベース)

霊長類の頭蓋骨の写真を集めたページです。
前、後、上、下、右、左の方向を決定すると、写真の一覧が表示されます。

京都大学 霊長類研究所

みんなのバイオ学園
毎日の生活に欠かすことのできない「バイオテクノロジー」を、子どもから大人まで楽しく学ぶことができます。基礎、歴史、農作物、医療、倫理などの授業形式のコースや、e-ラーニングを選ぶことができます。
財団法人バイオインダストリー協会

Research Institute of Marine Invertebrates
公益財団法人水産無脊椎動物研究所
VARIOUS MARINE INVERTEBRATES
無脊椎動物図鑑
VARIOUS MARINE INVERTEBRATES is a visual dictionary of marine invertebrate species constructed by Research Institute of Marine Invertebrates (RIMI). This visual dictionary covers information on 20 phyla of marine invertebrates. Each webpage corresponds to one phylum, and contains examples of species with photos, locations of the photos, the Japanese names and scientific names (phylum, order, family, genus, species, etc).

最近では、深海探査その他により、未知の無脊椎動物が相次いで発見されており、分類の新しい動物門を増やしています。
無脊椎動物図鑑は古典的な分類に最近の知見を加味したものです。

遺伝学電子博物館
遺伝学の歴史、進化と遺伝、分子遺伝学などの学術情報をビジュアル的に分かりやすく解説しています。マルチメディア資料館では、RNAポリメラーゼやリボゾームの3Dモデルを手元で自由に動かしたり分解して見ることができます。

SciencePortal
最新の科学技術情報を伝えるポータルサイト。研究開発や調査に役立つデータベースをご紹介します。

National Museum of Nature and Science, Tokyo
Illustrated Guide of Marine Mammals
海棲哺乳類図鑑
This database is a collection of illustrations and information about Marine mammals. It contains an illustration of body, photographs of head bone, scientific name, classification, feature and habit, etc. Each record also links to Stranding Record(s) in Japan. The skull image database of marine mammals is incorporated into the Illustrated Guide of Marine Mammals.
海棲哺乳類の画像と、分類や特徴、大きさなどの情報を公開しています。日本国内のストランディング情報にもリンクしています。「海棲哺乳類頭骨画像データベース」も「海棲哺乳類図鑑」に統合されました。

国立成育医療研究センター研究所
National Medical Center for Children and Mothers Research Institute
EMBRYS
Embryonic Gene Expression Database for Biomedical Research Source
EMBRYS is a database of mouse in situ hybridizations. The database contains images of gene expression at three time points in embryonic development, annotated by organ, which can be explored using an image viewer. Data are available for download.
マウス胚の約1,600の転写関連遺伝子発現をホールマウントin situハイブリダイゼーション法（WISH）によって可視化し、発生段階に応じた遺伝子発現を捉えた3次元的実体顕微鏡画像データベースです。

マメハモグリバエ寄生蜂の図解検索
マメハモグリバエLiriomyza trifolii (BURGESS)は1990年頃から侵入害虫として日本で問題になり、現在までに在来の寄生蜂が少なくとも28種確認されています。本データベースでは、これらマメハモグリバエ寄生蜂の分類と簡単な説明、画像を提供しています。

育成品種紹介
日本国内において育成された果樹品種について樹種名、品種名、登録状況、育成場所、品種の説明等と関係画像を収集・蓄積し、データベース化し、提供しています。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 果樹研究所

National Agriculture and Food Research Organization,National Institute of Fruit Tree Science
EPFDB
Entomopathogenic Fungi Database (昆虫病原糸状菌データベース)
Entomopathogenic Fungi Database
This is a database for entomopathogenic fungi, which attack healthy insects and ultimately lead to their death. Users can view photos of the pathogen after parasitizing the host, as well as images of proliferation in media and microscopic images. Searches can be performed by genus name, Japanese common name, and species list, as well as host species. Synonyms for the pathogen are also shown. All rights for data and photos in this site are reserved.
健全な昆虫にとりつき、昆虫体内に侵入後その昆虫を死に至らしめる昆虫病原糸状菌類のデータベースです。宿主に寄生した状態の写真や培地での増殖写真、顕微写真などが収録されています。属名、和名、種名のリストから検索できるほか、宿主からのリスト検索が可能です。菌種のシノニム（同種異名）リストも掲載しています。

作物見本園

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構・作物研究所の資源作物見本園で栽培された作物もしくは現在栽培中の作物の様々な写真とそれらの作物についての簡単な解説を収めたデータベースです。「掲載作物名一覧」や「見本園マップ」からそれぞれの作物の情報にアクセスできます。
また、 最近の見本園の写真も「資源作物コーナーの様子」、「稲コーナーの様子」、「麦コーナーの様子」として収録されています。

AGROPEDIA
AGROPEDIA（アグロペディア）とは、農林水産試験研究に関する知の泉を創造するべく, 様々なデータベースを一同に集め,これらをインターネットを通じて情報提供するシステムの愛称であり、農(Agriculture)に関する知の泉 (Encyclopedia)を意味する合成語です。研究に役立つ文献、数値、衛星画像など様々なデータベースをご利用ください。
農林水産省 農林水産技術会議事務局筑波事務所

農林認定品種データベース

農林認定（旧命名登録）は、農林水産技術会議事務局が所管している国立研究開発法人及び指定試験事業を委託している都道府県の試験研究機関が育成した農作物の系統で、その特性が優良なものについて農林水産省の新品種として決定し、普及に資するために認定しています。平成19年3月現在で89作物、1,807品種が登録されています。
本データベースはこれらの品種についてデータベース化したものです。検索した品種に関する詳細な解説の他、品種の系統図、図表データ、画像が表示されます。

やさい・くだもの百科
約60種の作物と、その品種約600種が納められているデータベースです。品種の名前、写真、簡単な説明がつけられています。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 中央農業総合研究センター

株式会社植物ゲノムセンター
Plant Genome Center Co.,Ltd.
RRDB
Rice Research Database
イネ学データベース（Rice Research Database）
RRDB is a database of cultivated rice constructed by Plant Genome Center (PGC). RRDB contains 1000 cultivated rice varieties in the world with 110000 entries of information on their characteristics. Users can search cultivars, traits and genetic relationships by keywords.

栽培イネの形態的・生理的特性データを集めた公開データベースです。
1000以上の品種についての約80の項目の特性データ（11万件）から構成されます。

Regenerative-medicine.jp
株式会社グローバルインフォメーションが運営する再生医療の市場情報に関するサイトです。 海外のニュースやホワイトペーパーなどの最新マーケット動向概要、世界各地で開催されるカンファレンスやイベント情報などが掲載されています。
株式会社グローバルインフォメーション

診療報酬情報提供サービス

診療報酬情報提供サービスは、医療保険請求に関わるレセプト電算処理システムに必要な情報を提供するホームページです。
医療保険請求に関わる様々な機関が事務を効率的かつ迅速に行えるよう、各種制度改正情報や点数表、薬価基準などの保険請求に必要な各種の情報や磁気レセプト作成のための基本マスターを提供しています。

iyakuSearch
iyakuSearchはJAPICが提供する国内外の医薬品情報に関するデータベースです。
財団法人日本医薬情報センター

JAPICDOC
医薬文献情報データベース

JAPICDOC は国内・海外の医学・薬学関連文献から医薬品に関する情報を蓄積したデータベースです。
国内文献は、医薬品の基礎から臨床までの情報で、特に医薬品の有効性や安全性を中心に収録し、
海外文献は、安全性に関する情報のみを収録しています。

財団法人日本医薬情報センターによるオリジナルサイトとしての運用は終了しましたが、iyakuSearch （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00878） による検索対象に含まれています。

健康食品データベース
本データベースで扱う「健康食品」は、健康の保持・増進に資する食品として販売・利用されているもの全般としています。本データベースで提供する健康食品の情報は、健康食品の輸入・製造・販売会社からデータの提供を受け公開しているものです。医療関係者や都民の方が、健康食品の安全な利用について適切な判断を行う補助として利用すること、また医療相談の際に利用することを目的として作成されています。
社団法人東京都薬剤師会

UMIN
UMINは、国立大学附属病院長会議のもとで運用されているネットワークサービスで、東京大学医学部附属病院内にセンターがあります。大学病院業務 (診療・研究・教育・研究）及び医学・生物学研究者の研究教育活動の支援を目的としてサービスを行っています。
UMIN is a repository of medical data and hospital statistics for healthcare professionals. UMIN contains databases of clinical practice, research related information, medical education / clinical training and university hospital management. Databases except for those of research related information are only available in Japanese. Users can search clinical trials and Japanese academic societies in medicine and related fields by keywords.

Hokkaido Research Organization,Environmental and Geological Research Department Institute of Environmental Sciences
地方国立研究開発法人北海道立総合研究機構 環境・地質研究本部環境科学研究センター
BirdBase
BirdBase is a database of bird distribution developed by Hokkaido Institute of Environmental Science and Japan Sciences and Technology Agency (JST). This database contains multiple data sets related to bird distribution such as Threatened Birds of Asia, important Wetlands in Hokkaido, etc. Users can search bird surveys by species names, areas, as well as keywords.

BirdBase（アジアの鳥類分布データベース）は複数の調査機関に分散して所蔵されている調査データを横断的に検索できるWebGISシステムを提供しています。
「種名から検索する」、「地域から検索する」、「生息地の情報を見る」、「分布地の一覧を見る」などの検索メニューがあります。

TMIG-2DPAGE Proteome Database
The TMIG-2DPAGE Proteome Database is clickable image maps for looking up the 2D gel proteome databases on human cell lines in XML. It contains information for proteomic approach to molecular mechanisms of cellular aging and oxidative stress-induced cell damages. 2D gel images of TIG-3 (human diploid fibroblast cell strain),HUVEC (human umbilical vein endothelial cells), SH-SY5Y (human neuroblastoma cell line) and EBV-transformed human B-lymphoblastoid cell line are included. This database also links to tools for proteomics in the web.
ヒト由来培養細胞4種類と、病理解剖組織1種類の二次元電気泳動画像と同定されたタンパクの情報を公開しています。

GBIF JAPAN
The Global Biodiversity Information Facility in Japan
GBIF (Global Biodiversity Information Facility) は、生物多様性に関するデータを各国・各機関で分散的に収集し、ネットワークを通じて全世界的に利用することを目的とする国際協力による科学プロジェクトです。 その活動により、動物、植物、微生物、菌類等広範な生物種、生物標本データ、遺伝子配列情報、タンパク質データ、生態系データ等の相互運用、利用が可能になることが期待されています。

飼料イネ技術情報
飼料イネは水田の機能を維持したままで生産が可能な食用イネ以外の作物として、また、安全な国産粗飼料として飼料自給率の向上が期待されています。飼料イネの品種開発から、栽培・収穫・調整、家畜への給与に至る技術開発を情報発信するページです。

草地植生ファクトデータベース
日本の草地生態系における生物群集の動態を調査したデータベースです。地域別、草地の種類別に植生データを検索できます。「草地の動態に関する研究」の第 I 期 (1972−1981年)で得られたデータを収録しています。

畜産環境文献データベース
畜産環境文献情報データベースは、畜産草地研究所畜産環境分野の研究員が興味を持った文献等を適宜入力してデータベース化し、全文検索（キーワード検索）および文献リストの形で利用できるようにしているものです。畜産環境技術研究所の畜産環境技術情報データベースとも連携しており、全文検索は双方のデータベースを対象に行われます。

牛肉のプロテオーム解析データベース
動物の筋肉は多数の筋構造蛋白質と筋漿蛋白質で構成されています。食肉の品質はこれらの蛋白質成分の量や質が変わることで違ってくると考えられます。このデータベースは牛肉の全蛋白質、筋原繊維蛋白質、筋漿蛋白質の２次元電気泳動のゲル画像と同定されたタンパク質、研究成果を公開しています。
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 畜産草地研究所

有用植物の病害診断/防除総合システム
穀類、野菜類の病害データと病原菌の情報を検索するサイトです。全国各地で作成された病害虫データベースや生理障害データベースを一括して検索できます。また、病害データベースは宿主からの検索も可能です。

野菜生理障害事例検索システム
野菜に発生した生理障害に関する事例情報を総合的に検索するサイトです。農業関連の研究者・普及員・生産者を対象としています。

Database of Plant Diseases in Japan
日本植物病名データベース
日本植物病理学会編集の日本植物病名目録に記載された情報を、同学会の許可を得て転載したデータベースです。宿主の索引から検索することも可能です。
This is a database of plant diseases created on the basis of a catalog, "Common names of plant diseases in Japan", which compiled by The Phytopathological Society of Japan. Searches can be performed by host species, disease name, pathogen name and host, and type of pathogen, as well as via host plant family list.

農業生物資源ジーンバンク：植物画像データベース
NIAS Genebank : Illustrations of Plant
This site provides images and characteristics of Rice, Legume, Vegetables, Flower&Ornamental Plants, Millet and Forage Crops, which includes information of their distribution in the field and their morphology etc.
稲類、麦類、豆類、野菜、花き・緑化植物、特用・飼料作物について、分類、分布、形態的特徴、遺伝資源としての評価などの情報を、種子、葉、花、生息地などの画像とともに紹介しています。

農業生物資源ジーンバンク：動物画像データベース
NIAS Genebank : Illustrations of animal / insects
This site provides images and characteristics, such as their appearance, of a large number of breeds and strains of chickens and silkworms in Japan.
国内に多くの品種・系統が存在するニワトリとカイコについて、その特徴を画像とともに紹介しています。

農業生物資源ジーンバンク：遺伝資源データベース
NIAS Genebank : Databases
農業生物資源ジーンバンクでは、遺伝資源に関する情報をデータベース化し、オンラインで公開しています。遺伝資源の配布を希望される方にもご利用いただくことができます。植物遺伝資源、動物遺伝資源、微生物遺伝資源、DNA (NIAS DNAバンク)の４つの部門から構成されます。
genetic resources center in NARO (National Agriculture and Food Research Organization) provides information on a range of genetic resources. It includes genetic informaton about plants, animal, microbial, and DNA (NIAS DNA bank) . It also includes information about distribution of those genetic resources.

MgNEST-DB
Magnaporthe grisea EST Database
イネいもち病菌のESTを35,189配列解読し、その配列を用いて4,155の遺伝子情報を詳細に決定しました。解読したEST配列、決定した遺伝子座及び関連解析の結果をデータベースに収録し、公開しています。

動物用医薬品データベース
動物用医薬品の詳細情報を収集したデータベースです。商品名、販売社名、主成分、対象動物、薬効分類から検索できます。
農林水産省 動物医薬品検査所

副作用情報データベース
過去に報告された動物用医薬品副作用情報を収集したデータベースです。最新報告、報告年月日、品名、主成分名、生物学的製剤名で検索できます。

German Cancer Research Center
GlycomeDB
The carbohydrate structures metadatabase

糖鎖配列の構造情報を蓄積するためのXMLベースの配列記述フォーマット(GlycoCT)を定義し、公共データベース(CFG, KEGG, KEGG, GLYCOSCIENCES.de, BCSDB and Carbbank)の全糖鎖配列をGlycoCTに変換し、アノテーションとともにデータベースに収容しました。
構造の記述方法を統一したことによって異なるデータベース間のクロスリンクが可能となり、ユーザはこのデータベースを使用することで、5つの糖鎖構造データベースの構造情報を得ることができます。
検索したい構造を画面上で簡単に作成、入力できる構造検索、部分構造検索、類似構造検索、その他、生物種別の検索ができます。
2016年にGlyTouCanデータベース（http://glytoucan.org/ ）へのデータの移行に伴って、運用は終了しました。

GlycomeDB is a database of carbohydrate structural information. The database contains structural information collected from other sites and studies which can be searched, accessed, and compared using several tools. Users can search by ID, structure, similarity, or species. Data is available for download. GlycomeDB is now closed, please use GlyTouCan (http://glytoucan.org/).

Justus-Liebig University Giesen
GLYCOSCIENCES.de
糖鎖生物学やグライコミクスのためのデータベースや各種ツールを提供しているサイトです。GLYCOSCIENCES.deプロジェクトは German Cancer Research Center (DKFZ)の分子モデリンググループにて糖鎖関連データベースやツールを開発するプロジェクトとして1990年代にスタートしました。現在、6種類のモデリングツールと10種類の解析ツール、文献データベース、各種構造データベース、NMRデータベース、質量分析データベース、Protein Data Bank (PDB)に登録されている糖鎖を収録したデータベースを提供しています。
Glycoscience.de is a database of glycosylation and glycoproteins. The database contains experiment, sequence, and study information which can be browsed or searched. Tools for modeling carbohydrate chains and glycoproteins are available, as are tools for notating, visualizing, and analyzing glycoproteins.

Department of Pharmaceutical Chemistry, Philipps-University Marburg
AffinDB
Affynity Database For Protein-Ligand Complexes
PDBに登録されているタンパク-リガンド複合体のアフィニティデータを収集したデータベースです。リガンドの構造やアフィニティ強度、文献等の情報を調べることができます。現在748のアフィニティデータが登録されています。
AffinDB is a database of protein-ligand complexes. The database contains affinity data and structures (in the form of PDB files) for hundreds of complexes. Users can browse by several ligand features including exact or a range of values, or browse interactions.

University of Leipzig
tRNAdb
Transfer RNA Database
tRNAdb is a database of transfer RNAs from hundreds of species. The database is divided into nuclear and mitochondrial subsections, each of which includes complete tRNA gene compliments for the appropriate subcellular component. genes have been computationally detected and in many cases experimentally verified. Users can search and download tRNA sequences.
577生物種の12,000以上のtRNA遺伝子と、104生物種の623以上のtRNA配列と構造が格納されています。これらはアンチコドン・トリプレットによって決定されるアミノ酸特異性によってファミリーに分類されています。各エントリーは、生物種、DNAまたはRNA配列、アミノ酸ファミリー、アンチコドン、文献、PubmedID等をクエリとして検索できます。

University of Copenhagen
JASPAR
JASPAR COREデータベースは、実験で明らかにされ文献で報告された真核生物の転写結合サイトのデータをキュレートし、冗長を省いた転写結合プロファイルを収容しています。TRANSFAC等の同様のデータベースとの違いは、オープンアクセス、非冗長性、質の点で異なります。
JASPAR is a database of transcription factor binding sites. The database contains experimentally verified promoter and other gene expression regulation sites represented as sequence logos indicating critical nucleotides for recognition and binding by a given factor. Dozens of species are represented, and users can search by protein, motif, species, or protein structure family.

Uppsala University
Human Protein Atlas

様々な種類のヒトの器官、組織、細胞におけるタンパク質の発現および局在に関するデータベースです。蛍光抗体イメージング、質量分析に基づくプロテオミクス、網羅的な遺伝子発現解析によるトランスクリプトミクスおよびシステム生物学の手法により得られた情報を遺伝子ごとに記載しています。各レコードは３つのアトラスで構成されています。
「組織アトラス」：ヒトの主要組織や器官におけるRNA発現量、タンパク質発現量
「細胞アトラス」：RNA発現量や発現画像、GFP発現画像など細胞内での局在
「疾病アトラス」：生存がん患者の組織における量的発現解析（RNA-seq）や空間的発現解析（マイクロアレイ）によるタンパク質発現レベル
また、抗体の情報、細胞内器官の説明、各組織における腫瘍の説明や生存率の情報なども収録しています。
遺伝子名、抗体名、タンパク質の分類によるデータの絞り込みが可能です。

Human Protein Atlas is a database of protein expression and localization. The database contains information on where proteins localize within cells and lists antibodies for the detection of human proteins. Information on expression in cancer lines as well as RNA transcript expression is also represented. Elements can be searched by several positional characteristics.

GlycoSuite
GlycoSuiteDBは、アノテーション付けされた糖鎖構造の関係型データベースで、Tyrian Diagnostics Ltd の製品です。1990-2005年に文献で発表されたO-glycan, N-glycanの構造が収録されています。glycanのタイプ、リンケージ、アノマー配置、質量、組成、ソース等で検索できます。
This database has been retired. The data are available in UniCarbDB (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc01525).

MetaCyc
MetaCycは実験的に検証された代謝パスウエイのデータベースで、1900種以上の生物由来の1500以上のパスウエイが収録されています。
MetaCyc is a database of metabolic pathways. The database contains hundreds of curated pathways from hundreds of organisms acorss all kingdoms of life. Users can search by gene, protein, enzyme, or keyword, and explore pathways across related species.

University of Alberta
SMPDB
Small Molecule Pathway Database
SMPDB is a database of the biological pathways of small molecules. The database contains pathway information on hundreds of small molecules, many unique to SMPDB. Users can browse pathways by category, search the database, or use structure, sequence, and small molecule tools to explore pathways.
SMPDB(Small Molecule Pathway Database)は、350以上のヒトの小分子パスウエイを含む視覚的なデータベースです。これらのうち2/3以上のパスウエイ(>280)は他のパスウエイデータベースでは見つけることができません。 SMPDBは、メタボロミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、およびシステム生物学におけるパスウエイ解明や発見をサポートするために構築されています。 全てのパスウエイには、詳細な解説、文献情報、関連器官、細胞内コンパートメント、タンパク質補助因子、タンパク質局在、代謝物質局在、化学構造、タンパク質四次構造に関する情報が含まれています。代謝物質名、薬剤名、遺伝子/タンパク質名、SwissProt ID、GenBank ID、アフィメトリクスIDまたはAgilentマイクロアレイIDのリストをクエリーとして検索すると、該当するパスウエイのリストが作成され、マッチした分子をハイライト表示します。

HMDB
Human Metabolome Database
HUMDB is a database of human metabolites. The database contains information on thousands of metabolites produced by and found in the human body as a result of metabolic processes. genes and proteins related to the metabolites are also affiliated with records, where appropriate. Data on metabolites and the associated genes and proteins are available for download.
ヒト体内における低分子代謝物の詳細情報を収集したデータベースです。メタボロミクスや臨床化学、バイオマーカー探索、教育分野で活用されることを目的に構築しており、化学データ、臨床データ、分子生物学/化学データを含んでいます。現在、7,900代謝物が登録されており、7,200のタンパク質（DNA）配列のリンク情報があります。

University of Guelph
Animal Genome Size Database

動物のゲノムサイズデータの総合的なカタログです。ゲノムサイズとは、ハプロイド核DNA含量、すなわち、1生物種の染色体の1コピーのDNA量を指します。
ハプロイドDNA含量は「C-value」とも呼ばれます。二倍体の生物ではC-valueとゲノムサイズは同義です。現在の収録数は、4972生物種（3231脊椎動物、1741無脊椎動物）にのぼり、C-valueや染色体数が収録されています。

Animal Genome Size Database contains information on the genomes of hundreds of species. For each species, the database reports the C value, information on the number of chromosomes, and details of the experimental methods used to determine genome size.

IPI
International Protein Index
7つのデータリソース（UniProtKB/Swiiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL., RefSeq, Ensembl, TAIR, H-InvDB, Vega)のタンパク配列をもとに、非冗長タンパク配列データセットを収録しています。 2001年から2010年まで更新を続けてきましたが、2011年9月をもってサービスを終了しました。最終データはftpサイト （ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI） から取得可能です。また、脊椎動物、無脊椎動物からのゲノムデータやプロテオームデータのアクセス情報と連絡先が、EMBL-EBIのサイト （http://www.ebi.ac.uk/IPI） に記載されています。

Royal Botanic Gardens, Kew
Plant DNA C-value Database
Plant DNA C-value Database is a resource for the nuclear genetic content of plants. The database contains values determined experimentally for a large range of plants covering thousands of species. Users can submit values and register to receive updates.
一生物種の非複製配偶子の核DNA量はC-valueとして表されます。植物DNA C-value データベースは現在5150種の植物のC-valueデータを収容しています。被子植物DNA C-valueデータベース、裸子植物DNA C-valueデータベース、シダ植物DNA C-valueデータベース、コケ植物DNA C-valueデータベース、藻類DNA C-valueデータベースのデータを集結したものです。

BioCarta LLC
BioCarta
Charting Pathways of Life

細胞内のパスウエイ模式図を検索できる企業サイトです。図中の分子をクリックすると、OMIMやPubMedなど外部リンクにて分子の詳細を確認することができます。 図が綺麗です。

BioCarta LLCによるBioCartaの運用は終了しました。
パスウェイ情報はこちらのサイト （https://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways） から入手可能です。

BioCarta is a database of gene interaction models. The database contains high-quality images of several cellular signaling and interaction pathways, and each diagram is fully hyperlinked to products and information pages about individual genes. Users can access product sales pages for selected elements of each pathway.

Carnegie Institution for Science/Department of Plant Biology
PMN
Plant Metabolic Network

PMNは生化学者とデータベースのコラボレーションプロジェクトであり、植物の代謝パスウエイデータベースを構築することを目標としています。
PMNで現在公開しているデータベースは、「PlantCyc」「AraCyc」「PoplarCyc」および他の植物代謝データベースのリンク集です。
「PlantCyc」はPMNの中心的存在となる包括的な植物生化学パスウエイデータベースであり、300種類以上の植物の一次代謝、二次代謝に関わる遺伝子、酵素、化合物、反応、パスウエイについての文献情報やコンピュータによる解析結果をキュレートし提供しています。
「AraCyc」はモデル植物であるシロイヌナズナの代謝パスウエイに関する情報をキュレートし提供しています。シロイヌナズナの実験データ（遺伝子発現データ、プロテオミクスデータ、メタボロミクスデータ）を代謝パスウエイマップに重ねることができます。
「PoplarCyc」はモデル樹木であるポプラとその近縁種やハイブリッド種の代謝パスウエイに関する情報をキュレートし提供しています。ポプラの実験データ（遺伝子発現データ、プロテオミクスデータ、メタボロミクスデータ）を代謝パスウエイマップに重ねることができます。

PMN is a database of plant metabolic pathways. The database contains information on metabolic pathways in over a dozen plant species which users can search by gene, protein, reactions, compounds, or pathways. Users can download pathway and enzyme data as well as pathway software.

Duke University
Geneimprint
ゲノムインプリンティングの関連記事、レビュー、プレス報道、講演のビデオおよび音声、学会、遺伝情報を収集したポータルサイトです。「genes」タブには、7種類の生物種のインプリンティング遺伝子リスト（遺伝子名、染色体ロケーション、同定ステータス、発現アリル）が掲載されています。
geneimprint is a database of epigenetics in mammals. The database contains general information, articles and news about genomic imprinting, and lists of mammalian genes which are known or suspected to be imprinted.

Integrated Taxonomic Information System
ITIS
ITIS is a database of taxonomic nomenclature and information used in biodiversity and ecosystem preservation programs. The database contains information on species and serves as a respository for biodiversity information for US government programs. The database can be searched by taxon or hierarchically, and taxonomic data can be downloaded.
生物名と種の階層分類を収録しているデータベースです。ホワイトハウスの生物多様性および生態力学に関する分科委員会では、系統分類学が生物多様性保全と生態系管理の基礎となる優先研究課題であると認識されており、用語体系の標準化や組織化の改良が必要とされています。このデータベースはこれらの要件を実現するように設計されており、使い易く、信頼性の高い情報を提供するデータベースを目指しています。

Marine Biological Laboratory
GenProtEC (E. Coli genome and proteome database)
Escherichia coli K-12 (strain MG1655) ゲノムにコードされた機能に対するアノテーションを蓄積しています。1)オーソログの配列相同性、機能ごとに分子ユニットを形成する融合タンパクの解析、2)大腸菌間で相同タンパク配列を示すグループの同定、3)文献情報のアップデート、4)遺伝子のタイプや細胞内の役割による遺伝子産物の分類等の情報が整理されています。
GenProtEC is a database of the E. coli genome and proteome. The database contains related sequence information which can be searched by sequence or keyword, as well as several comparative and classification resources for functional characterization and exploration.

Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Cancer Genes
がんゲノム大型共同プロジェクトにおける遺伝子選択および優先付けプロセスを簡素化するためのリソースです。各遺伝子は専門家によってアノテーション付けされています - 遺伝子名、機能説明、生物種、染色体番号と位置、遺伝子構造、転写制御領域、外部リンクなど。ユーザはブラウザ上あるいはスプレッドシートのダウンロードにより遺伝子リストを取得できます。

Pathway Interaction Database
Pathway Interaction Database is a database of interactions between biological molecules. The database consists of data on molecular interactions as well as functional networks and pathways. Pathways and molecules can be browsed or searched individually or in batch format. A variety of datasets are available for download.

National Cancer Institute (NCI)とNature Publishing Group (NPG)の共同プロジェクト。NCIとNPGでキュレートした信頼性の高い113ヒトパスウエイ（7496相互作用）と、BioCarta/Reactomeからインポートした332ヒトパスウエイ（7575相互作用）を収集しています。

NCIによるPathway Interaction Databaseの運用は終了しました。引き続きのデータ利用やダウンロードに関する情報がNCIのサイト （https://wiki.nci.nih.gov/pages/viewpage.action?pageId=315491760） に掲載されています。

TCGA
The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas is a database of genomic sequences derived from normal and cancerous tissue samples in studies designed to understand the genetic drivers of cancer. The database contains sequences from selected, prioritized cancer types which can be downloaded via a data portal site. News and podcasts are also available.
米国立衛生研究所（NIH）の一機関である米国立癌研究所（NCI）と米国立ヒトゲノム研究所（NHGRI）が資金提供する共同プロジェクト。がんに関連する重要な遺伝子変異の包括的な目録づくりを目指すため、成人がん患者の腫瘍のDNA配列解読を行っています。TCGA Data PortalよりTCGAで産生されたデータの閲覧やダウンロードが可能です。

CGEMS
Cancer Genetic Markers of Susceptibility
Cancer genetic Markers of Susceptibility is a database of GWAS studies on various types of cancer. The database contains summaries from over a dozen data sets as well as a SNP imputation resource. Users can apply for access to data.
様々ながんのゲノムワイド関連解析(GWAS)を実施し、がんになるリスクに影響を及ぼす共通の遺伝的変異を同定するためのプロジェクトです。前立腺がん、乳がん、膵がん、肺がんの解析が終了しています。データを閲覧するにはユーザ登録が必要です。genotype data (raw data)をダウンロードするにはData Access Requestの承認が必要となります。

HIV-1, Human Protein Interaction Database
HIV-1, Human Protein Interaction Database catalogs the interactions between the virus that causes AIDS and human proteins. The database contains information on HIV-1 proteins and datasets characterizing virus-human protein interactions. Reports are available for each HIV-1 protein individually and links are provided to external databases with related information.

HIV-1タンパクと宿主細胞タンパクとの相互作用の知見を収集することは、HIV-1の複製や発症のプロセスを理解するのに重要であり、また安全かつ効率的なAIDSの治療法や予防戦略の開発に必須となります。
本プロジェクトでは、HIV/AIDS研究分野の研究者にHIV-1タンパクと宿主細胞タンパク、他のHIV-1タンパク、HIV/AIDSに関連する病原生物のタンパクとの既知の相互作用について、簡潔で詳細な概要を提供することを目的としています。
データベースで提供される相互作用データはすべて文献で報告されたものに基づいています。

National Institute of Allergy and Infectious Diseases
IEDB
Immune Epitope Database
IEDB is a database of immunological molecules. The database contains entries on epitopes, MHC alleles and assays measuring immunological entities gathered from the literature. Users can search by epitope structure, epitope source, recognition context, or disease associations. Epitope prediction tools are available online, and some tools are available for local download and operation.

IEDBでは、実験で明らかにされたT細胞およびB細胞エピトープ（抗原決定基）のカタログや、主要組織適合性複合体(MHC)結合アッセイ、MHCリガンド溶出アッセイのデータ等を提供しています。エントリーには、ヒトやその他の霊長類、齧歯動物、ブタ、ウシ、その他の動物で認識されたエピトープが含まれています。
180,978件の実験情報は文献から手作業でキュレートし、HIV以外の感染因子に関連するペプチドエピトープについては全公開情報の99%をカバーしています。アレルゲンに関連するエピトープは93%、自己免疫に関連するエピトープについては2010年までに完成する予定です。
検索は、エピトープ構造、由来生物種、MHCクラス、アッセイタイプ、宿主生物等を指定できます。

National Institute of Health
Health Information
NIHヘルスインフォメーションは、読者に健康に関するより良い知識と理解を助け、病気を防ぐ手段とし、家族や身近な人が罹る病気の理解を深めることを目的としています。これらの記事は専門家によって精査され、正確、有用、かつタイムリーな情報のみを掲載しています。そして、誰もが読みやすく情報にアクセスしやすいように努めています。
Health Information is a database of health and disease information for the general public. The database contains descriptions and explanations of medically relevant topics ranging from nutrition to concussions. Links are provided to related resources.

GAD
Genetic Association Database
GAD is a database of human genetic associations. The database contains entries collected from published association and genome-wide association studies which connect genes to diseases or other phenotypes. Users can browse by disease or gene, or perform single or batch searches. The database can be downloaded by request.

ヒト疾患の遺伝的関連研究データを管理するデータベースです。候補遺伝子解析やゲノムワイド関連解析(GWAS)に関する査読文献から抽出した要約データも含まれます。各エントリーは遺伝子名、染色体番号、文献名、疾患名、環境要因名から検索できます。

NIHによるGADの運用は終了しましたが、2014年8月18日時点のデータがダウンロード可能であり、NIHのサイト（ https://geneticassociationdb.nih.gov ）に関連する情報が記載されています。

National Institute on Aging
BBID
Biological Biochemical Image Database
生物学的パスウエイ、高分子構造、遺伝子ファミリー、細胞間相互作用に関する画像を収集したデータベースです。遺伝子名、パスウエイ名、細胞や組織、病名、生物学的機能名をキーワードとして検索できます。 cDNAアレイや機能的ゲノミクス、あるいはプロテオミクスの研究者を対象としたデータベースです。
BBID is a database of biological images. The database contains images of all sorts including pathways, structures, gene famies, and cellular structures. Users can search keyword or browse by represented genes or the entire list of available keywords.

LactMed
Drugs and Lactation Database
LactMed is a database of toxins and metabolites which may be found in breast milk. The database contains manually curated entries on compounds in milk as reported in primary literature. Users can search compounds or chemicals by name or CAS. Additional support, including an app, are also available.
母乳育児中の母親が曝露するかも知れない薬や化学物質のデータベースで、母乳や乳幼児血液中のレベルと可能性のある副作用のほかに、代用可能な治療薬に関する情報を提供しています。すべてのデータには科学的根拠となる文献が明記されています。

TOXNET
Toxicology Data Network
TOXNET is a database of toxins and hazardous chemicals. The database contains entries on environmental health issues and related conditions. Users can search the database by keyword, use various support features, or access sub-databases related to toxicity and specific products or biological processes.

毒性、有害危険化学物質、環境衛生、毒性排出に関するデータベース群を集めた毒性情報総合サイトです。
化合物名、病名、環境衛生に関するキーワードを入力すると、TOXNET上の全データベースを横断検索できます。

HSDB
Hazardous Substances Data Bank
5,000以上の潜在的危険有害化学物質の毒性に焦点を当てた毒性データファイルです。ヒト曝露値、産業衛生、緊急時の取扱手順、環境運命、法的要求事項やその他の関連事項情報などが収載されています。すべてのデータは、核となる文献、政府の公式文書、研究論文および選びぬかれた一流の雑誌文献から引用されています。
HSDB is a database of hazardous substances. The database contains information on toxic compounds gathered from primary, peer-reviewed literature. Users can search by compound, CAS, or symptom. Fact sheets and other support are also available.

IRIS
Integrated Risk Information System
IRIS is a database of hazardous substance identification and response information. The database contains response information for over 500 chemicals. Users can search by keyword, compound, CAS number, or symptom, or browse the database.
500以上の化学物質のリスクアセスメントに役立つ情報が提供されています。データレコードは発ガン性のアセスメント (暴露度に関するリスクの推測) とレファレンスコード (有害物質への暴露、または人体に健康への影響が及ばないレベルの推測) に主眼がおかれています。消化吸入による暴露も対象となっており、また化学物質の規制情報の要約や物性値も含まれています。

CCRIS
Chemical Carcinogenesis Research Information System
8,000以上の化学物質の発がん性や変異原性、腫瘍プロモーション、助発ガン性などについての試験結果とその条件が集められています。一般的に受け入れられているプロトコルに従った研究からのデータが抽出されています。データは厳選された文献のレビュー、環境中に存在する化学物質の調査、NIHが出資した活動から抽出された研究結果です。
CCRIS is a database of carcinogenic information. The database contains information related to the cancer-causing potential of over 8,000 compounds. Users can search by keyword, chemical, or CAS number.

TOXLINE
Toxicology Literature Online
毒性に関する文献データを収載したデータベースです。
TOXLINE is a database of toxicology literature. The database contains links to primary literature on the toxicity of chemical substances, which can be searched by name, keyword, or CAS number.

DART
Developmental and Reproductive Toxicology Database
生殖毒性試験に関する文献データを収載したデータベースです。
DART is a database of toxicity pertaining to development and reproduction. The database contains information on compounds which have been shown to have an impact on the earliest stages of life, from conception through early development. Users can search by keyword, chemical, or CAS number. The database returns primary research articles about the search term

GENETOX
Genetic Toxicology Data Bank
gene-TOX is a database of toxic effects of chemical compounds on genetic material. The database contains entries on compounds and their potential negative effects on DNA. Users can search by compound and CAS.
3,000以上の化学物質の遺伝毒性テストデータを収載しています。各物質について、実施された試験方法、ホスト、試験結果、文献情報等を確認できます。

ITER
International Toxicity Estimates for Risk
世界の信頼ある研究グループから寄せられた600以上の化学物質の人体に及ぼすリスク情報を収載しています。
ITER is a database of risk information on chemical compounds. The database contains information on official statements about the harmful risks of hundreds of compounds. The database can be searched by affected tissue or system, chemical, or CAS number.

GtRNAdb
Genomic tRNA Database
GtRNAdb is a database of tRNA gene predictions made by an original program (tRNAscan-SE) on complete or nearly complete genomes. It contains automated annotation for genomes of Eukarya, Archaea and Bacteria. With automated sequence analysis, exceptions to general identification rules, isoacceptor type predictions (esp. due to variable post-transcriptional anticodon modification), and questionable tRNA identifications (due to pseudogenes, SINES, or other tRNA-derived elements) are found.
ゲノム全塩基配列が決定された生物種について、tRNAscan-SEプログラム(Lowe & Eddy, 1997)によって予測されたtRNA遺伝子を収集しています。全てのアノテーションは自動的に付与されています。

University of Michigan
The Multi-Dimensional Human Embryo
The Multi-Dimensional Human Embryo is a database for three-dimensional image reference of the human embryo based on magnetic resonance imaging. It contains images of embryo which is assigned a Carnegie stage (numbered from 1 to 23) based on its external features. This database also contains several major organs which were isolated from each T1-weighted embryo data set using image segmentation methods, then represented. Moreover, each embryo is optically photographed under a low-power microscope.

核磁気共鳴画像法(MRI)で撮影されたヒト胚の立体画像のデータベースです（アメリカ国立小児保健発育研究所(NICHD)資金提供）。ヒト胚画像コレクションはヒト発生研究に興味を持つ学生や研究者、臨床医、一般市民向けに提供しています。
11段階の発生時期の胎児の特徴や様々な方向から撮影された画像、360度回転動画、MRIによるX軸、Y軸方向の切片画像を見ることができます。

Washington State University
ChromatinDB
酵母のヒストン修飾やその他の染色体の特徴パターンをマッピングしたゲノムワイドChIPマイクロアレイデータを収集しています。遺伝子名とプロモーター領域あるいはORFを選択すると、その領域での22種類のヒストン修飾タイプ（例：リシンアセチル化）の平均相対濃縮率のグラフと表が表示されます。

ChromatinDB is a database including genome-wide microarray data mapping patterns of histone modifications and other chromatin features for the model organism Saccharomyces cerevisiae. It provides the following features to enable exploration of chromatin regulatory mechanisms of yeast gene control.
(1) The visualization tool of histone modification patterns and other chromatin features of selected genes.
(2) The statistical analysis tool which allows the user to search for statistically significant patterns of enrichment in the histone modifications present in the genes that they have selected.
(3) The data download tool which provides the user with easy access to the histone modification ChIP-microarray data sets that are stored in ChromatinDB.

International Mouse Phenotype Consortium
IMPC
International Mouse Phenotyping Consortium
国際マウス表現型解析コンソーシアム（IMPC）によるノックアウトマウスの網羅的表現型データを収集したデータベースです。国際マウスコンソーシアム （IKMC） により整備されたC57BL/6マウス由来のES細胞ライブラリーから約20,000個のノックアウトマウスを国際的な参画機関で分担して作製し、共通の基準・手法に基づいて網羅的に表現型を解析しています。遺伝子名、表現型アノテーション、解析手法などのデータが収録されており、遺伝子、表現型、ヒト疾患に関するリストから検索できます。また、目的の遺伝子をノックアウトしたマウスや、ミュータント作成のためのベクター、遺伝子トラップES細胞などを注文することが可能です。
IMPC is a database about phenotyping of mouse mutants at protein-coding genes in the mouse using a combination of gene trapping and gene targeting in C57BL/6 mouse embryonic stem (ES) cells. It provides genotype-phenotype annotation, standard operating protocols, and the development of open source data analysis tools. Users are able to order the targeting vectors and mutant ES cells. Moreover, users are able to obtain mice, embryos, or sperm from mutant ES cells.

RGRC
Rice Genome Resource Center (イネゲノムリソースセンター)
Rice Genome Resource Center
イネゲノムリソースセンターのホームページです。イネ完全長cDNAクローン配布に関する情報と、イネ突然変異系統であるTos17突然変異系統のデータヘのリンク、研究材料の申し込み方法を記載しています。
This is the home page for the Rice Genome Resource Center. It provides information regarding the distribution of full length rice cDNA clones (from NIAS DNA Bank) and of the Tos17 rice mutant strain.

The Rice Growth Monitoring System (Archive)
The Rice Growth Monitoring System (アーカイブ)
This is a database of comprehensive analytical results derived from continuous monitoring of rice growth from sprouting to flowering, with images taken at intervals lasting from minutes to hours. The original site (http: //www.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1108/) has been closed. The Rice Growth Monitoring System is available from LSDB archive site.
イネの発芽から開花までの生育画像を数分から数時間間隔で継続的に取得できる システムによる、表現型の網羅的解析結果のデータベースです。 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構によるオリジナルサイト（http: //www.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1108/）の運用は終了致しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからThe Rice Growth Monitoring Systemをご利用いただけます。

Genome Methylation Database
RLGS法によるイネ・シロイヌナズナゲノムのメチル化状況をまとめたデータベースです。

NIAS Oryza SNP Database
NIAS栽培イネコアコレクションと在来品種の多型情報データベースです。

RiceXPro
Rice Expression Profile Database
イネの遺伝子発現情報データベースです。
This is a database of gene expression profiles for rice. gene expression profiles were obtained through microarray analysis of naturally grown rice tissues and organs, hormone-processed rice plants, and cells and tissues isolated by laser microdissection. Chromosomal locations, expression levels at each developmental stage, and probe sequences can be viewed on this site. Data can be searched by keywords, chromosome number, or by BLAST.

Koshihikari vs Nipponbare SNP Database
コシヒカリと日本晴のSNP比較データベースです。

SGP
SILKWORM GENOME RESEARCH PROGRAM
This is the site of the Silkworm Genome Research Program, which provides genome information of silkworm in KAIKObase, and tools such as KAIKOBLAST for the Blast search, and KAIKOGASS for visualization of integrated annotation of genome scaffolds.
カイコゲノム研究プログラムのホームページです。物理地図情報、遺伝地図情報、EST (Expressed Sequence Tag)情報、およびゲノム配列情報のすべてを統合した統合データベースKAIKObaseと、KAIKOBLAST（BLAST検索）やKAIKOGASS（ゲノムスキャフォールド上にある遺伝子の予測アノテーション）などの解析ツールを公開しています。

KAIKOcDNA
カイコcDNAの塩基配列データベースです。
This is a silkworm EST (cDNA) sequence database. Searches can be performed by clone name, gene ontology, or homology score.

作物学DATABASE
作物関連の文献データベースです。

National Agriculture and Food Research Organization,National Food Research Institute
DGBY
Database for Gene function and expression of Baker's Yeast (パン酵母遺伝子データベース)
Database for Gene function and expression of Baker's Yeast
This database contains information on gene expression and function for baker's yeast. Using methods such as a comprehensive gene expression profile via a DNA microarray (transcriptomics) and comprehensive phenotypic profile via a yeast gene deletion strain library (phenomics), the database contains information on stress resistance-associated genes activated during breadmaking.
パン酵母のポストゲノム解析による遺伝子発現・遺伝子機能データベースです。DNA マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析（トランスクリプトミクス）や酵母遺伝子破壊株セットを用いた網羅的表現型解析（フェノミクス）という手法を用いて製パン時のストレスに対するストレス耐性関連遺伝子の情報を収録しています。

Open TG-GATEs
Open TG-GATES is a toxicogenomics database. It stores gene expression data from rat liver and kidney samples (in vivo) and from primary rat and human hepatocytes (in vitro), after treatment with 170 drugs and chemical compounds. The database also contains associated toxicological data such as biochemical, blood and histopathological data.
131化合物（医薬品等）のin vivo（ラットの肝臓と腎臓）およびin vitro（ヒトとラットの肝細胞） 暴露データ（遺伝子発現データ、毒性学データ）を集積したデータベースです。遺伝子発現データと毒性学データを関連づけして閲覧することができるとともに、絞り込んだ遺伝子発現データをファイルとしてダウンロードすることも可能です。

難病研究資源バンク
Rare Disease Bank
Rare Disease Bank was established by the Ministry of Health, Labour and Welfare, Japan in 2009. The objective of the bank is to centralize rare disease (intractable disease) specimens (genomic DNA, serum, plasma, etc.) and impartially distribute them with quality control in order to promote rare disease researches. An institutional review board (IRB) evaluates submissions prior to collecting/distributing specimens. Users need to register to obtain detailed information of the specimens and to apply for distribution.
厚生労働省の難治性疾患克服研究事業で収集された難病患者試料（DNA、細胞など）を集約・保管し、分譲を行うバンク事業のサイトです。試料データベースの利用には利用者登録が必要です。

MBRDB
メディカルバイオリソースデータベース
Medical Bioresource Database
Medical Bioresource Database (MBRDB) is a database of localization and availability of biospecimens in Japan and facilitates a database cross-search system 10 databases in NIBIO (National Institute of Biomedical Innovation). MBRDB also provides political and ethical support and research results on issues of research use of human materials and information.
このデータベースは、ヒトやマウスなどの医療用バイオリソース情報を収録しています。また、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所が提供する8つのデータベースを横断的に検索可能な医薬基盤研究所データベース横断検索システムを公開しています。

JCRB Gene Bank
遺伝子クローン事業

主にヒトやマウスの遺伝子を凍結保存し、クローン情報の公開と分譲を行うサイトです。マウス脳cDNAクローン、カニクイザルcDNAクローン、染色体特異的クローン、ヒト疾患関連遺伝子cDNAクローンや正常なヒト遺伝子、細胞性がん遺伝子、ベクター、宿主などについての情報が収録されています。ヒト、チンパンジー、マウスのcDNAクローンについては遺伝子名、遺伝子シンボル名、RefSeqアクセッション番号、クローン名による検索が可能で、配列情報も公開されています。
この事業はJCRB遺伝子バンク事業を継承しています。

JCRB gene Bank (Japanese Collection of Research Bioresources) provides research resources to worldwide scientific communities. A variety of DNA clones, virus vectors, plasmid vectors, human oncogenes, cDNA clones of humans, mice, cynomolgus monkeys (Macaca fascicularis), and chimpanzees (Pan troglodytes) are currently available. The Ministry of Health, Labour and Welfare, Japan funds the bank.
実験動物研究資源バンク
Laboratory Animal Resource Bank
ヒト疾患モデルマウス（ライソゾーム病モデル、生活習慣病モデル、ネフローゼモデル、心筋症モデルなど）を収集し、提供しています。25 疾患・評価系に関連する、144系統のマウスの情報があります。さらに、マウス凍結胚・凍結精子による保護預かりサービスなど、実験動物を利用する研究者のサポートも行っています。
The Animal Resource Bank collects and provides mouse models of human disease (lysosomal disease models, model lifestyle-related diseases, nephrosis model, and cardiomyopathy model). Information is available for 144 strains of mice linked to 25 disease assays. The bank also supports researchers who use the experimental animals with services such as custody by frozen sperm, frozen embryos, and mouse.
Mouse BAC browser
マウス（C57BL/6N系統）のBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベースです。
This site is a browser for finding available BAC clones of the genome of the B6N mouse strain and of the MSM mouse strain, a wild-derived inbred strain that originated from Japanese wild mice. Clicking on a specific chromosome in the provided diagram opens up a detailed chromosome map showing the locations of the clones and where contiguous DNA segments overlap. The number of available mapped BAC clones are 119,451 in B6N and 133,915 in MSM. A keyword search option is provided, whereby the database can be searched for a specific clone by entering the number of the chromosome on which it is located and/or its ID name or number.
高知大学 理学部
Kochi University Faculty of Science
RA target genes in the Ciona embryo

This site provides information on certain target genes of Ciona intestinalis, and specifically the target gene for retinoic acid, an important metabolic substance in the growth and development of the embryo.
Ciona intestinalis, a mollusk-like invertebrate chordate, has often been used as a model in developmental biology and genomics, which is a branch of molecular biology involving the structure, function, evolution, and mapping of genomes.
Through microarray analysis, information is made available in four subsets:
- Table S1 ranking the reproducibility of the clones from most to least.
- The sequences of the clones.
- In situ photos of selected cDNA clones.
- The raw data obtained from four hybridization experiments, in the form of fluorescent images.

カタユウレイボヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子候補のマイクロアレイによる発現解析とWhole mount in situ hybridizationによる画像のデータベースです。
The NAISTrap database

NAISTrap is a database of clones listed in a table.
Each clone is identified by its clone number (starting with 02e; 03e; 04e; 00v; 01v; 02v; 03v; 04v; 05v; 06v; 07v; 08v; 09v; 13v; 15v; 16v; 17v; 18v; 19v; 21v; 23v; 24v; 25v; 26v; 27v; 29v; 30v; 33v; 36v and 37v) and any number of the following qualities:
- Trapped gene
- Expression in ES cells (+ or -)
- gene identity
- CDS in mRNA
- Deleted region
- Trapped sequence
- Nbspseq (?NBP sequence)
- Symbol
- GenBank Acc.
The "Trapped sequence" column provides a direct link to the sequence ONLY for the clones on page 1 and page 2 of the list (clone numbers starting with 02e to clone numbers starting with 16v)
The link provided in the "Trapped sequence" columns on page 3 and page 4 of the list (clone numbers starting with 17v to clone numbers starting with 37v), when selected, opens up the homepage of theNara Institute of Science and Technology (NAIST) Graduate School of Biological Sciences.

遺伝子トラップで得たマウスES細胞のデータベースです。
生命科学系データベースカタログ (アーカイブ)
Database Catalog (Archive)
生命科学系データベースの情報 （URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種）を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベースです。2013年7月29日をもってバイオサイエンスデータベースセンターによるオリジナルサイト（http: //biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi）の運用は終了しました。データは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。 また、本カタログに記載されていたデータベースはIntegbioデータベースカタログ (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00001) に収録されていますので、こちらもご利用ください。
Database catalog is a collection of information on life science-related databases. Records are mainly collected from databases constructed in Japan, and are maintained by the National Bioscience Database Center (NBDC) at the Japan Science Technology Agency (JST). Each record contains the URL, status of the database site (active or inactive), description, etc, and most records include organizations and categories (types of data). Users can search databases from hierarchical trees and lists, as well as by keywords from those items.
Society Catalog (Archive)
生命科学系学協会カタログ （アーカイブ）

生命科学系学協会の情報(URL・名称・連絡先・会員数・学会誌)を分類別に閲覧検索できるカタログ型のデータベースです。
オリジナルサイト http ://biosciencedbc.jp/adcatalog/adcatalog.cgi からの公開は2013年5月13日をもって終了し、現在は生命科学系データベースアーカイブからデータを取得可能です。

Society Catalog is a collection of information on Japanese academic societies in life science and related fields developed by the National Bioscience Database Center (NBDC) at the Japan Science Technology Agency (JST). Each record contains an academic overview (name, abbreviation, category class, etc), a contact address, free or paid public site URL(s) and details of academic journal(s). Users can search academic societies from hierarchical trees and lists, as well as by keywords from those items.
Life Science Projects in Japan
生命科学系主要プロジェクト一覧
This is a catalog-format database containing information associated with projects in Japan: status, budget, summary, database site, download site, and links to press releases or publications.
日本国内の主要プロジェクトに関する情報（体制、予算、概要、データベースサイト、ダウンロードサイト、報告書や文献へのリンク情報等）を収集したカタログ型のデータです。ベース
施設名辞書
施設名称や研究室名称と、それらの各表記の対応辞書です。
遺伝子名称シソーラス
9生物種(ヒト、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、線虫、出芽酵母、分裂酵母、枯草菌)を対象に遺伝子名、 遺伝子ファミリ名を集め並列関係【同義】および上下関係【ファミリ名】で関係付けました。 頭文字表記や代表的な遺伝子・ゲノムデータベースID情報も名称と扱います。
AGE
Ancient Genome Encyclopedia
古代 DNA に関する論文の内容を表示・分類しています。
BodyMap
Human and mouse gene expression database
The BodyMap is a database of gene expression in human and mouse tissues and cells based on analysis of 3' ESTs.
ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベースです。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されています。
BodyMap-Xs
anatomical and taxonomical breakdown of animal EST
臓器と遺伝子のオーソログ関係を前提に生物間で遺伝子発現パタンの比較ができます。 最新のdbEST(DDBJのESTdivision)の材料記載を解剖名称自動分類機 （自前） を用いて臓器別に分類合算してUniGene情報を元に遺伝子別-臓器別に分類 (BodyMap) 最後にインパラノイドのオーソログ関係で生物間の遺伝子対応をとっています。 2014年6月現在サービスは終了しています。関連する後継サービスとしてRefEx (http://refex.dbcls.jp/) があります。
University of California San Diego
HOMOPHILA
Human Disease to Drosophila Gene Database
ショウジョウバエの遺伝子と相同な配列を持つヒトの疾病遺伝子のデータベースです。疾患名、遺伝子名、OMIM番号、タイトルなどのキーワードでデータを検索することが可能です。
PRIME
Protein interaction and Molecular information database
Kinase Pathway Database の進化版で、相互作用の種類が分類され、evidenceの信頼度も分類されています。
This database contains information on the protein kinases in the major eukaryotic species for which sequences have been determined. It includes data on classification of protein kinases, protein interaction data, domain information, structural information and ontology information. The data can be searched by pathway, type of protein or orthologs. It is an evolution of the Kinase Pathway Database (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01037).
ProLINT
Database for Protein-Ligand Interactions
タンパク質-リガンド相互作用の情報を文献より収集したデータベースです。 リガンド（名称、分子構造、分子量など）、タンパク質（名称、生物種、PIR/SWISS-PROT/PDBにおけるIDなど）、実験情報（結合活性／阻害活性の値など）、文献情報が記述されています。
TMPDB （アーカイブ）
TransMembrane Protein DataBase
収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築しました。 弘前大学の http ://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB からは提供を終了し、現在は生命科学系データベースアーカイブからデータを取得可能です。
弘前大学大学院 理工学研究科
牧野標本館シーボルトコレクションデータベース
牧野標本館が所蔵している、シーボルトが収集した植物標本を主とするコレクション（シーボルトコレクション）の2325点について、文字情報（学名、和名、科名、採集地、採集年月日、採集者、原記載など）と標本画像（標本全体とラベル部分の拡大画像）をデータベース化したものです。標本箱別索引や科名、和名、学名、標本作製者、採集地の索引から検索が可能です。
AHMII
Agent to help microbial information integration
微生物に関する主要なデータベースを横断的に検索することができるシステムです。
Alternative Protein Isoforms
細胞内局在性シグナルを基にした、ヒトのタンパク質アイソフォームのパターン分類、相関関係のデータを公開しています。
ASDB
Alternative Splicing DB
オルタナティブスプライシングのデータベースです。
BED
Brain EST Database
大正製薬機能ゲノミクス研究所で集められた3'末端ESTコレクションに基づいて作成されたデータベースです。 公共データベースのID番号や単語で検索が可能です。また、遺伝子とライブラリの発現プロファイルが検索できます。
地方国立研究開発法人大阪府立病院機構 大阪府立成人病センター研究所
BGED
Brain Gene Expression Database
マウスの脳に発現する遺伝子のデータベースです。
Chick Eye EST DB and Expression DB
ニワトリの眼の発生に着目したESTおよび発現のデータベースです。
徳島大学
Cricket EST DB and Expression DB
コオロギのESTおよび時空間発現のデータベースです。
Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝達経路データベース）
サイトカインシグナル経路に関するデータベースです。
熊本大学
Database for Anti-HIV Compounds

抗HIV化合物、HIV治療薬に関する情報を集めたデータベース。データベースに登録されている情報は、主要な文献の調査を継続して行い、収集したものである。Webサイトは、次の6つのセクションに分かれている。
・Viral Life Cycle
・Viral Targets
・Cellular Targets
・FDA Approved Anti-HIV drugs
・Anti-AIDS Drugs Listed by Class

DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房
国際DNAデータベースに登録、公開された配列情報をもとにヒトゲノム配列をアセンブルしてコンティグを作成する独自の方法を開発し、より正確な染色体配列を作成して公開していました。
DED
Database of Evolutionary Distances
ヒト、マウス、ラットの進化距離のデータベースです。
DOMO
Swiss-ProtとPIRをもとに自動分割で作成したドメインのデータベース。
Infobiogen
DoTS
Database Of Transcribed Sequences
一般に公開されている転写配列から作成した、ヒトおよびマウスの転写インデックスのデータベースです。
Computational Biology and Informatics Laboratory
EICO DB
Expression-based Imprint Candidate Organizer
ヒト、マウスの刷り込み遺伝子のデータベースです。
FREP Database
Functional Repeats in Mouse cDNAs
マウスのFREP解析の関連性と、ヒトを中心とする種間の比較をまとめたデータベースルールベースの知識発見支援システムです。
GDB
ゲノム統合データベースです。Amplimer、クローン、遺伝子、遺伝子位置、SNP、文献などの情報がありました。
An international collaboration in support the Human Genome Project
GeneMap DB
ヒトBAC (bacterial artificial chromosome) クローンの情報に関するデータベースです。各クローンについて、染色体上の位置、制限酵素処理パターン、対応するSTSマーカーの情報が閲覧できます。
Children's Hospital of Philadelphia
KCaM Search
枝分かれした糖鎖構造の相同性をKEGG GLYCANおよびCarbBankに登録されたデータから検索するサイトです。KCaM (KEGG Carbohydrate Matcher) のアルゴリズムを使用しており、Glycan IDやKCF形式のファイルによって糖鎖を指定できます。相同性のレベルには、単糖を合わせてギャップを許す「Approximate Match」とギャップを許さない「Exact Match」の2種類があります。また、構造の一部についての検索か、全体についての検索かの選択もできます。
HemoPDB
Hematopoiesis Promoter Database
血液生成の際の転写制御に関する情報を集めたデータベースです。
The Wistar Institute
HMPDb
Human Mitochondrial Protein Database

ミトコンドリアの発生と作用に関与するタンパク質のデータを包括的に集めたデータベース。以下のデータベースの情報を集約・整理したものである。
SwissProt, LocusLink, Protein Data Bank (PDB), GenBank, Genome Database (GDB), Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Human Mitochondrial Genome Database (mtDB), MITOMAP, Neuromuscular Disease Center, Human 2-D PAGE Databases

HotMolecBase

疾患で重要な役割を果たしていると思われる因子（タンパク質や遺伝子等）について、広範囲の情報を提供していました。
情報は次に示す項目に整理・分類されていました。
因子の説明、構造、翻訳後の修飾（Post-translational Modification）、発現、細胞機能、代謝作用、用途（application）、モノクローナル抗体、浄化作用（purification）、取り扱い（manipulation）、動物モデル、研究者の連絡先、ウェブ上のリソース、参考文献

ICB Database
バクテリア中に存在するジャイレースB遺伝子（gyrB）のデータベースです。
株式会社海洋バイオテクノロジー研究所
情報知識学会
Japan Society of Information and Knowledge
IRSLDB
Infrared and Raman Spectroscopy Literature Data Base
赤外ラマン文献データベースの情報検索システム。文献のタイトル、ジャーナル、ページ、日付が検索結果として表示される。
This database contains information on Molecular Structure collected by the study of literature about Raman and Infrared Spectroscopy. A search option is available whereby information can be retrieved by entering a term or a description of the topic of interest. The database coveres literature since 1982 to the present time.
IXDB
The Integrated X Chromosome Database
ヒトX染色体に関する統合データベースです。
Max-Planck-Institut
Medaka EST database （アーカイブ）
メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker 2003、オリゴチップmedaka microarray 8Kのデータを掲載しています。すべてのクローンはNBRP Medaka (http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/top/top.jsp) を通じて提供可能です。 オリジナルサイト http ://medaka.lab.nig.ac.jp/ からの公開は終了いたしました。現在は当時のデータセットを生命科学系データベースアーカイブから取得可能です。
Molecular Information Agent
高分子、タンパク質に関する情報をインターネット上に存在する複数のバイオ関連データベースから取得することができます。SWISS-PROT、GenBank、PDB、PubMedをはじめ、50以上のデータベースに対して検索を行うことができます。
Mosquito Genomics World Wide Web Server
蚊のゲノム学に関する論文、ブログ、データベース、ディスカッション・フォーラム、ファイル、画像ギャラリー、投票、調査、Wiki にアクセスするためのコミュニティーを提供しています。
MULTI ONTOLOGY VIEWER
複数のオントロジーを表示できるビューワです。
NDG
Neuroscience Database Gateway

神経科学に関係のあるデータベースのカタログです。
現在は運用を終了し、 Neuroscience Information Framework （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01850） に移行しています。

SfN (Society for Neuroscience)
Obesity Gene Map Database
肥満に関連した遺伝子の位置や特性等の詳細情報を集めたデータベースでした。
Pennington Biomedical Research Center
PBDB
病原細菌データベース
病原細菌の顕微鏡写真、性状検査結果を掲載しています。データは以下の研究機関から提供されています。京都大学医学部保健学科、京都大学医療技術短期大学部、山口大学医学部保健学科、東京都臨床医学総合研究所、法政大学
PINT
Protein-protein Interactions Thermodynamic Database
PINT is an anagram for Protein-protein INteractions Thermodynamic database. This database contains concentrated experimental information on the thermodynamics that occur when proteins react with other proteins as found published in many different scientific journals and articles. Researchers can therefore save precious time by using this database as opposed to finding and reading all the separate contributing articles and journals themselves. Links to other similar databases e.g. PDB, PUBMED, SWISS-PROT and PIR are provided. A text search and an advanced search options are available.
タンパク質相互作用のデータベースです。
RNABase.org
The RNA Structure Database
NDBとRCSB PDBに登録されているデータから立体構造を持つRNAを抽出し, データベース化したシステム。 それぞれの立体構造について完全な立体配座マップを提供しており, マップの外れ値の割り合い, 全ての外れ値のリストも見ることができる。
NCBI (National Center for Biotechnology Information)
SAGEmap
Serical Analysis of Gene Expression Tag to Gene Mapping
SAGE法による発現解析データベース。データはGEOに取り込まれた。
SERPIN
Southeastern Rare Plant Information Network
アメリカ南東部に生息する珍しい植物の情報を集めたデータベースです。
The State Botanical Garden of Georgia Duke University Biological & Experimental Sciences Library
TATA-less Promoters in Plants
転写開始点既知の植物核遺伝子230余をその機能に従って分類し、個々の遺伝子についてTATAボックスの有無を解析したデータです。
名古屋大学 遺伝子実験施設
The Tumor Gene Database
The Tumor Gene Family of Databases
ガン関連遺伝子のデータベースです。「The Tumor Gene Database」は 「The Tumor Gene Family of Databases」の一部としてまとめられました。将来的には単独のデータベースとしての運用に戻す予定とされています。
Baylor College of Medicine
TIGR Gene Indices
GenBankに登録されている配列から重複がなく、同じ遺伝子由来と考えられる配列を自動的にクラスタ分けし、データベース化したシステム。
TIGR (The Institute for Genomic Research)
TissueDB
体内におけるタンパク質の局在に関する情報を、論文をもとにまとめたデータベースです。ヒトの組織の包括的な階層構造や個々の組織の名称、個々の組織で発現する遺伝子の情報を得ることができます。
WILD RICE DATABASE
野生イネの形態的特徴データを紹介するデータベースです。栽培イネの祖先種と考えられているO. rufipogon, O. barthiiおよびO. glumaepatulaなど約600系統の情報を含んでいます。また、植物体全体, 籾, 玄米などの写真, それらの長さや重さなどの計量形質および出穂期など26項目の形態的特性のデータも含みます。
Database of Eukaryotic Protein Encoding Genes (Xpro)
タンパク質をコードしているDNA配列のデータベースです。イントロンを含む遺伝子、含まない遺伝子の両方の遺伝子について、詳細かつ広範囲な特徴を提供しています。
National University of Singapore
遺伝子保存林データベース
材木遺伝資源保存林ごとの保存対象樹種の一覧表です。保存林コード、保存樹種名、所在都道府県名で検索できます。成長や形質の優れた林分の遺伝子を永続的に保存するために、優良林分が伐採される前に種子を採取し、その後継林分-遺伝子保存林-を造成しています。種子を採取した林分の樹種、所在地、後継林分の所在地、造成年、面積、生育状況などの情報をデータベース化しています。
身近な野草を調べよう (植物写真DB)
NIFTY のＳＡＳ氏が作られた「身近な野草を調べよう」を平田法隆氏が HTML 文書化したものです。
広島大学 大学院
動物実験データベース
実験動物に関するオンラインデータベースです。
国立大学医学部附属動物実験施設協議会学術情報小委員会
University of California, Los Angeles
ASAP II
the Alternative Splicing Annotation Project II
選択的スプライシング情報のデータベースです。生物種は、ヒト、マウス、ラット等9種類の脊椎動物、4種類の昆虫類、ホヤ、線虫です。キーワード検索が可能です。
ASAP II is a database of alternative splicing information coming from genomics and proteomics. It provides precise gene exon-intron structure, alternative splicing, tissue specificity of alternative splice forms, and protein isoform sequences resulting from alternative splicing. As for human, EST libraries are classified and included into tissue and cancer classification, and lists of tissue & cancer (normal) specific alternatively spliced genes are calculated. ASAP II can be easily integrated with pygr (the Python Graph Database Framework for Bioinformatics) and its powerful features such as graph query, multi-genome alignment query and etc. Furthermore, it can help biologists design probe sequences for distinguishing specific mRNA isoforms. This database can be searched by several different criteria such as gene symbol, gene name and ID (Unigene, GenBank etc.).
BAInt
Base-Amino Acid Interactions Database
This is a database showing the interactions among base-amino acids when searched for atom pairs of bases and amino acids that are closely related in structure. Upon entry of search parameters the search is linked to an additional database, called 3DinSight, which seeks information about the properties, structure and function of the biomolecules in question. This may help researchers to understand how they are related. In addition to this, a molecular graphic (RasMol) image is provided, visually highlighting the specific atom pairs in the complex structure.
タンパク質-核酸複合体中における塩基とアミノ酸の特異的相互作用の原子対と距離を検索するためのデータベースです。
BISMaL
The Biological Information System for Marine Life
Biological Information System for Marine Life
BISMaL is a integrated database for biodiversity information, particularly in biogeographic data of marine organisms. It mainly collects information of marine organisms around Japan, and provides photographs, movies, distribution records, references and brief descriptions of morphology/ecology of each species or its higher taxon. Users are able to search and browse species by scientific names and/or keywords, or also search external databases (e.g. Google Scholar) by using the scientific name, which is indicated on the page top, as a search key.
日本周辺の海洋生物の多様性情報、特に生物地理情報を扱うデータシステムです。海洋生物の採取・観察位置、画像、動画、分類学的情報、生態・生理学特性の概要、採取記録・文献情報を収集、蓄積、公開しています。現在のところ、JAMSTECの調査・研究を基礎とした深海生物を中心に情報が提供されていますが、日本の排他的経済水域内に産するすべての海洋生物を網羅することを目指しています。
Blood SAGE
SAGE法を用いて、ヒト血液細胞の約70万個以上の遺伝子発現を解析した結果を公開しています。生体防御機構（免疫）、特に炎症、免疫疾患をターゲットにした遺伝的要因の同定と分子レベルでの解明の為、生体防御機構に中心的な役割を担う血液細胞（特に樹状細胞） に焦点を絞りました。
C. elegans RNAi Phenome Database
線虫のRNAi表現型解析を行ない、そのデータを細胞数・各組織の分化・形態等の独立したカテゴリーについてあらかじめ定義した表現型指標の有無について体系的に表現型を記述しました。機能未知遺伝子の機能予測や、協調して働く遺伝子群の抽出を行うために、この方法で記録した表現型プロファイルを用いてクラスター分析を行い、表現型の類似度による遺伝子分類を行ないました。その結果についても表示することが可能です。
CELLPEDIA

ヒト正常細胞に関する情報を統合的に整備したデータベースです。ヒト成人細胞、幹細胞と成熟前の先駆細胞約2300種類について、独自に開発したノイズ画像に強い細胞形態測定ツールを用いて測定した染色画像データ等による形態情報、物理的位置や機能、遺伝子発現、細胞オントロジー等、細胞に関する情報を網羅的に集めて、細胞情報の系統的検索や可視化が可能な辞書を作成しました。将来的には、細胞分化や再生医療等の細胞医療をサポートする情報を提供することを目的としています。
このデータベースは整理・再構築されてSHOGoiN (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01430) へ引き継がれています。

CELLPEDIA is a repository database providing current information on human cells. Cell morphology, gene expression, etc. of various cells, as well as literature references are available. CELLPEDIA is primarily a digital dictionary of human cells as applicable in biomedicine. It is categorized into differentiated and stem cells, and each category provides data on human cell taxonomy, cell images, journal articles and gene expressions, while the integrated page contains information on morphology, ontology and differentiation neighborhood links. Original cell analysis tools are also provided.
CIPRO
Ciona intestinalis Protein Database
海産無脊椎動物であるホヤは、ヒトと同じ脊索動物に属し、脊椎動物の祖先にあたる動物です。幼生はオタマジャクシ幼と呼ばれ、脳、眼、脊索、神経管、筋肉をもっているにも関わらず、全細胞数が2,600と非常にシンプルな構造です。このことから、ヒトの形作りを理解する上で進化系統学上、極めて重要な生物と考えられます。CIPROは、ホヤにおけるポストゲノム研究の成果を集結し、ホヤタンパク質に関する分子情報、発現情報、オルソログ情報など提供することを目的としたデータベースです。既存のゲノミクスデータベースとの新たな統合をはかり、発生の３次元細胞情報や細胞内局在情報を盛り込むことにより、ホヤで発現しているタンパク質情報を統合的に提供することを目指しています。
CiPro is a database of Ciona intestinalis proteins. The database contains several experimental and bioinformatic tools for characterizing proteins and expression of their related genes. Users can search the database using several criteria and data is available for download.
Nagoya University Graduate School of Bioagricultural Sciences
名古屋大学 大学院生命農学研究科

DART is a integrated database about genome sequence and microarrays of Arabidops. It provides following functions;
1) analysis of gene expression by microarrays,2) search and analysis for genes,3) useful tools for research.
This database allows to search genes using a number of gene or keywords. And it allows search microarrays for analysis using text or list of research results.

シロイヌナズナの研究者のためのサイトです。マイクロアレイによる遺伝子発現解析、遺伝子の検索および解析、プライマー設計等のツールが提供されています。
独立行政法人理化学研究所
Database for Protein-3000 Project

文部科学省「タンパク3000プロジェクト」の現状と成果をまとめたものです。現在はタンパク3000プロジェクトのアーカイブサイト （http://www.tanpaku.org/about/old_project01.php） にプロジェクトの関連情報や構造ギャラリーへのリンクなどが掲載されています。

「タンパク3000プロジェクト」はゲノム創薬の実現等を目指し、平成１４年度からの５年間でタンパク質の全基本構造の１/３（約３０００種）以上のタンパク質の構造及びその機能を解析し、特許化まで視野に入れた研究開発を推進することを目的としたプロジェクトです。プロジェクト対象とされたターゲットタンパク質の情報の表示、その進捗状況の確認、TargetDB形式XMLダウンロードなどが可能です。

DNAデータベース (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD)総覧と検索
DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search
DNAデータベース(DDBJ/EMBL/GenBank=INSD)は研究者からの登録によってできた世界共通の登録型DNA配列集です。生物種での分類の下に研究分類があり、遺伝子発現の情報のみならず特許に関する情報も含まれています。
DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) overview and search is a database of nucleotide sequences categorized by taxonomic groups, project types and countries of registration. This database contains all the nucleotide sequence data in INSD. Research project types consist of molecular types (transcriptome, functional RNA, immune gene, etc) and INSD (DDBJ) division (EST, GSS, patent data, etc). Users can search for research projects or INSD records using BLAST, as well as by keywords such as names of species, research institutes and countries.
Full-Mite
House Dust Mite Full-Length cDNA Database (Dermatophagoides farinae)
This database is a searchable directory of full-length dust mite (Dermatophagoides farinae) cDNA sequences. BLAST searches against the full-length mite cDNA database are possible by setting the search database to Organism Specific and the sub category as "Full-Mite Dermatophagoides farinae (dust mite)".
「Blast againt Full-Mite」のみ有効です。リンク先で、検索DBをOrganism Specific、サブカテゴリーを「Full-Mite Dematophagoides farinae (dust mite)」を選択することでダニ完全長cDNAデータベースに対してBLASTすることが可能です。
RNA Research Group at Wuhan University/College of Life Sciences/Wuhan University
GISSD
Group I Intron Sequence and Structure Database
GISSD is a database of group I type introns with thousands of intron sequences from a wide range of species, providing phylogeny and structural information on the introns. Introns have been classified into several groups. Data is available for download.
本データベースは様々なデータベースからグループ1イントロンに特化した有用な情報を集めたものです。
Hokkaido University
北海道大学
Glycoconjugate Data Bank
「Glyco-Net」「Structure」の2つのデータベースから構成されています。Glyco-Net：複合糖質と関連酵素、表現型や病気に関係する生体機能ネットワークを収録しています。Structure：Protein Data Bankに登録されている糖鎖の3次元構造を収録しています。
The Glycoconjugate Data Bank provides information about functions and roles of glycans. The site has two main domains, Glyco-net, which provides functional and network interaction information about glycans and related enzymes, and Structures, which links to 3D structures of glycans in PDB. Annotations of glycans are provided in text and a user-specified network of interactions and pathways can be constructed.
IBMD
Integrated Biomedical Database
このプロジェクトは、従来散在していた個々の医科学DBの可用性の向上・高度利用・戦略的統合を可能とし、 我が国におけるライフサイエンスの医科学研究の情報基盤を形成します。このプロジェクトによって、分子から臨床の多階層にわたる医科学研究の支援に用いることのできる疾患情報基盤データベースを構築し、医薬産業の活性化と国際競争力の強化、将来医療実現の礎の形成を目指します。
IBRG
Image Bioinformatics Research Group

IBRGの大きな目的は、ツールやサービスを開発・提供し、生物学的研究のデータの有用性を高めることです。
IBRGプロジェクトの一環であるThe ImageStore Projectでは、FlyTED: The Drosophila Testis Gene Expression Databaseを提供しています。このデータベースには、野生型・変異型ショウジョウバエ精巣における遺伝子発現画像データが登録されています。遺伝子や系統、CG number、発現場所によって検索できます。

Centre for DNA Fingerprinting and Diagnostics
InSatDb
Insect Microsatellite Database
このデータベースは5種の昆虫ゲノム(ショウジョウバエ、ミツバチ、マラリア蚊、コクヌストモドキ、蚕)のマイクロサテライト情報を提供しています。ユーザはサイズ、ゲノム上の位置などでマイクロサテライトを検索することができます。
InSatDb is a database of insect microsatellite sequence and characteristic information. The database contains categorized information regarding fundamental characteristics of microsatellites such as location, size, and GC composition. Batch download and query access are available.
Sandia National Laboratories
Islander
Database of Genomic Islands
Islander is a database of information on genomic islands-short sequences found to have integrated into the DNA of a cell by means of an integrase-obtained from sequenced bacterial genomes. Information can be retrieved using the scrollbar at the top of the page, by island, integration site or bacterial/archaeal host on either an A to Z list or a phylogenetic list (ordered by evolutionary similarity). All the available data on the chosen island, integration site or host will be displayed.
Islanderはゲノムアイランドに関するデータベースです。Islanderに含まれている情報は微生物ゲノムの完全長塩基配列情報をアルゴリズムで抽出したゲノムアイランドの情報です。ゲノムアイランドは原核生物間で移動するため、ゲノム進化に重要な役割を持っています。
Kinase Pathway Database
ゲノム配列が決定された主要な真核生物（ヒト、マウス、ラット、酵母、線虫、ショウジョウバエ）のプロテインキナーゼについて、クラス分類、機能的保存、生物種間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造、パスウエイ情報を収録している統合データベースです。タンパク間相互作用は、文献の抄録から自然言語処理(NLP)により抽出しています。生物種間のパスウエイの比較も容易にできます。
Kinase Pathway Database is an integrated database of classification of protein kinases in the major eukaryotic species (human, mouse, rat, yeast, nematode, fruit fly) for which genomic sequences have been determined. It includes information about functional conservation, interspecies orthologs, protein-protein interactions, domains, structure, and pathway information. Information of protein-protein interactions were extracted from the summary of publications using natural language processing (NLP). Interspecies comparison of pathways can also be performed.
理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター
KTmAbDB （アーカイブ）
KTmAbDB (Archive)
C. elegans Monoclonal Antibody Collection
This is a database of monoclonal antibodies that specifically recognize cell types, tissues, or intracellular structures of C. elegans embryos. The monoclonal antibodies listed in this database are available for distribution if stocks are still remaining, and have been submitted to the Developmental Studies Hybridoma Bank (University of Iowa).

抗体染色法を用いて、線虫の胚の各発生段階におけるタンパク質発現の細胞および組織特異性や局在を調べた画像が掲載されています。
理化学研究所によるオリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからKTmAbDBをご利用いただけます。

MICAS
Microsatellite Analysis Server 3.0
MICASは与えられた塩基配列、ゲノム配列からマイクロサテライトを検索するツールです。また、マイクロサテライト情報を蓄積したデータベースも備えており、各種キーワードで検索することが可能です。
MICAS is a tool that searches non-redundant microsatellites of a selected bacterial or archaeal genome sequence. It has been connected to the database, MICdb3.0, with accumulated information on microsatellites extracted from more than 5,000 published prokaryotic genome sequences, which is searcheable by keywords.
Molecules To Go
PDB形式で提供されているデータを可視化するためのデータベースです。各種Viewerにて立体構造を可視化することができます。自動的に回転させて全体像を閲覧することが可能です。
This is a database to visualize data provided in PDB format. Three-dimensional structures can be visualized using each type of viewer. Images can be automatically rotated to view the molecule as a whole.
岐阜大学
Gifu University
PPDB
PlantPromoterDB
PPDB is a database of plant promoter elements. This database contains position, motif, and sequence information for promoters from four major plant species. The promoters can be searched by gene name, ID, or model ID, and cross-species homology analyses can be performed.
シロイヌナズナの高密度転写開始点情報や、イネなどのプロモーター情報を提供しているデータベースです。CT-MPSS 法を用いて、シロイヌナズナの完全長cDNA 5'末端タグ配列を解析し、ゲノム上にマップすることで転写開始点を決定しています。
PrognoScan
A new database for meta-analysis of the prognostic value of genes
遺伝子発現と患者の予後との関係を調べるためのサイトです。OS(治療開始から原因は問わず死亡する確率), DFS(治療開始から寛解導入不能、再発、死亡などのなんからかのeventが起こるまでの生存確率)を患者予後とし、公開されている大量の癌マイクロアレイデータから検索するサイトです。 検索方法として、Gene Identifierを１つないし、２つ以上で検索することができ、元になったデータやp-Valueなどの統計値が閲覧でき、データのDownloadも可能です。
This database offers information applicable to researchers who are studying and attempting to predict how gene expression affects the chances of survival and cure of a patient with cancer, by integrating the results of several related studies (called meta-analysis). It consists of a comprehensive library of publicly available cancer microarray datasets (each containing thousands of sequences) with clinical annotations. Such search may make it possible to link gene expression to prognosis.
ProNuc
Protein-Nucleic Acid Complex Database
蛋白質と核酸の複合体構造を集めたデータベースで、認識モチーフやDNAの形状にしたがって分類されています。PDBのIDやタンパク名、モチーフの種類、DNAのタイプ、認識エレメント等の条件で検索できます。
ProNuC is a database of interactions between proteins and nucleic acids, with 3D structural information on interaction between proteins and specific DNA motifs. It can be searched by protein name, motif type, and nucleic acid type and form. Structures are visualized in mono or stereo vision, or using the interactive 3DinSight application.
RIKEN Arabidopsis cDNA Encyclopedia DNABook

理研で保有するシロイヌナズナの転写因子の完全長cDNAクローンを固定したDNAブックです。研究グループでこれまでに単離したシロイヌナズナ完全長cDNAクローン中に、転写因子をコードすることが予想されるクローンが1,069個存在しており、これら1,069個のシロイヌナズナ転写因子を1冊の本に収めました。この「シロイヌナズナDNAブック」では、転写因子はファミリー毎に分類された状態でスポットされており、各転写因子ファミリーを研究する植物研究者にも利用しやすい形になっています。
スポットした転写因子の詳細情報（機能モチーフ、マイクロアレイ解析による発現プロファイル、選択的スプライシング、Ac/Dsトランスポゾン挿入変異系統、などの情報）は、シロイヌナズナの全転写因子を扱うデータベースRARTF (RIKEN Arabidopsis Transcription Factor Database; http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ ）より公開されています。

Imperial College London
SNPSTR
A database of compound microsatellite-SNP markers

マイクロサテライト(STR)マーカーと1つ以上のSNPの組み合わせのSNPSTRと呼ばれる複合遺伝マーカーのカタログです。各SNPSTRのSNPとマイクロサテライトは250塩基以内に存在しているため、2つの独立したマーカー間で生じた組み換えではなく、小さなハプロタイプと考えられます。それゆえSNPSTRは集団遺伝学分野において有用なツールになる可能性があります。
このデータベースでは、ヒト、マウス、ラット、イヌ、ニワトリの推定SNPSTRに関する情報を提供しています。

SNPSTR is a database of STR elements with nearby SNPs. The database seeks to use coupled structural and variation data to capture genetic information about population history. Users can search regions, accessions, or repeats for identified SNPSTR in human, mouse, rat, dog, and chicken,, or request access to download bulk data.
Streptomyces griseus IFO 13350 Genome
ストレプトミセス・グリセウスIFO13350株は土壌バクテリアで、最初のアミノグリコシド系抗生物質として60年以上前に発見された抗結核薬ストレプトマイシンを生産します。この菌株の全ゲノム情報を、東京大と北里大、国立感染症研究所の研究チームが解読しました。ゲノムサイズは8,545,929塩基対、平均GC含量72.2%、7,138個の予測オープン・リーディング・フレーム(ORF)、6つのリボソームRNAオペロン、66のtRNA遺伝子が含まれています。これらの情報はゲノムブラウザで検索、閲覧できます。
This database consists of the mapped genome of the soil bacterium, Streptomyces griseus IFO 13350. This organism produces the aminoglycoside antibiotic Streptomycin, which has been used, since its discovery more than 60 years ago, for the treatment of tuberculosis. Streptomyces griseus IFO 13350 has one chromosome, containing 8,545,929 base pairs and an average content of 72.2% GC. This information suggests some 7138 open reading frames, 66 tRNA genes and six rRNA operons. A blast search option is available.
TriFLDB
Triticeae Full-Length CDS Database
This database offers access to an annotated list of full-length coding DNA sequences of barley and wheat. It contains information on 8530 wheat sequences and 7341 barley sequences. The BarleyDB of Research Institute for Bioresources, Okayama University, contributed 5006 barley full-length cDNA sequences to the collection in this site. 6162 of the wheat examples were recently sequenced in RIKEN and at the Kihara Institute for Biological Research, Yokohama City University. The National Bio Resource Project in Japan supported this project. A search option based on keywords is provided. Additional information on gene function, GO terms, homologous DNA sequences and the related amino acid sequence of each cDNA sequence is given as well as the results of a search for homologous sequences in the genomes rice and sorghum.

コムギ連作物であるコムギとオオムギの全長コード配列とアノテーション情報を提供しています（コムギ8,530件、オオムギ7,341件）。各全長コード配列につき、様々な配列データベースに対するブラストの結果や、シロイヌナズナ、イネおよびソルガムの相同配列による階層的クラスタ結果、InterProScanによるドメインの予測結果、ESTアライメントが視覚的に表示されます。
遺伝子機能やオントロジー(GO)タームによるキーワード検索や、ユーザの配列とコムギ、オオムギ、シロイヌナズナ、イネ、ソルガムとの相同性検索が行えます。

TriMEDB
Triticeae Mapped EST Database
This database provides information on the EST's of Triticeae, a subfamily of grasses to which the domesticated species of wheat, barley and rye belong. Annotations on the position of these EST's on the genomic map of wheat and barley were obtained from three other related linkage maps that were already published. The database can be searched by entering the chromosome names and markers. The search results include annotated links to comparison maps for the rice genome.
小麦、大麦の遺伝子解析によりゲノム上の位置遺伝子情報が判明している約3,500遺伝子の情報を統合したデータベースです。cDNAに由来する遺伝子マーカーに注目し、公開されている遺伝子地図情報を収集、統合しました。各遺伝子マーカー配列について、遺伝子データベース（NCBI UniGene、TIGR Gene Index、HarvEST、PlantGDB）との対応付け、イネゲノム情報との対応付けがなされています。
Arizona State University
worm UTRome
C.elegans 3'UTR Database
UTRome is a database of 3' UTRs in C. elegans. The database contains entries for all 3' UTRs in the genome. Users can search by gene and functional elements residing within 3' UTRs of those genes. The site includes protocols describing how sequences were determined and several files available for download.

3'UTR（3'非翻訳領域）は、タンパク質やマイクロRNAのような非コードRNAとの相互作用によって転写後発現調節を行うための重要な部位です。
このデータベースは、線虫の3'UTR生物学の包括的リソースとして構築され、全mRNAの3'UTR構造に関する詳細な情報を提供しています。
解説およびキュレート配列、マイクロRNA結合サイトやPolyA付加の推定コンセンサスシグナルなど機能エレメントについての実験およびコンピュータ解析結果、
WormBaseやPicTarなど外部データベースのアノテーションが収録されています。

World Federation for Culture Collections
WFCC
The WFCC is a international database for the collection, authentication, maintenance and distribution of cultures of microorganisms and cultured cells. It contains data on the organisation, management, services and scientific interests of the culture collections. Each entry is linked to a second record containing the list of species held.
微生物の培養株を収集・保存し、研究や教育などのために菌株の分与と情報の提供を行う国際機関のホームページです。
生活習慣病ナレッジデータベース

糖尿病、虚血性心疾患、高血圧症、高脂血症、高尿酸血症について、概要、症状、対処療法、医療機関への目安などの情報を提供しています。
データベースの他に「FAQ」「健康チェック」「リンク」等のコンテンツを用意し、生活習慣病に関する情報のポータルサイトとしてご利用いただけます。

山梨県中央市役所
The National Research and Development Agency, Japan Fisheries Research and Education Agency (FRA)
国立研究開発法人水産研究・教育機構
水生生物情報データーベース
Database of AQUATIC ORGANISUMS
水生生物各種の概要、NCBIの分類に基づいた分類情報、近縁種情報、文献情報、DNA情報、系統保存情報などが閲覧できます。
The database of AQUATIC ORGANISMS is for collating information on aquatic organisms. It contains information about species classification, biological details, scientific literature and genetics.
COXPRESdb
COXPRESdb is a database of gene coexpression information. COXPRESdb features two major functions: a search capability for locating genes of interest and identifying coexpressed genes, and a visualization capability for representing the relationships in the database. gene expression data is collected from the NCBI GEO database and normalized. Users can query genes to find orthologs and co-expressed genes across multiple species and data is available for download.
1000以上の公共のマイクロアレイデータから計算したヒト・マウス・ラット、他4 種の共発現遺伝子データベースです。各生物種について約20000 遺伝子の共発現情報を参照でき、任意の遺伝子群に対して遺伝子ネットワークを描画することができます。自前のマイクロアレイデータ等の大規模データの解析に利用することも可能です。
Dr.Supplement
消費者のために正しいサプリメントの知識や選び方を医師の立場から判りやすく説明しているサイトです。サプリメント総論のコーナーでは、サプリメントを正しく理解するために是非知っておいて頂きたいことについて掲載しています。データベースではサプリメントなどに含まれている各種成分の説明を調べることができます。
University of Gent/Department of Plant System Biology
The European ribosomal RNA Database
The European Ribosomal RNA Database is a database of the RNA subunits critical to translation of RNA into proteins. The database currently contains only information on secondary structures of rRNA molecules.

小サブユニットおよび大サブユニットのリボソームRNA配列を収録したデータベースです。配列はアライメント形式で提供され、比較解析によって導かれた二次構造情報が表示されます。その他、参考文献、生物種、二次構造モジュール、ヌクレオチド変動マップが表示されます。
このデータベースは20年以上の歴史があり現在も公開を続けていますが、データの更新は2007年5月をもって終了いたしました。

組織画像データベース
関西医科大学の組織学実習の画像を公開しています。画像は器官・組織ごとに階層型にまとめられています。
関西医科大学
京都大学 大学院医学研究科
Kyoto University Graduate School of Medicine
Pathogenic Bacteria Data Base

病原細菌データベース（PBDB)は、病原細菌の研究情報をネットワークを通じて一般に公開し、研究者の相互協力を促し、研究者の教育及び研究を目的としたデータベースです。
各細菌の画像、分布、形状、培養、性状、病原性、感受性について調べることができます。

KEGG ENVIRON
KEGG ENVIRON is a database of crude drugs, essential oils, and medicinal harbs, all of which are mostly natural products of plants. Each entry is associated with the chemical component, efficacy information, and source species information whenever applicable.
生薬、精油など、主に植物由来の天然物を集めたデータベースです。成分、効能、由来生物種などの情報が蓄積されています。現時点での 主なカテゴリーは生薬、精油、メディカルハーブの３つです。また関連したリソースとして、環境汚染物質をはじめ健康悪化を引き起こす物質の情報を蓄積したKEGG COMPOUND データベースが同時に検索できるようになっています。
SNP Database Network in Japan
わが国で構築した多型情報データベースや多型情報解析ツールのリンク集を紹介しています。
J-EDI
深海映像・画像アーカイブス （J-EDI）
JAMSTEC E-library of Deep-sea Images
深海にすむ生物や深海底の映像・画像、潜航調査の様子を収録したデータベースです。「しんかい6500」や「ハイパードルフィン」などの潜水調査船や無人探査機で撮影された深海の映像や画像をオリジナルサイズで表示、ダウンロードすることができます。映像・画像は生物種、地質・環境や関連キーワードおよび調査場所、潜航情報などから検索可能です。また、潜航調査の様子は映像タイムラインや潜水船の航跡を通して見ることができ、潜水船を潜航させて深海調査を追体験できます。
深海ビデオキャスト

JAMSTECが保有する貴重な深海調査映像を軽量なフォーマット（MPEG-4）で公開しています。

「深海ビデオキャスト」は「深海映像データベース」「深海画像データベース」と共に「深海映像・画像データベース ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01061 )」に統合されました。

Deep Sea Image Database (深海画像データベース)
Deep Sea Image Database

JAMSTECでは潜水調査船や無人探査船により取得された膨大な深海の静止画像を保管・管理しています。
本データベースではこれらの画像のうち公開猶予期間を経過したものを公開しています。

「深海画像データベース」は「深海ビデオキャスト」「深海映像データベース」と共に「深海映像・画像データベース ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01061 )」に統合されました。

JAMSTEC E-library of Deep-sea Images is a database of valuable deep sea research videos and photos which were obtained by JAMSTEC submersibles. It provides videos and photos associated with detailed information including research location and context (ex. living organism or phenomena). Users are able to search for these data by content or dive information and browse them. Users are available to access videos and photos in low resolution on this site, and also high resolution data on request.
Marine Biological Sample Database (海洋生物サンプルデータベース)
Marine Biological Sample Database
Marine Biological Sample Database is a database of marine biological samples collected during the scientific missions of JAMSTEC vessels (NATSUSHIMA, KAIYO, YOKOSUKA, KAIREI and MIRAI) or submersibles. Each entry contains various sample information such as sample names, fixation and preservation methods, localities, related cruise and dive information, etc. This database allows to search by any keywords or specific data items and/or taxon trees. Moreover, it's available to search from a map.
JAMSTECの船舶・潜水船等で採取した生物サンプルのデータベースです。サンプル名、採取場所、水深、保存方法、採取システムなどを収集、蓄積、公開しています。
健康・栄養情報基盤データベース
国民栄養調査(NNS:National Nutrition Survey）に関するデータ検索サービスです。世帯別摂取量、個人別摂取量、個人身体情報、料理情報、各国栄養所要量、栄養素寄与に関する情報を提供しています。
Functional Food Factors
さまざまな機能性食品因子が食品中にどれくらい含まれているか実際に定量した結果が、一般的な栄養素とともにデータベース化されています。イソフラボンを含む食品を摂取したいといったときに、ワンクリックで含有量の多いものから検索することができます。文献や構造式のデータベースも含まれています。
JFODB
Japan Fisheries Oceanography Database (水産海洋データベース)
Japan Fisheries Oceanography Database
明治、大正から継続されている日本の水産調査研究により収集された日本周辺海域の海水温など海洋環境、卵・稚仔・プランクトンおよびマイワシ・サバなど浮魚類の魚体測定データなど生物データを公開しています。日本周辺海域の水産研究や海洋環境研究の基礎データされることが期待されます。なお、現在、脆弱性への対応のため、公開を休止中です。
ExPASy (Bioinformatics Resource Portal)
ExPASy is a database of bioinformatics resources. The database contains links to tools and other resources for several bioinformatics purposes including proteomics, genomics, systems biology, evolution, population genetics, and biophysics. Users can search for resources in all databases or within a specific category.
ExPASy Webサーバーはスイス生物情報科学機構(SIB)において提供されるプロテオミクス分野に向けた統合サービスです。タンパク質やプロテオミクスを中心とした種々のデータベースや解析ツールにアクセスできます。データベースとしては、UniProtKB、PROSITE、SWISS-2DPAGE、ENZYME、GlycoSuiteDB等があります。解析ツールには、プロテオミクスツール、相同性検索、ドメイン予測、翻訳後修飾予測、トポロジー予測、一次、二次、三次構造解析のためのツールが用意されています。データベースと解析ツールは相互にリンクしており、SIB等で開発された関連リソースが組込まれています。
University of Alberta/Department of Computing Science
DrugBank
DrugBank is a database of detailed informatics resources on approved and experimental drugs. The database contains informaiton on drug targets as well as the results of experiments resulting in extensive bioinformatics and chemoinformatics data. Users can browse or search by drug or target. Data is available for download.
薬剤の化学的、薬理的、薬事的データとそのターゲット（配列、構造、パスウエイ）の詳細情報を収集、統合したバイオインフォマティクスおよびケモインフォマティクスのリソースです。薬剤エントリー約4,800件のうち、FDA承認小分子薬剤が1,350以上、FDA承認バイオテク（タンパク/ペプチド）薬剤123件、栄養補助食品71件、実験的薬剤が3,243件以上が含まれています。2,500以上の非冗長タンパク配列がFDA承認薬剤エントリーにリンクしています。各エントリーにつき100以上のデータ項目が存在します。
The Stem Cell Community
ヒト胚性幹細胞（ES cell)に関する情報を共有するためのコミュニティです。ES cell lineデータベース、論文、特許、遺伝子発現データなどが掲載されています。
ARMLiPDB
マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。
CoP
Co-expressed Biological Processes
植物遺伝子の発現相関データベースです。
CoP is an integrated database consisting of multiple databases with information on co-expressed genes and biological processes in plants based on gene Ontology. The omics data in this database, originate from NCBI, TAIR and GRAMENE databases. For co-expression analyses in this database, the Confeito algorithm is used. The revised version, an upgrade from the CoexProcess database, was released on March 12, 2009. More than ten thousand probes and hundred chips are included and assembled Affymetrix geneChip microarrays include thale cress (Arabidopsis thaliana), soy beans (Glycine max), barley (Hordeum vulgare), rice (Oryza sativa), poplar (Populus trichocarpa), wheat (Triticum aestivum), grapes (Vitis vinifera), and maize (Zea mays), and other microarrays will be added in the future.
DAGViz
Directed Acyclic Graphs Viewer
各生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。
DAGViz indicates the nature of this database, which is a Directed Acyclic Graphs Viewer.This site offers access to two databases namely KEGG (Kyoto Encyclopaedia of genes and Genomes) and GOA (gene Ontology Annotation). KEGG supplies information on complete genomes of 180 eukaryotes, 2139 bacteria and 147 Archaea. A search option is available by means of entering one of four possible descriptions namely, gene Ontology ID (GO ID), Exact GO term, Keyword GO term or gene Product. A limited list of organisms is also offered from which a name can be selected to have information retrieved from the above two databases.
Japan Bioindustry Association (JBA)
一般財団法人バイオインダストリー協会
DIAM （アーカイブ）
DIAM (Archive)
DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes
微生物産業利用支援データベース：DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes
DIAM is a database of DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes. Main categories are: 'law and bylaws for biosafety', the 'basic knowledge of biotechnology', the 'literature of biosafety' and the 'information of microorganisms'. This database is closed, and the data are available in LSDB archive.

微生物やバイオセーフティ関連情報のデータベースです。「バイオセイフティ関連の法規則」、「バイオテクノロジーの基礎知識」、「安全性に関する文献」、「微生物情報」に分かれます。2011年3月31日をもって財団法人バイオインダストリー協会によるオリジナルサイト（http ://diam-jba.jp/diam/index.jsp） からの提供を終了しました。現在は過去のデータセットを生命科学系データベースアーカイブから取得可能です。
「バイオセイフティ関連の法規則」はＤＩＡＭから提供されていた遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、「国内のカルタヘナ法関連文書」、「海外の法規制の概説」、「カ ルタヘナ法Q&A」についてまとめたデータベースです。
「バイオテクノロジーの基礎知識」はＤＩＡＭから提供されていた遺伝子組換え微生物やバイオセイフティ関連情報のうち、バイオセイフティに関する基礎知識をまとめたデータベースです。一般市民の方々を対象とするバイオテクノロジーに関する解説（入門編）、代表的な質疑応答集(Q&A)、用語説明を含みます。
「安全性に関する文献」はDIAMで提供されていた安全性に関する文献をまとめたデータベースです。
「微生物情報」は微生物の同定・分類関連情報、安全関連情報、利用関連情報に関する情報を提供するデータベースです。

DNA ProbeLocator （アーカイブ）
DNA ProbeLocator (Archive)
The purpose of DNAProbeLocator is to map DNA array probes onto the human full-length cDNA sequences as found in H-InvDB. Upon receipt of the name or number identifying a probe (probe identifier) this database supplies the user with detailed information about its position in the human genome, its corresponding transcript and the gene it might form a part of. A Blast search function is also offered by which the user's sequence may be identified by mapping known Microarray probes onto it. This repository is now offline and is in archival mode. All data may be obtained from LSDB Archive site (https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/dnaprobelocator/desc.html) in Japanese.

多様な形式のマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。
産業技術総合研究所によるオリジナルサイト （http ://h-invitational.jp/DNAProbeLocator/index.cgi） の運用は終了しました。データは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用になれます。

H-Exp
組織特異的転写物発現頻度データベース（iAFLP-DB）です。
KomicMarket
Kazusa Omics Data Market
KomicMarket (Kazusa Omics Data Market) is a database that contains annotations of metabolite peaks that have been detected with mass spectrometry (MS) in studies of metabolomics. Data were mostly obtained with high-resolution MSs liquid chromatography. A new version of KomicMarket database (KomicMarket2: http://webs2.kazusa.or.jp/km2) provides the metabolome data files in the Togo Metabolome Data Format (TogoMD).

KomicMarket (Kazusa Omics Data Market)は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されています。
KomicMarketは、LC-FT-ICR-MS法（液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析）で検出された代謝物のピークのアノテーション（精密質量に基づく組成式や化合物名候補など）を主に格納しています。
リニューアルサイトKomicMarket2 (http://webs2.kazusa.or.jp/km2) からは、ピーク情報を統合メタボロームフォーマット（TogoMD）というシンプルなテキスト形式でダウンロードすることができます。

MS-MS Fragment Viewer
MS-MS Fragment Viewer is a metabolomics database of the LC-FT/ICR-MS measurements of authentic compounds. It contains FT-MS, IT- and FT-MS/MS spectral data with chemical information such as accurate mass, molecular formula and predicted structure of each fragment ion. This database also includes PDA spectra of these compounds with additional structural information. With the system compounds observed in mass spectra can be assigned and structures of unknown compounds can be annotated.
LC-FT/ICR-MS解析で得たフラグメントイオンの構造を予測したFT-MS、IT-MS/MS、FT-MS/MSのスペクトルデータを格納したメタボロミクスデータベースです。
京都大学
Kyoto University
RISH Database
EST Database of Trees for Sustainable Humanosphere
アカシアのESTを6253個、配列決定し、そのデータを蓄積したデータベースです。
RISH Database is an EST database of trees for sustainable humanosphere. This database has a BLAST search function and contains 6253 EST sequences of Acacia mangium unigene, an economic plant. Thujopsis dolabrata var. hondai unigene will also be available in the future.
The database of full-length cDNA and EST sequences of Lotus
ミヤコグサEST・完全長配列
ミヤコグサの98838のEST配列と3488の完全長cDNA配列を蓄積したデータベースです。
This database contains 98838 EST and 3488 full-length cDNA sequences of Lotus. japonicus, a model legume plant. A public dataset (from DDBJ) and a closed dataset can be downloaded from this site.
NITE-CHRIP
NITE Chemical Risk Information Platform
化学物質の番号や名称等から、国内外の法規制情報及び国内外の機関による有害性情報、リスク評価情報等を検索することができるシステムです。
NITE Chemical Risk Information Platform (NITE-CHRIP) is a database provided free of charge over the Internet, and shows comprehensive information on Risk Assessments and Laws & Regulations, etc., of chemical substances that can be searched by entering the number, name,etc., or provided in list format for each category.
RefExA
Reference database for gene Expression Analysis
ヒト正常組織、正常細胞、癌細胞株の網羅的な遺伝子発現データベースです。
RefExA is a reference database for gene expression analysis. Search terms include Genbank accession, Unigene cluster ID, gene symbol, and gene name and tissues consist of normal human tissues, normal cells and cancer cells.
Escherichia coil Multi-omics Database
大腸菌のオミックスデータを集積したデータベースです。
This database contains multi-omics data of Escherichia coli, a model organism. Data was gathered under the auspices of the Institute for Advanced Biosciences, Keio University, which is located in Tsuruoka city, Japan. The database is meant to contribute quantitative information about the inner molecular components of cells to the comprehensive knowledge of the highly complex nature of living systems, for a better understanding. CE-MS metabolome data, obtained by CE-MS analysis, RT-PCR transciptome data (quantitative measurements of intracellular mRNAs), proteome data (quantitative measurement of proteins) and fluxome data (GC-MS measurement of 13C-labeled compounds to measure metabolic flux) are also available.
KNApSAck Family
二次代謝産物データベースKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されています。タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMine、インドネシア生薬データベースJAMUや漢方薬のデータベースKAMPOも含んでいます。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されています。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。
This database provides information on how species and metabolites relate to each other as does the site above. This page, however, offers the database in an attractive and user-friendly format, which the whole family should be able to understand and utilize. It appears in the shape of a colorful graph with pictures and descriptive names indicating the topics the information is arranged by. Optimal use of the database requires for it to be downloaded to the user's personal computer. A manual on how to use the database is provided.
UCSC GenomeBrowser for Functional RNA
機能性RNAゲノムブラウザー
UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧することができます。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。
National Bioscience Database Center - NBDC
バイオサイエンスデータベースセンター - NBDC
NBDC Portal is a portal site for databases and web tools in life science, developed by National Bioscience Database Center (NBDC) at the Japan Science Technology Agency (JST). The site contains the Database Catalog, Life Science Database Cross Search, Life Science Database Archive, etc. Users can access a variety of life science databases from this website.
ライフサイエンスデータベース統合推進事業の紹介及び広報サイトにアクセスできます。事業の一環として提供しているデータベースのカタログ、横断検索、アーカイブの各サービスサイトをはじめ、関係各機関のデータベース統合に向けたさまざまなサービスへのリンクを提供しています。
Life Science Database Cross Search
生命科学データベース横断検索
国内外に散在する生命科学系データベースの中身を一括でキーワード検索できるサービスです。ライフサイエンスデータベース統合推進事業の一環で作成しています。500以上の文献、特許、分子等の多様なデータベースを横断的に検索することが可能です。
Life Science Database Cross Search is a data set collection and a cross search system for life science databases developed by the National Bioscience Database Center (NBDC) at the Japan Science Technology Agency (JST). This cross search system includes entries of literature and patents, as well as various molecular data. Users can perform a keyword search across scattered databases in life science at once, and refine search results by selecting a category of databases, a database name or a gene name.
ライフサイエンス新着論文レビュー
FIRST AUTHOR'S
トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について，論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを、だれでも自由に閲覧・利用できるよう、いち早く公開しています。
Webリソースポータルサイト
バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたサイトです。処理要素、分野、文献別などの階層分類により目的のリソース情報を探し出すことが可能です。
ゲノム解析ツールリンク集
分子生物学分野のデータ解析に欠かせないツール提供サイトへのリンク集です。論文やWebから解析ツールに関する情報を調査収集し、各ツールを用途によって階層的に分類しています。また各ツールの簡易な説明も提供しています。
GenLibi
Gene Linker to Bibliography
ＪＳＴ文献情報から得られる遺伝子機能や関連する疾患／表現型を提供するためのシステムです。テスト版では、ヒト、ラット、マウスの遺伝子について、遺伝子、蛋白質、多型、パスウェイ(代謝経路や生命現象の回路図)、疾患／表現型、オーソログ／アミノ酸配列を合わせて提供しています。
ゲノム特定領域（2005年-2009年）年次報告書データ 一覧
2005年から2009年に実施された文部科学省ゲノム特定領域の年次報告書及び最終報告書のPDFをダウンロードして閲覧できます。また2000年から2004年に実施された旧ゲノム特定領域の最終報告書のリストも同様に閲覧可能です。
TogoProt
蛋白質関連データベース統合検索システムです。キーワード検索によりまずメニューに蛋白質のファミリー名のリストが表示されます。メニューから目的の蛋白質またはファミリーを選ぶとその蛋白質 (ファミリー)のデータとリンクが表示され、目的のデータベースのエントリーにたどり着くことができます。
TogoProt is a comprehensive protein-related database search system. A keyword search displays a list of protein families in the menu bar. When selecting the protein or protein family of interest, links will be displayed to relevant database entries.
OReFiL
Online Resource Finder for Lifesciences
OReFiL is a database and a search system for online life science resources (databases, tools and web-services) mentioned in peer-reviewed papers. OReFiL covers MEDLINE entries and BioMed Central full-text papers to extract URLs of online resources. Users can search resources by free words, MeSH (Medical Subject Headings) terms and author names. Search results show titles of the hit resources with URLs, MeSH terms and links to corresponding PubMed entries, web pages and papers.
論文中に記述される、オンライン上に公開されいてる生命科学系データベースやソフトウェアなどを検索するシステムです。MeSH用語や著者名での検索も可能です。
医学・薬学予稿集全文データベース
科学技術振興機構(JST)のJDreamサービスの「医学・薬学予稿集全文データベース」に搭載されていた学会要旨集のうち、改めて利用許諾をいただいた学会の予稿集を無償で公開しています。
DRA
DDBJ Sequence Read Archive
DRAは次世代シークエンサからの出力データの登録及び登録されたデータの検索のためのデータベースです。NCBIのSRA、EBIのERAとの国際協力のもとDDBJにより運営されています。従来のキャピラリ型のシークエンサからの出力データについてはDDBJ Trace Archiveにて登録が可能です。
DRA is a repository for raw output data from next-generation sequencers maintained by DDBJ (DNA Data Bank of Japan) in cooperation with the other members of INSDC. DRA includes raw sequencing data with following 6 metadata objects; Submission (information on the submitter and data release), Study (study details), Sample (taxonomic information), Experiment (experimental setup details), Run (data files and run details) and Analysis (processed data and ancillary data). This repository provides manuals and video tutorials for data submission. Users can search archive data by keywords, organisms, study types, etc, and download metadata XML, FASTQ and SRA Lite files at the DRA Search or the FTP site.
RefEx
Reference Expression Dataset
Reference Expression dataset
ヒトやマウスなどを対象に、異なる手法 (EST、Gene Chip、CAGE、RNA-seq)により取得された臓器/組織別の遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で標準となるリファレンスとして利用することを目的としたデータベースです。
RefEx is a reference database of gene expression profiles in normal mammalian tissues. RefEx contains comparative expression data obtained from ESTs, microarray (geneChip), CAGE (Cap Analysis gene Expression) tags and RNA-seq for human, mouse and rat. Users can search for tissue-specific genes from a list of 40 organs, as well as gene names and symbols from lists of gene ontology, gene families and chromosomal regions or by keywords. Search results show gene names, heatmaps on 3D human body images visualizing the relative gene expression values, and corresponding reference datasets.
Gendoo
Gene, Disease Features Ontology-based Overview System
Gene. Disease Features Ontology-based Overview System
Gendoo is a database and a search system for diseases, drugs, biological phenomena and anatomy associated with genes and diseases. Gendoo contains MeSH (Medical Subject Headings) terms and OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) entries. Users can search related terms and entries by Entrez gene IDs / gene names, OMIM IDs / disease names and MeSH terms. Users can also input multiple IDs to show differences and similarities among them, such as type 1 and type 2 diabetes, by high-scoring lists or hierarchical-tree views.
遺伝子について関連する疾患、薬剤、臓器、生命現象などの特徴をキーワード (MeSH用語)で関連性の度合いとともに示したデータベースです。興味のある疾患名称やOMIM IDから関連する遺伝子の情報を調べることもできます。
DBCLS SRA
Survey of Read Archives
SRA, ENA, DRAに登録された次世代シークエンサからの出力データを対象とした目次を提供しています。具体的にはデータ生産の目的、プラットフォームの種類、生物種別に登録情報を閲覧、検索することができます。
統合遺伝子検索GGRNA
GGRNA
キーワードから遺伝子を簡単に検索できるGoogleライクな検索エンジンです。塩基配列やアミノ酸配列情報を入力し高速に検索することも可能です。
GGRNA is a database and a Google-like full text search engine for genes and transcripts of 13 species (human, mouse, rat, chicken, etc). GGRNA contains mRNA and noncoding RNA entries archived in NCBI RefSeq. Users can search for words and phrases (gene names, IDs, gene descriptions, etc), as well as nucleotide and amino-acid sequences. This search engine provides various search operators. For example, users can also search for nucleotide sequences containing degenerate nucleotides or mismatches.
ライフサイエンスQA
ライフサイエンス研究に関する質問や疑問、それに対する回答を共有するためのQAサイトです。質問及び回答は誰でも投稿可能ですが、対象ユーザーはライフサイエンス研究に携わっている人を想定しています。投票機能によりコメントや評価を残すことも可能です。
kusarinoko
Search SRA Entries with PubMed Article

公共データベースに登録されている次世代シーケンサから出力された配列データを対象に、メタデータ （実験手法やサンプルなどの登録情報）を検索・閲覧することができます。

単独のサイトとしての運用は終了し、DBCLS SRA（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01101 ）の内部ブラウザとして引き継がれています。

Kusarinoko is a database of sequencing metadata. The database contains publicly available data for next-generation sequencing Sequence Read Archive (SRA) data. The database is constructed by mining SRA information from published literature. Study IDs and keywords are queried by simple search.
Togo Picture Gallery
ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に利用できるよう無料で公開しています。研究発表のスライドなどで使用することが可能です。
TargetMine

創薬支援のための統合データウェアハウスです。
16 個の公共データベースからのデータを統合し、タンパク質立体構造や医薬品関係データ、タンパク質相互作用や転写因子制御データなどの統合的検索を可能にしました。また、このシステムを使って、複数の候補遺伝子または候補タンパク質から、任意の関連性（特定の機能や疾患との関連性など）を有する遺伝子またはタンパク質を絞り込む手法を開発し、実験的検証に成功しました。

TargetMine is a data warehouse system for assisting drug discovery. It integrates biological data for human, mouse and rat from more than 16 public databases, allowing for the integrated analysis of protein structures, transcription factors, drugs and many other data types. The system has been applied to prioritizing target candidates and has led to experimentally verified potential new targets.
Tomato SBM Database
Tomato selected BAC clone mixture Database
This is a database for 5’- and 3’-terminal sequences of clones those constitutes a BAC clone library for Solanum lycopersicum. In order to provide enriched annotation for the clones, those sequences are linked to information in other databases, such as predicted protein family. Sequences of markers, including EST-SNP, EST-SSR and Intron-SNP, are supplied in the marker database.

トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列情報のデータベースです。配列、BLAST検索により一致する外部データベースでの情報、予想されるタンパク質ファミリーについてのリンクが収録されています。
また、マーカーデータベースには、EST-SNP、EST-SSR、Genome-SSR、Intron-SNPなど多くのマーカーの配列が収録されています。

京都大学大学院 理学研究科
Plabrain DB
Planarian Brain Database
プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の、単一細胞ごとの遺伝子発現情報、Whole-mount in situ hybridizationによる発現解析、および組織免疫染色による解析データを収録したデータベースです。 特に、FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)を用いた半定量的single-cell PCR (FBSC-PCR)手法による、単一細胞レベルの発現解析結果の初めての公開となります。 京都大学を中心に作成され、生命科学系データベースアーカイブに収録されています。
Plabrain DB is a database for analysis of planarian nervous system archived in Life Science Database Archive. Plabrain DB includes FACS-based single-cell PCR data and images of the gene expression analysis by whole-mount in situ hybridization and Immunohistochemical staining. Users can search images and PCR data of planarians by keywords, and download selected data as a CSV file.
National Institute of Mental Health
Gene Brain Systems.nimh
GENSATプロジェクトによって提供された、BACトランスジェニックマウスの脳細胞の発現画像を検索・閲覧することができます。
健康づくりに向けた『食育』取組データベース
「食育推進基本計画」、「健康日本２１」等の健康づくりに関連した指標に関する各種事業の取組のデータベースです。全国の自治体で実施している食育の事例の登録を受けつけています。団体区分、人口区分、対象年齢などの項目別の詳細検索が可能です。
運動データベース
健康・体力づくりと運動に関するデータベース
運動と生活習慣病予防、健康増進についての、最新かつ可能な限り科学的根拠 (エビデンス) の高い文献を1,200本余収集し、その概要を提供するデータベースです。疫学、運動生理学を中心とした研究者が文献の収集とデータ作成に関わっています。文献ごとにその文献の紹介者を明記し、紹介者が日本語で文献の概要とコメントを付加しています。 論文名・著者・年代・研究の対象・種類・方法、アウトカムなどによる検索とフリーキーワード検索ができます。事前にユーザー情報の登録が必要です。
財団法人健康・体力づくり事業財団
国民栄養の現状
1947年（昭和22年）から2002年（平成14年）まで実施された国民栄養調査（現在の国民健康・栄養調査）の結果を集約したデータベースです。この調査は栄養改善法（現在の健康増進法）に基づいて厚生省（現在の厚生労働省）によって行われた全国調査で、国民の身体の状況、栄養摂取および生活習慣の状況を明らかにすることを目的として、全国300地区の約5,000世帯及びその世帯員（約15,000名）に対して毎年実施されました。PDFおよびExcelファイルをダウンロードすることができます。
特別用途食品・栄養療法エビデンス情報 (Information on Food for Special Dietary Uses and Nutrition Care)
栄養療法や特別用途食品を、管理栄養士などの専門家や一般消費者が自主的に「利用する」あるいは「利用しない」などの選択を行う際の指針となることを目的としているサイトです。主に専門職をサポートするための栄養療法に関連したエビデンスのデータベースです。栄養療法エビデンスの情報は2つの研究グループによって収集されたものを利用しています。
国立健康・栄養研究所 産学連携提案テーマデータベース
医薬基盤・健康・栄養研究所の最新の成果の概要と、それに基づく発展的な研究テーマについてのデータベースです。産学連携で研究成果の具体化や発展化に共同で取りくむことを考えている企業及び団体や、共同研究を希望する研究者に対して情報を提供することを目的としています。具体的には、特許、意匠登録、実用新案、商標登録、著作権などの実績に関する情報を提供しています。
医療用医薬品 情報検索
医療用医薬品（体外診断薬を除く）の添付文書の内容を各製薬企業において電子化したものを提供しています。添付文書の内容をWeb上で閲覧できるほか、PDFおよびSGML形式のファイルをダウンロードすることも可能です。また、安全性速報、DSU（医薬品安全対策情報）などの関連文書も検索・閲覧できます。医薬品の名称（販売名または一般名）、薬効分類、効能や効果、使ってはいけない状態などで検索することが可能です。
医療用医薬品の添付文書情報【副作用】
医療用医薬品（体外診断薬を除く）の添付文書に書かれている副作用情報のデータベースです。医薬品名（一般名または販売名）での検索および医薬品名（販売名）の五十音順リストを利用して探すことができます。
医療用医薬品の添付文書情報【禁忌】
医療用医薬品（体外診断薬を除く）の添付文書に書かれている禁忌情報（その医薬品を使用してはいけない患者の情報）のデータベースです。医薬品名（一般名または販売名）での検索および医薬品名（販売名）の五十音順リストを利用して探すことができます。
DSU（医薬品安全対策情報）
DSU（医薬品安全対策情報；Drug Safety Update）は、医療用医薬品の「使用上の注意」改訂に関する情報です。日本製薬団体連合会安全対策情報部会に参加している製薬企業が製造または輸入している医療用医薬品が対象となっており、日本製薬団体連合会により通常は年10回発行されています。このサイトでは、DSUをPDF化したものが掲載されています。
2009年度以降の医薬品及び医療機器の回収に関する情報 (回収情報検索ページ）
2009年度以降の医薬品および医療機器の回収（リコール）に関する情報のデータベースです。提供している情報は、医薬品等の回収を行う製造販売業者等が作成したものです。回収品目、種類、製造販売業者、クラス、年度などの条件を指定した検索が行えます。また、全文検索も行えます。
緊急安全性情報（イエローレター）・安全性速報（ブルーレター）
医薬品または医療機器の「緊急安全性情報」と「安全性速報」を提供しているサイトです。医薬品または医療機器の製造販売業者が作成した情報をPDF化したものが掲載されています。「緊急安全性情報」は、緊急に安全対策上の措置をとる必要があるものです。 「安全性速報」は、一般的な使用上の注意の改訂情報よりも迅速な安全対策措置をとる場合のものです。
がん研究データベース
がん研究開発費（正式名称は国立研究開発法人国立がん研究センター運営費交付金研究開発費，旧がん研究助成金）によって行われる研究をデータベース化したものです。研究の基本情報、研究者情報、報告書が閲覧できます。キーワードや研究区分、実施年度、報告書の有無、研究者などの検索条件を指定した検索が行えます。
各種がんのエビデンスデータベース
がんに関連する、科学的根拠に基づく診療ガイドラインおよびそれに準じた診療ガイドラインや資料をデータベースとしたものです。日本国内と欧米の両方の情報が収集され、リンクされています。がんの種類、分野、対象、編者、発行者などといった条件で検索を行うことができます。
産業中毒文献検索
産業中毒の研究者向けに産業中毒の症例・論文・学会発表の情報を提供しています。産業中毒、災害医学、産業医学、産業衛生学などの分野の国内学術誌や学会抄録集から産業中毒を中心とするデータを収集しています。 キーワード、刊行形態、発表形式、対象、発表年、データ分野、中毒因子などの条件で検索が行えます。
独立行政法人労働者健康福祉機構
じん肺データーベース
じん肺診療に携わる医療関係者の研究、診療等の参考となることを目的に作成されており、じん肺症例の分類、所見、レントゲンやCTなどの各種画像が閲覧できます。全国の労災病院からじん肺患者の診療情報を収集し、公開可能な症例を収載しています。
腰痛データベース
腰痛についての大規模調査の成果から、各調査の概要とレポートを掲載しています。腰痛の大規模調査は、勤労者脊椎・腰痛センターを中心に全国の労災病院で実施されています。
振動障害HP・データベース
振動障害の診療等に携わっている労災指定医療機関の医師や産業医の研究・診療の参考となることを目的に作成されており、労災病院に蓄積された振動障害の臨床データを集積したデータベースの分析結果を掲載しています。
HSRRB
ヒューマンサイエンス研究資源バンク (Health Science Research Resources Bank)
ヒューマンサイエンス研究資源バンクでは、高等動物の細胞・遺伝子バンク業務に加え、ヒト組織バンク業務、日本人の遺伝子多型解析に有用な日本人由来B細胞株・DNAのバンク業務を行っています。細胞や遺伝子の番号や名称からの検索、アルファベット順リストからの選択などによって細胞・遺伝子・ヒト組織を探すことができます。
ヒューマンサイエンス振興財団
第十六改正日本薬局方 名称データベース (The Japanese Pharmacopoeia Sixteenth Edition (JP16) Name and Structure Database)
第十六改正日本薬局方に収載されている化学薬品等および生薬等について、名称、構造式、化学名、分子式、CAS登録番号、本品記載などをデータベース化したものです。現在公開しているデータベースは評価版であり、入力データの完全なチェックは行われていません。名称、CAS登録番号、化学名などで検索できます。
JAN
日本医薬品一般名称データベース (Japanese Accepted Names for Pharmaceuticals)
医薬行政・研究のための基盤となる情報を提供することを目的として、日本で一般的名称が付けられたすべての医薬品について、医薬品の名称、日本薬局方収載状況、構造式、化学名、分子式、CAS登録番号、薬効分類コード、薬効分類名などが収載されたデータベースです。医薬品の一般的名称について（通知）、第十五改正日本薬局方、および添付文書情報に基づいて作成されています。名称、CAS登録番号、化学名などで検索できます。
日本語版ICSC (ICSC in Japanese)
国際化学物質安全性カード(ICSC) 日本語版 (International Chemical Safety Cards (ICSC) Japanese Version)
ICSCは、化学物質を扱う労働者など化学や毒性の専門家でない人々を対象に化学物質の健康や安全に関する重要な情報を簡潔にまとめたものです。国際的に認められた専門家達が健康や安全性に関する情報を収集、検証し、詳細に検討しています。化学物質の名称、 ICSC番号、CAS登録番号で検索できます。また、50音順、ICSS番号順、アルファベット順のリストも掲載されています。
遺伝子組換えデータベース
非食用モダンバイオテクノロジー応用植物・生物（医薬品遺伝子組換え植物・生物および工業原料遺伝子組換え植物・生物など）の食品への混入を監視することを目的とした、非食用の遺伝子組換え植物・生物のデータベースです。キーワードによる検索が行えます。また、GM生物、GM微生物、工業原料GM、薬用GMなどにカテゴリ分けされています。
毒物及び劇物取締法 (毒劇法)
毒物および劇物のデータベースです。毒物及び劇物取締法（毒劇法）の対象となっている物質が収載されています。官報告示名、化学物質名またはCAS登録番号で検索できます。データベースの検索結果には物質名のみ表示されます。
食品添加物含有量データベース
生鮮食品および加工食品に含まれる、天然由来の食品添加物の自然含有量を収載したデータベースです。1997年までに国立医薬品食品衛生研究所・大阪支所食品試験部（2004年3月31日に閉鎖）で行われた調査の結果が収載されています。調査対象添加物は亜硫酸、安息香酸、過酸化水素、硝酸、亜硝酸、オルトリン酸の6種類です。各添加物の含有量は、添加物ごとにPDFファイルとしてまとめられています。
農薬等ADI関連情報データベース
農薬等の一日許容摂取量（Acceptable Daily Intake；ADI）に関するデーターベースです。海外のデータはJMPR（Joint FAO/WHO Meeting on Pesticide Residues）およびJECFA（Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives）の情報から，国内のデータは食品安全委員会，厚生労働省ホームページ（審議会議事録等），食品衛生研究の資料に記載されている情報から得ています。用途別物質名一覧や物質名やCAS登録番号からの検索ができます。
食品添加物ADI関連情報データベース
食品添加物の一日許容摂取量（Acceptable Daily Intake；ADI）に関するデーターベースです。海外のデータはJECFA（Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives）の情報，国内のデータは食品衛生法による指定添加物についての情報を収載しています。用途別物質名一覧や物質名やCAS登録番号からの検索ができます。 オリジナルサイトの運用は終了しましたが、公開されていたADIに関する情報がこちらのサイト（http://www.nihs.go.jp/hse/food-info/food_add/ ）でご覧になれます。
ADFS
アレルゲンデータベース (Allergen Database for Food Safety)
食物アレルギーを引き起こす抗原（アレルゲン）タンパク質のデータベースです。既知のアレルゲン同士の交差反応性の予測や、新規の食品のアレルゲン性を予測することを目的としています。既存のアレルゲン・データベースや独自に収集した文献からの情報に基づいています。アレルゲン名、カテゴリー（花粉、動物、食物など13種類）、アミノ酸配列、エピトープなどの情報を収載しており、これらを利用して検索をすることができます。利用にはユーザー登録 （無料）が必要です。
国立研究開発法人産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門
ClEST
Cimex lectularius EST
トコジラミ器官ESTデータベース
トコジラミCimex leculariusのさまざまな器官や体全体に発現する遺伝子配列（EST)のデータベース です。 トコジラミはヒトなどの温血動物を吸血する害虫です。この昆虫は体内に栄養相利共生細菌Wolbachiaを保持していたり、外傷的交尾と呼ばれる奇抜な交尾行動をとります。トコジラミ属では菌細胞塊を共生維持のために、Spermalegeを外傷的交尾行動のためにそれぞれ進化させてきました。本データベースはこれらのユニークな器官のESTを扱い、基礎的な遺伝学的情報が進化生物学のみならず、医学・衛生学分野において応用されることが期待できます。
ClEST is a database of bedbug (Cimex lectularius) ESTs and clusters archived in Life Science Database Archive. This database includes transcriptomes extracted from unique organs of the bedbug. Each entry of clusters contains description, category, length, sequence and the number of clones. Each entry of EST clones contains library data, category, cluster, the accession number, length and sequence. Users can search clusters and EST clones by keywords from those items.
SSBC
Systems and Structural Biology Center
高等動植物等タンパク質の立体構造解析実験データベース。タンパク3000プロジェクトにおいてRSGIにより取得された、Ｘ線回折画像データ、結晶化スクリーニング観察画像データと、発現・精製など一連の付随実験情報を含みます。ヒトとマウスの48種のタンパク質のデータを公開しています。2015年6月にRIKEN SciNeSからRIKEN META DATABASEの下に移行しました。
SSBC is a database about structures and functions of proteins elucidated at "National Project on Protein Structural and Functional Analyses" (the "Protein 3000" Project, 2002-2006). It contains images of x-ray diffraction and crystallization, and related experimental information, such as expression, purification, etc.
WorTS （アーカイブ）
Worm TS mutant database
表現型および遺伝子名から検索可能な線虫の胚発生致死温度感受性変異株のデータベース。 変異株毎に、遺伝子名等の一般的な情報、及び変異情報、表現型の情報等を格納しています。 大阪大学 微生物病研究所によるオリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからWorTSのデータをご利用いただけます。
大阪大学 微生物病研究所
FuLoJa
Lotus japonicus Full-length cDNA Databases
FuLoJa stands for Lotus japonicus Full-length cDNA Databases and includes full-length cDNA sequences of lotus japonicus that have been analysed with InterPro. Blast search is available.
ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報をInterProで解析したデータを集積したデータベースです。
MCG CNV Database
This database is called MCG CNV and provides copy number variant (CNV) and loss of heterozygosity (LOH) data. These have been detected by microarray analyses using MCG arrays and SNP arrays. The incidence of CNV and LOH in healthy Japanese is available. This is essential to assess the pathogenicity of CNV or LOH, and to differentiate between "pathogenic" and "benign" CNV, which is useful in patients with pathology due to cryptic genomic aberrations.
日本人の健常者集団を対象として独自に開発したBACアレイ（ MCGアレイ ）ならびにSNPアレイ (illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、 検出された CNVと LOHを収録したデータベースです。日本人健常者集団におけるCNVやLOHの出現頻度を示し、 ゲノム解析において検出されるゲノム変化が病態と関連するかどうかを判断するための基盤情報となります。
PMPj-Blast
This is a database of nucleotide sequences of ESTs, cDNAs and oligo DNA microarray probes for Lotus japonicus andArabidopsis thaliana which were obtained from PMPj.
ミヤコグサやシロイヌナズナのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj （NEDO植物物質生産プロジェクト、H14-22）で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベースです。
MFSearcher
Kazusa Molecular Formula Searcher
精密質量値から予測される組成式を高速に推定することができます。 既存の化合物データベースに対する質量値からの検索も高速に行えます。
Kazusa Molecular Formula Searcher (MFSearcher) is a RESTful Web service that provides researchers with high-throughput elemental composition prediction based on accurate mass values obtained by high-resolution mass spectrometers. It is also possible to immediately search major compound databases like KEGG, PubChem, KNApSAcK LIPID MAPS and Flavonoid Viewer.
PoSSuM
Pocket Similarity Search using Multiple-Sketches
タンパク質の類似リガンド結合部位データベースです。

This site contains a database of protein-ligand binding sites that have been compared and numbered according to resemblance in structure.
Comparing the huge amounts of small molecule binding sites of proteins available in the PDB (Protein Data Bank) is important in order to determine anticipated protein functions, the knowledge of which may then be applied in the research and discovery of new drugs.
The software program used, "SketchSort", proved to be an extremely fast method. All-pair similarity searches were done for 3.4 million binding sites and over 24 million analogous pairs were found.
The results, presented as a PoSSuM (Pocket Similarity Search using Multiple-Sketches) database contain all pairs identified and include commentary notes of various types, namely CATH (protein structure classification according to Class, Architecture, Topology and Homologous superfamily), SCOP (Structural Classification of Proteins), EC number (Enzyme Commission number) and gene ontology.
Two search modes are provided:
Search K, to find analogous binding sites to a familiar ligand-binding site entered and Search P, to predict ligands that show potential to bind to a protein structure entered.

DoBISCUIT
Database Of BIoSynthesis clusters CUrated and InTegrated
Successful development of new drugs often relies on information about secondary metabolites produced by actinomycetes. This is a database constructed from literature about recognized gene clusters of NRPSs (Non-Ribosomal Peptide Synthetases) and PKSs (Polyketide Synthases). Data about these secondary metabolite biosynthesis gene clusters is herewith offered in a comprehensively descriptive manner. This saves the researcher the laborious task of gathering the information often dispersed in many references. Text search, Module search and Blast search options for information retrieval are provided as is a menu allowing access to KS/A domain sequences.
細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。 放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されていますが、二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、これまで集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類した知識集約型のデータベースです。 二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。
GTPS
Gene Trek in Prokaryote Space
ゲノム配列が決定された原核生物を対象に各種解析を行い再アノテーションを行ったデータベース。GIB (Genome Information Broker) に登録されている真正細菌と古細菌のORFを共通プロトコルを用いて再アノテーションし、グラフィカルユーザインタフェースやフラットファイルとしてデータ提供をしています。 セマンティックWeb技術によって，GTPSと微生物統合データベースにおける他の要素データベースとの連携を可能にするGTPS2011のRDF化版が http://gtps.ddbj.nig.ac.jp/rdf/ よりダウンロード可能です。
GTPS is a database of prokaryotic genome sequences performed re-annotation. This database contains chromosomal and plasmid sequences including re-annotated ORFs and RNAs of Bacteria and Archaea. Users can search organism and corresponding sequence data by species names, strain names, phrases, DDBJ accession number, grade classification by BLAST, etc. This database also provides browser tools of the whole genome or genes to view newly found ORFs.
BSD
BioSimulated DataBase
さまざまなデータソース（マイクロアレイ、EST、SAGE）を扱う遺伝子発現解析システム。空間的、時間的変化による遺伝子発現情報を3次元グラフィック上で表示することができます。また、異なるプロトコルによる発現情報を比較解析することも可能です。
GIB-IS
Genome Information Broker for Insertion sequence
DDBJに登録されている塩基配列から抽出したバクテリアの挿入配列（IS)のデータベースです。
GIB-IS is a database of bacterial insertion sequences. It contains annotated IS determined from DDBJ. Users can search by organism, keyword, or IS ID, and data is available for download.
BioDataBaseShowcase
生物学分野のデータベース情報をまとめたデータベースです。概要やカテゴリ、PubMed IDなどのリストを閲覧できます。また、いわゆるリンク集ではなくデータベースごとにCGI情報をまるごと保管し、ユーザーが目的のデータベースを検索しやすくしています。
東京理科大学
バイオ基幹情報資源の高準化と共用化
バイオ研究分野の膨大なデータを標準形式化し、バイオ情報資源の選択的統合利用を可能にすることを目指した「バイオ基幹情報資源の高準化と共用化」BIRD受託事業の一環で作成されたデータベース横断検索システムです。ウェット系およびドライ系のプロトコールやツール、データベースなど生命科学データベースの横断検索ができます。
Sequence Navigator
PDBエントリに対し、PDB ID やアミノ酸配列を入力してBLAST検索を行います。結果を類似性でクラスタリングする機能があり、また PDB ID 入力では、各配列の構造の重ね合わせができます。 PDBj (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00157) が提供するサービスの１つです。
Sequence Navigator is a portal site to PDBj that uses BLAST to search for protein structures. The database contains 3D PDB structural representations of proteins and returns results homologous to the search sequence or PDB ID. Users can then cluster results and obtain superpositions of homologous structures.
Structure Navigator
Structure Navigator is a portal site to PDBj that returns structural domains similar to a protein of interest, as queried by PDB ID or structure. After performing a search, Structure Navigator provides results sorted by ASH similarity score, reports structure and sequence similarity, and provides superpositions of the two structures.
PDBエントリに対し、指定した立体構造に類似の立体構造を持つタンパク質を検索します。結果はASH類似度（ASH similarity score）によって順位付けされ、構造ドメイン（「鋳型 (templates)」）一覧として返します。各鋳型に対しての配列および構造の類似度が表示され、ペアワイズアライメントや構造重ね合わせもできます。構造重ね合わせの結果はダウンロードができます。 PDBj (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00157) が提供するサービスの１つです。
Chiba University Graduate School of Advanced Integration Science Nanoscience
千葉大学 大学院融合科学研究科 ナノサイエンス専攻
CiAID
Ciona intestinalis Adult In situ hybridization Database (ver.2 beta)
カタユウレイボヤ幼若体/成体の遺伝子発現プロファイルデータベースです。WISHデータ（約1,700）を各種関連データ(組織別ESTグラフ、ステージ別ESTグラフ、ステージ別マイクロアレイグラフ、ghost KH-ID、ghost clone-ID、ghost gene collection-ID、ghost CLSTR-ID、CIPRO-ID)と統合しています。また、CiAID (約1,700)およびCiona Ghost データベース(約28,386)に対する ２通りの検索（基本検索、組み合わせ検索）が可能であり、さらに幼若体の形態、発生関連の各種情報（360度回転観察データ、3D-CGモデル、連続切片、連続切片からの立体構築モデル）を備えています。
CiAID is a database of RNA expression profiles of Ciona intestinalis. It contains in situ hybridization profiles for hundreds of genes profiled across many Ciona developmental stages. In addition to in situ data, 3D reconstructions are presented and technical advice is available.
Keio University Faculty of Science and Technology
慶應義塾大学 理工学部
3DPL
3-Dimensional Protein Localization
カタユウレイボヤ初期胚におけるタンパク質の局在情報の3次元イメージ（免疫局在、GFP融合タンパクの発現）、および関連情報（細胞局在、染色法、発生ステージ、実験条件など）を搭載したデータベースです。CIPRO（カタユウレイボヤのタンパク質データベース）の一環として開発されました。
3DPL is a database of the spatial and temporal localization of proteins in Ciona intestinalis. The database consists of z-stacked images of GFP-fusion proteins in C. intestinalis and can be used in conjunction with the FABA and FABA2 databases. Users can query genes, tissues, or developmental stages and view protein localization in a Java environment.
ACBD
Ascidians Chemical Biological Database
ACBD is a database of compounds and small molecules that have been shown to affect Ciona intestinalis. It consists of entries for hundreds of compounds and contains descriptions of the chemicals and their effect on C. intestinalis systems.
ホヤ研究においてこれまでに使われたことのある小分子化合物、あるいは単離された小分子化合物のデータベースです。過去の論文800報（1970-2009年）を調査してアノテーションされたものです。
Kyoto University Graduate School of Medicine Congenital Anomaly Research Center
京都大学 大学院医学研究科 附属先天異常標本解析センター
Kyoto Human Embryo Visualization Project
ヒトの発生と先天異常の解析に役立つ形態形成過程の詳細な三次元画像データベースです。1961年以来収集された母体保護法（旧優生保護法）に基づいた4万例以上の器官形成期ヒト胚子・胎児標本とその臨床データ（京都コレクション）を用いています。胎児の各発生段階のＭＲ画像、ＭＲ断層画像、連続切片像、三次元立体画像などを提供しています。
Kyoto Human Embryo Visualization Project is a database collecting 2D and reconstructed 3D images of human embryos. The embryos including anomalies were mainly derived from therapeutic abortions based on the Maternity Protection Law of Japan. The image gallery consists of gross pictures, MR microscopic images, EFIC data and histological sections, but this database restricts public access to some contents. Each entry is identified by the specimen number, and users can search images by developmental stages, specimen numbers and anomalies.
ターゲットタンパク研究プログラム
Targeted Proteins Research Program
List of TP Press Release on Research
TPプレスリリース（研究）一覧
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題の成果について報告されたプレスリリースや論文情報をまとめたサイトです。成果ごとに、各研究機関のサイトから公開されたプレスリリースや論文のフルテキスト及びアブストラクトを閲覧できるサイトへのリンクを成果内容のまとめとともに提供しています。また報道の記録やPDBjに登録された蛋白質の構造情報へのリンクもあります。
List of TP Press Release on Research is a portal list of press releases and literature information about studies at the Targeted Proteins Research Program (TPRP) that is a national project promoted by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT) of Japan. This list provides abstracts of researches and links to press releases or the full text and the abstract of published papers. It also contains press records and information of protein conformations which were registered in PDBj.
TP Structure Gallery
TP構造ギャラリー
TP Structure Gallery is a list of three-dimensional structures of proteins which were analyzed in the Targeted Proteins Research Program (TPRP) that is a national project promoted by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT) of Japan. This database allows to search with keywords or categories, such as "species","X ray diffraction" etc. Each entry is linked to PDBj database.
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題で解析された蛋白質の立体構造の画像と分子情報のデータベースです。キーワードで検索する他に「生物種」や「X線解像度」などのカテゴリごとに一覧を絞り込むこともできます。各エントリーからはPDBjの該当エントリーがリンクされています。
TP Atlas
Targeted Proteins Atlas
TP Atlas is a comprehensive database for achievements of Targeted Proteins Research Program which includes 35 TP projects ranging from signal transduction networks to enzymatic reaction pathways in the three fields of fundamental biology, medicine/pharmacology and food/environment. The database contains information on the target proteins, their structures, published papers and press release by navigating the network diagram drawn with a pathway drawing software, Cell Illustrator. Users are able to download files of the network illustrations for further editing and updating.
TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳細情報や論文情報を引き出せる「ターゲットタンパク研究成果データベース」です。シグナル伝達ネッ トワーク、酵素反応経路、化合物代謝など多様な生命現象を対象とする、基本的生命、医薬、食品環境3分野の35課題を網羅しています。（Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。） タンパク質間の相互関係、シグナル伝達経路などが研究テーマごとに模式的に示されており、ネットワーク図はダウンロードすることもできます。各タンパク質について、タンパク質の詳細情報（配列、構造）、遺伝子情報、文献情報へとリンクされています。ターゲットタンパク研究の各課題について、その背景、ハイライト、概要が簡潔にまとめられています。
AT Atlas
Advanced Technologies Atlas
AT Atlas is a comprehensive database for achievements by research groups of "Protein Production", "Structural Analysis" and "Chemical Regulation"of Targeted Proteins Research Program. This database is composed of graphical abstract (flow chart) , information in text including actual application of the method and link to Protein Experimental Information Management System (PREIMS). It allows to find experimental methods used to elucidate the structure and/or functions of proteins that you are interested in. Further, users are able to reproduce the experimental process to study corresponding entries of PREIMS.
AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを組み合わせて、分かりやすく表現することを目指した枠組みです。AT Atlasによって、あるタンパクの構造や機能を解明した実験方法を理解することができます。さらに、AT Atlasから実験プロトコルデータベースPREIMS (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01163) へのリンクを辿って、実験を実際に始めるに十分な精密な実践的情報を入手することができます。Cell Illustratorは東大医科研 宮野悟教授らのグループが開発したパスウェイ描画ソフトウェアです。) タンパク質合成実験の諸問題（難溶性、膜たんぱく質合成、タンパク質複合体の合成など）に取り組んだ各種プロトコルの情報、構造解析技術、タンパク質の機能解析に用いる化合物ライブラリー作成に関する技術についての技術開発が紹介されています。
PREIMS
PRotein Experimental Information Management System
PREIMS is a database containing various experimental protocols, which have been developed during the Target Proteins Research Project (TPRP) promoted by the Ministry of education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT) of Japan. The experimental protocols are described by a normal flat text or by ontology constructed with the ontology editor, "Hozo". Users can search with the keyword and the original ID that is identified at registration. The list of the experimental protocols in PREIMS is also usable to browse and access to each protocol. Protocols which are accessed directly from the protocol list are publicly available.
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムで開発された実験プロトコル情報をまとめたデータベース「蛋白質実験情報マネージメント・システム」です。実験プロトコル情報はターゲットタンパク研究プログラムに参加している各研究者がアクセス権限を指定したうえで登録されます。プロトコル情報はテキストの他にオントロジー・エディター「法造」によるオントロジーで記載されている場合もあります。検索や閲覧はキーワード、ID、あるいはカテゴリー一覧から行うことができます。ログイン後はユーザーのアクセス権限に基づいて閲覧可能な情報が表示されます。
糖鎖構造検索インターフェース（CFG単糖シンボルによる検索）
本DBは、糖鎖構造をXMLで表記したデータセットから成るデータベースです。米国コンソーシアム（CFG）の単糖シンボルを利用して構造検索できます。
This site is a search tool of JCGGDB which is a database of glycan-related data in Japan. It allows to search glycan structures using the monosaccharide symbol defined by the Consortium for Functional Glycomics (CFG) in U.S.A.
GlycoChemExplorer
本DBは、糖鎖関連構造の化学構造式を利用して検索できる検索インターフェースです。糖鎖構造・配糖体・合成化合物などを検索できます。
Glycan Structure (detail page)
Glycan Structure 詳細ページ
This is a database of detailed information about sugar chains, with structure information cross-linked from several databases. Various search functions are available.
本DBは、糖鎖構造の詳細情報を閲覧するためのページです。各種検索インターフェースや各DBの構造情報とクロスリンクされています。
PACDB
Pathogen Adherence to Carbohydrate Database
PACDB is a curated database of pathogens (e.g. bacteria, fungus, toxin and virus) adhering to carbohydrates expressed on the cell surface of host animals or plants. It provides many information of pathogens which reported to recognize the sugar moieties of host cells as a first step of bacterial adhesion and infection. It also includes the data of diseases caused by bacterial infections to host tissues. This database allows to easily access to entries using disease or species names.
病原体が宿主（ヒトやマウスなど）由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化したものです。
GlycoPOD
GlycoScience Protocol Online Database
平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学実験マニュアルです。「書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く実験書」を目指しています。
GlycoPOD is a collection of protocols for performing experiments on glycans. The database contains protocols for isolating glycans, analyses for specific types of glycans, and information on several other glycan-related systems. The database is presented as a list of protocols, each of which contains a step-by-step paradigm and example results.
TuMaRDB
Tumor Markers Reference Databse
腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タンパク質の情報や適応度を論文から収集しデータベース化したものです。
TuMaRdb is a database of tumor biomarkers: molecular entities and diseases they have been linked to. Users can select by marker or disease and view particulars of published relationships. Diagnostic criteria and primary references are also provided.
JMSDB
Japan Monosacchairde Database
JMSDB is a database of monosaccharide structures. The database contains the formula, name, and several standard nomenclatures for a variety of monosaccharides and provides structures for the molecules in a Java applet. The database is constructed as a list from which users can select an entry for more information.
本DBは、単糖構造のデータベースです。
GDGDB
糖鎖関連疾患遺伝子データベース （GDGDB）
Glyco-Disease Genes Database
本DBは、糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる病気を遺伝子と結び付けてデータベース化したものです。病態の情報も著者の許可を得て掲載されています。
GDGDB is a database of the disease caused by mutations of glycan-related genes (glycosyltransferases, glycosidase, donor substrate synthesis enzymes, etc.). Each entry contains disease name, OMIM link, and the related-genes information. It also contains pathosis which obtained by pathologists. Users are able to browse entries in a disease name list.
KOmouseDB
ノックアウトマウスを用いた機能糖鎖科学データベース （KOmouseDB）
Functional Glycomics with KO mice database
KOmouseDB is a collection of phenotype information of mice which have knockouts in genes relevant for glycan-related or glycoprotein. Each entry contains the method of KO, genes information, and the analysis result of glycan and phenotype. Moreover, it contains information of published papers. Users are able to browse entries in a genes name list.
本DBは、主に糖鎖関連遺伝子や糖タンパク質に関連する遺伝子のノックアウマウスのフェノタイプ情報を、名古屋大学・古川グループと共同で収集し構築したものです。
JCGGDB Reports
JCGGDB Report
本DBは、主に糖鎖のパスウェイの情報や糖鎖科学に関する最新の情報をミニレビュー方式で収集したものです。
JCGGDB Report is a collection of minireviews about the latest information for passways and the glycoscience of the carbohydrate chain and its related genes. It contains reports which associated with fundamental or functional researches (including the control of a gene, a passway, the synthetic resolution course, the substrate specificity). It contains also reports about the successful business or study which utilize a carbohydrate chain technology.
公益財団法人野口研究所
The Noguchi Institute
GlycoNAVI Database
本DBは、糖鎖研究において重要である糖鎖標準品や糖鎖修飾体などに関連した情報を収録しています。糖鎖の化学合成法における反応の基質・生成物・反応条件・収率などを収録した化学反応データベース、および糖質の化学構造や精製方法、スペクトルデータなどを収録した分子情報データベースを含んでいます。
GlycoNAVI is a web site for carbohydrate research. It consist of the 'GlycoNAVI DataBase' for molecular information of carbohydrates, and chemical reactions of carbohydrate synthesis, the 'Route Searching System for Glycan Synthesis', and 'GlycoNAVI Tools' for editing two-dimensional molecular structure of carbohydrates.
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
Nara Institute of Science and Technology Graduate School of Information Science
KNApSAcK Biological Activity (Metabolite Activity)
The Metabolite Activity database collects information on how metabolites affect various organisms. The database connects compound IDs, names, which organisms they effect, how the organism is affected, and provides primary research articles describing the activity. The database can be searched for any of these categories.
代謝物質とそれらの生物活性の関係に関するデータベースです。代謝物質名、生物活性 (機能)、ターゲットとなる生物種および参考文献の情報を収録しています。各データは代謝物質名、C_ID、CAS_ID、生物活性、生物種、分子式で探索することが可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
Bio-MassBank
本DBは、植物の組織や微生物試料をLC-, GC-, CE-MSで分析して得られたマススペクトルを代謝物を同定できた、できないにかかわらず収集しています。未同定代謝物のマススペクトルをその化学構造を表現する化学的descriptorとして利用することによって、異なる試料間で同じあるいは類似したマススペクトルがあれば同じ未同定代謝物が含まれている、と考えることができます。このように代謝物を同定することができなくても、その存在を知ることができます。2012年現在、シロイヌナズナの葉、ミヤコグサの花をLC-MS, MS2分析したデータそれぞれ664件、636件を公開しています。
Metabolomics.JP
metabolomics.jp
Metabolomics.JP is a portal site for metabolomics information maintained by Arita Laboratory, National Institute of Genetics. This portal site contains wiki-based databases with indexes of flavonoids, basic metabolites, crude drugs and plant taxa. Users can search flavonoids from backbone structures, hydroxylation and methylation patterns, glycosylation patterns and other modifications.
本DBは、メタボロミクスを中心とした有田研究室の活動全般を対象としたポータルサイトです。フラボノイド、基礎代謝物、生薬、植物系統分類データベースのほか、ファイトレメディエーションを含めた放射線情報、講義資料も掲載しています。
BRC マウスリソース表現型メタデータ
Metadata of BRC mouse resources and phenotypes
Mouse strain in RIKEN BioResource Center is a database of resource information maintained by RIKEN BioResource Center (RIKEN BRC) and collaborative institutes. Each entry contains a strain name, nomenclature, taxon, institute depositor, strain status and availability. Users can search available resources by keywords, and order them through the RIKEN BRC website.
本DBは、生物遺伝材料としてのマウス系統を収録しています。系統の持つ遺伝子の変異、生物学的な特性が、公共データやオントロジーにリンクされています。リンクの仕方は上位オントロジーに従っており、他のデータベースと連携しています。ここに登録されているマウス系統は、理研バイオリソースセンターより提供されているものです。
Metadata of BRC cell resources
BRC細胞リソース特性メタデータ
本DBは、生物遺伝材料としての培養細胞株を収録しています。ヒトやマウス等の哺乳類をはじめ様々な生物種にわたる、多種の細胞株を公開しています。ここに登録されている細胞株は、理研バイオリソースセンターより提供されているものです。
Cell lines in RIKEN BioResource Center is a database of resource information maintained by RIKEN BRC (RIKEN BioResource Center) and collaborative institutes. Each entry contains a cell line name, cell category, common name, quality data and attribution. Users can search available resources by keywords, and order them through the CELL BANK website.
BioLOD.org
Biophenome Linked Open Databases
BioLOD.org is an integrated database of biological open data based on semantic web technology standards and maintained by RIKEN BASE (Bioinformatics And Systems Engineering Division). BioLOD.org contains open (browsable and downloadable) and not open (browsable, but not downloadable) data in various fields such as mouse strains, cell lines and plant abnormality. This database also provides tutorials for BioLOD.org and usecases of application for bioinformatics. Users can search available data and databases by keywords, and download them using various standard file formats like RDF and GFF.
生命科学関連の公開データを、W3CのLODプロジェクト (World Wide Web Consortium Linking Open Data project)に準拠した標準形式で提供しています。2012年3月現在で205件のデータベース、986件のクラス、8,773,671件のインスタンスを統合しています。 BioLOD.orgはJ-phenome (http://jphenome.info) との統廃合により運用を終了しました。
MicrobeDB.jp
本DBは，微生物に関する多種多様な情報を遺伝子・系統・環境の3つの軸に沿って整理統合し，セマンティックWeb技術を利用して単一の検索ウィンドウからそれらの情報を検索可能な統合DBです。
This is a database of gene, strain, and environmental interaction in microorganisms. Users can search these data from a single search window based on semantic web technologies.
MEO
Metagenome/Microbes Environmental Ontology
本DBは，微生物の生息環境に関するメタデータを記述し整理するためのオントロジーであるMEO (Metagenome/Microbes Environmental Ontology)のOWLファイルと，公共のメタゲノムデータのメタデータをMEO相手にマッピングしてサンプルごとに整理した結果のRDFファイルの2つから構成されたDBです。
MEO is a repository of ontology describing microbial habitats maintained by Tokyo Institute of Technology, Department of Biological Information. This repository consists of the OWL file of MEO, sample ttl and RDF/XML files. Sample files are linked between metagenomic data and environmental information by mapping metadata related to microbial habitats. Users can download those files and corresponding OWL files.
Metagenome.jp (Human Meta BodyMap)
The Metagenome Database is a database of sequence information from microbial sequencing projects. The database contains raw sequences and alignments from human metagenome projects that can be sorted and accessed by organ, microbe, or study. Data are available for download.

世界中で公開されているヒトメタゲノム解析で得られた配列情報を，独自に注意深く再アノテーションしたメタデータに基づき参照できるようにしたDBです。メタデータ検索機能や配列相同性検索ツールBody-BLASTを用いたメタデータ検索機能も提供しています。
現在は運用を終了し、MicrobeDB.jp （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01181 ）に統合されています。

KEGG MEDICUS
KEGG MEDICUS is an integrated database of diseases, drugs and other health-related substances. KEGG MEDICUS contains resources of KEGG DISEASE (diseases and genes), KEGG DRUG (drugs and components), KEGG PATHWAY (molecular pathways) and FDA drug labels. Users can search information on diseases and drugs against these KEGG databases and the DailyMed database in USA.
ヒトゲノム、病原体ゲノム、腸内細菌メタゲノムをはじめとしたゲノムの情報と疾患との関連、および医薬品の作用・副作用との関連が知識ベース化され、ゲノム解読と有効利用を促進する統合リソースです。また日本と米国のすべての医薬品添付文書も統合されており、一般社会にとっても有用なリソースです。KEGG MEDICUSの一部はゲノムネット医薬品データベースを引き継いだものです。ミラーサイトのURLは下記です。 http://www.genome.jp/kegg/medicus/
SNP control database
数十万から数百万のSNPチップを用いて解析した健常者のアリル・遺伝子型頻度の情報とハーディーワインバーグ平衡検定値を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
The SNP Control database is a collection of data from a large number of individuals. The data can be used as sample control data to determine statistical parameters in determining quality controls and designing case-control studies. The site has data from over 700 individuals organized by platform and can be searched by any commonly used identifier. Users can also search genes to find data on SNPs within the gene, or obtain information about genes containing a SNP of interest.
CNV control DB
copy number variation database
The CNV Control database hosts copy number data deposited and collected from published studies. The database contains CNV data from 160 Japanese individuals obtained on Affymetrix6.0 CNV technology in addition to deposited data from other platforms. Users can search by ID or locate variants associated with a given gene.
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVを登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
CNV association DB
copy number variation association database
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVのケースコントロール解析の結果を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
The CNV Association database is a portal site for exploring associations between CNVs and disease. Currently, the database hosts disease-CNV association data for panic disorder. The database consists of CNV calls from 160 Japanese cases and is searchable by ID or gene.
Human Variation DB
human genome variation database
Human Variation Database is a collection of data regarding genomic variation. It contains variation information from a variety of published sources and captures all manner of genomic variation including nucleotide, indel, copy number, microsatellite, and structural types. The collected data come from all available methods of uncovering variation, up to and including NGS. Users can search or browse by gene, disease, position, or SNP identifier.
次世代シークエンサーによって検出された健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。また、日本人健常者の参照配列情報も閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
HLA DB
HLA database
HLA DB is a database of disease and haplotype information for the human HLA region. The database consists of HLA haplotype sequences that can be searched and aligned against each other at each of several HLA loci. The database consists of sequence data, and in addition to alignments users can download FASTA versions of haplotypes of interest.
次世代シークエンサーによって検出されたHLA領域における健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ(http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。
Allie Portal
MEDLINEを対象とし、出現する略字とその正規系のペアを検索するシステムAllieのポータルページです。ウェブでの検索システムやREST/SOAPインターフェースを提供しているAllie (http://allie.dbcls.jp/) へのリンクに加えてSPARQLエンドポイント及びRDFデータのダウンロードサイトへのリンクを提供しています。

Allie Portal is a portal site of Allie; an online search service for abbreviations and long forms in life science. Allie Portal consists of following 3 contents.
1. Allie; an online search service.
2. Interfaces to access the RDFized Allie database (SPARQL endpoint, Faceted Search and Allie Vocabulary).
3. A download site for the tab-delimited files or RDF files used for Allie.

SAHG (Archive)
SAHG (アーカイブ)
Structure Atlas of Human Genome
ヒトゲノムにコードされいてるタンパク質の立体構造予測情報のデータベースです。PDBエントリーに対するホモロジー検索によるタンパク質ドメインの決定、MODELLERによるモデリングやeFSeekによるリガンド結合ドメインの予測を行い最終的に予測したモデルを視覚的に表示しています。国立研究開発法人産業技術総合研究所によるオリジナルサイト ( http:// bird.cbrc.jp/sahg )の運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからSAHGをご利用いただけます。
SAHG is a database of protein structure predictions. The database contains predictions for proteins from every ORF found in the human genome based on RefSeq sequences and was constructed using complimentary structural and sequence homology-based approaches. Users can search for proteins (by keyword or BLAST) or browse by chromosome. Entries for each protein provide protein structure and domain information, 3D structure in a Java applet, and links to external databases. The original site ( http:// bird.cbrc.jp/sahg ) has been closed. Now, SAHG is available from LSDB archive site.
PGDBj
Plant Genome DataBase Japan
Plant Genome DataBase Japan (植物ゲノム統合データベース)
国内で提供される多様な植物種に関するゲノム関連情報（ゲノム解析、DNAマーカー、QTL、オルソログ情報等）や植物リソース情報の総合検索をめざしたデータベースです。各植物の基本情報も提供しています。育種向けDNAマーカー検索は、「形質連鎖マーカーを探す」等、育種研究の実際の目的に沿った検索パターンが準備されています。
The PGDBj database is for integrated searches of plant genome-related information (genome analysis, DNA markers, QTLs, Orthologs, etc.) and plant resource information provided in Japan. Basic information is also provided about plants that have been subjected to genome analysis.
ライフサイエンス領域融合レビュー
Leading Author’s
生命科学において注目される分野/学問領域について、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。
Autophagy Database
The Autophagy Database aims to provide researchers with new information about autophagy-related proteins and their structure and also to make this data freely available to the wider interested public in a user-friendly format. Autophagy is a process of self-digestion that occurs in eukaryotic cells, by which starving cells degrade their materials in order to make the nutrients available for other important metabolic processes within the same organism. This process also serves to protect the organism against harmful antigens that may cause infection or disease. Autophagy may also be involved in developmental and anti-aging processes. The study of autophagy is therefore of value in the academic arena as well as the medical field. A list of autophagy-related proteins is provided, including their three-dimensional structures as well as a search option for their homologs and orthologs. The Targeted Proteins Research Program of the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT), Japan supports this database.

オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースです。
まず出芽酵母、ヒト及びマウスにおいて実験的にオートファジー関連と示されたタンパク質を網羅的に収集した後、真核生物種におけるオーソログ、ホモログを同定し、機能、配列、立体構造、分子間相互作用などの情報や独自の実験解析結果を加えて公開しています。関連論文リストは日々更新しています。

岡山大学 資源植物科学研究所
Okayama University Institute of Plant Science and Resources
日本の雑草 種子画像Database
Naturalized Plants in Japan ~Seed-Image database~
日本の雑草の種子画像を公開しています。既存の帰化植物種子画像データベースと日本の雑草種子画像データベースを合併したデータベースです。植物名や種子の形態からの検索が可能です。特に種子の形態から検索ができる植物図鑑としては世界有数の規模を持ちます。
Naturalized Plants in Japan ~Seed-Image database~ is an image database of naturalized alien plant seeds recorded in Japan. This database contains plant images, information on morphological features of seeds and the name list of naturalized alien plants, as well as seed images. Seeds are categorized into 5 groups based on morphological features such as reticulation (wrinkles or projections), ridges, edges and achene fruit. Users can search seed images by family names, species names and those features.
近藤萬太郎 収集種子データベース
大原奨農会農業研究所 (現・岡山大学資源生物科学研究所)初代所長 近藤萬太郎博士により収集された種子の標本の目録です。標本瓶や試験管のラベルの記載をもとに作成したものです。収集日、和名、学名、入手先の情報を閲覧できます。
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Biomedicinal Information Research Center
RAvariome
Rheumatoid Arthritis variome
自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供するとともに、これらの信頼できる遺伝子多型の情報を基にして関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールも提供しています。
RAvariome is a human genetic variant database for the autoimmune inflammatory disease, Rheumatoid Arthritis (RA). This database provides reproducible associations between genetic variants and RA for each geographical ancestry population. A validated list of risk variants is available for use in clinical research, preliminary RA-associated variants can be explored for detailed investigation, and new drug target genes for RA can be discovered. Services provided by this database include an overview of RA with genetic and environmental information, hot variants with RA-associated risk, all previously published association signals and individual genetic RA risk prediction.
PCDq
Protein Complex Database with complex quality index
予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体、それらの相互作用、さらにヒト蛋白質間相互作用情報のデータベースです。6つの既存の蛋白質間相互作用 （PPI）データベース (BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2H)を整理統合し、それらのPPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体を予測しました。さらに、それらを文献をもとに既知の複合体情報と照合し情報の付加や修正などの人手によるアノテーション (注釈づけ)を行いました。アノテーションの際には独自の蛋白質複合体の信頼性指標として品質管理指数 （complex quality index: CQI）を各複合体に付与しています。また複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapを提供しています。
PCDq is a human protein complex database with quality index. The protein complex quality index (CQI) describes evidence levels of the protein members of protein complexes. Human protein complexes were predicted based on densely connected regions with cluster properties found in the integrated PPI network. Data entities that were integrated include protein function, localization, structure, expression profile, gene locus, as well as binary interactions between complex member proteins and complex outside adjacent proteins.
株式会社生命誌研究館
JT Biohistory Research Hall
生命誌ジャーナル
Quarterly journal "Biohistory"

生命誌ジャーナルは、JT生命誌研究館が年に4回発行するカード季刊生命誌と連動した、Webジャーナルです。
内容はトーク、リサーチ、サイエンティストライブラリーの3本立てです。巻頭トークでは、中村桂子館長と各界の第一人者による対話を通して生命誌を掘り下げます。続くリサーチでは、生きものの研究から人間の文化までさまざまな分野の研究を通して、さらに創刊から続けているサイエンティストライブラリーでは、人を通して、科学を表現します。
さらに2012年に追加された「生命誌アーカイブを巡る」では、過去の生命誌の記事を現象、専門分野、生物種の観点のキーワードで絞込みながら閲覧することができます。

Quarterly journal "Biohistory" is a repository of a quarterly magazine; "Biohistory" published by JT Biohistory Research Hall. Biohistory has an annual theme, and each issue contains reports on latest biological research, interviews and biographies of Japanese scientists in biology based on the theme. Back issues of Biohistory publilshed in 2002-2007 are available in English.
サイエンティストライブラリー ～日本の生命研究を築いた科学者～
JT生命誌研究館が発行する季刊生命誌に掲載のサイエンティストライブラリーをウェブ用に編集した記事のアーカイブです。20世紀、独自の研究によって日本の生命研究の基礎をつくった科学者が自らの研究と人生を語ります。豊富な写真と図版つきの記事を閲覧できます。記事の一覧は発生学、進化学などの分野ごとにセクションが分けられています。
国立研究開発法人産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
TMBETA-DISC
アミノ酸配列をもとにβ-バレル型膜タンパク質を識別するためサポートベクターマシン (SVM)や統計的手法を用いた計算手法を開発しました。アミノ酸の構成、residue pair preference及びモチーフを主な属性とした、5種のプログラム (TMBETADISC-COMP、TMBETADISC-DIPEPTIDE、TMBETADISC-MOTIF、TMBETADISC-SVM、TMBETADISC-RBF)の利用が可能です。なお、TMBETADISC-RBFについては現在は以下のURLから公開されています。 http://rbf.bioinfo.tw/~sachen/OMPpredict/TMBETADISC-RBF.php
Japan Biological Informatics Consortium (JBIC)
一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
OpenPML (Archive)
OpenPML （アーカイブ）
PaGE-OM (Phenotype and Genotype-Object Model) is a data model with which PaGE-OM can be applied to other phenotype and genotype databases to allow studies of correlations between genome variations and phenotype diversity The Japan Biological Informatics Consortium developed this data model (PaGE-OM: Phenotype and Genotype-Object Model), and it was validated by application to different existing phenotype and genotype databases. The original site, now closed, provided discription, schimas, and sample scripts of PaGE-OM. OpenPML is available from LSDB archive site.

ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法でデータを記述することが重要となります。
JBiCは2005年よりそのようなデータモデルの構築に取り組んでおり、初期のモデルDVAR (DNA Variation and Phenotype Data Model)を引き継ぐPaGE-OM (Phenotype and Genotype-Object Model)を2008年に開発しました。また既存のさまざまな表現型及び遺伝子データベースに適用することでPaGE-OMを検証しており、さらにどのようなデータベースをPaGE-OMで表現することが可能か明らかにしていきます。健康科学や製薬での応用までを見通した改良を念頭においています。本サイトではPaGE-OMの説明、スキーマやサンプルスクリプトなどを公開しています。

一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアムによるオリジナルサイトの運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからOpenPMLをご利用いただけます。

Mutation Database

疾患原因遺伝子や関連遺伝子の変異に関する情報とそれに伴う疾患の臨床情報をアーカイブし共有することを目的としたレポジトリデータベースです。ラボでの独自の解析結果と文献から抽出した情報をともに公開しています。既に筋萎縮性側索硬化症 (ALS)などの疾患についてデータを公開しています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosciencedbc.jp/gwasdb/db_policy.html) をご参照ください。

オリジナルのサイトは運用を終了しました。掲載されていたコンテンツは
「ヒトバリエーションデータ ベース」（http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01190 ）に収録されています。

The Mutation Database is a repository for information about genes that are causative for or implicated in ALS, PD, ALD, and HSP. A list of genes is provided for each disease and further information is provided for the gene including known mutations and functional domains. The database consists of primary data and results collected from publications.
CellMontage
CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。
CellMontage is a system to search and analyze microarray data. The system enables users to compare gene expression profiles with different platforms, and to find gene expressions in cells or organs similar to the query profile.
EuPathDB Bioinformatics Resource Center
AmoebaDB
This is an database of genomes and results of functional genomic analysis of parasitic amoeba such as Entamoeba histolytica and Acanthamoeba, which is a family database of the EuPathDB. It includes the full genome sequence data and microarray expression data. A wide variety of search and download functions, as well as bioinformatics tools are supported for genes, genomes, motifs, SNPs, ESTs, and ORFs.
寄生アメーバである赤痢アメーバやアカンソアメーバのゲノム及びゲノムの機能解析結果をまとめた統合データベースです （EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノムシーケンスデータやマイクロアレイ発現データが登録されています。遺伝子、ゲノム、モチーフ、SNP、EST、ORFに対して多様な種類の検索機能やデータダウンロード機能、バイオインフォマティクスツールを提供しています。
Institute of Theoretical Chemistry, University of Vienna
AREsite
AREsite is a database of the investigation of AU-rich elements (ARE) in vertebrate mRNA UTR sequences. Thisdatabase allows detailed investigation of functional elements by analysis of the phylogentic conservation and the structural context these motifs are embedded in. Furthermore, AREsite provides information about experimentally validated targets from extensive literature search.
脊椎動物のmRNAのUTR配列のAU-リッチ領域 (AU-rich elements; ARE)に関するデータベースです。 AREはmRNAの3'非翻訳領域上のシスエレメントの一つであり、多くのRNA安定化/不安定化に関わるARE結合蛋白質が配列特異的なモチーフに対して見出されています。本データベースではこれらの機能性領域の系統発生的な観点および構造的要因に基づいた解析結果の詳細について検索が可能です。また、実験的に検証済みのターゲットに関する文献情報が提供されています。現在はヒトとマウスのデータが収録されています。
Shanghai Jiaotong University
ASD
Allosteric Database
アロステリックタンパク質とそのエフェクター (制御因子)に関するデータベース。101の生物種にわたる336のアロステリックタンパク質および8095のエフェクターが登録されています。タンパク質にはアロステリー、生物学的機能および関連疾患のアノテーションがされており、また、エフェクターには結合親和性、物理化化学的性質および疾患領域に関するアノテーションがされています。データベースは低分子の構造類似性およびアミノ酸配列のBlastによる検索が可能です。
The AlloSteric Database (ASD) provides a central resource for the display, search and analysis of structure, function and related annotation for allosteric molecules, which are annotated with a detailed description of allostery, biological process and related diseases, and modulators with binding affinity, physicochemical properties and therapeutic area. Modulators curated in ASD can be used to investigate potent allosteric targets for the query compound, and also help chemists to implement structure modifications for novel allosteric drug design.
Flanders Institute of Biotechnology, Free University of Brussels
BriX
主鎖骨格の類似性によりクラスタリングされたタンパク質断片のデータベースです。登録されているタンパク質断片は、Astral40のデータセットから取得した7290のタンパク質について4～14アミノ酸残基で断片化し、6種類の異なる閾値を用いて主鎖骨格の類似性によりクラスタリングを行っています。また、Loop BriXではAstral95のデータセットから取得した14.525のタンパク質からのループ断片について、両端間距離およびアンカー残基の重ね合わせによるクラスタリングを行った結果が登録されています。
Institute of Physics, Polish Academy of Sciences
BSDB
Bio-molecule Stretching Database
BSDB is a database that houses information about the mechanical stretching of proteins. Both ends of a protein molecule are attached to a spring, and the free end of one spring is anchored. The force of resistance when the free end of the other spring is pulled at a constant speed is then measured for all the tested protein molecules. The Database lists results for 17,134 protein structures with 250 amino acids or less. A search option by PDB ID input as well as an advanced search options are available.
タンパク質をはじめとする生体分子の機械的伸張性についてのシミュレーション結果のデータベースです。現在はタンパク質に限ってデータを提供しています。文献に基づく実際の伸張実験の結果についてもまとめられています。またシミュレーションを希望する構造のPDBコードを登録し、シミュレーションを依頼することが可能です。
RIKEN Quantitative Biology Center
国立研究開発法人理化学研究所 生命システム研究センター
WDDD
Worm Developmental Dynamics Database
線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動物の発生過程を理解する上で重要な情報となります。
WDDD is a database of C. elegans development. The database contains images and quantitative cell division data. Data were collected from RNAi screens of developing worms to describe the effect of genes on development. Data are available for download.
COMBREX
COMputational BRidge to Experiments
COMBREXは微生物ゲノムにコードされた遺伝子の機能決定の促進を目的とし、微生物を研究対象とするインフォマティクスのコミュニティとウェットのコミュニティの交流の場の形成をサポートするプロジェクトです。具体的にはインフォマティシャンは解析対象としたい遺伝子やそのアノテーション情報、予測解析の結果を登録することができ、ウェットの研究者がそれらの登録されたデータの実験検証を行うことで、微生物の遺伝子の機能に関する重要な知見を得るしくみになっています。登録されたデータは、キーワード、遺伝子シンボル、ID、生物種、研究の進捗度、表現型の分類から検索が可能です。
COMBREX is a database of experimentally determined and computationally predicted functions for bacterial and archaeal genomes. This database presently consists of genes from over 1000 completely sequenced bacterial and archaeal genomes, supplemented with a number of individual genes whose biochemical function has been experimentally determined. The genes are organized into sequence-similar and likely isofunctional groups determined by NCBI, referred to as Protein Clusters.
Institute of Cytology and Preventive Oncology
CCDB
Cervical Cancer Gene Database
子宮頸癌に関わる遺伝子のカタログデータベースです。実験結果をもとに子宮頸癌の様々なステージに関与するであろうと考えられる遺伝子及びmiRNAの情報を、手作業のキュレーションにより収集しています。各エントリーでは遺伝子の基本情報と、タンパク質の配列や機能情報、さらに外部データベースへのリンク情報が提供されています。
CCGD is a manually curated collection of experimenatlly validated genes which are thought to be involved in the different stages of cervical carcinogenesis. Each entry contains information relating to the gene and protein sequences, its location, architecture, function, chromosomal positions, accession numbers, gene, CDS sizes, gene ontology and homology to other eukaryotic genomes. CCDB provides rich cross reference to other web resources like Unigene, HPRD, HGNC, Ensemble and OMIM augmenting CCDB-specific information with external data. It also provides relevant literature references of genes included in the database.
Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland
lncRNAdb
Long Non-Coding RNA Database
lncRNAdb is a database providing comprehensive annotations of long non-coding RNAs (lncRNAs) in eukaryotes. Each record contains referenced information about the RNA, including sequences, structural information, genomic context, expression, subcellular localization, conservation, functional evidence and other relevant information. lncRNAdb allows to search by querying published RNA names and aliases, sequences, species and associated protein-coding genes, as well as terms contained in the annotations, such as the tissues in which the transcripts are expressed and associated diseases. Moreover, lncRNAdb is linked to the UCSC Genome Browser for visualization and Noncoding RNA Expression Database (NRED) for expression information from a variety of sources.
真核生物long non-coding RNA (lncRNA)の包括的アノテーション情報を提供しているデータベースです。収録データのほとんど (～75%)のlncRNAは哺乳動物由来ですが、その他脊椎動物から単細胞真核生物に至るまでのlncRNAを収録しています。 エントリーごとに配列、文献リスト、さらに文献をもとにしたアノテーション情報を機能、発現などの属性別にテーブル形式で公開しています。またUCSCゲノムブラウザやNRED (ncRNA Expression Database)へのリンクも提供されています。本データベースへの情報の追加、修正、及び新規lncRNAの登録も可能です。
蛋白質 核酸 酵素 バックナンバー全文検索
蛋白質核酸酵素のアーカイブ記事全文検索のサイトです。検索に加えて出版年ごとに記事を閲覧することも可能です。当サイトで提供するPDFファイルは個人の用途以外での利用はできません。収録範囲については1985年から掲載していますが、2010年分については抄録のみの提供となります。
Institute of Bioinformatics and Systems Biology, National Chiao Tung University
miRTarBase
世界最大規模および最新のmiRNA-ターゲット相互作用 (miRNA-target interaction; MTI)を蓄積しているデータベースです。MTIの収集は、miRNAの機能解析研究に関する文献からテキストマイニングで自動抽出した後、手動で文献を調査しており、リポーターアッセイ、ウェスタンブロット、miRNAの過剰発現あるいはノックダウンのマイクロアレイ実験等で検証済みのものが収集されています。 現在、14生物種、669種のmiRNAと2,533件のターゲット遺伝子間の4,270件のMTIが登録されています。
miRTarBase Version 3.5 is a database that contains information about miRNA-target interactions (MTIs) obtained by manual search of scientific literature with data on 4867 miRNA-target interactions, 726 miRNAs and 2789 target genes from 17 species. The database can be browsed or searched by keyword, as well as downloaded.
Zhejiang University
PmiRKB
Plant microRNA Knowledge Base
PmiRKB (Plant microRNA Knowledge Base) is a database collecting information on miRNAs from Arabidopsis thaliana and Oryza sativa.The functional modules that are provided are MiR-Tar, SNPs, Self-reg and Pri-miRNAs. The MiR module contains miRNA sequences and information on pre-miRNA clusters. Target regions of SNPs-from 7 Arabidopsis and of 21 Oryza subspecies-found in miRNAs and pre-miRNAs are provided. Scenes of transcription surrounding the pre-miRNAs are made available with the Pri-miR module, and cleavage signals in target recognition sites of miRNA are revealed by the MiR-Tar module. The Self-reg module makes it possible to infer signals of remnants produced in the process of miRNA-mediated self-regulation and miRNA precursor processing. A keyword search option is provided.
miRNAの4つの主要セクション (functional modules)から構成されている植物miRNA知識データベースです。対象生物はシロイヌナズナとイネです。(1) 「SNP」では、miRNA前駆体やmiRNA, 標的サイトに存在するSNP情報を提供しています。(2) 「Pri-miR」は、MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing)データに基づく組織特異的なpri-miRNAの転写シグナル情報を提供しています。(3) 「MiR-Tar」は、PARE (Parallel Analysis of RNA Ends)データに基づく予測miRNA標的認識サイト内の開裂シグナル情報を提供しています。(4)「Seld-reg」は、PARE (Parallel Analysis of RNA Ends)データに基づくmiRNA前駆体のプロセシングとmiRNAによる自己制御の残余物シグナル情報を提供しています。
Bioinformatics Lab., Institute of Information Science, Academia Sinica
TMPad
TransMembrane Protein Helix-Packing Database
αヘリックス型膜タンパク質のヘリックスパッキングデータベース。実験的に決定された膜貫通ヘリックスの配置、トポロジー、脂質アクセシビリティ、リガンドとの結合部位等の情報が収められています。ヘリックスの配置、ヘリックス-ヘリックス相互作用および膜貫通ヘリックスのトポロジーがグラフィカルに表示されます。
The TMPad database contains information on the structural folds in alpha-helical membrane proteins obtained from observing helix-helix interactions experimentally. Additionally, information is provided on the geometric descriptors of these interactions, the accessibility of lipids, topology, ligand and on the observed binding sites. The structures of TM helix-packing and their functions are also organized according to a classification system. This database contains 1107 transmembrane alpha-helical protein entries, 4061 protein chains, 17413 helix-helix interactions and 954 Pubmed links. Search options provided are by PDB identifier, by keyword or by multiple identifiers (advanced).
PSSRdb
Polymorphic Simple Sequence Repeats Database
PSSRdb is a relational database of polymorphic simple sequence repeats (PSSRs) extracted from 85 different species of prokaryotes. It contains the data of perfect SSRs which are the tandem repeats of nucleotide motifs of the sizes 1-6 bp and exhibit intra-species polymorphism. PSSRs found in coding and non-coding regions were separately stored in two different logically connected databases. Both the databases contain 357 tables each of which contains an useful information pertaining to PSSRs viz., motif types, repeat copy numbers of SSRs, genomic location of SSRs, and information pertaining to the coding regions harboring or flanking the PSSRs.
原核生物の持つ繰り返し回数に多様性のある1～6bpの短い配列モチーフからなる反復配列のデータベース。バクテリアゲノムのコーディング領域、非コーディング領域中に含まれるタンデムリピート領域の検索とデータのダウンロードが可能です。
Queensland Facility for Advanced Bioinformatics, The University of Queensland
ArachnoServer
クモ毒由来のタンパク質毒素の配列、立体構造、生物活性に関するデータベースで、手動でキュレーションした情報を収録しています。現在、85生物種由来の800件の毒素が登録されています。毒性情報や生物活性、タンパク質情報、生物種、文献情報からの詳細検索やBlast検索が可能です。
ArachnoServer is a manually curated database which contains information on the sequence, three-dimensional structure, and biological activity of protein toxins derived from spider venom. All spider toxin entries are sourced from UniProtKB/Swiss-Prot, then manually curated using available literature and patent information. Spider taxonomy is based on the latest version of the authoritative World Spider Catalog. A key property of ArachnoServer is the use of a molecular target ontology based on the channel and receptor subtype definitions recommended by IUPHAR. Furthermore, in addition to any legacy synonyms, all peptide toxins in the database have been assigned names according to the recently described rational nomenclature for spider toxins (King et al., 2008). This database allows advanced searches of toxin information, browsing, as well as similarity searches using BLAST. Each toxin record is displayed in a single page and a toxin's structure can be dynamically visualised.
Institut de Biologie et Chimie des Proteines, UMR 5086 CNRS-Universite Lyon 1
MatrixDB
Extracellular Matrix interactions DataBase
Extracellular Matrix interaction Database
MatrixDB is a database focused on interactions established by extracellular proteins and polysaccharides. This database takes into account the multimeric nature of the extracellular proteins, for example, collagens, laminins and thrombospondins which are multimers.This database includes interaction data extracted from the literature by manual curation, and this database offers access to relevant data involving extracellular proteins provided by thier IMEx partner databases through the PSICQUIC webservice, as well as data from the Human Protein Reference Database. MatrixDB is an active member of the International Molecular Exchange (IMEx) consortium.
細胞外マトリックスタンパク質間相互作用、及び糖鎖との相互作用に着目したデータベースです。コラーゲン、ラミニン、トロンボスポンジンのような多量体を形成している細胞外タンパク質も扱っています。収録データは、本データベースを作成した研究室で行われた実験データ、論文からマニュアルキュレーションにより抽出したデータ、IMSxデータベースやHuman Protein Reference Databaseから抽出したデータが対象です。MatrixDBはthe International Molecular Exchange (IMEx) consortiumに参加しています。
wiki.jscpb.org - Who's Who

日本比較生理生化学会が提供する研究者データベースです。2012年11月現在テスト運用中です。研究者名および種名の50音検索やキーワードに加えて、「動物の分類から探す」を利用することで系統樹に従って研究者を探し出すことができます。各研究者のページでは所属や研究テーマなどのプロフィール、研究者からのコメントの掲載欄があります。
また「動物の生きるしくみ事典」もあわせて公開中です。

日本比較生理生化学会
Charite - University Medicine Berlin, Institute for Physiology, Structural Bioinformatics Group
CancerResource
CancerResource is a database for drug-target relationships related to cancer as well as for supporting information or experimental data. Drug-target relationships are determined by a manually curated text-mining of publicly available literature. A couple of resources that provide similar data with slightly different background and intention are mined for comparison with the CancerResource text-mining and integrated into this knowledgebase. Moreover, to strengthen the literature mining, which is in its result a compilation of direct knowledge of drug-target relationships, interactions that are known in the PDB is added to that part.
CancerResourceは、ガンに関連するターゲット遺伝子と薬剤との相互作用情報をまとめた統合データベースです。PubMedから独自にテキストマイニングにより抽出した情報と外部のデータベースから得た情報、および遺伝子発現、薬剤作用、遺伝子発現や差次的遺伝子発現への薬剤作用、パスウェイデータの情報を併せて提供します。細胞株、ターゲット遺伝子、薬剤から検索できます。
Georgetown University
HGD
Hymenoptera Genome Database
The Hymenoptera Genome Database (HGD) is a comprehensive database providing access to curated data contributed by an extensive, active research community working on insect species of the order Hymenoptera. HGD contains data from 9 different species in the phylogeny of Hymenoptera, allowing researchers to leverage genetic, genome sequence and gene expression data, as well as the biological knowledge of related model organisms. Curated data at HGD contains predicted and annotated gene sets supported with evidence tracks such as ESTs/cDNAs, small RNA sequences and GC composition domains. Data can be queried using genome browsers and/or BLAST/PSI-BLAST servers, and it may also be downloaded to perform local searches.
ハチおよびアリのゲノム情報のデータベースです。ゲノムおよびゲノムにマッピングされた遺伝子セットの配列ファイルのダウンロードおよびゲノムブラウザによるブラウザ上での閲覧が可能です。
PDBWiki

PDBデータを用いてユーザーが蛋白質の構造アノテーションを行い、情報交換ができるコミュニティを形成するためのプロジェクトです。これにより、データの質が高まり、また情報の重複を最小限に留めることも可能になることが期待されます。2011年時点で約7万5千件のPDBエントリーがカテゴリーにより分類されており（酵素分類、実験手法、アルファベット順、公開年、生物種、構造の型)、さらにユーザーによるアノテーションを付加した情報を公開しています。
また、PDBエントリーに対するstructure reportをユーザー自身がテンプレートを用いて簡単に作成することが可能です。

This is a project for users to submit structural annotations for proteins using PDB data and to build a community of information exchange. As of 2011, approximately 75,000 PDB entries were submitted, classified according to categories (enzyme classification, experimental method, alphabetization, publication date, species, type of structure). Additionally, users can create Structure Reports using a template for PDB entries.
ナショナルバイオリソースプロジェクト ニワトリ-ウズラ
ニワトリ及びウズラリソースの保存と育成、および安定供給を行うNBRPのリソース拠点です。(1) リソースの収集、保存、育成、(2) 遺伝モニタリングによるリソースの高品質化(3) 遺伝子導入、遺伝子改変ニワトリ/ウズラの作出、(4) データベース構築、(5) 人材育成と学術交流会等の企画・開催を行っています。現時点では、ニワトリの野生原種である赤色野鶏、高度近交系、長期閉鎖系、疾患モデル系および育成系を含む20以上のニワトリ系統を維持、またニホンウズラは突然変異系統を含む長期閉鎖系7系統の保有と提供をしています。
名古屋大学 大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研究センター
RIKEN BRC CELL BANK 研究用ヒト臍帯血幹細胞
ナショナルバイオリソースプロジェクト研究用ヒト臍帯血幹細胞のリソース拠点のデータベースサイトです。３つの移植用臍帯血バンク（東海大学さい帯血バンク、東京臍帯血バンク、兵庫さい帯血バンク）の協力を得て、提供同意書を取得できた移植適用外の臍帯血について、新鮮臍帯血または細胞調整後に凍結保存したものを、理研BRCを通じて研究者に提供しています。
National BioResource Project Paramecium

ゾウリムシリソースの収集、保存、提供を行っているNBRPのリソース拠点です。山口大学が代表機関としてゾウリムシリソースの整備と提供を目的として以下の事業を実施しています。
１）野外から多様な種を収集保存し、さまざまな情報 （シンジェン (syngen)、接合型、採集地、特徴など）とともに提供、また、ゲノム解読やトランスクリプトーム解析に使用された株、交配により作製した株や突然変異株などを提供。
２）細胞内共生細菌や共生藻を維持している株の提供、それらに対する多様なモノクローナル抗体の使用についても対応。
３）野外から採集可能なゾウリムシ属の種の保存。

GAIN
Great Ape Information Network
Great Ape Information Network (大型類人猿情報ネットワーク)
This is a page of informational network related to superfamily hominoidea in Japan (chimpanzee, bonobo, gorilla, orangutan, gibbon). Information such as distribution charts, maternal pedigrees, and individual records in the Japanese islands are managed as part of a database. In addition to supporting the development of academic research, the Network is also involved in the well-being and preservation efforts of similar apes. In order to accomplish this, the Network gathers information regarding apes in Japan (photographs and resources). The National Institute of genetics and Kyoto University (Primate Research Institute and Wildlife Research Center) collaborate as a part of this network, with the Primate Research Institute implementing GAIN activities as a Joint Usage/Research Center as of 2010.
日本国内のヒト上科 （チンパンジー、ゴリラ、オランウータン、テナガザル）に関連する情報ネットワークです。 日本列島における分布図、家系図、個体簿など種々の情報をデータベース化して管理し、学術研究の発展を図ると同時に、類人猿の福祉と保全活動を行っています。そのために日本にすむ類人猿に関する情報 (写真や資料など)の提供を求めています。国立遺伝学研究所と京都大学（霊長類研究所と野生動物研究センター）が連携しており、事業の中核となる霊長類研究所は平成２２年度より共同利用・共同研究拠点としてＧＡＩＮ事業を実施します。
Charite - University Medicine Berlin, Institute of Physiology, Structural Bioinformatics Group
FragmentStore
Fragment Store is a database, that provides access to information about fragments of compounds with their properties (e.g. charge, hydrophobicity, binding site preferences). It allows the user to do statistical analysis of the fragments properties and binding site preferences. And furthermore, the database supports to build an adequate fragment library for fragment based drug design.
FragmentStoreは代謝産物、薬品、毒物である低分子化合物から作成した化合物断片 (フラグメント)のデータベースです。FragmentStoreでは、フラグメントの2D構造、分子量や回転可能な結合数などのプロパティ、結合サイトにおけるアミノ酸の出現傾向等からフラグメントを検索できます。フラグメントを基に薬剤をデザインする際のフラグメントデータベースとして有用です。また、フラグメントアセンブラーツール (fragment assembler tool)による低分子化合物ライブラリの構築も可能です。
辞書の構築と公開
ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で記載されているのかを調査し用語を対応づけたメタ用語集の作成、メタ用語集をもとに日本語と英語やラテン語等の表現を対応づけた翻訳テーブル、さらに遺伝子名、解剖学用語及び施設名称のシソーラスやオントロジーの構築を進めています。 本サイトでは構築された各用語集の説明や概要版の閲覧、及びファイルのダウンロードが可能です。
Species Dictionary
生物種及び生物分類情報のデータベースNCBI Taxonomyに収録されているエントリーの各項目 (Taxonomy ID、学名、英名、また属や科などの分類階級)を表形式で閲覧できるように独自に再整理したデータベースです。さらにライフサイエンス統合データベースセンターで開発されたDBCLSメタ用語集の生物学辞書を利用して対応する和名も掲載しています。本データベースでは分類階級に従ってエントリーが階層だてられており目的のエントリーをクリックしていくと、より下位の階級のエントリーのみに絞り込まれていきます。
Q-TARO
QTL Annotation Rice Online database
Q-TARO is a database of Rice QTLs from published research papers. By screening for redundancy of traits at the same physical positions, as of March 31 of 2008, 1051 QTLs extracted from 463 reports were selected as representative QTLs. Currently, QTL information is not updated.

文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。
種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。これらの代表的QTL情報はSQL言語を用いて構造化され、表およびゲノムブラウザから関連情報を得ることができるQ-TARO (QTL Annotation Rice Online)データベースとして整理されました。2012年現在、新たなQTL情報の追加は行っていません。

OGRO
Overview of functionally characterized Genes in Rice Online database
文献データベースWeb of Scienceに対して、遺伝子機能解析に用いられる用語をキーワードとして検索し抽出された文献のうち、遺伝子機能が表現型と関連づけられている文献から702の遺伝子座をイネにおける機能既知遺伝子としました(2012年3月31日現在)。最終的には、それらの情報を表現型、機能解析の方法およびゲノム位置の情報とともに、QTLデータベースであるQ-TARO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01234) と同一のプラットホーム（表とゲノムブラウザ）で表示可能なシステムを構築し、機能既知遺伝子のゲノム上の分布とQ-TAROに登録されているQTL領域などと比較できるようにしています。2012年現在、機能遺伝子情報は更新しています。
This database is comprised of gene loci whose function has been linked to a phenotype in published papers in the Web of Science. The information, such as phenotype, method of functional analysis, and genomic position, are shown on the same platform (table and genome browser) as the QTL database, Q-TARO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01234). As such, comparisons between genomic distribution and the QTL region registered in Q-TARO can be compared.
Consorzio Interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo per Universita e Ricerca
ASPicDB
Alternative Splicing Prediction Data Base
ASPicDB is a database which provided access to reliable annotations of the alternative splicing pattern of human genes, obtained by ASPic algorithm (Castrignano' et al. 2006), and to the functional annotation of predicted isoforms. It allows users to select and extract specific sets of data related to genes, transcripts and introns fulfilling a combination of user-defined criteria. Several tabular and graphical views of the results are presented, providing a comprehensive assessment of the functional implication of alternative splicing in the gene set under investigation. Furthermore, ASPicDB includes information on tissue-specific splicing patterns of normal and cancer cells, based on available EST data and their library source annotation.
オルタナティブスプライシング （選択的スプライシング）を受ける遺伝子とタンパク質に関するデータベースです。オルタナティブスプライシングパターンによる条件絞込み検索が可能で、それぞれの遺伝子やタンパク質についてのアノテーション情報、正常組織やガン組織由来のEST情報などが閲覧できます。
SPIKE
Signaling Pathway Integrated Knowledge Engine
既存のパスウェイデータベース、文献情報、タンパク質間相互作用情報を統合した、インタラクティブなヒトシグナルパスウェイデータベース。8種類のシグナルパスウェイマップを収録しており、任意の遺伝子、タンパク質間相互作用、タンパク質複合体、タンパク質ファミリー、細胞周期や状態、シグナル伝達物質に関連したマップを検索することができます。また、ユーザーがオリジナルのマップを作成し追加することが可能です。

SPIKE is a knowledge-base of highly curated human signaling pathways. SPIKE contains three main software parts:
1) A database of biological signaling pathways. It's constructed of carefully curated information from the literature and data from large public sources.
2) A visualization package that allows interactive graphic representations of regulatory interactions stored in the DB and superposition of functional genomic and proteomic data on the maps.
3) An algorithmic inference engine for analyzation of the networks for novel functional interplays between network components.

UCSC Cancer Genomics Browser
癌ゲノミクスデータベースです。癌の種類ごとに分類されたデータセットで、サンプル毎の遺伝子の発現状況をヒートマップ状に表示できます。また、組織の画像を検索できるUCSC TCGA Slide Browserや、ゲノム情報を検索できるHuman Genome Browser Gatewayへ容易に移動できます。
The UCSC Cancer Genomics Browser is a suite of web-based tools to visualize, integrate and analyze cancer genomics and its associated clinical data. The databese provides whole-genome to base-pair level views of several different types of genomics data, including some next-generation sequencing platforms.
統合検索ASETT β
All-in-one SEarch of Target Tanpaku

ターゲットタンパク研究プログラム（TPRP）情報プラットフォームで開発されたデータベース群をまとめて検索できるサイトです。検索可能なデーターベースにはTP Atlas, PREIMS, eSOL, CASA DB, PCI, Autophagy DBがあり、さらにTPRPの成果である論文、特許、PDBエントリーや、ライフサイエンス辞書に対しても一括で検索ができます。また検索機能の主な特徴は以下です。
●検索対象の各々のデータベースのサイトの仕様に関係なくキーワードを入力して一括で検索ができます。
●遺伝子名、PDB ID、よく使われるキーワードがキーワード候補としてあらかじめリスト化されており、検索クエリを選ぶこともできます。
●Option機能で検索対象とするデータベースを選択することができます。
2012年12月現在、β版として公開中です。

CASA db
Comprehensive Amino Acids Sequences Annotated database (タンパク質配列データベース)
Comprehensive Amino Acids Sequences Annotated database
This is a database of amino acid sequences, which integrates various protein related informations. It includes sequences of amino acids come from many species and cross-reference IDs from DDBJ DAD in Japan, NCBI NR in USA and UniRef in Europe.
世界各地に分散している多種多様なタンパク質関連情報を収集/統合した網羅的アミノ酸配列データベースです。2012.12月現在、DDBJ DAD、NCBI NR、UniRefを主とした100万件超のアミノ酸配列、5,300万件超の生物種情報、11,200万件超のIDが収録されています。キーワード、配列、クラスターからの検索により、各タンパク質に関する基本情報、構造予測、機能情報予測、クロスリファレンス情報、サマリ画像などの結果が表示されます。本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
FUJI DB
Functionally Annotated Japanese Protein Structural Information
タンパク質オンデマンド解析データベース (Functionally Annotated Japanese Protein Structural Information database)
指定された任意のタンパク質のアミノ酸配列に対し、様々な情報を付加して、機能予測を行うアミノ酸配列オンデマンド解析データベースです。配列の特徴分析、立体構造、天然変成 (disorder)領域の予測、さらに配列の類似性だけでなく立体構造情報も考慮しての機能予測を行い、表示します。本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
This is an on-demand analysis database performing functional predictions for amino acid sequences designated within a protein. The functional predictions are made by analysis using feature of each sequence, the three-dimensional structures, predictions on regions of disorder, as well as sequence and conformational similarities to published proteins or domains. This project was developed as a part of the Targeted Proteins Research Program (TPRP) from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan.
PCI DB
Protein-Compound Interaction Database
This is a database of collected and merged information on protein-compound interactions throughout the world. The data are obtained from ChEMBL, DrugBank, CTD, and PubChem BioAssay. Users can search by interactions information for each protein and compound or protein-compound/compound-protein interactions. PCI DB was developed as a project of the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology Target Protein Research Program.
世界各地に分散しているタンパク質－化合物相互作用の情報を収集/統合したデータベースです。ChEMBL、DrugBank、CTD、PubChem BioAssayからのデータが取得されており、タンパク質あるいは化合物毎の相互作用情報、またタンパク質－化合物あるいは化合物－タンパク質の双方向での検索が可能です。本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
Trypanosomes Database
This is a comprehensive database for enzymes, which catalyze pyrimidine biosynthesis or oxidation-reduction reactions, and are candidates of the effective target in regard to drug development for trypanosomiasis (such as African sleeping sickness, South American Chagas disease). Links to PDB, OMIM, NCBI, as well as mRNA and protein sequence information are included. The list can be filtered by category or motif, and searched by keywords. This database was developed as a project of the Targeted Proteins Research Program (TPRP) from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan.
トリパノソーマ症 （アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病など）に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について包括的な情報を提供するデータベースです。酵素の一覧表においてPDB、OMIM、NCBIのmRNAやタンパク質の配列情報など関連エントリーへのリンクが提供されています。カテゴリやモチーフなどの情報によるリストの絞り込みやキーワード検索が可能です。 本データベースは文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムのプロジェクトの一環で開発されました。
University of California at Santa Cruz
BISC
BInary SubComplex Database
BISC is a protein-protein interaction (PPI) database intending to bridge between the two communities most active in their characterisation: structural biology and functional genomics researchers. The database offers users access to binary subcomplexes, (i.e. physical direct interactions between proteins) that are either structurally characterised or modellable entries in the main functional genomics PPI databases BioGRID, IntAct and HPRD. Provided web services are available to further investigate the validity of postulated PPI by inspection of their hypothetical modelled interfaces.

タンパク質間相互作用のデータベースです。構造生物学領域と機能ゲノム領域の橋渡しとなることを目的として、現在主流のタンパク間相互作用データベースに収録されているデータのなかで、モデリングの可能な部分複合体構造を対象にした検索機能を提供しています。このデータベースは以下の３つのパートで構成されています。
1. 既知の部分複合体構造の情報として、PDBの結晶構造から抽出された2量体部分構造およびその座標情報に基づいてPISAにより予測された生物学的多量体の情報を掲載。ホモダイマーはBISCHom、ヘテロダイマーはBISCHetに分けて収録されています。
2. モデリングの可能なタンパク質間相互作用の情報として、実験結果に基づいたタンパク質間相互作用データベースであるBioGRID、IntAct、HPRDのデータを対象に、BISCHomまたはBISCHetにある配列と類似するテンプレート構造を収録。
3. 構造の決定されていない相互作用についてはMolSurferやSCOTCH、PISAといったさまざまな検証プログラムによる実行結果を収録。

Department of Fisheries and Allied Aquacultures, Auburn University
cBARBEL
Catfish Genome Database
cBARBEL (abbreviated from catfish Breeder And Researcher Bioinformatics Entry Location) is an online open-access database for genome biology of ictalurid catfish (Ictalurus spp.). It serves as a comprehensive, integrative platform for all aspects of catfish genetics, genomics and related data resources. cBARBEL provides BLAST-based, fuzzy and specific search functions, visualization of catfish linkage, physical and integrated maps, a catfish EST contig viewer with SNP information overlay, and GBrowse-based organization of catfish genomic data based on sequence similarity with zebrafish chromosomes. Subsections of the database are tightly related, allowing a user with a sequence or search string of interest to navigate seamlessly from one area to another.
cBARBELはアメリカナマズの基礎的および応用的な遺伝とゲノムの研究データを収集したサイトです。ESTやBES、完全長cDNA、マーカーについてのBLASTベースの配列検索、contigやゼブラフィッシュゲノムへのマッピングデータ、リンケージマップや物理的マップなどが提供されています。マイクロアレイでの発現データ、ゲノム配列のページは作成中です（2017年11月）。
Huazhong University of Science and Technology
CADgene
Coronary Artery Disease Gene Database
CADgene is a comprehensive database for Coronary Artery Disease (CAD) genes. It consists of manually extracted information of the CAD related genes from literature. Currently, this database contains more than 300 CAD related genes and their detailed information associated with CAD from about 2000 publications. These genes have been classified into 12 functional categories based on their roles in CAD. Each gene is given extracted information from related studies (e.g. the size of case-control, population, SNP, odds ratio, P-value, etc.) for useful annotations, which include general gene information, gene Ontology annotations, KEGG pathways, protein-protein interactions and others.
冠動脈疾患 (Coronary artery disease; CAD)関連遺伝子のデータベースです。心疾患研究コミュニティに向けて有用な遺伝子情報を提供することを目的に構築されています。現在、約2,000件の文献から得られた300件以上のCAD関連遺伝子が収録されています。機能カテゴリーや染色体マップから遺伝子を検索することができます。
Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark
ChemProt
ChemProt is a disease chemical biology database, which is based on a compilation of multiple chemical-protein-disease annotation resources. The database includes over 1,700,000 unique chemicals with biological activity for more than 19,000 proteins. ChemProt is able to assist in the in silico evaluation of environmental chemicals, natural products and approved drugs, as well as the selection of new compounds based on their activity profile against most known biological targets, including those related to adverse drug events. Results from the disease chemical biology database associate citalopram, an antidepressant, with osteogenesis imperfect and leukemia and bisphenol A with certain types of cancer, respectively.
ChemProtは、化学物質-タンパク質-疾患間の関係に関して複数の無償および商用データベースからの情報をまとめた統合データベースです。化学物質名や標的タンパク質名、化学物質の構造に基づく類似性検索等が可能です。
Clover Garden
クローバー (Trifolium species) のマーカー情報を収納したデータベースです。アカクローバーおよびシロクローバーの各種マーカー情報、EST、また連鎖地図などを泳動写真とともに公開しています。
Clover Garden is a database that provides easy access to clover (Trifolium species) genome information. The database contains marker information including gel image, linkage map and reference list.
JSOL
Japan Solanaceae Consortium (日本ナス科コンソーシアム)
トマトをはじめとするナス科植物の研究を推進するためのリソースの整備、情報交換を目的としているサイトで、国内の公的機関、民間の研究者などにより構成されるJapan Solanaceae Consortiumが提供しています。学会情報やプロトコール集、データベース（例：トマトのデータベース「MiBASE」や完全長cDNAデータベース「KaFTom」）等のサイトへのリンク情報が掲載されています。
Jatropha Genome Database
This is a database for the Jatropha genome. It contains the complete genome sequence, amino acid sequences, and motif predictions via InterPro. BLAST homology searches, keywords searches, as well as data download is possible from this site.
ヤトロファのゲノムデータベースです。アセンブルにより得られた全ゲノム配列、スキャフォールド、アミノ酸配列、InterProによるモチーフ予測結果などを公開しています。キーワード検索やBLASTによる相同性検索、データのダウンロードが可能です。
LegumeTFDB
This database provides comprehensive annotation and genes predicted to be transcription factors from genome sequences of primary legume model plants: soybean (Glycine max), Lotus japonicus and Medicago truncatula. The database also has a good search function, allowing searches by transcription factor family name, keywords, gene ID, GO terms, and cis-motifs. Homology searches by BLAST as well as display and download of information through the genome browser is also possible.

主要マメ科モデル植物、ダイズ、ミヤコグサ、タルウマゴヤシのゲノム配列から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在、ダイズの転写因子モデル5,035件、ミヤコグサの転写因子モデル1,626件、タルウマゴヤシの転写因子モデル1,467件が収録されています。
検索機能が優れており、転写因子ファミリーの名称やキーワード、遺伝子ID、GOターム、cis-モチーフなどで検索できます。BLASTによるホモロジー検索やゲノムブラウザによる表示、データのダウンロードも可能です。

SoybeanTFDB
ダイズの全ゲノム配列 (Glyma1.0モデル)から転写因子と予測された遺伝子および網羅的なアノテーション情報を公開しています。現在のところ61ファミリーに分類される転写因子モデル5,035件をエンコードする遺伝子座4,342件が収録されています。 検索機能が優れており、転写因子ファミリーの名称やキーワード、遺伝子ID、GOターム、cis-モチーフなどで検索できます。BLASTによるホモロジー検索やゲノムブラウザによる表示、データのダウンロードも可能です。
This database contains information of genes predicted to be transcription factors from the complete soybean genome sequences (Glyma1.0 model) and the comprehensive annotation. Currently, the database contains 4,342 records of gene loci encoding 5,035 transcription factor models in 61 families. The database also has a good search function, allowing searches by transcription factor family name, keywords, gene ID, GO terms, and cis motifs. Homology searches by BLAST as well as display and download of information through the genome browser is also possible.
PepBase
A peptide database with MS/MS spectra
シロイヌナズナの蛋白質修飾部位データベースです。高精度質量分析計を用いたショットガンプロテオーム解析で取得したペプチド配列やスペクトル、修飾部位などの同定情報が収録されています。ペプチド配列、アクセッション番号、蛋白質機能などで検索できます。
PepBase is a peptide database which consists of experimental data of Arabidopsis phosphopeptide measured by a single analytical platform at the proteomics laboratory of IAB, Keio Univ.
Soybean Marker Database
This database provides marker information for soybean. Each marker has information on EST-SSR, including primer sequences and links to corresponding EST sequences. Marker information can be easily obtained from the linkage maps. Site-wide searches using keywords is also possible.
ダイズのマーカー情報のデータベースです。各マーカーにつきEST-SSRの情報としてプライマー配列や対応するEST配列へのリンク情報などが収録されています。連鎖地図から簡単にマーカー情報を取得できます。またキーワードによるサイト内検索も可能です。
KaTomicsDB
This is the genome database for tomato, a model organism for the Solanum family. Information such as DNA markers in tomatoes, SNP annotations (functional markers), and contigs, scaffolds, and predicted genes and their annotations obtained through selected BAC clone mixture (SBM) can be accessed through the site. The DNA marker database contains EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, and Intron-SNP, as well as linkage maps for three strains of tomatoes.
ナス科のモデル植物であるトマトのゲノムデータベースです。トマトのDNAマーカーやSNPのアノテーション（機能性マーカー）、Selected BAC clone Mixture (SBM)により得られたコンティグやスキャフォールド、予測遺伝子とそのアノテーション情報を公開しています。DNAマーカーデータベースでは、EST-SNP, EST-SSR, Genome-SSR, Intron-SNPなどのDNAマーカーや、トマト3系統の連鎖地図情報を公開しています。
TOMATOMA (Tomato Mutants Archive)
筑波大学 遺伝子実験センターではNBRPトマトの中核機関として、多数のトマト栽培種や近縁野生種の種子を保有しています。また、矮性トマト品種マイクロトムのEMSおよびガンマ線変異誘発系統を大規模に作出しています。TOMATOMAでは、国内外のトマト研究の推進を目的として栽培種、近縁野生種、マイクロトム変異体の種子のリソース提供（有料）を行なっています。系統からの検索、形質からの検索が可能です。NBRP TOMATO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00716) の各種ページからもリンクされています。
The gene Research Center at the University of Tsukuba, as a core research institute for NBRP (the National BioResource Project) tomato, possesses many varieties of tomato cultivars and seeds of wild relatives. Additionally, it is involved in the large-scale production of EMS and gamma ray mutant lines of the dwarf tomato variety micro-tom. TOMATOMA serves as a resource supply of cultivars, wild relatives, and micro-tom mutants (for a fee) to promote research on tomatoes worldwide. Searches can be performed by strain or trait. This page is linked from each record in NBRP TOMATO (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00716).
東京大学 総合研究博物館
The University of Tokyo The University Museum
ネパール植物標本データベース （種子植物）
Flora of Nepal Database (Seed plants)
東京大学植物標本室に収蔵されているネパール産維管束植物標本のうち種子植物の標本情報を公開しています。採取場所に関する位置情報、画像データ等が掲載されています。学名や地名、採集情報による検索が可能です。
Center for Bioinformatics, Peking University
LSD
Leaf Senescence Database

葉の老化に関するデータベースです。21種の被子植物について老化関連遺伝子と突然変異体、フェノタイプの情報が収録されており、種名や遺伝子、フェノタイプの名称を閲覧しながらエントリーを絞り込む機能や、テキストやBlast検索も提供されています。
老化関連遺伝子ごとに、機能カテゴリや老化への影響の根拠となる文献、配列、マイクロアレイデータ、miRNA相互作用、オーソログ情報がまとめられているエントリーと、変異体ごとに、変異の情報や根拠となる文献、関連遺伝子、フェノタイプの情報がまとめられているエントリーの２つが用意されています。

LSD is a database of published senescence-associated genes (SAGs) and mutants. Each entry in the LSD represents a gene or mutant obtained from the research paper, with information of GO annotation, PPI and interaction with microRNA. Both genes and mutant phenotypes are obtained by searching and browsing and entries can also be retrieved by name, keyword, references and annotation. All gene sequence and annotation data are available for download.
RIKEN Plant Hormone Research Network
RIKEN Plant Hormone Research Network consists of six research groups related to plant hormone study. This site provides data and information on hormone metabolic pathways and genes in Arabidopsis and our hormone analysis platform. Our publications are also available.
理化学研究所 植物科学研究センター内の植物ホルモンに関連する研究室で構成される研究ネットワークです。植物ホルモン研究の知識の蓄積や、解析プラットフォームの情報を提供しています。特に「Hormone Metabolic Pathways and Genes in Arabidopsis」では、重要な植物ホルモンごとにその生合成パスウェイと関連するシロイヌナズナの遺伝子の詳細情報が掲載されています。
Kumamoto University
LIPS
Live Images of Plant Stomata Database
植物の孔辺細胞中に存在する細胞内構造の研究促進を目的に構築されたデータベースです。11,160点の孔辺細胞の顕微鏡画像を収録、公開しています。顕微鏡画像は、各種細胞内構造のマーカー蛍光タンパク質を発現するシロイヌナズナ形質転換体を作出、収集し、孔辺細胞の画像を網羅的に取得したものです。各画像につき、ターゲット構造、マーカータンパク、プロモーター、気孔開度の数値データ等の情報が掲載されています。
This database was constructed with the objective of promoting research on intracellular structures in the guard cells of plants. The database contains 11,160 optically sliced images of guard cells. These microscopic images were obtained by creating A. thaliana transgenic plants expressing fluorescent marker proteins for each organelle. Each image contains information on the target construction, marker protein, promoters, and related publications.
Tohoku University Graduate School of Agricultural Science
東北大学 大学院農学研究科
Tohoku Univ. Brassica Seed Bank
Tohoku Univ. Brassica Seed Bank (Brassica 近縁種保存系統)
Tohoku Univ. Brassica Seed Bank includes germplasm of genus Brassica and its allies collected from Mediterranean area and obtained by seed exchange with universities and institutes in many countries. The germplasm is freely available to researchers for academic purpose.
東北大学大学院農学研究科植物遺伝育種学研究室が保存するアブラナ科植物（キャベツ、ハクサイ、ナタネを含むBrassica属と近縁種）の遺伝資源バンクです。2012年12月現在、地中海沿岸で独自採集されたもの、および海外の研究機関等から集めたもの58属177種758系統が登録されています。学術目的の研究者には無償で分譲種子を提供しています。毎年、種子を更新し、系統保存と特性評価を行うと同時に、種の類縁関係の解析を行っています。
KAOS
The Kazusa Arabidopsis data opening site
This database provides the sequencing data for Arabidopsis determined by the Kazusa DNA Laboratory, as a part of the international collaborative project for the Arabidopsis genome sequence spearheaded by the Arabidopsis Genome Initiatives (AGI). This page collects sequences determined by other research groups participating in the project, and displays the analyzed results by the Kazusa Lab using the Arabidopsis Genome Displayer. Data can be accessed by chromosome, BLAST, and keyword searches.
the Arabidopsis Genome Initiatives (AGI))によるシロイヌナズナのゲノム塩基配列決定国際協調プロジェクトにおいて、かずさDNA研究所で決定したシロイナズナゲノムの配列データを公開しています。分担プロジェクトに参加している各国の研究グループの決定した配列も収集し、かずさDNA研究所で解析を加えた結果をArabidopsis Genome Displayerで公開しています。染色体からの検索、BLAST検索、キーワード検索により、データにアクセスできます。
水質浄化に利用可能な植物データベース

水質浄化能力が研究されている植物の情報を収録したデータベースです。各植物につき、和名や英名、サイズ、バイオマスなどの基本項目、窒素除去速度、リン除去速度、増殖速度などの水質浄化項目、生存温度、適応可能温度などの生息環境項目が掲載されています。検索システムを提供しており、浄化対象水域の環境や浄化方法、植物の大きさや再利用法などの条件を指定した検索が可能です。また植物の和名、学名、英名一覧からの検索もできます。
このデータベースにより、研究者と水質浄化施設の設計者、管理者間の情報交換の円滑化、また植物を用いた水質浄化を手軽に広く利用できるようになることが期待されます。

大阪大学 大学院
National Institute for Environmental Studies, NIES
MICROBIAL CULTURE COLLECTION
微生物系統保存施設
The Microbial Culture Collection at the National Institute for Environmental Studies collects and distributes culture strains of cyanobacteria, eukaryotic microalgae, protozoa, and endangered algae. It also accepts deposition of culture strains important for research or environmental issues. The stock strains can be searched by keywords or the classification list, which leads to detailed information including photos. The desired strains and some kinds of culture media can be ordered online. Users can also search references.
国立研究開発法人国立環境研究所 微生物系統保存施設では、シアノバクテリア、真核微細藻類、原生動物、絶滅危惧藻類の系統保存と分譲を行っています。また環境問題やその他の研究に重要とされる培養株の寄託の受け入れも行っています。 保存株は各種キーワードや分類別リストから検索が可能で、詳細情報は画像付きで公開しています。目的の株および一部の培地をオンラインで注文することができます。その他、文献検索も可能です。
Kobe University Research Center for Inland Seas
KU-MACC
神戸大学海藻類系統株コレクション (Kobe University Macroalgal Culture Collection)
The Kobe University Macro-Algal Culture Collection
KU-MACC accepts for deposit strains and distributes Algal culture strains. It provides inrformation about stock strain lists, culturing and submission methods, ways to purchase, and documents related to sending and receiving strains.
KU-MACCでは海藻類培養株の分譲と寄託の受け入れを行っています。本サイトでは、保存株のリストを画像付きで公開しています。その他、培地/培養法や寄託方法、分譲方法、寄託/分譲関連書類が掲載されています。
Herbarium, University of Tokyo
海洋島植物標本データベース
Oceanic Islands Plant Specimen Database
東京大学総合研究博物館および理学系研究科附属植物園 植物標本室の海洋島植物標本を収録しているデータベースです。現在は主に、植生調査で収集した小笠原諸島産の被子植物と裸子植物、シダ植物の標本データ（採集情報、収蔵場所、同定情報、標本画像など）が閲覧できます。データは順次入力更新が行われます。
This database provides access to data on oceanic islands plant specimens of the herbarium of the University Tokyo. The records include data and images of specimens in the Angiosperm, the Gymnosperm and the Fern and its allies of the Bonin Islands.
microForce (微生物インベントリー)
microForce
This is a database of bacteria and filamentous fungi living in agricultural environment. Databases such as the Index of Parasitic and Symbiotic Microbes on Wild Plants in Japan, 2,4-D-degrading microorganism database, microorganism museum specimen databases, Burkholderia cepacia complex bacterial database, and the Biosafety Level in Japan can be browsed. Cross-sectional searches of these databases is also possible.
農業環境中に生息する細菌、糸状菌のデータベースです。「農業環境技術研究所所蔵微生物さく葉標本目録」、「日本野生植物寄生・共生菌目録」、「日本産糸状菌目録」、「除草剤2,4-D分解微生物データベース」、「農業環境技術研究所所蔵標本画像データベース」、「Burkhordelia cepacia近縁菌データベース」などが閲覧できます。またデータベース横断的な検索が可能な総合検索も提供しています。
researchmap
This is one of Japan's largest databases, containing approximately 240,000 records on researchers in Japan. Searches for researchers by the field of research, institution, and keywords is possible, allowing access to researcher profiles, achievements in the field, and other information. A simple registration allows researchers to create their own personal site. The database supports a variety of ways to transmit information, including researcher communities, cabinet files for document distribution, and researcher blogs. The operations of this site are managed by the Japan Science and Technology Agency and software development is managed by the National Institute of Informatics.
researchmapは23万件におよぶ国内最大級の研究者情報を収録した日本の研究者総覧データベースです。研究分野、所属機関、またキーワードで研究者を検索し、研究者のプロフィールや業績など様々な情報を閲覧できます。また、簡単な登録で自身の研究者サイトを作成できます。研究者コミュニティや資料配布用キャビネット、研究ブログなど様々な便利ツールで研究者の情報発信を支援します。本サイトは国立研究開発法人科学技術振興機構が運営し、国立情報学研究所がソフトウェアの研究開発を実施しています。
Gakkai Meikan
学会名鑑
学会名鑑は日本学術会議の活動に協力する「協力学術研究団体」を中心に、国内の主要学術団体の各種データを収録しています。財団法人日本学術協力財団が冊子媒体で発行していた『学会名鑑2007～9年版』をもとに約2,100の学会に対して調査を行い、日本学術会議、国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）及び財団法人日本学術協力財団が協力してその内容をデータベース化しました。本データベースでは、分野や50音別によるレコードの絞り込み、また詳細検索を利用したキーワード検索が可能です。
This is a collection of data from primary academic societies focusing on the Associate Societies of the Science Council of Japan. It is based on GAKKAI MEIKAN 2007-09, which was published in book format and covered approximately 2,100 academic societies. With support and collaboration from the Science Council of Japan, Japan Science and Technology Agency (JST), and the Japan Science Support Foundation, this book was turned into a database.
PeakDB
HiCEP Peak Database
マウスES細胞について、高カバー率遺伝子発現解析法（HiCEP法）を用いて得られたピークシグナルとアノテーション（ピークと遺伝子の対応付け）情報を格納したデータベースです。細胞中に発現している約1万5千種類のmRNA情報が収納されています。また、ピークに対応する遺伝子の推定に次世代シーケンサを活用して作成された「HiCEP Peak Databse - NGSeq」もマウスES細胞、ヒト末梢血（単核球）、及びムレミカヅキモの3種について公開されています。
The PeakDB provides the expression profiles of peak signals in mouse ES cells detected by HiCEP.
MOLECULAR PROBE LIBRARY
分子プローブライブラリー
放射線医学総合研究所において実際に製造、利用できるPETプローブのデータベースです。検索画面または一覧からプローブを探すことができます。
MOLECULAR PROBE LIBRARY is a database of PET probes which are manufactured with NIRS technology. It is one of the world's largest molecular probe library.
RaDaP
Radiosynthesis Database of PET Probes
Radiosynthesis Database of PET Probe (ポジトロン標識化合物合成文献データベース)
RaDaP is an online database for radiosynthesis of PET probes (total about 3,000 compounds). Detailed data can be obtained by simply clicking the link.

文献で報告されたPET分子プローブの標識合成法やPET核種で標識された化合物の情報をまとめたデータベースです。化合物の分類や著者名などのリストから化合物の構造式や詳細情報を容易に検索できます。
文部科学省分子イメージング研究プログラムの一環として放射線医学総合研究所と理化学研究所が共同で開発したデータベースです。

知のアーカイブ
放射線医学総合研究所でこれまでに蓄積されてきた調査研究の成果から、日本社会が直面している環境中の放射能とそれによる健康影響の問題の理解に役立つと思われる内容のものを選びまとめたデータベースです。内容を項目別（線量、影響、リスクなど）に分類し、出来るだけ無加工な状態でデータを公開しています。
Sagace (Search for Biomedical Data & Resources in Japan)
Sagace (国内の医学／生命科学データと生物資源をさがす )
Sagace is a web-based search engine to retrieve information from biomedical databases in Japan. It aims primarily to assist biomedical research and drug development, and offers features including a faceted navigation and rich snippets to show informative metadata.
Sagaceは国内のデータベースを検索対象とした創薬・疾患研究のための生命科学分野のデータベースの横断検索サービスです。メタデータを活用した検索結果やファセットを用いた検索結果の効果的な絞り込み方法が特徴です。
船戸和弥のホームページ
慶應義塾大学医学部解剖学教室にて船戸和弥博士を中心に作成された医学生教育のためのコンテンツです。解剖学用語、解剖学テキストや脳血管内治療に関するデバイス情報などを日本語で提供しています。
Bartleby.com, Inc.
Gray's Anatomy of the Human Body
Gray's Anatomy of the Human Body is an online resource for human anatomy. This page contains reproductions of the original plates from the landmark Gray's Anatomy atlas. Users can search for anatomical structures or browse by structure.
Gray's Anatomy of the Human Bodyは人体解剖学に関する1247点の版画や、Antrum of Highmore（ハイモア洞）からZonule of Zinn（毛様小帯）に至る13,000項目の記事を掲載している1918年に出版されたHenry Grayの著書です。Bartleby.comのサイトより電子テキストを無料で閲覧できます。
WikiProject Molecular and Cellular Biology
Wikipediaにて分子細胞生物学関連の主要なテーマに関する記事を作成し完成させることを目的としたプロジェクトです。Gene Wiki (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00834) などいくつかの関連するウィキペディアプロジェクトとも連携しています。
WikiProject Molecular and Cellular Biology is a resource for molecular biology information. The site contains summary pages and links to primary research on a variety of molecular biology topics. Users can edit and add information pages and search to find articles on a particular topic. The site also categorizes pages by quality and development of the information.
国立研究開発法人国際農林水産業研究センター
Japan International Research Center for Agricultural Sciences
タイの地域野菜データベース
Local Vegetables of Thailand
タイの在来野菜について名称などの情報を収集、整理し記録する事業を行っています。また、それら在来野菜が有用な生理機能性を示すこともわかり、成分の解明や食品への利用に向けて国内外の研究機関と共同研究プロジェクトを展開しています。
Information on local vegetables of Thailand is collected, managed, and recorded in this database. It was discovered that these vegetables have useful physiological functions.
中国東北部大豆遺伝資源データベース
中国東北部大豆遺伝資源データベースに記載されている主要特性のデータは吉林省公主領市の吉林省農業科学院大豆研究センター圃場にて2001年-2003年の3ヶ年にわたり同一栽培条件下（4月播種、畦間65cm、株間8cm 、1株1本立）で収集されたものです。各品種・系統の特性データのうち特に量的な形質については栽培環境によって変動します。また、評価した大豆遺伝資源は、主に吉林省を中心に黒竜江省、遼寧省などの中国東北部原産ですが、一部その他の地域の育成品種・在来種も含んでいます。英語版と中国語版のデータファイル (Excel形式)を提供しています。
中国の主要食料の生産と消費データベース
現時点で入手可能な最新の公表資料を収集し、中国の主要食料の生産と消費の現状をわかりやすい表のかたちであらわしました。
世界の主要食糧の需給状況（統計資料）
開発途上地域での研究や開発に携わる研究者、実務者、学生などが世界の食料需給の現状と中長期的な変化の方向を概観するためのものとして作成した統計資料です。本資料の統計は、国連食糧農業機関のFAOSTAT を利用しています。PDFファイルの形式で提供しています。 世界の主要食料の需給（供給、生産、貿易、自給率など）の現状をわかりやすい地図であらわしています。
Fakara Plants
サヘルの植物写真図鑑：Fakara Plants
A database of the plants of the Sahel
This database contains information of plants distribution in Sahel. Most of the information in this database, such as photos, local name (Zarma), and use of plants, were collected in Fakara, which is in the southeast of Republic of Niger. The wide variety of plants includes those from croplands, fallows, pastureland, roadside, and tiger bush (vegetation growing from shrubs in barren land).
サヘル帯に分布する植物のデータベースです。データベース名にある「Fakara」とは、ニジェール共和国南東部にあるプロジェクトの実証サイトの地域名です。写真、現地名（ザルマ語）ならびに利活用に関わる情報は、ほとんどこの地域で集められたものです。休閑を含む農耕地、放牧地、路傍、さらにはいわゆるタイガーブッシュ（荒地に見られる灌木から成る植生）に至るまでの、主な植物種を網羅しました。
Plants in lowland savanna of west Afric
西アフリカのサバンナ低湿地帯の雑草データベース
Plants in lowland savanna of west Africa
収集した西アフリカのサバンナ低湿地帯の雑草や野生生物の画像をデータベース化したものです。 雑草種は、主にガーナ北部のタマレ地域を中心に広がるサバンナ低湿地において同定したもので、雑草等の抑草技術の開発のための基盤情報として作成しました。
This is a database of images of wild plants in the lowland savanna of West Africa. Weed species primarily include those identified in the lowland savanna of the Tamale region in northern Ghana. The database was constructed as a central source of information for the development of weed suppressing technologies.
MDAID
内部被ばく線量評価のための代謝データベース (Metabolic Database for Assessment of Internal Dose)
動物（ラット）体内の各組織中の3H、14C濃度を時系列変化のデータセットとしてまとめた代謝データベースです。被ばく形態差や臓器・組織間による放射性物質の体内代謝、動態の違いを簡単に比較表示できます。閲覧は無償ですが利用申請が必要です。現在トリチウムや放射性炭素の動物体内代謝データおよび人被ばく時のバイオアッセイデータの格納を終えて運用試験を実施中であり、今後はCo-60やSr-90など金属性放射性核種の代謝データベース化を進める予定です。
Internal Pu Exposure Animal Pathology Studies Database
Pu DB
プルトニウム内部被曝に関する動物実験病理データベース (Internal Pu Exposure Animal Pathology Studies Data Base)
This database contains pathological data from animal experiments on the biological effects of internal exposure to plutonium.
プルトニウム内部被ばくによる発がんとリスク評価のために、動物実験を用いて生物学的影響を研究した結果をまとめた病理学的データベースです。閲覧は無償ですが利用申請が必要です。
放射線誘発骨髄性白血病発症の修飾因子に関する動物実験データベースカロリー制限による放射線誘発骨髄性白血病の減少効果
カロリー制限による放射線誘発骨髄性白血病の減少効果を、C3H/Heマウスを用いて研究した結果をまとめたデータベースです。実験マウスの病理組織標本（ヘマトキシン・エオジン染色）の所有状況の情報公開や希望者への提供も行っています。データベースの閲覧は無償ですが利用申請が必要です。
内部被ばく線量算定支援グラフデータベース（体内残留率・排泄率のモデル予測値）
Graphs of Predicted Monitoring Data
公衆や作業者により、吸入、経口摂取された放射性核種について、摂取量や預託実効線量を計算、評価するためのデータベースです。全身計測、バイオアッセイなどの個人モニタリングの計測値から、体内残留率や排泄率、あるいは、モニタリング測定値当たりの実効線量換算係数をグラフ表示します。
This database helps to estimate the intake and the effective dose from bioassay measurements. The results are shown in graphical form
希少疾病治験ウェブ
Rare disease clinical trial website
This is an information site of Orphan drugs and orphan devices, such as the auxiliary artificial heart, used for the treatment of rare diseases (List of designated orphan drugs for rare diseases: http://www.nibiohn.go.jp/nibio/part/promote/orphan_support/kisyoiyaku-hyo1.html; List of designated orphan medical devices for rare diseases: http://www.nibiohn.go.jp/nibio/part/promote/orphan_support/kisyoiyaku-hyo2.html). This site is intended to provide patients with information regarding clinical trials funded by the National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition (NIBIOHN) for products on track to receive approval for manufacture and sale through the Pharmaceutical Affairs Act.
難治疾患の治療に用いられるオーファンドラッグや補助人工心臓等のオーファンデバイスの中から、患者さんの数が５万人未満他の条件を満たしたものが、厚生労働大臣により希少疾病用医薬品、又は希少疾病用医療機器に指定されます（希少疾病用医薬品指定品目一覧表：http://www.nibiohn.go.jp/nibio/part/promote/orphan_support/kisyoiyaku-hyo1.html 希少疾病用医療機器指定品目一覧表： http://www.nibiohn.go.jp/nibio/part/promote/orphan_support/kisyoiyaku-hyo2.html ）。 これらの指定を受けた品目のうち、 このウェブサイトでは医薬基盤・健康・栄養研究所で助成金交付等支援した品目の中で、開発企業から提供の協力を得た薬事法の製造販売承認取得に向けて、実施中の臨床試験（治験）に係る情報を患者さん向けに掲載しています。
化学物質評価研究機構
Chemical Evaluation and Research Institute
Chemical hazard assessment document
化学物質の有害性評価書
This database provides chemical hazard assessments. The documents can be searched by material name, CAS number or PRTR number. In more detail, the chemical hazard assessment document published in this site summarizes the "written hazard assessment of chemical substances" that is collected, compiled and published by NITE, and is expected to enable the reader to quickly overview the relevant hazard and to obtain clues to the risk assessment of chemical substances. A particular emphasis is placed on current information of about 130 of the most important chemical compounds and substances, including identification sources, regulations, physico-chemical properties, production/import and usage, fate in the environment, and impacts on living creatures, including humans. The information on the impact on humans in particular includes the fate in vivo, epidemiological studies with actual cases, and toxicity to experimental animals.
本ページでは製品評価技術基盤機構 (NITE)で公開されている「化学物質有害性評価書」の要点のみを簡潔にまとめた「CERI有害性評価書」を公開しています。原版の簡素化によりすばやくその有害性を俯瞰し、化学物質のリスクを判断するおおよその手がかりを提供します。評価書は化学物質ごとに作成され、水生生物への影響やヒト健康への影響に関する報告が含まれます。CAS番号やPRTR番号、評価物質名称の分類から目的の化学物質の報告書を探すことができます。
FFPRI FluxNet Database
FFPRI FluxNet データベース
森林総合研究所フラックス観測ネットワークは、主に森林を対象とした二酸化炭素・エネルギーフラックス (単位時間内に単位面積を通って輸送される物質やエネルギーなどの量)の観測研究を行っています。本サイトでは、微気象学的手法による二酸化炭素フラックス測定を中心とした全国6カ所の試験地の観測データを公開しています。データ利用の際は、利用申請を行う必要があります。
FFPRI FluxNet Database is a database of observational research focused on measuring carbon dioxide flux using micrometeorological techniques at five research sites in Japan. It provides information of meteorological conditions, photosynthetically active radiation, heat fluxes, CO2 flux, ecosystem respiration, etc. Users need to obtain assent for data download.
ForestGEN
Forest EST and Genome database
森林に生息する生物のゲノム情報を提供しているデータベースです。スギ、ヒノキなど森林を構成する樹木、菌類や線虫などの微生物、きのこ、その他の森林性生物のゲノム情報を研究者に無償で提供し、森林におけるゲノミクス、集団遺伝、病理、育種研究の発展に貢献することを目的としています。これらの研究成果を森林が持つ有益な機能を最大限に発揮する森林の取り扱い手法の開発や、未知なる遺伝子資源の宝庫である森林からの新たな有用遺伝子の発見につなげる狙いがあります。
ForestGEN is a database that provides EST (Expressed Sequenced Tag) and genome information on forest organisms, including trees, microbes such as fungi and nematodes, insects, and mushrooms. This database contributes to advances in forest sciences in areas such as Genomics, Population genetics, Plant pathology, Tree breeding and Ecology.
PRDB
Phytosociological Releve' Database (植物社会学ルルベデータベース)
Phytosociological Releve' Database
Phytosociological Relevé Database (PRDB) is composed of many plot (relevé) data on vegetation collected throughout Japan with the phytosociological method. A relevé datum comprises the ID no., survey date, surveyor name, references, surveyed area, location, environmental data, community structure, species name and their dominance, etc. The PRDB provides information on distribution of a variety of species.
日本全国で実施された植物社会学的調査法による植生調査区 （ルルベ）のデータです。ルルベデータとして、調査年月日、位置 （地理区画コード）、標高、地形等の立地情報、階層構造、出現種名と優占度などが収録されています｡本データベースを用いることにより、さまざまな植物種の分布を知ることができます｡植物の分布図やルルベのデータは公開準備中です。
インドネシア産カミキリムシ画像データベース
Image database of longicorn beetles of Bukit Bangkirai
This database is an image database of longicorn beetles of Bukit Bangkirai. Data in this database were collected in a small part (300 ha) of Bukit Bangkirai (about 1,500ha) in east Kalimantan only in a short period between 1999 and 2001. Each entry contains images, species name, size, sex, distribution, published literature, etc. This database allows to search data using thumbnail images, species name list, or genus name.
本データベースには、1999～2001年、インドネシア東カリマンタン州のブキットバンキライ保護林の一部 (約300ha、1/5の面積)で収集された約470種のカミキリムシが収録されています。各カミキリムシについて、画像および学名、サイズ、雌雄、分布、記載誌などが収録されており、生態サムネール、標本サムネール、種名リストからの検索が可能です。カミキリムシ類は森林環境の変化を良く反映するため、地域の一部においてカミキリムシのインベントリーを行うことで、その地域全体の森林環境を推測することができます。
ブナ等結実度データベース
林野庁 森林事務所で調査したブナの結実度の広域分布図を公開しています。調査は「結実割合」「結実木の状況」「種子の内容」の3つの観点から行っています。結実度の度合いは「豊作」「並作」「凶作」「無結実」「欠測」の5段階で、日本地図上に年代別に示されます。ミズナラは近日公開予定です。
収穫試験報告
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所は、森林管理局と共同で全国の国有林に200箇所余りの収穫試験地を設定し、定期的な林分調査を行っています。各試験地では、立木を個体識別して間伐・枯死などの消長を記録し、胸高直径や樹高などの精密な毎木調査が行われています。 収穫試験報告は、これら収穫試験地の概況や定期調査の集計結果をまとめたデータ集であり、全文をPDFで提供しています。
収穫表調製業務研究資料
林野庁は1949年に制定した「同齢単純林の林分収穫表調製要綱」に基づき、1969年までに、本州以南の国有林スギ、ヒノキ、アカマツ、カラマツを対象とする収穫表40種類を作成し、公表しました。収穫表調製業務研究資料では、標準地の選定と調査、データの整理、地位区分、収穫表構成式の決定、収穫表の編成、適用上の注意点までの詳細な説明、さらに収集された林分データや構成式の係数なども収録されています。第36号まで （35号が欠番のため全35冊）の全文を、PDFで提供しています。特に、第1号 (岩手アカマツ)、第12号 (信州カラマツ)、第27号 (関東ヒノキ)は記述が非常に詳細で、国内外の豊富な文献が引用された質の高いレビューと言えます。
F.F.P.R.I. Herbarium DataBase
森林総合研究所さく葉標本データベース

森林総合研究所の所蔵する植物標本をデータベース化したものです。現在、本所さく葉標本庫(TF)および多摩森林科学園さく葉標本庫（TFA）の所蔵分のうちのおよそ4万3000件が登録されて、検索可能となっています。また、木材標本庫(TWTw)との横断検索も可能です。
これらの植物標本はおもに歴代の職員が収集したもので、1920年代からの古い標本もあり、採取地も北海道から沖縄まで広がっています。 また、一部には外国産の標本も含まれています。

This is the database of the herbarium of plants specimen maintained by the Forestry and Forest Products Research Institution. These databases have been collected by generations of employees, with some dating back to 1920. The locality of collections range from Hokkaido to Okinawa and also include foreign countries.
FDDB
森林動態データベース (Forest Dynamics Database)
Forest Dynamics Database
This is a collection of data on tree survival and growth, which measured over the long term in large natural forest test plots located throughout Japan by the Forestry and Forest Products Research Institute. It contains detailed information on mature trees, saplings, seedlings, seeds, litter, forest floor vegetation, terrain, and environment which can be browsed and downloaded. Users must be registered to download data.
森林総合研究所が日本各地の大型天然林試験地で長期に渡り観測した樹木の生存と生長のデータを収録しています。成木、稚樹、実生、種子、落葉落枝、林床植生、地形、環境に関する詳細なデータを閲覧、ダウンロードできます。ダウンロードにはデータ利用申請が必要です。
東南アジア産材の木材特性データベース (The Database of Properties of South-east Asian Timbers)
The Database of Properties of South-east Asian Timbers
森林総合研究所が長期間に渡る調査を行い蓄積してきた、東南アジア11地区、パプアニューギニア2地区産の32科68属93種の針葉樹、広葉樹材について、容積密度、収縮率、吸水量などの物理的性質、乾燥や切削などの加工適性、曲げ強度などの強度的性質、パルプ特性などの化学的性質に関するデータを収録しています。また、木材の横断面、柾目面、板目面の3断面を光学顕微鏡で撮影した切片写真や、木材表面のカラー写真も収録しています。本データベースは、木材を建築材料、家具材として利用する場合や合板や集成材などをつくる場合など、材の用途にあった樹種を選択する際の基礎的な資料として活用できます。
This is a database of long-term data on coniferous and deciduous trees. It includes data about 68 genuses and 93 species of coniferous and deciduous trees in 11 regions of South East Asia, and 2 regions of Papua New Guinea, collected by the Forestry and Forest Products Research Institute. The accumulated data include physical characteristics such as volume density, percentage of contraction, and water absorption, processing suitability such as drying and cutting, strength properties such as bending strength, and chemical properties such as pulp properties. Furthermore, the site contains slice photos of timber viewed as a cross-sectional surface, straight grain surface, and cross grain surface by light microscopy, as well as color photos of timber surfaces. This database can be used as a basic resource for selecting appropriate woods when creating timber for building, furniture, or plywoods and laminated lumber.
微生物遺伝資源データベース

森林総合研究所では「林野庁において実施する森林・林業に関するジーンバンク事業」として、森林・林業に関わる樹木病原菌、木材腐朽菌、菌根菌、昆虫病原菌、きのこ類の探索・収集、評価、保存、配布を行っています。
収集した微生物遺伝資源は専門家による同定や特性調査が行われ、同定された菌株は安定した状態で保存・維持管理されています。保存微生物遺伝資源に関する情報はデータベース化し、本サイトで公開しており、微生物種や採集地、キーワード等により検索できます。

FOLIS
林業・林産関係国内文献データベース (Japanese Forestry Literature Information System)
林業・林産関係の文献の書誌情報を収録しています。キーワードによる簡易検索と、複数条件を入力する詳細検索が可能です。森林総合研究所の図書館に収蔵されている国内刊行の学会誌、雑誌の中から約400誌を独自に選び、その中から林業・林産関係の論文や記事を選出しています。
樹木データベース
樹木データベース（樹木DB）は、広葉樹林化プロジェクト（研究プロジェクト「広葉樹林化のための更新予測および誘導技術の開発」）の一環として、森林総合研究所の研究者を中心とするプロジェクトメンバーによって構築されています。現在は広葉樹林化のための樹木の情報を提供することを目的としていますが、将来的には日本産樹木の総合的なデータベースとして活用されることを目指しています。一般的な文献情報をベースにして、現場で樹木をよく観察している研究者の視点で、樹木の各特性をデータ化しています。
日本竹筒ハチ図鑑
ハチの中には竹筒のような細長い空間に巣を作るものがいます。環境によって巣を作る種類が違うので、モニタリング調査や環境教育に使われています。本データベースでは竹筒に巣を作る約30種のハチやその天敵をご紹介します。
多摩森林科学園と関東・中部地方のチョウ
多摩森林科学園で記録されたことのある73種を含めた関東・中部地方に生息する約150種のチョウを解説します。
無花粉（雄性不稔）スギのデータベース
農林水産省の新たな農林水産政策を推進する実用技術開発事業「スギ雄花形成の機構解明と抑制技術の高度化に関する研究」（平成18〜20年度）の中で、無花粉（雄性不稔）スギの特性解明を進め、そのデータベースを構築しました。注：PDFが表示されます。
MRBP
生物学的製剤基準
Minimum Requirements for Biological Products
厚生労働省告示に基づき国立感染症研究所検定検査品質保証室で作成した生物学的製剤基準をPDFファイルから閲覧出来ます。医薬品ごとに詳しい製法や試験、貯法などの情報を閲覧出来ます。
MRBP was developed to specify the manufacturing methods, descriptive definitions, quality, storage, test methods, etc. of vaccines, antitoxins, blood products and other biological products for human use, according to Article 42(1) of the Pharmaceutical Affairs Law. This English version (PDF file) is not based on the current Japanese version of the MRBP.
病原体検出マニュアル
感染症法に基づいて感染症の報告がなされる際の検査の標準化のために、国立感染症研究所と全国地方衛生研究所の共同作業で作成された検出マニュアルです。感染症ごとに検出マニュアルをPDFファイルから閲覧出来ます。
百日咳データベース
百日咳の2013年3月までの発生状況を都道府県別に閲覧できるデータベースです。また報告症例の週別分布、都道府県別報告数分布、年齢別分布、年齢別予防接種歴別報告数分布、検査診断の有無とその内容についてのサマリーが閲覧出来ましたが、現在は2013年3月までのサマリーのみが閲覧可能になっています。
Hib(b型インフルエンザ菌)感染症発生データベース

b型インフルエンザ菌感染症の発生状況を閲覧できるデータベースです。医師による自発的登録により報告された患者の年齢や発症月例、診断名、薬剤使用状況等のサマリーが閲覧出来ます。
なお、2013年4月1日より、ヘモフィルスインフルエンザ菌は感染症発生動向調査5類の全数報告対象となっています。

症候群サーベイランス
感染症の症状を、感染症の早期探知を目的として、外来・入院 （医療機関から得られた症状のデータ）、救急車搬送 （救急車の出動記録に記載された症状のデータ）、薬局 （毎日の処方状況から特定の薬効分類での処方箋枚数を利用）、OTC (特定の疾患の一般用医薬品の売り上げを利用）、保育園 （保育園の欠席者、発症者のデータ）、学校欠席 （小中高校の欠席者のデータ）、高齢者施設 （高齢者施設の発症者のデータ）といった様々な情報源から収集し、項目ごとにサーベイランスを行っています。これらのうち、薬局 （インフルエンザの推定患者数）、学校（学校欠席者情報収集システム）についてはサーベイランスの結果を閲覧することができます。
IASR
Infectious Agents Surveillance Report
Infectious Agents Surveillance Report (病原微生物検出情報)
最新の病原微生物検出に関する情報を閲覧できるサイトです。全国の地方衛生研究所と検疫所から送られる最新の病原体検出報告に基づいて作成されたグラフ・集計表および速報記事と、定期刊行物である月報に掲載される特集・国内情報・外国情報記事を閲覧することができます。
This surveillance report contains data concerning patients and laboratory findings obtained by the National Epidemiological Surveillance of Infectious Diseases and other data covering various aspects of infectious diseases. The prefectural and municipal health centers and public health institutes (PHIs), the Department of Food Sanitation, the Ministry of Health, Labour and Welfare, and quarantine stations, have provided the above data.
感染症発生動向調査 週報（IDWR）
感染症法（平成11年施行）に規定された疾患の患者の発生動向を調査、集計したサイトです。最近の注目すべき感染症情報や病原体情報、海外感染症情報、個々の感染症の概要や週別、月別に過去10年間の比較グラフを閲覧することができます。
感染症 画像・映像アーカイブ
国立感染症研究所の所有する病原体や感染症研究関連の画像や映像を閲覧できるサイトです。病原体の電子顕微鏡写真が掲載されています。
抗生物質標準品交付リスト
国立感染症研究所が製品交付する日本薬局方の抗生物質標準品のリストです。使用目的の原則は「日本薬局方に収載の抗生物質の原薬（標準品候補品を含む）及びそれらを使用した各種製剤の製造及び品質管理（製品開発にかかわる公的な申請データに必要な場合を含む）に使用すること」が交付基準であり、使用目的が合致していても、転売等での申請は不可のため、必ず実際の使用者が申請することが必要です。
感染症流行予測調査
感染症の流行予測の調査をまとめたサイトです。感染症ごとの集団の抗体保有状況や予防接種状況を調査結果や、各種の疫学資料と合わせて検討し予防接種事業の効果的な運用や疾病の流行を予測することを目的としています。報告は報告書やグラフの形式で得られます。予防接種に関する情報も、法やガイドラインから、Q&Aや予防接種スケジュールを閲覧することができます。
感染症の情報 (感染源や特徴で探す)
感染症の情報を感染源や特徴から検索できるデータベースです。感染源や特徴から含まれる疾患を特定し、その疾患の臨床症状、検査と診断法やサーベイランスを調べることができます。 本サイトとともに「疾患名で探す」 ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01318 )も提供されています。
感染症の情報 （疾患名で探す）
感染症の情報を疾患名から検索できるデータベースです。感染症の基本情報から、最新の疫学情報を世界保健機構（WTO）、 アメリカ合衆国・疾病対策センター（CDC）、国際獣疫事務局（OIE）などから邦訳も含めて得ることができます。本サイトとともに「感染源や特徴で探す」 ( http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01317 ) も提供されています。
HESS
有害性評価支援システム統合プラットフォーム
Hazard Evaluation Support System Integrated Platform
HESSはラットを対象とした化学物質の反復投与毒性試験データ及び毒性にかかわる作用機序情報などを集積した毒性知識情報データベース、並びにラットやヒトなどのほ乳類における化学物質の代謝情報から構成される知識情報データベースの2つのデータベースを備えたシステムです。これら2つのデータベースから必要な情報を抽出し、各化学物質間のデータの比較や化学物質の分子構造、物理化学的性質などによる化学物質の分類 （カテゴリー化）を行うことを支援し、カテゴリーアプローチによる未試験化学物質の反復投与毒性の評価を支援することが可能です。 ユーザー登録後にメールアドレスに送信されるURLからHESSをダウンロードできます。
HESS has two databases. One is a toxicity knowledge database, which contains information on repeated dose toxicity and toxicity mechanisms. The other is a metabolism knowledge database containing rat metabolism maps and information on absorption, distribution, metabolism and excretion (ADME) in rats and humans. HESS allows chemicals to be categorized on the basis of structural, physicochemical and mechanistic similarities and helps to predict the repeated dose toxicity of untested chemicals by means of category approach. HESS is downloadable after registration (free).
GlycosideDB
GlycosideDB is a database of glycoside provided by Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology database (JCGGDB) and other organizations in Japan. Each entry contains IUPAC, structure, the composition of glycoside, SMILES, etc.. Glycoside entries are categorized based on the connection between Glycan and Aglycon. This database allows to search by the categories, names, structures, glycan or aglicon list.
糖鎖に関する配糖体のデータベースです。IUPAC名、SMILES、構造などの情報を収録しています。各データはグリカンとアグリコンとの結合状態により分類されています。また配糖体構造やグリカン構造、アグリコンリスト、日本名リストからも検索できます。
Search Across Glycoscience DBs - JCGGDB
横断検索 - JCGGDB
日本糖鎖科学統合データベースの横断検索サイトです。糖鎖研究に関するリソース、遺伝子、タンパク質、糖鎖構造、分析結果などのデータベースから、情報を横断的に検索できます。
This web cite is a search tool for Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology database (JCGGDB). It allows to search by keywords in many databases about glycan-related data in Japan (glycoprotein, glycolipid, glycosaminoglycans, polysaccharides ,etc.)
PDBj-BMRB
This is a portal site with manuals, tools, and search functions for data registration to BMRB that is a database of biomolecular magnetic resonance data (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00380).
BMRBへのデータ登録を目的とした、マニュアルや各種ツール、検索機能を提供するポータルサイトです。BMRB（http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00380 ）はペプチド、タンパク質、核酸等、生体高分子のNMR実験データを公開しています。
KOMICS
Kazusa Metabolomics Portal
質量分析によるメタボローム解析とメタボロームを活用したオミクス解析のためにかずさDNA研究所でこれまで開発されてきた解析ツールやデータベースを公開しているポータルサイトです。LC-精密質量MSの強力な解析ツールPowerGetや、世界最大級のデータ量を持つ分析生データのレポジトリMassBase等、ユニークなリソースが整備されています。また、メタボロミクス関係のリソースへのリンク集など、これからメタボロミクス分野へ参入する研究者にとっても役立つ情報を提供しています。
Komics is a portal database of databases, tools and other information about metabolomics studies which were developed and produced in Kazusa DNA Research Institute. It's constructed with many databases for metabolome "raw" data, metabolite annotations of the peaks, metabolic pathway data of transcriptome and metabolome analysis, etc..
Metabolonote
メタボロミクス実験の詳細な実験手法に関する情報 （メタデータ）のみを専門的に取り扱うデータベースです。セマンティックMediaWikiを利用したシステムにより、ユーザー登録（無料）をすることでだれでも気軽に各自のメタデータを記録・編集することができます。 メタデータを実際のデータ （生データファイルや、ピークアノテーション情報、ピークのスペクトル情報など）と切り離して管理することにより、１）実験後すぐに、さらには実験前であっても、メタデータを記載することができるため、実験設定の詳細を忘れてしまう前に記録に留めておくことができます。また、２）一度記録したメタデータは、論文や実際のデータを管理するその他のデータベースから共通して参照できるというメリットがあります。 Metabolonoteのコアシステムは公開されているため、ユーザー独自のMetabolonoteをLIMSや公開サイトとして構築できるほか、フォーマットを独自に定義することで、メタボロミクス以外のデータ管理についても使用することが可能です。
Metabolonote is a specialized database system which manages "metadata" accompanied with the experimental data of Metabolomics studies. This database manages metadata by separating it mainly into four layers, namely information about sample sets (SE), samples (S), analytical methods (M), and data analysis procedures (D). It allows users to easily publish and utilize Metabolomics data by simplifying the metadata record process.
北海道大学 人獣共通感染症リサーチセンター
Hokkaido University Research Center for Zoonosis Control
TOT-DB
The Theileria orientalis Genome Annotation Database
寄生性原虫Theileria orientalisの全ゲノムを対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。 病原性の強いT. parvaやT. annulataとのゲノム比較ができます。またゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同性検索やデータの一括ダウンロードも行えます。全ゲノムの配列はホールゲノムショットガンと手動のギャップクロージング、自動および手動のアノテーションとを組み合わせて決定されています。
TOT-DB is a database covering the whole genome of the parasitic intracellular protozoan, Theileria orientalis, sequenced with a whole genome shotgun sequence method, combined with manual gap closing followed by automated/manual annotation. Using G-integra genome browser, users are able to browse physical maps of the T. orientalis genome and their gene structures. This database is available for comparative genome analysis between highly pathogenic species, T. parva or T. annulata, and non-transforming species, T. orientalis. It also allows searches for homology by BLAST. The genome sequences and gene annotation of T. orientalis is downloadable.
沿岸海域水質・赤潮観測情報ポータルサイト

九州および瀬戸内海における沿岸海域の水質、赤潮に関する情報を公表するポータルサイトです。
「有明海・八代海等の水質観測情報」「水温リアルタイム情報」「水温予報」「沿岸海域水質・赤潮分布情報」「公共用水域水質調査情報」のデータベースと「赤潮等情報ネットワークシステム」を収録しています。

西海区水産研究所魚類標本コレクション
水産研究・教育機構 開発調査センター 西海区水産研究所魚類標本コレクションで所蔵する標本目録です。本コレクションは東シナ海・黄海産の魚類標本が充実していることが特徴で、登録標本に由来するDNA用組織片および魚体のデジタル画像の収集も行っています。
南半球の魚類、甲殻類、軟体類図鑑
（独）水産総合研究センター開発調査センターが発行した魚類図鑑のうち、絶版 (完売)となった３種の図鑑に掲載されている全869種をデジタル化し全文掲載（和英併記）しています。【1.パタゴニア海域の重要水族、2.スリナム･ギアナ沖の魚類、3.スリナム・ギアナ沖の甲殻類および軟体類】
東シナ海・黄海のさかな
西海区水産研究所で1986年に発行した図鑑「東シナ海・黄海のさかな」に掲載された330種のうち、代表的な72種を抜粋して、HP上で図鑑の記述（特徴、分布、成長、生殖、漁獲、利用、地方名など）、ならびに標本写真を閲覧できるようにしています。
NPOTDB
西部北太平洋に分布する魚類の耳石による種類同定法
本データベースは、西部北太平洋に分布している主要な魚類116種の耳石の形態を詳細に記述したものです。これを用いることにより、採集の過程で外形が壊れた魚類や、鯨類等の大型捕食者の胃内容として出現する消化が進んだ魚類を、種レベルで同定することが可能になります。
Database of Japanese, Chinese, And Korean Fishery Terminology
日中韓水産用語集データベース
This database is based on the book "Glossary of Korean, Chinese and Japanese Fishery Terminology" published under the cooperation of three fisheries research organizations belonging to China, Korea, and Japan. Search and browsing of terms are possible on this database in Japanese, Chinese, Korean and English.
日中韓の三つの水産研究機関の協力によって刊行された「韓・中・日水産用語集」を基に作成したデータベースです。水生生物名及び水産に関する一般用語の検索及び閲覧が、日本語、中国語、韓国語及び英語で可能となっています。
栄養塩・クロロフィルデータベース
（独）水産総合研究センターが水産研究所観測船を用いて実施した調査により得られた二酸化炭素吸収に関与する植物プランクトンに関連する調査データ（栄養塩、クロロフィル量、水温、塩分など）を収録しています。このデータベースは環境省予算により実施された「太平洋域の人為起源二酸化炭素の海洋吸収量解明に関する研究」により構築されました。
A-line Database
This database consists of a dataset on the A-line monitoring surveys carried out in Kuroshio-Oyashio region by Fisheries Research Agency since 1988. Vertical profiles of chlorophyll a and nutrients, and standing stock of netplankton are included.
北海道厚岸沖の親潮を横切る定線 （A-line） の海洋環境と生物パラメータの観測データセットを収録したデータベースです。水産総合研究センターの北海道区水産研究所と東北区水産研究所とが中心となって観測しており、CTDデータ （1989年～）、栄養塩、クロロフィル、プランクトンネットのデータ （1990年～）などを公開しています。
N-line Database
北海道区水産研究所が2000年から行っている北海道オホーツク海沿岸・沖合域での定線モニタリング調査のデータ（クロロフィルa、栄養塩、プランクトンネット現存量）を公開しています。
This database collects the N-line monitoring surveys carried out in the coastal and offshore Okhotsk Sea along Hokkaido, Japan, by Hokkaido National Fisheries Research Institute, Fisheries Research Agency since 2000. Vertical profiles of chlorophyll a and nutrients, and standing stock of netplankton are contained.
KNApSAcK DietNavi
KNApSAcK DietNavi (病気予防データベース)
食品や二次代謝物と健康との繋がりを整理したデータベースです。 肥満、高血圧、高脂血症などの生活習慣病を防ぐにはどのような食材や成分が有効であるかを文献情報とともに提供しています。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
DietNavi is a database about relations between human health and food or metabolites. It provides information of foods or effective elements for preventing lifestyle-related diseases, such as obesityfatness, hypertension, and hyperlipidaemia. Each entry contains species, efficacy, effective elements and literature information. Users are able to search by key words using disease relation map.
KNApSAcK FoodProcessor
KNApSAcK FoodProcessor (加工食品データベース)
加工食品の成分に関するデータベースです。日本国内で製造されているレトルトカレーの材料について、成分のオントロジー、学名などを収録しています。成分リストからの検索や、製造者名による検索が可能です。県ごとの検索もできます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
Food Processor is a database about ingredients of processed foods. It contains information about ontology and scientific name of ingredients in packs of curry which are manufactured in Japan. It allows to search using an ingredient list, a company name list or prefectures on Japanese maps.
KNApSAcK DietDish (食べ合わせデータベース)
KNApSAcK DietDish
健康に役立つ食品の食べ合わせを示すデータベースです。食品の組み合わせによる効能や文献情報が収録されています。食品、分類リスト、キーワード入力による検索や、症状や効能からの検索が可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
DietDish is a database of combinations of foods which is effective in the human health. It contains efficacy and literature information of each foods. It allows to search using food list, classification list, or key words about symptoms or efficacy.
KNApSAcK WorldMap (世界の薬用植物データベース)
KNApSAcK World Map
薬用植物とその使用国（217カ国）の情報を収録したデータベースです。植物ごとに、それぞれ種名や効果、文献情報を含んでおり、国名や種名からの検索が可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
WorldMap is a database of world-wide utilization of plant species sorted by individual countries. Each entry contains species name, purpose, and references. Users are able to search by clicking flags of countries or typing in a scientific name.
KNApSAcK Tea Pot (ハーブデータベース)
KNApSAcK Tea Pot
Tea Pot is a database of plants which relate to health or medicinal effects. It contains information about scientific name, common name, origin, Japanese introduction, efficacy, and references. It allows to search by species, or browse from a list of all entries.
健康促進や薬用効果のある植物のデータベースです。学名、一般名、原産地、日本伝来、効能、参考文献の情報が収録されています。種名による検索や一覧表示からのブラウズが可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK Biological Activity (Natural Activity)
Biological Activity (Natural Activity) is a database about relationships between medicinal plants and their biological activities. Each entry contains a species name, biological activities and links to KNApSAcK Core System. It allows to search with species or browse with all data list.
生体由来の代謝物質にみられる生物活性のデータベースです。生物種と健康、薬用、効能の情報とが関連づけられています。学名による検索、全体表示によるリストからのブラウズが可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK Motorcycle
Motorcycle Metabolic Pathway
薬用植物における有効成分の生合成過程を把握する目的で、植物の二次代謝に関わる酵素－酵素反応をまとめたデータベースです。文献情報をもとに、酵素のアミノ酸配列と代謝酵素反応を関連づけています。反応ID、酵素名、遺伝子名、生物種によるアミノ酸配列の検索の他、BLASTPを使用したアミノ酸配列データベースとの比較も可能です。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
Motorcycle is a database for enzyme-enzyme reaction of metabolism in medicinal plants. It contains manually curated information about amino acid sequence, metabolic enzyme reaction, plants names and references. It allows to search using KRID, enzyme, species or gene names. Moreover, it allows to search with BLASTP.
KNApSAcK MetalMine
MetalMine is a database for metal ion binding proteins in medicinal plants. It contains manually curated information about metal ions, amino acid residues, and hetero molecules included in the metal binding site. Moreover, it displays metal binding site structures by clicking on PDB id. This database allows to browse by metal and keyword lists. It also allows to search with metal-binding residues in sequence or PDB ID.
金属イオン結合蛋白質に関するデータベースです。金属イオン、アミノ酸残基、および金属結合部位に含まれたヘテロな分子など、手動でキュレートされた情報を収録しています。さらに、PDB idをクリックすると金属結合サイト構造が表示されます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK KAMPO
日本薬局方に基づく漢方生薬配合および生薬に関するデータベースです。漢方名検索、あるいは、生薬名（またはグループ）検索により、関連漢方の生薬配合一覧、漢方薬一覧、また効能や様々な処方についての詳細情報が調べられます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KAMPO is a database for formulae of Japanese traditional medicine (Kampo) and medicinal plants. It provides scientific names, efficacy, a list of Kampo formulae and detailed information about blends of medicinal plant. It allows searches by lists of medicinal plants (for Kampo formula) or Kampo formulae (for medicinal plants).
KNApSAcK JAMU DB
KNApSAcK JAMU (IndonesiaHerb データベース)
薬草を原料としたインドネシアの伝統的な生薬JAMUに関するデータベースです。JAMUのリストから検索することで、効能や配合生薬成分とその詳細情報を、また生薬のリストから検索することでJAMUの処方とその詳細を調べることができます。各生薬の代謝物情報へのリンクも提供されています。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
JAMU DB is a database of medicinal plants often included in Jamu, a herbal medicine, in Indonesia. It contains information about Jamu name, effect, ingredient herbs, etc. In this database, users are able to retrieve formulae from the names of medicinal plants, and also the names of medicinal plants from formula names.
KNApSAcK Lunch Box
KNApSAcK Lunch Box (食用データベース)
Lunch Box is a database covering food history or medical effects of edible plants. Each entry contains scientific name, introduction into Japan, edibility, health care/ medicinal usage, related literature, processed food, etc. All information is curated from published literature.
食用生物の食履歴、効能などに関するデータベースです。収録されている情報は文献情報に基づいており、食用生物の学名、分類名、原産、日本伝来、食用、健康促進/薬用、文献情報、加工品に関する情報を調べることができます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
Molecular Profiling Research Center for Drug Discovery, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
H-EPD
H-Inv Extended Protein Database
H-Inv Extended Protein Database (ヒトタンパク質データベース)
H-EPD provides comprehensive, non-redundant human protein sequences, including both curated and predicted human proteins, and made by merging H-Inv proteins (predicted from transcriptome) with UniProtKB/Swiss-Prot and RefSeq proteins (curated). H-EPD was designed as a reference database for human proteome research.
H-EPDは、MS/MS解析用サーチエンジンに利用可能なヒトの予測タンパク質配列のデータを提供しています。H-InvDB独自の転写産物データより予測されたH-Invタンパク質と、UniProtKB/Swiss-Prot及びRefSeqの精査されたタンパク質の配列データを含み、プロテオーム解析における新規タンパク質の同定に利用できます。
Recount DB
RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。
NBDCヒトデータベース

本サイトはヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです。次世代シークエンサーをはじめとした解析技術の発達に伴い産生されつつある膨大な量のヒト関連データを整理・格納し、個人情報の保護に配慮しつつデータの共有や利用を推進するためのルールや仕組みを備えています。
科学技術振興機構 (JST) バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)により設立され、国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan (DDBJ)との協力によりデータの公開を進めています。
本サイトを通じてヒトに関するデータの利用及びヒトに関するデータの提供を行なうことができます。

SSBD
Systems Science of Biological Dynamics
SSBD is a database which provides a rich set of resources for analyzing quantitative biological data, such as single-molecule, cell, and gene expression nuclei. It contains quantitative biological data collected from a variety of species, sources and methods. These data are obtained from both experiment and computational simulation and are represented in a new Biological Dynamics Markup Language (BDML). Users are able to exchange, store, compare and analyze data with this new data format through the database. It also allows users to download quantitative biological dynamics data directly.

SSBDは生命動態の定量データとその取得に利用した動画像を再利用が容易なかたちで包括的に管理することを目的に構築されたデータベースです。単一分子、細胞、細胞核などのスケールにおける様々な手法により取得された様々な生物種のデータを収集しています。手法としては実験解析およびコンピュータシミュレーションともに対象としています。
定量データについては、新規に開発されたBiological Dynamics Markup Language (BDML)というデータフォーマットに従って表現されています。また動画像については、OMEROという世界標準になりつつある生命科学分野の動画像の管理システムを利用して管理されています。
本データベースに収録されているデータセットはダウンロード可能であり、各々の利用許諾にもとづいて利用することができます。

KONAGAbase
KONAGAbase is a genomic database of the diamondback moth (Plutella xylostella) (KONAGA is the Japanese word for the diamondback moth). The database currently provides the following sequence data with useful annotation information by BLAST, HMMER3, and Blast2GO: genome sequence data, transcriptome sequence data and putative gene set.
KONAGAbaseはコナガ (Plutella xylostella) のゲノムデータベースです。本データベースは現在、BLAST、HMMER3、および、Blast2GOによる有用なアノテーション情報とシーケンスデータを提供しています。
Brown planthopper Maps & Markers Database
トビイロウンカ マップ・マーカー データベース
This is the first version of genetic linkage map of the brown planthopper (BPH). The consensus map consists of 474 SSR, 43 SNPs and 1 STS totaling 518 markers with 472 unique positions. The map would provide initial information for BPH genomics studies, and particularly for identifying a genetic basis of the virulence, and to facilitate QTL analysis of other important traits.
イネの害虫であるトビイロウンカ（BPH, Nilaparvata lugens）の遺伝子連鎖地図やマーカーを参照できます。現在、474のSSR、43のSNP、1つのSTSマーカーから構成されています。
SELIMIC
SafEty information Literature in IMIC (国内医薬品安全性情報のデータベース)
国内で定期的に発行される医学・薬学雑誌から医薬品の安全性情報を、医薬品の安全性情報を普遍的に安全性の収載頻度が高い臨床系の雑誌を中心に抽出し提供しているデータベースです（有料）。
中毒情報データベース
家庭用品、自然毒による急性中毒に関する毒性や症状、処置などの情報が掲載されているデータベースです。保健師、薬剤師、看護師などの医療従事者が市民に対応することを想定し、作成されています。
日本中毒情報センター
医薬品と対応病名検索システム
「標準病名」と医療用医薬品添付文書の「効能効果」を対応させて検索できるデータベースです。検索には「商品名」の他、「一般名」「病名」「薬効分類」「ICD10」などから検索することが出来ます。なお、添付文書の「効能効果」と対応する「標準病名」の結び付けは、一般財団法人日本医薬情報センター (JAPIC)が、専門家による妥当性の評価を受けて独自に作成したものです （有料）。
一般財団法人日本医薬情報センター
医薬品情報ナビ
医療用医薬品の医薬品名 （商品名）から、医薬品の製造・販売・発売会社のホームページの参照、添付文書PDFの参照、JAPIC提供の医薬文献データベース「iyakuSearch」 (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00878) の検索結果を参照できるリンク集です。
マスタデータの提供 (添付文書関連データ、JAPIC辞書データ)
国内の医薬品添付文書情報や医薬文献情報を基本とした各種データベースや医薬品名・副作用用語・疾患名の辞書データを提供しています （一部有料）。
Radiation Effects Research Foundation
公益財団法人放射線影響研究所
Downlodable Data (Radiation Effects Research Foundation)
放射線影響研究所 公開研究データ
放射線影響研究所で実施された放射線の健康影響に関する独自調査のなかで、ダウンロード可能な解析データとその説明文書を提供するサイトです。Zip、LHA、Unix compressによる圧縮ファイルがダウンロードできますが、氏名、メールアドレス、住所などの登録が必要です。
These pages offer research data and descriptions about radiation and associated diseases.
医薬品に関する情報
日本国外の主な規制機関、国際機関等から出される医薬品に関わる重要な安全情報を収集、検討し、日本語の概要等をつけ迅速に提供することを目的に作成されています。
国立医薬品食品衛生研究所
循環器疾患データベース
循環器疾患に関する統計データ （患者数、死亡率、医療施設数等）とそれらに関する概要や提言をまとめたデータベースです。
日本心臓財団
実地診療のためのデータベース - 主な疾病に関するデータ2011
主な疾病の患者数の推移やそれらに掛かる医療費、国別死亡数の割合を表形式やグラフにして提示したページです。
NCD
National Clinical Database 外科系の専門医制度と連携した症例データベース
外科系の専門医制度と連携し、各施設や学会から集められた症例データをまとめて管理しているデータベースです。本システムを利用できるのは利用者登録をした医師の方に限られます。
一般社団法人National Clinical Database
公益社団法人全日本鍼灸学会
The Japan Society of Acupuncture and Moxibustion
JACLiD
鍼灸文献データベース
acupuncture and moxibustion medical care general bibliographic-data-base
This database provides bibliographic information about acupuncture and moxibustion medical care (such as: article title, authors, journal title, year, volume and pages). The full text is available for articles with no copyright restrictions.
鍼灸医療に関わる学術研究論文の書誌情報 （タイトル、著者名、掲載雑誌名、年・巻・号・ページ等）を提供するデータベースです。著作権上問題のない一部の論文は全文の閲覧が可能です。医療に関わる臨床家、研究者、教育関係者にかぎらず、東洋医学に関心をもつ全ての人を対象としています。
筋ジストロフィー患者のための遺伝子データベース
福山型筋ジストロフィーの遺伝子データを登録・管理するデータベースです。データは原則公開されず、日本筋ジストロフィー協会が運営する「神経・筋疾患医学情報登録・管理機構」で厳重に管理されます。登録されたデータは個人情報と医学的データに分けられ、前者は患者さんに治験情報を提供するために利用され、後者は今後の医療に役立てられます。
社団法人日本筋ジストロフィー協会
KiTSOSY
病害虫雑草関連文献データベース
日本国内の農林業病害虫雑草関連の文献について、学会誌、研究会誌（関東病虫研報など）、総説誌（植物防疫など）、都道府県研究機関報告、業界誌（今月の農業、農薬、農薬時代、農薬ガイドなど）等、約3万件の書誌情報を収録しています。キーワードにより目的の書誌を検索できます。
カバークロップ導入支援データベース検索システム
収穫対象とならず、土壌侵食の防止や有機物の供給などを目的として、主作物の休閑期や栽培時の畦間などに栽培されるカバークロップの利用情報を収録したデータベースです。品種、商品名、利用目的、栽培管理方法などの情報が、カバークロップ名、科名、利用地域から検索できます。
日本雑草学会 雑草情報共有システム研究会
雑草の種別に、発生・被害情報、生態的特性や生物間相互作用に基づく生物情報、防除等に関する情報を整理、蓄積したデータベースです。「雑草情報検索」「作物別雑草管理情報」および「外来雑草早期警戒システム 」「除草剤抵抗性雑草（外部リンク）」で構成されています。各草種目の学名、英名、問題となっている点、除草剤についての情報、外来雑草の重要度ランキング（侵入警戒度、防除優先度、被害度）が検索できます。 農研機構の生態的雑草管理プロジェクト「雑草生物情報データベース」より移譲されたコンテンツが使用されています。
日本雑草学会
ウンカのリアルタイム飛来予測
イネの重要害虫であるウンカの海外から日本への飛来をリアルタイムに予測するシステムです。翌日または翌々日に日本のどの地域にウンカが飛来するかを予測できます。また飛来源も分かります。
ダイズの病害虫診断
ダイズに関連する病害虫を診断するためのサイトです。病害虫を発生部位ごとの画像で紹介しているほか、ウイルスやかびなどの病原や害虫の基本情報を記載しています。病名、害虫名の一覧から調べることも可能です。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 近畿中国四国農業研究センター
電子顕微鏡で見た病原体
病原体の電子顕微鏡像を集めたデータベースです。病原体に感染した組織の光学顕微鏡像、電子顕微鏡像を収録しています。ウィルス、真菌、原虫など病原体の種類から検索できます。
監視伝染病の発生状況
各種家畜伝染病と届出伝染病について、家畜名と病名、発生件数が県ごとおよび月ごとにまとめられています。
農林水産省
リンゴ害虫生態画像データベース
ApplePestDatabase (APD)
本データベースは、リンゴを加害する害虫の写真を中心に、害虫の形態・生態、被害を受けたリンゴの写真、防除などの情報を掲載しています。害虫名リスト、リンゴの加害部位別害虫名リスト、収獲果実の被害要因から検索することができます。リンゴを加害する害虫は250種以上におよび、本データベースでは平成19年時点で147の害虫種のデータを登録しています。
飼料作物の害虫目録
試料作物の害虫と加害作物をまとめたデータベースです。「日本牧草害虫目録 農林水産省 畜産試験場資料No.43-13 1969年3月」、「農林有害動物・昆虫名鑑 日本応用動物昆虫学会編 1987年12月」、「農林有害動物・昆虫名鑑 増補改訂版 日本応用動物昆虫学会編 2006年6月」、「農林有害動物・昆虫名鑑 増補改訂版」などをもとに作成されています。昆虫以外の飼料作物に害を及ぼす無脊椎動物および脊椎動物についても掲載しています。加害作物は加害作物名が明らかなものは記述し、それ以外はマメ科牧草、イネ科牧草、トウモロコシなどと大まかな分類名で記述されています。
体細胞クローン技術に関する情報
国内で生産された体細胞クローン牛およびその後代牛に関するデータを集めたデータベースです。病理学的、臨床的データ集、体細胞クローン家畜や胚における分子生物学的な特性調査のためのマニュアル、核移植胚作出と胚の品質評価のためのマニュアルなどを収録しています。
青果ネットカタログ
野菜、果物、米、茶などの農作物一品ごとの生産出荷情報を登録、公開するサイトです。各情報は商品についた８ケタの「カタログNo.」「産地」「品目」「栽培方法」などから検索することができます。
酵素一覧
日本国内で市販されている酵素とその用途に関するデータベースです。タンパク質およびアミノ酸、糖質、脂質に関連する酵素や酸化酵素について、商品名、起源、用途、酵素メーカー名を収録しています。
MRV
Microbial Responses Viewer
食品環境における微生物の増殖/非増殖データのデータベースです。国際予測微生物データベースComBaseに収録されているデータから抽出した各種微生物の情報が、培地ベースのデータと食品由来のデータとの区別をつけて検索できます。任意の環境条件（温度、ｐH、水分活性）における増殖速度の情報も同時に検索することが可能です。
組換え農作物の安全性評価のための食品成分データベース
様々な地域で栽培された水稲（玄米）と大豆について、各成分を分析したデータベースです。品種、産地、収穫年、成分項目、測定値、試験方法が一覧になっています。品種、産地、成分項目、収穫年での絞り込みができます。検索結果のテキストファイルをダウンロードすることも可能です。
ニュートリゲノミクス機能性評価データベース
各種食品成分の動物試験による機能性評価法、およびその結果（DNAマイクロアレイ解析、生化学的データなど）を収めたデータベースです。DNAマイクロアレイを用いて動物組織での遺伝子発現を網羅解析するトランスクリプトミクスなどにより、食品成分の作用を詳細に調べています。実験の詳細の閲覧、実験データのダウンロードが可能です。
iNTRODB
Integrated Neglected TROpical disease DataBase
iNTRODB is an integrated database for searching drug-target proteins from parasitic protozoa genomes that cause neglected tropical disease (NTD) including leishmaniasis, Chagas' disease and Human African trypanosomiasis. It provides structural information of the proteins mainly obtained from the PDB as well as chemical information from ChEMBL. It also contains genome information from gene DB. This database allows user to set search conditions such as e-values of homology or phenotypes (RIT-seq).
顧みられない熱帯感染症 (NTDs)の原因病原体に関する情報を統合した創薬研究向けのデータベースです。原因病原体であるトリパノソーマ科寄生原虫の全遺伝子情報、蛋白質構造情報、関連化合物情報が収められています。PDB, ChEMBL, Gene DBなどのリソースをもとに構築されています。ユーザは蛋白質の構造の類似性や配列相同性などの絞り込み条件を用いて、蛋白質リストから創薬標的候補の探索が可能です。 日本の産学官の6つの機関と国際NPOで構成された共同研究の一環として開発されたデータベースです。
Coelacanth Genome Project
Coelacanth Genome Project is a database for whole genome sequencing of extant coelacanth species and comparative genomic analyses. It provides Gbrowse, BLAST and keyword search. Genome sequence, gene sequences, protein sequences, non-cording RNA, and fosmid end sequences are available through the website.This database also contains CT-scan images and three-dimensional images of coelacanths.
シーラカンスのゲノム情報を集めたデータベースです。Gbrowseによる閲覧、Blast検索、キーワード検索が可能です。また、頭部のＣＴ画像や３次元像なども収録されています。
Strawberry GARDEN
Strawberry Genome And Resource Entry
Strawberry Genome And Resource ENtry
Strawberry GARDEN is a database about genome of cultivated strawberry (F. x ananassa). It contains gene sequences and annotations, which obtained through comparison with its wild relatives, and mapped onto the reference genome, along with the previously published F. vesca genome sequence. Users are able to search by BLSAT or keywords. This database also contains strawberry marker database.
食用イチゴのゲノムに関するデータベースです。栽培品種であるFragaria x ananassaのゲノムを近縁野生種４種と比較し、公開されている１品種のゲノム上にマップして得られた遺伝子の、シーケンスやアノテーション情報を収録しています。データはキーワードやBLASTによる検索が可能です。マーカーリストのデータベースも含んでいます。
ARTRA
Arabidopsis DNA Microarray probe information
タカラバイオ株式会社との共同で作製した、シロイヌナズナのマイクロアレイ情報を提供しているデータベースです。DNAマイクロアレイやRNAi設計に利用できる転写産物や遺伝子特異的な配列を格納しています。
ARTRA is an Arabidopsis transcriptome and microarray database developed by Takara Bio inc. that contains transcriptome sequences and gene-specific sequences for a DNA microarray and RNAi knockdown triggers.
J-CHECK
Japan chemical collaborative knowledge database
化審法データベース
J-CHECKは、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」にかかわる厚生労働省、経済産業省及び環境省が、化学物質の安全性情報の発信基盤の充実・強化を目指して化学物質の安全性情報を広く国民に発信するため作成するものです。化審法対象物質リストの他、公示物質や既存化学物質、届出不要物質のリスト、国が保有する化学物質の有害性情報等を収録しています。CAS番号、化学物質名称、法規制分類などによる検索が可能です。
J-CHECK is a database developed to provide the information regarding "Act on the Evaluation of Chemical Substances and Regulation of Their Manufacture, etc. "(CSCL) by the authorities of the law, Ministry of Health, Labour and Welfare, Ministry of Economy, Trade and Industry, and Ministry of the Environment. J-CHECK provides the information regarding CSCL, such as the list of CSCL, chemical safety information obtained in the existing chemicals survey program, risk assessment, etc. in cooperation with eChemPortal by OECD.
PcsEST
KAMEMUSHI (PS: oriental stink bug) EST
PcsEST is a database about ESTs of an oriental stink bug (PS, Plautia crossota stali), called "CYABANE-AO-KAMEMUSHI" in Japanese. Each entry contains sequences, gene ontology, and homology values for NCBI-NR, Drosophila and C. elegans. This database allows searches using key words, clone names, gene ontology terms or homology values.
果樹の害虫として知られるチャバネアオカメムシ （Plautia crossota stali）のESTデータベースです。データはメス成虫の中腸から構築された2つのcDNAライブラリに由来しています。クローンごとに、配列情報に加えてGene Ontologyによるアノテーション情報や、NCBI-NRデータ、ショウジョウバエ及び線虫のデータとのホモロジー検索の結果が掲載されています。キーワード検索、オントロジーによる絞り込み、またBLAST検索が可能です。
PVcDNA
YUSURIKA cDNA
ネムリユスリカ (Polypedilum vanderplank) のESTデータベースです。データは幼虫全体から得られたｃDNAライブラリーに由来しています。クローンごとに、配列情報に加えてGene Ontologyによるアノテーション情報や、NCBI-NRデータ、ショウジョウバエ及び線虫のデータとのホモロジー検索の結果が掲載されています。キーワード検索、オントロジーによる絞り込み、またBLAST検索が可能です。 ネムリユスリカの幼虫は乾燥無代謝休眠状態となることで知られています。
This database provides ESTs about the Sleeping Chironomid, Polypedilum vanderplanki (Diptera, Chironomidae). The cDNAs are derived from various cDNA libraries constructed from larval whole bodies 0h, 12 h and 36 h after desiccation treatment. Each entry contains sequences, gene ontology, and homology values for NCBI-NR, Drosophila, or C. elegans. This database allows searches using keywords, clone names, gene ontology terms or homology values.
YOKOBAI (NC: green rice leafhopper) EST
ツマグロヨコバイ (Nephotettix cincticeps) のESTデータベースです。 データは、様々な発生段階や組織から構築されたcDNAライブラリーに由来しています。クローンごとに、配列情報に加えてGene Ontologyによるアノテーション情報や、NCBI-NRデータ、ショウジョウバエ及び線虫のデータとのホモロジー検索の結果が掲載されています。キーワード検索、オントロジーによる絞り込み、またBLAST検索が可能です。
This database provides ESTs of the green rice leafhopper (NC, Nephotettix cincticeps), called "TSUMAGURO-YOKOBAI" in Japanese. Each entry contains sequences, gene ontology, and homology values for NCBI-NR, Drosophila, or C. elegans. This database allows searches using key words, clone names, gene ontology terms or homology values.
薬用植物総合情報データベース
Comprehensive Medical Plant Database

「薬用植物総合情報データベース」は、漢方薬・生薬に用いられる薬用植物に関するさまざまな情報を、簡単な操作で検索・閲覧することができる、薬用植物の「総合図鑑」です。
薬用植物の情報、生薬の情報、成分・遺伝子に関する情報、栽培法に関する情報等に加え、国内に流通する代表的な生薬を「モデル生薬」として集め、これらの成分等について実際に測定、解析したデータを収載しています。また、薬用植物の栽培や増殖に関する情報、生薬の内部形態の情報なども充実しています。

"Comprehensive Medicinal Plant Database" is an encyclopaedia of medicinal plants and provides a user-friendly interface for searching and viewing information about medicinal plants used for Kampo and herbal medicines. Available information includes medicinal plants, herbal medicines, their components and relevant genes and cultivation methods, as well as a list of herbal medicines widely available in Japan (labeled "model herbal medicines") with their measured components. It also provides other data such as methods of cultivation and propagation and the interior morphology of herbal medicines.
AgrID
Agrigenomics Information Database
農畜産物ゲノム情報データベース
AgrIDでは、農畜産物のゲノム情報のポータルサイトとして、主に農林水産省が進めたゲノム関連プロジェクトで作成されたデータベースをまとめています。またNIAS横断検索では、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の連携により、各省及び国外の生命科学系データベースを、特許や文献情報とあわせて一括横断検索できます。
AgrID is a portal site for genome information for crops and livestock. AgrID links to websites of genome sequences, genome annotation, gene expression, mutant resources, etc., as products of genome project in MAFF. AgrID also serves as a cross search tool between of MEXT, MHLW, MAFF and METI databases.
FANTOM
Functional Annotation of the Mammalian Genome
FANTOM5 is a database about comprehensive expression profiles and functional annotation of mammalian cell-type-specific transcriptomes. It contains experimental data of the FANTOM consortium, an international collaborative research project initiated and organized by the RIKEN. This database contains mapped data using Cap Analysis of gene Expression (CAGE), which are the sets of transcripts, transcription factors, promoters and enhancers active in the majority of mammalian primary cell types. These data is furthermore complemented with profiles from cancer cell lines, and tissues.

FANTOMは、ゲノムDNAから転写されているRNAの機能をカタログ化することを目的として2000年に発足した理化学研究所が主催する国際研究コンソーシアムです。これまでに第４期に渡って活動が行われており、本サイトから過去のFANTOMプロジェクトで整備されたリソースにアクセスすることができます。
第５期 (FANTOM５)では、ヒトの主要な組織、200種以上の癌細胞、30種類の細胞分化やマウス発生の経時解析用サンプル、200種以上の初代培養細胞、などから抽出したRNAについて1分子CAGE法を用いてプロモーター及びエンハンサーの活性を測定しており、CAGE ピーク領域とアノテーション、パスウェイクラスタ、エンハンサー、サンプルオントロジーなど網羅的解析により得られたリソースデータが公開されています。

XS-TBR
つくば生物医学資源横断検索システム
つくば地区の研究機関 （医薬基盤研究所薬用植物資源研究センター 、筑波大学、農業生物資源研究所、理化学研究所） が保有する生物医学資源のデータベースを横断的に検索するシステムです。薬用植物、ヒト組織、マウス凍結保存胚、微生物、植物種、動物由来細胞株、ヒト由来細胞株を検索対象としています。保有機関や資源の名称などから検索できます。
つくば国際戦略総合特区
MiFuP
Microbial Functional Potential
Microbial Functional Potential (微生物遺伝子機能検索DB)
MiFuP is a database of functional potentials deduced from microbial genomes. Users can easily search for microbes with potential functions of interest or for functional potentials from your microbial genome sequences or cds sequences. Associated MiFuP wiki is an information web site about microbial functions (e.g., detailed description of each function, underlying mechanisms, representative microbes, industrial use). MiFuP wiki is in Japanese only.

MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。
機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。
搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報（機能を発揮するメカニズム、実用化例等）を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。

HGVD
Human Genetic Variation Database
HGVD is a database providing a central resource to archive and display Japanese genetic variation and association between the variation and transcription level of genes. It contains genetic variations determined by exome sequencing of 1,208 individuals and genotyping data of common variations obtained from a cohort of 3,248 individuals. This database includes information such as alleles, genotype frequencies, number of samples, coverages, and expression QTL (eQTL) significances. The HGVD browser allows to search using gene name / ID, rsID of dbSNP, pathogenic variation, or chromosome numbers.

日本人健常者のゲノム配列を解析したデータベースです。難病の原因遺伝子同定や、見いだされた遺伝変異が疾患発症に関わるかの評価分析のための活用を目的として構築されました。1,208検体のエクソーム解析情報や3,248検体によるコホート研究の結果をもとに得られた遺伝変異の情報が掲載されています。
HGVDブラウザーでは、対立遺伝子、遺伝子型頻度、サンプル数、coverageおよびeQTLなどの情報を閲覧することができます。

病気の解説 難病情報センター
難病と呼ばれる疾患のうち，厚生労働省が難治性疾患克服研究事業（臨床調査研究分野）の対象としている疾患を中心に解説したページです。
難病医学研究財団
NCBNカタログデータベース
国立高度専門医療センター （ナショナルセンター）で収集したバイオバンク試料を検索することが出来るデータベースです。担当する疾患 （がん、循環器疾患、精神・神経・筋疾患、感染症・代謝疾患・免疫異常症、成育疾患、老年病）の異なる６つのNC （ナショナルセンター）から、高精度な臨床情報を備えた高品質の試料データが提供されています。アクセス可能な生体試料については、 http://www.ncbiobank.org/sample.html から参照できます。
国立高度専門医療研究センター
TradMPD
伝統医薬データベース
Traditional Medical & Pharmaceutical Database
TradMPD is a database of traditional medical and pharmaceutical drugs. It collects information on crude drugs, Kampo formulas, and related experimental materials such as, crude drug name, botanical source, pharmacological effects, gene information of related plants, chemical-analysis information, literature, etc.
生薬や漢方薬、および生薬に含有される化合物についての各種情報のデータベースです。生薬の学術情報や関連植物の遺伝子情報、また漢方方剤の構成生薬、文献情報や疾患別頻用漢方方剤を調べることができます。さらに、生薬や漢方薬・生薬含有化合物の化学分析結果と生物活性試験の結果を収録しています。
KNApSAcK Bicycle
KNApSAcK Bicycle Algae Metabolic Pathway
KNApSAcK Bicycle is a database on proteins and metabolism reaction of algae. It contains information about proteins that existed in algae, and reaction mechanism or pathway in which such proteins participate. It allows to compare amino-acid sequences or DNA sequences swith the database using BLASTP Search, BLASTX Search or BLASTN Search.
藻類のタンパク質と二次代謝反応の情報を集めたデータベースです。94種類の藻類に存在する96,641個のタンパク質の情報と、これらのタンパク質が関与する化学反応 (614反応)の情報が調べられます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
ヒト組織バンク
患者への十分な説明と同意のもとに摘出されたヒト組織を匿名化などの個人情報保護に係る手続きを厳格に行った上で、研究者に分譲しています。
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
日本人由来Ｂ細胞株・ＤＮＡバンク
約2,000名の日本人由来のＢ細胞を不死化した細胞株と、同細胞株から抽出されたDNAを分譲しているデータベースです。この中には約1,400名の健常人（一般集団）に由来するB細胞株のDNAも含まれており、疾病を持つ集団との比較コントロールとしても利用できます。
Carnation DB
カーネーション (Dianthus caryophyllus、ダイアンサス カリオフィラス)のゲノム情報のデータベースです。遺伝子ごとに配列データに加えてGOなどによるアノーテーション情報やUniProtなどの既存データベースに対するBlastpによる解析結果がまとめられています。BLAST検索や収録データの一括ダウンロードも可能です。
This is a database for the Dianthus caryophyllus (carnation) genome information. The sequence data for each gene, annotations such as GO, and results of BLASTP analysis against databases such as UniProt can be found here. BLAST searches using own sequence data and data downloads are also possible.
Raphanus sativus Genome DataBase
ダイコン (Raphanus sativus、ラファナス サチブス) のDNAマーカーデータベースです。EST-SSR、Isozyme marker、Morphological marker、R-EST、RAPD、RFLP、SSR、STSに関する配列情報を収録しています。また連鎖地図情報も公開しています。SNPリストからの情報取得やBLASTによるマーカー検索が可能です。
Raphanus sativus Genome DataBase is a database of DNA markers of Raphanus sativus. It contains information on sequences including markers of EST-SSR, isozyme, R-EST, RAPD, RFLP, SSR, STS, and linkage maps. This database allows to search using SNP tables or BLAST search.
DAIZUbase
DAIZUbaseは大豆ゲノムのデータベースです。遺伝子ごとに染色体上の位置、配列の情報が収録されています。マップブラウザ、遺伝子ビューア、およびBLAST検索システムを備えており、GbrowseやUnifiedMapによる染色体範囲の絞り込み、BLASTによる相同配列の検索、キーワードによる検索が可能です。

DAIZUbase is an integrated soybean genome database and data mining tools; 2 map browsers (GBrowse, UnifiedMap), a gene viewer, and BLAST search system. This database provides three data mining approaches.
1) Narrowing the range of a scaffold (chromosome) by GBrowse or UnifiedMap
2) Keyword search
3) Sequence homology search by BLAST

fpgp
Flowering Plant Gene Picker
This database is an annotation pipeline for flowering plant genomes. If users submit a DNA sequence, fpgp predicts exon-intron structures on the basis of full-length cDNA (FLcDNA) evidence, and simultaneously finds protein-coding regions in the predicted transcripts. For the prediction, 10 published plant genome sets are used, and users can download the gene prediction data in those genomes.
顕花植物のゲノムをアノテーションするためのウェブサービスです。Oryza sativa、 Zea mays、 Arabidopsis thaliana、 Solanum lycopersicumなど１０種の顕花植物の報告された完全長 cDNA（FLcDNA）配列に基づいてエクソン－イントロン構造を予測し、また予測転写産物からタンパク質をコード化する領域を見つけます。ユーザーはDNA塩基配列を入力し、単子葉、双子葉の区別とタンパク質データベースを指定することで、予測結果を得られます。また、解析に用いられる10種の顕花植物のゲノムについて、遺伝子予測データをダウンロードすることが可能です。
Komugi GSP
Komugi Genome Sequence Program
コムギゲノムに関する統合データベースです。ゲノム配列、遺伝子発現情報、アノテーション情報やゲノム解読に関する論文、学会情報を収録しています。コムギ、オオムギの配列に対するBLAST検索や遺伝子の全文検索が可能です。また、6B染色体のデータやRNA-Seqのデータがダウンロードできます。
Komugi GSP is a genome analysis program for wheat in Japan. This database includes the data of genome sequences, transcriptomes, and gene annotations. Some data are downloadable, including the genome sequencing data of wheat chromosome 6B, in collaboration with the members of IWGSC (International Wheat Genome Sequencing Consortium), and RNA-Seq data.
PGF-DB
Plant Gene Family Database
PGF-DB is a database for analysis of gene families from Oryza sativa, Sorghum bicolor, Zea mays, and Arabidopsis thaliana. It contains more than ten thousands gene families constructed by the Markov clustering (MCL) method and the complete linkage method of BLASTP. The names of gene families are assigned based on the InterPro domains to associate the gene family names to their related gene functions.
PGF-DBは、RAP-DB (Rice Annotation Project Database)とつないで、イネ、ソルガム (モロコシ) 、トウモロコシ、シロイヌナズナの遺伝子ファミリーを解析するためのデータベースです。各遺伝子ファミリーについて、ファミリーを構成する遺伝子のTranscript ID、機能アノテーション、生物種の情報が収録されています。解析にはマルコフクラスタリング (Markov CLustering; MCL) とBLASTPの完全一致クラスタリング手法が用いられています。遺伝子ファミリーの名前はInterProのドメインに基づいて割り当てられており、ファミリー名やキーワードから検索が可能です。
AfRicA DB
African Rice Annotation DataBase
AfRicA DB is a database for genome annotation of O. glaberrima. It provides various kinds of information such as genome annotations, insertion/deletion, single nucleotide polymorphism (SNP), and simple sequence repeat (SSR). Users are able to compare their sequences with the genomic sequences of O. glaberrima by BLAST search.
AfRicA DBはアフリカ米 (Oryza glaberrima, IRGC104038) のゲノムについてまとめたデータベースです。ゲノムアノテーション情報、挿入/欠失、SNP、SSRなどの情報を収録しています。BLAST探索により、ユーザのシーケンスとO.glaberrimaのゲノムシーケンスとを比較することが可能です。
bex-db
Barley Gene Expression Database (オオムギ完全長cDNAデータベース)
Barley Gene Expression Database
オオムギ完全長cDNA遺伝子と遺伝子発現情報のデータベースです。塩基配列、マイクロアレイ解析による遺伝子発現データを収録し、IBSCによって解析されたゲノム情報を基にしたゲノムブラウザも提供しています。キーワード検索に加え、Blast検索、遺伝子発現情報やゲノムブラウザから遺伝子を検索できます。オオムギの遺伝子配列に相同性のある他の生物の遺伝子がリストアップできます。オオムギ完全長cDNA配列がダウンロードでき、クローンをNIAS DNA Bankへリクエストすることができます。
Bex-db is a database of a malting barley (Haruna Nijo, two-rowed) transcriptome data. It includes sequences of barley full-length DNAs and expression profiles resulting from microarray analysis. It also contains partial sequences of more than 309,000 novel expressed sequence tags (ESTs) for analysis. Users are able to browse the data via keyword, sequence homology and expression profile search options.
FiT-DB
Field transcriptome database
FiT- DBは、圃場におけるイネ（日本晴－農林８号）の葉の遺伝子発現データと、遺伝子発現変化の背景にある要因の統計モデリング解析結果のデータベースです。遺伝子ごとの発現量や気象条件 、概日時計、日齢から受ける影響の仕方を示すパラメータを収録しています。それぞれの遺伝子発現と気象条件などから受ける影響との関連を調べることが出来ます。このデータベースには、「What's FIT-DB」として日本語の説明も用意されています。
FiT-DB is a database for gene expression and statistical modeling of transcriptomic dynamics in field conditions. It contains 461 microarray data of Oryza sativa and the best-fit model and parameters for each gene in the statistical modeling. Users are able to find what and how factor(s) affect gene expressions in the field. They are also able to search genes affected by any given factors.
DDIDA
The DDIDA database provides mechanism-based information about drugs, micromolecules and body phenotypic response (disease/symptom) relationships. The data are derived from DailyMed drug labels, DrugBank, KEGG, GenBank, OMIM, MeSH, AERS, International Classification of Diseases (ICD). It integrates drug information, micromolecular information, phenotypic response (symptom/disease), drug-adverse event information, drug-target interaction data, and micromolecule-disease relationships. The data quality is checked by experts and will be continuously updated.
DDIDAは薬、低分子化合物とその身体的応答（疾患／症状）の関係性についてのメカニズムに基づいた情報を提供するために開発されたデータベースです。医薬品、低分子化合物、表現型応答、薬の副作用、薬とターゲットの関係性、低分子化合物と疾患の関係性情報を統合しています。データは、DailyMed、 DrugBank、 KEGG、 GenBank、 OMIM、 MeSH、 AERS、 国際疾患分類 （ICD） といった複数のリソースから取得しており、最終的には専門家によりチェックされ、継続的に更新されています。
日本脳卒中データバンク
日本脳卒中データバンクは、脳卒中の急性期治療等の標準化に必要なEBM (Evidence based medicine) を確立するためのインフラとして作成された、脳卒中急性期患者データベース（患者の診断や病歴、画像診断や治療情報などを医療従事者から入力されたデータベース）からの情報を蓄積して構築されたものです。利用は施設からの利用のみとなっています。
国立研究開発法人国立循環器病研究センター
クリニカルパス（乳がん手術リハビリテーション、血液・リンパ）
がん専門施設から集めたクリニカルパス （タイムスケジュールと医療内容を記述した表） のデータベースです。 医学的な根拠を基に現時点で最も妥当であると考えられる処置や治療を掲載した基本パスを検索できます。パスには医療者用と患者用があります。
国立研究開発法人 国立がん研究センター
東京女子医科大学
Tokyo Women's Medical University, Maternal and Perinatal Center
周産期母子医療センターネットワークデータベース解析報告
Neonatal Research Network Database in Japan
This site is a database for the morbidity and the mortality of VLBW infants in Japan. It provides data about infants who were born in the participating hospitals with birth weight at or less than 1500 g or who were admitted to these facilities within 28 days of birth.

2003年以降に全国の総合周産期母子医療センターおよび主要新生児医療施設に入院して治療を受けた出生体重1500g以下の新生児の情報を共有したデータベースです。
母体情報、妊娠合併症、分娩情報、新生児情報などが掲載されています。アクセスは参加施設のみで、集計結果や施設データはウェブ上から閲覧することができます。

下痢症ウイルスデータベース
GatVirus Database
下痢症ウイルスの遺伝情報や関連する文献情報を調べられるデータベースです。遺伝子配列に関する情報やウイルスなどの条件を指定して検索をすることができます。
This database provides gene information and literature information about GatVirus. Users can specify an option such as gene sequence and kind of virus.
National Institute of Health Sciences (NIHS)
PercellomeDB
Percellome Database is a toxic genomics database that provides experimental data on gene expression and toxicity in mouse, rat, and human cells following exposure to more than 100 chemical compounds. Users can find experimental results by specifying the experimental condition and genes. Users need to register.
100種類超の化学物質をマウス、ラット、ヒトの細胞に投与した場合における生体影響のトランスクリプトームをマイクロアレイを用いて網羅的かつ高精度に測定した大規模トキシコゲノミクスデータベースです。実験条件を指定の上、遺伝子を指定すると実験結果を検索することが出来ます。利用にはユーザー登録が必要です。
都道府県健康・栄養調査結果
国民健康・栄養調査の結果 （全国） および各都道府県から提供された健康・栄養調査結果の報告書等に記載されている公開データを参照し、主に「健康日本２１」に掲げられている主要指標についてのデータを選択し収載したデータベースです。指標別の都道府県健康・栄養調査結果はExcel形式にて、報告書については、PDFにてダウンロードが可能です。グラフ作成ツールでは、該当指標について全データから、都道府県・性・年齢区分別にデータの抽出し、性・年齢区分別グラフ、地域別・年度別グラフ、経年変化グラフを作成することができます。
青森県立保健大学 健康科学部
MEN-Net.org
多発性内分泌腫瘍症情報サイト
多発性内分泌腫瘍症 （Multiple Endocrine Neoplasia: MEN） の情報サイトです。MENに関する一般的な情報や医療従事者、患者さん向けの情報が充実しており、症例調査結果も閲覧することが出来ます。このサイトを運営しているMENコンソーシアムにおいては、国内MENデータベースを構築しています。これは、MEN診療の質の向上のため、診療に従事する医療者が経験した患者データを集積し、集積されたデータを誰もが研究目的で利用できる、共有財産としてのデータベースです。
多発性内分泌腫瘍症研究コンソーシアム
リハ患者DB
リハビリテーション患者データベース
リハビリテーション患者データベースは、患者さんのリハビリテーションに関わる項目 （リハビリ実施情報、看護必要度、入院・退院情報、発症情報、担当医療従事者など ）を蓄積したデータベースです。利用には医療従事者によるユーザー登録が必要です。
日本リハビリテーション・データベース協議会
日本人難聴遺伝子データベース

難聴に関する一般的な情報や診断・治療法に関わる情報、原因遺伝子についての情報が掲載されているデータベースです。

信州大学医学部によるオリジナルサイト （http ://www.shinshu-u.ac.jp/faculty/medicine/chair/ent/deafgene.html） の運用は終了しました。関連する研究成果はNBDCヒトデータベース （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01348） にも公開されています。

信州大学医学部
日本ハンドサーチ・エレクトロニックサーチ研究会
Japan Hand Search & Electronic Search Society
Evidence Reports of Traditional East Asian Medicine (ETEAM)
東アジア伝統医学エビデンスレポート
This database provides evidence reports by publications about Kampo Treatment, Japanese Acupuncture and Moxibustion, Anma-Massage-Shiatsu, and Korean Medicine Treatment.
東アジアの伝統医学 （漢方治療、日本鍼灸、あんまマッサージ指圧、韓医学） について、論文を参考にしてエビレンスレポートを作成、まとめたデータベースです。
GENEReviews 日本語版
GENEReviewsは、遺伝性疾患の症状や診断、遺伝学的検査、遺伝カウンセリングなどについて、専門家による解説が参照できる医療スタッフ向けの遺伝性疾患情報サイトです。臨床遺伝医学に関する総合情報サイトGeneTests（http://www.geneclinics.org/） のセクションのひとつとして公開されています。このGeneTests/GeneReviewsは、米国のNIHおよびU.S. Department of Energyのサポートを受け、主にUniversity of Washingtonのスタッフによって運営されています。
GeneReviews Japan 運営事務局
国際基準に基づく小奇形アトラス
国際基準に基づく小奇形アトラスは、奇形徴候の記載法に関する国際的なコンセンサスに基づき、頭蓋顔面の形態異常と四肢の形態異常 （頭部・眼囲・外耳・鼻・口囲・手足） の用語と定義や写真が掲載された解説集です。このサイトでは、日本小児遺伝学会の有志により日本語に翻訳された内容が公開されています。
日本小児遺伝学会
染色体異常をみつけたら
山口大学名誉教授 梶井正医学博士により作成された，染色体異常の報告を受けた医師のための解説サイトです。染色体数の異常，出生前診断等項目別に詳しい解説を参照することが出来ます。
日本人類遺伝学会 臨床細胞遺伝学認定士制度委員ワーキンググループ
フランス国立保健医学研究所
Orphanet
Orphanetは希少疾患患者の診断と治療の向上を図ることを目的とした、希少疾患や希少疾患用医薬品について様々な情報を参照可能にしたデータベースです。疾患や薬に関する一般的な情報をはじめとして、臨床試験情報、関連する論文や、有病率、発症歴、症状、地域情報などを検索可能です。
Orphanet is a portal site for rare diseases and orphan drugs. It provides inventory of rare diseases and classification, inventory of orphan drugs, clinical trials, etc.
アメリカ国立医学図書館
U.S. National Library of Medicine
ClinicalTrials.gov
ClinicalTrials.gov is a results database of publicly and privately supported clinical studies of human participants conducted around the world. It provides a registry to submit studies and is maintained by the National Library of Medicine (NLM) at the National Institutes of Health (NIH).
ClinicalTrials.govは，米国国立公衆衛生研究所 (NIH) と米国医薬食品局 (FDA) が共同で、米国国立医学図書館 (NLM) を通じて、現在行われている治験及び臨床研究に関する情報を提供しているデータベースです。これらの情報を集積するレジストリとしての役割も果たしています。
超絶高速ゲノム配列検索 GGGenome
Ultrafast sequence search GGGenome
塩基配列を高速に検索するサイトです。数塩基のミスマッチ、挿入、欠失を許容した配列の検索が可能です。検索結果はHTMLのほか、タブ区切りテキスト、JSONなど様々なフォーマットで取得できます。
GGGenome is an ultrafast search engine for nucleotide sequences. It allows searches for sequences containing mismatches, gaps or inserts. GGGenome shows the first 50 results for each strand of the query sequence. A maximum of 10000 results can be retrieved in various formats.
University of Tokyo
WormTSS
WormTSS is a comprehensive collection of transcription start sites (TSSs) for trans-spliced genes in C. elegans. It consists of a genome browser and a TSS list. The list contains information about outron and exon TSSs, such as TSS ID, gene name, common gene name, position, and Gaussian distribution. Users are able to search genes from the list or by keywords, or browse using the genome browser. This database allows download of embryo TSS list, adult TSS list, 5'SAGE Illumina single-end reads and 5'SAGE Illumina paired-end reads.

線虫のトランススプライシング遺伝子に関連する転写開始点(TSS）についての包括的なコレクションです。
ゲノムブラウザとTSSリストで構成されています。リストにはアウトロンTSSとエクソンTSSとについてTSS id、遺伝子名、一般的な遺伝子名、ポジション、ガウス分布などの情報が収録されています。リストにあるポジション情報からブラウザへリンクしたり、ブラウザでキーワード検索することも可能です。胚や成虫のTSSリスト、5'SAGE Illumina single-end readや5'SAGE Illumina paired-end readのデータがダウンロード可能です。

Medaka Methylome Browser
The Medaka Methylome Browser database gathers kowledge about methylomes of medaka genomes with Illumina sequencing at single-base resolution using genomic DNA from three libraries (liver, blastulae, and testes) of the two strains, Hd-rR and HNI.
メダカゲノムのメチル化に関するデータベースです。CpGサイトのメチル化レベルの情報を２つの系統 （HdrR、HNI）の３種類の組織 （胞胚、肝臓、精巣） について収録しています。ゲノムブラウザでの閲覧およびメチル化レベルデータ、Illuminaによる解析のraw data、ゲノムデータのダウンロードが可能です。
藤田保健衛生大学 総合医科学研究所 システム医科学研究部門
Division of Systems Medical Science, Institute for Comprehensive Medical Science, Fujita Health University
Mouse Phenotype Database
The Mouse Phenotype Database is for raw data of behavioral tests from mouse strains. Data were collected from published articles. It comprises three parts; Mouse Phenotype Database, C57BL6 Substrain Behavior Database, and Software for behavioral analysis.
マウス系統を使った行動実験の生データを収録したデータベースです。データは公表された論文から収集しています。マウス表現型データベース、C57BL6系統行動データベースと行動解析用ソフトウェアとで構成されています。実験手法、マウス情報、研究室情報、などで絞り込めます。
KEGG MODULE

KEGG MODULEは、シークエンスが明らかにされたゲノムのアノテーションおよび生物学的意味解釈に使用される機能ユニット (KEGGモジュール) のデータベースです。KEGGモジュールは手動で定義され、M番号によって識別されています。
KEGG MODULEには4種類のモジュールが含まれています;
1) パスウェイモジュール
KEGG代謝パスウェイマップにおいて強く機能付られたユニット
2) 構造的複合体
分子の物理的性質により形成されるユニット
3) その他のエッセンシャルな機能セット
4) 目印となる表現型マーカーのモジュール

KEGG MODULE is a database of manually defined functional units called KEGG modules identified by M numbers, used for annotation and biological interpretation of sequenced genomes. It contains four types of KEGG modules;
1) pathway modules - representing tight functional units in KEGG metabolic pathway maps
2) structural complexes - often forming molecular machineries
3) functional sets - for other types of essential sets, such as Aminoacyl-tRNA synthases, prokaryotes, etc.
4) signature modules - as markers of phenotypes, such as EHEC pathogenicity signature, Shiga toxin, etc.

KEGG Metagenomes
KEGG Metagenomeはメタゲノム配列が決定された環境サンプル情報のデータベースです。KEGG MGENEに収録されている遺伝子のサンプル情報にあたります。Projectからそのサンプルで決定されたメタゲノム中の遺伝子の情報をキーワード検索できます。
KEGG Metagenomes is a database about environmental samples with which metagenome sequences are determined.
Center for iPS Cell Research and Application, Kyoto University
京都大学 iPS細胞研究所
SHOGoiN
Human Omics database for the Generation of iPS and Normal Cells
SHOGoin is a database about differentiated and stem cells in humans. Each entry contains information about morphologic features, related articles, OBO cell type ontology, cell neighborhood, gene expression and cell images. This database succeeds CELLPEDIA database (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc01025).
ヒトの分化した細胞および幹細胞に関する情報を網羅的に収集したデータベースです。各エントリーには形態情報や細胞の画像、物理的位置や機能、遺伝子発現、細胞オントロジー、関連文献などの情報を収録しています。「CELLPEDIA」 （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01025 ）の後継サイトです。
AIIC
アジア・大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および一般標本データベース
Asian Insect Information Center
AIIC is a portal site of databases about types and normal specimens collected in Asia and the Pacific Area. It is composed of insect databases, mainly based on the Kyushu University Collection. Each record contains scientific names (family, genus and species), locality, collecting date, collector, etc, according to a format of the Darwin Core of the Global Biodiversity Information Facility (GBIF).

日本国内の大学、博物館、研究機関などが所蔵するアジア、大平洋地域産昆虫類のタイプ標本および種情報のデータベースをまとめたポータルサイトです。
日本だけでなく、海外調査によってもたらされたアジア・太平洋地域産の膨大な昆虫標本が国内に存在しており、日本を含む東アジア、太平洋地域産の昆虫情報資源の体系化とネットワーク化を目指しています。
九州大学昆虫学教室所蔵タイプ標本データベース、九州大学昆虫学教室所蔵ハナバチ類標本データベースなどが収録されています。

Institut de Biologie du Développement de Marseille
ANISEED
Ascidian Network of In Situ Expression and Embryological Data
ホヤ初期胚における遺伝子発現のデータベースです。既存データベースや文献から抽出された遺伝子のアノテーション、解剖学的オントロジー、遺伝子の発現や機能、文献などの情報が、胚の発生段階と共に収録されています。

ANISEED is a database about gene expression in Ascidian embryos. It contains detailed anatomical ontologies for Ascidian embryos, and quantitative geometrical descriptions of developing cells obtained from reconstructed three-dimensional (3D) embryos up to the gastrula stages. In this database, fully annotated gene model sets are linked to high-resolution spatial gene expression patterns in wild-type and experimentally manipulated conditions and to experimentally validated cis-regulatory regions imported from specialized databases or extracted from literature articles. This database allows searches using following categories:
1) Genome Annotations (genes, cDNA clones, cis-regulatory regions)
2) Anatomy (anatomical ontology, embryo scheme)
3) gene Expression & Function (expression data, phenotypes)
4) Literature.
It also allows exploration by BLAST or genome browser.

CancerProView
Cancer related Gene/Protein and Disease Pathway Database
CancerProView is an image database for cancer-associated protein (domains) and their interaction pathways. It contains information of transcripts and protein sequences about cancer genes/proteins. This database allows searches by keyword, gene name, protein name, or cancer type. A disease name list is also available.
癌関連タンパク質の相互作用を含めたパスウエイの画像データベースシステムです。癌を引き起こす遺伝子名、タンパク質名やそれぞれの配列情報、ドメイン情報、および関連するパスウェイデータが収録されています。キーワード、遺伝子やタンパク質、がんのタイプからの検索が可能です。また、病名の一覧も利用できます。
CARPIS 副作用症例検索システムWeb版
国内で報告された副作用及び中毒に関する症例報告を集めたデータベースです。利用、検索には利用者番号とパスワードの入力が必要です。
名城大学 薬学部 医薬情報センター
RIKEN Center for Sustainable Resource Science
国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
Cassava Online Archive
有用熱帯作物キャッサバのmRNA配列、EST、それらのアノテーション情報を提供するデータベースです。mRNAやESTの配列、そのアノテーション、既知遺伝子との類似性、タンパク質ドメインなどの情報をアノテートしています。データはキーワードやBLASTによる検索が可能です。キャッサバ転写物について、キャッサバ、トウゴマポプラ、ブドウ、シロイヌナズナのゲノム配列へのマッピングもできます。
The Cassava Online Archive is a database about cassava mRNA sequences and ESTs currently available from NCBI (Genbank/EMBL/DDBJ) and their annotations. This database contains annotations based on the similarity search results collated from several protein databases and the similarity map results from the cassava (Manihot esculenta, Euphorbiaceae), castor bean (Ricinus communis, Euphorbiaceae), poplar (Populus trichocarpa, Salicaceae), grape (Vitis vinifera, Vitaceae), and Arabidopsis thaliana (Brassicaceae) genome sequences. It also contains domain organization as predicted by InterProScan and gene Ontology (GO) terms for improving the annotations. This database allows to search with gene function, accession number, and sequence similarity (BLAST).
CEOPつくばリファレンスサイトプロジェクト
CEOP Tsukuba Reference Site Project
CEOPつくばリファレンスサイト
CEOP Tsukuba Reference Site
CTRS
つくば学園都市にある多数の研究所および大学によって観察された水文気象学のデータをアーカイブするためのポータルデータベースです。このデータベースは、地表気象・放射線測定データ、フラックスデータ、地温・土壌水分データ、気象観測塔データ、ライダーデータおよびゾンデデータを含んでいます。各データは次の研究所および大学によって得られています：気象研究所、筑波大学陸域環境研究センター、筑波大学つくば山観測ステーション、防災科学技術研究所、農業環境技術研究所、国立環境研究所、高層気象台、果樹研究所。
CTRS is a portal site for the archiving hydrometeorological data observed by the multiple institutes and university in Tsukuba Science City, Japan. It contains observed data such as surface meteorological measurements, radiation measurements, flux data, soil temperature, soil moisture data, meteorological tower data, lidar data and sonde data. Data are obtained from the following institutes and university: Meteorological Research Institute (MRI), Terrestrial Environment Research Center (TERC) and Mt. Tsukuba Station (MtTSUKUBA) of the University of Tsukuba (UT). National Research Institute for Earth Science and Disaster Prevention (NIED), National Institute for Agro-Environmental Sciences (NIAES), National Institute for Environmental Studies (NIES), and National Institute of Fruit Tree Science (NIFTS).
Cerebellar Platform
小脳プラットフォームは、小脳研究に関連する情報を収録したデジタル研究アーカイブです。実験結果の数値データ、画像、動画や、モデルプログラムおよびスクリプト、データ解析用プログラムやスクリプト、関連論文や書籍が閲覧できます。
Cerebellar Platform is an integrated database for cerebellar research. This database contains mini-reviews of contemporary cerebellar research, list of papers and mathematical models for cerebellar operation. It allows users to browse by an index tree or data types (model, paper, picture, etc.).
Database for Genes Contributing to Human Health (健康への貢献遺伝子データベース)
国際塩基配列データベース (DDBJ/EMBL/Genbank, INSDC) に登録されている環境メタゲノム解析由来の配列から、ヒトの健康に役立つ可能性のある遺伝子の候補を抽出して収録したデータベースです。花粉症治療薬・高血圧治療薬・骨粗鬆症予防薬・抗癌剤・アトピー性皮膚炎治療薬 等の生合成に役立つ可能性のある遺伝子やタンパク質の候補を収録しています。目的とするテーマに沿ってユーザーがデータを検索し、新規に登録することも可能です。
Database of Synaptic Connectivity of C. elegans for Computation
線虫の神経シナプス結合に関するデータベースです。咽頭および咽頭以外の体性神経系におけるニューロン中のシナプス接続についての図と表により構成されています。いくつかのニューロンクラスを選択すると、神経結合データとダイヤグラムを得ることができます。このデータベースを構成するアーカイブデータファイルはダウンロード可能です。
This site is a database about synaptic connectivity of C. elegans. It contains figures and tables about the synaptic connectivity among neurons in the pharynx and the somatic nervous system except the pharynx. Users are able to choose some neuron classes and obtain their wiring data and diagram. The archive files in this database are downloadable.
DBSCR
Database of transcriptional regulation in Streptomyces coelicolor and its closest relatives
抗生物質生産菌である放線菌Streptomyces coelicolor A3(2)とその近縁種の転写制御に関するデータベースです。転写因子、被制御遺伝子、転写開始点のシーケンスや機能、遺伝子位置などのアノテーション情報を、公開された文献から手動で抽出し、掲載しています。「Transcription factors」、「Regulated genes」、「Revised translation start sites (TLSs) 」のリストからデータをブラウズできます。また、キーワード、シーケンス、weight matrixを使用した探索も可能です。
DBSCR is a database for transcriptional regulation events in Streptomyces coelicolor A3(2) and its closest relatives, such as S. griseus, S. peucetius, S. albogriseolus, S. vinezuelae, and S. cacaoi. It contains published information about a compilation of transcription factors with their regulated genes as well as their recognition sequences, which was experimentally characterized and reported in the literature. This database has lists of "Transcription factor", "Regulated genes" and "Revised translation start sites (TLSs)" and allows users to browse data using the lists. It also allows searches using keywords, sequence or weight matrix.
Tokyo Institute of Technology School of Life Science and Technology
東京工業大学 生命理工学院
DTA DATABASE
Dihedral Transition Analysis database
タンパク質の動きを主鎖二面角の大きな変化に基づいて特徴づけしたデータベースです。動きを示す高分解能タンパク質構造ペアを幅広くかつ重複無いように集めています。データは様々な側面からの並べ替えや検索が可能です。またタンパク質構造ペアのリストも利用できます。
DTA DATABASE collects results of DTA (Dihedral Transition Analysis) from comprehensive and non-redundant dataset of high-resolution protein structures. DTA is the method for characterizing protein motion from one given 3D protein structure to another, based on large changes of main chain dihedral angles. It allows to sort and search functions from different aspects. It also provides a list of protein pairs.
ダイナミックブレインプラットフォーム(DBPF)委員会
The Dynamic Brain Platform committee
Dynamic Brain Platform
Dynamic Brain Platform is an integrated site which provides scientists, academics and other practitioners with current information about neural dynamics in the brain. This site provides various services such as data sets, models, popular research findings and articles and current developments in the field.
脳の情報表現やその処理に関わるダイナミクスの研究に関係する研究データおよび研究者のメッセージを広く体系的に共有するためのプラットフォームです。脳の細胞、局所回路、脳全域、行動などの様々なレベルでの実験的計算論的アプローチや学術会議の情報などを収録しています。
University of Fukui, Faculty of Medical Sciences
福井大学医学部
ED-Genes
Database for Endocrine disrupter-sensitive Genes in reproductive system
内分泌かく乱物質が女性生殖器系に及ぼす影響を遺伝子発現の変化としてとらえ、解析したデータベースです。ラットとヒトの生殖器細胞株について、ダイオキシン (TCDD) およびジエチルスティルベステロール（DES）により影響を受けた遺伝子をrepresentational difference analysis (RDA) 法とDNAマイクロアレイを用いた網羅的解析により同定しています。各組織における内分泌かく乱物質による遺伝子発現がコントロールとの比較により示されています。完全長cDNA クローンのAccession No.やUniＧene IDなどの情報を合わせて掲載しています。
ED-genes is a database for endocrine disrupter-sensitive genes in reproductive system. It contains information about sensitive genes to endocrine disrupters expressed in mammalian reproductive system which are identified by subtraction cloning (Representational Difference Analysis) and DNA microarray technologies.
Meiji pharmaceutical university
明治薬科大学
fabry-database.org
This is a database of structural changes on alpha-galactosidase A (GLA) responsible for Fabry disease. It contains clinical phenotypes, genotypes, and structures of mutant GLAs. This database is freely accessible.
ファブリー病の病因であるalpha-galactosidase A (GLA) の構造変異のデータベースです。変異の種類、臨床表現型や文献、α-ガラクトシダーゼの立体構造変化の情報を収録しています。変異位置、遺伝子タイプなどをキーワードにした検索や、ミスセンス変異か否かでの絞り込みが可能です。
Flybrain Database consortium
Flybrain Database Consortium
FLY BRAIN
FLYBRAIN
An Online Atlas and Database of the Drosophila Nervous System
ショウジョウバエ脳神経系の解剖学的画像データベースです。各種分子マーカーによる染色像と解説を提供しています。このアトラスの初心者から専門家まで、階層的に使い方に見合った情報が得られるようになっています。米独日の国際共同プロジェクトで作成されています。
Flybrain is an anatomical database of the central and peripheral nervous system of Drosophila melanogaster. It contains basic structure of the nervous system and more specific information concerning different anatomical structures, developmental stages, and visualization techniques. Image data and related information are searched by keyword or accession number.
Flybrain NDB
FLYBRAIN Neuron Database

FLYBRAIN Neuron Database is a integrated database about a central brain of Drosophila melanogaster. It's constructed with three databases and a tool;
1) Neuron Data provides projection patterns of the identified neurons in diverse areas of the brain which were recorded in a unified format, with text-based descriptions as well as images and movies.
2) Strain/Antibody Data contains information about the labeling patterns of various antibodies and expression driver strains to visualize identified neurons.
3) Brain Region Data provides the nomenclature system of the neuropils.
4) Brain Explorer is a visualization tool with which users can interactively examine three-dimensional reconstruction of the confocal serial section images with desired viewing angles and cross sections. Furthermore, comprehensive collection and versatile search function of the anatomical information reported in diverse publications make it possible to analyze possible connectivity between different brain regions.

ショウジョウバエの脳について、文献に発表されたすべての神経細胞に関する情報を統一したフォーマットで提供するデータベースです。既知神経の情報を各神経や経路の名称から検索・閲覧できる「ニューロンデータベース」、さまざまな抗体や発現誘導系の発現パターンを提供する「系統／抗体データベース」、脳の神経網システムを体系的に表示する「脳領域データ」、このデータベースに保存されたデータをウエブ上で自由に動かしながら見ることができる「ブレインエクスプローラー」で構成されています。
DB-AT
Database of Apicomplexa Transcriptomes
The DB-AT is a database composed of full-length cDNA datasets and RNA-seq datasets of several Parasites; malaria, Anopheles, Toxoplasma, Tsetse, Cryptosporidium, Babesia, Neospora, Eimeria, Theileria and Echinococcus. The database allows users to search by BLAST, dynamic RNA-Seq, phylogenetic tree, gene symbol, or chromosomal position.
数種の重要な寄生虫のfull-ength cDNA情報とRNA-seqのデータセットを提供するデータベースです。前バージョン（Full-Length cDNA Database）からの大規模なバージョンアップで、新しい寄生虫に対するトランスクリプトーム解析情報を大幅に加えています。さらに新たなデータセットとして、Plasmodium falciparumに感染したインドネシア人患者由来の寄生虫のトランスクリプトームデータと、in vitroで培養されたP. falciparumの38個の単一細胞から集めたトランスクリプトームデータを提供しています。
牛海綿状脳症 (BSE)
牛海綿状脳症 (BSE) に関する国内、海外の情報をリンクしたポータルサイトです。
農業防災気象ネット
農業施設のための気象情報提供サイトです。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 農村工学研究所
北海道の土性 （土壌） 調査報告
北海道農業研究センターが実施した北海道の農牧地及び農牧適地の土壌の現地調査を、調査地区ごとに第1編 (昭和26年) から第32編 (昭和63年) として取りまとめた報告書です。各報告書はPDFでダウンロードして見ることができます。
Google Mapによる気象予測データを利用した農作物警戒情報
東北地域の個別農家圃場における水稲の生育、障害などの予測情報を生育段階に応じて提供するシステムです。予測には気象データ、生育モデルを用いています。ご利用にはユーザー登録が必要です。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 東北農業研究センター
水稲冷害早期警戒システム
日平均気温の平年偏差や、分布図による葉いもち病への感染のしやすさを日付ごとに確認できます。技術情報へのリンクから、平均気温データ、生育予測モデル等のダウンロードが可能です。
Bioinformatics Center, Kyoto University
CaMPDB
Calpain for Modulatory Proteolysis Database
CaMPDB is a database of calpain, a calcium-dependent protease as well as one of the most typical enzymes of modulatory proteolysis. This database consists of three parts: calpain, its substrates and calpastatin (endogenous inhibitor protein specific to calpain). It contains information about one or more proteolytic sites of each substrate collected from literature. Moreover, systematic experiments on proteolysis of peptide fragments including these sites were conducted, and resulting real values are stored in the substates part.
カルシウム依存型プロテアーゼであるカルパインに関連するデータベースです。カルパイン、関連する基質、阻害タンパク質であるカルパスタチンの情報を集めています。カルパインの各基質に対するタンパク質分解部位の情報を文献から収録し、ペプチドを用いた独自の分解実験により各部位における分解されやすさをスコアで示しています。
JCIA BIGDr （ビッグドクター）
一般社団法人日本化学工業協会が提供する化学物質リスク評価支援ポータルサイトです。国内の主な有害性情報DBや法規制情報DBについての横断検索、国内外の主要な有害性評価書等へのリンク、ばく露情報やリスクの調査、安全性要約書の作成などが可能です。有害性情報、法規制情報は物質名やCAS番号により検索できます。一部の情報は会員限定で公開されています。
一般社団法人日本化学工業協会
HUPO
HKUPP
Human Kidney and Urine Proteome Project
This database is a portal site about an international project, Human Kidney and Urine Proteome Project. It contains databases for kidney and urine which were obtained by proteomics analysis. The databases deal with 2DGE-LC-Based Proteomics in Glomerulus, Rat IMCD Phosphoprotein, etc..
プロテオミクスを用いて腎臓や尿についての研究をする国際的なプロジェクトHuman Kidney and Urine Proteome Project のサイトです。腎臓や尿中のタンパク質に関するデータベースおよび関連データベースへのリンクを含んでいます。糸球体中タンパク質の二次元電気泳動ゲルに基づくデータベース、ラットのリン酸化タンパクのデータベースなどが利用できます。
IDEAL Development Team
IDEAL
Intrinsically Disordered proteins with Extensive Annotations and Literature
Intrinsically Disordered proteins with Exten sive Annotations and Literatures

天然変性タンパク質のデータベースです。マニュアルでアノテーションしており、他の物質との相互作用部位、翻訳後修飾部位、変性位置、生物種、アミノ酸数、複合体構造などを収録しています。このデータベースでは特に、変性状態から非変性状態へ変わることのできる変幻自在な部分を記述しており、天然変性タンパク質の活性部位のリソースとなるデータを提供します。
リストからのブラウズ、BLAST検索、キーワード検索が可能です。また、データはＸＭＬファイルでダウンロードできます。

This is a collection of knowledge on experimentally verified intrinsically disordered proteins. It contains manual annotations by curators on intrinsically disordered regions, interaction regions to other molecules, post-translational modification sites, references, and structural domain assignment. This database allows to browse by a list or search using keywords or BLAST. Data are downloadable with a XML file.
大阪大学
Osaka University
Ig-Base
Immunoglobulin structure database
Protein Data Bank (PDB) に収録されたタンパク質について、手動のアノテーションにより収集した抗体のデータベースです。 エントリーはそれぞれPBD ID、抗体名、パーツの長さおよびシーケンスを含んでいます。PDB ID、抗体名、CDRの長さ、シーケンスやカノニカル構造により探索することが可能です。
Ig-Base is a collection of antibody data compiled from Protein Data Bank with associated annotations by manual inspection. Each entry contains PBD ID, antibody name, length and sequence of parts, etc. It allows searches using PDB ID, antibody names, length of CDRs, sequence or canonical structures.
IRView
IRView is a database and viewer of interacting regions (IRs) in protein sequences. It contains 3,417 IRs of human and mouse proteins obtained from several sources, together with other functional region data, such as InterPro regions, non-synonymous (missense) single nucleotide polymorphisms (SNPs) and variant regions. Since all region data in the IRView are stored and displayed as standardized positions on reference sequences, this database allows to intuitively comprehend positional relations of each region to others via the web interface.
タンパク質の配列における相互作用領域 (IR) のデータベースです。ヒトとマウスから得られたタンパク質について、InterPro領域、非同義SNP、多型など他の機能領域のデータと合わせて収録しています。データは参照配列上に表示されるので、各領域の位置関係を直感的に理解しやすくなっています。
JCCVSD
Japan Congenital Cardiovascular Surgery Database (日本先天性心臓血管外科手術データベース)
先天性心臓血管外科手術を受ける患者の術前後の医学的身体状況と手術内容・結果を登録するデータベースです。情報を登録、閲覧するには施設による参加登録が必要です。 2013年以降の情報の登録、閲覧はNCD (オリジナルサイト：http://www.ncd.or.jp/, Integbioデータベースカタログ：http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01361) に移行しました。
Striga hermonthica EST Database
寄生植物ストライガ (Striga hermonthica) のEST情報を収録したデータベースです。独自に収集した完全長cDNAクローンからシーケンスを読み取り、フリーのEST解析ツールEST2uniを使用してアノテーションしています。遺伝子名、BLAST、pSSR、pSNP名、GOアノテーションによる検索が可能です。またpSSR、pSNPのリストやGOサマリーも利用できます。

This database is a catalog of Striga hermonthica ESTs. It contains EST information which annotated using a free EST analysis tool, EST2uni.
This database provides the following features;
1) Summary of S. hermonthica EST analysis,2) Keyword search of S. hermonthica ESTs,3) Blast search of S. hermonthica unigene database,4) putative SSRs and SNPs search,5) Analysis results of gene Ontology (GO).

Radiation Oncology Database （仮称：旧ROGAD）
日本放射線腫瘍学会が運用する放射線治療に関する病暦記録調査のデータベースです。日本全国の放射線治療を行う登録施設から、通院情報、検査情報、診察情報、投薬情報などが登録できます。台帳的な基本DBと、乳癌、子宮頚癌、食道癌、肺癌、前立腺癌の5疾患について詳細情報が登録できる各論DBとがあります。基本データベースをダウンロードし記入すると、定期構造調査用の年間疾患別症例数がワンクリックで計算され、提出できるようになります。このフォーマットの個人情報部分は、国のがん診療連携拠点病院で進められている院内がん登録標準フォーマットの該当部分と一致しているため、各施設での院内・地域がん登録の情報とのリンクに役立ちます。
公益社団法人 日本放射線腫瘍学会
順天堂大学
Juntendo University
SCCmec

SCCmec is a database of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) elements that encode methicillin-resistance, which are the most representative staphylococcal cassette chromosome elements (SCCs). This database contains information of stranis and sequences, and it provides three functions to understand SCCmec elements.
1) "Overview" illustrate structures of SCCmec elements.
2) "Search" provides convenient tools to compare new data to extant SCCmec elements by searching SCCmec database, and to ccr genes and Ccr proteins by searching ccr database. The comparison of two SCCmec sequences can be visualized by creating a dot plot. Phylogenetic relations of ccr genes or Ccr proteins can be visualized by creating a phylogenetic tree.
3) "Identification" lists typing schemes and PCR methods to assign SCCmec elements.

ブドウ球菌に広く存在するStaphylococcal cassette chromosome (SCC)と呼ばれるゲノムアイランドの中で、メチシリン耐性に関与する遺伝子mecAを持つSCCmecについての情報を提供するサイトです。この中にあるMESAデータベースは、日本および世界で分離された黄色ブドウ球菌 (主にMRSA) に関する情報を収載しています。SCCmecタイプなどといった株に関する情報と塩基配列情報が含まれています。配列データから検索したり、一覧から配列情報をダウンロードすることができます。
Hamamatsu University School of Medicine
浜松医科大学
SYMPHONIE
SYMPtomics Hamamatsu Ontology for new Investigative Etiology
SYMPHONIE is a database for disease caused by a genetic factor. It contains patient condition, diagnosis, and inspection data with the disease name, the causative gene, and the related gene. This database allows searches by symptoms, disease names or gene names.
遺伝的要因がある疾患の症状オントロジーデータベースです。患者が示す症状や、診断所見、検査データ等を体系的に収集、分類し、それらのデータを疾患名、原因遺伝子、関連遺伝子と結びつけて収録しています。症状、疾患名および遺伝子名による検索が可能です。眼科、皮膚科、耳鼻科疾患を収載しています。
東北大学 大学院医学系研究科・医学部
Tohoku University School of Medicine
The RAS/MAPK syndromes Homepage
The RAS/MAPK Syndromes Homepage
The RAS/MAPK Syndromes Homepage includes a database about RAS/MAPK pathways implicated in growth-factor mediated cell proliferation, differentiation and cell death. It contains information about mutations related to RAS/MAPK syndromes, such as Costello syndrome, CFC (cardio-facio-cutaneous) syndrome and Noonan syndrome.
RAS/MAPKパスウェイが阻害されることによって引き起こされる疾患のデータベースです。Costello症候群、CFC (cardio-facio-cutaneous) 症候群、Noonan症候群などの疾患を含むRAS/MAPK syndromesの概念を提唱し、関連する遺伝子変異の情報をまとめています。
Voucher Specimen Database Executive Committee
証拠標本データベース作成委員会
VSPECIMENS
A database for voucher specimens

VSPECIMENS is a database about specimens referred in various researches (voucher specimens) . It provides digitized specimen information, such as label texts, images and bibliographic information from following datasets;
1) Fern voucher specimen collection of the National Museum of Nature and Science
2) Beetle voucher specimen collection of the National Institute for Agro-Environmental Sciences
3) Hypenoptera voucher specimen collection of Kyushu University
4) Coleoptera voucher specimen collection of Hokkaido University.
This database allows to search using a family name list or keywords.
The products are open to the public via VSpecimens website, GBIF Data Portal, GBIF Japan National Node.

生物学研究において使用された材料の標本（証拠標本）を電子化し、標本のラベル情報、画像、標本が記載または引用されている文献情報を収録したデータベースです。国立科学博物館シダ類コレクション、農業環境技術研究所 甲虫証証拠標本コレクション、九州大学大学院農学研究院昆虫学教室 ハチ類証拠標本、北海道大学総合博物館 甲虫類証拠標本をデータセットとしてもち、種名リストやキーワードにより検索できます。これらの成果はVSpecimensデータベース、GBIFデータポータル、GBIF日本ナショナルノードより公開されています。
The Ohio State University
オハイオ州立大学
RTCGD
Retrovirous and Transposon tagged Cancer Gene Database
レトロウイルスとトランスポゾンによる挿入変異を目印としたマウス腫瘍遺伝子のデータベースです。各遺伝子について、NCBIやMGI (Mouse Genome Database) へのリンクや、レトロウイルス、トランスポゾンのクローン情報が収録されています。腫瘍モデル、腫瘍タイプからの検索や、遺伝子名による検索が可能です。
RTCGD is a database of retrovirus and transposon tagged cancer gene in mouse. It contains information about clones, such as ID, tumor ID, strain, publication, etc. It allows users to search by gene symbol, gene name, tumor models and/or tumor types, or gene-to-gene interaction.
UniBio Press
UniBio Press Packages
UniBio Press パッケージ
This database is a portal site for seven life science journals published from Japan. It includes descriptions and site links for "Current Herpetology", "Journal of Mammalian Ova Research", "Mammal Study", "Ornithological Science", "Paleonotological Research", "Species Diversity" and "Zoological Science".
日本国内で発刊される生物系ジャーナルのポータルサイトです。「Current Herpetology」「Journal of Mammalian Ova Research」「Mammal Study」「Ornithological Science」「Paleonotological Research」「Species Diversity」「Zoological Science」７刊のジャーナルサイトにアクセスできます。
国立研究開発法人情報通信研究機構
NICT
THz database
This is a database of THz spectroscopic measurements of several organic or inorganic materials. The database contains spectra and information of conditions for dozens of compounds. It allows browsing by compound name.

アミノ酸、高分子ポリマー、農薬、医薬品などの各種有機材料と、半導体、誘電体、カーボンナノチューブ、シリコンなどの無機材料等、様々な物質に対するテラヘルツ帯の透過スペクトルを掲載したデータベースです。スペクトルの表示軸は、周波数、波数、波長および透過度、吸光度の中から選択できます。また、スペクトルを見る上で必要な、測定時の温度、試料の厚さ、試料の濃度といった測定条件も提供しています。
ユーザーが測定した同様のスペクトルデータの登録も受け付けています。

Tottori University Faculty of Agriculture Fungus/Mushroom Resource and Research Center
鳥取大学 農学部附属 菌類きのこ遺伝資源研究センター
TUFC Culture Online Catalogue
TUFC菌株カタログ
菌類きのこ遺伝資源研究センター （FMRC） が保有するきのこ類を中心とした真菌類培養株 （TUFC株） のオンラインカタログです。分類群、菌名、和名、菌株履歴、シーケンスデータなどが収録されています。菌名、和名、キーワードによる検索や、シーケンス検索、属名で絞り込む株リスト検索が可能です。菌株は有償での分譲が可能です。
This database is an on-line catalog of fungi cultures (TUFC strains) stored by Fungus/Mushroom Resource and Research Center (FMRC) in Tottori University. Each record contains taxonomy, species name, Japanese name, strain history, sequence data, etc. It allows searches using species name, Japanese name, keywords, or sequence. It is also able to search by a genus name list. The strains are distributable.
University hospital Medical Information Network (UMIN) Center
UMIN-CTR
UMIN臨床試験登録システム
UMIN Clinical Trials Registry
臨床試験情報のデータベースです。臨床試験名、対象疾患名、試験の評価、試験実施機関などが登録、閲覧できます。閲覧にアクセス制限はありませんが、登録にはIDとパスワードが必要です。このサイトは医学雑誌編集者国際委員会 (ICMJE:International Committee of Medical Jounal Editors) の基準を満たす登録サイトとして正式に認められています。
UMIN-CTR is a registration database for clinical trials. Each entry contains title of the study, condition, objectives, assessment, study design, intervention, public contact, etc. It requires a UMIN ID and password in order to register clinical trials, but not to browse and search data.
脳ドック標準データベース
脳ドックによって得られる検査結果を、統一された書式で保存するための、標準フォーマットデータベースです。日本で初めての日本脳ドック学会公認の脳ドックガイドライン2008に準拠しています。患者の基本情報の他、検査データ、MRI所見、認知機能、画像登録、経過観察などが書き込めます。ソフトウエアは会員サイトから無償でダウンロード・利用できるほか、参加申し込みをして共同研究を行うこともできます。
日本脳ドック学会
貝類データベース
SHELLS DATABASE
貝類のデータベースです。貝類の画像（主に貝殻）と和名、学名、採集地、分布範囲、参考文献などが収録されています。データは画像を使って形から、もしくは学名や和名から検索できます。
SHELLS DATABASE is a database of shellfish. Each entry contains photographs of shellfish (mainly shells), Japanese name, species name, locality, distribution, references, etc.. This database allows to search by shape of shells, species name or Japanese name.
RAISE Data Base
RAISE Database
モンゴル国および周辺地域の自然環境データベース
Rangelands Atmosphere-Hydrosphere-Biosphere Interaction Study Experiment in Northeastern Asia Database
RAISEデータベースは特にモンゴルに焦点を置いた、北東アジアの自然環境に関するデータベースです。水文気象学、航空機観察、地下水、土壌環境等の様々なデータセットを含んでいます。データはダウンロード可能です。
RAISE Database is a database about the natural environments in northeastern Asia, with particular focus on Mongolia. It contains various data sets related to Hydrometeorology, aircraft observation, ground water, vegetation, etc.. It also includes maps, atlas and the other relevant data sets obtained by the RAISE project. The data are downloadable.
京都大学総合博物館自然史標本データベース
全学から集まった自然史標本資料を対象としたデータベースです。利用者登録が必要で、登録利用者はデータベース全システムへのアクセスが可能です。登録者には、審査の上ユーザIDが交付されます。不特定多数に公開する一部の情報については、京都大学総合博物館ホームページおよび展示室でリスト形式で公開しています。
京都大学 総合博物館
Tokyo National Museum
独立行政法人国立文化財機構 東京国立博物館
Visual Archive of Natural History Bibliotheca
博物図譜データベース
Visual Archive of Natural History Bibliotheca is a database of drawings and writings on natural history in Japan which has been retained at Tokyo National Museum. The drawings and writings are mainly created or collected in Edo and Meiji periods.
東京国立博物館が所蔵する本格的な博物図譜を電子化したデータベースです。江戸時代に編纂された岩崎灌園著「本草図譜」、「本草図説」、堀田正敦編「禽譜」、武蔵石壽編「目八譜」、馬場大助著「舶上画譜」をはじめ、東京国立博物館の前身である明治時代の博物局が編纂した「博物館図譜」と称する「博物館禽譜」、「博物館獣譜」、「博物館蟲譜」、「博物館介譜」や、植物を対象とした「植物集説」、「農作物・果樹類図」などのすべてのページが画像として納められています。これらの資料は、関根雲停・服部雪斎・中島仰山といった、個性あふれる画家たちによって描かれた緻密な動植物図を多数含んでおり、画像データに加えて、図の名称や、産地・方言・日付・画家などの注記も項目ごとにデータ化しています。
NIMG-PF committee
ニューロイメージング・プラットフォーム委員会
RIKEN Brain Science Institute
国立研究開発法人理化学研究所 脳科学総合研究センター 神経情報基盤センター
NIMG-PF
NeuroImaging-platform
脳イメージングに関する様々なデータの共有を可能にするために構築されたデータベースシステムです。XooNIpsモードから、文献情報、成果発表資料、データ、ツール情報等を容易に閲覧、活用することが可能です。ユーザ登録が必要です。登録していないユーザは公開領域に登録されているアイテムのみの閲覧や、ゲストユーザの利用が許可されているアイテムのダウンロード操作ができます。
NIMG-PF is a database about brain imaging. This database provides useful experimental data, analytical methods of brain imaging, and/or mathematical modeling as well as tutorial information. It allows users to browse by an index tree or data types (model, paper, picture, etc.).
効能・効果 用語データベース
医療用医薬品添付文書情報に記載されている効能、効果欄の用語のデータベースです。薬剤情報に使用される用語の標準化を目的としています。平成16年度から22年度のデータがそれぞれFile Maker Ver.9 Windows版で作成したランタイム版としてダウンロードできます。
大学病院医療情報ネットワーク薬剤小委員会 薬剤データベース作業部会
IDMPD-BJ
骨・関節の遺伝病の疾患遺伝子の遺伝子変異と遺伝子多型の統合データベース
骨、関節の単一遺伝病の遺伝子診断を行なうために不可欠な、疾患遺伝子の遺伝子変異と遺伝子多型のデータ、表現型との対応データを収集したデータベースです。骨系統疾患コンソーシウムが大規模に行なってきた解析研究により収集されたデータで、300人余の疾患データ （病歴、約500枚のレントゲンフィルム他） と遺伝子変異データ、50余の疾患遺伝子のデータ、遺伝子変異データ、遺伝子多型データ （遺伝子多型の位置と日本人集団での頻度） を含んでいます。 症例と臨床像のデータを見るには登録が必要です。プライマーや遺伝子多型のリストは登録なしで見ることができます。登録によりID、パスワードが発行された後に臨床所見、画像情報を送付すると、コンソーシウムメンバーによる診断も行われます。
骨系統疾患コンソーシウム
社団法人 日本医学放射線学会 画像データベース （MIRC）
日本医学放射線学会が運営する放射線画像症例データベースです。症例画像、画像の所見、診断、参考文献などが登録できます。画像の登録、閲覧には会員登録が必要です。
公益社団法人日本医学放射線学会
Committee of D-PAF office
DPAF事務局
水産食品の寄生虫検索データベース （D-PAF）
D-PAF
Database of Parasites in Fish and Shellfish

魚介類に寄生する寄生虫や異物、およびそれに関連する水産食品の異常について、蓄積された最新データを公開し、一般消費者から水産研究者までが利用可能な正確な専門的知識を提供するデータベースです。
水生生物名、症状、寄生虫の種類から検索を行い、結果は写真とともに詳細情報が表示されます。

Database of Parasites in Fish and Shellfish (D-PAF) is a database of parasitic organisms in fishes, shellfishes and others which are usually made into seafood. Each entry contains concise pieces of clinical sign, parasitology, pathology, health hazard (risk assessment to public health), diagnosis and some clear photographs showing typical disease signs and parasite itself.
National Institute for Physiological Sciences
生理学実験技術データベース
Experimental Techniques for Physiological Sciences
生理学研究所の様々な研究活動を支援してきた技術情報を公開しているデータベースです。実験動物情報、生物試料、標本画像、プロトコール、実習関連ビデオ、実習テキスト、装置、ソフトウェア、分析法などの技術関連情報が掲載されています。
Experimental Techniques for Physiological Sciences is a database about summary of experimental protocols and techniques through a variety of physiological research activities. It contains variable information on experimental animal models, microscopic images, experimental protocols, tools, software and other experimental techniques. This database allows to browse using categories such as animal name, sample images, protocols, lecture videos, practice textbook etc..
全国大学演習林LTFHRデータベース
全国大学演習林において観測された、気象、水や物質循環に関する長期モニタリングデータを収めたデータベースです。気象、水文、水質の各データベースで構成されています。気象データベースには、気温 (℃) 、 湿度 (%) 、降水量 (mm) 、日射量、風向風速などが、水文データベースには長期平均年降水量 (mm、観測期間) 、 年平均気温 (℃、観測期間) 、 流域の地質 （岩石の種類と地質年代）、量水堰ノッチの寸法、形状 （三角堰角度）、水位計の種類や水位の計測インターバルなどが、水質データベースには年降水量 (mm) 、立地環境データ、採水器の集水面積、pHメーター機器名などが収録されています。
全国大学演習林協議会LTFHRデータベース運営委員会
一般社団法人日本核医学会
The Japanese Society of Nuclear Medicine
Annals of Nuclear Medicine
日本核医学会学会誌
日本核医学会の刊行物に関するポータルサイトです。和文機関誌「核医学」、英文誌「Annals of Nuclear Medicine」、関連刊行物のオンラインサイトへのリンクや投稿規定が掲載されています。 「核医学」はJ-stageによる閲覧が、「Annals of Nuclear Medicine」と関連刊行物である「European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging」「Nuclear Medicine and Molecular Imaging」「Japanese Journal of Radiology」は会員専用ページにログインすることでの閲覧が可能です。また、「Asia Oceania Journal of Nuclear Medicine & Biology」と「Chinese Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging」は最新刊へのリンクが記載されています。
Annals of Nuclear Medicine is a portal site for two journals published by the Japanese Society of Nuclear Medicine. It includes archives of the 'Japanese journal of Nuclear Medicine' (in Japanese) and the "Annals of Nuclear Medicine" (in English). The "Annals of Nuclear Medicine" allows browsing of all abstracts and full text.
病理剖検輯報とデータベース
日本の大学病院や認定病院、一般病院における病理解剖の記録を集めた「日本病理剖検輯報」の内容を収録したデータベースです。各レコードには患者の年齢、性別などの基本情報と、悪性腫瘍に関する原発部位、組織型、進展度などの項目、非悪性腫瘍に関する部位、種類、感染症などの項目、診断、手術に関する臨床項目が記載されています。また年度別症例集計表も収められています。日本病理学会会員であれば学術的な利用に限り利用することができます。但し利用には申請が必要で、利用申請資格者は学術評議員に限られます。
一般社団法人日本病理学会
琵琶湖博物館 WEB図鑑
琵琶湖博物館が収集整理した資料を、一般の方の学習活動に役立つような形に整理しなおした資料集です。「珪藻」「里山のゴミムシ 」「琵琶湖地域の火山灰 」「気象観測データ（琵琶湖博物館敷地内）」の各データベースで構成されています。 「珪藻」：日本の淡水に出現する珪藻の顕微鏡写真と解説を収録しています。解説には学名、異名、和名、類似種との区別点、分布情報、生態情報が含まれています。種名、キーワードによる検索が可能です。「里山のゴミムシ 」：日本産ゴミムシ類のうち、里山環境に生息する296種について、画像と採集情報、和名、学名、分布情報および生態情報を収録しています。亜科名一覧からのブラウズや亜科名、キーワードによる検索が可能です。「琵琶湖地域の火山灰 」：琵琶湖湖底にたまった火山灰のボーリング調査から観察された75の火山灰層について、地層でのみかけ、厚さ、構成鉱物などの特徴と、推定されている年代を収録しています。「気象観測データ（琵琶湖博物館敷地内）」：琵琶湖博物館の屋外展示用敷地内の気象観測所で観測している気象データです。
滋賀県立琵琶湖博物館
琵琶湖博物館 地学・生物資料データベース
琵琶湖博物館が収蔵する地学・生物標本のデータベースです。昆虫（液浸、乾燥）、貝類、魚類、両生爬虫類、鳥類、哺乳類、化石、岩石・鉱物、堆積物の資料について、学名、採集地、採集者、採取年月日、資料形態などの情報が収録されています。キーワードや分類、採集地などにより検索できます。
在日本脊椎動物化石標本データベース (JAFOV)
日本に所在する脊椎動物化石標本のデータベースです。京都大学や国立科学博物館など、全国に分散して所蔵されている脊椎動物化石標本の情報を収集・登録して検索できるようにしています。化石動物の分類、産地、年代、標本部位、所蔵機関、記載文献や写真等の情報がまとめられています。種、産地、年代など多くの項目による絞り込みが可能です。
東京大学総合研究博物館
産業技術総合研究所地質標本館
MacroArray Analysis Page of Mesorhizobium loti MAFF303099
ミヤコグサ根粒菌MAFF303099株のマクロアレイ解析に関するデータベースです。共生・微好気・飢餓条件下における解析結果を提供しています。発現量の比較データはイメージマップと相関プロットで表示されます。発現変動があった遺伝子のリスト、RT-PCR実験で使用されたプライマーのリストなどが収録されています。
This database is a database of macroarray analysis data of Mesorhizobium loti MAFF303099. It contains average data about genome-wide expression difference between two conditions; free_living and bacteroid, free_living and starved or aero and microaero. It also provides lists of up and down-regulated genes, comparison of gene expression for amino acid metabolism between bacteroids and free-living cells, and list of primers used in RT-PCR experimetns.
公益財団法人東京都医学総合研究所
Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science
東京都医学研・脳神経病理データベース
Neuropathology Database
Neuropathology database is a database about fundamental knowledge on anatomy and pathology of the central nervous system. It provides images and information about normal anatomy, normal histology and cellular pathology on human brains. It also contains high resolution images of pathology specimens named "Virtual Slide Contents" which are available to e-learning.
脳神経疾患の病理診断に役立つ研究成果を収集したデータベースです。中枢神経系に関わる用語や細胞の見え方、脳神経疾患の病理に関する解説、標本作成方法の情報や、病理標本の高精度スキャン画像（バーチャルスライド画像）を蓄積したデータベースを収録しています。また専門家向けに教育現場で活用可能なデジタル実習、脳神経系の専門医養成、診断標準化の検証などの場も提供します。
統合センシングデータベース
自然災害や人為的作用など社会の安全・安心を脅かす危険や脅威を早期かつ的確に検知し、その情報を迅速に伝達する統合センシング技術の創出を目指した研究を対象とする科学技術振興機構の研究成果データベースです。各研究の技術解説、概要図、文献、関連特許情報などが収録されています。人間系、自然系、人工系およびセンサ技術、マイクロマシーニング技術、アクチュエータ技術、マイクロエネルギー技術、ソフトウェア・ネットワーク技術という観点で研究を分類したときに、どこに位置するかがマップとして表示されます。
日本の亜熱帯海域における海草藻場・サンゴ礁閲覧システム
沖縄県石垣島沿岸で見られる、海草類、褐藻類、サンゴ類、ソフトコーラル類の生息映像を収録したデータベースです。潜水撮影した各動植物のビデオを撮影地の範囲を示す航空写真と共に表示します。水深、方向などの撮影条件も同時に表示されます。
National Institute of Information and Communications Technology
国立研究開発法人 情報通信研究機構 未来ICT研究所
GFP-fusion library of Schizosaccharomyces pombe
GFP-fusion library of Schizosaccharomyces pombe' is a database about intracellular localization of GFP-fusion proteins using genomic DNA library of Schizosaccharomyces pombe. It contains picture of the product and the DNA information using transformation. It allows to search from the list of localization patterns.
分裂酵母について、ゲノムDNAライブラリを用いた細胞内局在に関するデータベースです。ゲノムライブラリを用いてGFP との融合タンパク質を発現させ、そのGFP蛍光の細胞内局在画像と遺伝子情報 (NCBIアクセッション番号等) とを合わせて収録しています。局在部位のリストから検索できます。
茨城工業高等専門学校
Ibaraki National College of Technology
有孔虫研究会Database
Bibliography of the Literature on Foraminifera
日本産有孔虫種の文献と模式標本画像のデータベースです。著者、表題、年代、地域、発表年によって検索できます。また、標本画像は種名、属名、著者、発表年によって検索できます。
This database is a collection of the literature on Foraminifera from Japan published during the years 1890 to 1989 including Japanese workers' contributions on materials collected from elsewhere in the world.
OryzaPG-DB
Rice Proteogenomics Database
OryzaPG-DB is a database for rice proteogenomics. It contains proteomic data such as the proteome of the rice undifferentiated cultured cells, and information on the corresponding cDNA, transcript and Genome sequences. This database allows browsing data per each chromosome or searching with keywords.
コメ (Oryza sativa) のプロテオームに関するデータベースです。未分化の培養細胞から得られたコメのプロテオーム結果、対応するcDNAや転写物、ゲノムの配列などを収録しています。データは染色体ごとに表示することが可能です。また、染色体番号、遺伝子名、タンパク質名などのキーワードで検索することもできます。 オリジナルサイト（http ://oryzapg.iab.keio.ac.jp/）の運用は終了しましたが、アーカイブ化された全データがGitHub（https://github.com/MoHelmy/oryza-PG/ ）からご利用になれます。
physiome.jp
PHDB
PH Database
PHDBは、ヒトの生体機能とシステム生物学研究に関する統合データベースです。生物学的、生体的機能に関するモジュールを収録したPHMLモデルデータベース、生体組織の形態計測モデルを収録した形態データベース、生理的および数学的実験から得られた動的なデータを収録した時系列データベースで構成されています。PHMLのモデルと関係するデータは自由にダウンロードでき、非営利の科学的目的において再利用できます。

PHDB is an integrated database for human physiome and systems biology researches. It contains three databases:
1) PHML Model Database, which stores a number of modules representing biological/physiological functions which are formulated by mathematical equations to describe dynamic changes of states. The models in the database are written in an XML format called ""Physiological Hierachy ML (PHML)""
2) Morphology Database, which provides datasets representing morphometric models of biological organs.
3) Timeseries database, which includes dynamic data obtained from physiological and numerical experiments.

The National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
Epigenome project portal site
Epigenome project portal site is a portal database for epigenome project about human genome. This database is constructed with databases about epigenome project-specific data, Cancer specific aberrant methylation data, original epigenome data by CREST IHEC Team, etc... The epigenome project-specific data are able to browse with UCSC Genome Browser.
エピゲノム解析の国際標準化を進めるEpigenome Projectのポータルサイトです。プロジェクトにより得られたヒト遺伝子に関するエピゲノムデータベース、がんに特異的なメチル化異常のデータベース、国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (IHEC) CREST IHEC チームにより得られたエビゲノムデータベース、メチル化解析パイプラインツールなどで構成されています。プロジェクトのエビゲノムデータはUSCSのゲノムブラウザーを利用して表示検索が行えます。
新・理科教材データベース
学校で学ぶ「生活科」や「理科」の学習に関連した画像・動画教材と関連情報を集めたサイトです。学年別、分野別に絞り込みが可能です。また岐阜ＣＳＴ事業 （岐阜大学・岐阜県教育委員会によるコア・サイエンス・ティーチャー養成プログラム） についての情報も掲載しています。
岐阜聖徳学園大学
RIKEN BSI Neuroinformatics Japan Center
国立研究開発法人 理化学研究所 脳科学総合研究センター 神経情報基盤センター
Database of Sensors, Brains, and Behaviors in Invertebrates
無脊椎動物の感覚・脳・行動データベース
This site is a portal site about databases of sensory systems, brains, and behaviour of invertebrates, especially insects. The databases in this site contain photographs and movies, data acquisition equipment and other instrumentation, software, material for eduction, and bibliography.
無脊椎動物における神経生理学、神経行動学に関する実験データ、数理モデル及び研究ソフトウェアツールを収録したポータルサイトです。昆虫の脳と神経の染色画像、触角葉糸球体の３次元像、関連するアプリケーション、文献などの情報が収録されています。
日本産魚類耳石大図鑑
日本産硬骨魚類の耳石形態を体系的にまとめたデータベースです。種名、学名と耳石の写真、サイズ、採集地の情報が収録されています。データは目 （もく） による一覧から閲覧できます。
愛媛県立宇和島水産高等学校
世界の高山・極地の植生データベース

高山や極地の植生をデータベース化し、公開しているサイトで、静岡自然環境研究会と静岡大学理学部生物学教室が運営しています。植物群落の分布、植物画像などを解説とともに掲載しており、植物名や山岳名からの検索も可能です。
また、ペルー共和国サンマルコス大学理学部との共同研究によるプヤ・ライモンディ（Puya raimondii）についての解説も掲載しています。
その他、海岸防災林の観点から日本の海岸クロマツ林および潜在自然植生防災林の写真と解説も追加されています。

静岡大学 理学部
静岡自然環境研究会
長崎大学 附属図書館
Nagasaki University Library
Galapagos Islands featuring the transition of plant life
ガラパゴス諸島画像データベース
Galapagos Islands Image Database

長崎大学名誉教授伊藤秀三博士が収集したガラパゴス諸島写真をもとに開発、構築されたデータベースで、ガラパゴス諸島全般における植生や自然、人文景観の情報や変遷をみることができます。
内容と特徴は以下の通りです。
１）3Dムービー画像により、特異な地形をイメージできる
２）長期間に渡って撮影した定点観測画像から、同一地点の年代を負った変遷をみることができる
３）画像情報検索は、キーワードおよびフリーワード検索、撮影年毎の地図上の島をクリックでおこなう
４）画像詳細表示
基礎データ（撮影日、島名、キーワード）、植物、動物の学名（科名、種別データなど）およびその他解説文が記載されています。

Galapagos Islands Image Database is a collection of photographic images about Galapagos Islands. It contains about 1,300 photographic images that Shuzo Ito (also spelt as Syuzo Itow) took in 16 field investigations of plants and vegetation in the Galapagos archipelago over 38 years since 1964. It also contains images of birds, other animals or cultural landscapes. This database allows to search by island and year, or keywords.
Hosei Science Center, Italian-Japanese Biological Society and Stazione Zoologica di Napoli
Zoological Collection Database @ Stazione Zoologica 'Anton Dohrn' di Napoli
このデータベースはナポリのアントン・ドーン臨海実験所 (SZN) における動物標本コレクションのデータベースです。コレクションについて、4,373のVRムービー、18,212の静止画像および7,771のラベル情報 (約2,722の種) を収録しています。さらに、歴代の学芸員によりキュレートされた分類、生態、系統学的な情報を含む38部 (8,406ページ) のドキュメントもディジタル化しています。標本はキャビネットをイメージした画像リストからの閲覧の他、種名の索引から検索することもできます。
Zoological Collection @ Stazione Zoologica 'Anton Dohrn' di Napoli (SZN) is a database about zoological collections owned by the Stazione Zoologica Anton Dohrn in Naples since 1910. It contains 4,373 VR object movies, 18,212 static images and 7,771 label information (about 2,722 species). It also contains 38 (total 8,406 pages) digitized documents, in which taxonomical, ecological and phylogenical information have been stored by their successive curators. Users are able to browse data by image lists or a taxon index.
Transcriptional Regulation Portal
転写調節に関するデータベースとツールの情報を収録したポータルデータベースです。情報は「カテゴリー」や、「生物種」、「データベースのアルファベット順」により絞り込めます。また、キーワードによる検索も可能です。
TRP is a portal collecting databases and analysis tools related to transcriptional regulation research and includes brief descriptions about the databases or tools. This database allows searches by keywords or browsing by category, species and alphabetical order.
極地生物多様性画像データベース
Database of Polar Biodiversity
国立極地研究所 生物圏研究グループが、厳しい自然環境や地球規模の環境変動に対する、極域生物群集の応答機構の調査研究を推進するために資料、データを共有化したデータベースのポータルサイトです。 極域植物標本データベース、南極昭和基地周辺の蘚苔類、南極昭和基地周辺の地衣類、南極昭和基地周辺の淡水藻類、北極・南極域の種子植物、冷凍標本データベース、極域動物標本データベースが公開されています。
和漢薬Wikiデータベース
和漢薬に関する総合的な情報や共同利用・共同研究拠点における研究成果などを公開するデータベースです。天然化合物のスペクトルデータ、生薬に関する一般的情報と含有成分のLC-MS分析結果 、漢方方剤の原典、薬理作用、文献情報、生薬や漢方薬エキスの成分プロファイルなどが収録されています。
OriDB.org
S. cerevisiae OriDB
出芽酵母 (Saccharomyces cerevisiae) の複製起点 (ori) に関して確定および予測されたマッピング情報を公開しているサイトです。各複製起点の染色体上の位置、塩基配列、複製時間、配列保全性などが収録されています。OriDB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00606) の後継サイトの１つです。
S. cerevisiae OriDB is a database providing a catalogue of confirmed and predicted DNA replication origin sites in fission yeast (Saccharomyces cerevisiae). Each record contains the following information: genomic location and chromosome context of the origin site; time of origin replication; and phylogenetic conservation of sequence elements.
S. pombe OriDB
S. pombe OriDB is a database providing a catalogue of confirmed and predicted DNA replication origin sites in budding yeast (S. pombe). Each record contains the following information: genomic location and chromosome context of the origin site; and time of origin replication.
パン酵母 (Schizosaccharomyces pombe) の複製起点 (ori) に関して確定および予測されたマッピング情報を公開しているサイトです。各複製起点の染色体上の位置、塩基配列、複製時間などが収録されています。OriDB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00606) の後継サイトの１つです。
Integrative Disease Omics Database (iDOx DB)
Integrative Disease Omics Database （iDOx DB）
The Integrative Disease Omics Database has been constructed through a project named "Comprehensive exploration of drug targets based on integrative disease multi-omics analyses" funded by National Institute of Biomedical Innovation. The research team, which consists of six National Highly-Specialized Medical Research Centers (National Centers) and other research institutes, has collected highly qualified clinical samples with detailed clinical information and subjected them to multi-omics analyses (genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics). In this database, the research team has released some data after careful consideration of patients' privacy and the ethical, legal and social implications (ELSI). Target diseases are: epilepsy, cancers (lung, kidney, breast, gastric), adiposity, non-alcoholic steatohepatitis, dilated cardiomyopathy, aortic aneurysm, allergic disease, childhood leukemia, Alzheimer's disease, and spinal canal stenosis.

多層的な疾患オミックス解析の統合データベースです。
(独)医薬基盤研究所の先駆的医薬品・医療機器研究発掘支援事業で採択された「多層的オミックス解析による創薬標的の網羅的探索を目指した研究」（平成22年度−26年度）において構築されました。
６つの国立高度専門医療研究センター（ナショナルセンター）を中心とする研究体制の中で、正確に診断された適切な症例と豊富な臨床情報に基づく質の高い臨床検体を収集して実施した多層のオミックス解析データの一部を、患者さんの個人情報の保護に充分に配慮した上で公開しています（ゲノム、エピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム解析）。
てんかん、肺がん、腎がん、乳がん、胃がん、肥満症、拡張型心筋症、大動脈瘤、非アルコール性脂肪性肝炎、アルツハイマー病、脊柱管狭窄症、アレルギー疾患、小児白血病の13疾患が対象です。

シロイヌナズナフェノームデータベース
文献キュレーションによって収集したシロイヌナズナフェノーム情報および理研内で開発されたシロイヌナズナのバイオリソース（変異体）のフェノームを統合しています。さらにPlantOntologyを基盤とする検索メニューを整備して、研究者が興味あるフェノーム情報に簡単にアクセスできるようにしました。
J-phenome
A portal of phenotype data analyzed in Japan
遺伝子の多様性の結果として現れる生物の表現型情報を集約したポータルサイトです。バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）における統合化推進プログラムの採択課題「生命と環境のフェノーム統合データベース」の成果です。哺乳類、シロイヌナズナ、微生物など、幅広い研究コミュニティから収集した情報を、研究分野の垣根を超えて標準化・統合化・体系化し、オープンに公開しています。
J-phenome is a portal for phenotype databases of model organisms, in cooperation with various Japanese projects to reveal the relation between phenotypes and gene functions. It contains phenotype data standardized across species using RDF, and is open to the public in the biomedical studies and innovations. This database was developed as a project of Database Integration Coordination Program in National BioScience Database Center (NBDC).
P-DIRECT ゲノム解析データポータル

文部科学省 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム (P-DIRECT) の「がん臨床シーズ育成グループ」が解析した、がん組織を含む様々なヒト試料についての全エクソンシーケンスなどの網羅的ゲノム・エピゲノム情報のポータルサイトです。 がん種ごとにまとめた、アミノ酸置換を伴う体細胞変異のリスト（メタデータ）をオープンデータとして公開しています。2015年6月現在、肺がん、脳腫瘍、白血病、骨髄異形成症候群、胸膜胚芽種のデータセットが収録されています。また、実際の研究プロジェクトにおけるがん症例毎の塩基配列データ（bamファイル、fastqファイルなど）は、バイオサイエンスデータベースセンターのNBDCヒトデータベース ( http://humandbs.biosciencedbc.jp ) から利用申請を必要とする制限付きで提供します。

P-DIRECTによるゲノム解析データポータルの運用は終了しましたが、ポータル運用時のデータセットのがん種、検体数、NBDCヒトデータベースIDがこちら （http://data-portal.jp/pdirect） でご覧になれます。本プロジェクトによる成果データの一部はNBDCヒトデータベース ( http://humandbs.biosciencedbc.jp )から制限付きで提供されており、「利用可能な研究データ一覧」の提供者情報内に「P-DIRECT」という記載が含まれています。 関連リンク：AMED 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）: https://www.amed.go.jp/program/list/01/03/003.html

P-DIRECT
Center for Computational Regulatory Genomics, Beckman Institute
Echinobase
An Echinoderm genomic database
棘皮動物群の比較ゲノムプラットフォームを提供するデータベースです。現在はムラサキウニ、バフンウニ、イトマキヒトデ、ナマコ、クモヒトデのゲノム情報と、それらや他の棘皮動物のトランスクリプトーム情報を収録しています。遺伝子やトランスクリプトームによる検索、JBrowseによるゲノムブラウズ、Blast検索、BAC TableによるBAC NCBI へのリンクが利用可能です。 SpBase (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00686) の後継サイトです。
Echinobase is a comparative genomics platform for the echinoderm clade. It contains information on genomes of Strongylocentrotus purpuratus, Lytechinus variegatus, Patiria miniata, Parastichopus parvamensis and Ophiothrix spiculata. It also contains transcriptomes for these and other echinoderms. This database allows to browsing or searching using JBrowse (Genome Browser), BLAST tools, BAC Table, etc.
国立研究開発法人理化学研究所 播磨研究所
RIKEN Harima Institute
WCPDB
WCPDB - Thermus thermophilus HB8 Whole Cell Project Database -
高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクトデータベース
WCPDB is a database of functional proteins from an extremely thermophilic bacterium, Thermus thermophilus HB8. The database contains information derived from structural, functional, genomic and biological analyses.
高度好熱菌Thermus thermophilus HB8の生体分子の高次構造および機能の解析データを収録したデータベースです。 ターゲット検索、文献検索が可能で、ゲノムマップ（ゲノム (TTHA)、メガプラスミド (TTHB)、ミニプラスミド (TTHC)）や代謝経路ごとに分類された蛋白質立体構造が閲覧できます。また、Affymetrix GeneChipを用いた470枚以上のトランスクリプトーム解析データを、NCBI GEOで公開しています。 この研究プロジェクトは、新たなモデル生物としての高度好熱菌のあらゆる生命現象を生体分子の立体構造に基づき理解することを目的としています。
ClinVar
ClinVar is a freely available archive describing relationships between medically important variants and phenotypes. Submissions report human variation, interpretations of the relationship of that variation to human health, and the evidence supporting each interpretation. ClinVar is tightly coupled with dbSNP and dbVar, which maintain information about locations of variations on human assemblies, and also based on the phenotypic descriptions maintained in MedGen (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen). Each record contains the submitter, the variation and the phenotype. Furthermore, to facilitate evaluation of the medical importance of each variant, ClinVar aggregates submissions with the same variation/phenotype combination, adds value from other NCBI databases, and reports if there are conflicting clinical interpretations. Data in ClinVar are available in multiple formats, including html, download as XML, VCF or tab-delimited subsets.
ヒトゲノムの多様性と関連する疾患についての情報を収集し、自由に利用できるアーカイブとして提供しているデータベースです。多型の位置、遺伝子名、疾患との関わりなどを収録しています。遺伝子情報はNCBIのdbSNPおよびdbVarと、表現型に関してはMedGenとリンクしています。また、NIH Genetic Testing Registry (GTR)、OMIM、PubMedからも情報を収集しています。各データはhtml形式での閲覧の他、XMLやタブ区切り形式、一部データはVCFファイルでダウンロードできます。
RCSB PDB
Molecule of the Month Archive
RCSB PDB Molecule of the Month
The RCSB PDB Molecule of the Month is a database of short accounts on selected molecules from the Protein Data Bank by David S. Goodsell (The Scripps Research Institute and the RCSB PDB). Each record includes an introduction to the structure and function of the molecule, a discussion of the relevance of the molecule to human health and welfare, and suggestions for how visitors might view these structures and access further details.
RCSBのDavid S. Goodsell博士が社会で話題となっている事象に関わる分子を蛋白質構造データバンク（PDB）から選び、短く解説するサイトです。分子の機能と構造の紹介、健康や福祉への関わりに関するディスカッション、詳細が分かる文献情報が記載されています。紹介された分子のリストは、アルファベット順、公開された日付順、機能別に並び替えることができます。 PDBjから日本語訳版が提供されています。（今月の分子： http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00768）
MotDB
Master of the database
ライフサイエンス分野のデータベース統合を担う人材向けの教材を提供するサイトです。科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンターが主催する統合データベース講習会の内容と資料が閲覧できます。
東海大学医学部
Tokai University School of Medicine
gEVE database
Genome-based Endogenous Viral Element Database
哺乳類の標準ゲノム配列に存在する内在性レトロウイルスなどウイルス由来の配列 (endogenous viral elements, EVE) のデータベースです。ヒトを含めた19種の哺乳類について、配列の位置、アミノ酸長、メチオニン開始位置、BLAST検索による一致率の高いウィルスゲノムの情報などを収録しています。データは種名によるブラウズやBLAST検索が可能です。
gEVE database provides comprehensive datasets of sequences, genomic loci and functional annotations of endogenous viral elements (EVE), including endogenous retroviruses (ERV) among mammalian genomes. It contains datasets about 19 species, including humans and annotation lists of EVE sequences for each genome, with tables or sequences downloadable in CSV or FASTA format, respectively.
東北大学東北メディカル・メガバンク機構
Tohoku Medical Megabank Organization,Tohoku University
jMorp
Japanese Multi Omics Reference Panel
jMorp is a database of metabolome and proteome data in plasma obtained from about 500 healthy volunteers in Tohoku University Tohoku Medical Megabank Organization (ToMMo). It contains metabolome data measured by proton NMR and LC-MS, and proteome data obtained by nanoLC-MS. This database allows browsing using 3 categories of analysis: Metabolites [NMR], Metabolites [MS], Proteins and search by keywords.
東北メディカル・メガバンクの行うコホート調査に参加した日本人500人分の血漿についての多層オミックスデータベースです。被験者の基本情報、血漿に含まれる代謝物やタンパク質の組成・分布情報を公開しています。解析手法による絞り込みとキーワードによる検索が可能です。
ARTADE2 予測遺伝子モデル データベース
ARTADE2 predicted gene model database
ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons version 2
ARTADE2DB is a database that integrates not only the information predicted by Dynamic-Structure-based Dynamic Expression (DSDE) analysis, but also annotations and other functional information, such as phenotypes and literature citations, and is expected to contribute to the study of the functional genomics of A. thaliana.

シロイヌナズナのゲノムについて予測された遺伝子構造と機能の情報にフェノタイプや文献情報を加えたデータベースです。新規に予測された遺伝子の情報、タイリングアレイ、発現プロファイルが収録されています。
構造と機能の予測には、多数の遺伝子発現解析結果を元にしたDynamic-Structure-based Dynamic Expression (DSDE) analysisを使用しています。

SDBS
有機化合物のスペクトルデータベース
Spectral Database for Organic Compounds
The SDBS database consists of of sensory characteristics of vision, hearing, and touch measured by National Institute of Advanced Industrial Science and Technology. To allow searches for conditions such as age and types of disability, target people with disabilities and/or older people, totaling more than 3,000, were subjected to measurement. Their characteristics data were adopted as Japanese Industrial Standards (JISs) "Guidelines for older persons and persons with disabilities".

インターネットを通じて、30,000以上の有機化合物のNMR、IR、MS、ESR、Ramanスペクトル画像を無料で公開するデータベースです。化合物名、分子式、分子量、CAS番号などのほか、元素数やスペクトルの範囲を指定することでもデータの検索が可能です。
大部分のスペクトルは産業技術総合研究所で測定したオリジナルのデータが収録されています。

Database of sensory characteristics of older persons and persons with disabilities
高齢者・障害者の感覚特性データベース
This is a database collecting sensory characteristics of vision, hearing, and touch measured by National Institute of Advanced Industrial Science and Technology. To allow searches for conditions such as age and types of disability, target people with disabilities and/or older people, totaling more than 3,000, were subjected to measurement. Their characteristics data were adopted as Japanese Industrial Standards (JISs) "Guidelines for older persons and persons with disabilities".
高齢者・障害者など、のべ3,000人以上を対象に資格・聴覚・触覚等の感覚特性を測定したデータベースです。年齢や障害の有無などの検索条件に応じて結果が表示されます。これらの特性データは日本工業規格 (JIS) 「高齢者・障害者配慮設計指針」に採用されており、JISの規格内容をグラフィカルに見ることができます。
Digital Atlas of Actinomycetes Ver. 2
日本放線菌学会が刊行した 『放線菌図鑑、Atlas of Actinomycetes』を元に編集した放線菌のデジタル図鑑です。顕微鏡写真と英語の説明、文献情報を収録しています。 レコードはセクション（大まかな分類）、タキソノミー、種名、代謝物名によりブラウズできます。前バージョンのDigital Atlas of Actinomycetesも稼働しています（http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00766 ）。
Digital Atlas of Actinomycetes 2 is a collection of micrographs and annotations about Actinomycetes. Data are collected from the 'Atlas of Actinomycetes' (Asakura Publishing Co., Tokyo, Japan; 1997) published by the Society for Actinomycetes Japan. This database allows browsing using section, taxonomy, genus and metabolite.
RBFL DB
RIKEN Brachypodium FLcDNA database
RBFL BD is a comprehensive collection of full-length cDNAs from Brachypodium distachyon. It provides gene structural annotations of Brachypodium genes based on full-length cDNA sequences, in comparison with the latest publicly available annotations and allows searches using BLAST or keywords. Additional information on gene function, GO terms, homologous DNA sequences and the related amino acid sequence of each cDNA sequence is given, as well as the results of a search for homologous sequences in the genomes of rice and sorghum.
ブラキオポディイウム（ミナトカモジグサ）のfull-length cDNAのデータベースです。解読したシークエンスとアノテーション情報を提供しています。各配列について、塩基配列、遺伝子構造の情報や、オントロジー（GO）タームによるInterProScanなどの結果、シス配列の予測等の結果を見ることができます。コムギやオオムギ等の配列情報が統合されており、相互比較することができます。
慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター 幹細胞情報室
SKIP Stemcell DATABASE
SKIP 幹細胞情報データベース

SKIP is operated by Keio University of School of Medicine as an embodiment of the Human Stem Cells Informatization Project of the Ministry of Health, Labour and Welfare, Japan.

SKIP aims to promote the exchange of information and joint research between researchers by aggregating various information of stem cells (iPS cells, iPS cells derived from patients, etc.) to stimulate research on disease and regenerative medicine using stem cells and enhance social understanding by providing information on stem cells.

ヒト由来のiPS細胞や疾患iPS細胞、ES細胞などの幹細胞を中心に、細胞の基本情報を収録したデータベースです。由来組織、ベクター、PubMed、キーワード等、様々な項目から検索でき、誰もが簡単に目的とする幹細胞情報にアクセスすることができます。また、研究者が樹立した細胞情報を自身で登録し、研究者（研究室）独自のデータベースを構築して利用することも可能です。登録した幹細胞情報を研究者間で共有したり、一般に公開することも可能です。
Macquarie University
UniCarbKB

UniCarbKBは糖タンパク質の糖鎖構造に関する情報を収集したデータベースです。
GlycoSuiteDBやEUROCarbDBという確立されたデータベースを基に糖鎖構造と報告されている糖タンパク質情報に関する包括的な情報を提供しています。GlycoSuiteDBのデータはUniCarbKBへの移行時にアップデートされ、UniProtKBやGlycoModとの統合がおこなわれています。EUROCarbDBによって開発されたGlycanBuilder, MonosaccharideDB (http://www.monosaccharidedb.org) やGlycoCTといったいくつかのライブラリも統合されています。
検索には生物名、組織名、タンパク質名、タンパク質 ID、コンポジションが利用できます。

UniCarbKB is a knowledge database of glycan structures of glycoproteins. It provides comprehensive information concerning glycan structures and published glycoprotein information, including global and site-specific attachment information.

This database mainly searches records from three databases:
(1) GlycosuiteDB, a glycan structure database;
(2) EUROCarbDB, an informatic standards database;
(3) GlycoBase, which contains elution positions (expressed as glucose unit values) for more than 650 2AB-labeled N-linked and O-linked glycan structures determined by a combination of HPLC, UPLC, exoglycosidase sequencing and mass spectrometry (MALDI-MS, ESI-MS, ESI-MS/MS, LC-MS, LC-ESI-MS/MS).

This database allows searches by names of taxonomy, tissue, protein name, protein accession or composition.

FASC-DB
森林降水渓流水質データベース (Forest Atmospheric deposition and Stream water Chemistry Data Base)
「酸性雨モニタリング」プロジェクトにおいて森林総合研究所の各支所で採取された降水および渓流水の水質データを公開しています。データベースを利用の際には、利用申請が必要です。
森林土壌博物館
森林土壌博物館では森林土壌の各土壌群について、特徴や性質、断面の画像を掲載しています。また、森林土壌の調査方法について写真付きで解説している他、日本の森林土壌の研究や調査、分析方法などの関連文献も収集し、ダウンロード可能となっています。世界各地の森林土壌の写真と関連学術文献も紹介しています。
林木遺伝資源データベース
林木の遺伝資源に関するデータベースです。配布可能な遺伝資源の目録、生息域内保存林の情報、林木遺伝資源特性評価報告書などを収録しています。
BRACHYPEDIA
ブラキオポディイウム（ミナトカモジグサ）の生育スケールを写真で示すデータベースです。乾燥種子から発芽、開花、結実など生育段階それぞれの写真と生育日数、葉、分蘖、節の数、生育条件が記載されています。イネ科のモデル植物として、生育スケールを提供しています。
BRACHYPEDIA is a photo library about growth stages of Brachypodium distachyon. Each entry contains photographs and information such as Zadoks Decimal Code, numbers of leaves, tillers and node, or growth days.
NikkajiWeb
日化辞Web
日本化学物質辞書Web
Japan Chemical Substance Dictionary Web

国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）が作成する有機化合物辞書データベース「日本化学物質辞書（日化辞）」のWeb版サイトです。有機化合物およびその混合物を対象とし、日本語名、英語名、法規制番号、CAS登録番号、構造情報などを収録しています。名称、分子式、分子量などの「文字列検索」や、化学構造図、分子式からの「構造検索」が可能です。
JSTによるオリジナルサイト（http: //nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html）の運用は終了しました。2016年3月より、J-GLOBAL (http://jglobal.jst.go.jp) 内からご利用いただけます。

NikkajiWeb is a search service of the "Japan Chemical Substance Dictionary (Nikkaji)", an organic compound dictionary database prepared by the Japan Science and Technology Agency (JST). It contains information about organic compounds and their mixtures such as Japanese name, English name, law regulation number, CAS registry number, chemical structure information, etc. This database allows searches with "Advanced Textual Search" or "Chemical Structure Search".
東北メディカル・メガバンク計画 バイオバンク試料・情報関連ウェブサイト
宮城県および岩手県を中心とした東北大震災の被災地を含む地域に住む健常者を対象として健康調査を実施するとともに、協力者の生体試料、健康情報、医療情報等を収集したバイオバンクの情報サイトです。バイオバンクから分譲可能な試料、情報の種類や収集方法がご覧になれます。
iJGVD
Integrative Japanese Genome Variation Database
iJGVD is a database about genome variation in the Japanese population. This database provides data of genomic variations obtained by whole-genome sequencing of Japanese individuals participating in the genome cohort study by ToMMo (Tohoku University Tohoku Medical Megabank Organization). It contains data on single nucleotide variations (SNVs) and their frequencies among the 1070 Japanese individuals from the cohort. SNVs and their information, such as allele frequency, can be retrieved with a genome browser that provides an intuitive view of SNV information, along with the reference human genome sequence using hg19/GRCh37 coordinate system.
日本人健常者のゲノム配列を解析したデータベースです。東北メディカルメガバンクの行うゲノムコホート調査に参加した日本人の全ゲノム解析より得られた1塩基バリエーション (SNV) とその頻度を収録しています。重複、欠失の情報も収録しています。データはゲノムブラウザによってリファレンス配列とともに表示されます。また、遺伝子名、dbSNP rsID、染色体位置による検索が可能です。 なお、SNVの頻度情報一覧はNBDCヒトデータベース (http://humandbs.biosciencedbc.jp/hum0015-v1) よりダウンロードできます。
CGGDB
Caenorhabditis elegans GlycoGene DataBase
線虫の糖鎖に関連する遺伝子のデータベースです。各遺伝子のRNAiスクリーニングによるフェノタイプ情報や写真、ヒト遺伝子オーソログの情報を収録しています。遺伝子名、発現、フェノタイプのリストからデータをブラウズできます。
CGGDB is a database of glycogenes of C. elegans. It consists of gene list, Expression and Phenotype of RNAi line and provides additional information on the roles of glycoconjugates in cell cycle progression mechanisms of germline and embryonic cells.
GlycoNMR Database
GlycoNMR is a database of NMR analysis of glycan. Each record contains information about structure, glycan type, chemical name, coupling constant, chemical shift, etc. It allows searches using keywords, or browsing.
糖質のNMR スペクトルを解析し、化学構造、化学シフト、カップリング定数、スペクトル、測定条件などを収録したデータベースです。物質名、炭素や水素の数、ケミカルシフトの有無などからデータを検索できます。
GlyTouCan Project Team
GlyTouCan
糖鎖構造データを収録した国際糖鎖構造リポジトリです。単糖類組成からグリコシド結合形状などの明確な構造まで、構造に不一致がない限り世界的にユニークなアクセッション番号を付けて登録することができます。キーワード、モチーフ、糖鎖構造画像からの検索、モチーフや糖鎖のリストからのブラウズが可能です。
GlyTouCan is an international repository of glycan structures. This database contains uncurated glycan structures ranging in resolution from monosaccharide composition to fully defined structures, as long as there are no inconsistencies in the structure. The database allows users to search by text, graphic input or motif, and browse using motif-list or glycan-list.
The National Center for Biomedical Ontology
MCCV
Microbial Culture Collection Vocabulary
MCCV collects structured controlled vocabulary for describing meta information of microbial culture collection maintained in biological research centers.
JCMやNBRCなどの，菌株保存機関に蓄積されている菌株情報を記述するための統制語彙MCCV (Microbial Culture Collection Vocabulary)をOWLファイルで提供するDBです。
wwPDB/RDF
PDBのデータをRDF （Resource Description Framework） 形式で提供するサービスです。一般的なブラウザであれば、PDB/RDF の各URLにアクセスするだけで、RDF/XML形式のファイル内容がHTML形式で表示されます。RDFファイルはダウンロードできます。
PDB/RDF is a collection of PDB data in the Resource Description Framework (RDF) format. Users can search RDF entries by specifying PDB ID, properties (predicates) or keywords, and can see the RDF/XML files rendered in HTML. The ontology of wwPDB/RDF is semi-automatically generated. All RDF files are downloadable.
MBGD SPARQL Search
MBGD SPARQL Search is a search tool for the Microbial Genome Database for Comparative Analysis (MBGD) in the form of Resource Description Framework (RDF) made available through the SPARQL endpoint. MBGD RDF is based on the Ortholog Ontology (OrthO), a compact ontology for formalizing the structure of the ortholog information in the Semantic Web.
MBGD (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00130) のRDF版をSPARQLで検索するためのウェブサイトです。MBGDのRDFはセマンテックウェブでオルソログ情報を統合するために構築されたOrtholog Ontology（OrthO）に基づいて記述されています。このサイトにはSPARQLによる検索例やRDFアーカイブのほか、OrthOのドキュメントも収録されています。
愛媛大学沿岸環境科学研究センター
Ehime University Center for Marine Environmental Studies
生物環境試料バンク es-BANK
es-BANK
Environmental Specimen Bank

愛媛大学沿岸環境科学研究センターが冷凍保存している生物試料のデータベースです。主に動物の冷凍保存試料について、分類、採取地、部位、野生か飼育かなどの情報を収録しています。また、東北太平洋岸で採取されたワカメ、ヒトエグサ、植物プランクトンも少数ですが冷凍保存されています。
化学汚染に関わる環境科学の諸研究を深化・発展させることを目標とし、試料の提供と新規の受け入れが行われています。収録試料を利用した論文のデータベースも併設されています。

es-BANK is a collection of environmental specimens collected from all over the world and stored at Ehime University Center for Marine Environmental Studies. They are provided to researchers for improving the scope of monitoring studies on environmental toxic substances.
VaDE
VarySysDB Disease Edition
VaDE is a database of human genome polymorphisms involved in traits such as various disease susceptibilities or drug responses, collected from a number of academic papers. This database provides a wealth of information about these genome polymorphisms, such as odds ratio, β value, sample population, p value and so on. Moreover, it evaluates reproducibility of associations in multiple independent studies.
学術文献より抽出した疾患、体質、薬剤応答性に関わるゲノム多型情報のデータベースです。それぞれの多型について、オッズ比やβ値、研究対象の集団、P値を収録し、また複数の独立な研究における再現性の有無を評価しています。形質や疾患、遺伝子名、SNPアレル、人類集団、国名、再現性などからの絞り込みが可能です。
NBDC RDF Portal
This is a portal site that integrates life science databases in RDF format. The portal was jointly developed by the JST National Bioscience Database Center (NBDC) and the Database Center for Life Science (DBCLS), Research Organization of Information and Systems. The DBCLS formulated guidelines for the construction of high quality RDF data (http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline), and publishes only those data that meet a minimum level of quality for a highly reliable database. Users can browse the summaries of the data for the various databases. Data downloads and SPARQL (standard query language for RDF format data) searches are also possible.
生命科学分野のデータベースをRDF形式で一箇所に集約したポータルサイトです。JSTバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) と情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)で共同開発しています。DBCLSによって策定された質の高いRDFデータ作成のためのガイドライン (http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDFizingDatabaseGuideline) に準拠し、一定以上の質を保った信頼性の高いRDFを公開しています。 利用者は、NBDC RDF Portalに収められた様々な研究機関が作成したデータベースについて、データの説明を閲覧し、データのダウンロードやSPARQL (RDF形式データの標準問い合わせ言語) による検索を行うことができます。
Pheno-Pub
Pheno-Pub provides information of mouse phonotyping analysis. It contains results of the mouse phonotyping analysis operated based on "Standard Operating Procedures; SOPs"by Japan Mouse Clinic.

マウス表現型解析情報のデータベースです。国際的に標準化された操作手順（Standard Operating Procedures：SOPs）に基づいて日本マウスクリニックが実施するマウス表現型の解析実験結果を収録しています。以下の項目で構成されています。
「Genotype Viewer」：遺伝子型の違うマウス間での表現型データを統計的に比較・整理しています。
「StrainViewer」：変異系統、同系交配系統などコホート間の表現型の違いをまとめています。
上記２つのViewerと、ひとまとめの表現型のraw dataを半自動的に統計処理するための「Mou-Stat」のプログラムは、ダウンロードしてローカル環境で使用することができます。

SDOP-DB
SDOP-DB： a database for international sharing of mouse phenotyping protocols
マウス表現型解析プロトコールの国際共有データベース

SDOP-DBはマウス表現型解析プロトコールのデータベースです。マウス表現型解析プロトコル情報の国際的共有・統合を目的として開発されました。
マウス表現型解析の標準作業手順書（Standard Operating Procedures; SOPs）の研究室間の相違について、容易に比較検討できるように標準記述フォーマットSDOP（Standardized Description of Operating Procedure）が開発され、本データベースには、SDOPフォーマットを用いて作成された各種マウス表現型解析プロトコルのSDOPを収録しています。
各種解析プロトコールのSDOPには、国際コンソーシアム（InterPhenome) が提唱するMIMPPのほぼすべての情報が含まれ、また、国際標準のデータ形式PPMLと互換性を持つよう設計されています。プロトコールのダウンロード、投稿も可能です。

SDOP-DB is a comparative standardised-protocol database for the integration and sharing of mouse phenotyping protocols. The protocols are described using SDOP data fomat which enables direct and detailed comparison of procedural parameters.
Research Institute for Sustainable Humanosphere, Kyoto University
京都大学生存圏研究所
有用植物遺伝子データベース
EST Database for Useful Plants
This Plant gene Database contains plant gene information focusing on the secondary metabolism and the transport mechanism of plants. The data was obtained by analyzing EST information from S. flavescensplant and L. erythrorhizon cells which were cultured in the selected cell-suspension culture systems where photosynthetic genes and those for morphogenesis are strongly suppressed. The database provides keyword search and BLAST search services useful for homology-based cloning of genes, identification of conserved amino acid domains and motif and phylogenetic analyses.
二次代謝成分やバイオマスが利用される有用植物の Expressed sequence tags (EST)配列を収録したデータベースです。マメ科のクララ、ムラサキ科のムラサキ、マンギウム(Acacia mangium)のEST配列について、遺伝子情報と想定される遺伝子機能とを合わせて公開しています。キーワード検索の他、BLAST検索が可能です。
Digital Brain Atlas of the Common Marmoset (Callithrix jacchus)

コモンマーモセットの脳および脊髄の組織画像のデータベースです。
成体の脳と脊髄、生後0日の脳に加え，補足的にフクロモモンガ脳，アカゲザルとニホンザルの脊髄の組織画像が収録されています。染色には，ニッスル，AChE染色，各種カルシウム結合タンパク質免疫染色，NeuN染色，各種トランスポーター染色などさまざまな染色法が用いられています。データの閲覧にはユーザー登録が必要です。

This database is a collection of section images from the brain and spinal cord of the common marmoset at age 0. It additionally contains images from Petaurus breviceps, Macaca mulatta and Macaca fuscata. Users need to register for access to full content.
MMMDB
Mouse Multiple tissue Metabolome Database
MMMDB is a freely available database containing a collection of metabolites measured from multiple tissues from single mice. It provides not only quantified concentration but also processed raw data such as electropherogram, mass spectrometry, and annotation (such as isotope and fragment). Datasets are collected from cerebra, cerebella, thymus, spleen, lung, liver, kidney, heart, pancreas, testis, and plasma, using a single instrument, not integrated from literature. Non-targeted analyses were performed by capillary electropherograms time-of-flight mass spectrometry (CE-TOFMS).
マウスの単一の個体由来の複数の組織から得られる代謝物質に関するメタボロミクスデータベースです。大脳、小脳、胸腺、脾臓、肺、肝臓、腎臓、心臓、すい臓、精巣、血清から得られた代謝物質の濃度、電気泳動図、質量分析、同位体やフラグメントのようなアノテーション情報を収録しています。キャピラリー電気泳動ー飛行時間型質量分析装置 （CE-TOFMS）を使用しており、既知の物質だけでなく未知の物質のピークも収録しています。
株式会社 生命誌研究館
Pt_spiderBASE
モデル節足動物であるオオヒメグモ (Parasteatoda tepidariorum) のESTのデータベースです。ESTシーケンスの情報閲覧、BLAST検索ができます。他生物の配列に対するEST配列のBLASTX結果も閲覧でき、Clone IDやタンパク質名等で検索できます。
Pt_spiderBASE is a database for ESTs of the spider Parasteatoda tepidariorum, a model arthropod to study developmental biology, comparative embryology and evolutionary development.
Japan Monkey Centre
公益財団法人日本モンキーセンター
飼育霊長類標本データベース（CaPriCo）
CaPriCo
Database of Captive Primate Collection
日本モンキーセンターが所蔵する霊長類の標本のデータベースです。センターが運営するサル類動物園で飼育されていた個体から作製した数多くの標本の中から、骨格標本の情報が公開されています。個体ごとの骨格標本の写真と部位の有無が閲覧できます。学名、骨格部位、性別、年齢による絞り込みが可能です。
CaPriCo is a database of specimens in the captive Primate collection at Japan Monkey Centre. It contains information of skeletal specimens, including photographs.
木材多様性生存圏データベース
Wood Diversity HSDB network
Wood Diversity HSDB network is a collection of Wood Diversity databases maintained by universities in Japan.
北海道大学、東北大学、森林総合研究所、東京大学、名古屋大学、京都大学、九州大学の関連機関で進める木材標本データベースのネットワークです。それぞれの木材標本データベースについてキーワード検索と検索対象標本データセットによる絞り込みが可能です。
インドネシアアカシア林地気象観測データ公開ページ
インドネシア南スマトラ島のアカシア大規模造林地における地上気象観測のデータベースです。林地内の8地点における降水量、気温、日射量の観測データを10分および1時間間隔のデータにまとめて公開しています。森林における気象環境の把握、気象条件が植生に与える影響、大気と森林の相互作用などの解明を目的としています。
担子菌類遺伝子資源データベース
京都大学生存圏研究所が保有する木材腐朽性担子菌類の乾燥子実体標本および生体菌株のデータベースです。乾燥子実体標本については標本情報と書誌情報を、生体菌株については遺伝子情報に関するデータを収録しています。学名や和名による検索、一覧が利用できます。
Tohoku University museum
東北大学総合学術博物館
e−フォラム・ストック
e-Foram Stock
E-Foram Stock is a database of planktonic foraminifera e-specimens (digital data), stored in the Tohoku university museum. It provides detailed information on real specimens corresponding to individual e-specimens. The e-Specimen is a virtual specimen system working on computers and can be viewed with 'Molcer', a freely downloadable software for PC provided by White Rabbit Corporation.
浮遊性有孔虫電子標本のデータベースです。東北大学総合学術博物館が所有する浮遊性有孔虫の電子標本について実標本（r-specimen）の詳細な情報と3次元コンピュータ・グラフィックスでの標本観察が利用できます。種、学名によるブラウズが可能です。なお仮想標本の観察には 3次元ビューワ 「Molcer」のダウンロードが必要です。
放射線治療症例全国登録（Japanese Radiation Oncology Database, JROD）

JRODは、日本全国の放射線治療情報の基本的部分を登録し、集計・分析することで医療の質向上に役立て、治療成績の改善を目指すことを目的としたデータベースです。
情報の登録は本事業への参加登録を行った施設の診療科で行われ、参加施設は自施設のデータと集計された全体データの閲覧や比較ができます。集計されたデータは分析され、各施設や診療科の特徴、医療水準の評価、専門医の配置状況、放射線治療患者の予後等を明らかにし、国民に必要や情報を開示したり、学会の機能を強化します。

OpenTein
Open Teratoma Invstigation
OpenTeinは幹細胞由来テラトーマのデジタル化したホールスライドイメージのデータベースです。個々のデータには実験情報が付けられており、画像は高解像度で拡大できる他、ダウンロードも可能です。webベースのレポジトリシステムになっており、ユーザアカウントを取得すればデータのアップロードができます。
OpenTein (Open Teratoma Investigation) is a database and repository for the digital images of stem cell-derived teratomas. It provides whole-slide images, which are searchable, zoomable, with annotations. Images are high-resolution and downloadable.
国立保健医療科学院
National Insititute of Public Health
臨床研究情報ポータルサイト
NIPH Clinical Trials Search
臨床研究情報ポータルサイトでは、国内の3つの臨床情報登録センター（大学病院医療情報ネットワーク研究センター〔UMIN-CTR〕、日本医薬情報センター〔JAPIC〕、日本医師会治験促進センター〔JMACCT〕）に登録された情報を横断的に検索できます。身体の部位、病名、薬名等のフリーワードで検索でき、国内の治験情報の他に、WHOのICTRPの臨床試験データ、国内・海外の治療薬についての情報が閲覧できます。
The NIPH Clinical Trials Search is a portal site to cross-search the content of three national clinical research information registries in Japan: The University Hospital Medical Information Network Center (UMIN-CTR), The Japan Medical Association Center (JMACCT), The Japan Pharmaceutical Information Center (JAPIC). It also contains data of international clinical trials registry platform, ICTRP, in WHO, so users can also find clinical trials in other countries. The contents in this site are also accessible through the ICTRP.
SSCI-Net
皮膚安全性症例情報ネット
化粧品などによる皮膚の健康被害や安全性についての症例を登録し調査解析するためのデータベースです。皮膚科関連学会会員の医療施設，日本皮膚科学会専門医主研修施設より症例情報を登録するようになっています。また、関係省庁、企業との情報連携を行っています。
一般社団法人SSCI-Net
RED II INAHO (Archive)
RED II INAHO (アーカイブ)
Rice Expression Database II INAHO
The Rice Expression Database II INAHO（RED II INAHO）は、イネのアブシジン酸とジベレリンの応答性遺伝子の転写プロファイリングを調べるために、60-merのオリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いてイネの遺伝子発現を分析したデータベースです。 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構によるオリジナルサイト（http: //red.dna.affrc.go.jp/INAHO/）の運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからRED II INAHOをご利用いただけます。
The original site (http: //red.dna.affrc.go.jp/INAHO/) has been closed. The RED II INAHO is available from LSDB archive.
九州大学 大学院医学研究院
Kyushu University Graduate School of Medical Sciences
ChIP-Atlas

論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。
ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。
1） Peak Browser
ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。
2） Target Genes
転写因子からターゲット遺伝子を予測します。
3) Colocalization
転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。
4） in silico ChIP
既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。

ChIP-Atlas is an integrative database for visualizing and exploiting public ChIP-seq data. This database covers almost all public ChIP-seq data submitted to the SRA (Sequence Read Archives) in NCBI, DDBJ or ENA. ChIP-Atlas is composed of 4 main features;
1) Peak Browser
It graphically visualizes protein bindings on given genomic loci with genome browser (IGV).
2) Target genes
It predicts target genes bound by given transcription factors.
3) Colocalization
It predicts partner proteins colocalizing with given transcription factors.
4) in silico ChIP
It predicts proteins bound to given genomic loci and genes.

GPIアンカー型タンパク質候補遺伝子データベース
ヒト、ウシ、マウスのゲノムから新規GPIアンカー型タンパク質の遺伝子を予測した結果のデータベースです。N末端、C末端からの30残基以内の平均疎水性値、C末端から30残基以内で最も平均疎水性値が高くなる残基位置、PSSMに基づく識別スコアの一覧がダウンロードできます。
株式会社情報数理バイオ
明治大学
Hokkaido university
PCoM
Protein Co-Migration Database for photosynthetic organisms
光合成を行う生物のためのタンパク質複合体解析のデータベースです。シロイヌナズナのチラコイドとSynechocystis PCC6803の細胞全体のタンパク質複合体について、Blue-Native PAGE後に切り出した各ゲル片をLC-MS/MS分析にかけたデータを収録しています。Gene-IDやタンパク質名等で検索してMigration Profieを閲覧し、目的タンパクを含むタンパク質複合体の数やその推定分子量、相対的蓄積量等の情報を得られます。
PCoM is a database of protein complexes for photosynthetic organisms. This database stores the data obtained by LC-MS/MS analysis of the protein complexes after Blue-Native Page. Each part of chloroplast from Arabidopsis thaliana and whole cells of photosynthetic micro-organisms were used for the analysis.
Atmosphere and Ocean Research Institute, University of Tokyo
CMarZ-Asia Database
Census of Marine Zooplankton-Asia Database
CMarZ （Census of Marine Zooplankton）が提供する動物プランクトンに関する情報の統合検索システムです。プランクトンの写真、スケッチ、文献の情報や生息分布図、採集地などの情報、解析された遺伝子と塩基配列が収録されています。標本の情報、種の情報、地域的な遺伝子ゲノムの情報の検索や、ブラストによる検索が可能です。
明​治​大​学​ ​農​学​部
Bioinformatics Laboratory of Meiji University
TOMATOMICS
トマトの統合オミックスデータベースです。全てのトマトのEST配列、マイクロトムの完全長cDNA配列、ITAG2.4遺伝子モデルの配列を収録しています。各配列は予測されたゲノム上の位置に基づいてクラスター化され、対応づけられており、InterProやKEGG PathwayなどのデータベースへのBLAST結果に基づいてアノテーションされています。ゲノムブラウザーである「JBrowse」では、ゲノム構造アノテーション、Heinz 1906とMicro-TomのSNP、RNA-seqの情報などをみることができます。遺伝子発現や共発現の情報もITAG gene modelについて示されています。遺伝子名、ゲノムブラウザーでの検索やBLASTによる検索が可能です。
TOMATOMICS is an integrated omics database of Solanum lycopersicum. It contains sequences of all Solanum lycopersicum ESTs, Micro-Tom full-length cDNAs, ITAG2.4 gene models, and SNPs. Sequences are assigned annotation based on the manual curation of published papers and the BLAST search. Users can search genes by keywords, browse data with a genome browser, and use BLAST. It also contains information about gene expression and coexpression.
健康食品の安全情報・被害関連情報
いわゆる「健康食品」を原因とする、国内外における過去ならびに最新の健康危害の事例を紹介します。成分名や製品名、注意喚起や勧告を出した機関名等を検索欄に入れ、関連情報を絞り込むことができます。
話題の食品・成分
「話題の食品・食品成分」は、「特定保健用食品」「ビタミン」「ミネラル」等についての情報を提供しています。「特定保健用食品」では、特定の保健機能が国によって確認され、認可を受けた食品を認可項目別に見ることができます。各食品についての成分、その分析法、安全性や有効性に関する評価試験概要を閲覧できます。また、「ビタミン」「ミネラル」ではそれぞれについて総合的な知識を得ることができるよう、文章やイラスト、表などを用いて解説しています。URLでリンクされたページの下方「話題の食品・成分」の欄からご覧下さい。
指定難病
指定難病の概要、症状、治療法、診断基準等の情報を難病別に閲覧できます。臨床調査個人票のダウンロードもできます。
厚生労働省
Japanese DNA Barcode Database Committee
DNAバーコードデータベース作成委員会
JBOL-DB
DNAバーコードデータベース (JBOL-DB)
Japanese DNA Barcode Database
DNAバーコーディングで用いられる塩基配列と証拠標本のデータベースです。日本国内で進行する複数のDNAバーコーディングプロジェクトにおいて用いられる、証拠標本の画像を含む情報とDNA塩基配列情報を併せて収録することで、DNAバーコーディングによる生物種同定の信頼性・精度を高めることを目的としています。各プロジェクトデータの横断的な検索が可能です。
JBOL-DB is a database of voucher specimen combined with their sequences for DNA barcoding. It contains information about specimen with photographs and DNA sequences.
ViBrism Database Committee
ViBrism Database
Virtual Brain with 3D-IDM Database
Virtual Brain with 3D-ISM
オリジナルのマッピング法によって遺伝子発現トモグラフィーを作成したマウス脳の遺伝子発現3Dマップです。第8週のオスの脳について、36, 558の発現マップを検索できます。また、遺伝子発現地図をファイルとしてダウンロードできます。
ViBrism Database is a 3D-map database of endogenous gene expression in a virtual whole mouse brain. The data are produced by an original mapping framework Transcriptome Tomography. It contains over 36, 000 expression maps of the adult mouse brain (C57BL6/J 8-wk male). Users can search with gene symbols ("Search by gene Name") or expression similarity ("Similarly Expressed gene Search"), and browse the data on 2D/3D expression maps. Data files of the maps are downloadable.
Kobe University
M-path
Navigating a Potential Metabolic Pathway
M-path DB is a database of metabolic pathways calculated sets of compounds from the PubChem and ChEBI databases. It contains putative metabolic pathways for a series of chemical species, and produces networks including some interesting pathways.
PubChemとChEBIから情報を取得したアミノ酸とケト酸様化合物について、計算により適切な合成系を推定したデータベースです。アミノ酸とケト酸様化合物の構造、組成、分子量と予測される代謝経路、その確からしさを示すスコアが収録されています。また、関連のある化合物の代謝経路を予測し、1つにまとめたネットワークも収録しています。化合物名、PubChem ID、組成などによりデータを検索することが可能です。
The University Museum, The University of Tokyo
Paleontology Collections Database
古生物収蔵資料データベース
東京大学総合研究博物館が収蔵する古生物資料のデータベースです。標本データベースには標本の写真と学名、文献の情報が収録されており、学名、標本番号、標本生物の棲息時代などから検索できます。その他、PDFやWebで公開されている文献ライブラリー、図版や乾板の学術資料アーカイブ、クランツコレクションも収録しています。
This database provides paleontology collections in the University Museum, the University of Tokyo. Each data contains photographs and references about specimen. This database also contains archival gallery of photoplates.
東京大学総合研究博物館データベース 動物
Tokyo University Museum, The University of Tokyo Zoology/Entomology
東京大学総合研究博物館が収蔵する動物と昆虫に関する標本のデータベースです。登録番号と種名、採取地などの情報が収録されています。
This site is an online catalog of zoological and entomological collections of The University Museum, The University of Tokyo (UMUT).
MarpolBase
The genome database for Marchantia polymorpha
Genome Database for Marchantia polymorpha

MarpolBase is a genome database for Marchantia polymorpha, which includes complete genome sequence (JGI Ver. 3.1). It consists of following tools and a database;
1) Genome browser
2) Gene Nomenclature database
3) Analytical Tools (BLAST, cDNA mapping/alignment, sgRNA designing for the CRISPR/Cas9 system etc)
4) Sequence retrieval utilities
It allows to download Marchantia genome resources.

ゼニゴケの完全長ゲノム配列のゲノム情報データベースです。ゲノムブラウザ、遺伝子の名称を組織的に命名し管理するデータベース、解析ツール（BLAST検索、cDNAマッピング、CRISPR/Cas9用のsgRNAデザインツールなど）、および塩基配列やタンパク質のデータをデータベースへ登録する機能を含んでいます。名称管理データベースには命名方法、遺伝子名と略号および発表文献などの情報が収録されており、新規の登録や編集も可能です。また、ゼニゴケの核ゲノムおよびオルガネラゲノムのダウンロードが可能です。
Japan International Research Center for Agricultural Sciences(JIRCAS)
The traditional fermented foods of Thiland
タイの伝統発酵食品データベース
Fermented foods in Thailand are classified by ingredients and described with pictures. Scientific names of organisms and microorganisms, which constitute the fermented foods, are appeared.
タイの発酵食品を原料ごとに分類し、写真と共に解説したデータベースです。発酵食品に使用された生物種名、発酵食品に含まれる微生物種の学名が掲載されています。
Common underwater plants in coastal areas of Thailand
This is a Web based pictorial database for common underwater plants in Thailand. The international collaborative research group between Kasetsart University (KU), King Mongkut's Institute of Technology Ladkrabang (KMITL) and the Japan International Research Center for Agricultural Sciences (JIRCAS) contributed to collection of these data.

タイ沿岸の水中植物のウェブ写真図鑑です。緑藻、褐藻、紅藻、車軸藻、海草の写真と採集地、水深、植物の特徴と生息場所の説明が収録されています。
このデータベースはタイのカセサート大学、モンクット王工科大学ラートクラバン校、および日本の国際農林水産業研究センターによる国際共同研究において収集され、2012年3月に出版された同名の図録を再編集したものです。

多摩森林科学園サクラデータベース
多摩森林科学園サクラ保存林に収集しているサクラに関するデータベースです。各サクラの履歴情報や花の形態測定データ、写真、遺伝子型、幼果菌核病罹病リスクなどの情報が紹介されています。種名・栽培品種名による一覧（サクラガイド）も利用できます。
シイタケ品種のDNA判別法
シイタケ栽培品種の育成者権の保護強化のため、効率良く品種判別する方法を開発しました。日本の栽培シイタケ 133品種と野生菌株21菌株を特定するIGS1-DNA情報をDDBJ/EMBL/Genbank上で公開しました。
Meiji University
PODC
Plant Omics Data Center
This database is a next-generation sequencing (NGS)-derived gene expression network (GEN) repository for a broad range of plant species. It contains transcript information (transcript variant, similarly expressed genes, transcription factor & cis-element, predicted ortholog and paralogs, and gene expression network, etc.), expression profiles of various tissues and various treated samples, and knowledge-based functional descriptions. Users can search those information by keyword search and blast search.
高速シーケンサーにより得られた遺伝子発現プロファイルデータをもとに、文献情報に基づく知識情報を組み合わせた遺伝子発現ネットワーク情報を提供するデータベースです。種々の植物の遺伝子について、遺伝子名、説明、発現プロファイル、転写因子・シス因子情報、予想される遺伝子機能等の情報、他の遺伝子との発現ネットワーク、パラログやオルソログ情報などをマニュアルキュレーションおよび自然言語処理により集積、提供しています。遺伝子、機能、サンプル条件、転写因子・シス因子に対するキーワード検索のほか、BLAST検索、GEN（gene expression network）検索も可能です。
International Cancer Genome Consortium (ICGC)
ICGC Data Portal
国際がんゲノムコンソーシアム （ICGC) に登録、公開されているがんのゲノム変異の研究データを、可視化、検索、ダウンロードするためのサイトです。日本からも国立がん研究センター等、大学や研究機関が参加し、データを提供しています。研究プロジェクトにより得られたデータそれぞれについて、医療データ、変異データ、試料データが収録されています。疾患器官、実施国、データタイプや腫瘍の進行度、患者年齢などで絞り込みが可能です。
This is the ICGC, International Cancer Genome Consortium, Data Portal, which provides tools for visualizing, querying and downloading ICGC data released quarterly by the consortium's member projects. It includes various types of data, such as genes, donors, mutations, projects, genesets, files, compounds. Clinical Data are also included.
循環器トライアルデータベース
循環器疾患を対象とした、主要な大規模臨床試験，疫学研究を収録するデータベースです。主要ジャーナルに論文掲載されたトライアルに、循環器関連の主要学会において発表されたものを追加して、目的、期間、対象などを収録しています。トライアル名、疾患分類、薬効分類、薬剤名、治療法およびキーワードによる検索が可能です。
ライフサイエンス出版株式会社
Yale University School of Medicine
HBT
Human Brain Transcriptome
HBT is a database of transcriptome data and associated metadata for the developing and adult human brain. It contains transcriptome data from experiments using the Affymetrix geneChip Human Exon 1.0 ST Arrays from over 1, 340 tissue samples obtained from both hemispheres of postmortem human brains. Samples are those from embryonic development to adulthood one, and are representative of both males and females from multiple ethnicities. Genome-wide genotyping data for 2.5 million markers (Illumina Human Omni 2.5-Quad Bead Chips) is available for all specimens upon request.
ヒトの脳に関するトランスクリプトームデータのデータベースです。死亡後の脳の両半球から得られる組織サンプルをAffymetrix GeneChip Human Exon 1.0ST Arraysを使って解析した、ゲノム全体のエクソンレベルのトランスクリプトームデータを収録しています。サンプルは初期発生から成人期の、複数の民族、男性と女性に幅広くわたっています。遺伝子発現の時間的空間的変化が遺伝子名または発生過程から検索できます。 250万のマーカー（Illumina Human Omni 2.5-Quad Bead Chips）によるゲノム全体のジェノタイピングデータがご利用になれます。
Planarian EST Database
プラナリアESTのデータベースです。独自に開発したプラナリア無性生殖個体を有性生殖個体に転換させる系(有性化)を用いて、有性化個体からcDNAライブラリを作成しました。ESTおよびクラスターの配列、アノテーション、ESTマイクロアレイテストの結果などが収録されています。ESTとクラスターの配列はFASTA形式でダウンロードが可能です。
This database is a sexualized planarian expressed sequence tag database. It contains sequence, classification, clustering, and annotation data about ESTs and clusters. Moreover, it provides results of EST microarray test.
GeneSigDB
Gene Signature DataBase
公開された文献から手動でキュレートした遺伝子シグニチャー （遺伝子発現解析結果からの変動遺伝子群） のデータベースです。主にがん、幹細胞、免疫細胞、発生、肺疾患に関連する遺伝子発現に主眼を置いた文献からデータを収集しています。ユーザーによるデータの解析やアップロードも可能です。データは、文献からの全文検索、遺伝子名、キーワード等からの検索が可能です。また、遺伝子、Mesh termのブラウズもできます。すべてのデータがダウンロード可能です。
geneSigDB is a database of fully traceable, standardized, annotated gene signatures which have been manually curated from published literatures. Data were collected from published articles which largely focused on gene expression in cancer, stem cells, immune cells, development and lung disease. Users can analyze geneSigDB gene signatures, or upload their own gene list and results can be viewed on a dynamic editable heatmap. All data can be downloaded in numerous formats including .gmt file format for gene set enrichment analysis or as a R/Bioconductor data file.
CiRA 研究活動
CiRA Research Activities
京都大学 iPS細胞研究所 研究活動
Center for iPS Cell Research and Application (CiRA)
京都大学iPS細胞研究所 (CiRA） の研究活動を紹介するサイトです。「研究材料の提供」ページでは、提供可能なヒトやマウスのiPS細胞や疾患特異的iPS細胞、マウスのES細胞やDNA試料等がリスト化されており、リストから直接提供寄託先へ申し込みができます。他に研究成果の解説、iPS細胞関係のプロトコル集、再生医療用iPS細胞ストックプロジェクトの情報などが収録されています。また、CiRAの「もっと知るiPS細胞」 のページからは、iPS細胞に関する用語説明、一般向けの教材やシンポジウムの動画などが閲覧できます。
CiRA Research Activities is a portal site for introducing research activities of CiRA, Center for iPS Cell Research and Application of Kyoto University. It contains bioresource information (Material Distribution page) related to iPS cells, and protocols of using iPS cells, and so on.
Nigel Collier
biocaster-ontology
Web 上のニュース記事を利用した感染症監視システム（BioCaster）で使用する目的で作成された、感染症に関するオントロジーです。病原体、症状、感染経路、宿主生物に関して、概念の定義と概念間の関係が記述されています。アジア太平洋地域で使用される多数の言語において各概念を表す用語を調査・収集し、オントロジーに含めています。
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC)
microRNA.org

マイクロRNAターゲット予測と発現プロファイルの包括的なデータベースです。ターゲット予測はmiRandaアルゴリズムの発展によって、発現プロファイルは哺乳類の組織や正常および疾病由来の細胞系列の大きなセットを包括的にシークエンスするプロジェクトによって得ています。
以下の３つのタブからデータが見られます。
（1）マイクロRNAの名称から、そのターゲットや発現プロファイル情報を検索。
（2）任意のmRNAをターゲットとするマイクロRNAの検索。
（3）ある生物のある部位におけるマイクロRNAの発現プロファイルを閲覧。

This site provides a comprehensive resource of microRNA target predictions and expression profiles. The target predictions of microRNAs are performed by a development of the miRanda algorithm, and microRNA expression profiles are derived from a comprehensive sequencing project of a large set of mammalian tissues and cell lines of normal and disease origin. Users are able to explore (i) the set of genes that are potentially regulated by a particular microRNA, (ii) the implied cooperativity of multiple microRNAs on a particular mRNA and (iii) microRNA expression profiles in various tissues, with an improved graphical interface. This resource provides functional information about the growing number of microRNAs, the interaction of microRNAs and those targets in many species, and novel discoveries in microRNA gene regulation.
NPEdia (Natural Products Encyclopedia) 化合物検索
NPEdia Compounds Search
理化学研究所の天然化合物バンク (RIKEN NPdepo) に登録されている化合物を検索するデータベースです。化合物の名称、CAS番号、分子量、構造、InChI情報等を収録しています。生理活性やスペクトル情報の項目もあります。化合物ID、化合物名、InChIKeyや部分構造を指定した検索が可能です。
This is a search tool for compounds in RIKEN Natural products depository (RIKEN NPdepo). Each entry contains Compound name, CAS No., molecular weight, structure, InChI key, biological activity, sourse organisms, etc.. This database allows to search using compound ID, compound name, InChIKey or chemical structure.
Screening Committee of Anticancer Drugs (SCADS)
Comprehensive transcriptomic analysis of molecularly targeted drugs in cancer for target pathway evaluation
薬剤の制ガン作用と関連する遺伝子発現変化・公開データベース
化合物の制がん作用と関連する遺伝子発現変化の情報を提供するデータベースです。5種類のヒトがん細胞株（結腸がん HT-29，卵巣がん SKOV3，白血病 K562，肺がん H2228，肺がん PC-9）をさまざまな抗がん剤で6時間ないし16時間処理し、マイクロアレイによる網羅的遺伝子発現解析によって変動遺伝子群（シグニチャー）を抽出しています。シグニチャーのリストはダウンロード可能です。また、抗がん剤の入手先、溶媒、標的分子、用いた処理濃度等のリストもご覧になれます。
This site provides gene expression profiles and related analytical tools to evaluate potential of chemical compounds as anticancer agents. The anticancer drug gene expression database contains information of gene expression profiles obtained from Human colon adenocarcinoma HT-29 cells which treated with anticancer compounds.
Shujiro Okuda laboratory
HEMM
Human-Earth Microbes and Microbiomes
人体と地球上の環境に生息する微生物と微生物層についてのゲノムとバーチャルメタゲノム（微生物コミュニティーにおける16S rRNAsから再構成したもの）のデータベースです。公共のデータベースから得られた16S rRNAシーケンスと再構築されたバーチャルメタゲノム情報とを収録しています。メタゲノム情報にはKEGG Orthology (KO) リスト、Brite Graph、Taxonomy Map、Multiple Viewが含まれています。環境、機能のカテゴリーによる絞り込みが可能です。
HEMM is a database about microbial genomes and virtual metagenomes reconstructed from 16S rRNAs in microbial communities in every biosphere on a human body and various environment. It contains samples of 16S rRNA sequences which obtained from public databases, and the metagenomic contents virtually reconstructed from them. Users are able to observe functional and taxonomic distributions of metagenomes about a wide-range environments.
University of Leipzig, University of Strasbourg
mitotRNAdb
mitochondrial tranfer RNA database
mitotRNAdb is a database of mitochondrial tRNA genes. It collects more than 30000 tRNA genes from metazoan mitochondrial RefSeq genomes. Users can search by DNA or RNA sequences, amino acid family, anticodon, references, Pubmed-ID of the reference, gene ID. In addition, searches concerning sequence or structure characteristics are possible. BLAST search is also available.
ミトコンドリアtRNA遺伝子のデータベースです。約1500種の全シークエンスされた後生動物のミトコンドリアRefSeqゲノムのうち3つ組アンチコドンのアミノ酸選択性により分類された30,000以上のtRNA遺伝子を収録しています。生物種、アミノ酸、配列、構造による検索の他、BLAST検索も可能です。
カビアレルゲン配列相同性比較データベース（ver.2）
カビ（真菌）のアレルゲン情報のデータベースです。IUIS Allergen database （http://www.allergen.org） から真菌類のデータを抽出し、4種類の菌 （黒麹菌、白麹菌、A. niger CBS、A. niger ATCC） のゲノムに対する全塩基配列の比較、専門家によるアレルゲン性の評価を行っています。各レコードにはIUIS_IDやUniportIDへのリンク、IUIS_allergenicityコメントの和訳、種名、blastp_resultなどの項目があります。
カビアレルゲンデータベース
ORFeome Collaboration
This database provides information on a set of full-length, high quality human clones ORF (Open Reading Frame = the protein-coding sequence of genes) in the Gateway cloning system ready to use for recombinant protein expression. All clones are fully sequenced and annotated. Users are able to search this collection with term(s) and/or number range(s) and use the international distributor network to obtain clones of interest.
国際共同研究グループ The international ORFeome Collaboration (OC) が提供する完全長で精度の高いヒトのORFクローンのデータベースです。29,597クローンで、RefSeq や Ensembl に収録された遺伝子17,154個をカバーしています（2016年5月現在）。各レコードには遺伝子名、Gene Bank登録番号、利用ベクター、末端配列、クローンの配布元リストなどが収録されています。
浮遊性有孔虫データベース
世界の海洋に生息する単細胞の原生動物プランクトン「浮遊性有孔虫」のデータベースです。種の分類や殻、口孔、棘状突起などの形態的特徴の解説に加えて光学顕微鏡画像、電子顕微鏡（SEM）画像、飼育された生体の動画が収録されています。分類インデックスによるブラウズやキーワードによる検索が可能です。
国立研究開発法人海洋研究開発機構 地球環境観測研究開発センター
トレニア遺伝子データベース
トレニアゲノムプロジェクトで明らかとなったトレニア （Torenia； ツルウリクサ属） のゲノムや遺伝子の塩基配列などを提供するデータベースです。cDNA塩基配列、ORF、遺伝子発現領域、シロイヌナズナのホモログが表示され、関連する遺伝子の情報に素早くアクセスできるようになっています。発現データからは、機能予測をすることもできます。遺伝子番号による検索やBLAST検索が可能です。
名古屋大学 トランスフォーマティブ生命分子研究所
jPOST project
jPOSTプロジェクト
jPOST
Japan ProteOme STandard Repository/Database
This is a proteomic database named jPOST to integrate proteome information including post-translational modifications and absolute protein abundance, acquired by multiple projects and institutions. Currently, the jPOST repository part is open for researchers to deposit their proteome datasets, and the jPOST database part allows to search information about datasets and proteins (March, 2018).
本DBは、国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の情報まで網羅したプロテオーム統合データベースです。リポジトリパート、再解析パート、データベースパートからなり、現在はリポジトリパートとデータベースパートを公開しています（2018年3月）。 データベースにはプロジェクトの名称、説明、サンプル情報や、関連タンパク質のパスウェイマップによる絞り込みリストをまとめた「Dataset」と、タンパク質のID、アミノ酸配列、ペプチド情報へのリンクをまとめた「Protein」の一覧があります。生物種、サンプルタイプ、疾患名などによる検索が可能です。
University of Montana
Dfam
This database is a collection of Repetitive DNA element sequence alignments, hidden Markov models (HMMs) and match lists for complete Eukaryotic genomes. It provides information about each model, and genome annotations for a collection of core genomes. Sequence alignments, profile HMMs, hit lists, and other underlying data are available for download.
完全長の真核生物ゲノムにおける反復DNA配列の配列アライメント、隠れマルコフモデル、適合リストのコレクションです。配列の説明、記載文献、分類、モデルとdfam配列間での一致度などを収録しています。データはダウンロード可能です。
TreeFam

動物のゲノムから推測される遺伝子の系統関係のデータベースです。種々の動物ゲノムの配列情報を用いて、オーソログやパラログについての信頼できるキュレーションされた情報を提供することを目的としています。
生物種間で保存されているドメインや機能、動物門での保存率、系統樹、相同配列などが収録されています。配列やキーワードによる検索が可能です。また、配列ファミリーの一覧や種の一覧、系統樹からのブラウズも可能です。検索データおよび全てのデータのダウンロードが可能です。

TreeFam is a database of phylogenetic trees inferred from animal genomes. It provides the following information about the TreeFam gene family:
1) Summary page
Textual background information on the TreeFam gene family
2) Trees
Reconciled gene tree
3) Alignment
An alignment of all homologous sequences in the TreeFam family
4) Sequences
Information about sequences in the TreeFam family, including e-values, Pfam domains, sequence description, and the species name
5) Species
Interactive tree graphic displaying species distribution for the full alignment.

Howard Hughes Medical Institute
iPfam
iPfam is a database about physical interactions of proteins that have a known structure reported in the Protein DataBank (PDB). It provides information about interactions between protein domains and protein-ligand interactions.
タンパク質ファミリーに関する物理的相互作用のデータベースです。Protein DataBank（PDB）から抽出した既知タンパク質構造から計算されたタンパク質ドメイン間の相互作用、リガンドとの相互作用の情報を収録しています。また、リガンドの分子量、パートナードメインなども収録しています。タンパク質ドメインとリガンドそれぞれについてブラウズやアミノ酸配列による検索が可能です。
いきものログ
生物多様性データを統合的に共有化する目的で、全国の生物情報を集積、共有、提供しているシステムです。観察された生物の確認年月日と場所、和名、学名、写真、報告者が登録されています。確認年月日や和名などによる検索や里山、外来種などテーマ別の検索が可能です。また、レッドデータブック・レッドリストの情報も収録されており、絶滅危惧種の図鑑の閲覧や、分類群や危惧レベルによる検索が可能です。環境省や一般団体が実施する市民参加型の調査についての内容確認や参加申し込みもできます。なお、生物情報を登録する場合はユーザー登録が必要です。
環境省自然環境局 生物多様性センター
新品種の紹介
農研機構作物研究所が育成した作物新品種の一覧です。イネ、小麦、大麦、大豆、かんしょ、アマランサス、ごまの新品種について、品種名、品種登録年月、交配組み合わせと品種の特性が収録されています。また、それぞれの品種について食味、病害虫耐性、外観などの特長をまとめたパンフレットもご覧になれます。種子の入手先リストも公開されています。
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
育成系統情報
農研機構が作製、保管する育成系統 (品種登録前の品種候補） の一覧です。水稲、小麦、大麦、大豆について、系統名、系統育成年、主要特性や栽培適地の情報を収録しています。それぞれの品種について配布試験成績概要もご覧になれます。種子などは原則として試験研究あるいは交配目的などに提供可能です。（条件審査有り）
イネ遺伝解析材料の種類
農研機構作物研究所から配布可能なイネ遺伝解析材料 （染色体断片導入系統群）の情報を収めたサイトです。コシヒカリ*5/O.rufipogon および いただき*5/O.glumaepatula によって作成された染色体断片導入系統群 （BC4F5） について、DNAマーカー (SSRもしくはInDel マーカー) により遺伝子型を調べた結果がダウンロードできます。種子の分譲は、研究機関での研究目的に限られています。
家畜疾病図鑑Web
家畜疾病の特徴と対策をまとめたデータベースです。ウシ、ウマ、めん羊、ヤギ、豚・イノシシ、家禽の疾病について、罹患動物の種類、特徴と対策が収録されています。法定伝染病や届出伝染病の区別も記載されています。家畜別、病因別 （ウィルス、プリオン、細菌など） などのリストから検索が可能です。
イネゲノムリンク集
作物ゲノム育種研究センターによるイネゲノム関連データベースのリンク集です。品種特性や実験材料に関するデータベースも紹介されています。
作物ゲノムリンク集
作物ゲノム育種研究センターによる作物ゲノム関連データベースのリンク集です。作物全体、ダイズ、ムギ類、果樹類、野菜類、飼料作物類、花き類に関するデータベースが収録（一部今後収録予定；2016年3月現在）されています。
薬膳 （YAKUZEN）
食材が持つ効能 (性味,帰経など) と薬膳レシピのデータベースです。食材の効能検索では、効能の他、含有成分、標準成分表、アミノ酸組成表が収録されています。また食材、効能、体質九分類から薬膳レシピが検索できます。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
Metabolite Ecology DB
The Metabolite Ecology DB is a collection of information on the distribution of metabolites in various organisms. The database connects compounds, based on their IDs (KEGG) and names, with their distribution in the organism, as well as primary research articles describing the distribution. The database is searchable by compound ID (KEGG) or name and organism.
植物の代謝物を分布様式、生物活性ごとに分類し、代謝物、代謝物質の生態学的活性とその対象生物という関係を検索できるデータベースです。代謝物名、代謝物が存在する生物・組織、カテゴリー、文献情報等を収録しています。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
病害虫図鑑
作物につく病害虫のデータベースです。病害または病害虫の一般名称、学術名称、罹患作物名、被害と見分け方、予防方法および症状の写真を収録しています。作物名や病害虫の発生部位、キーワードによる検索が可能です。
岡山県農林水産部農産課
雑草図鑑
水田や畑に生息する雑草のデータベースです。雑草の学名、俗称、発生場所や生息状況の説明および写真を収録しています。発生場所やキーワードによる検索が可能です。
PDBj入門
PDBj numon
This site contains educational resources about PDBj. It is written to help a lay audience understand protein conformation.
PDBjの教育的コンテンツ （辞典、解説記事、ペーパークラフト素材、ゲーム、過去の講習会の資料など） をまとめて提供しているサイトです。立体的なタンパク質の構造を理解するための一般向けコンテンツが含まれています。
DBKERO

本データベースはヒトゲノム多型・変異に生物学的機能注釈を与えるべく、ゲノム変異位置、近傍のエピゲノム（ヒストン修飾、DNAメチル化パターン）、トランスクリプトーム情報（発現量、スプライスパターン）をヒトゲノム情報に統合したものです。
DBTSS (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00045) の兄弟サイトであり、KEROでは特に、培養細胞系あるいは生物種を超えてマウスをはじめとする動物モデル系から得られたオミクスデータに焦点を当てています。

KERO is a database that integrates single nucleotide variations, epigenomic data (histone modifications and methylation patterns of DNA) and transcriptomic information (expression levels and patterns of splicing) with human genomic information. This is a fellow site of DBTSS (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00045), and the multi-omics data of cultured cells and model organisms are further connected in KERO.
University of Southampton
DBASS
DBASS is a comprehensive repository of new exon boundaries that were induced by pathogenic mutations in human disease genes. This database consists of two databases, DBASS3 and DBASS5. They provide aberrant 5'- and 3'-splice sites that were activated either by mutations in the consensus sequences of natural exon-intron junctions (cryptic sites) or elsewhere ('de novo' sites). Data in DBASS3 and DBASS5 can be searched by disease phenotype, gene, mutation, location of aberrant splice sites in introns and exons and their distance from authentic counterparts, by bibliographic references and by the splice-site strength estimated with several prediction algorithms. The user is also able to retrieve reference sequences of both aberrant and authentic splice sites with the underlying mutation.
DBASSは病原性変異によってヒトの遺伝子に生じたスプライス部位の情報を収録したデータベースです。異常な5’または3’スプライス部位の情報を収録した、DBASS3とDBASS5の二つのデータベースから構成されています。疾患の表現型、遺伝子名、変異情報等から検索をすることができます。
The Hospital for Sick Children, University of Toronto
DAnCER
Disease Annotated Chromatin Epigenetics Resource
DAnCERはヒトおよびモデル動物のクロマチン修飾関連遺伝子のデータベースです。文献や種々のゲノムデータベースから実験結果によって確かめられた遺伝子情報を収集し、収録しています。また、実験的に確認されていないものの、配列の類似性やタンパク質ドメイン構成からクロマチン修飾関連遺伝子と予測されるものについても収録しています。ホモロジーの情報やドメイン構成、タンパク質複合体構成、タンパク質３次元構造等の情報に加え、ヒトのクロマチン修飾関連遺伝子に関しては、タンパク質間相互作用のネットワーク解析による疾患に関するアノテーションが付加されています。
DAnCER is a database which integrates information on genes with chromatin modification (CM) function from five model organisms, including human. Currently integrated information on this database are gene functional annotations, Pfam domain architecture, protein interaction networks and associated human diseases. Additional supporting evidence includes orthology relationships across organisms, membership in protein complexes, and information on protein 3D structure. These data are available for 962 CM genes which are experimentally confirmed and manually curated and for over 5000 genes with predicted CM function on the basis of orthology and domain composition. DAnCER provides visual explorations of the integrated data and flexible query capabilities using a variety of data filters. Particularly, disease information and functional annotations are mapped onto the protein interaction networks, enabling the user to formulate new hypotheses on the function and disease associations of a given gene based on those of its interaction partners.
EuPathDB Project Team
MicrosporidiaDB
MicrosporidiaDB is a functional genomic database serving the microsporidia research communities. MicrosporidiaDB contains the genomes of Encephalitozoon cuniculi, E. intestinalis and E. bieneusi. Genomic scale data can be serched based on BLAST searches, annotation keywords and gene ID searches, GO terms, sequence motifs, protein characteristics, phylogenetic relationships and functional data such as transcript (microarray and EST evidence) and protein expression data. This database belongs to the EuPathDB family of databases.
微胞子虫のゲノム及びゲノムの機能解析結果をまとめた統合データベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。種々の微胞子虫の配列とアノテーションデータを収録しています。遺伝子、ゲノム、モチーフ、EST、ORFに対して多様な種類の検索機能やデータダウンロード機能、バイオインフォマティクスツールを提供しています。
The RIKEN integrated database of mammals (理研哺乳類統合データベース)
The RIKEN integrated database of mammals
理研哺乳類統合データベースは、理研の哺乳類を使用した多数の大規模プロジェクトからもたらされるデータを、継続的に、アクセスしやすく公開するためのデータベースです。FANTOMやENUマウスミュータジェネシスプロジェクト、小脳発達トランスクリプトームデータベースなど理研独自のデータベースに、セマンティックウエブで遺伝子やオントロジーの情報を統合しています。他のデータベースでデータが再利用できるように、RDFやOWLなどの形式でデータが提供されています。2015年6月にRIKEN SciNetSからRIKEN META DATABASEへと移行しました。
The RIKEN integrated database of mammals collects data from large-scale programs using mammals in RIKEN, such as FANTOM, ENU mutagenesis program and RIKEN Cerebellar Development Transcriptome Database (CDT-DB). In this database, original data are connected with public information such as genes and ontologies using the semantic-web technology.
The CUCKOO Workgroup
CPLM
Compendium of Protein Lysine Modifications

CPLA is a compendium database for lysine acetylated substrates. It contains 3,311 unique protein entries with 7,151 experimentally identified lysine acetylation sites, that were manually collected from the scientific literature. The regulatory roles of lysine acetylation were statistically analyzed with the gene Ontology (GO) and InterPro annotations.

Combinations with protein-protein interaction information are systematically discovered a potential human lysine acetylation network (HLAN) among histone acetyltransferases (HATs), substrates and histone deacetylases (HDACs). There are 1862 triplet relationships of HAT-substrate-HDAC retrieved from the HLAN, at least 13 of which were previously experimentally verified.

CPLMはタンパク質のリジン修飾に関するデータベースです。文献より収集した4万を超える数のタンパク質について、実験的に同定されたリジンの修飾位置と基質情報を収集しています。アセチル化、ユビキチン化、スモ化、メチル化、ブチル化、クロトニル化、糖化、マロニル化、フォスフォグリセル化、プロピニル化、スクシニル化、pup化などの情報を収録しています。UniProtの登録名や遺伝子名、機能などから検索することができます。
ハイパー植物図鑑
日本でよく見られる500種類の園芸植物の画像と簡単な説明が収録されています。和名、科名、学名で検索できます。また、植物に持つイメージ（ex. 派手な、奇妙な、現代的な）のスコアを入力して検索することも可能です。大阪花の博覧会で参考出品された「マルチメディアによる未来の植物図鑑」を実験的にWWWに移植したサイトです。
近畿大学 生物理工学部
ひと目でわかる花と野菜の病害虫 （大阪府園芸植物病害虫図鑑）
農家、農業技術者、市民を対象とした、花や庭木、野菜、果樹、稲の病害および病害虫の図鑑です。植物の種類ごとに病害と病害虫がまとめられており、病態や病害虫の写真や被害の特徴、発生生態、防除方法などが詳しく掲載されています。
社団法人大阪府植物防疫協会
広島大学デジタル自然史博物館

広島大学が保有する植物、動物、化石、岩石、鉱物などの学術標本資料や、生物教材を閲覧できます。
「植物」では、広島大学の植物学研究を特色づけたコケ植物に関する様々な情報や標本、文献データベースを提供しています。
「動物」では、瀬戸内の海産プランクトンや魚、水生昆虫を紹介しています。また、広島大学が世界に誇るカエルの系統維持と研究成果を紹介しています。
「化石、岩石、鉱物」では、岩石と鉱物の分類を、美しい画像と分かりやすい解説で紹介しています。日野化石コレクションも画像付きで提供しています。
「生物教材」では、教育現場に直結した広島大学オリジナルの生物画像や映像を提供しています。

広島大学
The Royal Liverpool and NHS Broadgreen Hospitals
University of Liverpool
AFND
Allele Frequency Net Database
AFND is a public database containing frequency information of several immune genes such as Human Leukocyte Antigens (HLA), Killer-cell Immunoglobulin-like Receptors (KIR), Major histocompatibility complex class I chain-related (MIC) genes, and a number of cytokine gene polymorphisms. It contains information at allele, haplotype and genotype level depending on the polymorphism. Users can navigate in a number of different options to search population frequencies, and also some other tools that can be useful for the community.
免疫関連遺伝子の遺伝子多型に関する地域・民族集団ごとの頻度情報を収めています。ヒト白血球型抗原（HLA）、キラー細胞免疫グロブリン様受容体（KIR）、主要組織適合性複合体クラスI 鎖関連遺伝子（MIC）および多数のサイトカイン遺伝子多型に関連した遺伝子出現頻度情報を収録しています。
Center for Informational Biology, Ochanomizu University
お茶の水女子大学 大学院人間文化創成科学研究科
RESOPS
RNA Editing Site on Protein 3D Structure
RNA Editing Sites to Protein 3D Structure
陸上植物のオルガネラ（ミトコンドリアと葉緑体）のRNA編集部位とタンパク質構造に関するデータベースです。RNA編集により生成されるタンパク質のRNA編集部位や置換パターン、アミノ酸の種類に関する情報を収録しており、またその立体構造の視覚化も可能です。
RESOPS is a database for analyzing the correspondence of RNA editing sites to protein 3D structures. RNA editing data mapped onto amino acid sequence data can be downloaded. The database contains information on amino acid conversion pattern and correspondence to the protein 3D structure data auto-calculated based on these data.
Division of Computational Systems Biology, University of Vienna
EffectiveDB
EffectiveDBはバクテリアのタンパク質について分泌予測を行った結果を収録したデータベースです。予測は真核生物のドメインとの類似性に基づく手法と、シグナルペプチドの検出に基づく手法の、2つの対照的な手法を用いて行われます。病原性細菌および共生細菌についてのすでに計算済みの結果の閲覧と、ユーザーがサブミットした配列に対する予測の両方が可能です。
The Effective is a database for bioinformatic identification of eukaryotic-like domains that is performed by evaluating the taxonomic distributions of protein domains in a representative number of genomes of pathogens, symbionts, non-pathogens and eukaryotes (classification of bacteria according to the organism info in the microbial genome projects list of the NCBI). All protein domains that occur in eukaryotes and pathogens or eukaryotes and symbionts, but not or only rarely in non-pathogens, are detected.
Korean BioInformation Center
VnD
Genetic Variation and Drug

VnD is a integrated database of the trilateral relationship among genomic variations, human diseases, and drugs. This database provides information about conformational changes and mutant proteins from drug-related genes, and structural and biochemical properties relevant to drug binding.

VnD includes:

(1) disease-related gene records and genetic variation records, which systematically integrated various resources

(2) conformational changes in wild-type and mutant proteins from drug-related genes

(3) the structural and biochemical properties relevant to drug binding such as the distribution of SNPs in proximal protein pockets, thermo-chemical stability, interactions with drugs and physico-chemical properties

ヒトの疾病に関連する遺伝子多型と、多型に由来するタンパク質構造、薬剤の関係についての統合データベースです。薬剤ターゲットのタンパク質について、野生型タンパク質の構造と多型由来タンパク質のモデル構造、それらのタンパク質とリガンド（薬剤）とのドッキングシミュレーションによるΔG値を収録しています。PDB、UniprotのIDあるいはSNP名、遺伝子名、関連疾患名での検索が可能です。
Department of Computational and Data Science, Indian Institute of Science
WebGeSTer DB - A Transcription Terminator Database
原核生物のゲノムとプラスミドの配列から、ターミネーター情報をまとめたデータベースです。生物名、遺伝子名から遺伝子下流配列中のターミネーター位置を検索できます。検索されたターミネーターを配列上にマッピングして表示することが可能です。
WebGeSTer DB is a database of intrinsic transcription terminators, and comprises of >2,200,000 terminators identified from a total of 2036 chromosomes and 1508 plasmids. This database contains information about structural parameters of individual terminators such as sequence, length of stem and loop, mismatches and gaps, U-trail, genomic coordinates and gene name and accession number in both tabular form and as a composite figure.
NITE酵母画像データベース （NITE NBRC Yeast Image Collection）
製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンターが保有する酵母の電子顕微鏡画像のデータベースです。3種の形状（細胞、菌糸、胞子）画像と、撮影時の培地条件に関するデータを収録しています。
独立行政法人 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター
University of Delaware
PRO
Protein Ontology

タンパク質のオントロジーのデータベースです。現段階ではヒト、マウス、大腸菌のタンパク質アイソフォーム、変異体、および修飾体と、それらの複合体に関する統合的な情報を、階層構造状に整理して収録しています。
Open Biomedical Ontology Foundryの一部です。

PRO provides an ontological representation of protein-related entities by unambiguously defining them and showing the relationships between them. Each PRO term describes a distinct class of entities (including specific modified forms, orthologous isoforms, and protein complexes) ranging from the taxon-neutral to the taxon-specific.
Department of Molecular Genetics, University of Toronto
RBPDB
The database of RNA-binding protein specificities
RBPDB is a collection of RNA-binding proteins linked to a curated database of published observations of RNA binding. RBPDB can be searched in gene symbol, name or description, and experiments by experiment type, sequence or PubMed ID through the search boxes at the top of every page.
RNA結合タンパク質のデータベースです。手作業によってキュレーションされたRNA結合タンパク質はRNA結合ドメインごと、または生物種ごとに分類されています。遺伝子名あるいは核酸配列による検索が可能です。データベース全体のダウンロードをCSV形式や、ダンプされたファイル形式などで行うことができます。また、自分のデータをサブミットすることもできます。
Ehime University
愛媛大学
ChemTHEATRE
ChemTHEATRE is a database to deposit and visualize monitoring data of environmental contaminants, especially chemicals in organisms. The data were collected from published articles and reports by public institutions. Each dataset comprises measurement data, experimental methods (Instrument information, Extraction method, Clean-up method, etc.), and biological specimens (Instrument group, Name of instrument, Extraction method, Clean-up method, etc.).
環境内、特に生物中の化学物質濃度情報を収集したデータベースです。論文や公的機関によるレポートによる情報を統一された書式で登録しています。各データセットには実験方法に関する情報（器具、抽出方法、浄化方法など）、生物試料に関する情報（採集日、採集地、Taxonomy ID、組織名など）、および計測データが含まれています。
ネパール植物標本データベース （シダ植物）
Flora of Nepal Database (Ferns and its allies)
東京大学植物標本室に収蔵されているネパール産維管束植物標本のうちシダ植物の情報を公開しています。採取場所に関する位置情報、画像データ等が掲載されています。学名や地名、採集情報による検索が可能です。
Flora of Nepal Database (Ferns and its allies) is a database of specimens of pteridophytes in Nepal that are reserved in the University Museum at the University of Tokyo. Each entry includes primary collection data and images. This database is searchable by species, intraspecific taxa, locality, and primary collection data.
母子保健・医療情報
母子保健・医療に関する情報を、政府の基本統計や各種報告書等を元にまとめたデータベースです。主に調査研究を行っている報告書等を対象として情報収集しています。文献の書誌情報と共に、調査対象や調査の実施情報を整理し、掲載しています。
山梨大学大学院医学工学総合研究部
第1回レセプト・特定検診等情報データベース(NDB)オープンデータ
「レセプト情報・特定健診等情報データベース（以下NDB）」に蓄積されたレセプト情報及び特定健診情報を抽出し、集計データとして公表するサイトです。全国のレセプト内容を整理した算定情報、特定検診の各項目における都道府県別性年齢階級別分布等がダウンロードして閲覧できます。「データ編」では集計表を、「解説編」ではNDBの利活用に関する現況を紹介するとともに「データ編」で取り上げた集計表について、項目や留意事項の解説をしています。
Nagoya University, Graduate School of Information Science
名古屋大学大学院 情報科学研究科
PSCDB
Protein Structural Change DataBase
タンパク質のリガンド結合に伴う立体構造変化を整理したデータベースです。各タンパク質について、リガンド結合時および非結合時の構造（PDBリンク）、機能（EC番号、CSA distance）、リガンド情報、構成する可動部位、非可動部位の情報などを収録しています。タンパク質の立体構造変化を運動の種類とリガンド結合部位との位置関係によって７つのクラスに分類しています。
The PSCDB contains information on the relationship between protein structural changes and ligand binding. Structural changes are classified into seven distinct classes based on the location of the ligand binding site and the mechanism underlying the structural change.
KANPHOS Platform Committee
KANPHOS
Kinase-Associated Neural Phospho-Signaling

KANPHOS is a database for proteins that related to kinase-associated phospho-signaling systems in neural cells. It provides information on proteins that are activated (or inhibited) by kinases in response to extracellular stimuli.
This database supports three search modes:
1) Search for substrates phosphorylated by a specific kinase.
2) Search for kinases that phosphorylate a specific substrate.
3) Search for kinases and their target substrates by a specific signaling pathway.
Registration is required for full access.

リン酸化について独自の研究と公表された文献情報から整理したデータベースです。リン酸化酵素が細胞内シグナル伝達において修飾するタンパク質のUniprot ID、PhosphoSitePlus®へのリンク、リン酸化サイトの情報を中心に、リン酸化酵素・基質の機能や関連パスウエイ（関連疾患）に関する情報を収録しています。リン酸化酵素、基質、パスウェイからの検索が可能です。データを見るには登録とログインが必要です。
シロイヌナズナ転写因子クローン（TF clone）データベース
TF clone
The TF clone database provides the information of ORF clones (without STOP codons) of Arabidopsis transcription factors in the Gateway vector system. Also included in the database are RIKEN Arabidopsis Transcription Factor (RARTF) clones, based on TAIR10 gene annotation data, and other TF genes. Each entry contains the AGI code, Clone ID, ORF sequence, and gene annotation data. Users can search the TF clone database using keywords from TAIR10 annotations and the family name of the RARTF database, as well as the distribution information in the "Contact" tab.
産業技術総合研究所と理化学研究所環境資源科学研究センターより寄託されたTF clone（シロイヌナズナの転写因子のORF clone）の総合カタログです。公開済みの理研RARTF cloneのデータもここに含まれています。AGIコード、アノテーション、クローンID、クローンの入手先などの情報を、RARTFで定義された遺伝子ファミリーや、キーワードにより検索できます。クローンの配布についてはContactタブから情報へリンクされています。
セルフメディケーションデータベース
JSM-DB

OTC医薬品および指定医薬部外品を中心としたヘルスケア製品の商品情報のデータベースです。
添付文書情報や成分・分量や効能・効果、用法・用量などを収録しています。生活者向けの情報提供サイト「おくすり検索」（無料）と医薬品業界のメーカー・卸・ 小売業者向けの登録サイト「JSM-DB」（有料）とで構成されています。

セルフメディケーション・データベースセンター
U.S. Department of Health & Human Services
HealthData.gov
HealthData.gov is a repository of health data. It contains information about clinical care provider quality, nationwide health service provider directories, databases of the latest medical and scientific knowledge, consumer product data, community health performance data, government spending data, and much more.
米国保健福祉省（U.S. Department of Health & Human Service）が提供する保健データの共有レポジトリサイトです。医療機関や政府機関において得られた臨床データ、全国的な医療サービス、最新の医薬品や医療科学の情報、コミュニティ健康活動などのデータセットが登録されています。
FAIRsharing
FAIRsharing.org
This site for FAIRsharing.org is a registry site intended to promote data-sharing in the sciences, such as life, environmental, and biomedical sciences. It consists of "Standards", "Databases", "Policies", and "Collections" sections that catalog both in-house and crowd-sourced curated descriptions. The Biosharing.org (https: //biosharing.org) has been developed into the FAIRsharing.org in July, 2017.
生命科学、環境科学、バイオメディカル分野を中心としたデータ共有のためのレジストリサイトです。2017年7月に前身であるbiosharing.orgからFAIRsharing.orgへ変更され、カバー範囲をサイエンス一般に拡大しました。Standards, Databases, Policies, Collectionsの４種の情報をカタログ型に整理し、提供しています。Standardsはオントロジーなどを、Databasesはデータベースに関する情報を、Policiesはデータ共有やメタデータに関するポリシーを、Collectionsは関連する組織等の情報をまとめています。
North Carolina State University
Dryad
Dryad Digital Repository
Dryad is a repository for data files associated with published scientific and medical literature. Users can examine the cited publication, its keywords, and a description of the data. All data submitted to Dryad are provided with the Creative Commons Zero (CC0) license.
発表された論文に関連するデータのレポジトリです。登録されたデータの説明と、各論文についてオリジナルサイトの情報やキーワード、対象生物等の説明等が閲覧できます。登録されたデータはダウンロードが可能で、Creative Commons Zero (CC0) で提供されています。
脳科学辞典

脳科学分野で使用される用語を解説したデータベースです。大きな領域である脳科学分野において、学生や研究者が自分の専門以外の分野を容易に理解でき、最近の研究動向についての知識もある程度得られるように記述されています。
脳科学辞典の作成は、2015年2月より日本神経科学学会の事業として位置づけられています。

日本神経科学学会
野生動物遺伝資源データベース
国立環境研究所の環境試料タイムカプセル棟および京都大学野生動物研究センターで保存されている野生動物の細胞・組織・DNAサンプルについての情報検索システムです。サンプルの採取生物種、組織、サンプル保管場所などの情報が収録されています。生物種の分類、種名、生物種、組織部位などによる絞り込みが可能です。
京都大学野生動物研究センター
絶滅危惧種サンプルデータベース：藻類
国立環境研究所の微生物系統保存施設で保有している絶滅危惧藻類の保存株を検索できるシステムです。絶滅危惧種の紅藻および車軸藻について、和名、学名、分類群、RDBランク、採集地、採集年、保存株番号 と画像を収録しています。藻類の分類、種名、RDBランク、採集地、採集年による絞り込みが可能です。
国際マングローブ生態系協会
TroCEP
熱帯・亜熱帯沿岸生態系データベース
Tropical Coastal Ecosystems Portal
世界のマングローブの分布図とマングローブを構成する植物種リスト、熱帯・亜熱帯沿岸生態系の基礎情報を集約したサイトです。マングローブを構成する植物種は国/地域や種によるソートが可能です。植物種のリスト（全植物種、各地域ごとの植物種）のダウンロードもできます。
TroCEP provides information on tropical coastal ecosystems; world distribution maps, plant species lists and ecosystem functions. Lists of Mangrove Flora are downloadable and are sorted by country/territory or species.
JaLTER Data Catalog Search
JaLTER Metacat サービス
JaLTER Data Catalog Search is a search system for ecological observation database managed by JaLTER in order to facilitate long-term ecological researches. It provides metadata of each dataset, and simply browse datasets by category such as JaLTER sites, ecosystem types, projects and targets for measurement.
長期生態学研究の促進を目的とした、生態系観測データの検索サービスです。データセットごとにデータのメタデータ、データセットの所有者連絡先や地理情報、サンプリング等の方法、データセット利用条件が提供されています。プロジェクト名、生態系タイプ（森林、海等）、測定項目（気象, 水文, 水質, フラックス等）、日本各地のJaLTERサイトの名称による絞り込みが可能です。
Chironomid DNA Barcode Database
ユスリカ標本DNAデータベース
Chironomid DNA Barcode Database is a search system for DNA barcoding information on chironomid specimens. It provides information for DNA sequence, taxonomic classifications, and collection places of samples. DNA barcoding has been used to identify species, along with morphological and ecological observations. The data in this database were published on GBIF (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00069).
DNAバーコーディングを進める上で得られた、ユスリカのDNA塩基配列、種、採集地などの情報を収録したデータベースです。各詳細データには標本番号、種名、採集地、アクセッション番号 (DDBJ)、ハプロタイプおよび標本写真が含まれています。DNA情報を形態学的・生態学的な情報と併せることで種判別を行えます。GBIF（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00069 ）へデータを提供しています。
国立遺伝学研究所
REFOLDdb
REFOLDdbは、論文等で公開された組み換えタンパクのリフォールディング手法を収集したデータベースです。文献、タンパク質情報、実験情報を組み合わせ、文献に基づくリフォールドの最適な条件を探すことができます。各種統計情報からのデータの閲覧、Blast検索、データの一括ダウンロードもできます。Monash Universityが2006年から公開していたREFOLD database（http ://refold.med.monash.edu.au）のデータもMonash Universityの研究チームと協議の上、このデータベースで利用できるようにしています。
REFOLDdb is a database for the protein refolding methods, which based on published papers written about the refolding of recombinant proteins. A combined search (Article and Protein and Experiment), Blast search and statistics of REFOLDdb are available. All REFOLDdb data is freely downloadable. All data in the other REFOLD database（http ://refold.med.monash.edu.au） managed by Monash University (Australia) have been integrated with this database.
ゲノム医療研究支援情報ポータルサイト
ゲノム医療研究支援情報ポータルサイトでは、国内の主なバイオバンクの一覧（保管試料に関する情報、利用条件等）、AMED Genome group sharing Database (AGD) や東北メディカル・メガバンク(ToMMo) のスーパーコンピュータ供用サービスの情報に加え、倫理的課題等に関する参考資料、各種関連情報（調査レポート、指針等）を提供しています。国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）が推進する「疾病克服に向けたゲノム医療実現プロジェクト」を中心としたゲノム医療研究に携わる研究者のサポートを目的として立ち上げられたものです。
国立研究開発法人日本医療研究開発機構
抗体医薬品データベース
抗体医薬品データベースでは、バイオ医薬品として知られる抗体医薬品に着眼し、承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を表示し、主な適応疾患ターゲットタンパク質や適応疾患と関連するパスウェイ情報を提供しています。DrugBankやPDB、UniProtデータへのリンクも提供しています。データはテキストによる検索が可能です。
NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium
Roadmap Epigenomics Project
This is a portal site of Roadmap Epigenomics Project. The NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium has generated high-quality, genome-wide maps of histone modifications, chromatin accessibility, DNA methylation and mRNA expression across 100s of human cell types and tissues. Users can browse available data and view data tracks on a USCS Genome Browser. Protocols and Tools are also available.
ヒトのエピゲノムデータをまとめたRoadmap Epigenomics Projectのウェブサイトです。The NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortiumは、ヒトの疾患に関連する様々な組織や細胞種ごとのヒストン修飾やDNAメチル化などのエピゲノム地図を提供することを目的としています。本サイトでは、成人、胎児、脳、幹細胞などの項目ごとにデータを閲覧でき、USCS Genome Browserでゲノム上の情報を見ることができます。プロトコルやツール、プロジェクト情報も提供しています。
dbDNV
Duplicated-gene Nucleotide Variants
The dbDNV is a database about duplicated gene nucleotide variants (DNVs), which assist users to distinguish DNVs from single nucleotide polymorphisms (SNPs). It allows users obtain duplicated gene loci (DGL) by querying via the NCBI accession number of a reference transcript. Users can also browse the identified DNVs in the genomic order by clicking the chromosome name, and also get a list of DNVs after specifying a chromosome or a genomic region. By using IDs of the existing SNP records in dbSNP, users can find the DNVs located on the same genomic position of the SNPs.
dbDNVは重複遺伝子の塩基配列の多様性 (duplicated-gene nucleotide variants:DNVs) を収録したデータベースです。近傍に存在する重複遺伝子の中にある単塩基の違いはSNPと間違えられることがあり、これを防ぐためreference genome内のDNVsを解析しデータベースにまとめています。NCBIのアクセッションナンバーをキーにして重複遺伝子の遺伝子座を見つけたり、染色体番号や絶対位置をキーにしてDNVsを見つける他、既にSNPとして報告されているDNVs関連SNPsをrs番号をキーにして検索することができます。
King Abdullah University of Science and Technology
サウジアラビア
Saudi Arabia
DDPC
Dragon Database of Genes Implicated in Prostate Cancer
DDPCは実験的に検証された前立腺がん関連遺伝子の知識統合データベースです。前立腺がん遺伝子に関して、遺伝子情報、実験的エビデンス、関連タンパク質、オントロジー、関連パスウェイ、関連疾患、オルソログ情報、転写調節因子情報、テキストマイニングの結果が閲覧できます。また、DrugBankからの前立腺がんに関連する医薬品の情報も収録しています。
DDPC is an integrated knowledgebase of genes experimentally verified to be involved in prostate cancer (PC). The database provides gene-associated data such as protein annotation, molecular pathways, ontologies and transcription regulation. This database contains information on pre-compiled literature based text-mining report. Moreover, it contains DrugBank data on drugs associated with prostate cancer.
McGill Epigenomics Data Coordination Centre
McGill Epigenomics Mapping Centre
IHEC Data Portal
The International Human Epigenome Consortium Data Portal
The IHEC Data Portal is a web resource to view, search and download epigenomics data released by the IHEC-associated projects such as ENCODE, NIH Roadmap, CEEHRC, Blueprint, DEEP, AMED-CREST, and KNIH. The International Human Epigenome Consortium (IHEC) coordinates the production of human reference epigenome maps relevant to health and disease. Users can select the datasets to view them in the grid, download or display them in a UCSC Genome Browser.
国際ヒトエピゲノムコンソーシアムThe International Human Epigenome Consortium (IHEC)のデータを検索、閲覧するサイトです。IHECは、様々な病気や生命現象に関わるヒトエピゲノム地図をつくることを目的とした国際コンソーシアムであり、本サイトにはENCODE、NIH Roadmap、CEEHRC、Blueprint、DEEP、AMED-CREST、KNIHからデータを提供されています。生物種、組織やアッセイ方法、提供機関を選んで、利用可能なデータセットをグリッド表示したり、UCSC Genome Browserでのトラック表示ができ、データの一括ダウンロードも可能です。
Department of Electrical Engineering, National Cheng Kung University
YPA
Yeast Promoter Atlas
YPA is a database which collected comprehensive promoter features in Saccharomyces cerevisiae. The database intergrates various resources including promoter sequences, TSSs, 5'- and 3'UTRs, TATA boxes, TFBSs, nucleosome occupancy, DNA bendability, TF-TF interaction, and gene expression data. It provides a comprehensive view of the promoter regions.
酵母のプロモーターのデータベースです。プロモーターを特徴づける様々な情報（プロモーター配列、遺伝子の転写境界転写開始部位: TSSs、5'-UTRや3'UTR、TATA boxes、転写因子結合部位、nucleosome occupancy、DNA bendability、転写因子の結合や転写因子のノックアウトによる発現変動、転写因子間の物理的相互作用 ）をまとめています。遺伝子あるいは転写因子から検索を行うことができます。
BC Cancer Agency's Genome Sciences Centre
McGill University
CEEHRC NETWORK
Canadian Epigenetics, Environment and Health Research Consortium Network
CEEHRC is a Canadian member of IHEC (http://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc01655), which aims to produce reference human epigenome maps relevant to health and disease. The data produced by two epigenome mapping centres, Centre for Epigenome Mapping Technologies and McGill Epigenomics Mapping Centre can be accessed. Epigenetic and epigenomics tools, software and protocols are available.
IHEC（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01655 ）のカナダメンバーであるCEEHRCのサイトです。Centre for Epigenome Mapping Technologies及びMcGill Epigenomics Mapping Centreで得られたヒトの疾患に焦点を当てたエピゲノムマッピングの研究成果を公開しています。エピゲノムデータの可視化や解析のためのツール、ソフトウェアおよびプロトコールの提供も行っています。IHECのサイトからデータをダウンロードできます。
富山大学薬学部附属薬用植物園 薬用植物データベース
富山大学薬学部附属薬用植物園で栽培されている植物をはじめ、多方面から収集、蓄積された薬用植物に関連する情報を収録しています。各植物の写真と学名、和名、薬用部位等が閲覧できます。和名、学名、生薬名、薬用部位、キーワードでの検索が可能です。
富山大学 薬学部
薬用植物園＆北方系生態観察園
北海道医療大学附属薬用植物園、およびそれに隣接する北方系生態観察園のサイトです。保有する全植物の詳細情報（和名、学名、分類情報、生薬名、成分、解説など）が写真とともに閲覧できます。検索機能はなく、写真または植物名リストから目的の植物を選択して閲覧できます。
北海道医療大学 薬学部
昭和薬科大学 薬用植物園 四季の植物紹介
昭和薬科大学薬用植物園で栽培している植物の紹介ページです。各植物について、和名や学名、生薬名、薬用の部位、毒性の有無、花や実、葉、全体の写真が掲載されています。日本薬局方収載生薬の基原植物または日本薬局方外生薬規格収載生薬の基原植物であるかどうかの情報もあります。検索機能はなく、写真のリストから詳細データを閲覧します。
昭和薬科大学
University of Missouri
BGD
The Bovine Genome Database
ウシゲノムの構造や機能アノテーションを統合したデータベースです。リファレンスゲノムアセンブリにアノテーションやQTL、SNP、発現データなど種々のデータを付与し検索できるようにしたツール（BovineMine）、BLAST、ゲノムブラウザやアノテーションツール（Apollo）など、様々なツールが用意されています。
The Bovine Genome Database is a database that integrates bovine genome sequence with annotations of genes and other genomics data. It provides several tools, which are the Blast, annotation tool, and data mining tool etc. The data mining tool, BovineMine, integrates the bovine genome, annotation, QTL, SNP and expression data with external sources of orthology, gene ontology, gene interaction and pathway information.
EMDataBank.org
EMDataBank
EMDB is a unified data resource for 3-Dimensional electron microscopy. It's a portal for deposition and retrieval of 3DEM density maps, atomic models, and associated metadata, as well as a resource for news, events, software tools, data standards, validation methods for the 3DEM community.
EMDataBankでは生体高分子の3次元電子顕微鏡の電子密度マップのデータやモデル、関連メタデータの登録と検索が可能です。また、データの評価方法、標準ファイルフォーマットへの変換や可視化のソフトウェアなどを提供するポータルサイトとしての機能も有しています。
公益財団法人 山階鳥類研究所
Yamashina Institute for Ornithology
山階鳥類研究所標本データベース
Yamashina Institute for Ornithology Specimen Database
山階鳥類研究所標本データベースは、山階鳥類研究所所蔵の剥製・骨格・卵・巣・液浸など約6万9千点の鳥類標本およびそれに付けられているラベルの画像と情報を検索・閲覧できるデータベースです。キーワード検索の他、分類体系、地域から検索をすることも可能です。
This database contains information of approximately 69,000 bird specimens (skins, spread wings, skeletal specimens, spirit specimens, eggs, and nests) that Yamashina Institute for Ornithology possesses. The database shows almost all of the specimen labels those are extremely important for scientific studies. Users can search by keyword, taxonomy and geographical map.
抗菌薬インターネットブック
抗菌薬インターネットブックは、国内の主要な抗菌薬の情報を検索・閲覧できる、医療関係者向けのサイトです。抗細菌剤を中心に約１２０の薬剤を収載しており、「薬剤名検索」「薬剤特性検索」「菌名検索」を行うことが出来ます。約92属230種の細菌・真菌の情報も掲載しており、菌別に薬剤の感受性を確認することができます。データについては愛知県がんセンター、帝京大学溝口病院、埼玉医科大学の３名の先生による監修が行なわれています。
株式会社ミップ
National Institute of Industrial Science and Technology
GRIPDB (アーカイブ)
GRIPDB (Archive)
GPCRs Interaction Partners Database
GRIPDB is a database of G protein Coupled Receptor (GPCR) oligomerization. It provides information of the partner and the interfaces for oligomerization. Experimentally based data and computationally predicted data are included. The original site ( http ://grip.cbrc.jp/GDB/index.html ) has been closed. Now, GRIPDB is available from LSDB archive site.
Gタンパク質共役型受容体 (GPCR)について、受容体同士の相互作用ペアの情報を提供するデータベースです。実験による報告データと予測によるデータが収録されています。相互作用のパートナー情報や相互作用部位の位置情報が得られます。国立研究開発法人産業技術総合研究所によるオリジナルサイト (http ://grip.cbrc.jp/GDB/index.html) の運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからGRIPDBをご利用いただけます。
University of Massachusetts Medical School
FlyFactorSurvey
FlyFactorSurveyはショウジョウバエの転写因子のDNA結合特異性に関するデータベースです。転写因子のDNA結合配列特異性に関するフラットファイルのダウンロードが可能です。Webサイト上では転写因子の一覧表示からデータを選択する他、遺伝子名やタンパク質名からの検索、及び、DNA結合ドメインから検索できます。個々の転写因子のページでは、タンパク質の基本情報に加えて、発現、タンパク質ータンパク質相互作用、３次元構造など多様な情報がリンクされています。
FlyFactorSurvey is a database of DNA binding specificities for Drosophila transcription factors (TFs). The TFs were primarily determined using the bacterial one-hybrid system. It provides motifs and position weight matrices for over 200 TFs, including many unpublished motifs. Search tools and flat file downloads are available.
Cornell University
TFGD
Tomato Functional Genomics Database
TFGD is a comprehensive database of tomato functional genomics data. It contains gene expression data by the RNA-seq and microarrays, metabolite profiles and information of small RNAs and miRNAs. The tomato ESTs and BAC clones are distributed.
トマトのファンクショナルゲノミクスのデータベースです。RNA-seqやマイクロアレイを用いた発現データ、代謝物データ、small RNAやmiRNAの情報が収められています。またトマトのESTおよびBACリソースの配布を行っています。
Acytostelium Gene Database
This database is a genome information database of a cellular slime mold, Acytostelium subglobosum. It contains gene information, such as a position obtained from EST analysis, structural predictions, and functions. This database allows to search by selecting a contig, gene ID, or selecting a gene of related species, Dictyostelium. The Ortholog/palalog information is also available.
細胞性粘菌Acytostelium subglobosumのゲノム情報データベースです。EST解析によって得られた遺伝子の位置、構造予測、機能などの情報が収録されています。データはコンティグから探す他、遺伝子ID等による検索、近縁のDictyosteliumの遺伝子からの検索が可能です。オルソログ・パラログ情報がマップやテーブルで閲覧できます。
Genomic Medicine Institute, Seoul National University College of Medicine
TIARA
Totally Integrated high-resolution Array cgh data and high-throughput sequencing Read data Archive human genome database
ヒトゲノム情報のデータベースです。次世代シーケンサーやultra-high-resolution comparative genomic hybridization (CGH) arraysなどによって解析されたゲノム配列、発現解析結果などについて、ブラウザ上で選択した複数のデータセットを並べてマップ上に表示します。SNPやshort indelを確認できます。検索は染色体上の位置や遺伝子名などを用い、解析手法を選んで行います。データのダウンロードもできます。
TIARA is a database containing personal genomic information obtained from next generation sequencing (NGS) techniques and ultra-high-resolution comparative genomic hybridization (CGH) arrays. The database improves the accuracy of detecting personal genomic variations, such as SNPs, short indels and structural variants (SVs).
Department of Physiology, Seoul National University College of Medicine & Department of Computer Engineering, College of Engineering, Myongji University
TRIP Database
哺乳類のTransient receptor potential （TRP） channel protein およびTRPチャンネルタンパク質と相互作用するタンパク質のデータベースです。データは論文から手作業でキュレートされ、配列等といったタンパク質の基本情報に加え、タンパク質相互作用について、スクリーニング、検証、特性、機能的意義の４つのカテゴリーに分けて掲載しています。タンパク質間相互作用は分かりやすいグラフィックで表示されます。関連疾患についてもOMIMへのリンクで示されています。
TRIP Database is a manually curated database of protein-protein interactions (PPI) for mammalian transient receptor potential (TRP) channels. It provides 4 categories of PPI data, which are screening, validation, characterization, and functional consequence. There are many links to useful external databases for the purpose of providing information of sequence data, related diseases, etc.
Massachusetts Institute of Technology
Isobase
Isobase is a database of functionally related orthologs, which are termed "isologs", developed from the multiple alignment of five major eukaryotic PPI networks, as computed by the global network alignment tools IsoRank and IsoRankN. Users can search high-confidence isologs between commonly studied organisms those are human, yeast, fly, worm, and mouse.
Isobaseは真核生物における代表的なモデル生物である、酵母、ショウジョウバエ、線虫、マウス、ヒトの間での、機能的に関連のあるオーソログ (isologs) のデータベースです。生物種を選択することで、選択した生物種間におけるオーソログを一覧すること、遺伝子名/IDやキーワード入力から各生物種間のオーソログを検索することが可能です。全データをダウンロードして検索に用いることも可能です。
Dynamique des Structures et Interactions des Macromolecules Biologiques, INSERM
MitoGenesisDB
Mitochondrial Spatio-Temporal Expression Database
MitoGenesisDB is a database focused on the dynamic of mitochondrial protein formation through global mRNA analyses on Saccharomyces cerevisiae. It provides time-course data of mRNA production, localization of mRNA that defines translation sites, and transcription rate and mRNA stability. Users can also search orthologous relationships between Saccharomyces cerevisiae and other model organisms those are human, mouse, Arabidopsis thaliana, and C.elegans, to apply the data of Saccharomyces cerevisiae to the other model organisms.
MitoGenesisDBはミトコンドリアのタンパク質形成過程のmRNAダイナミクスに関するデータベースです。ORFまたは遺伝子の名前とミトコンドリアの機能を指定して検索することで、酵母を用いたmRNA産生のタイムコースデータ、翻訳サイトでのmRNAの局在性に関するマイクロアレイやFISHのデータ、翻訳効率やmRNAの安定性にかかわるデータが検索可能です。Saccharomyces cerevisiaeにおける解析結果をヒト、マウス、シロイヌナズナ、線虫に適用できるように、これらの生物についてSaccharomyces cerevisiaeの遺伝子のオルソログ情報も提供されています。
omicX
OMICtools
OMICtoolsはバイオインフォマティクス関連ツールとデータベースの情報を提供するウェブサイトです。登録件数は2万以上あり、全てのツールはキュレーターによってカテゴリー分けされ、ツールの有用性に関する論文情報も付加されています。ユーザーは1,300以上あるカテゴリーからツールやデータベース情報を検索・閲覧することが出来ます。全ての開発者・ユーザーはOMICtoolsに自身のツールを登録することが可能です。
OMICtools is a database that provides an overview of more than 20,000 software tools and databases related to genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics. All of the information of tools and databases are manually curated. The tools have been classified by omic technologies associated with published evaluations of tool performance. Users can search and browse tools by more than 1,300 categories. Any developers and users can submit their tools to OMICtools.
AIST-MeRAM
Multi-purpose Ecological Risk Assessment and Management Tool
汎用生態リスク評価管理ツール
MeRAM（ミラム）は、誰でも簡便に使える、かつ、無料で入手できる、化学物質生態リスク評価管理ツールです。PCにMeRAMをインストールすれば、生態リスク評価や統計処理などの特別な知識がなくても、PC画面上でのマウスクリックにより、初期的なリスク評価から、種の感受性分布や個体群影響による高度なリスク評価まで、様々なニーズに対応するリスク評価が可能になるほか、リスクの有無に応じたリスク管理オプションも提示してくれます。MeRAMには、「暴露評価から有害性評価、リスク評価からリスク管理までの一連の手法」及び「評価に必要な有害性データ、環境排出係数などの環境暴露データ」を搭載しています。現在公開しているMeRAMには、約3900物質19万を超える化学物質の有害性データ、化審法の排出係数セットなどの暴露データを内蔵しています。さらに、手持ちのデータが無くともすぐに試用できるように、MeRAMに有害性評価及び暴露評価のサンプルデータセットをも内蔵しています。Windows PC (Windows 7, Windows 8, Windows 10)で使用できます。
MeRAM is a free, user-friendly software for ecological risk assessment/management of chemicals substances. By installing MeRAM on a computer, users can perform assessment with only a few mouse clicks – ranging from initial risk assessment to high level risk assessment using species sensitivity distribution and population-level effect models. MeRAM contains not only the assessment methodologies, but also the necessary toxicity test data on approximately 3900 substances (190,000 data). In addition, the sample dataset for exposure assessment and toxicity assessment is included thereby users can thus use the tool even if users don’t have data at hand or expertise in ecological risk assessment and statistical analysis. Users can use it on Windows PC (Windows 7, Windows 8, Windows 10).
Iowa State University
ThYme
Thioester-active Enzymes
チオエステルを含む基質に作用する酵素のデータベースです。酵素の種類毎に分類されており、生物種、配列情報（GenBank ID、RefSeq、Uniprot）、立体構造が明らかなものについてはPDBへのリンクを収録しています。運営者にコンタクトを取れば全情報をダウンロードすることも可能です。
ThYme is a database constructed to bring together amino acid sequences and 3D (tertiary) structures of the enzymes acting on thioester-containing substrates. These enzymes have been classified into families, members of which are similar in sequences, tertiary structures and catalytic mechanisms, implying common protein ancestry. If users take contact to the database mainteiner, the ThYme is available for download.
Birkbeck College, University of London
Queen Mary University of London
PCDDB
Protein Circular Dichroism Data Bank
タンパク質の円偏光二色性 （CD)スペクトルのデータベースです。タンパク質のCDスペクトルと放射光CDスペクトル、関連する実験の詳細、validationなどを収録しています。タンパク質名や生物種で検索できる他、一覧表示も可能です。収録されているデータはpcd形式およびgen形式ファイルでダウンロードできます。利用方法の解説動画もあります（https://www.youtube.com/watch?v=fCN7qWDmRLc）。
PCDDB is a public repository that archives circular dichroism (CD) and synchrotron radiation CD (SRCD) spectral data of proteins. It also provides associated experimental metadata and validation data. The entries are linked to the UniProt for sequences, the PDB for structures, the Enzyme Commission functional classification database and the CATH fold classification database.
RostLab, Technische Universität München
LocDB
Protein Localization Database for Human and Arabidopsis
LocDBはヒトとシロイヌナズナにおけるタンパク質の細胞内局在性についての実験によるアノテーションを収録したデータベースです。40%以上のエントリでは、既存の様々な細胞内局在の予測方法による結果も併せて示すことで、より良い新規の細胞内局在予測法を開発するプラットフォームとしても利用できます。生物種、タンパク質/遺伝子の名前、UniProt, Ensemble, TAIRなどのID、局在箇所名によるキーワード検索が可能です。ユーザが論文に発表したタンパク質の細胞内局在を登録することもできます。
LocDB is a database that collects experimental annotations for the subcellular localization of proteins in Human (Homo sapiens) and Weed (Arabidopsis thaliana). In addition to the information experimentally proved, the database contains results of predictions by various subcellular localization prediction methods, which for providing a better platform for development of new prediction methods.
Charité - Universitätsmedizin Berlin
SuperSweet
人工、天然の甘味料化合物のデータベースです。甘味を感じさせる炭水化物および類似化合物の情報と、ヒト甘味受容体構造モデルについての記述を収録しています。化合物の情報は分子構造、ショ糖を1とした甘さ、代謝やカロリー等の情報が含まれています。谷本係数を基にした甘味料の類似構造検索が可能です。
SuperSweet is a database for existing natural and artificial sweeteners, and also includes a homology modelled sweet taste receptor and docked binders. A graphical user-interface allows similarity searching, visualization of docked sweeteners into the modelled receptor etc. A carbohydrate classification tree and browsing features allow quick requests through the database.
日本産カミキリムシ画像データベース
Image database of Longicorn Beetles of Japan
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所に保管されている日本産カミキリムシの標本を画像化したデータベースです。標本の写真と和名、学名、雌雄、採集地や採集日などの情報が収録されています。和名、属名、種小名や科名・亜科名、採集地による検索が可能です。
This database is a collection about images based on specimens of Japanese longicorn beetles deposited at FFPRI, Forestry and Forest Products Research Institute. It contains images of specimens and data including scientific names, body length, sex, collection date, collection locality, etc. This database allows users to search with genus, specific name, families, subfamilies or prefecture names.
Shanghai Jiao Tong University
TADB 2.0
an updated database of bacterial type II toxin-antitoxin loci
TADB is a database for Type 2 Toxin-antitoxin (TA) loci in Bacteria and Archaea. Sequence information of nucleic acids and amino acids, loci in the genome, and information of the Replicons are provided.
バクテリアおよび古細菌のtoxin-antitoxin （TA）遺伝子データベースです。菌を殺す毒素 (Toxin)遺伝子とその作用を相殺する抗毒素 (Antitoxin)遺伝子についての情報をペアで掲載しています。塩基配列、アミノ酸配列、ゲノム上の位置情報、Replicon情報があります。生物種名、TA family、遺伝子やタンパク質名による検索の他、WU-BLAST2を用いた検索ができます。ゲノム配列上のTA lociを予測するツールも提供しています。
Department of Computer Science and Engineering, Yuan Ze University
RegPhos
Regulatory Network in Protein Phosphorylation
タンパク質リン酸化酵素 （キナーゼ）と基質タンパク質のデータベースです。キナーゼまたは基質の説明、種々のガンにおける発現、基質となるタンパク質名（キナーゼ）、リン酸化部位（基質）などの情報が整理されています。キナーゼリストは実験的に確認されたものと、機能予測のものが区別されています。キナーゼ名、基質タンパク質名での検索の他、一群の遺伝子名を入力すると、タンパク間相互作用、細胞内局在、代謝系の各ネットワークを作図することもできます。
RegPhos is a database for kinases and their substrates. It provides the information that basic description for proteins, gene expression data in each type of cancers, gene name of substrates for kinases and phosphorylated sites in substrates. Users can search data by name of kinases or substrates, and explore phosphorylation network concerning protein-protein interaction, subcellular localization and metabolic pathways by a set of name of genes.
BioModels.net Team, EMBL-EBI
BioModels
BioModels Database is a repository of mathematical models relate to biological and biomedical field. It covers a wide range of processes, such as metabolic pathways, protein-drug interactions, etc. Usually, the models described in peer-reviewed scientific literatures are collected, and then, they are manually curated and semantically enriched with cross-references to external data resources. All models are downloadable and available with the CC0 license (freely for use, modification and distribution).
生物学や医薬に関連するプロセスやシステムの数理モデルを収集したレポジトリです。シグナリング、タンパク質ー薬剤相互作用、代謝経路など多様な数理モデルの情報を提供しています。提供されるモデルは主にレビューされた科学論文内に記述されたものですが、パスウェイ情報から自動生成されたものもあります。論文情報、フォーマット、概要を、統一した書式で記載しています。すべてのモデルはダウンロードでき、CC0で利用が可能です。また、一部のモデルについては外部データベースへのリンクが手動でキュレートされています。
PDBj-BMRB Data Server
PDBj-BMRBが独自に開発したBMRBデータのXML、RDFフォーマットのエントリと変換ツールを公開するサイトです。BMRBは、ペプチド、タンパク質、核酸等、生体高分子のNMR実験データを公開しているサイトです（http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00380 ）。BMRBと同数の件数があります。
The PDBj-BMRB Data Server provides NMR-STAR data in BMRB (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00380 ) in various formats. Users can select data format from XML, RDF, and JSON.
Thermo Fisher Scientific Inc.
Oncomine
Oncomine™ is a database for cancer microarray and a web application to integrate profiling-data of cancer genes in various types of cancers. They provide two types of platforms, Oncomine Research Edition for the academic and nonprofit cancer research communities (free) and Oncomine Research Premium Edition as a subscription version that includes multi-gene search, expanded analyses, custom concept upload, export capability and enhanced support, etc.
Oncomine™は、ガンの遺伝子発現データを収集したデータベースであり、ウェブベースでデータマイニングを行えるプラットフォームです。学術研究や非商業的研究に使用できる無料の「Oncomine Research Edition」と、複数の遺伝子検索や拡張解析などが可能な有料の「Oncomine Research Premium Edition」とがあります。利用にはRegistrationが必要です。
Karydo TherapeutiX 株式会社
Karydo TherapeutiX, Inc.
D-iOrgansAtlas
医薬品によって起こる体内様々な器官における遺伝子発現変化を網羅したデータベースです。がん、糖尿病、神経疾患、高コレステロール、代謝疾患などの治療のために世界中で多く使用されている医薬品をマウスに投与し、合計 24 器官からRNA を精製、RNAseq により体内に存在するほぼすべての遺伝子 (約 2 万個) の発現量を解析したデータおよび解析結果を掲載しています（FPKM値 、DESeq2データ、Volcano plot、GO 解析データ、FASTQ データ）。データは医薬品、器官、遺伝子の選択による絞り込みが可能です。有料サービスですが、抗がん剤シスプラチンのデータのみ無料で閲覧できます。
This database provides gene expression data after a drug administration and their analysis results using mouse. It offers comprehensive datasets representing drug-induced gene expression patterns in 24 organs of mouse. Drugs used in the analyses are popular in treating cancer, diabetes, neurological diseases, high cholesterol, metabolic diseases, etc. worldwide.
ウェブ版血管炎病理アトラス
血管炎病理画像のデータベースです。各疾患ごとに病理画像と解説が収録されています。画像はダウンロードして使用することが可能です（使用許諾ルール：http://www.vas-mhlw.org/html/pathology/rule.html）。
難治性血管炎に関する調査研究班
自然毒のリスクプロファイル
自然毒（動植物が持つ毒成分）のデータベースです。毒を持つ生物種、有毒部位、食中毒発生状況、食中毒症状、毒成分などの情報を収録しています。魚類、二枚貝、巻貝、きのこ、および高等植物の名称一覧からデータを閲覧できます。
筑波大学生命環境科学研究科
Melonet DB
高級マスクメロンの全ゲノム発現遺伝子情報データベースです。「アールスフェボリット春系３号」を対象とし、温室栽培の環境で葉、根、茎、果実部を含む全30組織から約27,000遺伝子の発現部位と発現量の情報を網羅的に収集しています。遺伝子発現マップビュワー、共発現ビューワー、変異解析ツール、塩基配列解析ツール、プライマーデザインツールが装備されており、RNA-seqによって解析された遺伝子発現部位の検索、閲覧に利用できます。
Melonet DB is a database about whole gene expression in muskmelon (Cucumis melo L.). It contains expression patterns of whole gene in 30 different tissues of "Earl's favorite Harukei-3 (Harukei-3)" melon, and provides following tools: (1) Gene expression map viewer is designed to analyze tissue-specific gene expression pattern in 30 different tissues. (2) Coexpression viewer is designed to analyze coexpression relationship between genes. (3) Mutation analysis tools are aimed at to analyze whether nucleotide change(s) cause amino acid substitution, frame shift, or splicing variation within gene. (4) Sequence analysis tools are designed to analyze DNA sequence. Blast or "oligo DNA mapper" identify homologous genes or genomic positions, respectively, based on query sequence. (5) Primer design tools are designed to analyze primer sequence and find the best possible unique PCR primer pair based on target query sequence.
核酸医薬品データベース
Nucleic Acid Drug Database
バイオ医薬品として知られる核酸医薬品の臨床情報をまとめたデータベースです。承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を製薬会社や臨床情報サイト（https://clinicaltrials.gov/ 、https://www.clinicaltrialsregister.eu/ ）から収集し、ターゲット疾患や関連タンパク質情報などと合わせて提供しています。
Oligonucleic Acid Drug Database is focused on nucleic acid drugs known as biopharmaceuticals and displayed approval drugs and information on three phases of clinical trial stage. It contains clinical information of nucleic acid drugs which based from pharmaceutical companies and clinical information sites (https://clinicaltrials.gov/, https://www.clinicaltrialsregister.eu/). This database also provides information on nucleic acid drugs that are being considered for future practical use (such as target diseases and related protein information).
AJCSD
ASEAN-Japan Chemical Safety Database
日ASEAN化学物質管理データベース（ASEAN-Japan Chemical Safety Database : AJCSD）は、日ASEAN経済産業協力委員会（AMEICC)化学ワーキンググループ（WG-CI）の合意に基づき、日本とASEAN各国が共同で構築したデータベースです。ASEAN各国の化学物質の規制情報や有害性情報、GHS分類結果、サンプルSDS等を収載しています。
The ASEAN-Japan Chemical Safety Database (AJCSD) is a database co-developed by ASEAN countries and Japan based on an agreement reached at ASEAN Economic Ministers and METI Economic and Industrial Cooperation Committee(AMEICC) Working Group on Chemical Industry (WG-CI). The AJCSD contains regulatory information on chemical substances, hazardous information, GHS Classification results, sample SDS, etc.
微生物有害情報リスト

微生物（細菌、真菌）の危険度／有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリストです。
各微生物のバイオセーフティーレベル（BSL）分類や国内法規制の適用の有無などの情報を、学名（旧名、異名を含む）から検索することが可能です。
Web版の他に、ダウンロード可能なExcel版が搭載されています。

MiFuP Safety
微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。 微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性（毒素生産や薬剤耐性等）に関わる遺伝子領域が含まれていないか検出し、対象の微生物が有害性機能を有するかどうかを推定できます。
MiFuP Safety is a free web application that can assess whether a given microbe has any hazardous property based on its genome information. The system automatically identifies genes associated with potentially harmful functions, such as toxin production and antibiotic resistance, in given sequence(s), and quickly provides information on potential hazardous properties of the microbe. MiFuP Safety can take either nucleotide or protein sequence in FASTA format.
特定国立研究開発法人理化学研究所
Rubber Genome & Transcriptome Database
パラゴムノキの遺伝子・転写関連データベースです。決定したドラフトゲノム配列や天然ゴム高生産株・病害抵抗株の遺伝子発現情報、世界の関連研究成果をまとめて掲載しています。各レコードには遺伝子名、遺伝子位置、塩基配列、他のデータベースによるアノテーション情報、遺伝子予測、共発現をする遺伝子などの情報が収録されています。キーワードによる検索の他、生合成、転写因子、耐病性による絞り込み、RAN-seqによる発現検索、生合成マップからの検索、BLAST検索も可能です。
Rubber Genome & Transcriptome Database provides rubber tree genome sequence and multi-transcriptomics data. This database provides genome information including gene functional annotations and multi-transcriptome data of RNA-seq, full-length cDNAs including PacBio Isoform sequencing (Iso-Seq), ESTs and genome wide transcription start sites (TSSs) derived from CAGE technology. It also provides information about co-expressed genes for identifying functionally related gene sets and/or genes regulated by the same transcription factor (TF). Users are able to access multi-transcriptome data through both a gene-oriented web page and a genome browser. This database allows to keyword search, sequence homology search and gene expression search; users can also select their expression threshold easily.
Computational Biology Institute (IBC)
Computational Biology Institute
AgroLD
Agronomic Linked Data
AgroLD is a RDF knowledge base that consists of data integrated from a variety of plant resources and ontologies. It provides a portal for bioinformatics and domain experts to exploit the homogenized data models towards efficiently generating research hypotheses.
シロイヌナズナ、イネ、モロコシ、コムギ、トウモロコシに関する情報を統合したRDFデータベースです。遺伝子、タンパク質、QTL、オントロジー、パスウェイなどの情報を以下のデータベースから収集しています：Gramene、GOA、UniprotKB、GreenPhylDB、Oryza Tag Line、OryGenesDB、TropGeneDB。キーワードによる検索や、RDFデータの相互関係グラフを使ったインタラクティブな検索、SPARQL クエリによる検索が可能です。
MeteoCrop DB
モデル結合型作物気象データベース

イネの生育に影響を与える気象データを提供するデータベースです。気温、降水量、気圧、平均蒸気圧や日射量、湿度、蒸散要求量の推定値などをアメダス地点および気象官署地点ごとに提供します。また、選択した地点におけるイネの生育状況を推定し、稔実や登熟に影響を与える水田内の微気象環境（水田水温や穂の温度）を算定する機能もあります。
検索した気象データはWeb表示の他、XLSファイルやCSVファイルでのダウンロードが可能です。

農業環境変動研究センター
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
MeKO
MeKO is a database of metabolomic data for Arabidopsis thaliana. It contains profiling data of metabolites in 50 Arabidopsis mutants, using gas chromatography/mass spectrometry (GC-MS). It allows to browse using a mutants list. Non-processed data, including chromatograms, mass spectra, and experimental metadata, follow the guidelines set by Metabolomics Standards Initiative (MSI) and are downloadable freely.
シロイヌナズナ変異体の代謝に関するデータベースです。野生種に近い表現形を持つ変異体50種類について変異遺伝子の情報、表現形、ガスクロマトグラフィー／マススペクトロメトリー（GC-MS）による代謝プロファイルを収録しています。変異遺伝子名のリストによるブラウズが可能です。クロマトグラム、マススペクトラム、形質、実験メタデータなどが一括してダウンロードできます。
ReSpect
ReSpect for Phytochemicals
ReSpect is a web-based database of MS/MS data pertaining to phytochemicals. It collects MSn spectra data from literature reports and authentic standards. It allows to using a fragment search which was established based on only the m/z values of query data and records. It also allows to search with spectra similarity or keywords.
植物代謝物質のデータベースです。文献や独自の研究から収集したMS/MSデータの代謝物名、スペクトラム、文献情報、分子情報、植物種名などを記載しています。フラグメントのm/s値やスペクトラムの相同性、キーワードによる検索が可能です。また代謝物質インデックスからの絞り込みも可能です。
RIKEN HIFI
RIKEN Heteroatom-containing Ion Finder
RIKEN HIFI is a tool for Liquid Chromatography-Fourier transfer ion cyclotron resonance-mass spectrometry ( LC-FTICR-MS). This tool provides three features: (i) Element Search for searching heteroatom-containing ions can be with user's thresholds, (ii) List Search for searching data with uploaded datasets, and (iii) Compare Search for comparison of multiple datasets.

液体クロマトグラフィー-フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析装置（LC-FTICR-MS）により解析されたデータと解析ツールのサイトです。タマネギやニンニクのサンプルを解析した結果や詳細な実験条件を収録しています。検索には以下の方法があります：
「Element Search」 ユーザーが指定する閾値のヘテロ原子による検索、「List Search」 アップロードされているデータセットとユーザーデータとの比較検索、「Compare Search」 継続時間とm/zの分散図による複数のデータセットの比較検索。

PubCaseFinder
希少疾患と症状のデータベースです。希少疾患に関連する症例報告を収集し、各症例報告に含まれる症状、遺伝子名、変異情報などを利用して、患者の症状や変異と関連例の高い症例報告を効率よく検索できるようにしています。また各希少疾患に対する症状の一覧を表示し、関連付けられた症例報告や他のリソースから希少疾患と症状を含むセンテンスの一覧を示す機能を備えています。以下のURLから説明を日本語で読めます（http://dbcls.rois.ac.jp/services/textmining/pubcasefinder）。
PubCaseFinder is a database of human disease-phenotype associations which employs a text mining-based approach to improve the coverage of Orphanet. It contains more than one million case reports from PubMed, and they were annotated for concepts of rare diseases and phenotypes.
Stanley Center for Psychiatric Research at Broad Institute
DropViz
DropViz provides the Drop-seq data of single-cell RNA sequencing of 690,000 cells sampled from nine regions of the adult mouse brain. Users can visualize and re-analyze these gene-expression data with this interactive online software.
成体マウス脳の9つの領域由来の690,000個のシングルセルRNA-Seq解析の結果を提供するデータベースです。遺伝子、脳領域、細胞のタイプなどを指定して、遺伝子発現プロファイルを検索・視覚的に表示することが可能です。
Computational metabolomics
メタボロミクスおよびリピドミクスに活用できるツール集です。あらゆるタイプのクロマトグラフィー/質量分析法（GC / MS、GC-MS / MS、LC / MS、およびLC-MS / MSなど）をサポートする「MS-DIAL」や、EI-MS（GC / MS）およびESI-MS / MSスペクトルをサポートする複合アノテーションの普遍的なプログラムである「MS-FINDER」、大規模な多重反応モニタリングアッセイに利用可能な条件/参照ライブラリーである「MRMデータベース」などを収録しています。
Computational metabolomics is a collection about computational tools for metabolomics. It contains MS-DIAL, MS-FINDER, MRMPROBS, MRM-DIFF, SmetSearch, Cuated EI-MS and MS/MS databases, Aloutput, and Excel Macro applications.
MGeND
Medical genomics Japan Variant Database
Medical Genomics Japan Variant Database (MGeND) provides the integrated information of genomic variations and clinical characteristics of Japanese. Gene and clinical information can be browsed from the sections below: "Cancer", "Rare/Intractable disease", "Infectious Disease", "Dementia" and "Hearing loss". Users can also search database by gene name or position in chromosome.
日本人の臨床データと遺伝子変異データとを結びつけて収集・公開するオープンアクセスのデータベースです。「がん」「希少・難治性疾患」「感染症」「認知症」「難聴」の疾患領域を対象としています 。各疾患カテゴリからの臨床・遺伝子変異データの閲覧や、遺伝子名や染色体ポジションからのデータ検索が可能です。
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
KEGG NETWORK Database
KEGG NETWORK accumulates variations of molecular interaction/reaction networks in Homo sapiens distinguishing gene variants and other perturbants. Each entry is called "network elements" and represented in KEGG pathway maps and perturbed network elements are caused by gene variants, viruses, drugs, etc.
病気を分子ネットワークがゆらいだ状態とみなし、疾患に関連したヒトゲノム・遺伝子のバリエーションを、シグナル伝達をはじめとした様々なネットワークのバリエーションとして知識集約したデータベースです。分子ネットワークの構成要素を「ネットワークエレメント」と呼び、エレメントのパスウェイ行程、関連する遺伝子、疾患、変異、代謝物、文献などの情報を収録しています。各情報はKEGG PATHWAY、DISEASE、GENESなどへリンクしています。
National Bioscience Database Center
科学技術用語形態素解析辞書
MeCab user dictionary for science technology term
形態素解析エンジンMeCab（http://taku910.github.io/mecab/ ）のための科学技術分野の専門用語を集めたユーザー辞書です。JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義語の他、JSTのJ-GLOBALに収録された科学技術用語のうち米国国立医学図書館（United States National Library of Medicine）の医学件名標目表（Medical Subject Headings, MeSH）へのリンクをもつものと、JSTの有機化合物辞書データベース「日本化学物質辞書（日化辞）」へのリンクを持つものについて、IPA辞書に基づいて辞書項目を整理しています。本辞書中には語間の関係に関する情報はなく、本辞書をシソーラスとして利用することはできません。
This is a collection of user dictionaries of Japanese technical terms in scientific field, which can be used for a morphological analysis engine, MeCab. It consists of the JST Thesaurus Headwords and Synonym Dictionary, J-GLOBAL MeSH Dictionary, and J-GLOBAL Nikkaji Dictionary. The dictionary items are based on IPA dictionary and encoded in UTF-8. Please note that these dictionaries cannot be used as a thesaurus because information on relations between words is not included in the dictionary.
TogoVar
日本人ゲノム多様性統合データベース
日本人ゲノム配列の個人による違い（バリアント）とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人ごとのゲノムデータを集約して得られた「日本人におけるバリアントの頻度情報」(JGA-NGSとJGA-SNP)を提供します。また、多種多様なデータベースに散在して収録されてきた遺伝子型や表現型に関連する情報を整理統合し、バリアントを解釈するための情報をワンストップでわかりやすく提供します。疾患名、遺伝子名、dbSNP rsIDなどで検索すると、バリアントの種類、染色体上の位置、関連する遺伝子名、バリアントの頻度などの一覧が表示され、バリアントの種類や臨床的意義などによる絞り込みが可能です。
International Rice Research Institute
フィリピン
Philippines
Rice SNP-Seek Database
イネの遺伝子型・表現型・多様性情報を提供するデータベースです。SNP/indelおよび多様性/表現型情報の検索・ダウンロード、イネゲノム参照配列のブラウジングが可能です。データの一括ダウンロードおよび、The International Rice Research Institute (IRRI)の保有するイネ種子の購入も可能です。
Rice SNP-Seek Database provides Genotype, Phenotype, and Variety Information for rice (Oryza sativa L.). The main functionalities are query for SNPs and Indels from the 3000 Genome Project including 5 reference rice genomes, query for phenotypes and passport data for the 3024 resequenced varieties, and genome browser to display sequence and features for the reference genomes. Bulk download is available. Users can order seeds from the IRRI Genebank Collection.
Barts Cancer Institute
Pancreas Expression Database
PED
Pancreatic Expression Database
PED is a repository for pancreatic-derived -omics data. The database provides the research community with an open access tool to mine currently available pancreatic cancer experimental data sets generated by using large-scale transcriptomic, genomic, proteomic, miRNA and methylomic platforms. This database can be achieved using combined criteria from pancreatic (disease stages, regulation, differential expression, expression, platform technology, publication) and/or public data (antibodies, genomic region, gene-related accessions, ontology, expression patterns, multi-species comparisons, protein data, SNPs). Users are able to submit their own published dataset in this database.
膵臓由来の遺伝学データを収録しているデータベースです。トランスクリプトーム、プロテオーム、メチレーション、miRNAの研究から得られる遺伝子発現データベースとゲノムの研究から得られるコピー数変異データベースの２つに分かれています。文献データベースには健常者膵臓、膵臓がん、膵臓の前駆病変（PanINs）、慢性膵炎から得られた組織、細針吸引液、体液由来の幅広い検体を対象とするデータが収録されており、サンプル情報（出所、採取、前処理、性別など）や転移部位（転移性サンプル）および患者コホート情報も含まれています。細胞株やモデルマウスを使った異なる治療やプロファイルの結果も収録しています。発現量データは健常と疾患との視覚的に比較が可能です。Ensembl Genes、Variation、Regulation、InterPro、PRIDEによるアノテーションも実施されています。
Structural Bioinformatics Group, National University of Quilmes
アルゼンチン
Argentina
CoDNaS
Conformational diversity of Native State database
タンパク質のコンフォメーションの多様性に関するデータベースです。PDBに登録されたタンパク質について重複する結晶構造をまとめて、収録しています。PDB、Uniprot、CATHのID、コンフォメーションの多様性の要因（Cause）や大きさ (RMSD)、実験方法などを指定して検索することが可能です。また、CATHヒエラルキーによるブラウズも可能です。
CoDNaS is a database of redundant crystallographic structures for a given protein extensively linked with structural, biological and physicochemical information. For each protein as derived from PDB, the database contains the redundant collection of all corresponding different structures. As a measure of protein conformational diversity (PCD), the RMSD are obtained comparing all the structures deposited for each protein. This database allows to browse by CATH hierarchy or search by PDB ID, Uniprot ID, CATH, conformational diversity, experimental method, etc..
National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Huazhong Agricultural University
RiceVarMap v2.0
Rice Variation Map v2.0
イネの遺伝的多様性および機能アノテーションに関する包括的なデータベースです。17,397,026の遺伝子多型（14,541,446のSNPおよび2,855,580のsmall INDEL）の情報および、13の農業形質と840の代謝物に対するGWAS結果を提供しています。染色体領域や遺伝子を指定した多型の検索や、プライマーの設計などが行えるツールを提供しています。検索結果のページからデータのダウンロードが可能です。
RiceVarMap v2.0 is a comprehensive database for rice genomic variation and its functional annotation. It provides curated information of 17,397,026 genomic variations (including 14,541,446 SNPs and 2,855,580 small INDELs) from sequencing data of 4,726 rice accessions. Phenotype data and GWAS results for 13 agronomic traits and 840 metabolite traits are also provided. The database provides various variation query functions and many useful analysis tools. The query results are available for users to download through the website.
KNApSAcK Twins
KNApSAcK Twins （化合物類似度データベース）
"Twins" retrieves similar metabolites in chemical structure when user input KNApSAcK CID and Similarity (%). Resulting CID links to KNApSAcK Core database and KNApSAcK Metabolite Activity database.
代謝物の構造相同性のデータベースです。KNApSAcK CIDと類似度を設定すると、指定した代謝物と構造相同性をもった代謝物の代謝物ID、名称、構造、類似度が一覧として表示されます。KNApSAcK Core systemやMetabolite Activityのレコードにリンクしています。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
KNApSAcK CobWeb
KNApSAcK CobWeb (Alkaloid pathway)
アルカロイドのパスウェイマップを集めたデータベースです。マップ内に記述される代謝物名（複数指定可）または生物種を指定すると、リスト上のパスウェイマップIDや、マップ上のオブジェクトがハイライト表示されます。KNApSAcK Core systemのレコードにリンクしています。KNApSAcK Family (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01086) の1つです。
CobWeb is a database of alkaloid pathways. Users can browse pathways from the pathway map ID list. Pathway map ID(s) or object(s) in each map is/are highlighted when user input metabolite name(s) or species name. Each database object links to KNApSAcK Core metabolite information page.
J. Craig Venter Institute (JCVI)
MTGD
Medicago truncatula Genome Database
マメ科のモデル植物であるタルウマゴヤシ（Medicago truncatula）のゲノムデータベースです。最新のゲノム配列・アノテーション情報を提供しています。キーワード検索やBLAST検索、データの一括ダウンロードの他、ゲノムブラウザJBrowse、データ検索・解析ツールMedicMineも利用できます。
This is the genome database for Medicago truncatula, a model legume. It currently hosts the latest version of the genome assembly and annotation. It provides keyword- and locus identifier-based searches, a BLAST search and bulk downloads of data sets. JBrowse-based genome browser interface exposes tracks for visualization. The site also implements MedicMine which provides a powerful query interface, integrates many types of data for Medicago truncatula.
FioreDB
Database for Flower Bio-engineering by CRES-T
This database provides information of phenotype in transgenic plants created by CRES-T (Chimeric REpressor gene-Silencing Technology) system which is a novel gene silencing technology for genes encoding transcription factors. Users can search gene-constructs inducing preferable phenotype or browse list of gene-constructs. Almost all the transcription factors of Arabidopsis thaliana are applied to the strategy, and those constructs are used for creating transgenic plants which are not only Arabidopsis thaliana but also other economically important plants.
「花きCRES-Tプロジェクト」において、シロイヌナズナの様々な転写因子を標的にしてキメラリプレッサー遺伝子サイレンシング法 (CRES-T法)により作成した形質転換体の表現型を収録したデータベースです。形質転換体の表現型から転写因子をサーチする他、形質転換体を作成した遺伝子コンストラクトのリストからもサーチできます。各転写因子について、アノテーション、遺伝子情報、マイクロアレイデータ、CRES-T法による形質転換体の形質などが整理されています。シロイヌナズナ以外の植物での形質転換体の形質に関する情報もあります。
Center for Conservation of Microbial Genetic Resource (GCMR), Organization for Research and Community Development, Gifu University
岐阜大学 研究推進・社会連携機構 微生物遺伝資源保存センター
NBRP 病原細菌
NBRP - Pathogenic bacteria
National Bioresource Project - Pathogenic bacteria
ナショナルバイオリソースプロジェクト 病原細菌

NBRP病原細菌では、感染症及びヒトの健康に関わる細菌の収集、保存、提供を行っています。キーワード検索により菌株情報へのアクセスができ、リソース保有機関へ分譲依頼も行うことができます。
NBRP病原微生物 (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00155) の後継サイトの１つです。

National Bioresource Project - 'Pathogenic bacteria' collects reliable strains of pathogenic bacteria to support education and research in infectious diseases. Users can search resources by keywords. Requests for distribution of resources are available.
Medical Mycology Research Center (MMRC), Chiba University
NBRP - Pathogenic eukaryotic microorganisms
NBRP 病原真核微生物
ナショナルバイオリソースプロジェクト 病原真核微生物
National Bioresource Project - Pathogenic eukaryotic microorganisms
National Bioresource Project - 'Pathogenic eukaryotic microorganisms' collects reliable strains of pathogenic microorganisms (fungi, actinomycetes and protozoa) to support education and research in infectious diseases. Users can search resources by keywords. Requests for distribution of resources are available. This database also provides a picture list of pathogenic fungi and actinomycetes (https://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00460).
NBRP病原真核微生物では、病原真菌・放線菌・原虫の収集・保存・提供を行っています。キーワード検索により菌株情報へのアクセスができ、リソース保有機関へ分譲依頼も行うことができます。ギャラリーページより病原真菌・放線菌の画像データの公開 (https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00460) もしています。 NBRP 病原微生物 (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00155) の後継サイトの１つです。
NBDCグループ共有データベース
NBDCヒトデータベース （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01348） などの公開系データベースからデータを公開するのに先駆けて、プロジェクト内やグループ内におけるデータの共有を可能にするプラットフォームです。
PURL
purl（Persistent Uniform Resource Identifier）を作成、保持するサーバーです。オリジナルのWebリソースにリダイレクトするPURLを作成、登録、公開することで、オリジナルのWebリソースへの永続的なアクセスが可能になります。オリジナルのWebリソースのURLが変更された場合、該当するPURLのリダイレクト先を変更することで永続性が保証されます。 バイオサイエンスデータベースセンター （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01088） が管理しています。
PURL is a server for Persistent Uniform Resource Locators (URLs). On this site, users allows to create and register a persistent URL which is an address on the World Wide Web that points to other Web resources.
NBRPメダカ表現型メタデータ
NBRP Medaka Phenotype Metadata
This database provides metadata of the NBRP medaka database ( https://integbio.jp/dbcatalog/en/record/nbdc00147 ). Data on this site are available as downloadable RDF files and spreadsheets.
メダカ系統のリソースデータベースであるNBRP Medaka（ https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00147 ）のメタデータを体系的に整理して提供しています。メダカ系統、アレル、遺伝子、解析したメダカ個体、表現型のデータを、RDFおよびスプレッドシート形式でダウンロードページから利用できます。
Max Planck Institute for Informatics
DeepBlue
DeepBlue Epigenomic Data Server
DeepBlue provides a programmatic interface for finding, selecting, filtering, summarizing and downloading epigenomic data from the main epigenome mapping projects: ENCODE, NIH Roadmap, BLUEPRINT and DEEP. A user manual, usage examples and a well-documented API are available. An optional web interface is available for non-programmers.
DeepBlueは、主なエピゲノムプロジェクトであるENCODE、NIH Roadmap、BLUEPRINT、DEEPに収録されたエピゲノムデータを包括的に検索、フィルタリング、ダウンロードするためのAPIとウェブインターフェースを提供しています。生物資源名は、CL, EFO, UBERONオントロジーからインポートされています。ユーザ自身のデータをアップロードして解析することもできます。使用例やユーザーマニュアルなどが準備されています。
The University Museum The University of Tokyo
Type Collection Database
This is a database of type specimens of species and infraspecific taxa of the plant families preserved in the Herbarium, Department of Botany, the University Museum, the University of Tokyo (TI). Data are based on the Material Reports, The University Museum, University of Tokyo (1981- 2011), Catalogue of the Type specimens Preserved in the Herbarium, Department of Botany, The University Museum, The University of Tokyo Part 1-12.
東京大学 総合研究博物館で保存している植物タイプ標本のデータベースです。種および種以下で分類されたタイプ標本について、学名、タイプの種別、写真、採取場所、関連文献のデータが整理されています。収録データは、総合研究博物館の資料レポート (1981-2002年)、およびタイプ標本のカタログに基づいています。
Bioinformatics Laboratory, Department of Life Sciences, School of Agriculture, Meiji University
明治大学 農学部 生命科学科・バイオインフォマティクス研究室
PlantExpress
PlantExpress is a platform for gene expression network (GEN) analysis with the public microarray data of rice and Arabidopsis. For a single-species GEN analysis, PlantExpress provides functionalities specialized for each species, OryzaExpress and ArthaExpress. For a comparative (cross-species) GEN analysis, PlantExpress provides functions to compare GENs constructed with OryzaExpress and ArthaExpress on the basis of ortholog relationship.
イネ、シロイヌナズナの遺伝子発現ネットワーク（GEN）情報データベースです。マイクロアレイデータおよび予め計算されたGENデータが保存されています。イネ（OryzaExpress）、シロイヌナズナ（ArthaExpress）それぞれの種についての解析プラットフォームを提供するSingle-speciesモードと、2種間の比較を行えるCross-speciesモード（PlantExpress）が用意されています。ユーザーが各Single-speciesモードで保存した任意の遺伝子/サンプルリストおよび構築されたGENをCross-speciesモードで比較することが可能です。BLAST検索、データの一括ダウンロードも可能です。
Computational Epigenomics Lab, Evolutionary Genomics and Bioinformatics Group, Dept. of Genetics, Inst. of Biotechnology, University of Granada
NGSmethDB
NGSmethDB is a database for whole genome methylomes generated from short-read data sets obtained by bisulfite sequencing (WGBS) technology. Publicly available short-read data sets, mainly from NCBI GEO and the ROADMAP project, were used for the analysis by MethFlow that was an original pipeline for the integral analysis of bisulfite sequencing data. Selected data or dumps for entire methylomes can be downloaded on the web. Programmatic access to the database is also available.
NGSmethDBは次世代シーケンサーから得られるホールゲノムでのメチル化データのデータベースです。主にNCBI GEOやROADMAP projectkからダウンロードされたセルラインや組織のシークエンスプロジェクトのデータを、独自に作成した解析パイプラインMethFlowで統一的に解析し、比較できるようにしています。Webサイトから全部、または領域を選んでデータがダウンロードできます。APIによってアクセスすることもできます。
WABI
Web API for Biology
WABI は、 DDBJの検索サービス を Web画面を介せずに利用できる Web API です。BLAST、getentry、ARSA、ClustalW、VecScreen、MAFFT の Web API を提供しています。
WABI is a web API for using the search services of the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) without needing to navigate the web front-end. WABI currently provides the following web APIs: BLAST, getentry, ARSA, ClustalW, VecScreen and MAFFT.
創価大学 理工学部
Soka University Faculty of Science and Engineering
RINGS
Resource for Informatics of Glycomes at Soka
RINGSは糖鎖（構造）解析のためのリソースです。 大量の糖鎖構造の中から頻繁に出現する糖鎖の部分構造を抽出するツール（GlycanMiner）や、糖転移酵素によるN型糖鎖の生合成を予測するためのツール（Glycan Pathway Predictor）、糖鎖構造のマルチプルアラインメントツール（MCAW）など、 糖鎖解析に用いられる様々なツールが提供されています。ユーザー登録を行うことにより、ツールを実行する際に入力したデータと解析結果を保存することができます。旧サイトのURLはこちらです：http://rings.t.soka.ac.jp/
RINGS is a freely available Web resource for academic glycobiologists to analyze their data using the latest data mining and algorithmic techniques. It provides a number of tools including a Glycan Miner Tool for mining alpha-closed frequent subtrees from a set of glycan structures, Glycan Pathway Predictor (GPP) tool for dynamically computing the N-glycan biosynthesis pathway from a given glycan structure and a glycan structure multiple alignment tool MCAW.
エルピクセル株式会社
LPixel Inc.
LPixel ImageJ Plugins
バイオイメージング用途の画像解析ソフトウェアImageJのプラグインパッケージです。種々の画像処理や画像解析を高効率かつ適応的に行うことを可能にします。
This is a collection of miscellaneous plugins for ImageJ that is an open source image processing program designed for scientific multidimensional images.