# RDF configの実行方法と実行オプション ## 実行方法 ``` % rdf-config --config 設定ファイルのディレクトリ 実行オプション ``` `--config`オプションには、設定ファイルが保存されているディレクトリを指定する。 `--grasp`オプションを使う場合は複数ディレクトリを列挙できる。 ## 実行オプション | オプション | 実行される処理 | ----|---- | `--sparql [クエリ名]` | `sparql.yaml`で設定したクエリ名のSPARQLクエリを標準出力に出力する。 | | `--query [変数名 変数名=値]` | 出力する変数およびVALUESの値のリストを指定して標準出力にSPARQLクエリを表示する。 | | `--endpoint [エンドポイント名]` | `endpoint.yaml`で設定したエンドポイント名を`--sparql`や`--query`に使用する。 | | `--url` | `--sparql`や`--query`で生成したSPARQLをURLエンコードして出力する。 | | `--schema [スキーマ名:図の種類]` | `model.yaml`で設定したRDFモデルのスキーマ図をSVG形式で標準出力に出力する。
図の種類はデフォルト（指定なし）、`:nest`、`:nest`、`:arc`、`:table`で、
サブセットの図を描きたい場合などは`schema.yaml`で設定したスキーマ名を指定できる。 | | `--senbero` | `model.yaml`で設定したRDFモデルの構造を標準出力にテキスト形式で表示する。 | | `--stanza [スタンザID]` | `stanza.yaml`で指定したIDのJavaScript版TogoStanzaファイル一式を生成する。
[TogoStanza](https://github.com/togostanza/togostanza)が生成できる環境として、Node.jsがインストールされており、
npxコマンドのディレクトリがPATH環境変数に設定されている必要がある。 | | `--grasp [出力ディレクトリ]` | Graspの設定ファイル（GraphQLのスキーマファイルとクエリファイル）を生成する。
Graspの設定ファイルは、`grasp/`以下か、指定した出力ディレクトリに生成される。 | | `--grasp-ns [出力ディレクトリ]` | `--grasp`で出力されるGraphQLのtype名は`model.yaml`の主語名となるが、
名前衝突を避けるため`--config`で指定したディレクトリ名を
Capitalizeした文字列を主語のプレフィックスにつける。 | | `--shex` | ShExを標準出力に表示する。 | | `--convert 出力フォーマット [入力元ファイルまたはディレクトリ]` | CSVファイル、TSVファイルやDuckDBのテーブルからRDFやJSON-LDを生成する。| ### オプションごとの設定名の表示 #### `--sparql` ``` % rdf-config --config config/db --sparql ``` のようにオプションを省略することで、下記のように設定可能なクエリ名のリスト、デフォルト値の指定されている変数、およびエンドポイント名のリストが標準エラー出力に表示される。 ``` Usage: --sparql query_name [--query var=value] [--endpoint endpoint_name] Available SPARQL query names: SPARQLクエリ名1, SPARQLクエリ名2 Preset SPARQL query parameters (use --query to override): クエリ名1: 変数名1 クエリ名2: 変数名2, 変数名3 Available SPARQL endpoint names: エンドポイント名1, エンドポイント名2 ``` #### `--query` ``` % rdf-config --config config/db --query ``` のようにオプションを省略することで、ヘルプとエンドポイント名のリストが標準エラー出力に表示される。 ``` Usage: --query var1 var2=value var3 [--endpoint endpoint_name] var: Specify a list of variable names (defined in the model.yaml file). var=value: Specify variable name and its value to be assigned. Available SPARQL endpoint names: エンドポイント名1, エンドポイント名2 ``` `--query` オプションには、`model.yaml` で定義されている任意の変数名のリストを渡すことができ、それらを出力するSPARQLクエリを生成する。変数名に `var=value` の形で値を指定すると、VALUES句で使用する値を指定（デフォルト値が `sparql.yaml` で定義されている場合は上書き）できる。 #### `--endpoint` エンドポイントを指定する `--endpoint` オプションは `--sparql`, `--query`, `--stanza` と組み合わせて使用する。 ``` % rdf-config --config config/db --endpoint ``` のようにオプションを省略することで、指定可能なエンドポイント名のリストが標準エラー出力に表示される（デフォルトは `endpoint`）。 ``` Usage: --endpoint endpoint_name Available SPARQL endpoint names: エンドポイント名1, エンドポイント名2 ``` #### `--url` URLエンコードしたSPARQLの出力を指定する `--url` オプションは `--sparql`, `--query`, `--stanza` と組み合わせて使用する。 ``` % rdf-config --config config/db --sparql クエリ名 [--endpoint エンドポイント名] --url % rdf-config --config config/db --query 変数名のリスト [--endpoint エンドポイント名] --url ``` #### `--schema` `schema.yaml` が作られている場合、 ``` % rdf-config --config config/db --schema ``` のようにオプションを省略することで、設定可能なスキーマ名のリストおよび指定可能な図の種類のリストが標準エラー出力に表示される。 ``` Usage: --schema schema_name[:type] Available schema names: スキーマ名1, スキーマ名2, スキーマ名3 Avanlable schema types: nest, table, arc ``` `schema.yaml` がない場合、デフォルトのスキーマ図が生成される。 #### `--stanza` ``` % rdf-config --config config/db --stanza ``` のようにオプションを省略することで、下記のように設定可能なスタンザ名のリストが標準エラー出力に表示される。 ``` Usage: --stanza stanza_name Available stanza names: スタンザ名1, スタンザ名2 ``` ### SPARQLの生成について SPARQL を生成するには、rdf-config に --sparql オプションを付けて実行する。 ``` % rdf-config --config 設定ファイルのディレクトリ名 --sparql クエリ名 [--endpoint エンドポイント名] ``` クエリ名には、`sparql.yaml` ファイルで設定したクエリを１つ選んで指定する。 エンドポイント名には、`endpoint.yaml` ファイルで設定したエンドポイントを１つ選んで指定する。 以下では、MeSH の [model.yaml](../config/mesh/model.yaml), [sparql.yaml](../config/mesh/sparql.yaml), [endpoint.yaml](../config/mesh/endpoint.yaml) を用いて実行例を示す。 例：MeSH の SPARQL 生成で、クエリ名 `sparql` を使用 ``` % rdf-config --config config/mesh --sparql sparql # Endpoint: https://id.nlm.nih.gov/mesh/sparql # Description: Descriptor -> Concept -> Term, Descriptor -> Qualifier, Descriptor -> Term, Descriptor -> TreeNumber PREFIX meshv: PREFIX rdfs: SELECT ?descriptor_id ?descriptor_label ?concept_id ?concept_label ?term_id ?term_label ?qualifier_id ?qualifier_label ?tree_number_label WHERE { ?Descriptor a meshv:TopicalDescriptor ; meshv:identifier ?descriptor_id ; rdfs:label ?descriptor_label ; meshv:concept / meshv:identifier ?concept_id ; meshv:concept / rdfs:label ?concept_label ; meshv:concept / meshv:preferredTerm / meshv:identifier ?term_id ; meshv:concept / meshv:preferredTerm / meshv:prefLabel ?term_label ; meshv:allowableQualifier / meshv:identifier ?qualifier_id ; meshv:allowableQualifier / rdfs:label ?qualifier_label ; meshv:treeNumber / rdfs:label ?tree_number_label . } LIMIT 100 ``` 例：クエリ名を `tree_pair` に、エンドポイント名を `med2rdf` に変更 ``` % rdf-config --config config/mesh --sparql tree_pair --endpoint med2rdf # Endpoint: http://sparql.med2rdf.org/sparql # Description: # Parameter: parent_tree_number: (example: mesh:C01) PREFIX meshv: PREFIX mesh: SELECT ?TreeNumber ?parent_tree_number FROM WHERE { VALUES ?parent_tree_number { mesh:C01 } ?TreeNumber a meshv:TreeNumber ; meshv:parentTreeNumber ?parent_tree_number . ?parent_tree_number a meshv:TreeNumber . } LIMIT 100 ``` #### 変数に値を指定した SPARQL を生成する `sparql.yaml` の parameters に指定されている変数に、デフォルト値以外の値を与えて SPARQL を生成する場合、`--query` オプションに「変数名=値」を追加する。 ``` % rdf-config --config 設定ファイルのディレクトリ名 --sparql クエリ名 --endpoint エンドポイント名 --query 変数名=値 変数名2=値2 ``` 例：Ensembl で taxonomy ID をヒト (taxonomy:9606) からマウス (taxonomy:10090) に変更した SPARQL を生成 ``` % rdf-config --config config/ensembl --sparql sparql --query ensg_taxonomy=taxonomy:10090 # Endpoint: https://integbio.jp/rdf/mirror/ebi/sparql # Description: Ensembl gene and chromosome # Parameter: ensg_taxonomy: (example: taxonomy:9606) PREFIX obo: PREFIX enso: PREFIX dc: PREFIX rdfs: PREFIX faldo: PREFIX taxonomy: SELECT ?ensg_id ?ensg_label ?ensg_location ?ensg_taxonomy FROM WHERE { VALUES ?ensg_taxonomy { taxonomy:10090 } VALUES ?EnsemblGeneClass { obo:SO_0001217 enso:protein_coding } ?EnsemblGene a ?EnsemblGeneClass ; dc:identifier ?ensg_id ; rdfs:label ?ensg_label ; faldo:location ?ensg_location ; obo:RO_0002162 ?ensg_taxonomy . } LIMIT 100 ``` #### 任意の変数を指定した SPARQL を生成する `sparql.yaml` を利用せず、`model.yaml` に定義されている任意の変数名を列挙して SPARQL を生成する場合、`--query` オプションに「変数名1 変数名2」のようなリストを指定する。変数名に VALUES 句でバインドする値は「変数名=値」の形で指定する。 ``` % rdf-config --config 設定ファイルのディレクトリ名 --query 変数名1 変数名2=値 変数名3 --endpoint エンドポイント名 ``` 例：HGNC で gene_id を指定し、hgnc_id, description, ensembl_id を取得する SPARQL を生成 ``` % rdf-config --config config/hgnc --query gene_id=ACE2 hgnc_id description ensembl_id # Endpoint: http://sparql.med2rdf.org/sparql # Description: # Parameter: gene_id: (example: ACE2) PREFIX obo: PREFIX m2r: PREFIX dct: PREFIX rdfs: PREFIX idt: SELECT ?hgnc_id ?description ?ensembl_id WHERE { VALUES ?gene_id { "ACE2" } VALUES ?HGNC__class { obo:SO_0000704 m2r:Gene } ?HGNC a ?HGNC__class ; dct:identifier ?hgnc_id ; dct:description ?description ; rdfs:label ?gene_id . OPTIONAL { ?HGNC rdfs:seeAlso ?Ensembl . ?Ensembl a idt:ensembl ; dct:identifier ?ensembl_id . } } LIMIT 100 ``` #### 生成したSPARQL を URL エンコードして結果を取得する 利用したい SPARQL が生成できることを確認したら、`--url` オプションを付けることで SPARQL 検索が実行可能な API の URL が出よくされるため、アプリケーションや `curl` コマンドなどで結果を取得する。 ``` % curl -H 'Accept: application/sparql-results+json' `bin/rdf-config --config config/hgnc --query gene_id=ACE2 hgnc_id description ensembl_id --url` { "head": { "link": [], "vars": ["hgnc_id", "description", "ensembl_id"] }, "results": { "distinct": false, "ordered": true, "bindings": [ { "hgnc_id": { "type": "literal", "value": "13557" } , "description": { "type": "literal", "value": "angiotensin converting enzyme 2" } , "ensembl_id": { "type": "literal", "value": "ENSG00000130234" }}, { "hgnc_id": { "type": "literal", "value": "13557" } , "description": { "type": "literal", "value": "angiotensin converting enzyme 2" } , "ensembl_id": { "type": "literal", "value": "ENSG00000130234" }} ] } } ``` ### スキーマ図の生成について スキーマ図を生成するには、rdf-config に --schema オプションを付けて実行する。 ``` % rdf-config --config 設定ファイルのディレクトリ名 --schema スキーマ名:図の種類 ``` 図の種類には以下の3つの値を指定することができる。 - nest： ツリー構造のRDFスキーマ図が生成される。 - arc： 主語名が円周上に表示され、主語間で関係（主語が別の主語の目的語になっている）がベジエ曲線で結ばれた図が生成される。 - table： ER図のように、主語、述語、目的語がテーブル形式になった図が生成される。 図の種類が指定されていない場合は、各主語が1列に並んだ図が生成される。 スキーマ名には、`schema.yaml` ファイルで設定したスキーマ名を指定する。 スキーマ図に出力したい主語名、目的語名を `schema.yaml` ファイルに設定しておくことで、`model.yaml` ファイルに設定された全ての RDF トリプルではなく、スキーマ図のサブセットを生成することができる。 以下では、MeSH の [model.yaml](../config/mesh/model.yaml) と [schema.yaml](../config/mesh/schema.yaml) を用いて実行例を示す。 例：デフォルトで全ての主語と目的語を出力（タイトルは無し） ``` % rdf-config --config config/mesh --schema > mesh.svg ``` ![MeSH schema](./figure/mesh.svg) 例：主語間の関係を arc で表示 ``` % rdf-config --config config/mesh --schema :arc > mesh_arc.svg ``` ![MeSH schema](./figure/mesh_arc.svg) 例：各主語の目的語を表形式でコンパクトに表示 ``` % rdf-config --config config/mesh --schema :table > mesh_table.svg ``` ![MeSH schema](./figure/mesh_table.svg) 例：タイトルだけ追加したスキーマ図を生成 ``` % rdf-config --config config/mesh --schema title > mesh_title.svg ``` * [mesh_title.svg](./figure/mesh_title.svg) 例：一部の主語だけを抜き出したスキーマ図を生成 ``` % rdf-config --config config/mesh --schema main_subjects > mesh_main_subjects.svg % rdf-config --config config/mesh --schema main_subjects:arc > mesh_main_subjects_arc.svg % rdf-config --config config/mesh --schema main_subjects:table > mesh_main_subjects_table.svg ``` * [mesh_main_subjects.svg](./figure/mesh_main_subjects.svg) * [mesh_main_subjects_arc.svg](./figure/mesh_main_subjects_arc.svg) * [mesh_main_subjects_table.svg](./figure/mesh_main_subjects_table.svg) 例：一部の目的語だけを抜き出したスキーマ図を生成 ``` % rdf-config --config config/mesh --schema main_objects > mesh_main_objectss.svg % rdf-config --config config/mesh --schema main_objects:arc > mesh_main_objects_arc.svg % rdf-config --config config/mesh --schema main_objects:table > mesh_main_objects_table.svg ``` ![MeSH schema](./figure/mesh_main_objects.svg) ![MeSH schema](./figure/mesh_main_objects_arc.svg) ![MeSH schema](./figure/mesh_main_objects_table.svg) ### スタンザの生成について スタンザを生成するには、rdf-config に --stanza オプションを付けて実行する。 ``` % rdf-config --config 設定ファイルのディレクトリ名 --stanza スタンザ名 ``` 生成されるスタンザは `stanza.yaml` で指定した `output_dir` に出力される。 例：RefEx のスタンザを生成 ``` % rdf-config --config config/refex --stanza refex_entry Generate stanza: refex_entry Execute command: npx togostanza generate stanza refex_entry --label "RefEx entry" --definition "Stanza for RefEx entry" ? license (MIT): # ← ライセンスを指定、リターンでデフォルトの MIT が選択される ? author (dbcls): # ← 作成者名を指定 create stanzas/refex-entry/README.md create stanzas/refex-entry/index.js create stanzas/refex-entry/style.scss create stanzas/refex-entry/assets/.keep create stanzas/refex-entry/templates/stanza.html.hbs Stanza template has been generated successfully. To view the stanza, run (cd stanza; npx togostanza serve) and open http://localhost:8080/ ``` このあと、表示されている通りコマンドを実行し、 ``` % cd stanza % npx togostanza serve ``` ブラウザで http://localhost:8080/ 表示して確認する。 ![RefEx stanza](./figure/refex_stanza.png) 表示が確認できたら、生成されたスタンザを改変しカスタマイズなどを行う。 ``` stanza/stanzas/refex-entry |-- README.md |-- assets # ← 表示に用いる追加の画像や静的ファイルはここに設置 |-- index.js # ← 機能の追加は JavaScript ファイルを修正 |-- metadata.json # ← メタデータは JSON ファイルを修正 |-- style.scss # ← デザインの変更は CSS ファイルを修正 `-- templates |-- stanza.html.hbs # ← 表示方法の変更は HTML ファイルを修正 `-- stanza.rq.hbs # ← クエリの改訂は SPARQL ファイルを修正 ``` ### RDF, JSON-LDの生成について CSVファイル、TSVファイル、DuckDBからRDFやJSON-LDを生成するには、rdf-config に --convert オプションを付けて実行する。 ``` % rdf-config --config 設定ファイルのディレクトリ名 --convert 生成するファイルのフォーマット [入力元ファイルまたはディレクトリ] ``` 生成されたRDFやJSON-LDは標準出力に出力される。 `--convert`オプションには生成するファイルフォーマットを指定する。出力フォーマットには以下の値を指定することができる。 * `:turtle` Turtleを生成する。 * `:ntriples` N-Triplesを生成する。 * `:jsonld` JSON-LDを生成する。 * `:jsonl` JSON-LDをJSON Linesで生成する。 * `:context` JSON-LDのコンテキスト（@context）を生成する。 入力元ファイルまたはディレクトリ には、以下を指定することができる。 * 変換元のファイル（CSVファイル、TSVファイル）のパス * `convert.yaml` の `source(...)` で変換元のファイルが記述されている場合でも、ここで指定した変換元ファイルが使用される。 * 変換元ファイルがあるディレクトリのパス * `convert.yaml` の `source(...)` で変換元のファイルが相対パス（例えばファイル名のみ）の場合、ここで指定したディレクトリからの相対パスとなる。 DuckDBを使用する場合は、Gemfileとして `Gemfile.duckdb` を使用する必要がある。 Gemfileとして `Gemfile.duckdb` を使用するには、環境変数`BUNDLE_GEMFILE`に`Gemfile.duckdb`を設定する。 具体的には ``` % export BUNDLE_GEMFILE=Gemfile.duckdb % bundle install % bundle exec rdf-config ... ``` のように、`BUNDLE_GEMFILE`環境変数をexportするか ``` % BUNDLE_GEMFILE=Gemfile.duckdb bundle install % BUNDLE_GEMFILE=Gemfile.duckdb bundle exec rdf-config ... ``` のように、bundle実行の度に`BUNDLE_GEMFILE`環境変数を設定する。 #### 実行例 RDF, JSON-LD, JSON Linesの生成の例として、以下のTSVファイルと`convert.yaml`から生成するとする。 `hgnc.tsv` | hgnc_id | symbol | name | location | uniprot_ids | pubmed_id | | ------- | ------ | ---- | -------- | ----------- | ----------| | HGNC:5 | A1BG | alpha-1-B glycoprotein | 19q13.43 | P04217 | 2591067 | | HGNC:37133 | A1BG-AS1 | A1BG antisense RNA 1 | 19q13.43 | | | | HGNC:24086 | A1CF | APOBEC1 complementation factor | 10q11.23 | Q9NQ94 | 11815617\|11072063 | | HGNC:7 | A2M | alpha-2-macroglobulin | 12p13.31 | P01023 | 2408344\|9697696 | `convert.yaml` ```yaml HGNC: # HGNCのリソースURIの生成ルール - source("work/convert/hgnc-subset.tsv") # 入力とするTSVファイルを指定する - tsv("hgnc_id") # TSVのhgnc_idカラムの値を取得する - downcase # 全ての大文字を小文字に変換する # HGNCに結びつくオブジェクトの生成ルール - variables: # gene_idのプロパティ値の生成ルール - gene_id: tsv("symbol") # TSVのsymbolカラムの値を取得する # gene_idのプロパティ値の生成ルール - hgnc_id: - tsv("hgnc_id") # TSVのhgnc_idカラムの値を取得する - delete(/^HGNC:/) # 正規表現 /^HGNC:/ にマッチする部分を削除する - to_int # 値を整数に変換する # descriptionのプロパティ値の生成ルール - description: tsv("name") # TSVのnameカラムの値を取得する # locationのプロパティ値の生成ルール - location: tsv("location") # TSVのlocationカラムの値を取得する UniProt: # UniProtのリソースURIの生成ルール - source("work/convert/hgnc-subset.tsv") # 入力とするTSVファイルを指定する - tsv("uniprot_ids") # TSVのuniprot_idsカラムの値を取得する - prepend("http://identifiers.org/uniprot/") # 値の先頭に引数の文字列を追加する # UniProtに結びつくオブジェクトの生成ルール - variables: # locationのプロパティ値の生成ルール - uniprot_id: tsv("uniprot_ids") # TSVのuniprot_idsカラムの値を取得する PubMed: # PubMedのリソースURIの生成ルール - source("work/convert/hgnc-subset.tsv") # 入力とするTSVファイルを指定する - tsv("pubmed_id") # TSVのpubmed_idカラムの値を取得する - split("|") # 値を "|" で分割する - prepend("http://identifiers.org/pubmed/") # 値の先頭に引数の文字列を追加する # PubMedに結びつくオブジェクトの生成ルール - variables: # pubmed_idのプロパティ値の生成ルール - pubmed_id: - tsv("pubmed_id") # TSVのpubmed_idカラムの値を取得 - split("|") # 値を "|" で分割する - to_int # 値を整数に変換する ``` 生成されるRDFは以下のようになる。 ```rdf @prefix dct: . @prefix hgnc: . @prefix idt: . @prefix m2r: . @prefix obo: . @prefix rdf: . @prefix rdfs: . @prefix xsd: . hgnc:24086 a obo:SO_0000704, m2r:Gene; rdfs:label "A1CF"; obo:so_part_of "10q11.23"; dct:description "APOBEC1 complementation factor"; dct:identifier 24086; dct:references idt:pubmed\/11815617, idt:pubmed\/11072063; rdfs:seeAlso idt:uniprot\/Q9NQ94 . hgnc:37133 a obo:SO_0000704, m2r:Gene; rdfs:label "A1BG-AS1"; obo:so_part_of "19q13.43"; dct:description "A1BG antisense RNA 1"; dct:identifier 37133 . hgnc:5 a obo:SO_0000704, m2r:Gene; rdfs:label "A1BG"; obo:so_part_of "19q13.43"; dct:description "alpha-1-B glycoprotein"; dct:identifier 5; dct:references idt:pubmed\/2591067; rdfs:seeAlso idt:uniprot\/P04217 . idt:pubmed\/11072063 a idt:pubmed; dct:identifier 11072063 . idt:pubmed\/11815617 a idt:pubmed; dct:identifier 11815617 . idt:pubmed\/2591067 a idt:pubmed; dct:identifier 2591067 . idt:uniprot\/P04217 a idt:uniprot; dct:identifier "P04217" . idt:uniprot\/Q9NQ94 a idt:uniprot; dct:identifier "Q9NQ94" . ``` 生成されるJSON-LDは以下のようになる。 ```json { "@context": { "rdf": "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#", "rdfs": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#", "dct": "http://purl.org/dc/terms/", "skos": "http://www.w3.org/2004/02/skos/core#", "hgnc": "http://identifiers.org/hgnc/", "ido": "http://rdf.identifiers.org/ontology/", "idt": "http://identifiers.org/", "m2r": "http://med2rdf.org/ontology/med2rdf#", "obo": "http://purl.obolibrary.org/obo/", "HGNC": "@id", "UniProt": "@id", "PubMed": "@id", "data": "@graph", "gene_id": { "@id": "rdfs:label" }, "hgnc_id": { "@id": "dct:identifier" }, "description": { "@id": "dct:description" }, "location": { "@id": "obo:so_part_of" }, "uniprot_id": { "@id": "dct:identifier" }, "pubmed_id": { "@id": "dct:identifier" }, "see_also": { "@id": "rdfs:seeAlso", "@type": "@id" }, "reference": { "@id": "dct:references", "@type": "@id" } }, "data": [ { "HGNC": "hgnc:5", "@type": [ "obo:SO_0000704", "m2r:Gene" ], "gene_id": "A1BG", "hgnc_id": 5, "description": "alpha-1-B glycoprotein", "location": "19q13.43", "see_also": "http://identifiers.org/uniprot/P04217", "reference": "http://identifiers.org/pubmed/2591067" }, { "UniProt": "http://identifiers.org/uniprot/P04217", "@type": "idt:uniprot", "uniprot_id": "P04217" }, { "PubMed": "http://identifiers.org/pubmed/2591067", "@type": "idt:pubmed", "pubmed_id": 2591067 }, { "HGNC": "hgnc:37133", "@type": [ "obo:SO_0000704", "m2r:Gene" ], "gene_id": "A1BG-AS1", "hgnc_id": 37133, "description": "A1BG antisense RNA 1", "location": "19q13.43" }, { "HGNC": "hgnc:24086", "@type": [ "obo:SO_0000704", "m2r:Gene" ], "gene_id": "A1CF", "hgnc_id": 24086, "description": "APOBEC1 complementation factor", "location": "10q11.23", "see_also": "http://identifiers.org/uniprot/Q9NQ94", "reference": [ "http://identifiers.org/pubmed/11815617", "http://identifiers.org/pubmed/11072063" ] }, { "UniProt": "http://identifiers.org/uniprot/Q9NQ94", "@type": "idt:uniprot", "uniprot_id": "Q9NQ94" }, { "PubMed": "http://identifiers.org/pubmed/11815617", "@type": "idt:pubmed", "pubmed_id": 11815617 }, { "PubMed": "http://identifiers.org/pubmed/11072063", "@type": "idt:pubmed", "pubmed_id": 11072063 } ] } ``` 生成されるJSON Linesは以下のようになる。 ```json lines {"@context":{"rdf":"http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#","rdfs":"http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#","dct":"http://purl.org/dc/terms/","skos":"http://www.w3.org/2004/02/skos/core#","hgnc":"http://identifiers.org/hgnc/","m2r":"http://med2rdf.org/ontology/med2rdf#","obo":"http://purl.obolibrary.org/obo/","HGNC":"@id","gene_id":{"@id":"rdfs:label"},"hgnc_id":{"@id":"dct:identifier"},"description":{"@id":"dct:description"},"location":{"@id":"obo:so_part_of"},"see_also":{"@id":"rdfs:seeAlso","@type":"@id"},"reference":{"@id":"dct:references","@type":"@id"}},"HGNC":"hgnc:5","@type":["obo:SO_0000704","m2r:Gene"],"gene_id":"A1BG","hgnc_id":5,"description":"alpha-1-B glycoprotein","location":"19q13.43","see_also":"http://identifiers.org/uniprot/P04217","reference":"http://identifiers.org/pubmed/2591067"} 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